lowQualScore : 33 11111111111111111111
lowQualScore : 55 33 33 2 3 3 3 4444 0 8888888888 22 1 6666666666 7777777777 5555555 33333333333333333333 1 1 1
lowQualScore : .. .. .. . . . . .... . .......... .. . .......... .......... ....... .................... . . .
lowQualScore : 77 22 11 1 8 8 8 0000 7 0000000000 55 4 7777777777 0000000000 2222222 00000000000000000000 6 6 6
consensus : ATCGAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTTCATTT
Reference ( gi|121408 ) : ATCGAGTTTAGC--AAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTTCATTT
gi|121406 : ATCGAGTAAAGC--AAATTGGG--TTTAAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAA-CTATTGATTAGGTA----------ACCG----------GGTGAAACCAGTATCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTTCATTT
gi|121393 : ttATCGAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTCGCTCGGTA----------ACAG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATGGTT
gi|121394 : tttATCAAGTAGAGC--TAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCTGTA----------ACTG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------TC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTTTATTT
gi|121392 : tttATCAAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--CGTTTTAC-CTATTGACTCGGTA----------ACAG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------TC--------------------AGAATA-AG-TC-GTCAATAGTTCATTT
gi|121396 : tttATCGAGTAGAGC--AAACGGAG--TTTGAATGGATTAT-CAGCATAAGAACGG-A-A-T----AATGTT----------T--CGTTTGAA-CAAATGACTCGGTA----------ACCA----------GGTGAAACTGATTTCG-------AC--------------------AGAATT-AG-TG-GCCAATAGTTCATTT
gi|121395 : tttATTGAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTTAATGGACTAT-TAACATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--CATTTAAA-CTATTGACCCAGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTAG-------GC--------------------ATAATA-AG-TG-GTCAATAGTTCAGTT
gi|121397 : tttATCGAGTAGAAC--AATTGAAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGGGAACGA-A-A-T----GATGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTAGCTCGGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAG
gi|121398 : tttATCAAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTGAATAGATTAT-CAGCATGAGAACCG-A-A-G----AATGTT----------T--CATTTGAA-TGAACGACCCAGTA----------ACCA----------GGTGAAACTGATTTTG-------AC--------------------AGAATA-AG-TA-GCCAATAGTTCATTT
gi|121400 : tttATCGAGCAGAGC--AAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGA-A-T-G----AACGTT----------T---------------TGACTCGGCA----------ACAG----------GGTAAAACCTGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-ATCAATAGTTCATTT
gi|121407 : tttATCGAGTAGAGC--AAATGGAG--TTTG-----------------GAGAACAG-A-A-A----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------GCCG----------GCTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TA-GTCAATAGTTAATTT
gi|121399 : ttATCAAGT---GT--AATTGGAG--CTTGAATGGACTGT-TGCCATGAGAACAG-A-AAG----AAGGTT----------T--CATTTGAA-CTATTGACTCGATA----------AGCA----------GATGAAACTGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-CA-ATTAATAGTTCATTT
gi|121403 : tttATCGAGT--AGCGGAAACGGAG--CTTCTATGGACTAT-CAGCATGAGAACGGAA-A-G----AACGTT----------T--CGTTTTAA-CAACTG
gi|121409 : tttTCGAGTAGAAC--AAATGTAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTCG-------AC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTT-ATTT
gi|121401 : AGC--AAATGGAG--TTTG-------------GCATGAGAATGG-A-A-G----AACGGT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTAGGTA----------ACTG----------GGTGAAACTGGTTTCG-------TC--------------------AGAATA-AG-TG-GTCAATAGTTCATTT
gi|121402 : tttatagagaagC--AAATGGAA--CTTGAATGGACTAT-CAGAATGGGAACGG-A-AAG----AATGTT----------T--CGTTTGAA-ATATTGACTCGGTA----------ACCG----------GATGAAACCGGTTTCA-------AT--------------------ACACTA-AG-TG-GTCAATAATTCATTT
gi|121404 : tttatatagcaC--AAATGGAGCATTCAAATGGACTAT-CAACATGAGAAGGGAA-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAC-AT-TTGAC
gi|121405 : tttatcctgca--AAATGGAT--CATGATTAAACTAT-TTGCACGTGAACGG-ATA-G----AACATTAATATAAATGTAACGCTTCAT-CTACCGATTAAGTA----------CCCG----------GATAAAACCAGTTTCG-------AC--------------------AAAATATGG-TG-TCCAATAGTTCcagt
gi|121410 : tttacgaggtatcggAATGGAG--CTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-AAAACAACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------
gi|121411 : TTGAATAACCTCTGCAAAATGAGA---T-A-A-A----A----T----------T--TGTTTAAAATTATTAATTTGGTGTCCAGTTTCGACCG----------GAGGAACCCGATTTCA-------AC--------------------AGAAAA-AGGTG-GTCAATAGTTCATTTtcaatgttgaa
gi|121412 : GAACAG-ATA-G----AAC----------------CATTTGAA-CCATTGAGTCGGTA----------ACCG----------GATGAAACCGGTAATA-------AA--------------------ATAATA-AG-TT-GTCAATAGTTCTTTT
gi|121413 : AATGG-G-A-T----AATG---------------CATTT----CTTTTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGTAACCGGTTTCG-------ACCAGTTAAAATCGGTTTCAACAGAATA-GG-TG-GTCAATAGTTCATTT
gi|121414 : T----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGAAACCGGTTTTG-------AC--------------------AGAATA-AA-TG-GTCAATAGTTCATTT
gi|121415 : GTTTGAA-CTATTAACTTGGTA----------ACCGTTTTCGACCTGATGAAACCGTTTTTA-------AC--------------------AAAATA-AA-TG-GTCAATAATACATTT
gi|121406 : TGAA-CTATTGACCACTTA----------TTCT----------GTCGATACTGGTTTCA-------CC--------------------CGGTTA-CC-TA-ATCAATAGTTCA
gi|121394 : ttatcgagtaaagcaaattgggtttaaatggactatcagcatgagaacggaagaacgcttcgttTAAA-CTATTGACCACTTA----------TTCT----------GACGAAACCGGTTTCACCCAGTTAC--------------------AGA----------GTCAATAGTTCAttt
gi|121401 : tttatcaagtagagctaatggagtttgaatggactatcagcatgagaacggaagaacaatttgttTGAA-CTATTGACCACTTA----------TTCT----------GACGAAACCAGTTTCA-------CC--------------------CAGTTA-CC-TA-GTCAATAGTTCAttt
gi|121409 : tttatagagaagagcaaatggagtttggcatgagaatggaagaacggttcgttAA-CTATTGACCACTTA----------TTCT----------GTCGAAACCGGTTTCA-------CC--------------------CGGTTA-C--TGAGTCAATAGTTCAttt
gi|121407 : tcgagtagaacaaatgtagtttgaatggactatcagcatgagaacggaagaacgttttgttAA-CTATTGACTACTTA----------TTCT----------GTCGAAACCGGTTTCA-------GC--------------------CGGCTA-CC-GA-GTCAATAGTTCAattt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 22 2 3 3 3 3333 0 7777777777 22 1 8888888888 8888888888 55555555555555555555 1 1
lowQualScore : .. . . . . .... . .......... .. . .......... .......... .................... . .
lowQualScore : 99 0 6 6 6 9999 2 6666666666 44 7 0000000000 3333333333 55555555555555555555 9 9
consensus : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
Reference ( family-745 ) : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121392 : ATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--CGTTTTAC-CTATTGACTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TCGTCAATAGTTCATTT
gi|121393 : tttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTCGCTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATGGTT
gi|121394 : tttATCAAGTAGAGCTAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCTGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTTATTT
gi|121395 : tttATTGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTTAATGGACTAT-TAACATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--CATTTAAA-CTATTGACCCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTAGGCATAATA-AG-TGGTCAATAGTTCAGTT
gi|121396 : tttATCGAGTAGAGCAAACGGAG--TTTGAATGGATTAT-CAGCATAAGAACGG-A-A-T----AATGTT----------T--CGTTTGAA-CAAATGACTCGGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTCGACAGAATT-AG-TGGCCAATAGTTCATTT
gi|121397 : tttATCGAGTAGAACAATTGAAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGGGAACGA-A-A-T----GATGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTAGCTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAG
gi|121398 : tttATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGATTAT-CAGCATGAGAACCG-A-A-G----AATGTT----------T--CATTTGAA-TGAACGACCCAGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTTGACAGAATA-AG-TAGCCAATAGTTCATTT
gi|121399 : tttATCAAGT---GTAATTGGAG--CTTGAATGGACTGT-TGCCATGAGAACAG-A-AAG----AAGGTT----------T--CATTTGAA-CTATTGACTCGATA----------AGCA----------GATG--------------------AAACTGGTTTCGACAGAATA-AG-CAATTAATAGTTCATTT
gi|121400 : tttATCGAGCAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGA-A-T-G----AACGTT-------------------------TTGACTCGGCA----------ACAG----------GGTA--------------------AAACCTGTTTCGACAGAATA-AG-TGATCAATAGTTCATTT
gi|121401 : tttATAGAGAAGAGCAAATGGAG--TTTG-------------GCATGAGAATGG-A-A-G----AACGGT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTAGGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACTGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121402 : tttTAGCACAAATGGAA--CTTGAATGGACTAT-CAGAATGGGAACGG-A-AAG----AATGTT----------T--CGTTTGAA-ATATTGACTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTTTCAATACACTA-AG-TGGTCAATAATTCATTT
gi|121403 : tttataATCGAGTAGCGGAAACGGAG--CTTCTATGGACTAT-CAGCATGAGAACGGAA-A-G----AACGTT----------T--CGTTTTAA-CAACTG
gi|121404 : tttCAAATGGAGCATTCAAATGGACTAT-CAACATGAGAAGGGAA-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAC-AT-TTGAC
gi|121405 : tttatcctgcaAAATGGAT--CATGATTAAACTAT-TTGCACGTGAACGG-ATA-G----AACATTAATATAAATGTAACGCTTCAT-CTACCGATTAAGTA----------CCCG----------GATA--------------------AAACCAGTTTCGACAAAATATGG-TGTCCAATAGTTCcagt
gi|121406 : tttacgaggtatcggATCGAGTAAAGCAAATTGGG--TTTAAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAA-CTATTGATTAGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCAGTATCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121407 : ttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTG-----------------GAGAACAG-A-A-A----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------GCCG----------GCTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TAGTCAATAGTTAATTT
gi|121408 : ttATCGAGTTTAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121409 : TCGAGTAGAACAAATGTAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTT-ATTT
gi|121410 : AATGGAG--CTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-AAAACAACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------
gi|121411 : TTGAATAACCTCTGCAAAATGAGA---T-A-A-A----A----T----------T--TGTTTAAAATTATTAATTTGGTGTCCAGTTTCGACCG----------GAGG--------------------AACCCGATTTCAACAGAAAA-AGGTGGTCAATAGTTCATTTtcaatgttgaa
gi|121412 : GAACAG-ATA-G----AAC----------------CATTTGAA-CCATTGAGTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTAATAAAATAATA-AG-TTGTCAATAGTTCTTTT
gi|121413 : AATGG-G-A-T----AATG---------------CATTT----CTTTTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGTAACCGGTTTCGACCAGTTAAAATCGGTTTCAACAGAATA-GG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121414 : T----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTTGACAGAATA-AA-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121415 : GTTTGAA-CTATTAACTTGGTA----------ACCGTTTTCGACCTGATG--------------------AAACCGTTTTTAACAAAATA-AA-TGGTCAATAATACATTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 22 2 3 3 3 3333 0 7777777777 22 1 8888888888 8888888888 55555555555555555555 1 1
lowQualScore : .. . . . . .... . .......... .. . .......... .......... .................... . .
lowQualScore : 99 0 6 6 6 9999 2 6666666666 44 7 0000000000 3333333333 55555555555555555555 9 9
consensus : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
Reference ( family-745 ) : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121392 : ATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--CGTTTTAC-CTATTGACTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TCGTCAATAGTTCATTT
gi|121393 : tttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTCGCTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATGGTT
gi|121394 : tttATCAAGTAGAGCTAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCTGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTTATTT
gi|121395 : tttATTGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTTAATGGACTAT-TAACATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--CATTTAAA-CTATTGACCCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTAGGCATAATA-AG-TGGTCAATAGTTCAGTT
gi|121396 : tttATCGAGTAGAGCAAACGGAG--TTTGAATGGATTAT-CAGCATAAGAACGG-A-A-T----AATGTT----------T--CGTTTGAA-CAAATGACTCGGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTCGACAGAATT-AG-TGGCCAATAGTTCATTT
gi|121397 : tttATCGAGTAGAACAATTGAAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGGGAACGA-A-A-T----GATGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTAGCTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAG
gi|121398 : tttATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGATTAT-CAGCATGAGAACCG-A-A-G----AATGTT----------T--CATTTGAA-TGAACGACCCAGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTTGACAGAATA-AG-TAGCCAATAGTTCATTT
gi|121399 : tttATCAAGT---GTAATTGGAG--CTTGAATGGACTGT-TGCCATGAGAACAG-A-AAG----AAGGTT----------T--CATTTGAA-CTATTGACTCGATA----------AGCA----------GATG--------------------AAACTGGTTTCGACAGAATA-AG-CAATTAATAGTTCATTT
gi|121400 : tttATCGAGCAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGA-A-T-G----AACGTT-------------------------TTGACTCGGCA----------ACAG----------GGTA--------------------AAACCTGTTTCGACAGAATA-AG-TGATCAATAGTTCATTT
gi|121401 : tttATAGAGAAGAGCAAATGGAG--TTTG-------------GCATGAGAATGG-A-A-G----AACGGT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTAGGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACTGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121402 : tttTAGCACAAATGGAA--CTTGAATGGACTAT-CAGAATGGGAACGG-A-AAG----AATGTT----------T--CGTTTGAA-ATATTGACTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTTTCAATACACTA-AG-TGGTCAATAATTCATTT
gi|121403 : tttataATCGAGTAGCGGAAACGGAG--CTTCTATGGACTAT-CAGCATGAGAACGGAA-A-G----AACGTT----------T--CGTTTTAA-CAACTG
gi|121404 : tttCAAATGGAGCATTCAAATGGACTAT-CAACATGAGAAGGGAA-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAC-AT-TTGAC
gi|121405 : tttatcctgcaAAATGGAT--CATGATTAAACTAT-TTGCACGTGAACGG-ATA-G----AACATTAATATAAATGTAACGCTTCAT-CTACCGATTAAGTA----------CCCG----------GATA--------------------AAACCAGTTTCGACAAAATATGG-TGTCCAATAGTTCcagt
gi|121406 : tttacgaggtatcggATCGAGTAAAGCAAATTGGG--TTTAAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAA-CTATTGATTAGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCAGTATCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121407 : ttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTG-----------------GAGAACAG-A-A-A----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------GCCG----------GCTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TAGTCAATAGTTAATTT
gi|121408 : ttATCGAGTTTAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121409 : TCGAGTAGAACAAATGTAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTT-ATTT
gi|121410 : AATGGAG--CTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-AAAACAACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------
gi|121411 : TTGAATAACCTCTGCAAAATGAGA---T-A-A-A----A----T----------T--TGTTTAAAATTATTAATTTGGTGTCCAGTTTCGACCG----------GAGG--------------------AACCCGATTTCAACAGAAAA-AGGTGGTCAATAGTTCATTTtcaatgttgaa
gi|121412 : GAACAG-ATA-G----AAC----------------CATTTGAA-CCATTGAGTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTAATAAAATAATA-AG-TTGTCAATAGTTCTTTT
gi|121413 : AATGG-G-A-T----AATG---------------CATTT----CTTTTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGTAACCGGTTTCGACCAGTTAAAATCGGTTTCAACAGAATA-GG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121414 : T----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTTGACAGAATA-AA-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121415 : GTTTGAA-CTATTAACTTGGTA----------ACCGTTTTCGACCTGATG--------------------AAACCGTTTTTAACAAAATA-AA-TGGTCAATAATACATTT
blockSeqs : CA G A T A AAAC AATATAAATG AA A TCCAGTTTCG TTTTCGACCT TAACCGGTTTCGACCAGTTA T G
blockSeqs : . . A T A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
finalCons : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 22 2 3 3 3 3333 0 7777777777 22 1 8888888888 8888888888 55555555555555555555 1 1
lowQualScore : .. . . . . .... . .......... .. . .......... .......... .................... . .
lowQualScore : 99 0 6 6 6 9999 2 6666666666 44 7 0000000000 3333333333 55555555555555555555 9 9
consensus : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
Reference ( family-745 ) : ATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121392 : ATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--CGTTTTAC-CTATTGACTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TCGTCAATAGTTCATTT
gi|121393 : tttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTCGCTCGGTA----------ACAG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATGGTT
gi|121394 : tttATCAAGTAGAGCTAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACAAT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCTGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTTATTT
gi|121395 : tttATTGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTTAATGGACTAT-TAACATGAGAACAG-A-A-G----AACGTT----------T--CATTTAAA-CTATTGACCCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTAGGCATAATA-AG-TGGTCAATAGTTCAGTT
gi|121396 : tttATCGAGTAGAGCAAACGGAG--TTTGAATGGATTAT-CAGCATAAGAACGG-A-A-T----AATGTT----------T--CGTTTGAA-CAAATGACTCGGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTCGACAGAATT-AG-TGGCCAATAGTTCATTT
gi|121397 : tttATCGAGTAGAACAATTGAAG--TTTGAATAGACTAT-CAGCATGGGAACGA-A-A-T----GATGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTAGCTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAG
gi|121398 : tttATCAAGTAGAGCAAATGGAG--TTTGAATAGATTAT-CAGCATGAGAACCG-A-A-G----AATGTT----------T--CATTTGAA-TGAACGACCCAGTA----------ACCA----------GGTG--------------------AAACTGATTTTGACAGAATA-AG-TAGCCAATAGTTCATTT
gi|121399 : tttATCAAGT---GTAATTGGAG--CTTGAATGGACTGT-TGCCATGAGAACAG-A-AAG----AAGGTT----------T--CATTTGAA-CTATTGACTCGATA----------AGCA----------GATG--------------------AAACTGGTTTCGACAGAATA-AG-CAATTAATAGTTCATTT
gi|121400 : tttATCGAGCAGAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGA-A-T-G----AACGTT-------------------------TTGACTCGGCA----------ACAG----------GGTA--------------------AAACCTGTTTCGACAGAATA-AG-TGATCAATAGTTCATTT
gi|121401 : tttATAGAGAAGAGCAAATGGAG--TTTG-------------GCATGAGAATGG-A-A-G----AACGGT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTAGGTA----------ACTG----------GGTG--------------------AAACTGGTTTCGTCAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121402 : tttTAGCACAAATGGAA--CTTGAATGGACTAT-CAGAATGGGAACGG-A-AAG----AATGTT----------T--CGTTTGAA-ATATTGACTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTTTCAATACACTA-AG-TGGTCAATAATTCATTT
gi|121403 : tttataATCGAGTAGCGGAAACGGAG--CTTCTATGGACTAT-CAGCATGAGAACGGAA-A-G----AACGTT----------T--CGTTTTAA-CAACTG
gi|121404 : tttCAAATGGAGCATTCAAATGGACTAT-CAACATGAGAAGGGAA-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAC-AT-TTGAC
gi|121405 : tttatcctgcaAAATGGAT--CATGATTAAACTAT-TTGCACGTGAACGG-ATA-G----AACATTAATATAAATGTAACGCTTCAT-CTACCGATTAAGTA----------CCCG----------GATA--------------------AAACCAGTTTCGACAAAATATGG-TGTCCAATAGTTCcagt
gi|121406 : tttacgaggtatcggATCGAGTAAAGCAAATTGGG--TTTAAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGCT----------T--CGTTTGAA-CTATTGATTAGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCAGTATCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121407 : ttATCGAGTAGAGCAAATGGAG--TTTG-----------------GAGAACAG-A-A-A----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------GCCG----------GCTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TAGTCAATAGTTAATTT
gi|121408 : ttATCGAGTTTAGCAAATGGAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121409 : TCGAGTAGAACAAATGTAG--TTTGAATGGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-G----AACGTT----------T--TGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTCGACAGAATA-AG-TGGTCAATAGTT-ATTT
gi|121410 : AATGGAG--CTTGAATTGACTAT-CAGCATGAGAACGG-A-A-AAAACAACGTT----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCAGTA----------
gi|121411 : TTGAATAACCTCTGCAAAATGAGA---T-A-A-A----A----T----------T--TGTTTAAAATTATTAATTTGGTGTCCAGTTTCGACCG----------GAGG--------------------AACCCGATTTCAACAGAAAA-AGGTGGTCAATAGTTCATTTtcaatgttgaa
gi|121412 : GAACAG-ATA-G----AAC----------------CATTTGAA-CCATTGAGTCGGTA----------ACCG----------GATG--------------------AAACCGGTAATAAAATAATA-AG-TTGTCAATAGTTCTTTT
gi|121413 : AATGG-G-A-T----AATG---------------CATTT----CTTTTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTGTAACCGGTTTCGACCAGTTAAAATCGGTTTCAACAGAATA-GG-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121414 : T----------T--CGTTTGAA-CTATTGACTCGGTA----------ACCG----------GGTG--------------------AAACCGGTTTTGACAGAATA-AA-TGGTCAATAGTTCATTT
gi|121415 : GTTTGAA-CTATTAACTTGGTA----------ACCGTTTTCGACCTGATG--------------------AAACCGTTTTTAACAAAATA-AA-TGGTCAATAATACATTT