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lowQualScore                  :               0 0   0                     44           0     4444444 9  5              5555         7                     
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lowQualScore                  :               0 0   0                     44           0     4444444    6              5555         7                     
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gi|81891                      :                                    TTCGTTTGACATTTGACCAGTTTTGT-------TTAGTTTTCAACCAATCAG----ATT-AGACAGTTCGTAGTGATATATAATAA
gi|81892                      :                                                         TTTGT-------TTAGTTTTCAACCAATCAA----ATTGGAGAA-TTCATAATCATATATAATAAT


blockSeqs                     :               A C   A                     GA           A     GTTTAGT    G              ACTA         G
blockSeqs                     :               C .   .                     .            A     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            A     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            G     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            A     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            A     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            A     .          A              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            C     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          G              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :               . .   .                     .            T     .          G              .            .
blockSeqs                     :                 .   .                     .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :                 .   .                     .            T     .          A              .            .
blockSeqs                     :                 .   .                     .            A     .          A              .            .
blockSeqs                     :                 .   .                     .            A     .          T              .            .
blockSeqs                     :                                           .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :                                           .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :                                           .            T     .          T              .            .
blockSeqs                     :                                                              .          .              .            .


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         TTTTAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGNTTAGT-------TCGGNTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
finalCons                     :         TTTTAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGNTTAGT-------TCGGNTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT





Alignments
lowQualScore                  :               5 2   2                     22           1     5555555    2              3333         1                     
lowQualScore                  :               . .   .                     ..           .     .......    .              ....         .                     
lowQualScore                  :               0 0   0                     44           0     4444444    6              5555         7                     
consensus                     :         TTTTAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGNTTAGT-------TCGGNTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
Reference ( family-751 )      :         TTTTAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGNTTAGT-------TCGGNTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81869                      :         TTTGAA-G-GAA-TAAGTGGTAAATAGTTAATTT--TATTTGACCCGATTAGT-------TCTGGTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81870                      :        tTTTGAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTTACCTGATTATT-------TCGGGTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81871                      :            tAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGATTAGT-------TCGGGTTTGAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTTATGATGATATATAATA
gi|81872                      :    tttcgTTTGAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCCGATTAGT-------TTGGGTTTAAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATAAT-TATAA
gi|81873                      :        tTTTTAT-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACATGGTTAGT-------TCAGGTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATA
gi|81874                      :        tTCTTAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTAATTT--TATTTGATCTGATAAGT-------TCGGGTTTCAACCAATGAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81875                      :                t-GAA-TAAGTGATCAATAGTTCATTT--TATTTGACCCGATAAGT-------TCGGGTTTCAACCAATCAG----ATTGGAGCA-TTCATGATGATATATAAAAAT
gi|81876                      :         tttcgaca-GAA-TAAGTAGTCAATAGTTAATTT--TGTTTGACCTGATTAGT-------TTGGATTTCAACCAATCAG----ATTAAAGCA-TTTATGGTGATATATA
gi|81877                      : tttcgacaTTTGAA-G-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGCTTATT-------AAAGGTTTCAATTAATCAGACTAATCGAAGCA-TTCGTGATGGTATATAATAAT
gi|81878                      :            tAA-G-GAA-TAAATGGTCAATAGTTCATTC--TAATTGACCTATTTGGT-------GCGG-TTTCAACCAGTCAG----ATTGAGGCA-TTCATGATGATATATAATAGT
gi|81879                      :    tttcgTTTTAAAG-GAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCAGTTTTGG-------TTAGTTTTCAACCAATCAG----ATTGGAGAA-TGCATAACAATATATAATAAT
gi|81880                      :         TTTTGA-G-AAA-TGAGTGGTCAGTGGTTTATTT--TATTTGACCTGTTTAGC-------TTCGTTTTCAATCAATCAG----ATTGAAGCA-ATCATAATGATATATAATAA
gi|81881                      :         TTTTAA-ACGAA-TAAGTGGTCAATAGTTCATTT--TATTTGATCTGTTTTAA-------TCGATTTCTAACCAATCAG----ATTTAAGCA-TTCATTATGAGATATGATAAT
gi|81882                      :         TTTTGA-A-AAA-TGAGTGGTCAGTGGTTTATTT--CATTTGACCTGTTTAAC-------TCGGTTTTCAATCAATCAG----ATTGAAGCA-ATCAAAATGATATATAATAA
gi|81883                      :         TTTTAACA-AAA-TAAATGGTCAATAATACATTT--TATTTGACCTGTTTAAC-------T-GGGTTTCAACCAATCCG----ATTGAAGCA-TTCCTAATGATATACAACAA
gi|81884                      :         TTTTAA-A-GAAATAAATGGTCAATAGTTAATAT--TATTTTTCCTGTTTAGT-------TAGGTTTTCAGCCAATCAG----TTTAAAAAA-TTCATAATGATATATAATAAT
gi|81885                      :         TTTTAA-G-GAA-TAAGTCGTCAATAGTTCATTT--TATTTGACCTGTTTAGT-------TCAGGTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81886                      :              A-G-AAA-AAGGTGGTCAATAGTTCATTT---ATTTGTCCTGTTTAGTGTTTAGTTCGGTTTTCAACCAATCAG----ATTGAAGCA-TTCATATTGATGTATAATAA
gi|81887                      :                 -GAA-TAAGTCGTCAATAGTTCATTT--TAGATGACCTAATTAGT-------TCGGATTTCAACCAATCAG----ATTG-AGCA-TTTATGATGATATATAATAAT
gi|81888                      :                 -GAA-TAAGTGGTCAATAGTTTATTT--TAGTTGACCTGATTAGT-------TCGGATTTCAACCAATTAG----ATTGAAGCA-TTCATGATGATATATAATAAT
gi|81889                      :                               AATAATTCATTT--TATTTTACCAGTTTTGG-------TTAGTTTTTAACCAATCAG----ATTGGAGAA-TGCATAATGATATGTAATAAT
gi|81890                      :                                 TACTTCATAT--TATTTGACCAGTTTTGT-------TTATTTTTCAACCAATCAA----ATTGGAGAA-TTCATAATGATATATATTAAT
gi|81891                      :                                    TTCGTTTGACATTTGACCAGTTTTGT-------TTAGTTTTCAACCAATCAG----ATT-AGACAGTTCGTAGTGATATATAATAA
gi|81892                      :                                                         TTTGT-------TTAGTTTTCAACCAATCAA----ATTGGAGAA-TTCATAATCATATATAATAAT