lowQualScore : 222222222222 111 11111111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 1 555555 1 1 444444444444 888888 000 22 999 1 1 1 2 2 99999999999999999 66666 8888888 00000000000 555 3 666 666 66 77 7 8 8
lowQualScore : . . ...... . . ............ ...... ... .. ... . . . . . ................. ..... ....... ........... ... . ... ... .. .. . . .
lowQualScore : 9 9 000000 7 7 777777777777 777777 999 66 888 9 9 9 0 0 55555555555555555 11111 7777777 22222222222 888 3 444 444 11 99 0 0 0
consensus : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-T--AAA---T--AAATATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAT-A-----A-CA---A-AAT-C---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATAT-TGA-GTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
Reference ( gi|41296 ) : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---CT-T--AAA---T--AAATATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAC-A-----A-CA---A-AAT-C---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATAAACATAT-TGA-GTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41298 : AAATAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-T--AGA---T--AAATATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAC-A-----A-CA---A-AAT-C---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GA--TATGTAC--TAAGCTATACACTTAT-TGA-GTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41297 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-TT-AAA---T--AAATATGGT--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAC-A-----A-CA---A-AAT-C---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAT--TAAGCTATACACATAT-TGA-GTATAAGAAACAATTACATTACAT
gi|41299 : AAACAT-G-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-TG--T---TT-TT-AAA---T--AAATATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAC-A-----T-CA---A-AAT-T---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACA-ATAT-TGA-ATATAAGAAACAGTTACATTATTTAG
gi|41302 : AAACAA-T-TGCCT--GGCGTCTTTCGTTTACA-G-TG--T---AT-T--AAAACAT--AAAT--GGC--CAAG--AT---A-CA---T-A-CA--A-----A-C--------T-C---AT-------AAAT-------A--TCATACA---CAT-A-A---A---GT--TATATAC--TTAAC---AAACACATCTAACGTATGAGTTACAATTACGTTATATA
gi|41300 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------TATTTACA-A-AGT-T---TT-T--AAA---T--AAATATGGC--CA
gi|41301 : AAACAT-T-TGCCTTTGGG------TATTTACA-G-TG--T---TT-T--TAA---T--AAATATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CA--G-----A-TATTTA-GAT------T-------AAAC-------G--ACTTTCATGGCAC-ACA---A---TT--TACATA
gi|41303 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AGT-T---TT-T--AAA---T--AAATAT
gi|41305 : AAACAT-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AA------AT-T--ACA---A--AACTATGGC--AAAG--AC-----TA-A-T-A-AAC-A-----G-TT---A-AAT-C---
gi|41306 : AAACAT-A-TGCCTTTGGC------CACTTACA-A-TA--T---TTAT--AAA---T---CATATGGC--AAAG--ACATGA-CA-ATT-A-CAT-A-----
gi|41304 : AAACAT-A-TGTCTTTGGC------CATTTACA-ATAT--T---TT-T--AAA---T---CATATGGA--AAAG--ACTG-A-CA-A-TAA-CAT-A-----T-TA---C-AAT-C---A
gi|41307 : AAACAT-A-TGCATTTGGC------CATTTGCATA-AT--T---TT-T--AAA---A--TCATATGAC--AAAG--GC---A-TG-A-C---CAT-A-----A-CA---A-AAT-TACAAT-------AAAT-------A---CATT
gi|41308 : AACATAG-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AA--TATAAT-T--ACA---TG-AGATATTGC--AAAG--AC---AGCA-A-T-A-AAT-------A-CA---G-AAT-T---AC-------AAAT-------
gi|41309 : ATAT-T-TGCCTTTGGG------CATTTACA-A-AG--T---TT-TT-AAA---T--AAATATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-A-A-CAC-A-----AACA---A-AAT-C---AT-------AAAT-------A--TCATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTACACACAAAT-TGA-ATATAAGAAACAGTCACATTATATAG
gi|41310 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATA--TT-T--AAA---C--AAATATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-TAT-A-----A--A---------C---AT-------AGAT-------AAGACATTCA---CAA-ACAAACA---GT--CAAATACTGTAAGATATCAA
gi|41311 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATA--TT-T--AAA---C--ATATATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-TATAA-----A-CAT--A-GAT---------------AAT-------A---CATTCA---CAA-ACA---A---at
gi|41312 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAAT---AT-TC-AAA---C--AAATATGGC--ATAGACAC---A-CA-A-T-A-TAT-A--------A---A-CATAC---GT-------AAG--------A--T-ATTCA---CAA-ACA---A---acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41313 : AT-TATGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-CAT-ATTATCA-CA---A-AA--C---ATATAAAACAAAT-------A--TTACACA---AATAACA---ACACGTCACATGTAC--acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41314 : T-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-CAT-----------------AT-T---AT-------AATT-------A--ACATT-A---CAT-A
gi|41315 : T-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGG---CAAA--A----A-CA-A-T-A-CCT-ATT---G-TA---ATAAT-C---AT-------A
gi|41316 : T-T-TGCCTTAAGC------CATTTACA-A-AA--T---TT-TA-AAA---TAGAAATATGGC--AAAG--ACA--A-CA-A-
gi|41317 : T-T-TGTCTTTGGC------CATTTACA-A-GG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGGC--AAAG--ATA--A-CACA-T-ATTGT-A-----A-TA---A-A---C---AT-------ATATGTTTATAA--TCAT--A---TAT-ACA---A---AT--
gi|41319 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-CAT-A-----
gi|41318 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T---TT-TACAAA---G--AAATATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-CAT-A-----
Alignments
lowQualScore : 11 22 11111111 1111111
lowQualScore : 1 1 444444 1 1 00 6 22 1 00 777777 22 44 22 999 1 1 1 1 1 22 66666666 2 2 333 8888888 1111111 6666 555 3 555 555 55 66
lowQualScore : . . ...... . . .. . .. . .. ...... .. .. .. ... . . . . . .. ........ . . ... ....... ....... .... ... . ... ... .. ..
lowQualScore : 8 8 888888 7 7 22 7 33 7 44 555555 33 88 55 333 8 8 8 9 9 66 22222222 2 2 999 1111111 3333333 9999 444 1 888 888 55 99
consensus : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
Reference ( family-752 ) : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41296 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-C--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATAAACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41297 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGT--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAT--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAATTACATTACAT
gi|41298 : AAATAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AGA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GA--TATGTAC--TAAGCTATACACTTATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41299 : AAACAT-G-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----T-CAA-AAT-T---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACA-ATATTGAATATAAGAAACAGTTACATTATTTAG
gi|41300 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------TATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--
gi|41301 : AAACAT-T-TGCCTTTGGG------TATTTACA-G-TG--T-T--T-T--TAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAGATA-----T-TTA-GAT------T-------AAAC-------G--A-CTTTCATGGCAC-ACA---A---TT--TACATAca
gi|41302 : AAACAA-T-TGCCT--GGCGTCTTTCGTTTACA-G-TG--T-A--T-T--AAAACAT--AAA--T--GGC--CAAG--A-----------T-A-C--ATA-------CAA-ACT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATACA---CAT-A-A---A---GT--TATATAC--TTAAC-AAACACATCTAACGTATGAGTTACAATTACGTTATATA
gi|41303 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TAT
gi|41304 : AAACAT-A-TGTCTTTGGC------CATTTACA-ATAT--T-T--T-T--AAA---T---CA--TATGGA--AAAG--ACTG-A-CA-A-TAA-C--ATA-----T-TAC-AAT-C---A
gi|41305 : AAACAT-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AA--A-T--T------A---C--AAAACTATGGC--AAAG--AC-----TA-A-T-A-A--ACA-----G-TTA-AAT-C---
gi|41306 : AAACAT-A-TGCCTTTGGC------CACTTACA-A-TA--T-T--TAT--AAA---T---CA--TATGGC--AAAG--ACATGA-CA-ATT-A-C--ATA-----
gi|41307 : AAACAT-A-TGCATTTGGC------CATTTGCATA-AT--T-T--T-T--AAA---A--TCA--TATGAC--AAAG--GC---A-TG-A-C---C--ATA-----A-CAA-AAT-TACAAT-------AAAT-------A----CATT
gi|41308 : AACATAG-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AA--TATAAT-T--ACA---TG-AGA--TATTGC--AAAG--AC---AGCA-A-T-A-A--AT------A-CAG-AAT-T---AC-------AAAT-------
gi|41309 : ATAT-T-TGCCTTTGGG------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-A-A-C--ACA-----AACAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTACACACAAATTGAATATAAGAAACAGTCACATTATATAG
gi|41310 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--AAA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGAT-------AAGA-CATTCA---CAA-ACAAACA---GT--CAAATACTGTAAGATAT
gi|41311 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--ATA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGATA------A--TACATTCA---CAA-ACA---A---caaat
gi|41312 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-C--AAA---C--AAA--TATGGC--ATAGACAC---A-CA-A-T-A-T--ATA--------AA-CATAC---GT-------AAG--------A--T--ATTCA---CAA-ACA---A---acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41313 : AT-TATGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--ATATTATCA-CAA-AA--C---ATATAAAACAAAT-------A--T-TACACA---AATAACA---ACACGTCACATGTAC--acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41314 : T-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--AT-------------AT-T---AT-------AATT-------A--A-CATT-A---CAT-A
gi|41315 : T-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAA-------A-CA-A-T-A-C--CTATT---G-TAATAAT-C---AT-------A
gi|41316 : T-T-TGCCTTAAGC------CATTTACA-A-AA--T-T--T-TA-AAA---TAGAAA--TATGGC--AAAG--ACA--A-CA-A-
gi|41317 : T-T-TGTCTTTGGC------CATTTACA-A-GG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--ATA--A-CACA-T-ATT--GTA-----A-TAA-A---C---AT-------ATATGTTTATAA--T-CAT--A---TAT-ACA---A---AT--
gi|41318 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----
gi|41319 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----
Alignments
lowQualScore : 11 22 11111111 1111111
lowQualScore : 1 1 444444 1 1 00 6 22 1 00 777777 22 44 22 999 1 1 1 1 1 22 66666666 2 2 333 8888888 1111111 6666 555 3 555 555 55 66
lowQualScore : . . ...... . . .. . .. . .. ...... .. .. .. ... . . . . . .. ........ . . ... ....... ....... .... ... . ... ... .. ..
lowQualScore : 8 8 888888 7 7 22 7 33 7 44 555555 33 88 55 333 8 8 8 9 9 66 22222222 2 2 999 1111111 3333333 9999 444 1 888 888 55 99
consensus : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
Reference ( family-752 ) : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41296 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-C--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATAAACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41297 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGT--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAT--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAATTACATTACAT
gi|41298 : AAATAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AGA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GA--TATGTAC--TAAGCTATACACTTATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41299 : AAACAT-G-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----T-CAA-AAT-T---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACA-ATATTGAATATAAGAAACAGTTACATTATTTAG
gi|41300 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------TATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--
gi|41301 : AAACAT-T-TGCCTTTGGG------TATTTACA-G-TG--T-T--T-T--TAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAGATA-----T-TTA-GAT------T-------AAAC-------G--A-CTTTCATGGCAC-ACA---A---TT--TACATAca
gi|41302 : AAACAA-T-TGCCT--GGCGTCTTTCGTTTACA-G-TG--T-A--T-T--AAAACAT--AAA--T--GGC--CAAG--A-----------T-A-C--ATA-------CAA-ACT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATACA---CAT-A-A---A---GT--TATATAC--TTAAC-AAACACATCTAACGTATGAGTTACAATTACGTTATATA
gi|41303 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TAT
gi|41304 : AAACAT-A-TGTCTTTGGC------CATTTACA-ATAT--T-T--T-T--AAA---T---CA--TATGGA--AAAG--ACTG-A-CA-A-TAA-C--ATA-----T-TAC-AAT-C---A
gi|41305 : AAACAT-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AA--A-T--T------A---C--AAAACTATGGC--AAAG--AC-----TA-A-T-A-A--ACA-----G-TTA-AAT-C---
gi|41306 : AAACAT-A-TGCCTTTGGC------CACTTACA-A-TA--T-T--TAT--AAA---T---CA--TATGGC--AAAG--ACATGA-CA-ATT-A-C--ATA-----
gi|41307 : AAACAT-A-TGCATTTGGC------CATTTGCATA-AT--T-T--T-T--AAA---A--TCA--TATGAC--AAAG--GC---A-TG-A-C---C--ATA-----A-CAA-AAT-TACAAT-------AAAT-------A----CATT
gi|41308 : AACATAG-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AA--TATAAT-T--ACA---TG-AGA--TATTGC--AAAG--AC---AGCA-A-T-A-A--AT------A-CAG-AAT-T---AC-------AAAT-------
gi|41309 : ATAT-T-TGCCTTTGGG------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-A-A-C--ACA-----AACAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTACACACAAATTGAATATAAGAAACAGTCACATTATATAG
gi|41310 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--AAA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGAT-------AAGA-CATTCA---CAA-ACAAACA---GT--CAAATACTGTAAGATAT
gi|41311 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--ATA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGATA------A--TACATTCA---CAA-ACA---A---caaat
gi|41312 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-C--AAA---C--AAA--TATGGC--ATAGACAC---A-CA-A-T-A-T--ATA--------AA-CATAC---GT-------AAG--------A--T--ATTCA---CAA-ACA---A---acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41313 : AT-TATGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--ATATTATCA-CAA-AA--C---ATATAAAACAAAT-------A--T-TACACA---AATAACA---ACACGTCACATGTAC--acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41314 : T-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--AT-------------AT-T---AT-------AATT-------A--A-CATT-A---CAT-A
gi|41315 : T-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAA-------A-CA-A-T-A-C--CTATT---G-TAATAAT-C---AT-------A
gi|41316 : T-T-TGCCTTAAGC------CATTTACA-A-AA--T-T--T-TA-AAA---TAGAAA--TATGGC--AAAG--ACA--A-CA-A-
gi|41317 : T-T-TGTCTTTGGC------CATTTACA-A-GG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--ATA--A-CACA-T-ATT--GTA-----A-TAA-A---C---AT-------ATATGTTTATAA--T-CAT--A---TAT-ACA---A---AT--
gi|41318 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----
gi|41319 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----
blockSeqs : A A GTCTTT T T AA A AA A AC ACAT AC AT AC ATG G C T A T AG TTATCAC T A ACA ATAAAAC GTTTATA AGA TGG A AAC CAC CA TG
blockSeqs : . . . . . AA A . . AC TAG . AT . TG . . . . . . TTGT . . . . A TA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA A . . AC TG . . . A . . . . . . AAC . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T A . . AC T . . . A . . . . . . AC . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . AC T . . . . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AC T . . . . . . . . . . TC . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . TT . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . TT . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . GT . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . AC . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . AC . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . AT . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . G .
blockSeqCons :
originalCons : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
finalCons : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
Alignments
lowQualScore : 11 22 11111111 1111111
lowQualScore : 1 1 444444 1 1 00 6 22 1 00 777777 22 44 22 999 1 1 1 1 1 22 66666666 2 2 333 8888888 1111111 6666 555 3 555 555 55 66
lowQualScore : . . ...... . . .. . .. . .. ...... .. .. .. ... . . . . . .. ........ . . ... ....... ....... .... ... . ... ... .. ..
lowQualScore : 8 8 888888 7 7 22 7 33 7 44 555555 33 88 55 333 8 8 8 9 9 66 22222222 2 2 999 1111111 3333333 9999 444 1 888 888 55 99
consensus : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
Reference ( family-752 ) : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ATA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41296 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-C--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATAAACATATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41297 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGT--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAT--TAAGCTATACACATATTGAGTATAAGAAACAATTACATTACAT
gi|41298 : AAATAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-T--AGA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----A-CAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GA--TATGTAC--TAAGCTATACACTTATTGAGTATAAGAAACAGTTACATTATATAG
gi|41299 : AAACAT-G-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-C--ACA-----T-CAA-AAT-T---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTATACA-ATATTGAATATAAGAAACAGTTACATTATTTAG
gi|41300 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------TATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TATGGC--
gi|41301 : AAACAT-T-TGCCTTTGGG------TATTTACA-G-TG--T-T--T-T--TAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-T-A-CAGATA-----T-TTA-GAT------T-------AAAC-------G--A-CTTTCATGGCAC-ACA---A---TT--TACATAca
gi|41302 : AAACAA-T-TGCCT--GGCGTCTTTCGTTTACA-G-TG--T-A--T-T--AAAACAT--AAA--T--GGC--CAAG--A-----------T-A-C--ATA-------CAA-ACT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATACA---CAT-A-A---A---GT--TATATAC--TTAAC-AAACACATCTAACGTATGAGTTACAATTACGTTATATA
gi|41303 : AAACAT-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AGT-T-T--T-T--AAA---T--AAA--TAT
gi|41304 : AAACAT-A-TGTCTTTGGC------CATTTACA-ATAT--T-T--T-T--AAA---T---CA--TATGGA--AAAG--ACTG-A-CA-A-TAA-C--ATA-----T-TAC-AAT-C---A
gi|41305 : AAACAT-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AA--A-T--T------A---C--AAAACTATGGC--AAAG--AC-----TA-A-T-A-A--ACA-----G-TTA-AAT-C---
gi|41306 : AAACAT-A-TGCCTTTGGC------CACTTACA-A-TA--T-T--TAT--AAA---T---CA--TATGGC--AAAG--ACATGA-CA-ATT-A-C--ATA-----
gi|41307 : AAACAT-A-TGCATTTGGC------CATTTGCATA-AT--T-T--T-T--AAA---A--TCA--TATGAC--AAAG--GC---A-TG-A-C---C--ATA-----A-CAA-AAT-TACAAT-------AAAT-------A----CATT
gi|41308 : AACATAG-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AA--TATAAT-T--ACA---TG-AGA--TATTGC--AAAG--AC---AGCA-A-T-A-A--AT------A-CAG-AAT-T---AC-------AAAT-------
gi|41309 : ATAT-T-TGCCTTTGGG------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TT-AAA---T--AAA--TATGGC--CAAG--AC---A-CA-A-A-A-C--ACA-----AACAA-AAT-C---AT-------AAAT-------A--T-CATTCA---CAT-ACA---A---GT--TATGTAC--TAAGCTACACACAAATTGAATATAAGAAACAGTCACATTATATAG
gi|41310 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--AAA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGAT-------AAGA-CATTCA---CAA-ACAAACA---GT--CAAATACTGTAAGATAT
gi|41311 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-T--AAA---C--ATA--TATGGCATAAAC--AC---A-CA-A-T-A-T--ATA-----A--A------C---AT-------AGATA------A--TACATTCA---CAA-ACA---A---caaat
gi|41312 : ACAA-T-TGCCTATGGC------CATTTACA-A-AGAATAT--T-C--AAA---C--AAA--TATGGC--ATAGACAC---A-CA-A-T-A-T--ATA--------AA-CATAC---GT-------AAG--------A--T--ATTCA---CAA-ACA---A---acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41313 : AT-TATGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--ATATTATCA-CAA-AA--C---ATATAAAACAAAT-------A--T-TACACA---AATAACA---ACACGTCACATGTAC--acagtcaaatattgtaagatatcaaat
gi|41314 : T-T-TGCTTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG-------A-CA-A-T-A-C--AT-------------AT-T---AT-------AATT-------A--A-CATT-A---CAT-A
gi|41315 : T-T-TGCCTTTGGC------CATTTACA-A-AG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAA-------A-CA-A-T-A-C--CTATT---G-TAATAAT-C---AT-------A
gi|41316 : T-T-TGCCTTAAGC------CATTTACA-A-AA--T-T--T-TA-AAA---TAGAAA--TATGGC--AAAG--ACA--A-CA-A-
gi|41317 : T-T-TGTCTTTGGC------CATTTACA-A-GG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--ATA--A-CACA-T-ATT--GTA-----A-TAA-A---C---AT-------ATATGTTTATAA--T-CAT--A---TAT-ACA---A---AT--
gi|41318 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----
gi|41319 : GCCTTTGCC------CATTTACA-A-TG--T-T--T-TACAAA---G--AAA--TATGGC--AAAG--AC---A-C----T-A-C--ATA-----