lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                  
lowQualScore                  :            1111        111111                              11111                       1111111111      555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                    1111   1      22222           111             
lowQualScore                  :            0000    2   888888 2 55  4444 1    22     1     44444  1 33  1 8888888888 0 0000000000   44 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   1  0   1  5555  2  3   333        6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7777 44    2          2      1       1   2   66  0000   1      55555 5  1   9  111   3         
lowQualScore                  :            ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . ..  . .......... . ..........   .. ........................................................................   .  .   .  ....  .  .   ...        ...................................................................................................................... . .... ..    .          .      .       .   .   ..  ....   .      ..... .  .   .  ...   .         
lowQualScore                  :            7777    7   111111 1 66  0000 9    66     9     00000  9 44  6 3333333333 6 0000000000   66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   8  6   8  9999  0  0   555        0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 8888 88    0          0      1       1   5   00  4444   0      00000 3  3   9  222   0         
consensus                     : TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAC-A-------A--C-G-T--T--N----A--T-CTTTG-ANTTCT-ATA--CG-----------TTG-N--G---CAT-TTAAAA-AA-G--TAATGTTCA---GCATCTTC-----A---AT----AT--NAC-CACAA-TGCG--GACA---A-CA---GG---A----A------TT--AGT---T--C---TAANA--TGGTT---ANGG-------A--------ACA-G--G--TCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-T-TATANAACTGANAA-NTNTCTATTTCC--ATGATAAAAGTGTT
Reference ( gi|29637 )        : TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAT-A-------A--T-G-T--T--T----A--T-CTCTG-GGTTCT-GTA--TG-----------TTG-A--G---CAT-TTGAAA-AA-A--TAGTGCTCA---GCATCTTC-----A---AT----AT--TAC-CACAA-TGCG--GACA---A-CA---AA---A----A------TC--AGT---T--C---TAATA--TGGTT---ACGG-------A--------ACA-A--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-T-TATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCC--GTAATAAAAGTGTT
gi|29636                      : TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TT-GTCG----------AGT-----T----GAAT-A-------A--T-G-T--T--A----A--T-CTTTG-GATTCT-GTA--TG-----------TTG-T--G---TAT-ATGAAA-AA-A--TAATGCTCA---GCATCTTC-----A---AT----AT--GAC-CACAA-TGGG--GACA---A-CA---CG---A----A------TC--AGT---T--C---TAATA--TGGTT---ACGG-------A--------ACA-A--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-T-AATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCC--ATAATAAAAGTGTT
gi|29638                      : TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAT-A-------A--T-G-T--T--A----A--T-TTTTTTAGTTCT-ATA--CG-----------TTG-T--G---CAT-TTGAAA-AA-AA-TAATGCTCA---GCCTCTTC-----A---AT----GT--TAC-CATAA-TGTG--GACA---A-CA---AG---A----A------TT--AGT---T--C---TAATA--TGGTT---ACGG-------A--------ACA-A--G--TCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-T-AATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCC--ATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      : TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAG-A-------A--T-G-T--T--A----A--T-CTTTA-GGTTCT-TTA--CG-----------TTG-T--G---CAT-TTGAGA-AA-A--TAATGCTCA---GCATCTTC-----A---TT----AT--TAA-CACAA-TGTG--GACA---A-CA---CG---A----A------TC--AGT---T--T---TAATA--TGGTT---ACGG-------A--------AAA-A--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-T-TAAATAACTGAAAA--CTTCTATTTCC--ATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      : TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAT-A-------A--T-G-T--T--A----A--T-CTTTG-TGTTCT-ATA--CC-----------TTG-T--G---CAT-T--AAA-AA-A--TA
gi|29642                      : TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TT-GTCG----------AGT-----T----AAAT-A-------
gi|29641                      : TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TT-GTTGTATGGAACATGGT-----T----AAGTTA-------A--TCG-T--T--T----A--T---------TACT-GTA--AA-----------TTG-T--A---AAT-ATGAAA-AA-AAGTAATATTCA---GCATCTTC-----A---AT----AG--AGC-CACAA-TTAG--GACA---A-CT---AGGGTA----T------TT--ATT---TGGC---AAAGA--TGATT---ATTA-------T--------ACA-A--A--TCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATT
gi|29644                      : TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TT-GTTG----------AAT-----G----GAAC-A-------T--G-G-G--T--A----A--T-CTTTG-ATTTCT-GTA--CA-----------TTG-T--A---CAT-TTGAAA-AA-
gi|29647                      : TCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TC-GTAG----------A-T-----TGGAAAAGTGA-------A--T-A-T--C--TGAATA--T-CTTAG-ATTTCT-GTA---------------ACG-ACTG---CAT-TGAAAA-AA-G--TAATGTTCA---GCATTTTC-------------------TAC-TCCGT-TG-G--AACA---ATCA---CA---T----ATAGCGTTT--GGT---C--T---TAA-G--TGATT---TAGA-------A--------AAA-G--G--TCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-A-TGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTA--AAAAGT
gi|29643                      : TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TT-GTTT----------TGT-----T----AAAC------------T-G-C--TG-T----AG-C-CTTTG-AGTGTT-ATA--CAGC---------TT-----G---CA--TTGAAATAA-G--TAATGTTCA---GCATTTTCT----A---AC----ATGCTAC-CACAA-T-TG----CA---A-GA---GG---T----A------TT---GT---CA-C---GCAGG--TGGTT---ATCA-------T--------ATA-G--G--T-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29648                      : TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TA-GTTC----------ATT-----G----AAAG-A-------G--T-A-T--T--A----G--C-CTTTG-ATTTCT-ATAAATGGAACATATAAATGG-A--A---CAT-TTAAAG-AA-A--AGGTTTTAATATGCGTTCTC-----A---AT----TG--AAT-CGC---TGCA--TATATTTA-CA---GA---A----T------TA--AAT---TG-T---TTATA--T---------------------------ATA-G--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :    CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TA-GTAG----------AAT-----G----GAAC-A-------A----G-A--C--A----A--TACGTTC-CATTTT-GTA--AA-----------TAG-G--G---CAT-TTAAAA-AA-G--AAATGTTCA---GCGTCTTC-----ATCTGT----GT--CAC-TACAT-TT-----------A-CA---AA---ATGGGC------TT--AAT---T------TAAGA--CGATT---A--A-------A--------ATA-AAGA--TCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :    CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--C-ATC-CTAGTAG----------AAT-----G----GAAC-AAGACAATA--C-G-T--T--C----A--T-AT------TTAT-AAA--TA------------TG-A------CAT-TTAAAA-AA-G--AAATGCTCA---ACATCTCC-----A---TT----TG--TGT-CGC---TGCATTTAC-----------AA---A----A------TG--AAT---T------TAAT------TT---AAGGTAATTTAA--------ACATA--GA-TCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T-
gi|29651                      :      TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TA-GTCG----------AGT-----C----AAAT-AAG-----A--C-G-A--T--T----A--T-CT----GGTTCC--TA--AA-----------AAG-ATTG---CAT-CTAAAA-AG-G--TAATGATCT---GCATCTTC----------T----AT-------AGAA-TTTG--AACAGGTA-CAGTGAG---G----G------TC--A-----T--C---GCGTAGGTGATT---AAGG-------T--------AAA-G--G--TCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :      TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TA-GTCG----------AGT-----C----AAAT-A-------AGAC-GAT--T--T----------TCTG-GTTCCT-AAAAAGA-----------TTG--------CAT-CTAAAA-AG-G--TTATGATCA---GCATCTTC----------T----AT-------AGAA-TTTG--AACAGGTA-CA---AA---G----AGGG---TC--A-----T--C---GCGTAGGTGATT---AAGG-------T--------AAA-G--G--TCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-TAGCAGC-TATATATCTCTGACCA-T
gi|29653                      :      TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TA-GTTG----------AGT-----C----AAAT-AAG-----A--C-G-A--T----------T-CTCTG-GTTCCTAAAA--TGA----------TTGCA--G---C----TAAAA-AG-G--TAATGATCA---ACACCTTC----------T----AT-------AGAA-TTTG--AACAGGTA-CA---AA---A----A-------G--GGTGA-T--CGCGTAG-A--TGATT---CAGG-------T--------AAA-G--G--TCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-cactatagtaagagggt
gi|29655                      :                                 --GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A----CG----------AGTATTTGT----AAAT-A------------G-T--TGCC----G--T-CTTTC-AATTCT-GAA-----------------A-A--GGT-CACATCGAAA-AATA--AAATGTTCT---GCATCTTCG----A---ATTC--AT--AAC-CACA-----G--G--------CA---CA---A----A------TTGGAGTATCT--C---TTAAG--TGGTT---AACA-------T--------ATA-G--G--TCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                 --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TT-GTTT----------TGT-----T----AAAC-A-------GC-T-G-TAGC--C----A--T----TG-AGTATT-ATA--TAGC---------TTG--------CAT-TGGAAT-AA-G--TAATGTTCA---GCATTTTCT----A---AC----ATGCTAC-CACA
gi|29646                      :                                    T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GT-GTTG----------TTT-----G----AAAC-A-------AGAT-G-A--G--T----T--T-CTTTG-ATTGCT-ATA--TC-----------TAG-G--A---CAT-TTAAAG-AA-G--TAGTGTTCA---GCAACTTC-----T---AT----AA--CACTCACAG----------A---A-CG---GT---G----A------TG--GGT---G--C-----AGA--TGGTT---TCT-----------------ACA-A--AGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCAT-GATA-AACTGA
gi|29645                      :         tttcacttccactcaatagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GT-GTTG----------TTT-----G----AAAC-A-------A--G-A-C--G--A----G--T-CTTTG-ATTGCA-ATA--TC-----------TAG-G--A---CAT-TTAAAG-GA-G--TAGTGTTCA---GCATCTTC----------T----AT--AAC-C-----TCTT--GACATTCA-CA---GA---A----A----------GGT-------------GA--TGGGT---GCAG-------ATGATTTCTACA-AAGA--TCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCAT-GATA-AACTGAga
gi|29654                      :         tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTT-ATAG----------A-T-----T----GAAA-A-------A----G-T--T--G----GACT-CTTTG-AGTTGT-GAA--TC-----------TAC-T--G---TAT-TTAAAG-AA-A--TAGTGAGTT---GCATTTTC-----A---GTCTCAAT--T-C-CACAA-T-CA--CACAG--A-GA---GG---A----A------T-----T---T--CG--TAA-A--TGATT---TAAA-------A--------ATA-A--G--TCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29657                      :               tttccatacaagataatattga----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TA-ACTG----------AGC-----G----AAAA-A-------A----A-C--T--C----A--A-TTCTT-GAAGCT-ACA--TA-----------T-A-A--GTCACAT-TTAAAA-AA-G--TAGTGCTCA---GCATCTTCATTAAA---AT----AT----C-CACAAGTACA--GAC-----------GG---G----A------TT--ATT---T--T---TTAAA--TGGTT----TAA-------AT-------ACA-T--A--TCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-A-TGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC--
gi|29659                      :                                                                                                                                                          -----------TTG-A--A---CGT-TTAAAA-AA-G--TAATGCTCA---GTATTTTC-----A---CT----CT--CAT-CAGA---GCA--AA-A---A-CACATAG---A----A------CC----T---T--CCCTTAA-A--TGGTT---AATA-------A--------ACA-C--A--TCAG-TATTCAAATT-A---TAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29658                      :                                                                                                                                                                     caG-A--A---CAT-TTAAAG-AA-A--AAATGTTCT---GCGTCCTC-----A---AT----TG--TAT-CGC---TGC------ATTTA-CA---GA---ATGG-G------CT--AAA---T--T---TAAGA--TTGTTTATAT------------------ATA-G--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-A-TGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCC--ATGAGAAAAATGT
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttttttacaaatg--------ATA-G--G--TCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-A-TGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCC--ATGAGAAAAATGT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                               22222222222222222222222222                       22222222222222222222222                                       5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555        11111                                                                                          
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1  0 999999999   444 99999999999999999999999999 1   1  44444 1 1 66   88888888888888888888888     44   22    4444     22            1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2      22222 4       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .  . .........   ... .......................... .   .  ..... . . ..   .......................     ..   ..    ....     ..            ..................................................................................... .      ..... .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1  9 555555555   777 66666666666666666666666666 9   9  99999 0 8 88   33333333333333333333333     11   44    0000     66            0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9      22222 9       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      9      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGT-----N---AAAC--A-----A-------CGTTA----A---T-CTT-TG-AN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGCG-CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-----A---A---T--AT--NA---C-C------ACAA-TGCGNACA---AC-A---G---G--G-----A--TTAGTT--C-TAAGATGGTTANNANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGT-----T---AAAC--A-----A-------CGTTN----A---T-CTT-TG-AN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGNG-CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-----A---A---T--AT--NA---C-C------ACAA-TGCGGACA---AC-A---G---G--A-----A--TTAGTT--C-TAANATGGTTANGGAACAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGT-----T---GAAT--A-----A-------TGTTA----A---T-CTT-TG-GA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGTG-TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-----A---A---T--AT--GA---C-C------ACAA-TGGGGACA---AC-A---C---G--A-----A--TCAGTT--C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGT-----T---AAAT--A-----A-------TGTTT----A---T-CTC-TG-GG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGAG-CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-----A---A---T--AT--TA---C-C------ACAA-TGCGGACA---AC-A---A---A--A-----A--TCAGTT--C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGT-----T---AAAT--A-----A-------TGTTA----A---T-TTT-TTTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGTG-CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-----A---A---T--GT--TA---C-C------ATAA-TGTGGACA---AC-A---A---G--A-----A--TTAGTT--C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGT-----T---AAAG--A-----A-------TGTTA----A---T-CTT-TA-GG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGTG-CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-----A---T---T--AT--TA---A-C------ACAA-TGTGGACA---AC-A---C---G--A-----A--TCAGTT--T-TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGT-----T---AAAT--A-----A-------TGTTA----A---T-CTT-TG-TG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGTG-CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTAT-----G---GAAC--ATGGTTA-------AGTTA----A---T-CGT-TT-AT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGTA-AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-----A---A---T--AG--AG---C-C------ACAA-TTAGGACA---ACTA---G---GGTA-----T--TTATTTGGC-AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGT-----T---AAAT--A-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGT-----T---AAAC--T-----G-------CTGTA----G---C-CTT-TG-AG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-TG-CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCT----A---A---C--ATGCTA---C-C------ACAA-T-TG--CA---AG-A---G---G--T-----A--TT-GTCA-C-GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAAT-----G---GAAC--A-----T-------GGGTA----A---T-CTT-TG-AT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGTA-CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTT-----G---AAAC--A-----AGA-----CG--A----G---T-CTT-TG-AT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGGA-CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC-------------T--AT--AA---C-C-----------TCTTGACATTCAC-A---G---A--AAGGTGA--TGGGTG--C---AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTT-----G---AAAC--A-----A--------GATG----AGTTT-CTT-TG-AT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGGA-CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-----T---A---T--AA--CA---CTC------ACAG--------A---AC-G---G---T--G-----A--TGGGTG--C---AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGA-T-----TGGAAAAGTGA-----A-------TATCTGAATA---T-CTT-AG-AT--TTC-T--GTAA------C-G--A-----C-TG-CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC-------------T--AC--T----C-CGTTGGAACAA-T-C--ACAT--AT-A---G---C--G-----T--TTGGTC--T-TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATT-----G---AAAG--A-----G-------TATTA----G---C-CTT-TG-AT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATGGAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-----A---A---T--TG--AA---T-C------GC---TGCATATATTTAC-A---G------A-----A--TTA--------AAT-TGTTTATATA-TAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAAT-----G---GAAC--A-----A--------GACA----A---TACGT-TC-CA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGGG-CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-----ATCTG---T--GT--CA---C-T------ACAT-T---TACA---AA-AT--G---G--G-----C--TTAATT----TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAAT-----G---GAAC--A-----AGACAATACGTTC----A---T-ATT-T-------------ATA-------A-A--TA----TGA--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-----ATTTG---T--GT--CG---C-T------GCAT-T---TACA---AA-A---T---G--A-----AT-TTAATT----TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGT-----C---AAAT--AAG---A-------CGATT----A---T-C---TG-GT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T--G-CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-------------T--AT----------------AGAA-TTTGAACAGGTAC-A---GTGAG--G-----G--TCATCG--C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGT-----C---AAAT--A-----A--------GACG----A---T-TTTCTG-GT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TG---CATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-----T---A---T--AG--AA---T-T------TGAA-CAGGTACA---AA-G---A---G--G-----G--TCATCG--C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGT-----C---AAAT--AAG---A-------CGAT---------T-CTC-TG-GT--TCC-TA-AAA-------T-G--A-----T-TG-CAGCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-----T---A---T--AG--AA---T-T------TGAA-CAGGTACA---AA-A---A---G--G-----G--TGATCG--C-GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGA-T-----T---GAAA--A-----A--------GTTG----GAC-T-CTT-TG-AG--TTG-T--GAA-------T-C--T-----ACTG-TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-----A---G---T--CT--CAATTC-C------ACAA-T-CACACAG--AG-A---G---G--A-----A--TT---T--CGTAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGT---AAAT--A--------------GTTGCC--G---T-CTT-TC-AA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------CA-CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCG----A---A---TTCAT--AA---C-C------ACAG--GC--ACA---A--ATT-G---G--A-----G--T-ATCT--C-TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGT-----T---AAAC--A-----G-------CTGTA----G---C-CAT-TG-AG--TAT-T--ATA-------TAG--C-----T-TG-CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCT----A---A---C--ATGCTA---C-C------ACA
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGC-----G---AAAA--A-----A-------ACTCA----A---T-TCT-TG-AAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------CA-CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTCATTAAA---A---T--AT-------C-C------ACAAGTACAGAC-----------G---G--G-----A--TTATTT--T-TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                             --TTT-T--ACA-------A-A--T-----GGAA-CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-----A---ATTGT--AT--CG---C-T------GCAT-T---TACA---GA-A---T---G--G-----G--CTAAAT--T-TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                                       tt-------C-A--T-----TGAA-CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-----A---C---T--CT--CA---T-C------AGA---GCAAA-A---AC-ACATA---G--A-----ACCTT--CC--C-TTAAATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                          22222222222222222222                            33333333333333333333333333                                       33333333333333333333333333333333333333333   111111111111111111111111111111                                                                                                       
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1    555555   3 66666666666666666666 22  99   1  1 333 0 1 77   66666666666666666666666666     44   22    4444     22            22222222222222222222222222222222222222222   999999999999999999999999999999 1      444 1 1       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .    ......   . .................... ..  ..   .  . ... . . ..   ..........................     ..   ..    ....     ..            .........................................   .............................. .      ... . .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1    555555   4 11111111111111111111 66  00   9  9 666 3 9 11   55555555555555555555555555     11   44    0000     66            88888888888888888888888888888888888888888   999999999999999999999999999999 1      666 0 0       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      0      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--AT--CTT-TG-AN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-----A---AT---AT--NA---C-C------ACAATG-GNACA---AC-A-GG-G-A---TTAGTT---C-TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--AT--CTT-TG-AN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-----A---AT---AT--NA---C-C------ACAATGCGNACA---AC-A-GG-G-A---TTAGTT---C-TAAGATGGTTANNANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----GAATA-----A--TG------TT--A--AT--CTT-TG-GA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGT--G--TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-----A---AT---AT--GA---C-C------ACAATGGGGACA---AC-A-CG-A-A---TCAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--T--AT--CTC-TG-GG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGA--G--CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-----A---AT---AT--TA---C-C------ACAATGCGGACA---AC-A-AA-A-A---TCAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--AT--TTT-TTTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGT--G--CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-----A---AT---GT--TA---C-C------ATAATGTGGACA---AC-A-AG-A-A---TTAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAAGA-----A--TG------TT--A--AT--CTT-TA-GG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGT--G--CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-----A---TT---AT--TA---A-C------ACAATGTGGACA---AC-A-CG-A-A---TCAGTT---T-TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--AT--CTT-TG-TG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGT--G--CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTATG-----GAACATGGTTA--AG------TT--A--AT--CGT-TT-AT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGT--A--AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-----A---AT---AG--AG---C-C------ACAATTAGGACA---ACTA-GG-GTA---TTTATTTGGC-AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGTT-----AAATA-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACT-----G--CT------GT--A--GC--CTT-TG-AG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-T--G--CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCT----A---AC---ATGCTA---C-C------ACAAT---TGCA---AG-A-GG-T-A---TT-GTCA--C-GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAATG-----GAACA-----T--GG------GT--A--AT--CTT-TG-AT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGT--A--CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----AGACG----------A--GT--CTT-TG-AT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC----------T---AT--AA---C-CTCTTG-AC-ATTCACAGA---A--A-GGTG-A---TGGGTG---C---AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----A--GA------TG--A--GTTTCTT-TG-AT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-----T---AT---AA--CA---CTC------ACAG-------A---AC-G-GT-G-A---TGGGTG---C---AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGATTG-----GAAAA-----G--TGAATATCTG--A--ATATCTT-AG-AT--TTC-T--GTAA------C-G---------ACT-G--CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC----------T---AC--T----C-CGTTGGAACAAT---CACAT--AT-A-GC-G-T---TTGGTC---T-TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATTG-----AAAGA-----G--TA------TT--A--GC--CTT-TG-AT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATG---GAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-----A---AT---TG--AA---T-C------GC--TGCATATATTTAC-A-GA---A---TTAA-----------ATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--ATA-CGT-TC-CA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGG--G--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-----ATCTGT---GT--CA---C-T------ACATT---TACA---AA-ATGG-G-C---TTAATT-----TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--ATA-CGT-TC-AT--ATT-T--ATA-------A-A--TA----TG---A--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-----ATTTGT---GT--CG---C-T------GCATT---TACA---AA-A-TG-A-AT--TTAATT-----TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATAAG---A--CG------AT--T--AT--C---TG-GT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T----G--CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-----T---AT---AG--AA---T-T------TGAACAGGTACA---GT-G-AG-G-G---TCATCG---C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATA-----A---G------AC--G--AT--TTTCTG-GT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TGC------ATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-----T---AT---AG--AA---T-T------TGAACAGGTACA---AA-G-AG-G-G---TCATCG---C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGTC-----AAATAAG---A--CG----------A--TT--CTC-TG-GT--TCC-TA-AAA-------T-GA-T-----TGCA-G--C---T--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-----T---AT---AG--AA---T-T------TGAACAGGTACA---AA-A-AG-G-G---TGATCG---C-GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGATTG-----AAA-A-----A---G------TTGGA--CT--CTT-TG-AG--TTG-T--GAA-------T----C-----TACT-G--TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-----A---GT---CT--CAATTC-C------ACAAT-CACACAG--AG-A-GG-A-A---TT---T---CGTAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGTAAATA---------G------TT--GCCGT--CTT-TC-AA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------C--A--CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCG----A---ATTC-AT--AA---C-C------ACAG---GCACA---AA-T-TG-G-A---GTATCT---C-TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACA-----G--CT------GT--A--GC--CAT-TG-AG--TAT-T--ATA------------T-----AGCTTG--CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCT----A---AC---ATGCTA---C-C------ACA
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGCG-----AAAAA-----A--AC------TC--A--AT--TCT-TG-AAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------C--A--CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTCATTAAA---AT---AT-------C-C------ACAA---GTACAG--AC---GG-G-A---TTATTT---T-TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                                                           --CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-----A---ATTGTAT--CG---C-T------GCATT---TACA---GA-A-TG-G-G---CTAAAT---T-TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                   ttttttacaaatggaa-------C-A--T-----TGA--A--CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-----A---CT---CT--CA---T-C------AGA--GCAAAAAC--AC-A-TA-G-AACCTT--CC---C-TTAAATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                          22222222222222222222                            33333333333333333333333333                                       44444444444444444444444444444444444444444444   111111111111111111111111111111                                                                                                       
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1    555555   3 66666666666666666666 22 1 99   1   333 0 1 77   66666666666666666666666666     44   22    4444     22            77777777777777777777777777777777777777777777   888888888888888888888888888888 1      222 1 1       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .    ......   . .................... .. . ..   .   ... . . ..   ..........................     ..   ..    ....     ..            ............................................   .............................. .      ... . .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1    555555   4 11111111111111111111 66 9 00   9   666 3 9 11   55555555555555555555555555     11   44    0000     66            33333333333333333333333333333333333333333333   666666666666666666666666666666 1      888 0 0       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      0      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------A---CAA-T-G-GNACA---AN-A-GG-G-A---TTAGTT---C-TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------A---CAA-T-G-GNACA---AC-A-GG-G-A---TTAGTT---C-TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----GAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGGA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGT--G--TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--GA---C-C------A---CAA-TGG-GGACA---AC-A-CG-A-A---TCAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--T--A-T--CTC-TGGG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGA--G--CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--TA---C-C------A---CAA-T-GCGGACA---AC-A-AA-A-A---TCAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--ATT--TTT-TTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGT--G--CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-A-----AT---GT--TA---C-C------A---TAA-T-GTGGACA---AC-A-AG-A-A---TTAGTT---C-TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAAGA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TAGG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGT--G--CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----TT---AT--TA---A-C------A---CAA-T-GTGGACA---AC-A-CG-A-A---TCAGTT---T-TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGTG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGT--G--CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTATG-----GAACATGGTTA--AG------TT--A--A-T--CGT-TTAT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGT--A--AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AG--AG---C-C------A---CAATT-A-GGACA---ACTA-GG-GTA---TTTATTTGGC-AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGTT-----AAATA-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACT-----G--CT------GT--A--G-C--CTT-TGAG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-T--G--CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------A---CAA-T-T-G--CA---AG-A-GG-T-A---TT-GTCA--C-GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAATG-----GAACA-----T--GG------GT--A--A-T--CTT-TGAT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGT--A--CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----AGACG----------A--G-T--CTT-TGAT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC--------T---AT--AA---C-CTCTTG-A---CAT-T----CACAG--AA-A-GGTG-A---TGGGTG---C---AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----A--GA------TG--A--G-TTTCTT-TGAT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-T-----AT---AA--CA---CTC------A---CAG---------A---AC-G-GT-G-A---TGGGTG---C---AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGATTG-----GAAAA-----G--TGAATATCTG--A--A-TATCTT-AGAT--TTC-T--GTAA------C-G---------ACT-G--CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC--------T---AC--T----C-CGTTGGAA---CAA-T----CACAT--AT-A-GC-G-T---TTGGTC---T-TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATTG-----AAAGA-----G--TA------TT--A--G-C--CTT-TGAT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATG---GAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-A-----ATTGAAT--CG---C-T------G---CA-------TATATTTAC-A-GA---A---TTAA-----------ATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCCA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGG--G--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-ATCT--GT---GT--CA---C-T------A---CAT-T----TACA---AA-ATGG-G-C---TTAATT-----TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCAT--ATT-T--ATA-------A-A--TA----TG---A--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-ATTT--GT---GT--CG---C-T------G---CAT-T----TACA---AA-A-TG-A-AT--TTAATT-----TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATAAG---A--CG------AT--T--A-T--C---TGGT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T----G--CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---A---CA----G-GTACA---GT-G-AG-G-G---TCATCG---C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATA-----A---G------AC--G--A-T--TTTCTGGT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TGC------ATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---A---CA----G-GTACA---AA-G-AG-G-G---TCATCG---C-GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGTC-----AAATAAG---A--CG----------A--T-T--CTC-TGGT--TCC-TA-AAA-------T-GA-T-----TGCA-G--C---T--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---A---CA----G-GTACA---AA-A-AG-G-G---TGATCG---C-GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGATTG-----AAA-A-----A---G------TTGGA--C-T--CTT-TGAG--TTG-T--GAA-------T----C-----TACT-G--TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-A-----GT---CT--CAATTC-C------A---CAA-T-C-ACACAG--AG-A-GG-A-A---TT---T---CGTAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGTAAATA---------G------TT--GCCG-T--CTT-TCAA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------C--A--CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCGA-----ATTC-AT--AA---C-C------A---CA----G-GCACA---AA-T-TG-G-A---GTATCT---C-TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACA-----G--CT------GT--A--G-C--CAT-TGAG--TAT-T--ATA------------T-----AGCTTG--CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------A---CA
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGCG-----AAAAA-----A--AC------TC--A--A-T--TCT-TGAAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------C--A--CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTC-ATTAAAAT---AT-------C-C------A---CAA-----GTACAG--AC---GG-G-A---TTATTT---T-TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                                                           --CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-A-----ATTGTAT--CG---C-T------G---CAT-T----TACA---GA-A-TG-G-G---CTAAAT---T-TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                   ttttttacaaatggaa-------C-A--T-----TGA--A--CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-A-----CT---CT--CA---T-C------AGAGCAA-----AAAC----AC-A-TA-G-AACCTT--CC---C-TTAAATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                          22222222222222222222                            33333333333333333333333333                                       4444444444444444444444444444444444444444444                   2222222222222222                                                                                                       
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1    555555   3 66666666666666666666 22 1 99   1   333 0 1 77   66666666666666666666666666     44   22    4444     22            6666666666666666666666666666666666666666666   6666666 2 2 2   0000000000000000 2      222 1 1       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .    ......   . .................... .. . ..   .   ... . . ..   ..........................     ..   ..    ....     ..            ...........................................   ....... . . .   ................ .      ... . .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1    555555   4 11111111111111111111 66 9 00   9   666 3 9 11   55555555555555555555555555     11   44    0000     66            4444444444444444444444444444444444444444444   6666666 0 0 0   3333333333333333 9      888 0 0       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      0      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----GAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGGA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGT--G--TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--GA---C-C------ACA-A-TGG-GG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--T--A-T--CTC-TGGG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGA--G--CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--TA---C-C------ACA-A-T-GCGG-ACA-A-CA-AA-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--ATT--TTT-TTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGT--G--CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-A-----AT---GT--TA---C-C------ATA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-AG-A-A-TTAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAAGA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TAGG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGT--G--CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----TT---AT--TA---A-C------ACA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---T---TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGTG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGT--G--CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTATG-----GAACATGGTTA--AG------TT--A--A-T--CGT-TTAT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGT--A--AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AG--AG---C-C------ACA-ATT-A-GG-ACA-ACTA-GG-GTA-TTTA----TTTGGC---AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGTT-----AAATA-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACT-----G--CT------GT--A--G-C--CTT-TGAG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-T--G--CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-A-T-T-G---CA-A-GA-GG-T-A-TT-G----TCA--C---GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAATG-----GAACA-----T--GG------GT--A--A-T--CTT-TGAT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGT--A--CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----AGACG----------A--G-T--CTT-TGAT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC--------T---AT--AA---C-CTCTTG-ACA-T-T----C-ACAGA-AA-GGTG-A-TGGG----TG---C-----AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----A--GA------TG--A--G-TTTCTT-TGAT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-T-----AT---AA--CA---CTC------ACA-G----------A-A-CG-GT-G-A-TGGG----TG---C-----AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGATTG-----GAAAA-----G--TGAATATCTG--A--A-TATCTT-AGAT--TTC-T--GTAA------C-G---------ACT-G--CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC--------T---AC--T----C-CGTTGGAACA-A-T----C-ACATA-TA-GC-G-T-TTGG----TC---T---TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATTG-----AAAGA-----G--TA------TT--A--G-C--CTT-TGAT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATG---GAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-A-----ATTGAAT--CG---C-T------GCATA-T-A-TTTACA-------G-A-A-TTAA-----------------ATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCCA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGG--G--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-ATCT--GT---GT--CA---C-T------ACA-T-T----T-ACA-A-AATGG-G-C-TTAA----TT-------TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCAT--ATT-T--ATA-------A-A--TA----TG---A--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-ATTT--GT---GT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-A-AA-TG-A-ATTTAA----TT-------TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATAAG---A--CG------AT--T--A-T--C---TGGT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T----G--CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-G-TG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATA-----A---G------AC--G--A-T--TTTCTGGT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TGC------ATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGTC-----AAATAAG---A--CG----------A--T-T--CTC-TGGT--TCC-TA-AAA-------T-GA-T-----TGCA-G--C---T--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AA-AG-G-G-TGAT----CG---C---GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGATTG-----AAA-A-----A---G------TTGGA--C-T--CTT-TGAG--TTG-T--GAA-------T----C-----TACT-G--TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-A-----GT---CT--CAATTC-C------ACA-A-T-C-AC-ACAGA-GA-GG-A-A-TT-------T---CG--TAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGTAAATA---------G------TT--GCCG-T--CTT-TCAA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------C--A--CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCGA-----ATTC-AT--AA---C-C------ACA-----G-GC-ACA-A-AT-TG-G-A-GTAT----CT---C---TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACA-----G--CT------GT--A--G-C--CAT-TGAG--TAT-T--ATA------------T-----AGCTTG--CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGCG-----AAAAA-----A--AC------TC--A--A-T--TCT-TGAAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------C--A--CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTC-ATTAAAAT---AT-------C-C------ACA-A-----GT-ACA-G-AC-GG-G-A-TTAT----TT---T---TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                                                           --CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-A-----ATTGTAT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-G-AA-TG-G-G-CTAA----AT---T---TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                   ttttttacaaatggaa-------C-A--T-----TGA--A--CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-A-----CT---CT--CA---T-C------A---------GA-GCA-A-AA-AC-A-C-ATAGAACCTT---CCCTTAA-ATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                          22222222222222222222                            33333333333333333333333333                                       4444444444444444444444444444444444444444444                   2222222222222222                                                                                                       
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1    555555   3 66666666666666666666 22 1 99   1   333 0 1 77   66666666666666666666666666     44   22    4444     22            6666666666666666666666666666666666666666666   6666666 2 2 2   0000000000000000 2      222 1 1       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .    ......   . .................... .. . ..   .   ... . . ..   ..........................     ..   ..    ....     ..            ...........................................   ....... . . .   ................ .      ... . .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1    555555   4 11111111111111111111 66 9 00   9   666 3 9 11   55555555555555555555555555     11   44    0000     66            4444444444444444444444444444444444444444444   6666666 0 0 0   3333333333333333 9      888 0 0       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      0      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----GAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGGA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGT--G--TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--GA---C-C------ACA-A-TGG-GG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--T--A-T--CTC-TGGG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGA--G--CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--TA---C-C------ACA-A-T-GCGG-ACA-A-CA-AA-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--ATT--TTT-TTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGT--G--CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-A-----AT---GT--TA---C-C------ATA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-AG-A-A-TTAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAAGA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TAGG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGT--G--CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----TT---AT--TA---A-C------ACA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---T---TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGTG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGT--G--CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTATG-----GAACATGGTTA--AG------TT--A--A-T--CGT-TTAT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGT--A--AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AG--AG---C-C------ACA-ATT-A-GG-ACA-ACTA-GG-GTA-TTTA----TTTGGC---AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGTT-----AAATA-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACT-----G--CT------GT--A--G-C--CTT-TGAG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-T--G--CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-A-T-T-G---CA-A-GA-GG-T-A-TT-G----TCA--C---GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAATG-----GAACA-----T--GG------GT--A--A-T--CTT-TGAT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGT--A--CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----AGACG----------A--G-T--CTT-TGAT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC--------T---AT--AA---C-CTCTTG-ACA-T-T----C-ACAGA-AA-GGTG-A-TGGG----TG---C-----AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----A--GA------TG--A--G-TTTCTT-TGAT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-T-----AT---AA--CA---CTC------ACA-G----------A-A-CG-GT-G-A-TGGG----TG---C-----AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGATTG-----GAAAA-----G--TGAATATCTG--A--A-TATCTT-AGAT--TTC-T--GTAA------C-G---------ACT-G--CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC--------T---AC--T----C-CGTTGGAACA-A-T----C-ACATA-TA-GC-G-T-TTGG----TC---T---TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATTG-----AAAGA-----G--TA------TT--A--G-C--CTT-TGAT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATG---GAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-A-----ATTGAAT--CG---C-T------GCATA-T-A-TTTACA-------G-A-A-TTAA-----------------ATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCCA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGG--G--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-ATCT--GT---GT--CA---C-T------ACA-T-T----T-ACA-A-AATGG-G-C-TTAA----TT-------TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCAT--ATT-T--ATA-------A-A--TA----TG---A--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-ATTT--GT---GT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-A-AA-TG-A-ATTTAA----TT-------TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATAAG---A--CG------AT--T--A-T--C---TGGT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T----G--CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-G-TG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATA-----A---G------AC--G--A-T--TTTCTGGT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TGC------ATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGTC-----AAATAAG---A--CG----------A--T-T--CTC-TGGT--TCC-TA-AAA-------T-GA-T-----TGCA-G--C---T--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AA-AG-G-G-TGAT----CG---C---GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGATTG-----AAA-A-----A---G------TTGGA--C-T--CTT-TGAG--TTG-T--GAA-------T----C-----TACT-G--TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-A-----GT---CT--CAATTC-C------ACA-A-T-C-AC-ACAGA-GA-GG-A-A-TT-------T---CG--TAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGTAAATA---------G------TT--GCCG-T--CTT-TCAA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------C--A--CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCGA-----ATTC-AT--AA---C-C------ACA-----G-GC-ACA-A-AT-TG-G-A-GTAT----CT---C---TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACA-----G--CT------GT--A--G-C--CAT-TGAG--TAT-T--ATA------------T-----AGCTTG--CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGCG-----AAAAA-----A--AC------TC--A--A-T--TCT-TGAAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------C--A--CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTC-ATTAAAAT---AT-------C-C------ACA-A-----GT-ACA-G-AC-GG-G-A-TTAT----TT---T---TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                                                           --CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-A-----ATTGTAT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-G-AA-TG-G-G-CTAA----AT---T---TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                   ttttttacaaatggaa-------C-A--T-----TGA--A--CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-A-----CT---CT--CA---T-C------A---------GA-GCA-A-AA-AC-A-C-ATAGAACCTT---CCCTTAA-ATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT


blockSeqs                     :                                       TTTA    T   AATCAC G TA  TTAA A    AA     A     AATA   C T  C    ATTTGT   T GTGAATATCTG          CC T TT   C   AGC   A AA   AATGGAACATATAAATGGAA           GA   GA    GTTT     AG            AATTGAATCGCTGCATATATTT                        ACTAG   T T T   GAACCTTCCCTTA    T      ACG A C       G          C                  G    A  ATG   T      A  TT T      C      T
blockSeqs                     :                                       TTTA    .   GCGC   G A   .    .    .      .     TGA    . T  C    T        T TGGTTAAGTT           .  . AT   .   G     . GA   TGATTGCAG                      G    .     .        .             AGTCTCAATTCCACAATCAC                          GAAAG   . . .   ATTTGGCAA        T      ACG A C       .          .                  .    .  ATG   A      A  T  T      T      T
blockSeqs                     :                                       T       .   GCGA   G .   .    .    .      .     TGA    . T  C    T        G AGACGAT              .  . A    .   G     . A    AAGATTGC                       .    .     .        .             TAACATGCTACCACAATTG                           TATAG   . . .   GTCACGC          T      ACG A A       .          .                  .    .  TT    T      A  C  A      T      T
blockSeqs                     :                                       T       .   GCGC   G .   .    .    .      .     TGA    . T  C    T        T AGTTGG               .  . A    .   G     . .    TGTTGAG                        .    .     .        .             AATATTACCACAATGCGG                            AAATG   . . .   GTTCTA           G      ATT T C       .          .                  .    .  TA    T      G  A  A      G      A
blockSeqs                     :                                       T       .   GCGC   A .   .    .    .      .     TGA    . T  T    T        C ATGTT                .  . .    .   G     . .    CGTTGTG                        .    .     .        .             AATGTTACCATAATGTGG                            GAGAG   . . .   GTTCTA           G      ATC T T       .          .                  .    .  TT    G      T  G  G      T      G
blockSeqs                     :                                       T       .   GCGG   G .   .    .    .      .     TGG    . T  C    G        T ATGTT                .  . .    .   T     . .    CGTTGTG                        .    .     .        .             ATTATTAACACAATGTGG                            ACAA    . . .   GTTTTA           G      TCT C A       .          .                  .    .  AT    A      T  A  G      G      G
blockSeqs                     :                                       T       .   ACAT   G .   .    .    .      .     TTT    . T  T    T        C ATGTT                .  . .    .   G     . .    CCTTGTG                        .    .     .        .             AATAGAGCCACAATTAGG                            ACAA    . . .   GTCTTA           G      TCT C A       .          .                  .    .  AT    A      C  A  .      G       
blockSeqs                     :                                       A       .   TTTA   T .   .    .    .      .     AGG    . T  T    T        C ATGTT                .  . .    .   T     . .    AATTGTA                        .    .     .        .             TATAACCTCTTGACATTC                            ACAC    . . .   TCGCGT           G      TAG A A       .          .                  .    .  AT    .      C                    
blockSeqs                     :                                       A       .   AAGC   A .   .    .    .      .     TGC    . T  T    G        C GCTGT                .  . .    .   T     . .    CAGCTTG                        .    .     .        .             TACTCCGTTGGAACAATC                            AGAG    . . .   TCGCGT           G      TAT T T       .          .                  .    .  AT    .                           
blockSeqs                     :                                       A       .   AAGC   T .   .    .    .      .     TGC    . T  T    G        C TGGGT                .  . .    .   T     . .    CATTGTA                        .    .     .        .             ATCTGTGTCACTACATTT                            ACGG    . . .   TCGCGT           G      AAA T A       .          .                  .    .                                    
blockSeqs                     :                                       T       .   AAGC   T .   .    .    .      .     TTC    . C  A    G        A AGACG                .  . .    .   T     . .    TCTAGGA                        .    .     .        .             ATTTGTGTCGCTGCATTT                            AAAT    . . .   TCTCTT           G      TAA C T       .          .                  .    .                                    
blockSeqs                     :                                       T       .   CT     G .   .    .    .      .     CAA    . A  T    G        G AGATG                .  . .    .   T     . .    TCTAGGA                        .    .     .        .             TATAGAATTTGAACAGGT                            GTGA    . . .   TTTTTT           G      AAG T A       .          .                  .    .                                    
blockSeqs                     :                                       A       .   T      C .   .    .    .      .     CAT    . A  A    G        C GTATT                .  . .    .   A     . .    ACGACTG                        .    .     .        .             TATAGAATTTGAACAGGT                            AAGA    . . .   AATTTA           G      AAG T A       .          .                  .    .                                    
blockSeqs                     :                                       A       .   T      C .   .    .    .      .     CAT    . A  A    G        C AGACG                .  . .    .   T     . .    AATAGGG                        .    .     .        .             TATAGAATTTGAACAGGT                            AAAA    . . .   ATTTA            A      CAG T A       .          .                  .    .                                    
blockSeqs                     :                                       A       .   .      C .   .    .    .      .     ATT    . A  C    G        T GCTGT                .  . .    .   T     . .    AATATGA                        .    .     .        .             GAATTCATAACCACAGGC                            AATT    . . .   ATTTA            A      TAA A T       .          .                  .                                         
blockSeqs                     :                                                            .   .    .    .      .     ATT    . A  C    C        T AACTC                .  . .    .   T     . .    TCTACTG                        .    .     .        .             ATTAAAATATCCACAAGT                            GACG    . . .   TCGTA            G      AAC T T       .          .                  .                                         
blockSeqs                     :                                                            .   .    .    .      .     ATT    . A  T    C        T AGAC                 .  . .    .   T     . .    TAGCTTG                        .    .     .        .             AATTGTATCGCTGCATTT                            GAAT    . . .   GTGC             .      TAA T C       .          .                                                            
blockSeqs                     :                                                                .    .    .      .     CGT    . T  A    C        T AGAC                 .  . .    .   G     . .    CATTGAA                        .    .     .        .             TATAACACTCACAG                                AAAA    . . .   GTGC             .      TAT T T       .          .                                                            
blockSeqs                     :                                                                .    .    .      .     TTT    . T  C    G        C AGAC                 .  . .    .   A     . .    GATTG                          .    .     .        .             ACTCTCATCAGA                                  .       . . .   A                .      AAT A C       .          .                                                            
blockSeqs                     :                                                                .    .    .      .     TGC    . A  T    T        A GTT                  .  . .    .   G     . .    GGTCA                          .    .     .        .                                                                                                         T       .          .                                                            
blockSeqs                     :                                                                .    .    .      .     T      . .  T    G        .                                                 AGTCA                          .    .                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                  .    .                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                            
originalCons                  :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
finalCons                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT

lowQualScore                  :                                                   111111                                                          22222222222222222222                            33333333333333333333333333                                       4444444444444444444444444444444444444444444                   2222222222222222                                                                                                       
lowQualScore                  :                                       9999    2   444444 1 55  3333 1    22     1     66666  1 2  1    555555   3 66666666666666666666 22 1 99   1   333 0 1 77   66666666666666666666666666     44   22    4444     22            6666666666666666666666666666666666666666666   6666666 2 2 2   0000000000000000 2      222 1 1       1          1      0       0   2    2  666   8      1  66 5      1      1         
lowQualScore                  :                                       ....    .   ...... . ..  .... .    ..     .     .....  . .  .    ......   . .................... .. . ..   .   ... . . ..   ..........................     ..   ..    ....     ..            ...........................................   ....... . . .   ................ .      ... . .       .          .      .       .   .    .  ...   .      .  .. .      .      .         
lowQualScore                  :                                       5555    5   555555 4 33  9999 8    55     8     11111  8 2  1    555555   4 11111111111111111111 66 9 00   9   666 3 9 11   55555555555555555555555555     11   44    0000     66            4444444444444444444444444444444444444444444   6666666 0 0 0   3333333333333333 9      888 0 0       9          9      6       5   4    7  888   8      0  00 9      0      6         
consensus                     :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
Reference ( family-732 )      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGNTC-TTGTCGAGTN-----AAACA-----A--CG------TT--A--A-T--CTT-TGAN--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGC--G--CATTT--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--NA---C-C------ACA-A-T-G-GN-ACA-A-NA-GG-G-A-TTAG----TT---C---TAAGATGGTTNANANANAGGTCAT-TATTTAAATT-GCTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATANAACTGANAA-NTNTCTATTNCCATGATAAAAGTGTT
gi|29636                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GAGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----GAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGGA--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGT--G--TATAT--GAA--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--GA---C-C------ACA-A-TGG-GG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATATAACTGAAAA-TTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29637                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--T--A-T--CTC-TGGG--TTC-T--GTA-------T-G--T-----TGA--G--CATTT--GAA--AAAA----TAGTG--CTCAGCATCTTC-A-----AT---AT--TA---C-C------ACA-A-T-GCGG-ACA-A-CA-AA-A-A-TCAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TTATATAACTGAACA-TTTTCTATTCCCGTAATAAAAGTGTT
gi|29638                      :                            TTTCATCTCCAT---ATAG-AAGG--CGATGT--GT----A-CTTA--GTGGG-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--ATT--TTT-TTAG--TTC-T--ATA-------C-G--T-----TGT--G--CATTTG-AAA--AAAA----TAATG--CTCAGCCTCTTC-A-----AT---GT--TA---C-C------ATA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-AG-A-A-TTAG----TT---C---TAATATGGTTACGGAACAAGTCAT-TATTTAGATT-ACTTCAATTATTTCTTAA-TCTT-GC-TAATAAAATTGAAAATTTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTT
gi|29639                      :                            TTTCATCTTCAT---ACAG-AAAG--CGCTGT--GT----A-CTTA--GTGGT-TGAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAAGA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TAGG--TTC-T--TTA-------C-G--T-----TGT--G--CATTT--GAG--AAAA----TAATG--CTCAGCATCTTC-A-----TT---AT--TA---A-C------ACA-A-T-GTGG-ACA-A-CA-CG-A-A-TCAG----TT---T---TAATATGGTTACGGAAAAAGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TCAT-GC-TTAAATAACTGAAAA-CT-TCTATTTCCATGATAAAAGTGTT
gi|29640                      :                            TTTCATCTCCAT---ACAG-AAGG--CGCTGT--AT----A-CTAC--GTGGG-TTAAA--TGATC-TTGTCGAGTT-----AAATA-----A--TG------TT--A--A-T--CTT-TGTG--TTC-T--ATA-------C-C--T-----TGT--G--CA-TT--AAA--AAA
gi|29641                      :                            TTTCAACCCCGTTTAATAG-AA------TCATA-GT----A-CTGG--GGGGGATGAAAAAT-ATC-TTGTTGTATG-----GAACATGGTTA--AG------TT--A--A-T--CGT-TTAT--TAC-T--GTA-------A-A--T-----TGT--A--AATATGAAAA--AAAG----TAATA--TTCAGCATCTTC-A-----AT---AG--AG---C-C------ACA-ATT-A-GG-ACA-ACTA-GG-GTA-TTTA----TTTGGC---AAAGATGATTATTATACAAATCAT-TGTTTAAATT-GCTACAATTATTta
gi|29642                      :                            TTGCATCTACAT---AAAG-AAGG--CGGTGT--GT----T-CTTA--GTAGG-TGAAA--TGGTA-TTGTCGAGTT-----AAATA-----
gi|29643                      :                            TTTTATTTCCAA---ATAA-CAA---C-TTGTTAGT----A-TTTA--ATGGG-TGATA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACT-----G--CT------GT--A--G-C--CTT-TGAG--TGT-T--ATA-------CAG--C-----T-T--G--CATTG--AAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-A-T-T-G---CA-A-GA-GG-T-A-TT-G----TCA--C---GCAGGTGGTTATCATATAGGT-ATGCATTTAAATT-GCTACACCTGTTTC
gi|29644                      :                            TTTCATCCCCATTTAATAA-AAAAATCACTTT--GT----A-CTGA--GAGTA-TGAAA--AGGTC-TTGTTGAATG-----GAACA-----T--GG------GT--A--A-T--CTT-TGAT--TTC-T--GTA-------C-A--T-----TGT--A--CATTT--GAA--AAA
gi|29645                      :                                                               T----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----AGACG----------A--G-T--CTT-TGAT--TGC-A--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GGAG----TAGTG--TTCAGCATCTTC--------T---AT--AA---C-CTCTTG-ACA-T-T----C-ACAGA-AA-GGTG-A-TGGG----TG---C-----AGATGATTTCTACAAAGATCGG-CATTTAAATT-ACTACAGTTGTTTCTAAG-CCTT-GCATGATA-AACTGA
gi|29646                      :                                    tttcacttccactcagtagtagattaaT----A-TTTA--ATGGA-TGTAA--TGCTC-GTGTTGTTTG-----AAACA-----A--GA------TG--A--G-TTTCTT-TGAT--TGC-T--ATA-------T-C--T-----AGG--A--CATTT--AAA--GAAG----TAGTG--TTCAGCAACTTC-T-----AT---AA--CA---CTC------ACA-G----------A-A-CG-GT-G-A-TGGG----TG---C-----AGATGGTTTCTACAAAGATCGG-CATTTAGATT-ACTACAGTTGTTTCTTAAGCCTT-GCATGATA-AACTGAGA
gi|29647                      : tttcacttccactcaatagtagattaaTCTTATTTCCAA---ATAGTAATA--CATTA---AT----A-TTAA--GCGGA-TGAAA--TTCTC-TCGTAGATTG-----GAAAA-----G--TGAATATCTG--A--A-TATCTT-AGAT--TTC-T--GTAA------C-G---------ACT-G--CATTG--AAA--AAAG----TAATG--TTCAGCATTTTC--------T---AC--T----C-CGTTGGAACA-A-T----C-ACATA-TA-GC-G-T-TTGG----TC---T---TAAG-TGATTTAGAAAAAGGTCAT-TA-TTAAGTTCGCTGCAATTGTTTC-TAA-TTTTAGC-ATGGATAACCGATTG-ATATCGATTGCCATGTAAAAAGT
gi|29648                      :                            TCTTATCTCCAA---ATAA-CAG-----TTTT--GT----AACATAAAGAGGG-TGAAA--CAATC-TAGTTCATTG-----AAAGA-----G--TA------TT--A--G-C--CTT-TGAT--TTC-T--ATAAATGGAAC-A--TATAAATG---GAACATTT--AAAGAAAAGGTTTTAATA--T---GCGTTCTC-A-----ATTGAAT--CG---C-T------GCATA-T-A-TTTACA-------G-A-A-TTAA-----------------ATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTT
gi|29649                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAGT--TTATTT--AA----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATTC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCCA--TTT-T--GTA-------A-A--T-----AGG--G--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--TTCAGCGTCTTC-ATCT--GT---GT--CA---C-T------ACA-T-T----T-ACA-A-AATGG-G-C-TTAA----TT-------TAAGACGATTAAAATAAAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATCATTTCGCAA-TCTA-GC-
gi|29650                      :                               CATCTCCAT---ACAA-CAG------TGT--GTTTAAA-TTTA--ATGGG-TGAAA--CATCC-TAGTAGAATG-----GAACA-----A---G------AC--A--A-TA-CGT-TCAT--ATT-T--ATA-------A-A--TA----TG---A--CATTT--AAA--AAAG----AAATG--CTCAACATCTCC-ATTT--GT---GT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-A-AA-TG-A-ATTTAA----TT-------TAAGGTAATTTAAACATAGATCAT-AATTTAGATT-GCTGCAATTATTTCGTAA-TCTA-GC-T
gi|29651                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATAAG---A--CG------AT--T--A-T--C---TGGT--TCC-TAAAAA-------G-A--T-----T----G--CATCT--AAA--AAGG----TAATG--ATCTGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-G-TG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCGCAA-TCTT-GC-
gi|29652                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCTCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTCGAGTC-----AAATA-----A---G------AC--G--A-T--TTTCTGGT--TCC-T--AAA-------A-AGAT-----TGC------ATCT--AAA--AAGG----TTATG--ATCAGCATCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AG-AG-G-G-TCAT----CG---C---GTAGGTGATTAAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCTACATTTGGTTCACAA-T
gi|29653                      :                                 TTTCCAA---ATAA-AAGA--AGCCCT--GC----A-TTTA--ATGGG-TGAAA--ATTTC-TAGTTGAGTC-----AAATAAG---A--CG----------A--T-T--CTC-TGGT--TCC-TA-AAA-------T-GA-T-----TGCA-G--C---T--AAA--AAGG----TAATG--ATCAACACCTTC-T-----AT---AG--AA---T-TTGA---ACA-----G-GT-ACA-A-AA-AG-G-G-TGAT----CG---C---GTAGATGATTCAGGTAAAGGTCAT-TGTTCAAGTT-GCGACATTTGGTTCGCAG-TCTT-GC-agcagctatatatctctgaccatcactatagtaagagggt
gi|29654                      :                                                               T----A-TTAA--GCGGG-TGAA---CGTTCCTTATAGATTG-----AAA-A-----A---G------TTGGA--C-T--CTT-TGAG--TTG-T--GAA-------T----C-----TACT-G--TATTT--AAA--GAAA----TAGTGAGTT--GCATTTTC-A-----GT---CT--CAATTC-C------ACA-A-T-C-AC-ACAGA-GA-GG-A-A-TT-------T---CG--TAA-ATGATTTAAAAATAAGTCGT-TATTTAAGTC-GCTACA
gi|29655                      :                                      tttccatacaagataatattga--GT----A-CTTA--ATGGT-TGAAA--T--TC-A---CGAGTATTTGTAAATA---------G------TT--GCCG-T--CTT-TCAA--TTC-TGAAAA-------G-G--T-------C--A--CATCG--AAA--AATA----AAATG--TTCTGCATCTTCGA-----ATTC-AT--AA---C-C------ACA-----G-GC-ACA-A-AT-TG-G-A-GTAT----CT---C---TTAAGTGGTTAACATATAGGTCGG-CGTTTGAATT-ACTGCAATTATTTCTTAA-TC
gi|29656                      :                                                            --GT----A-TTTA--ATGGG-TGGTA--TTTTC-TTGTTTTGTT-----AAACA-----G--CT------GT--A--G-C--CAT-TGAG--TAT-T--ATA------------T-----AGCTTG--CATTG--GAA--TAAG----TAATG--TTCAGCATTTTCTA-----AC---ATGCTA---C-C------ACA-
gi|29657                      :                                                                ----A-CCTA--TTGGG-TGGAA--TGCTC-TAACTGAGCG-----AAAAA-----A--AC------TC--A--A-T--TCT-TGAAGCTACAT--ATA-------A-G--T-------C--A--CATTT--AAA--AAAG----TAGTG--CTCAGCATCTTC-ATTAAAAT---AT-------C-C------ACA-A-----GT-ACA-G-AC-GG-G-A-TTAT----TT---T---TTAAATGGTTTAAATACATATCAC-TATTCAAATT-ACTGCAGTTATTTCTGAT-TCTA-GC-ATGCAGAGTTGATAA-GTATCTGTTTCC
gi|29658                      :                                                                                                                                                                                           --CATTT--AAA--GAAA----AAATG--TTCTGCGTCCTC-A-----ATTGTAT--CG---C-T------GCA-T-T----T-ACA-G-AA-TG-G-G-CTAA----AT---T---TAAGATTGTTTATATATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTAAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT
gi|29659                      :                                                                                                                                                   ttttttacaaatggaa-------C-A--T-----TGA--A--CGTTT--AAA--AAAG----TAATG--CTCAGTATTTTC-A-----CT---CT--CA---T-C------A---------GA-GCA-A-AA-AC-A-C-ATAGAACCTT---CCCTTAA-ATGGTTAATAAACACATCAG-TATTCAAAT----TATAATTTTTGGTTAA-TTGT-GC-
gi|29660                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATAGGTCAT-TATTTAAATT-ACTGCAGTTATTTCTTAA-CCTA-GC-ATGTTAAACTGACAA-ATGCCGCTTGCCATGAGAAAAATGT