lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555 11111111 11 222222 1111111 1 1111111111 22222222222222222222
lowQualScore : 88888 444 444 6666666666666666666666666666666666666666 22 66 0 555555 66666666 11 5555 1 0 0 222222 22 0 8 3 1 6 5555555 3 5 3 4444444444 333 333 3 77777777777777777777 6 1 1 4 33 5 1 66666666 22 2 8 22 77 9999 1 5555
lowQualScore : ..... ... ... ........................................ .. .. . ...... ........ .. .... . . . ...... .. . . . . . ....... . . . .......... ... ... . .................... . . . . .. . . ........ .. . . .. .. .... . ....
lowQualScore : 77777 111 444 0000000000000000000000000000000000000000 99 88 2 888888 33333333 22 0000 9 3 4 999999 88 4 0 8 9 8 1111111 9 3 4 4444444444 333 333 9 88888888888888888888 9 9 9 3 00 4 9 99999999 66 4 0 66 99 8888 4 7777
consensus : TAAATCN----GAAA-TNAAATGG---GA-G-CAGACT-NT-CAACATA--TT-C----AGT----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG---TN--CCNNT---CAA-ATCTACAATTGA-T-CG-AAAATT--AAGAAANTTTCAATACAAATA-CNT-----N-ATGCGAATNAT---------NCCA---A---CAAACAAAT--C-----AT-TN-ATG---AAATNCA-A-ANTA-GTNA-AT--------TCAAA-TCTGTGTGANTT--TTGTA--ATG--GNTATATA----GAAACAACT
Reference ( gi|54290 ) : TAAATCT----GAAA-TAAAATGG---GA-GTCAGACT-TT-CAACATA--TT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA---TT--CCAAT---CAA-ATCTACAATTGA-T-CA-AAAATT--AAGAAACTTCCAATACAAATA-CTT-----G-ATGCGCATAAT---------CCCA---A---CAAATAAGT--C-----AT-TG-ATG---AAATTTA-A-AATA-GTAA-AT--------TCAAA-CTTGTGTGAATT--TTGTA--ATG--GTTATATA----GAAACAACT
gi|54292 : TAAATCT----GAAA-TAAAATGG---GA-GTCAGACT-TT-CAACATA--TT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA---TT--CCAAT---CAA-ATCTACAATTGA-T-CA-AAAATT--AAGAAACTTCCAATACAAATA-CTT-----G-ATGCGCATAAT---------CCCA---A---CAAATAAGT--C-----AT-TG-ATG---AAATTTA-A-AATA-GTAA-AT--------TCAAA-CTTGTGTGAATT--TTGTA--ATG--GTTATATA----GAAACAACT
gi|54291 : TAAATCT----GAAA-TAAAATGG---GA-GTCAGACT-TT-CAACATA--TT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA---TT--CCAAT---CAA-ATCTACAATTGA-T-CA-AAAATT--AAGAAACTTCCAATACAAATA-CTT-----G-ATGCGCATAAT---------CCCA---A---CAAATAAGT--C-----AT-TG-ATG---AAATTTA-A-AATA-GTAA-AT--------TCAAA-CTTGTGTGAATT--TTGTA--ATG--GTTATATA----GAAACAACT
gi|54293 : AAATCTAACCGAAA-TTAAATTG---GA-GTCAGACT-TT-CAACATA--TT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTA---TT--CCAAT---AAA-ATTCACATGTCA-T-CA-AACAT
gi|54294 : AAGTCA----GAAA-AGAAGTGG---GA-AACAGAAC-AT-GAACATA--TT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG---TA--CCTAT---ACA-ATCTACAATTGA-A-TG-TAGATT--AAGGAATTTTCAGTATAAATA-TTT-----A-CTCAGAATTAT---------TTCA---A---CAAACGAAT--C------T-CT-ATAT--AAATTCA-A-ATTG-CCTA-AT--------CCTAA-TTTATGCGACTT--TTGTA--AT
gi|54295 : AAGTCA----GAAA-AGAAGTGG---GA-AACAGAAC-AT-GAAAATA--TT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATAGTA-------CCTAT---ACA-ATCTACAATTGA-A-TG-TAGATT--AAGGAATTTTCAGTATAAATA-TCT-----A-CTCAGAATTAT---------TCCA---A---CAAACAAAT--CCCTATAT-T---------AATTCA-A-ATTG-ACTA-AT--------TCTAA-TTTATGCGACTT--TTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCA----GAAA-AGAAGTGG---GA-AACAGAAC-AT-GGAAATA--TT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG---TA--CCTAT---ACA-ATCTACAATTGA-A-TG-TAGATT--AAGGAATTTTCAGTATAAATA-TCT-----A-CTCAGAATTAT---------TCCA---A---CAAACAAAT--C-----CC-TATAT----AAATTCA-A-ATTG-ACTA-AT--------TCTAA-TTCATGCGACTT--TTGTA--AT
gi|54297 : AAATTA----GAAA-AAAAATAG---GA------ACT-GT-CAAT-TACCTC-C----AGT----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTGCCTTT--TCATT---CAA------CCATTGA-T-AC-AAAACT--ACGTGAATTCCAATATAAGTA-CAT-----T-ATGCGTATTATGCAAGTGTACCTATAAA---CAAATA--T--C------T-TT-AC----AAATGCA-A-ACTT-GCAC-AA--------TCAAA-TCTGTGTGATTT--TTGCA--ATA--GTTATATA----GAAACAA
gi|54298 : AAACCT----CAGA-AAAAATGG---GA----AG-CT--------ATA--TT-CTCCGAAA----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATA---TA--GCAAT---AAA-TTGCACAATTGA-T-AC-ACAGTT--AAGGTATTTTCAGTATAAATA-TTT-----A-ATG---AAAAT---------TCTA---CCTTCAAACCGTT--T-----CT-TA-TTA---AAATGTA-A-AATA-GTAA-AT--------TCTAG-TTTATGTGATTT--TTGTA--A------TATGCACGAGGAAACAATT
gi|54299 : AAACCT----CATC-TAAAATGG---GA----AGA--------A-ATA--TT-T----AATAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTG---TCTACCTTT---CAA-AAGTACCATAGA---CACAAAACT--AAGATCATTTCAATACAAATA-CAT-----T-ATGAGAATTTT---------ACCT---A---CTAACAAGT--T-----TT-TA-TCT---AAATGTA-A-AATA-GTTA-AT--------TCAAG-TCTATGTGAATT--TTGTG--AGA--GATATCCA----GAAAC
gi|54300 : AAACCC----CATA-TTAAATGG---GA-ATCAGAAA-GTACGA-ACA--TT-T----A-C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCG---TA--CCTTT---TAA-ATCCTTAATTGA-TACA-AAAAT---AAGAGCTTTTCAATACAAATA-TAT-----T-ATGCG---AAT---------TGTA---C---CAAACAACA--C-----AT-TC-CTGTATAAATGCA-A-CATATGT-A-AT--------ACAAG-TTTATGTGATTT--TTGTGCCATG--A--ATGTT----GAAACAA
gi|54301 : AAACCT----CATC-TAAAATGG---GAAG--AAATA-TT-CAACA------------ACC----TT-GACTT--GAA--AACC------ATTCACTG---TCTGCCTTT---TAA-AAGTACCATAGA---CACAAAACT--AAGATCATTTCAGTACAAATA-CAT-----T-ATGAG---AAT---------TTTA---C---CTACTAATT---------T-TT-ATAT--AAATGTA-A-AATA-GTTA-AT--------TCAAG-TTTATGTGAATT--TTGTG--AGA--GATATCCA----GAAAC
gi|54302 : AACCA----GAAACTCAAATGG---GA-G--ACACT-TT-TTCC-TA--TA-A----CGT----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTA---TA--CCTTT---CAG-ATCCACAATCGACT-CC-AAAA-T--AAGAAATTTTCAGTACAAATATCTTATGAGA-ATACATGTAGT---------ACCA---A---CAAACAAAT--C-----TC-TT-ATG---AAATGTT-A-TTTA-GTCA-AT--------TCAAA-CCTTTGCAATTT--TTGCAATATG--G--ATATA----GAAACAA
gi|54303 : T----GTAA-TAAAACGG---GA-A--AGAATATT-TAACA------------AGC----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTG---TCTACCTTT---CAA-AAGTACCATAGA---CACAAAACT--AAGACCATTTCAATACAAATA-TAT-----T-ATGAGAATTGT---------ACCT---A---CTAACATGT--C-----ATCTA-AAG---AAA-------AATA-GTAA-AT--------TCAAG-TCTATGTGAATT--TCTTG--AGA--GATATCCG----GAAAC
gi|54304 : AAA-TGAAATGGCAGGA-ATTAATTC-CT-CAA---A--CT-G----AAT----TA-AACTG--GATAACAAT------ATAT-------TT--AAAAG---CGATATAAACAATTGA-T-GC-AAAATT--AAGGAATTTTCAATACAAATT-TTT-----ACAT-CAAATAGT---------TCCA---A---CAAATAAAC--T-----AC-AG-ATG---AAACAAA-A-ATTA-ACAA-AT--------TCATA-TCTTTGTGATTT--TTGTAGTATGTAATAATATA----GAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGG---GA-GCAAGA-------AATAAA--TAAC----A------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTA---TA--CCTAT---CAA-ATCTTTAATAAA-T-AC-AAAATT--AAGGGCGTTTCAATATAAATA-CTT-----G-CTGAGAATAAT---------CCCA---A---ACAACAAAT--T-----TC-TG-TTT---AAATGTA-ATATTA-ATAACA----------CAAG-CTTGTGTGATTT--TTGCA--A
gi|54307 : AAATGG---GA-AACA-ATA-TT-TAACA------------ACC----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTG---T---CTACTTTTCAA-AAGTACCATAGA---CACAAAACT--AAGATCATTTCAATACAAATA-CAT-----T-ATGAGAATTTT---------ACCT---A---CTAACAGGT--T-----TT-TG-TCT---AAATGTA-A-AATA-GTTA-AT--------TCAAG-TCTATGTGAATT--TTGTG--AGA--GATATCCA----GAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTG---CT--CCCTT---TAA-ATATACAATAGA-TGCA-AAAA-T--AAGAAATTTTCAATACAAATA-CAC-----C-ATGCGAATAAT---------ACCA---A---CAAATAAAG--C-----AT-TA-ATG---AAATACA-A-ACTT-GTCG-CT--------TCGAA-TCTCTGTGATTT--ATGCA--ATG--CGAATGTT----GAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTG---CT--CCTTT---TAA-ATCTACAATAGA-TGTA-AAAAT---AAGAAATTTTCAATACAAATA-CAC-----C-ATGCGAATAAT---------ACCA---A---CAAATAAAT--C-----AT-TA-ACG---AAATACA-A-ATTT-GTCG-CT--------TCGAATCTCG-GTGATTT--TTGCA--ATG--CGAATGTT----GAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACT----CT--CCGTT---TAA-AACTTAAATTGATT-CA-AAAATTTAAAAAAAAT--GAATAAAATTA-CAT-----C-ATGTG-ATAAT---------ACCA---T---CAAATGAAT--C-----AT-TA-ATG---AA--CTA-C-AA-A-CTAA-CT--------TCGAA-CATTTGT--ATTTCTTGCA--ATG--
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG---TA--CCTAT---ACA-ATCTACAATTGA-A-TG-TAGATT--AAGGAATTTTCAGTATAAATA-TCT-----A-CTCAGAATTAT---------TCCA---A---CAAATAAAT--C-----CC-TATAT----AAATTCA-A-ATTG-ACTA-AT--------TCTAA-TTTATGCGACTT--TTGTA--AT
gi|54312 : T---TAA-CTCAACCATTGA-T-AC-TAAACT--GCGCGAATTCTAATTCAAGTA-TAT-----T-ATGCGGATTGT---------ACCT---A---CAAACAAATATC------T-TT-AC----AAATGCA-A-ACTT-GTAA-AG--------TCAAA-TCTGTGTGATTT--TTGCA--ATA--GTTATATA----AAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAGTA-TAT-----T-ATGCGGATTGT---------ACCT---A---CAAACAAAT--------AT-C-----------TTTACA-AAT--GCAA-ACGTGTCCAGTCAAA-CCTGTGTGATTT--TTGCA--ATA--GTTATATA----GAAACAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|54306 ): AAAATGGGAGTTTTTATTTGGTAAAACCGATCTTAATTGGACGAAAATATATACTGCTCCTTTTAAGTCTACACTAGATGCAAAAATAAGAATTTTTCAATACAAATACACCATGTTAATAATACCAACATATTAAACATTAATGAAATACAAACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCAATGCAAATGTTGAAACA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111 11111
lowQualScore : 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888 22 4 555555 22 999 22 3 0 88888 1 1 22 3 6666666 1 66666666 3333 1 66 55555 1 1 1 0 3 3 22 22 777777 1
lowQualScore : . ... ............................................... .. . ...... .. ... .. . . ..... . . .. . ....... . ........ .... . .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 0 222222 55 111 00 6 7 00000 0 0 77 3 0000000 0 33333333 1111 7 22 66666 6 7 0 4 3 5 77 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATCTACAATTGA-T-NNAAAATTAAGAAANTTTCAATACAAATACNT-NATGNGAATN------ATACCA--------ACAAACAAAT--CAT-T-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCNNTCAAATCTACAATTGA-T-CGAAAATTAAGAAANTTTCAATACAAATACNT-NATGCGAATN------ATNCCA--------ACAAACAAAT--CAT-T-NAT-G---AAATNCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTGTGTGA-NTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATCTACAATTGA-T-CAAAAATTAAGAAACTTCCAATACAAATACTT-GATGCGCATA------ATCCCA--------ACAAATAAGT--CAT-T-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATCTACAATTGA-T-CAAAAATTAAGAAACTTCCAATACAAATACTT-GATGCGCATA------ATCCCA--------ACAAATAAGT--CAT-T-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATCTACAATTGA-T-CAAAAATTAAGAAACTTCCAATACAAATACTT-GATGCGCATA------ATCCCA--------ACAAATAAGT--CAT-T-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTA--TT--CCAATAAAATTCACATGTCA-T-CAAACAT
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAC-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATCTACAATTGA-A-TGTAGATTAAGGAATTTTCAGTATAAATATTT-ACTCAGAATT------ATTTCA--------ACAAACGAAT--C-T-C-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATA--G--TA--CCTATACAATCTACAATTGA-A-TGTAGATTAAGGAATTTTCAGTATAAATATCT-ACTCAGAATT------ATTCCA--------ACAAACAAAT--CCC-TATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-GAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATCTACAATTGA-A-TGTAGATTAAGGAATTTTCAGTATAAATATCT-ACTCAGAATT------ATTCCA--------ACAAACAAAT--CCC-TATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGA---------ACTG-T-C-AATTACCTC-C----AG----T----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTG------CCTTTTCATTCAACCATTGA-T-ACAAAACTACGTGAATTCCAATATAAGTACAT-TATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-T-T-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGA---A-G----CT----------ATATT-CTCCGAA----A----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATA--TA--GCAATAAATTGCACAATTGA-T-ACACAGTTAAGGTATTTTCAGTATAAATATTT-AATGAAAATT------CTACCT--------TCAAACCGTT--TCT-T-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-T----AA----TAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAGTACCATAGA-C-ACAAAACTAAGATCATTTCAATACAAATACAT-TATGAGAATT------TTACCT--------ACTAACAAGT--T-T-T-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCA-G---AAAG-TAC-GA--ACATT-T----A-----C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCG--TA--CCTTTTAAATCCTTAATTGA-TACAAAAAT-AAGAGCTTTTCAATACAAATATAT-TATGCGAATT------GTACCA--------AACAACA-----CAT-T-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-C----AACAACC----TT-GACTT--GA--AAACC------ATTCACTGTCTG--CCTTTTAAAAGTACCATAGA-C-ACAAAACTAAGATCATTTCAGTACAAATACAT-TATGAGAATT------TTACCT--------AC---TAATT----T-T-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAG--A-C---ACTT-T-T-TCC--TATA-A----CG----T----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTA--TA--CCTTTCAGATCCACAATCGACT-CCAAAAT-AAGAAATTTTCAGTACAAATATCT-TATGAGAATACATGTAGTACCA--------ACAAACAAAT--CTC-T-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAA--A-G---AATA-T-TTAAC-A----------AG----C----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAGTACCATAGA-C-ACAAAACTAAGACCATTTCAATACAAATATAT-TATGAGAATT------GTACCT--------ACTAACATGT--CATCT-AAA-G---A-----AA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGGCAG-GA-ATTAATTCCT-C-AA----ACT-G----AA----T----TA-AACTG--GATAACAAT------ATA---TT--TA--AAAGCGATATAAACAATTGA-T-GCAAAATTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACAT-CAAATA------GTTCCA--------ACAAATAAAC--TAC-A-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAG-CAAG---A--------AAT-AAATAAC----A----------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTA--TA--CCTATCAAATCTTTAATAAA-T-ACAAAATTAAGGGCGTTTCAATATAAATACTT-GCTGAGAATA------ATCCCA--------AACAACAAAT--TTC-T-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : ----TT-AATTG--GACGAAAAT------ATATACTG--CT--CCTTTTAAGTCTACACTAGA-TGCAAAAAT-AAGAATTTTTCAATACAAATACAC-CATGTTAATA------ATACCA--------ACATATTAAA--CAT-T-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACA-----ATAT-T-T-AAC-A----------AC----C----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACTTTTCAAAAGTACCATAGA-C-ACAAAACTAAGATCATTTCAATACAAATACAT-TATGAGAATT------TTACCT--------ACTAACAGGT--TTT-T-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--CT--CCCTTTAAATATACAATAGA-TGCAAAAA-TAAGAAATTTTCAATACAAATACAC-CATGCGAATA------ATACCA--------ACAAATAAAG--CAT-T-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTG--CT--CCTTTTAAATCTACAATAGA-T-GTAAAAATAAGAAATTTTCAATACAAATACAC-CATGCGAATA------ATACCA--------ACAAATAAAT--CAT-T-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACTC--TC--CGTTTAAAACTTA-AATTGATT-CAAAAATTTAAAAAAAATGAATAAAATTACAT-CATGTG-ATA------ATACCA--------TCAAATGAAT--CAT-T-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG--TA--CCTATACAATCTACAATTGA-A-TGTAGATTAAGGAATTTTCAGTATAAATATCT-ACTCAGAATT------ATTCCA--------ACAAATAAAT--CCC-TATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTCAACCATTGA-T-ACTAAACTGCGCGAATTCTAATTCAAGTATAT-TATGCGGATT------GTACCT--------ACAAACAAATATC-T-T-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAGTATAT-TATGCGGATT------GTACCT--------ACAAACAAATATC-T-T-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888 22 4 555555 22 999 1 1 3333 22 1 2222 22 1 3333 1 1 1 6666666 777777777 3333 66 66666 1 1 1 0 3 1 33 22 777777 1
lowQualScore : . ... ............................................... .. . ...... .. ... . . .... .. . .... .. . .... . . . ....... ......... .... .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 0 222222 55 888 0 0 7777 44 1 3333 55 0 7777 0 0 6 0000000 111111111 1111 22 77777 1 7 0 4 3 0 33 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTGA-TNCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTGA-TNNAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACNTNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTGA-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTGA-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTGA-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTA--TT--CCAATAAAATT----CA--CA
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAC-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGA-ATGTAGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATTTACTCAGAATT------AT--------TTCAACAAACGAAT--C-TC-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--ATtgtcatcaaacat
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATA--G--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGA-ATGTAGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-GAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGA-ATGTAGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGA---------ACTG-T-C-AATTACCTC-C----AG----T----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTG------CCTTTTCATTC----AA--CCATTGA-TACAAAA--CTACGTGAATTCCAATATAAG----TACATTATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGA---A-G----CT----------ATATT-CTCCGAA----A----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATA--TA--GCAATAAATTG----CA--CAATTGA-TACACAG--TTAAGGTATTTTCAGTATAAA----TATTTAATGAAAATT------CT--------ACCTTCAAACCGTT--TCTT-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-T----AA----TAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAGA-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAAGT--T-TT-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCA-G---AAAG-TAC-GA--ACATT-T----A-----C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCG--TA--CCTTTTAAATC----CT--TAATTGA-TACAAAA--ATAAGAGCTTTTCAATACAAA----TATATTATGCGAATT------GT--------ACCAAACAACA-----CATT-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-C----AACAACC----TT-GACTT--GA--AAACC------ATTCACTGTCTG--CCTTTTAAAAG----TA--CCATAGA-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAGTACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTAC---TAATT----TT-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAG--A-C---ACTT-T-T-TCC--TATA-A----CG----T----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTA--TA--CCTTTCAGATC----CA--CAATCGACTCCAAAA--T-AAGAAATTTTCAGTACAAA----TATCTTATGAGAATACATGTAGT--------ACCAACAAACAAAT--CTCT-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAA--A-G---AATA-T-TTAAC-A----------AG----C----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAGA-CACAAAA--CTAAGACCATTTCAATACAAA----TATATTATGAGAATT------GT--------ACCTACTAACATGT--CATC-TA------AA--GAAA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGGCAG-GA-ATTAATTCCT-C-AA----ACT-G----AA----T----TA-AACTG--GATAACAAT------ATA-------------TTTAAAAGCGATATAAACAATTGA-TGCAAAA--TTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACATCA----AATA------GT--------TCCAACAAATAAAC--TACA-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAG-CAAG---A--------AAT-AAATAAC----A----------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTA--TA--CCTATCAAATC----TT--TAATAAA-TACAAAA--TTAAGGGCGTTTCAATATAAA----TACTTGCTGAGAATA------AT--------CCCAAACAACAAAT--TTCT-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : ----TT-AATTG--GACGAAAAT------ATATACTG--CT--CCTTTTAAGTC----TA--CACTAGA-TGCAAAA--ATAAGAATTTTTCAATACAAA----TACACCATGTTAATA------AT--------ACCAACATATTAAA--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACA-----ATAT-T-T-AAC-A----------AC----C----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACTTTTCAAAAG----TA--CCATAGA-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAGGT--TTTT-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--CT--CCCTTTAAATA----TA--CAATAGA-TGCAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAG--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTG--CT--CCTTTTAAATC----TA--CAATAGA-TGTAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAT--CATT-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACTC--TC--CGTTTAAAACT----TA---AATTGA-TTCAAAAATTTAAAAAAA-ATGAATAAAAT----TACATCATGTG-ATA------AT--------ACCATCAAATGAAT--CATT-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGA-ATGTAGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAATAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTC----AA--CCATTGA-TACTAAA--CTGCGCGAATTCTAATTCAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555 111 1111 11111
lowQualScore : 1 444 1111111111111111111111111111111111111111111 22 5 555555 222 1 1 3333 22 1 5 3 1 22 1 3333 2 1 1 6666666 777777777 3333 66 66666 1 1 1 0 3 1 33 22 777777 1
lowQualScore : . ... ........................................... .. . ...... ... . . .... .. . . . . .. . .... . . . ....... ......... .... .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 5555555555555555555555555555555555555555555 66 1 222222 333 0 0 7777 44 1 5 6 0 55 0 7777 0 0 6 0000000 111111111 1111 22 77777 1 7 0 4 3 0 33 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTGTN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTGTN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TNCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTATT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTATT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTATT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AGT----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTATT--CCAATAAAATT----CA--CA
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAC-ATATT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAGTA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATTTACTCAGAATT------AT--------TTCAACAAACGAAT--C-TC-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--ATtgtcatcaaacat
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAA-ATATT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATA--GTA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-GAA-ATATT----------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAGTA--CCTATACAATC----TA--CAATTG-AATGTAGA---TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGA---------ACTG-T-C-AATTACCTC-C----AGT----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTG----CCTTTTCATTC----AA--CCATTG-A-TACAAAA--CTACGTGAATTCCAATATAAG----TACATTATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGA---A-G----CT----------ATATT-CTCCGAAA----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATATA--GCAATAAATTG----CA--CAATTG-A-TACACAG--TTAAGGTATTTTCAGTATAAA----TATTTAATGAAAATT------CT--------ACCTTCAAACCGTT--TCTT-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-T----AATAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTGTCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAAGT--T-TT-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCA-G---AAAG-TAC-GA--ACATT-T----A-C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCGTA--CCTTTTAAATC----CT--TAATTG-A-TACAAAA--ATAAGAGCTTTTCAATACAAA----TATATTATGCGAATT------GT--------ACCAAACAACA-----CATT-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGAA-GA-A---ATAT-T-C-AAC-A----------ACC----TT-GACTT--GAA--AACC------ATTCACTGTCTGCCTTTTAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAGTACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTAC---TAATT----TT-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAG--A-C---ACTT-T-T-TCC--TATA-A----CGT----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTATA--CCTTTCAGATC----CA--CAATCG-ACTCCAAAA--T-AAGAAATTTTCAGTACAAA----TATCTTATGAGAATACATGTAGT--------ACCAACAAACAAAT--CTCT-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAA--A-G---AATA-T-TTAAC-A----------AGC----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTGTCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGACCATTTCAATACAAA----TATATTATGAGAATT------GT--------ACCTACTAACATGT--CATC-TA------AA--GAAA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGGCAG-GA-ATTAATTCCT-C-AA----ACT-G----AAT----TA-AACTG--GATAACAAT------ATA-----------TTTAAAAGCGATATAAACAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACATCA----AATA------GT--------TCCAACAAATAAAC--TACA-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAG-CAAG---A--------AAT-AAATAAC----A------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTATA--CCTATCAAATC----TT--TAATAA-A-TACAAAA--TTAAGGGCGTTTCAATATAAA----TACTTGCTGAGAATA------AT--------CCCAAACAACAAAT--TTCT-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : ----TT-AATTG--GACGAAAAT------ATATACTGCT--CCTTTTAAGTC----TA--CACTAG-A-TGCAAAA--ATAAGAATTTTTCAATACAAA----TACACCATGTTAATA------AT--------ACCAACATATTAAA--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACA-----ATAT-T-T-AAC-A----------ACC----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTGTCTACTTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAGGT--TTTT-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTGCT--CCCTTTAAATA----TA--CAATAG-A-TGCAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAG--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTGCT--CCTTTTAAATC----TA--CAATAG-A-TGTAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAT--CATT-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACTCTC--CGTTTAAAACT----TA---AATTG-A-TTCAAAAATTTAAAAAAA-ATGAATAAAAT----TACATCATGTG-ATA------AT--------ACCATCAAATGAAT--CATT-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAGTA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAATAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTC----AA--CCATTG-A-TACTAAA--CTGCGCGAATTCTAATTCAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888 22 4 555555 22 999 1 1 3333 22 1 5 3 2 22 1 3333 2 1 1 6666666 777777777 3333 66 66666 1 1 1 0 3 1 33 22 777777 1
lowQualScore : . ... ............................................... .. . ...... .. ... . . .... .. . . . . .. . .... . . . ....... ......... .... .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 0 222222 55 888 0 0 7777 44 1 5 6 2 55 0 7777 0 0 6 0000000 111111111 1111 22 77777 1 7 0 4 3 0 33 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTA--TT--CCAATAAAATT----CA--CA
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAC-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATTTACTCAGAATT------AT--------TTCAACAAACGAAT--C-TC-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--ATtgtcatcaaacat
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATA--G--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-GAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTG-AATGTAGA---TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGA---------ACTG-T-C-AATTACCTC-C----AG----T----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTG------CCTTTTCATTC----AA--CCATTG-A-TACAAAA--CTACGTGAATTCCAATATAAG----TACATTATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGA---A-G----CT----------ATATT-CTCCGAA----A----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATA--TA--GCAATAAATTG----CA--CAATTG-A-TACACAG--TTAAGGTATTTTCAGTATAAA----TATTTAATGAAAATT------CT--------ACCTTCAAACCGTT--TCTT-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-T----AA----TAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAAGT--T-TT-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCA-G---AAAG-TAC-GA--ACATT-T----A-----C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCG--TA--CCTTTTAAATC----CT--TAATTG-A-TACAAAA--ATAAGAGCTTTTCAATACAAA----TATATTATGCGAATT------GT--------ACCAAACAACA-----CATT-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-C----AACAACC----TT-GACTT--GA--AAACC------ATTCACTGTCTG--CCTTTTAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAGTACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTAC---TAATT----TT-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAG--A-C---ACTT-T-T-TCC--TATA-A----CG----T----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTA--TA--CCTTTCAGATC----CA--CAATCG-ACTCCAAAA--T-AAGAAATTTTCAGTACAAA----TATCTTATGAGAATACATGTAGT--------ACCAACAAACAAAT--CTCT-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAA--A-G---AATA-T-TTAAC-A----------AG----C----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGACCATTTCAATACAAA----TATATTATGAGAATT------GT--------ACCTACTAACATGT--CATC-TA------AA--GAAA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGGCAG-GA-ATTAATTCCT-C-AA----ACT-G----AA----T----TA-AACTG--GATAACAAT------ATA-------------TTTAAAAGCGATATAAACAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACATCA----AATA------GT--------TCCAACAAATAAAC--TACA-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAG-CAAG---A--------AAT-AAATAAC----A----------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTA--TA--CCTATCAAATC----TT--TAATAA-A-TACAAAA--TTAAGGGCGTTTCAATATAAA----TACTTGCTGAGAATA------AT--------CCCAAACAACAAAT--TTCT-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : ----TT-AATTG--GACGAAAAT------ATATACTG--CT--CCTTTTAAGTC----TA--CACTAG-A-TGCAAAA--ATAAGAATTTTTCAATACAAA----TACACCATGTTAATA------AT--------ACCAACATATTAAA--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACA-----ATAT-T-T-AAC-A----------AC----C----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACTTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAGGT--TTTT-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--CT--CCCTTTAAATA----TA--CAATAG-A-TGCAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAG--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTG--CT--CCTTTTAAATC----TA--CAATAG-A-TGTAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAT--CATT-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACTC--TC--CGTTTAAAACT----TA---AATTG-A-TTCAAAAATTTAAAAAAA-ATGAATAAAAT----TACATCATGTG-ATA------AT--------ACCATCAAATGAAT--CATT-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAATAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTC----AA--CCATTG-A-TACTAAA--CTGCGCGAATTCTAATTCAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888 22 4 555555 22 999 1 1 3333 22 1 5 3 2 22 1 3333 2 1 1 6666666 777777777 3333 66 66666 1 1 1 0 3 1 33 22 777777 1
lowQualScore : . ... ............................................... .. . ...... .. ... . . .... .. . . . . .. . .... . . . ....... ......... .... .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 0 222222 55 888 0 0 7777 44 1 5 6 2 55 0 7777 0 0 6 0000000 111111111 1111 22 77777 1 7 0 4 3 0 33 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCA-G---ACTT-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TG-GACTG--GAAGCAGAT------ATGCACTA--TT--CCAATAAAATT----CA--CA
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAC-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATTTACTCAGAATT------AT--------TTCAACAAACGAAT--C-TC-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--ATtgtcatcaaacat
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-AAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATA--G--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACA-G---AACA-T-G-GAA-ATATT--------------------GATTG--GAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTG-AATGTAGA---TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGA---------ACTG-T-C-AATTACCTC-C----AG----T----TA-GATTG--GAA----ATCCTTTTATACGTTG------CCTTTTCATTC----AA--CCATTG-A-TACAAAA--CTACGTGAATTCCAATATAAG----TACATTATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGA---A-G----CT----------ATATT-CTCCGAA----A----TA-AATTG--GAAGAAAAC------GTATAATA--TA--GCAATAAATTG----CA--CAATTG-A-TACACAG--TTAAGGTATTTTCAGTATAAA----TATTTAATGAAAATT------CT--------ACCTTCAAACCGTT--TCTT-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-T----AA----TAACCTT-GACTG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAAGT--T-TT-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCA-G---AAAG-TAC-GA--ACATT-T----A-----C----TG-GACTGTTG-------T------ACACACCG--TA--CCTTTTAAATC----CT--TAATTG-A-TACAAAA--ATAAGAGCTTTTCAATACAAA----TATATTATGCGAATT------GT--------ACCAAACAACA-----CATT-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGA---A-G---A---------A--ATATT-C----AACAACC----TT-GACTT--GA--AAACC------ATTCACTGTCTG--CCTTTTAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAGTACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTAC---TAATT----TT-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAG--A-C---ACTT-T-T-TCC--TATA-A----CG----T----TATGAGTG--GAACAAA-T------ATACACTA--TA--CCTTTCAGATC----CA--CAATCG-ACTCCAAAA--T-AAGAAATTTTCAGTACAAA----TATCTTATGAGAATACATGTAGT--------ACCAACAAACAAAT--CTCT-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAA--A-G---AATA-T-TTAAC-A----------AG----C----TT-AACCG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGACCATTTCAATACAAA----TATATTATGAGAATT------GT--------ACCTACTAACATGT--CATC-TA------AA--GAAA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGGCAG-GA-ATTAATTCCT-C-AA----ACT-G----AA----T----TA-AACTG--GATAACAAT------ATA-------------TTTAAAAGCGATATAAACAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACATCA----AATA------GT--------TCCAACAAATAAAC--TACA-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAG-CAAG---A--------AAT-AAATAAC----A----------TA-AACTG--GAAAACTGT------ACATACTA--TA--CCTATCAAATC----TT--TAATAA-A-TACAAAA--TTAAGGGCGTTTCAATATAAA----TACTTGCTGAGAATA------AT--------CCCAAACAACAAAT--TTCT-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : ----TT-AATTG--GACGAAAAT------ATATACTG--CT--CCTTTTAAGTC----TA--CACTAG-A-TGCAAAA--ATAAGAATTTTTCAATACAAA----TACACCATGTTAATA------AT--------ACCAACATATTAAA--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACA-----ATAT-T-T-AAC-A----------AC----C----TT-GACAG--GAA--AACC------ATTCACTG--TCTACTTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAGGT--TTTT-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : ATTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--CT--CCCTTTAAATA----TA--CAATAG-A-TGCAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAG--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : ATTG--GAAGAATAT------ATACACTG--CT--CCTTTTAAATC----TA--CAATAG-A-TGTAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAT--CATT-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TG--GAAGAAAAT------CTACACTC--TC--CGTTTAAAACT----TA---AATTG-A-TTCAAAAATTTAAAAAAA-ATGAATAAAAT----TACATCATGTG-ATA------AT--------ACCATCAAATGAAT--CATT-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAATAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTC----AA--CCATTG-A-TACTAAA--CTGCGCGAATTCTAATTCAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
blockSeqs : T CTC GTCAGACTTTCAACATATTCAGTTG TT G CCTTTT TC CTA A C GATA AA T A A C AT C TTTT T G C ACATGTA GCAAGTGTA ATC AT GTAT T T A A G TT CC GTAATA A
blockSeqs : T TA GTCAGACTTTCAACATATTCAGTTG . G . . CTA A C . . T A C C . C . T G C A C ATC AT AT T . A A G A . TT A
blockSeqs : C TA GTCAGACTTTCAACATATTCAGTTG . G . . CTA A A . . T A . G . T . T A A A C ATC AT CT T . T T A A . TT A
blockSeqs : A TT GGAATTAATTCCTCAAACTGAATTA . G . . T A A . . T . . G . T . C A A T T CA G AT T . T T A C . TT G
blockSeqs : A AG ATCAGAAAGTACGAACATTTACTG . G . . T A A . . T . . G . T . C A A T T CA G G T . T T A C . GC C
blockSeqs : A AG GACACTTTTTCCTATAACGTTAT . G . . T A A . . T . . A . A . A T C T T CC T G G . C A G C . AT G
blockSeqs : A AG ACTGTCAATTACCTCCAGTTA . G . . A T T . . T . . A . T . T A A T A CC T T G . A A A T . AT C
blockSeqs : A AA AACAGAACATGAACATATT . C . . A A A . . A . . A . A . A T A T A TC A A G . A T A T . GG A
blockSeqs : C TA AACAGAACATGAAAATATT . A . . A T C . . T . . A . T . A T C T A CA T G G . A T A A . AT C
blockSeqs : A TT AACAGAACATGGAAATATT . A . . A T T . . A . . A . A . A T A T A CT C G G . A T A T . AA A
blockSeqs : TA AGCTATATTCTCCGAAATA . G . . A T T . . C . . C . T . C T A T A CA T T G . T C T A . AT G
blockSeqs : TA AGAAATATTTAATAACCTT . G . . G T C . . A . . A . A . A T A T A TA T G G . A A A T . GA C
blockSeqs : TG AGAAATATTCAACAACCTT . G . . A T C . . T . . G . T . A C A A T TT T T A . T A T A . GA G
blockSeqs : TT AAGAATATTTAACAAGCTT . G . . A T A . . A . . A . G . T G T A C CA G G G . T T G T . TT G
blockSeqs : . GCAAGAAATAAATAACATA . G . . T A C . . A . . G . T . A C A A A TT G G A . C T C T . TT A
blockSeqs : AACAATATTTAACAACCTT . . . . T T T . . A . . A . A . A T C T A CA A G G . A C A A . . A
blockSeqs : . . . . T T C . . A . . G . T . A C C A A CA G . A . C C C T .
blockSeqs : . . . . C T T . . A . . G . T . A C T A A CA A . A . T T C T .
blockSeqs : . . . . A T T . . T . . T . A . A C A A A CC A . A . C A T T .
blockSeqs : . . . . . T A . . T . . G . T . C A C T T C A . T . T C A C .
blockSeqs : . . . . A A . . T . . A . A . A T C T A T T . G . C . G T .
blockSeqs : T . . . A T . T A . T . G . C . G T .
blockSeqCons : AACAGNATTTAACAACATT****************************
originalCons : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAG-CA-G---ACTN-T-C-AAC-ATATT-C----AG----T----TN-GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
finalCons : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAAACAGNATTTAACAACATT----------------------------GACTG--GAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 333333 1111 11111
lowQualScore : 1 444 5 1 2 333333333333333333 2 000000 2 4 555555 22 999 1 1 3333 22 1 5 3 2 22 1 3333 2 1 1 6666666 777777777 3333 66 66666 1 1 1 0 3 1 33 22 777777 1
lowQualScore : . ... . . . .................. . ...... . . ...... .. ... . . .... .. . . . . .. . .... . . . ....... ......... .... .. ..... . . . . . . .. .. ...... .
lowQualScore : 0 999 5 0 4 333333333333333333 2 888888 0 0 222222 55 888 0 0 7777 44 1 5 6 2 55 0 7777 0 0 6 0000000 111111111 1111 22 77777 1 7 0 4 3 0 33 44 666666 1
consensus : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAANCAGNAT-TT-A--AC------AAC---A-TT------GA-CTGGAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
Reference ( family-750 ) : TAAATCNGAAA-TNAAATGGGAAACAGNAT-TT-A--AC------AAC---A-TT------GA-CTGGAAGAAAAT------ATACACTG--TN--CCTNTNAAATC----TA--CAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGAAANTTTCAATACAAA----TACATNATGNGAATN------AT--------ACCAACAAACAAAT--CATT-NAT-G---AAATGCAA-ANTAGTNAATTCAAATCTNTGTGA-TTTTTGTA--ATGGNT----ATATAGAAACAACT
gi|54290 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCAGACT-TTCA--AC------A-T---A-TTCAGTTGGA-CTGGAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54291 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCAGACT-TTCA--AC------A-T---A-TTCAGTTGGA-CTGGAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54292 : TAAATCTGAAA-TAAAATGGGAGTCAGACT-TTCA--AC------A-T---A-TTCAGTTGGA-CTGGAAGAAAAT------ATACACTA--TT--CCAATCAAATC----TA--CAATTG-A-TCAAAAA--TTAAGAAACTTCCAATACAAA----TACTTGATGCGCATA------AT--------CCCAACAAATAAGT--CATT-GAT-G---AAATTTAA-AATAGTAAATTCAAACTTGTGTGA-ATTTTGTA--ATGGTT----ATATAGAAACAACT
gi|54293 : CCGAAA-TTAAATTGGAGTCAGACT-TTCA--AC------A-T---A-TTCAGTTGGA-CTGGAAGCAGAT------ATGCACTA--TT--CCAATAAAATT----CA--CA
gi|54294 : aaatctaaAAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACAGAACATG-A--AC------A-T---A-TT------GA-TTGGAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATTTACTCAGAATT------AT--------TTCAACAAACGAAT--C-TC-TAT-AT--AAATTCAA-ATTGCCTAATCCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--ATtgtcatcaaacat
gi|54295 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACAGAAC-AT-G--AA------AAT---A-TT------GA-TTGGAGGAAAAT------ATATA--G--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-T----AATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54296 : AAGTCAGAAA-AGAAGTGGGAAACAGAAC-AT-G--GA------AAT---A-TT------GA-TTGGAGGAAAAT------ATATATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTG-AATGTAGA---TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAACAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTCATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54297 : AAATTAGAAA-AAAAATAGGAACTGTCAA-TT-A--CC------TCC---AGTTA-----GA-TTGGAA----ATCCTTTTATACGTTG------CCTTTTCATTC----AA--CCATTG-A-TACAAAA--CTACGTGAATTCCAATATAAG----TACATTATGCGTATT------ATGCAAGTGTACCTATAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGCACAATCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA
gi|54298 : TCAGAAA---AAATGGGAAGCTATAT-TC-T--CC------GAA---A-TA------AA-TTGGAAGAAAAC------GTATAATA--TA--GCAATAAATTG----CA--CAATTG-A-TACACAG--TTAAGGTATTTTCAGTATAAA----TATTTAATGAAAATT------CT--------ACCTTCAAACCGTT--TCTT-ATT-A---AAATGTAA-AATAGTAAATTCTAGTTTATGTGA-TTTTTGTA--ATATGC----ACGAGGAAACAATT
gi|54299 : aaacc-TAAAATGGGAAGAAATAT-TT-A--AT------AAC---C-TT------GA-CTGGAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAAGT--T-TT-TATCT---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54300 : aaacctcatcAAACCCCATA-TTAAATGGGAATCAGAAA-GT-A--CG------AAC---A-TT------TA-CTGGACTGTTGT------ACACACCG--TA--CCTTTTAAATC----CT--TAATTG-A-TACAAAA--ATAAGAGCTTTTCAATACAAA----TATATTATGCGAATT------GT--------ACCAAACAACA-----CATT-CCT-GTATAAATGCAA-CATATGTAATACAAGTTTATGTGA-TTTTTGTGCCATGA------ATGTTGAAACAA
gi|54301 : -TAAAATGGGAAGAAATAT-TC-A--AC------AAC---C-TT------GA-CTTGAA--AACC------ATTCACTG--TCTGCCTTTTAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAGTACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTAC---TAATT----TT-TAT-AT--AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTTTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAAC
gi|54302 : aaacctcatcAACCAGAAACTCAAATGGGAGACACTTT-TT-CCTAT------AAC---G-TTAT----GA-GTGGAACAAA-T------ATACACTA--TA--CCTTTCAGATC----CA--CAATCG-ACTCCAAAA--T-AAGAAATTTTCAGTACAAA----TATCTTATGAGAATACATGTAGT--------ACCAACAAACAAAT--CTCT-TAT-G---AAATGTTA-TTTAGTCAATTCAAACCTTTGCAA-TTTTTGCA--ATATGG----ATATAGAAACAA
gi|54303 : AA-TAAAACGGGAAAGAATAT-TT-A--AC------AAG---C-TT------AA-CCGGAA--AACC------ATTCACTG--TCTACCTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGACCATTTCAATACAAA----TATATTATGAGAATT------GT--------ACCTACTAACATGT--CATC-TA------AA--GAAA-AATAGTAAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTCTTG--AGAGAT----ATCCGGAAAC
gi|54304 : tgtAAA-TGAAATGG----CAGGAA-TT-A--ATTCCTCAAACTGAA-TT------AAACTGGATAACAAT------ATA-------------TTTAAAAGCGATATAAACAATTG-A-TGCAAAA--TTAAGGAATTTTCAATACAAATTTTTACATCA----AATA------GT--------TCCAACAAATAAAC--TACA-GAT-G---AAACAAAA-ATTAACAAATTCATATCTTTGTGA-TTTTTGTA--GTATGTAATAATATAGAAAC
gi|54305 : A-TTAAATGGGAGCAAGAAA-TA-A--AT------AAC---A-TA------AA-CTGGAAAACTGT------ACATACTA--TA--CCTATCAAATC----TT--TAATAA-A-TACAAAA--TTAAGGGCGTTTCAATATAAA----TACTTGCTGAGAATA------AT--------CCCAAACAACAAAT--TTCT-GTT-T---AAATGTAATATTAAT-AACACAAGCTTGTGTGA-TTTTTGCA--A
gi|54306 : -TT------AA-TTGGACGAAAAT------ATATACTG--CT--CCTTTTAAGTC----TA--CACTAG-A-TGCAAAA--ATAAGAATTTTTCAATACAAA----TACACCATGTTAATA------AT--------ACCAACATATTAAA--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTTGCTTCGAATCTCTGTGATTTTTTGCA--ATGCAA----ATGTTGAAACA
gi|54307 : aaaatgggagtttttatttggtaaaaccgatcAAATGGGAAACAATAT-TT-A--AC------AAC---C-TT------GA-CAGGA--AAACC------ATTCACTGTCTA--CTTTTCAAAAG----TA--CCATAG-A-CACAAAA--CTAAGATCATTTCAATACAAA----TACATTATGAGAATT------TT--------ACCTACTAACAGGT--TTTT-GTC-T---AAATGTAA-AATAGTTAATTCAAGTCTATGTGA-ATTTTGTG--AGAGAT----ATCCAGAAA
gi|54308 : A-TTGGAAGAAAAT------ATACACTG--CT--CCCTTTAAATA----TA--CAATAG-A-TGCAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAG--CATT-AAT-G---AAATACAA-ACTTGTCGCTTCGAATCTCTGTGA-TTTATGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54309 : A-TTGGAAGAATAT------ATACACTG--CT--CCTTTTAAATC----TA--CAATAG-A-TGTAAAA--ATAAGAAATTTTCAATACAAA----TACACCATGCGAATA------AT--------ACCAACAAATAAAT--CATT-AAC-G---AAATACAA-ATTTGTCGCTTCGAATCTCGGTGA-TTTTTGCA--ATGCGA----ATGTTGAAACA
gi|54310 : TGGAAGAAAAT------CTACACTC--TC--CGTTTAAAACT----TA---AATTG-A-TTCAAAAATTTAAAAAAA-ATGAATAAAAT----TACATCATGTG-ATA------AT--------ACCATCAAATGAAT--CATT-AAT-G---AACTACAA-ACTA---ACTTCGAACATTTGTAT-TTCTTGCA--ATG
gi|54311 : GGAAAT------ATACATAG--TA--CCTATACAATC----TA--CAATTGAA-TGT-AGA--TTAAGGAATTTTCAGTATAAA----TATCTACTCAGAATT------AT--------TCCAACAAATAAAT--CCCTATAT-----AAATTCAA-ATTGACTAATTCTAATTTATGCGA-CTTTTGTA--AT
gi|54312 : TTAACTC----AA--CCATTG-A-TACTAAA--CTGCGCGAATTCTAATTCAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACTTGTAAAGTCAAATCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAAAAACAA
gi|54313 : TTACAATACAAG----TATATTATGCGGATT------GT--------ACCTACAAACAAATATC-TT-TAC-----AAATGCAA-ACGTGTCCAGTCAAACCTGTGTGA-TTTTTGCA--ATAGTT----ATATAGAAACAA