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lowQualScore                  :       0             1 7  2   2    44  77777  555555555555555555555555            6          66666666     6       8888          6 3         
lowQualScore                  :       .             . .  .   .    ..  .....  ........................            .          ........     .       ....          . .         
lowQualScore                  :       8             7 0  9   2    88  77777  111111111111111111111111            3          99999999     7       6666          7 3         
consensus                     : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CT---C--CC-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
Reference ( gi|21284 )        : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CT---C--CT-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21285                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCA-A-GCAGGACGGAC--GT-----CT---C--CT-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21287                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGATGGAC--GT-----CT---C--CA-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21288                      : CACTCTTTAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGAAT--GT-----CT---C--CT-GGGC-A----AT---GCTCCAGCCTTCTAAATGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21290                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAT--GT-----CT---C--CT-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCTAAATGGCTCA--------CGGTC-CCTC
gi|21291                      : CACTCTTCAAGTGACTTTCA-A-GCAGAACAGAC--AT-----CT---C--CT-CAGC-A----C----ACTCCAGACTTCAAAGTGGGTCA--------AGGTCGCTTCCAC----TACAAGGA
gi|21292                      : CATTCTTCAAGCGGCTGCCA-A-GCAGGACGGAA--TTATG--CT---C--CT----C------T----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------CAGTCGCCTCCGC
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gi|21295                      : CACTTTACAAGCGACTGCCG-A-GCAGGACAGAC--GT-----AT-----------GC-ACTTCC----GCTCCAGTCTTCGAAGTGGGTCA--------tagttttaatgatcttctacactttt
gi|21294                      : CACTCTTCATGCGGTTGTCGTA-GC-GGATAGAC--GT-----GT---TTACC-GG--------A----GCTCCAGCTTTGTAAGTGGGTCA--------AGGTTACCTCTAC
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gi|21297                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-AGTGGAAGGACGTGT-----TT---A--CC-GG--------A----GCTTCAGCCTTCAAAGCGGGTCA--------
gi|21298                      : CACTCTACAAGCGACTGCTG-A-GCAGGACAGAC--GTATGCGCT---T--C-----C-A----------CTCCATTCTTCAAAGTGGATCA--------
gi|21289                      : CACTCA-CAAGCGGCTGGCG-AAGTAGAA-GGAC--GT-----GTTTAC--CA-G---------A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21299                      : CAATCTACATGCGGCTGTCA-A-ACTGGAAGGAT--GT-----AT---T--TTCAGG-------A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGAGTCA--------
gi|21300                      :  ACTCTACAAGCGGCTACCG-A-AGTGGAAGGACTTGT-----TT---A--CC-GG--------A----ACTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21301                      :   CTCGTCAAGCGGCTGCAG-AAGCGGAATGG-----T-----CT---A--CT-TACCTA----G----GCTCCAACCTTCTAAATGGGTCA--------CGTTCACCTCTAC
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gi|21303                      :       TCAAGCGGCTGCCG-T-GCAGGACGGAT--GT-----CT---C--CT-GGGC-A----A----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTT-TACAT
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gi|21306                      :        CAAGTGGCTGTCG-A-AGTGGAAGGAC--GT-----GT---TTACC-GG--------A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21307                      :        CAGGCGCCTGTCG-AAGC-GGAAGGAC--GT-----GT---TTACC-GG--------A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------





Alignments
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lowQualScore                  :       0             1 6  2   2    44  11111111111111111111111            1          66666666     5          8          5 1         
lowQualScore                  :       .             . .  .   .    ..  .......................            .          ........     .          .          . .         
lowQualScore                  :       3             7 7  4   7    66  00000000000000000000000            0          66666666     4          9          7 4         
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Reference ( family-754 )      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21284                      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21285                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCA-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21286                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-GATGGAAGGAC--GT-----AT-------GA-AACTTCGCTCCAGTCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21287                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGATGGAC--GT-----CTC--CAGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21288                      : CACTCTTTAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGAAT--GT-----CTC--CTGGGC-AAT---GCTCCAGCCTTCTAAATGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21289                      : CACTCA-CAAGCGGCTGGCG-AAGTAGAA-GGAC--GT-----GTTTACCAG----A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21290                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAT--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAATGGCTCA--------CGGTC-CCTC
gi|21291                      : CACTCTTCAAGTGACTTTCA-A-GCAGAACAGAC--AT-----CTC--CTCAGC-AC----ACTCCAGACTTCAAAGTGGGTCA--------AGGTCGCTTCCA---C-TACAAGGA
gi|21292                      : CATTCTTCAAGCGGCTGCCA-A-GCAGGACGGAA--TTATG--CTC--CT---C--T----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------CAGTCGCCTCCGCT
gi|21293                      : CGCTTTTCGAGCAGCTGCCA-ATGCAGGACGGAC--GT-----CCA--CTGGAT-A-----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGATC
gi|21294                      : CACTCTTCATGCGGTTGTCGTA-GC-GGATAGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCTTTGTAAGTGGGTCA--------AGGTTACCTCTACTtagttttaatgatcttctacactttt
gi|21295                      : CACTTTACAAGCGACTGCCG-A-GCAGGACAGAC--GTATGCACTT--CC-----------GCTCCAGTCTTCGAAGTGGGTCA--------
gi|21296                      : CACTCTTCAAGC---------A-GCA----GGAC--GT-----CCA--CTGGAT--A----GCCCAAGCCTTCAAAGTGGGTCAGATTTTAGTGATCGTCTTCACTTC-TACATGTAGACG-ATTTTT
gi|21297                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-AGTGGAAGGACGTGT-----TTA--CCGG----A----GCTTCAGCCTTCAAAGCGGGTCA--------
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gi|21299                      : CAATCTACATGCGGCTGTCA-A-ACTGGAAGGAT--GTA----TTT--TCAGG---A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGAGTCA--------
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gi|21303                      :       TCAAGCGGCTGCCG-T-GCAGGACGGAT--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTT-TACAT
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gi|21307                      :        CAGGCGCCTGTCG-AAGC-GGAAGGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------





Alignments
lowQualScore                  :                                       33333333333333333333333                                    1                       1         
lowQualScore                  :       0             1 6  2   2    44  11111111111111111111111            1          66666666     5          8          5 1         
lowQualScore                  :       .             . .  .   .    ..  .......................            .          ........     .          .          . .         
lowQualScore                  :       3             7 7  4   7    66  00000000000000000000000            0          66666666     4          9          7 4         
consensus                     : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
Reference ( family-754 )      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21284                      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21285                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCA-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21286                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-GATGGAAGGAC--GT-----AT-------GA-AACTTCGCTCCAGTCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21287                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGATGGAC--GT-----CTC--CAGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21288                      : CACTCTTTAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGAAT--GT-----CTC--CTGGGC-AAT---GCTCCAGCCTTCTAAATGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
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gi|21290                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAT--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAATGGCTCA--------CGGTC-CCTC
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gi|21292                      : CATTCTTCAAGCGGCTGCCA-A-GCAGGACGGAA--TTATG--CTC--CT---C--T----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------CAGTCGCCTCCGCT
gi|21293                      : CGCTTTTCGAGCAGCTGCCA-ATGCAGGACGGAC--GT-----CCA--CTGGAT-A-----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGATC
gi|21294                      : CACTCTTCATGCGGTTGTCGTA-GC-GGATAGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCTTTGTAAGTGGGTCA--------AGGTTACCTCTACTtagttttaatgatcttctacactttt
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gi|21296                      : CACTCTTCAAGC---------A-GCA----GGAC--GT-----CCA--CTGGAT--A----GCCCAAGCCTTCAAAGTGGGTCAGATTTTAGTGATCGTCTTCACTTC-TACATGTAGACG-ATTTTT
gi|21297                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-AGTGGAAGGACGTGT-----TTA--CCGG----A----GCTTCAGCCTTCAAAGCGGGTCA--------
gi|21298                      : CACTCTACAAGCGACTGCTG-A-GCAGGACAGAC--GTATGCGCTT--CC-----------ACTCCATTCTTCAAAGTGGATCA--------
gi|21299                      : CAATCTACATGCGGCTGTCA-A-ACTGGAAGGAT--GTA----TTT--TCAGG---A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGAGTCA--------
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blockSeqs                     :                     T A  A   C    GT  CTCCTGGGCAAT                       T          GATTTTAG     G          A          C A
blockSeqs                     :                     . T  T   A    TT  CTACTTACCTAG                       A          .            G          A          . A
blockSeqs                     :                     . A  A   T    .   CTCCTGGGCAA                        T          .            A          .          . .
blockSeqs                     :                     . A  A   C    .   CTCCAGGGCAA                        T          .            G          .          . .
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   CTCCTGGGCAA                        A          .            A          .          . .
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   CTCCTCAGCAC                        T          .            .          .          . .
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   CTCCTGGGCAA                        A          .            .          .             
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   CTCCTTGGCAT                        A          .            .          .             
blockSeqs                     :                     . .  A   T    .   CTCCTTGGCAT                        A          .            .                        
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   ATGAAACTTC                         T          .            .                        
blockSeqs                     :                     . .  A   A    .   GTTTACCAGA                         G          .            .                        
blockSeqs                     :                     . .  T   C    .   ATGCTCCTCT                         A          .            .                        
blockSeqs                     :                     . .  A   A    .   CCACTGGATA                         A          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  T   A    .   GTTTACCGGA                         A          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  T   T    .   ATGCACTTCC                         A          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  G   C    .   CCACTGGATA                         A          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  A   C    .   ATGCGCTTCC                         T          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  A   T    .   ATTTTCAGGA                         T          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  G   T    .   GTTTACCGGA                         T          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  G   A    .   GTTTACCGGA                         T          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  T   A    .   TTACCGGA                           A          .                                     
blockSeqs                     :                     . .  .   .    .   TTACCGGA                           A                                                
blockSeqs                     :                     . .  .   .    .                                                                                       


blockSeqCons                  :                                       CTCCCGGGCAA************
originalCons                  : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
finalCons                     : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GTCTCCCGGGCAA------------GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                       33333333333333333333333                                    1                       1         
lowQualScore                  :       0             1 6  2   2    44  11111111111111111111111            1          66666666     5          8          5 1         
lowQualScore                  :       .             . .  .   .    ..  .......................            .          ........     .          .          . .         
lowQualScore                  :       3             7 7  4   7    66  00000000000000000000000            0          66666666     4          9          7 4         
consensus                     : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
Reference ( family-754 )      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CCGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCNAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21284                      : CACTCTTCAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21285                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCA-A-GCAGGACGGAC--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACGTT-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21286                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-GATGGAAGGAC--GT-----AT-------GA-AACTTCGCTCCAGTCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21287                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGATGGAC--GT-----CTC--CAGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21288                      : CACTCTTTAAGCGGCTGTCG-A-GCAGGACGAAT--GT-----CTC--CTGGGC-AAT---GCTCCAGCCTTCTAAATGGGTCA--------CGGTC-CCTTCACTTC-TACATGGAGG-G-ATTTTTAAC
gi|21289                      : CACTCA-CAAGCGGCTGGCG-AAGTAGAA-GGAC--GT-----GTTTACCAG----A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21290                      : CACTCTTCAAGTGGCTGTCG-A-GCAGGACGGAT--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAATGGCTCA--------CGGTC-CCTC
gi|21291                      : CACTCTTCAAGTGACTTTCA-A-GCAGAACAGAC--AT-----CTC--CTCAGC-AC----ACTCCAGACTTCAAAGTGGGTCA--------AGGTCGCTTCCA---C-TACAAGGA
gi|21292                      : CATTCTTCAAGCGGCTGCCA-A-GCAGGACGGAA--TTATG--CTC--CT---C--T----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------CAGTCGCCTCCGCT
gi|21293                      : CGCTTTTCGAGCAGCTGCCA-ATGCAGGACGGAC--GT-----CCA--CTGGAT-A-----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGATC
gi|21294                      : CACTCTTCATGCGGTTGTCGTA-GC-GGATAGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCTTTGTAAGTGGGTCA--------AGGTTACCTCTACTtagttttaatgatcttctacactttt
gi|21295                      : CACTTTACAAGCGACTGCCG-A-GCAGGACAGAC--GTATGCACTT--CC-----------GCTCCAGTCTTCGAAGTGGGTCA--------
gi|21296                      : CACTCTTCAAGC---------A-GCA----GGAC--GT-----CCA--CTGGAT--A----GCCCAAGCCTTCAAAGTGGGTCAGATTTTAGTGATCGTCTTCACTTC-TACATGTAGACG-ATTTTT
gi|21297                      : CACTCTACAAGCGACTGTCG-A-AGTGGAAGGACGTGT-----TTA--CCGG----A----GCTTCAGCCTTCAAAGCGGGTCA--------
gi|21298                      : CACTCTACAAGCGACTGCTG-A-GCAGGACAGAC--GTATGCGCTT--CC-----------ACTCCATTCTTCAAAGTGGATCA--------
gi|21299                      : CAATCTACATGCGGCTGTCA-A-ACTGGAAGGAT--GTA----TTT--TCAGG---A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGAGTCA--------
gi|21300                      :  ACTCTACAAGCGGCTACCG-A-AGTGGAAGGACTTGT-----TTA--CCGG----A----ACTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21301                      :   CTCGTCAAGCGGCTGCAG-AAGCGGAATGG-----T-----CTA--CTTACCTAG----GCTCCAACCTTCTAAATGGGTCA--------CGTTCACCTCTACT
gi|21302                      :   CTCTTCAAGCCGCTGTCG-A-GCAGGACGGAC--
gi|21303                      :       TCAAGCGGCTGCCG-T-GCAGGACGGAT--GT-----CTC--CTGGGC-AA----GCTCCAGCCTTCTAAGTGGGTCA--------CGGTC-CCTCCACTTT-TACAT
gi|21304                      :       TCAAGCGGCTCTCG-A-GTGGGATGGAC--AT-----CTC--CTTGGC-AT----GTTGGGGCCTTATAAATGTGCCA--------AGGTC-ACTCCACTTTATACATGGAGG-GAAATTTTAAC
gi|21305                      :       TCAAGCGGCTCTCG-A-GTGGGATGGAC--AT-----CTC--CTTGGC-AT----GTTGGGGCCTTATAAATGTGCCA--------AGGTC-ACTCCACTTTATACATGGAGG-GAAATTTTAAC
gi|21306                      :        CAAGTGGCTGTCG-A-AGTGGAAGGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------
gi|21307                      :        CAGGCGCCTGTCG-AAGC-GGAAGGAC--GT-----GTTTACCGG----A----GCTCCAGCCTTCAAAGTGGGTCA--------