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lowQualScore                  :      3           7     11  6666666666666666666666666    1 55  77777 2 8  44 2  2  4 2 11 0000  3 99  666     7        33  33333   3333  000  33333      9    77  1     9   9  66    3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   2222 555  999999  888 88 0  444444444444444444 555 1  0  00 99  88 9     9        0 7 7 9  444444   2222  0  9999999  888888        222222   5   5 5 88888888    0000000 0 44           
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Reference ( gi|41595 )        : TATGAAAATGTTAAATCTTGTGT-AAAAAT-TCCGTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG-----G-AATT-CT-TC-GA-T-G--TTA--CGCT-TGGT--TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TC--GCCT---CTTTTAT-TTAT-ACTTTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-T--A-C-A-GT---AT------TGACTTTCAA-G----GT---T----TGTCTG----A--GAA---T--GATC-T--A-AATCAACT---G-----T--C---TATA-TACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATT------CAC---TACTGA-----CTCA-A-AA-AGTTTACAGAC-T-CAGCTTA-A-T-GA-A---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
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gi|41597                      : TATGACAATGTTAAATCCTGTGT-AAAAAA-TCCGTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG-----G-AATT-CC-TC-GA-T-G--TTA--CGCT-TGAT--TTAAAGCAAGTGGAG-CC-----ACTC---TC--GCCT---CTTTTAT-TTAT-ACTTTTTGT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-C--A-C-A-GT---AT------TGACTTTCAA-G----GT---T----TGTCTG----A--GAA---T--TATC-T--A-AATCAACT---G-----T--C---TATA-TACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATA------CAC---TACTGA-----CCCA-A-AA-AATTTACAGAC-T-CAGTTTA-A-T-GA-A---ATAT---C---A-AACTATTCGC
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Reference ( family-746 )      : TATGACAATGTTAAATCNTGTGT--AAAA-T--TN-C-GTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG------GANTTCT-TCGA-T-GTNA--CGC--T-TGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCC---CTT-TTGTTTATT-CTNTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-CA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--A----T---T-TGACT-GANAAT--GACC-T-AAATCA------ATTGT--CTATATATNTGATT-CTNTTTGCCGATGATATNGCGTTGTT---CAC---NAC------NGACCC---ANANAGTTTACAGGCTCAGNTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41595                      : TATGAAAATGTTAAATCTTGTGT--AAAAAT--TC-C-GTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG------GAATTCT-TCGA-T-GTTA--CGC--T-TGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATTTATA-CTTTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGAAT--GATC-T-AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATT---CAC---TAC------TGACTC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41596                      : TATGAAAATGTTAAATCTTGTGT--AAAAAT--TC-C-GTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG------GAATTAT-TCGA-T-GTTA--TGC--T-TAGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCC---CTT-T-ATTTATA-CTTTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TATCT-GAGAAT--GATC-T-AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATT---CAC---TAT------TGAATC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41597                      : TATGACAATGTTAAATCCTGTGT--AAAA-AA-TC-C-GTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG------GAATTCC-TCGA-T-GTTA--CGC--T-TGAT-TTAAAGCAAGTGGAG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATTTATA-CTTTTTGT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-CA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGAAT--TATC-T-AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATA---CAC---TAC------TGACCC---AAAAAATTTACAGACTCAGTTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGC
gi|41598                      : TATGACAATGTTAAATATTGTGT--AAAA-C--TT-CTGTC-----T-AACA-GTAATTTAT--CG------AAATTCT-TCGA-T-GTTA--CGA--T-TGGT-TTAAAGCAAGGG-AG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATTTATA-CTTTTCAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGTAT--GATC-T-AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGGCGTAGTGCTATT---CAA---TAC------TGACCC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAC---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41599                      : TATAACAATTTTAAATCATGTGTT-AAAC-T--TT-C-ATC-----A-AATA-TGGATTTGT--CA------GAGTTCT-TCAA-C-GTCA--CTG--T-GGGC-TTGAAGCAAGGAGAG-CC-----ACTG---TCGCCC---ATT-TTGTTCATT-TTGTTTAT-TAA-TT--ATAT---TGT---C-G-T--T-A-AT---AT------C-AATTTTGAG-------G--C----A---C-TAACA-GATAAT--GACC-T-AAATAC------TTTGA--CAAGATATCTTATC-CTTTTCGCTGATGATATTGTGTTATT---TAC---AAC------GCACCC---AGACAGCCTACAGGCTCAGATTA-A-C--A---GTATTTAC---A-AA-TACTCGCATAA
gi|41600                      : TACGGCAACGTTAAATCATGTGT--TAAG-T--TA----------------A-ATGATTTGT--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTCCG---CTT-CTGTTTATT-CTTTTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------T-GATCTTAAT-------G--A----A---T-TAACT-GACAAA--GATG-T-AGAACA------GTTAT--CTTTATATATGTTA-CTTTTTGCTGATGACATAGCATTGTT---TAC---AAC------AAATCC---ACTAAGTTTACAAAAACAAATTG-A-T-AATTTATTT---C---A-A--TATTC
gi|41601                      : TACGGAAACGTTAAATCATGTCT--TAAG-T--TA----------------A-ATGATTTGT--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTTCG---CTT-CTGTTTATT-CTTTTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------T-GATCTTAAT-------G--A----A---T-TAACT-GACAAA--AATG-T-AGAACA------GTTAT--CTTTATTTATGTTA-CTTTTTGCTGATGACATAGCATTGTT---TAC---AAC------AAAACC---ACTAAGTTTACAAAAACAAATTG-A-T-AATTTATTT---C---A-A--TATTC
gi|41602                      : TACGGCAACGTTTAATCATGTGT--TAAG-T--TA----------------A-ATGATTTGT--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTCCG---CTT-ATGTTTATT-CTATTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------C-GA---TC---------------------T-TAACC-GATAAA--GTTG-T-AGAACA------GTTAT--CTTTATATATGTTA-CTTTTTGCTGATGATATAGCATTGTT---AAC---AAC------AAATCC---ACTTAGTTTACA----CAATTTA-T-TTCA---ATAT---T---C-AACTA
gi|41603                      : TATGAAAAGGTGAAGTCATGTGTTAAAAG-T--TG-----------T-AACA----ATTTTT--CT------GACTTTT-TTGAAT-ATT---CGA--T-AGGT-TTACGTCAAGGGGAG-GT-----AATC---TCGCCT---AT-----TTTAGT-ATCTCTAT-TCA-TGGAAGAC---T-----TAG-AA-C-T-GT---AT------T-
gi|41604                      : TATCATAGTGTTAAATCTTATGT--AAGA-T-----C-ATT-----T-AATA-GTTATT-----CG------GAGTTTT-TCGA---G-AA--TGCAGT-CGGG-TTACGACAAGGGGAA-GT-----AATT---TCGCCC---ATA-TTATT
gi|41605                      : TATAATACTGTTAAATCGTGTGT--GAAA-C--TT-T-GTT----------G-GT--CTTATT-CA------GAATTTT-TTGA-T-ATAT--CAG--T-CGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-AT-----AATG---TCGCCA---GTT-ATGTTCGCT-CTTTTTAT-CGA-----AGAT---T-----TAG------A-GC----T------T-TATTTACAA-------A--A----T---A-GAACT-AAATGT--GGCCTT-AACTTAGATGATATTTC--CCTTATAT-TACTG-CTTTTTGCTGATGACATGATTTTGTTTGGTAC---CACTCCTGAAGACCTTCAAGAAAGCTTAAA----TAGATTATA-TG-A---ATAT---TGTGA-AAC
gi|41606                      : TATAACGAGGTCAAATTTTGTGT--TA------TA-C-ACC-----TGAACA-GT---TTAT--CA------GATGTAT-TCGAGT-GTAA--CA---T-TGGA-TTATTGCAAGGGGAGATC-----AGT----TATCCG---ATT-TTATTTACT-CTTTTTCT-GAA-TG--ATAT---T-----
gi|41607                      :  ATAACAGTGTTAAGTCTTGTGT--A-------TA-T-GTT-----T-A-TG-GTAAAAAATA-CA------GATTATT-TTGA-TAGTTATTCG------GGT-GTGAAACAGGGTGAA-AC-----ACTT---TC-CCC---TTTGTTGTTTTTA-TTCTTTAT-TAA-TG--ACATGTAT-----GAT-TA-C-A-TTAAAAA------T-GACACATAA-------G--ATGTGT---T-TGCTT-TAG-AT--GAAT-T-AAAGCT------ATT-T--TTA-----CTG----TTATTTGCAGATAATACGGTACTATT---CTCATATAC------TAA------AGAAGGCCTACAACGTCAGTTAA-A-TAAA---TTA----C---ATGATTATT
gi|41608                      :       AATGTTAAATCATGTGT--AAAACT--TT-C-TTA-----T-ACCG---AATTT-C--CA------GACTTTT-ATGA-T-GTCA--CAT--T-GGGA-TTGAAGCAAGGATAA-CCTCTAAACTTCTATCTCCT---TTT-TTATTTATTATTATTTAA-TAAATG--GTAT---T-------GTCA-C-AAGC---AT--------AAATTTCAA-------T--A----C---AATGACT-GAAAAT--GACT-T-AAAT--------ATGATAACTAAATATTTAATT-CT-TTTGCAGATGATATTGTGTTATT---CAC---AAC------GGACCA---TTATAGTCTCCAGGCTCAAATAG-A-T--A---ATAT---
gi|41609                      :         TGTAAAGTCATGTGT--CAAA-C--TA----TC-----T-T-CA-GAAATGCATGTCT------GAGTTTTATCAA-C-GTCT--CGC--TGTGAT-TGAAA-CAAAGGGGA-CC-----ACTC---TCACCCTTACTT-TTGTT-ATC---ATTCAT-TAA-AG--TTAT---A-----CA--CA-C-A-AC---AA------TAGAGTTT-AA-------T--A----CA--C-TGACT-GAAAAT--GACT-T-AAATAT------ATTGC--CAATGTATTTAATT-CTGTTTGCTGATGGTATCGTGTTCTT---CAC---AAC------TGATCG---CAATAGCTTACAGGCTCAAATTG-A-T--A---ATAT---
gi|41610                      :                 CTTGCAT--AAAA-T--TATC-TTC-----T-AA-------TTTAT--CT------TATGTTT-TCGA-T-GTCA--CGC--T-TGGA-TTGAAGCAGGGGGAG-CC-----ACTT---TCTCCT---CTT-CTGTTCATT-CTGTTTGT-TAA-TC--ATGT-----------G-AA-C-A------AT------T---CTTTTAATATAAATA--A----T---A-TGACT-G--AATCGGATA-T-TAATCA------CTTGT--GTTTATATTT-ATTATTATTTGCAGATGATATTGTTTTGTT---TAC---TAC------TGATCC---CAACAGTCTACA
gi|41611                      :                      GT--AAAA-GCATG-C-GTCAGGTAT-AACATGGAATAT-T--CG------GATTTTA-TCGA-C--TCA--CAC--A-TGGGAGTAAAGCAAGGGGAT-CC-----AATC---TCAAGC---CTG-CTCTTCATG-CTTTTCCT-TAA-TG--ATAT---TAAAGACAA-CATC-A-AT---AG------T-AACTTACAA-------G--ATATTT---T-TAACT--ATAAC--GAAC-TGAAGT---------TTTT--CT-------TAATT-ATATATGCCGATGAattgcaactaaataa
gi|41612                      :                                                         ATATGT--CT------GAGTTTA-TCAA-C-GTCT--CCC--T-TAGA-CTGAAACGAGGGAAA-CC-----ACTC---T-ACCC---TTA-CTATTCATT-TTATTCAA-TAA-TG--ATAA---A-----CA--CA-C-A-AC---AA------T-AGATTTTAA-------T--A----CA--C-TGACT-GAAAAT--GACT-T-AAAGAT------ATTAT--CAATGTGTTTAATT-ATGTTTGCTGATGGTATCGTGCTCTA---TAC---AAC------TAATCC---CAATAGCTTACACGCTCAAATTG-A-TAAc
gi|41613                      :                                                                                                         -TTGAAACAAGGG-AG-CC-----ACTG---TCGCCC---ATT-TTGTTCAGT-TTGTTTAT-TAA-TG--ATATTG-T-----C-G-C--T-A-AT---AT------C-AATTTTGAG-------G--C----A---C-TAAGT-GATAAT--GACC-T-AAATAT------GTTGA--CAAGATATCTTATC-CTTTTCGTTGATGATATTGTGTTTTT---TAC---AAC------GTACCC---AGACAGCCTACAGGCTCAGAATA-ACTG------TATTTAC---A-AA-TACTCGCATAA
gi|41614                      :                                                            tcggtaactcgtctgataatttccgtgatgaA--CAC--T-TGGC-GTAAAACAAGGGGAT-CCG----AGTT---TT-TCT---CTT-TTATTCATG-CTGTTCGTATAA--G--ATAT---G-----GTG-GA-C-A-AT---ATCAACGCT-GATCTTAAC-------G--G----TATAT-TTACTCTAGAA---GACC-T-AAAAC-----------------TAAATTTCATT-TTATTTGCGGATGA
gi|41616                      :                                                                                                                 AAGAAGAA-CC-----TTTA---TTTCCT---ATT-TTATTTATT-CTTTTTAT-TAA-TT--ATAT---T-------GTTA-CAA-GC---AT------A-GA-TTCCAA-------T--A----CA--A-TGACT-GAAAAT--TACT-T-AAA--A------ATAGTAACTAAATATTTAGTT-CTTTTTGCAGATGATATTGTGTTATT---CAC---AAC------GGACCC---TGATTGTCTCCAGGCTCAc
gi|41617                      :                                                                                                                                                                   TTGT-TAA-TG--ATGT-----------G-AA-C-A------AT------T---CTTTTAATATAGATA--A----T---C-TGACT-G--AATCGGATA-T-TAATCA------CTTGT--GTATATACTT-ATTATTATTTGCAGATGATATTGTTTTGTT---TAC---TAC------TGATCC---CAAGAATCTACA
gi|41618                      :                                                                                                                                                                                                atacc-A-AT---AT------T-GATTTT--A-------GTAA----T---T-TAACT-GATAAA--GACA-T-TGATCA------ATTAT--CTATTTGTATGTTA-CTATTTGCCGATGATATAGCTCTGTT---TAC---GAC------TGATCC---ACATAGTTTACAATTACAGCTTG-A-T--A---ATAT---attgcaactaaataa


blockSeqs                     :                  T     TA    GCATGCGTCAGGTATAACATGGA        A GT  TTCTCA  A    A    A A  TATT  CAG GT  GA               A  TCTAA   TCTA  G  CTTAC  G        TA  T     A   A  GA    TAAAGACAAC     T T TTAAA   CAACGC AG C   C  TATAAATAATA               C  G   CG   CT G   TTAGATGATA  G AA  A     A GA TA  A     C        A     A  TGG   ATAT  TCCTGAA  A  TCAAG A        GA     C   T C AATTT     TTA GTG T  C
blockSeqs                     :                  C     T     ATTCCGTCTAACAGTA               A T   TTCTCA  A    .    G .  TA    C   T   T                .  G       C     G  CC     .        A   T     .   .  .     GTATGATT       . T AGC     .      G  C   C  TATAGATAATC               .  G   CG   C  .   TCAA        G AA  A     A GA TA  A     C        A     A  .     T     T        C  AA    A        GA     T   . . AATTT     TTA .   .  C
blockSeqs                     :                  T     .     AATCCGTCTAACAGTA               A A   TTCTCA  A    .    . .  TA    C   T   T                .  .       C     G  TC     .        A   T     .   .  .     TGTCGT         . T GT      .      G  C   C  GATGTGTT                  .  G   .    C  .   TCAA        G .   A     A GA T   A     C        A     A  .     T     T        C  AA    A        GA     C   . . GAA       .   .   .  C
blockSeqs                     :                  A     .     CTTCTGTCTAACAGTA               G .   .       G    .    . .  TA    A   T   T                .  .       C     G  TC     .        A   G     .   .  .     TGTCGC         . A GT      .      G  T   G  GATATTTT                  .  T   .    C  .   TCAA        G .   A     C TA T   T     T        T     A  .     T     T        C  AA    C        GG     A   . . GAA       .   .   .  C
blockSeqs                     :                  A     .     TTTCATCAAATATGG                G .   .       T    .    . .  CA    G   G   C                .  .       G     T  CA     .        T   T     .   .  .     TCAGT          . . GT      .      A  T   A  GGTATAT                   .  C   .    C  .   TACT        A .   T     A GT T   T     T        A     G  .     A     G        T  AG    A        AA     A   . . GAC       .   .   .  C
blockSeqs                     :                  A     .     TACACCTGAACAGT                 G .   .       T    .    . .  AT    C   A   T                .  .       C     T  GC     .        T   T     .   .  .     TCAGC          . . AT      .      G  T   A  GTAATT                    .  C   .    G  .   ACAG        A .   T     A GT C   T     T        A     G  .     A     A        A  AC    A        AA     A   . . TCA       .   .   .  T
blockSeqs                     :                  A     .     CTTTCTTATACCGA                 G .   .       T    .    . .  AT    C   A   T                .  .       C     T  GC     .        T   A     .   .  .     TCAGT          . . CT      .      G  T   C  TACAA                     .  T   .    G  .   ACAG        A .   T     A GT A   T     T        A     G  .     A     A        T  AC    T        AC     T   . . AAA       .   .   .  .
blockSeqs                     :                  A     .     TCATTTAATAGTT                  T .   .       C    .    . .  AT    C   A   T                .  .       C     G  GC     .        T   C     .   .  .     TAAGC          . . CT      .      G  C   C  TACAC                     .  A   .    G  .   ACAG        T .   T     C AC A   T     T        G     G  .     A     A        C  AC    A        GG     A   . . GA        .   .   .  .
blockSeqs                     :                  T     .     TATGTTTATGGTA                  A .   .       G    .    . .  AA    A   A   T                .  .       C     G  TA     .        T   T     .   .  .     TAAGC          . . CT      .      T  A   T  TACAC                     .  G   .    T  .   GCTA        A .   A     T AA A   A     A        G     A  .     C     T        C  AG    A        GG     T   . . A         .   .   .  .
blockSeqs                     :                  G     .     CTATCTTCAGAA                   A .   .       A    .    . .  AT    G   C   G                .  .       T     G  CA     .        T   T     .   .  .     TAAGC          . . GT      .      G  G   C  TACAA                     .  A   .    T  .   TATA        G .   A     T AA G   G     A        T     A  .     A     G        T  TT    T        CG     A   . . A         .   .   .  .
blockSeqs                     :                  T     .     TTATCTTCTAA                    A .   .       T    .    . .  AA    T   C   T                .  .       G     T  AG     .        T   C     .   .  .     TTAGA          . . GC      .      A  C   T  GGTT                      .  A   .    T  .   TCAC        G .   A     T AA T   A     T        C     C  .     A     T        T  CA    T        GG     A   . . A         .           
blockSeqs                     :                  T     .     CTTTGTTGGT                     A .   .       T    .    . .  CA    C   T   A                .  .       T     T  GA     .        A   A     .   .  .     GGTGG          . . AC      .      A  C   C  GGTT                      .  T   .    A  .   GATA        T .   T     T AA T   A     A        T     G  .     T     T        T  CA    C        GG     A   . . G         .           
blockSeqs                     :                  A     .     TTGTAACA                       A .   .       C    .    . .  CT    C   G   T                .  .       C     A  CT     .        C   A     .   .  .     TTAG           . . AT      .      A  A   T  GGTT                      .  A   .    C  .   TATG        A .   A     C TA T   G     C        C     C  .     A     T        C  CA    T        AT     A   . . A         .           
blockSeqs                     :                  A     .     TTAAATG                        G .   .       G    .    . .  CA    C   T   A                .  .       T     T  TT     .        T   G     .   .  .     TGTC           . . AC      .      A  T   G  GCAC                      .  T   .    T  .   TCAC        G .   A     T CA T   T     T        T     T  .     A     G        C  AG    C        .      C   . .                       
blockSeqs                     :                  T     .     TTAAATG                        . .   .       T    .    . .  CA    C   T   T                .  .       C     A  TC     .        G   T     .   .  .     ACAC           . . AT      .      G  T   A  GAAT                      .  G   .    C  .   TCAA        G .   A     T AG C   A     T        T     A  .     A     G        T  TG    T        .                                    
blockSeqs                     :                        .     TTAAATG                        . .   .       T    .    . .  CT    C   T   A                .  .       C     A  CC     .        T   A     .   .  .     ACAC           . . AT      .      G  C   C  GAAT                      .  A   .    C  .   TA          G .   A     T GT T   T     G        T     G  .     T     T        T  CA    G                                             
blockSeqs                     :                                                             . .   .       G    .    . .  T     .   T   A                .  .       G     G  CT     .        T   G     .   .  .     TGTT           . . GC      .      G  T   T  AATA                      .  T   .    T  .   AC          A .   A     A G  T   A     A        A     G  .     G     T        .  AC    T                                             
blockSeqs                     :                                                                                                .   .   C                .  .       T     T  CA     .        G   G     .   .  .     GA             . . AT      .      .  .   .  GCAC                      .  .   .    A  .   AA          . .   .     . A  A   A     A                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                         .  .       A     .  TC     .        T   T     .   .  .     GA             . . .       .      .  .   .  T                         .  .   .    A  .   T           . .   .     . A  .   .     C                                                                                             
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blockSeqCons                  :                              CTTCCGTCTAACAGTA***********
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41615 ): CAAGAGAACCCTTATTCCCGTTACATGTTGTATTGTTTATCAATGATATCATTAGTCATGTCAACCTCAACGACCTTAAGGACATTGCTCTTGAAATCTTGTCTACGCACCTGATTTTATTTGTCGTTGATAAAGTGTTATTTTTTACGGATCCGAACAATTTACAAGCGCAG






Alignments
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Reference ( family-746 )      : TATGACAATGTTAAATCNTGTGT-AAAA-CTTCCGTC-----TAACA-GTAATTTA-T--CG------GANTTCT-TCGA-T-GTNA--CGC--T-TGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCC---CTT-TTGTT-TATT-CTNTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-CA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--A----T---T-TGACT-GANAAT--GACC-T--AAATCA------ATTGT--CTATATATNTGATT-CTNTTTGCCGATGATATNGCGTTGTT---CAC---NAC------NGACCC---ANANAGTTTACAGGCTCAGNTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41595                      : TATGAAAATGTTAAATCTTGTGT-AAAA-ATTCCGTC-----TAACA-GTAATTTA-T--CG------GAATTCT-TCGA-T-GTTA--CGC--T-TGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATT-TATA-CTTTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGAAT--GATC-T--AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATT---CAC---TAC------TGACTC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41596                      : TATGAAAATGTTAAATCTTGTGT-AAAA-ATTCCGTC-----TAACA-GTAATTTA-T--CG------GAATTAT-TCGA-T-GTTA--TGC--T-TAGT-TTAAAGCAAGGGGAG-CC-----ACTC---TCGCCC---CTT-T-ATT-TATA-CTTTTTAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TATCT-GAGAAT--GATC-T--AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATT---CAC---TAT------TGAATC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41597                      : TATGACAATGTTAAATCCTGTGT-AAAA-AATCCGTC-----TAACA-GTAATTTA-T--CG------GAATTCC-TCGA-T-GTTA--CGC--T-TGAT-TTAAAGCAAGTGGAG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATT-TATA-CTTTTTGT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-CA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGAAT--TATC-T--AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGACATAGCGCTATA---CAC---TAC------TGACCC---AAAAAATTTACAGACTCAGTTTA-A-TGAA---ATAT---C---A-AACTATTCGC
gi|41598                      : TATGACAATGTTAAATATTGTGT-AAAA-CTTCTGTC-----TAACA-GTAATTTA-T--CG------AAATTCT-TCGA-T-GTTA--CGA--T-TGGT-TTAAAGCAAGGG-AG-CC-----ACTC---TCGCCT---CTT-TTATT-TATA-CTTTTCAT-TAA-TG--ATAT---T-----CAG-TA-C-A-GT---AT------T-GACTTTCAA-------G--G----T---T-TGTCT-GAGTAT--GATC-T--AAATCA------ACTGT--CTATATACATGATT-TTATTTGCCGATGGCGTAGTGCTATT---CAA---TAC------TGACCC---AAAAAGTTTACAGACTCAGCTTA-A-TGAC---ATAT---C---A-AACTATTCGCGTAA
gi|41599                      : TATAACAATTTTAAATCATGTGT-TAAA-CTTTCATC-----AAATA-TGGATTTG-T--CA------GAGTTCT-TCAA-C-GTCA--CTG--T-GGGC-TTGAAGCAAGGAGAG-CC-----ACTG---TCGCCC---ATT-TTGTT-CATT-TTGTTTAT-TAA-TT--ATAT---TGT---C-G-T--T-A-AT---AT------C-AATTTTGAG-------G--C----A---C-TAACA-GATAAT--GACC-T--AAATAC------TTTGA--CAAGATATCTTATC-CTTTTCGCTGATGATATTGTGTTATT---TAC---AAC------GCACCC---AGACAGCCTACAGGCTCAGATTA-A-C--A---GTATTTAC---A-AA-TACTCGCATAA
gi|41600                      : TACGGCAACGTTAAATCATGTGT-TAA-------GT------TAA---ATGATTTG-T--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTCCG---CTT-CTGTT-TATT-CTTTTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------T-GATCTTAAT-------G--A----A---T-TAACT-GACAAA--GATG-T--AGAACA------GTTAT--CTTTATATATGTTA-CTTTTTGCTGATGACATAGCATTGTT---TAC---AAC------AAATCC---ACTAAGTTTACAAAAACAAATTG-A-T-AATTTATTT---C---A-A--TATTC
gi|41601                      : TACGGAAACGTTAAATCATGT--------CTTAAGT------TAA---ATGATTTG-T--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTTCG---CTT-CTGTT-TATT-CTTTTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------T-GATCTTAAT-------G--A----A---T-TAACT-GACAAA--AATG-T--AGAACA------GTTAT--CTTTATTTATGTTA-CTTTTTGCTGATGACATAGCATTGTT---TAC---AAC------AAAACC---ACTAAGTTTACAAAAACAAATTG-A-T-AATTTATTT---C---A-A--TATTC
gi|41602                      : TACGGCAACGTTTAATCATGTGT-TAA-------GT------TAA---ATGATTTG-T--CGTTCTCAAATTTCT-TTGA-T-GTAT--CGC--T-AGGT-TTAAAACAAGGGGAA-CC-----ACTC---TCTCCG---CTT-ATGTT-TATT-CTATTTGT-TAA-CG--ATA----T-----AAG-CA-CTA-CT---AT------C-GA---TC---------------------T-TAACC-GATAAA--GTTG-T--AGAACA------GTTAT--CTTTATATATGTTA-CTTTTTGCTGATGATATAGCATTGTT---AAC---AAC------AAATCC---ACTTAGTTTACA----CAATTTA-T-TTCA---ATAT---T---C-AACTA
gi|41603                      : TATGAAAAGGTGAAGTCATGTGTTAAAA-GTT--GT-------AACA----ATTTT-T--CT------GACTTTT-TTGAAT-ATT---CGA--T-AGGT-TTACGTCAAGGGGAG-GT-----AATC---TCGCCT---AT-----TT-TAGT-ATCTCTAT-TCA-TGGAAGAC---T-----TAG-AA-C-T-GT---AT------T-
gi|41604                      : TATCATAGTGTTAAATCTTATGT-AAGA----TCATT-----TAATA-GTTAT----T--CG------GAGTTTT-TCGA---G-AA--TGCAGT-CGGG-TTACGACAAGGGGAA-GT-----AATT---TCGCCC---ATA-TTATT-
gi|41605                      : TATAATACTGTTAAATCGTGTGT-GAAA-CTT-TGT---------TG-GT--CTTATT--CA------GAATTTT-TTGA-T-ATAT--CAG--T-CGGT-TTAAAGCAAGGGGAG-AT-----AATG---TCGCCA---GTT-ATGTT-CGCT-CTTTTTAT-CGA-----AGAT---T-----TAG------A-GC----T------T-TATTTACAA-------A--A----T---A-GAACT-AAATGT--GGCCTT--AACTTAGATGATATTTC--CCTTATAT-TACTG-CTTTTTGCTGATGACATGATTTTGTTTGGTAC---CACTCCTGAAGACCTTCAAGAAAGCTTAAA----TAGATTATA-TG-A---ATAT---TGTGA-AAC
gi|41606                      : TATAACGAGGTCAAATTTTGTGT-TATA-CACCTG--------AACA-GT---TTA-T--CA------GATGTAT-TCGAGT-GTAA--CA---T-TGGA-TTATTGCAAGGGGAGATC-----AGT----TATCCG---ATT-TTATT-TACT-CTTTTTCT-GAA-TG--ATAT---T-----
gi|41607                      :  ATAACAGTGTTAAGTCTTGTGT-A------TATGTT-----TA-TG-GTAAAAAA-TA-CA------GATTATT-TTGA-TAGTTATTCG------GGT-GTGAAACAGGGTGAA-AC-----ACTT---TC-CCC---TTTGTTGTT-TTTA-TTCTTTAT-TAA-TG--ACATGTAT-----GAT-TA-C-A-TTAAAAA------T-GACACATAA-------G--ATGTGT---T-TGCTT-TAG-AT--GAAT-T--AAAGCT------ATT-T--TTA-----CTG----TTATTTGCAGATAATACGGTACTATT---CTCATATAC------TAA------AGAAGGCCTACAACGTCAGTTAA-A-TAAA---TTA----C---ATGATTATT
gi|41608                      :       AATGTTAAATCATGTGT-AAAA-CTTTCTTA-----TACCG---AATTT--C--CA------GACTTTT-ATGA-T-GTCA--CAT--T-GGGA-TTGAAGCAAGGATAA-CCTCTAAACTTCTATCTCCT---TTT-TTATT-TATTATTATTTAA-TAAATG--GTAT---T-------GTCA-C-AAGC---AT--------AAATTTCAA-------T--A----C---AATGACT-GAAAAT--GACT-T--AAAT--------ATGATAACTAAATATTTAATT-CT-TTTGCAGATGATATTGTGTTATT---CAC---AAC------GGACCA---TTATAGTCTCCAGGCTCAAATAG-A-T--A---ATAT---
gi|41609                      :         TGTAAAGTCATGTGT-CAAA-CT---ATC-----TT-CA-GAAATGCA-TGTCT------GAGTTTTATCAA-C-GTCT--CGC--TGTGAT-TGAAA-CAAAGGGGA-CC-----ACTC---TCACCCTTACTT-TTGTT--ATC---ATTCAT-TAA-AG--TTAT---A-----CA--CA-C-A-AC---AA------TAGAGTTT-AA-------T--A----CA--C-TGACT-GAAAAT--GACT-T--AAATAT------ATTGC--CAATGTATTTAATT-CTGTTTGCTGATGGTATCGTGTTCTT---CAC---AAC------TGATCG---CAATAGCTTACAGGCTCAAATTG-A-T--A---ATAT---
gi|41610                      :                 CTTGCAT-AAAA-TTATCTTC-----TAA-------TTTA-T--CT------TATGTTT-TCGA-T-GTCA--CGC--T-TGGA-TTGAAGCAGGGGGAG-CC-----ACTT---TCTCCT---CTT-CTGTT-CATT-CTGTTTGT-TAA-TC--ATGT-----------G-AA-C-A------AT------T---CTTTTAATATAAATA--A----T---A-TGACT-G--AATCGGATA-T--TAATCA------CTTGT--GTTTATATTT-ATTATTATTTGCAGATGATATTGTTTTGTT---TAC---TAC------TGATCC---CAACAGTCTACA
gi|41611                      :                      GT-AAAAGCATGCGTCAGGTATAACATGGAATAT--T--CG------GATTTTA-TCGA-C--TCA--CAC--A-TGGGAGTAAAGCAAGGGGAT-CC-----AATC---TCAAGC---CTG-CTCTT-CATG-CTTTTCCT-TAA-TG--ATAT---TAAAGACAA-CATC-A-AT---AG------T-AACTTACAA-------G--ATATTT---T-TAACT--ATAAC--GAAC-TG-AAGT---------TTTT--CT-------TAATT-ATATATGCCGATGAattgcaactaaataa
gi|41612                      :                                                    ATATG-T--CT------GAGTTTA-TCAA-C-GTCT--CCC--T-TAGA-CTGAAACGAGGGAAA-CC-----ACTC---T-ACCC---TTA-CTATT-CATT-TTATTCAA-TAA-TG--ATAA---A-----CA--CA-C-A-AC---AA------T-AGATTTTAA-------T--A----CA--C-TGACT-GAAAAT--GACT-T--AAAGAT------ATTAT--CAATGTGTTTAATT-ATGTTTGCTGATGGTATCGTGCTCTA---TAC---AAC------TAATCC---CAATAGCTTACACGCTCAAATTG-A-TAAc
gi|41613                      :                                                                                                     -TTGAAACAAGGG-AG-CC-----ACTG---TCGCCC---ATT-TTGTT-CAGT-TTGTTTAT-TAA-TG--ATATTG-T-----C-G-C--T-A-AT---AT------C-AATTTTGAG-------G--C----A---C-TAAGT-GATAAT--GACC-T--AAATAT------GTTGA--CAAGATATCTTATC-CTTTTCGTTGATGATATTGTGTTTTT---TAC---AAC------GTACCC---AGACAGCCTACAGGCTCAGAATA-ACTG------TATTTAC---A-AA-TACTCGCATAA
gi|41614                      :                                                        tcggtaactcgtctgataatttccgtgatgaA--CAC--T-TGGC-GTAAAACAAGGGGAT-CCG----AGTT---TT-TCT---CTT-TTATT-CATG-CTGTTCGTATAA--G--ATAT---G-----GTG-GA-C-A-AT---ATCAACGCT-GATCTTAAC-------G--G----TATAT-TTACTCTAGAA---GACC-T--AAAAC-----------------TAAATTTCATT-TTATTTGCGGATGA
gi|41615                      :                                                                                                                                                  TGTTGTATT---GTTTAT-CAA-TG--ATATCA-T-----TAG-T--C-A--T---GT------C-AAC-CTCAAC------G--A----C---C-TTAAG-GACATT--GCTC-TTGAAATC--------TTGT--CTACGCACCTGATT-TTATTTGTCGTTGATAAAGTGTTATT---TTT---TAC------GGATCC---GAACAATTTACAAGCGCAGc
gi|41616                      :                                                                                    caagagaacccttattcccgttacaAAGAAGAA-CC-----TTTA---TTTCCT---ATT-TTATT-TATT-CTTTTTAT-TAA-TT--ATAT---T-------GTTA-CAA-GC---AT------A-GA-TTCCAA-------T--A----CA--A-TGACT-GAAAAT--TACT-T--AAA--A------ATAGTAACTAAATATTTAGTT-CTTTTTGCAGATGATATTGTGTTATT---CAC---AAC------GGACCC---TGATTGTCTCCAGGCTCA
gi|41617                      :                                                                                                                                                                TTGT-TAA-TG--ATGT-----------G-AA-C-A------AT------T---CTTTTAATATAGATA--A----T---C-TGACT-G--AATCGGATA-T--TAATCA------CTTGT--GTATATACTT-ATTATTATTTGCAGATGATATTGTTTTGTT---TAC---TAC------TGATCC---CAAGAATCTACA
gi|41618                      :                                                                                                                                                                                             atacc-A-AT---AT------T-GATTTT--A-------GTAA----T---T-TAACT-GATAAA--GACA-T--TGATCA------ATTAT--CTATTTGTATGTTA-CTATTTGCCGATGATATAGCTCTGTT---TAC---GAC------TGATCC---ACATAGTTTACAATTACAGCTTG-A-T--A---ATAT---attgcaactaaataa