lowQualScore : 1111111111 11111 11 111111111 1 1111 11 111 333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 222 22 1111 1 2222 1111111 1111 11 1111111 555555555555 111 111 11111
lowQualScore : 3 55 2 1 777777 2 0 2 1 2 9999999999 4444 1 2 8888 2 1 00000 333 1 33 1 55 2 66 33 000000000 5 5 2 33 1 33 2222 4 555 4 22 44 0 555 8888 444 555 111111111111111111 1 88 3 2 3 0 2 5 6 3 3 4 33 2 99999999999999999999999999999999999999 333 4 55 6666 0 0 5555 0 7 1 4444 6666666 3 5555 5 66 00 66 888 6666666 0 111111111111 5 333 2 0 111 33 1 5 66 0 5 0 11111 55 5 0 2 6
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . .......... .... . . .... . . ..... ... . .. . .. . .. .. ......... . . . .. . .. .... . ... . .. .. . ... .... ... ... .................. . .. . . . . . . . . . . .. . ...................................... ... . .. .... . . .... . . . .... ....... . .... . .. .. .. ... ....... . ............ . ... . . ... .. . . .. . . . ..... .. . . . .
lowQualScore : 2 55 3 6 333333 2 4 8 6 2 3333333333 7777 9 2 8888 2 0 99999 999 0 22 6 33 5 99 66 222222222 7 7 4 99 4 99 5555 3 444 7 77 22 5 444 2222 111 000 111111111111111111 2 11 3 4 0 7 2 5 1 9 0 8 44 9 99999999999999999999999999999999999999 222 4 66 7777 7 4 6666 7 9 4 3333 6666666 4 6666 0 99 11 99 888 2222222 1 111111111111 0 888 5 8 222 99 1 0 99 2 0 1 00000 11 0 4 5 0
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACGAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTNCCNCAGGGAAGT---ATCC----TGG-GCCC-N--CTT-TTGTT-T-TTATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTAT--ATGCAGATGA--CAGTG-CAATATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNNTANA-TGGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTA--TTTGGCT-----------C---------T---------TCTG--GAAGN-CTTAAAAA-A--TTCAGT---CATTTACGGTTACATGCAACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTG-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTT---A--------AAAAAGT-TAA---TTCGNGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
Reference ( gi|104641 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAAAAGC---ATCC----TGG-GCCC-T--CTT-TTATT-T-TAATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTAT--ATGCAGATGA--CAGTG-TAATATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTCTACA-TGGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTA--TTTGGCT-----------C---------T---------TTTG--GAAGT-CTTAAAAA-A--TTCAGT---CATTTACGGTTACATGCAACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTG-GGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTTAA-A--------AAAAAGT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGGAAGC---ATCC----TGG-GCCC-T--CTT-TTATT-T-TTATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTAT--ATGCAGATGA--CAGTG-TAATATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTCTACA-TGGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTG--TTTGGCT-----------C---------T---------TCTA--GAAGA-CTTAAAAA-AG-TTCAGT---CATTTACGGTTACATGCAAAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTG-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTT---A--------AAAAAGT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGGAAGC---ATCC----TTG-GCCC-T--CTT-TTATT-T-CTATGTTA---TGGCAATGATAT--GCCTAC--GC-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTAT--ATGCAGACGA--CAGTG-TCATGTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTCTACA-TGGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTC--TTTGGCT-----------C---------T---------TTTA--AAAGA-CTTAAAAA-AG-TTCAGT---CATTTACGGTTACATGCAACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTA-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTT---A--------AAAAAGT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGGAAAC---ATCC----TGT-GCGC-T--CTT-TTATT-T-TTATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTAT--ATGCAGACGA--CAGTG-TAAAATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTCTACA-TGGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTA--TTTGGCT-----------C---------T---------TCTA--GAAGA-TTTAAAAA-AG-TTCAGA---CAATTACGGTAACATACAATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTG-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGCT---A--------AAAAAGT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGGAAGC---ATCC----ATG-GCCC-T--CTT-TTATT-T-TTATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTAT--ATGCAGACGA--CAATG-TAAAATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----G-ATATAGTTCTGCA-AGGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT---TTTGCCT---------------------T---------TCTA--GAAGC-CTTAAAAA-G--TGCAGT---CATTTACAGTTACATGCAACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CGGTG-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTT---A--------AAATAGT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGGAAGA---AACC----TGG-GCCC-T--CTT-TTATT-G-TTATGTTA---TGTCAATGATAT--GCCTAC--GT-GCA--TCGACTC-CGAT-T---------ATTATTAT--ATGCAGATGA--CAGTG-TAATATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTCTACA-TGGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104647 : CAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGGTAGC---ATCT----TAG-GCCC-G--CTT-CTATT-T-----GTTACCATGTAAATGACAT--GGTTA---GTAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTAT--ATGCTGATGA--CAGCA-CGATTCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----GTGTCTTGCTCATCT-CGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGA--GTGCGTTATTTTTGGCT-----------C---------gttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCA---AGGTTCTATTT----TAG-GCCC-T--CTT-TTATT-TCTTCTGTT----TATTAATGATTT--ACC-ACT-TT-ACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGAT--TTAT--ATGCAGATGA-----TA-CAACATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGA---ATTA----TTG-GACC-A--CTT-CTGTTCT-TGAT-TTA---TGTAAATGCCAT--GTC-AT--CT-GTG--TTAA-----AA---AC-AAA-CTATTGTTAT--ATGCAGATGATTC-TTG-TATTCTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG------------GA---GGACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTCAGTGGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTA--TCCGGTT-----------C---------atcatataaataataagctagcagttattg
gi|104651 : TTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACA---AGGTTCAATTC----TTG-GACC-A--CTA-CTGTTCT-TGAT-TTA---TAAAAATGACAT--GTCAGCT-GT-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTAT--ATGCAGATGA--
gi|104652 : TCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGGTACT---GTCC----TCG-GACC-G--TTA-TTGTTCT-TAGTG-TA---CATCAATGACAT--GCCTACTTGT-GTA--TC--CTC-Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGGTACT---GTCC----TGG-GACC-G--TTA-TTGTTCT-TAGTG-TA---CATCAATGACAT--GCCTACTTGT-GTA--TC
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCA----AGG---ATCTGTTTTAG-GCCC-A--CTT-CTATT-TATTATCTT----TATCAATGATAT--GCCCTT--AT-GCA--ctcaactgccagactgttttcagatgattgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGGAACG---ATGC----TCG-GCCC-G--CTT-TCATT-T-CTCTGCTA---CATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAGAAGT---ATTT----TGG-GGCC-A--TTA-TTGTT-T-TTATGCTA---TGTTAATGATAT--GAGTATTAGT-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCT--ATGCCGATGA--TAGTG-C--TATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAATAAA-TGGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTA--TTTGGGT-----------CAAAACGCAGG---------CTTGCTAAAG---TGAAACA-ATTTTCAGT----------GCTTA---GTAATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAATGATTTGTC---TGCTA-CATCCATTGTGAAC--AATA---AT-----------------GTT---A--------AAAAGGT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCTT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGGAAGT---ATTT----TGGTGCCA-T---TT-CTGTT-T-TTATGCTA---TGTAAATGATAT--GAGCAT--TA-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCT--ATGCCGATGA--TAGTG-C--TATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTATAAA-TGATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTA--TTTG
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGGAAGT---ATTT----TGG-GGCC-A--TTA-TTGTG-T-TTATGCTA---TGTAAATGATATGAGCATTA--GT-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCT--ATGCCTATGA--TAGTG-C--TATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAATAAA-TGGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTA--TTTGGGT-----------C---------agtcaaaacgcaagcttgctaaagtgaaacagttttcagtgctttataatggtcacaccatacaagcacaaccatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagctaatgatttgtctgctacatccattgtgaacaatattgttaaaatggtaaattttagaataacatttttgtatagacatgaagactacttaaatttatacagtgtcattttgattat
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGGAAGT---ATTA----TGG-GGCCATAACTG-TT--T-T-TAATGT-A-------AATGATAT--GAGCAT--GA-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCT--ATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAATAAA-TAGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTA--TTTAGaaaatgcaggcttgctaaagtgaaacaattttcagtgcttagtaatggtcacaccatacaagcacaaacatcagtcaaatatcttggtgcaatgttagataatgatttttctgctacatccattgtgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaatttttgtatagacacaaacactacttaaatttatcccttagaaagactctttgtaattctttgatacagtgtcattttaattat
gi|104660 : GGTGTGCCACAGGGATCT---ATAT----TAG-GCCC-T--CTTCTTTTC-T-TAGT-TTA---TATTAATGATAT--gacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104661 : -CGGT-TGA-AAG-ATATTATTCTCTATGCCGATGA--TAGTG-C--TATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAATAAA-TGGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTA--TTTGGGTAAAAACGCAGGC---------T---------TGCT--AAAG---TGAAACA-ATTTTCAGT----------GCTT---TGTAATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATGGA-AGGTGCAATGTTA-AA--TAAT--------GAT-----TTGTCTGCTACACCCATTGTGAACAATATTGTTAAAAAGG-TAAC--TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GACT------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : TATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAGTAAA-TGGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTA--TTTGGTT-----------C---------T---------
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAGTAAA-TGGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTA--TTTGGTT-----------C---------TAAACGTAAGTTAG--CAAATATTTAAAAATA--TTCAATGAACATT
gi|104664 : AATTGTAGTAAA-TGTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTA--TTTGGTG-----------C---------TAAGAATGAGTTAG--CGAGT-GTTGAAAG-A--TTCAATGTACATT
gi|104650 : -TGGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTT--TTCGGTT-----------C---------
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcag-TGGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTA--TTCGGAT-----------C---------
gi|104646 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagAAA-G--TTCAGT---CATTTACGGTTACATGCAACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGAAAAGT----TACTA-AA--CGGTG-AGGC--GATA---GTTGACT-------CCATTGTT-T-A--------AAAAAGT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104665 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccTAAATAATGATAAAT----ATTTATAA--TGGTG-AGGCTCAATATATGTTGACT-------CAAT-GTTAA-A--------AAAACGTGTAAATTTTCGAGTAAAG---TTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA-TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 1111111111111 22222 1111 222222 1111 1111111 111
lowQualScore : 1 2 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 4 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 444 444 333 1 1 1 1 1 2 1 2 66666 5555555555555 1 66 777 44444 8 777 777 4 0 7777 1 1 8 8888 555555 2 6666 4 55 55 1111111 55 444 777 4 55 55 4 777 1 1 55 44 1 4 55 0 4 0 8888 4 4 2
lowQualScore : . . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ..... ............. . .. ... ..... . ... ... . . .... . . . .... ...... . .... . .. .. ....... .. ... ... . .. .. . ... . . .. .. . . .. . . . .... . . .
lowQualScore : 4 0 66 4 8 555555 0 1 8 0 0 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 555 444 999 0 5 0 0 0 3 0 6 77777 6666666666666 0 99 888 44444 9 888 888 4 7 1111 1 1 9 9999 666666 3 5555 0 55 55 5555555 55 000 000 0 55 55 0 000 0 2 00 22 4 0 55 7 0 7 5555 0 0 5
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----C--TTCTAGA----AGNCT--TAAA---AAA-----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGNGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACGAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTNCCNCAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--NAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----C--TTCTGGA----AGNCT--TAAA---AAA-----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGNGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----C--TTTTGGA----AGTCT--TAAA---AAA-----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----C--TTCTAGA----AGACT--TAAA---AAAG----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGTTATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----C--TTTTAAA----AGACT--TAAA---AAAG----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----C--TTCTAGA----AGATT--TAAA---AAAG----TTCAGAC-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT--------TTCTAGA----AGCCT--TAAA---AAG-----TGCAGTC-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGACAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGTTATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : A---AAG-----TTCAGTC-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATTGAAAAGT----TACTA-AA--CG--GTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TACCATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----C--
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGTT-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-TTATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----C--atcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-TTATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : T---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----C--ttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-TTATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : T---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----C--ttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT-ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT-ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCTT-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGCTACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGCTATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----C------AAAACGCAGGCT--TGCT---AAA-----GTGAAACAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAATGATTTGTC---TGCTA-CATCCATTGTGA-------AC--AATA---AT-------------G-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCTT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGCTATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----C--
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGCTATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGT-----CAAAAC-GCA----AGCTTGCTAAAGTGAAACAGTTTTCAGTG-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAATGATTTGTC---TGCTA-CA--T---------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG--------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTATaaaatgcaggcttgctaaagtgaaacaattttcagtgcttagtaatggtcacaccatacaagcacaaacatcagtcaaatatcttggtgcaatgttagataatgatttttctgctacatccattgtgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaatttttgtatagacacaaacactacttaaatttatcccttagaaagactctttgtaattctttgatacagtgtcattttaattat
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A-----ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104660 : GGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTTTATATTAATGATAT--gacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAAC-------GC----AGGCT--TGCT---AAA-----GTGAAACAATTT---TCAG---TGCTTTGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATGGA-AGGTGCAATGTTA-AA--TA--ATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GACT------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----C--T
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----C--T
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGaaacgtaagttagcaaatatttaaaaatattcaatgaacatt
gi|104665 : TAAATAATGATAAAT----ATTTATAA--TG--GTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTA--AA-GTTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA-TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTATtgctaagaatgagttagcgagtgttgaaagattcaatgtacatt
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 555555555555555555555555555555555 222 11111 111 11111 1 2222 2222222 1111111111 1111 1111111 111
lowQualScore : 1 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 2 2 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 666 333 333 1 1 1 1 1 2 1 2 666666666666666666666666666666666 8 3 000 44444 777 444 2 4 55555 2 2 2 5555 4444444 1 3 2 5555555555 5555 3 3 2 1111111 55 222 666 0 3 55 55 3 666 1 2 44 1 55 0 3 55 1 7 55 77777 7 7 0 5 0 0
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ................................. . . ... ..... ... ... . . ..... . . . .... ....... . . . .......... .... . . . ....... .. ... ... . . .. .. . ... . . .. . .. . . .. . . .. ..... . . . . . .
lowQualScore : 4 66 4 8 555555 0 1 8 2 1 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 444 444 999 0 5 0 0 0 3 0 8 111111111111111111111111111111111 1 3 444 66666 000 000 5 0 55555 5 5 0 5555 5555555 4 6 6 9999999999 0000 6 6 8 8888888 00 777 444 3 6 00 00 6 444 0 6 66 4 99 4 6 00 2 3 44 99999 3 3 2 9 5 4
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGNGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---TTGG--A----AGTCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGT-TATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----------CT-----T---TTAA--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGATTTAAAAA-AG--TTCAGA---C-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT------------T-----T---CTAG--A----AGCCTTAAAAA-G---TGCAGT---C-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : AAA-G---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GAAAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACTA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TAC-CATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----------C
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGT-T-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-T-TATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----------Catcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-T-TATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : TAG-TC--AGT---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----------Cttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgtTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-T-TATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : TTGTTAATC--AGT---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----------Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT--ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-A--GTGTACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCT-T-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGC-TACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AACGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATAATG-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCTT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AATGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTTGG------TGCAA-TGTTAGATAATGATTTTTCTGC----TACATC-CATTGTGA-------AC--AATA----TTG-------------TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTATAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCTT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTAATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGTCAAAACGCAAGCT-----TG--CTA---A----AG---TGAAAC-AGTTTTCAGT---G-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG--------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A------ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104660 : GGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTT-TATATTAATGATAT--gacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAACGCAGGCT-----TG--CTA---A----AG--TGAAACA-ATT-TTCAGT--------------GC---TT---TGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATG-GA-AG----------GTGCAATGT-TA-AATAATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GACT------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----------CT-----
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----------CTAAACGTAAGTTAGCAA----ATATTTAAAAATA---TTCAATGAAC-ATT
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGTG-----------CTAAGAATGAGTTAGC-G----AGTGTTGAAAG-A---TTCAATGTAC-ATT
gi|104665 : TAAATAAT-GATAA----------AT----ATT-TATAATGGTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTA--AA-GTTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA-TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 555555555555555555555555555555555 222 11111 111 11111 1 2222 2222222 1111111111 1111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 1 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 2 2 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 666 333 333 1 1 1 1 1 2 1 2 666666666666666666666666666666666 8 3 000 44444 777 444 2 4 55555 2 2 2 5555 4444444 1 3 2 5555555555 5555 3 3 2 1111111 55 222 666 0 3 44 44 3 555 11 66666 2 1 77 3 555 7777 55 999999 1 0 0 1 6 3 0
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ................................. . . ... ..... ... ... . . ..... . . . .... ....... . . . .......... .... . . . ....... .. ... ... . . .. .. . ... .. ..... . . .. . ... .... .. ...... . . . . . . .
lowQualScore : 4 66 4 8 555555 0 1 8 2 1 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 444 444 999 0 5 0 0 0 3 0 8 111111111111111111111111111111111 1 3 444 66666 000 000 5 0 55555 5 5 0 5555 5555555 4 6 6 9999999999 0000 6 6 8 8888888 00 777 444 3 3 66 66 3 888 44 66666 5 0 33 3 333 2222 66 888888 0 0 0 6 7 8 8
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---TTGG--A----AGTCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACT-A----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGT-TATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----------CT-----T---TTAA--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGATTTAAAAA-AG--TTCAGA---C-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT------------T-----T---CTAG--A----AGCCTTAAAAA-G---TGCAGT---C-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : AAA-G---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GAAAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAACT-A----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TAC-CATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----------C
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGT-T-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-T-TATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----------Catcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-T-TATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : TAG-TC--AGT---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----------Cttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgtTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-T-TATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : TTGTTAATC--AGT---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----------Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT--ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-A--GTGTACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCT-T-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGC-TACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AACGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATAATG-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCT-T----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AATGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTTGG------TGCAA-TGTTAGATAATGATTTTTCTGC----TACATC-CATTGTGA-------AC--AATA----TTG-------------TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTATAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CCT-T----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTAATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGTCAAAACGCAAGCT-----TG--CTA---A----AG---TGAAAC-AGTTTTCAGT---G-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG---------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A------ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104659 : ATTG-TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-AAGTTTGTATAGACATAAACACTACT-TA--AA--T-TTATCCTTA----AGACAGACTATTTGTAATT-CTTTAATACAGTGTCATTTTGATTATgacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104660 : tgtggagttcctcaaggaagtattatggggccataactgtttttaatgtaaatgatatgagcatgagtataagtcaaaaatgtaaaattattctctatgccgatgatagtgctattctttttctcacataaagatcctgatgtaattagtgaagttttaggcaatgaactagaaaagtgtaataaatagttaatagacaacaaactgtcattacatcttggaaagacagaatgtatattatttaggacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatGGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTT-TATATTAATGATAT--
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAACGCAGGCT-----TG--CTA---A----AG--TGAAACA-ATT-TTCAGT--------------GC---TT---TGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATG-GA-AG----------GTGCAATGT-TA-AATAATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GACT-------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----------CT-----
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----------CTAAACGTAAGTTAGCAA----ATATTTAAAAATA---TTCAATGAAC-ATT
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGTG-----------CTAAGAATGAGTTAGC-G----AGTGTTGAAAG-A---TTCAATGTAC-ATT
gi|104665 : TAAATAAT-GATAA----------AT----ATT-TATAATGGTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTA--AA-GTTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA-T-ATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 555555555555555555555555555555555 222 11111 111 11111 1 2222 2222222 1111111111 1111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 1 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 2 2 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 666 333 333 1 1 1 1 1 2 1 2 666666666666666666666666666666666 8 3 000 44444 777 444 2 4 55555 2 2 2 5555 4444444 1 3 2 5555555555 5555 3 3 2 1111111 55 222 666 0 3 44 44 3 555 11 1 888 2 1 77 3 555 7777 55 3 7777 1 0 0 1 8 1 0
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ................................. . . ... ..... ... ... . . ..... . . . .... ....... . . . .......... .... . . . ....... .. ... ... . . .. .. . ... .. . ... . . .. . ... .... .. . .... . . . . . . .
lowQualScore : 4 66 4 8 555555 0 1 8 2 1 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 444 444 999 0 5 0 0 0 3 0 8 111111111111111111111111111111111 1 3 444 66666 000 000 5 0 55555 5 5 0 5555 5555555 4 6 6 9999999999 0000 6 6 8 8888888 00 777 444 3 3 66 66 3 888 44 0 000 5 0 33 3 333 2222 66 3 1111 0 0 0 6 8 8 8
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---TTGG--A----AGTCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGT-TATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----------CT-----T---TTAA--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGATTTAAAAA-AG--TTCAGA---C-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT------------T-----T---CTAG--A----AGCCTTAAAAA-G---TGCAGT---C-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : AAA-G---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GAAAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TAC-CATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----------C
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGT-T-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-T-TATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----------Catcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-T-TATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : TAG-TC--AGT---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----------Cttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgtTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-T-TATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : TTGTTAATC--AGT---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----------Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT--ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-A--GTGTACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCT-T-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGC-TACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AACGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATAATG-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AATGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTTGG------TGCAA-TGTTAGATAATGATTTTTCTGC----TACATC-CATTGTGA-------AC--AATA----TTG-------------TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTATAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTAATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGTCAAAACGCAAGCT-----TG--CTA---A----AG---TGAAAC-AGTTTTCAGT---G-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG---------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A------ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104659 : ATTG-TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-AAGTTTGTATAGACATAAACACTACT-TA--AA--T-TTATCCTTA----AGACAGACTATTTGTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTGATTATgacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104660 : tgtggagttcctcaaggaagtattatggggccataactgtttttaatgtaaatgatatgagcatgagtataagtcaaaaatgtaaaattattctctatgccgatgatagtgctattctttttctcacataaagatcctgatgtaattagtgaagttttaggcaatgaactagaaaagtgtaataaatagttaatagacaacaaactgtcattacatcttggaaagacagaatgtatattatttaggacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatGGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTT-TATATTAATGATAT--
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAACGCAGGCT-----TG--CTA---A----AG--TGAAACA-ATT-TTCAGT--------------GC---TT---TGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATG-GA-AG----------GTGCAATGT-TA-AATAATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GAC-T------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----------CT-----
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----------CTAAACGTAAGTTAGCAA----ATATTTAAAAATA---TTCAATGAAC-ATT
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGTG-----------CTAAGAATGAGTTAGC-G----AGTGTTGAAAG-A---TTCAATGTAC-ATT
gi|104665 : TAAATAAT-GATAA----------AT----ATT-TATAATGGTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTAAAG---TTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA--TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 555555555555555555555555555555555 222 11111 111 11111 1 2222 2222222 1111111111 1111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 1 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 2 2 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 666 333 333 1 1 1 1 1 2 1 2 666666666666666666666666666666666 8 3 000 44444 777 444 2 4 55555 2 2 2 5555 4444444 1 3 2 5555555555 5555 3 3 2 1111111 55 222 666 0 3 44 44 3 555 11 1 888 2 1 77 3 555 7777 55 3 7777 1 0 0 1 8 1 0
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ................................. . . ... ..... ... ... . . ..... . . . .... ....... . . . .......... .... . . . ....... .. ... ... . . .. .. . ... .. . ... . . .. . ... .... .. . .... . . . . . . .
lowQualScore : 4 66 4 8 555555 0 1 8 2 1 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 444 444 999 0 5 0 0 0 3 0 8 111111111111111111111111111111111 1 3 444 66666 000 000 5 0 55555 5 5 0 5555 5555555 4 6 6 9999999999 0000 6 6 8 8888888 00 777 444 3 3 66 66 3 888 44 0 000 5 0 33 3 333 2222 66 3 1111 0 0 0 6 8 8 8
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---TTGG--A----AGTCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGT-TATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----------CT-----T---TTAA--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGATTTAAAAA-AG--TTCAGA---C-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT------------T-----T---CTAG--A----AGCCTTAAAAA-G---TGCAGT---C-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : AAA-G---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GAAAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TAC-CATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----------C
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGT-T-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-T-TATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----------Catcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-T-TATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : TAG-TC--AGT---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----------Cttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgtTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-T-TATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : TTGTTAATC--AGT---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----------Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT--ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-A--GTGTACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCT-T-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGC-TACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AACGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATAATG-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AATGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTTGG------TGCAA-TGTTAGATAATGATTTTTCTGC----TACATC-CATTGTGA-------AC--AATA----TTG-------------TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTATAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTAATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGTCAAAACGCAAGCT-----TG--CTA---A----AG---TGAAAC-AGTTTTCAGT---G-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG---------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A------ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104659 : ATTG-TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-AAGTTTGTATAGACATAAACACTACT-TA--AA--T-TTATCCTTA----AGACAGACTATTTGTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTGATTATgacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104660 : tgtggagttcctcaaggaagtattatggggccataactgtttttaatgtaaatgatatgagcatgagtataagtcaaaaatgtaaaattattctctatgccgatgatagtgctattctttttctcacataaagatcctgatgtaattagtgaagttttaggcaatgaactagaaaagtgtaataaatagttaatagacaacaaactgtcattacatcttggaaagacagaatgtatattatttaggacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatGGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTT-TATATTAATGATAT--
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAACGCAGGCT-----TG--CTA---A----AG--TGAAACA-ATT-TTCAGT--------------GC---TT---TGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATG-GA-AG----------GTGCAATGT-TA-AATAATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GAC-T------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----------CT-----
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----------CTAAACGTAAGTTAGCAA----ATATTTAAAAATA---TTCAATGAAC-ATT
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGTG-----------CTAAGAATGAGTTAGC-G----AGTGTTGAAAG-A---TTCAATGTAC-ATT
gi|104665 : TAAATAAT-GATAA----------AT----ATT-TATAATGGTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTAAAG---TTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA--TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT
blockSeqs : C CC T AATCT T C A A TTG GTTTA C T C C G G G G C GA TT C A AG CG GTCAAAAA A G A TT A T G GCA G AT TG AAG A CA TTA TGA GCAATGAACTA T TAG CTC CTC T C T A C C G C CAAAACGCAAGCTTGCTAA A T GTT GAAC ATA TGC C T AAATT C G C CATC TGCAATG C A C TGATTTTTCT GCAA A T G TTTGTCT TC CCC TGA T . AC G ATT GC T CAT C A TT A TAG TTTA AA T TTCC G G C A G G
blockSeqs : A . C CAA T C A A TTC GC C T . A G . G . C . TT . T AG CG GTCAAAAA A A A . C . G . G AT . . . CA T . GCAATGAACTA T TAA C . T C T A C C G C AAAAACGCAGGCTTGCTAA A . TT GTAC . TGC C . AAATT A G C CATC TGCAATG C . C . C . . G G . TAT . . . . . . GA T CT G A GT . T TTTA AA . . G G C A G G
blockSeqs : A . C CCA T C A A . GC C T . . . . G . C . TA . . . CG CTCCGAT . . A . A . G . G AT . . . CA T . GCAATGAACTA T TC C . T C T A C C G C CTAAACGTAAGTTAGCAA A . G CA . . C . AAATT C G C CATC A C . C . C . . G G . . . . . . . . GC T CA C A GT . T CCT AA . . G G A A G G
blockSeqs : A . A CAA T C A A . AC C T . . . . G . C . T . . . CG CTCCGAT . . A . A . G . A . . . . CA T . GTAATGAACTA T TC C . T C T A C C A C CTAAGAATGAGTTAGCG C . G CA . . C . AAATT C G . . A C . C . . . . G G . . . . . . . . GC T CA C A GT . T CCT AA . . G . . A G G
blockSeqs : A . C CAA T C A A . GC C T . . . . G . C . . . . . CG CTCCGAT . . A . A . G . G . . . . CA T . TCGTATCATG T TC C . T C T A C C T C CTTCTAGA G . G C . . C . AAAT C G . . A C . A . . . . G G . . . . . . . . GC T CT C A GT . T CCT AA . . G . . A G G
blockSeqs : . . A AAA A C T A . GA C G . . . . A . A . . . . . TG CTCCGAT . . G . G . T . T . . . . CT T . TCGTATCATG A TC C . A C A T T C C T CTTTTAAA G . . C . . C . A A C . . A A . T . . . . T G . . . . . . . . TA A AA A C AA . T CCT AT . . A . . T G T
blockSeqs : . C CCA A T A T . GC T T . . . . G . T . . . . . TG CCCCGAA . . G . A . G . G . . . . GA T . TCGTATCATG A TC A . G C G G T T C T CTTCTAGA A . . C . . . . . A C . . A C . T . . . . A G . . . . . . . . TA A AA A C AA . A CCT AC . . A . . T . T
blockSeqs : . G CAC A A G A . CT T A . . . . G . A . . . . . TA CACTGC . . G . A . G . C . . . . GT T . TCGAATCATG A CT A . T T T G T T T A CAAAACGC T . . C . . . . . A C . . T A . T . . . . G . . . . . . . . . TA A CA A C AA . A GTA G . . C . . A . T
blockSeqs : . C TA A A G A . TT T A . . . . G . G . . . . . TG CTCAAC . . A . T . C . C . . . . GT . . TCGCATAATG A AG A . G C G G T T A G CAAAATGC . . . C . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . TA A AA A C AA . A T . . . C . . T . T
blockSeqs : . . A A A G A . CT C A . . . . C . A . . . . . AA CTCCG . . . . . . C . C . . . . AA . . AAATGAACTT A AA A . A A G G A A A G TTCTAGA . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TA A AT A C G . C C . . . T . . A . A
blockSeqs : . . A T T A C . CT C G . . . . G . C . . . . . CA TTAAA . . . . . . C . C . . . . GT . . TATGTACTT A AA A . A A G G A A A G . . . . . . . . GA A . C A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T C A C . CT T G . . . . G . C . . . . . AA CAC . . . . . . T . C . . . . GT . . TGTGTTG A TA A . A T T T A A A G
blockSeqs : A T A C . CG G A . . . . G . C . . . . . C AAA . . . . . . C . . . . . . AA . . TGAACCA . AA A . A A A T A A A T
blockSeqs : C T G A . GT T G . . . . G . C . . . . . C AAA . . . . . . . CATC . AA A . A A A T A A T T
blockSeqs : A T T . GT T A . . . . T . T . . . . . A AA . . . . AG A . T G G T T T T T
blockSeqs : A T T . GT T A . . . . . . A . . . . . A . . . AG A . T G G T T T A
blockSeqs : A T T . GT T A . . . . . . A . . . . . AG A . T G G T T T
blockSeqs : A T T . CT A A . . . . . . A .
blockSeqs : T G A . . . T . . . . . . T
blockSeqCons : **
originalCons : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
finalCons : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 11 111 222222222222222222 555555555555555555555555555555555 222 11111 111 11111 1 2222 2222222 1111111111 1111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 1 44 0 3 777777 1 0 2 1 1 777 44444 1 0 1 0 2 4 4 2 2 2 1 22 0 0 11 2 4 0 66 44 000000000 5 4 3 33 9 2 3 555 2 11 33 555 2 11 000 444 222222222222222222 2 666 333 333 1 1 1 1 1 2 1 2 666666666666666666666666666666666 8 3 000 44444 777 444 2 4 55555 2 2 2 5555 4444444 1 3 2 5555555555 5555 3 3 2 1111111 55 222 666 0 3 44 44 3 555 11 1 888 2 1 77 3 555 7777 55 3 7777 1 0 0 1 8 1 0
lowQualScore : . .. . . ...... . . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . .. . . .. . . . .. .. ......... . . . .. . . . ... . .. .. ... . .. ... ... .................. . ... ... ... . . . . . . . . ................................. . . ... ..... ... ... . . ..... . . . .... ....... . . . .......... .... . . . ....... .. ... ... . . .. .. . ... .. . ... . . .. . ... .... .. . .... . . . . . . .
lowQualScore : 4 66 4 8 555555 0 1 8 2 1 000 88888 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 1 99 1 4 44 2 4 4 11 11 222222222 0 7 8 22 6 7 3 000 0 88 99 000 9 33 666 777 777777777777777777 9 444 444 999 0 5 0 0 0 3 0 8 111111111111111111111111111111111 1 3 444 66666 000 000 5 0 55555 5 5 0 5555 5555555 4 6 6 9999999999 0000 6 6 8 8888888 00 777 444 3 3 66 66 3 888 44 0 000 5 0 33 3 333 2222 66 3 1111 0 0 0 6 8 8 8
consensus : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
Reference ( family-729 ) : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACNTGCGGCGTACCACAGGG---AAGT---ATCCTGGGCCCNCTTTTGTT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAN-TGT-AAA-TTATTACTATATGCAGATGA--CAGTGCAAT-ATTGTT---CGCTNAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GNAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTNN-TA--AAT---GGCTAGTNGACAACAAACTGTCCCTNCATCTNGGNAAAACCGAATGTATNTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGNCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCACGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATNGC-NTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104641 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGAA---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TA-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GAAAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---TTGG--A----AGTCTTAAAAA-A---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGCA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGG---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TTAAAAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTTATTTTGATTAT
gi|104642 : AAGATCACAGTTAGTGCAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATTTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTGGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTAATATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGTTAGTTGATAATAAATTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTGTTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-AAGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAACTATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATACCGAAACTTTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----ATAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104643 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCCA---GTTACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCTTGGCCCTCTTTTATT-T-CT-A-TGT-TATGGCAATGATAT--GCCTAC--G-C-GTA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTCAT-GTTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGACAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTCTTTGGCT-----------CT-----T---TTAA--A----AGACTTAAAAA-AG--TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCATGGA-AAA----TGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTAA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGAGGATTGCATTTTTTATATGGAAAATGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAAAAAGTGCCTTAGTACAAAGTCATTTTGATTAT
gi|104644 : AAGATCACAGTTAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCCAA---GTTACTTGCGGCGTAACACAGGG---AAAC---ATCCTGTGCGCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAGTGTAAA-ATTGTT---TGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGTATCA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGCTAATAAACTGTCCTTTCATCTAGGCAAAACCGAATGTATGTTATTTGGCT-----------CT-----T---CTAG--A----AGATTTAAAAA-AG--TTCAGA---C-AATT---ACGG---TAACATACA-ATGGTCATAAAA-TCCGTCCCAGGA-AAA----GATCAAATATTTAGG------ATAAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-CT--AAAAAA--GT-TAA---TTTGCGGATTGC-ATTTTTATGTCGAAACTGTTGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAAGGTCATTTTGATTAT
gi|104645 : AAGATCACAGTAAGTGACAATAAACAAAGTTTCATCAA--AATATACCCAA---GTGACTTGCGGCGTACCACAGGG---AAGC---ATCCATGGCCCTCTTTTATT-T-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CGAT-TGT-AAA-TTATTATTATATGCAGACGA--CAATGTAAA-ATTGTT---CGCTAAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAAAT--AGGCTT---AGT-CGAATCA--TG-----GATA-TAGTTC-TG--CAA---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTTATCTAGGCAAAACCGAATGTATATT-TTTGCCT------------T-----T---CTAG--A----AGCCTTAAAAA-G---TGCAGT---C-ATTT---ACAG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCACAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GACAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTG-TT--AAAATA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-ATTTTTATATCAAAACTGTCGTTATT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGT-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTAT
gi|104646 : AAGATCACAGTAAGTGAAGATAAACAAAGTTTCATCAA--AATCTACCAAA---GTTACTTGCAGCGTACCACAGGG---AAGA---AACCTGGGCCCTCTTTTATT-G-TT-A-TGT-TATGTCAATGATAT--GCCTAC--G-T-GCA--TCGACTC-CG---------A-TTATTATTATATGCAGATGA--CAGTGTAAT-ATTGTT---CGCTGAC--A--AAGACCCTAATGTTAT---T-GCAGAT--AGACTT---AGT-CGCATAA--TG-----GATAATTGTTC-TA--CAT---GGCTAGTTGATAATAAACTGTCCCTTCATCTAGGCAAAACCAAA
gi|104646 : AAA-G---TTCAGT---C-ATTT---ACGG---TTACATGCA-ACGGTCATGAAATTCCGTCCCAGGA-AAA----GGTCAAATATTTAGG------ATTAACTATT-GAAAA----------GT----TAC-TA-AACGGTGA---G---GC--GATA---GTTG---ACTCCATTGTTT--AAAAAA--GT-TAA---TTCGCGGATTGC-TTTTTTATATCGAAACTGTCGTTACT-TT--AACCT-TCAAAC-TA----AGAGA-ACT-TTAATAAGTGCCTTAGTACAATGTCATTTTGATTATgttcagtcatttacggttacatgcaacggtcatgaaattccgtcccaggaaaaggtcaaatatttaggattaactattgaaaagttactaaacggtgaggcgatagttgactccattgtttaaaaaagttaattcgcggattgcttttttatatcgaaactgtcgttactttaaccttcaaactaagagaactttaataagtgccttagtacaatgtcattttgattat
gi|104647 : aagatcacagtaagtgaagataaacaaagtttcatcaaaatctaccaaagttacttgcagcgtaccacagggaagaaacctgggccctcttttattgttatgttatgtcaatgatatgcctacgtgcatcgactccgattattattatatgcagatgacagtgtaatattgttcgctgacaaagaccctaatgttattgcagatagacttagtcgcataatggataattgttctacatggctagttgataataaactgtcccttcatctaggcaaaaccCAGTTAGTG----TTAACGATGTATTTTCAA--AGTATA---AATCTGTAACATGTGGCGTTCCACAGGG---TAGC---ATCTTAGGCCCGCTTCTATT-T-GT---TAC-CATGTAAATGACAT--GGTTA---G-TAGCA--TTGACCC-CGAA-TGT-AAA-TAATT-CTATATGCTGATGA--CAGCACGAT-TCTTAT---AGCTTAT--A--ACTAATATAGTGTTAT---T-TCTTCT--AAATTTTGAAGT--GTGT----TG-----G-----TGTCT-TGCTCATCTCGGCTAGAATATAATAAGCTGT-CATACATCTTGGTTTAACCGAGTGCGTTATTTTTGGCT-----------C
gi|104648 : TAAATGACGTATTATCAACCAATCAAAC--A---GTGACAGATGGTGTACCTCAAGG---TTCT---ATTTTAGGCCCTCTTTTATT-TCTT-C-TGT-T-TATTAATGATTT--ACC-AC--T-TTACA--CTGACAC-TG-C-TGA-AAC-TGATT--TATATGCAGATGA-----TACAAC-ATTGT
gi|104649 : TTTCTTCGA--A---TGCCCCA---ATCGCATGTGGAGTGCCACAAGGTTGAATT---AT--TGGACC-ACTTCTGTT-C-TTGA-T-T-TATGTAAATGCCAT--GTC-AT--C-T-GTG--TTAA------AA--AC-AAA-CTATTGTTATATGCAGATGATTC-TTGTATT-CTTGTTGCATGCTGA---G--GAGGTTCTGACG----------GAG-----GACCT---A-----CATC---------------TTGTTAGTC--AGT---GGCTAGTGGATAATAAATTATCCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTATCCGGTT-----------Catcatataaataataagctagcagttattg
gi|104650 : TTCATCAT--AAT-----------ATCACATGTGGAGTGCCACAAG------GTTTAATTTTTGGACCACTACTGTTCT-TT-A-T-T-TATGTGAATGAAAT--G--TAA--GCT-G-----TGGTT---AAA-AAC-AAA-TTATTGTTAGATGCAGATGA--
gi|104650 : TAG-TC--AGT---GGCTAGTTGACAATAAATTATCTCTTCATTTGGGTAAAACTGAATCCATCTTTTTCGGTT-----------Cttcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgttagtcagtggctagttgacaataaattatctcttcatttgggtaaaactgaatccatctttttcggttc
gi|104651 : ttcatcataatatcacatgtggagtgccacaaggtttaatttttggaccactactgttctttatttatgtgaatgaaatgtaagctgtggttaaaaacaaattattgttagatgcagatgattcttgtatttttgtgtcaggaaaaaataagttgcatgttgagaaggttctgacagagggcctacctactgtTTCTTCAA--A-TGTCCCTA-----TTACATGTGGAGTGCCACAAGGTTCAA------TTCTTGGACCACTACTGTT-C-TTGA-T-T-TATAAAAATGACAT--GTCAGCT-G-T-GGT--TAAACAC----------AAA-CTGTTGCTATATGCAGATGA--
gi|104651 : TTGTTAATC--AGT---GGCTAGTGGACAATAAATTATTCCTGCATTTGGGTAAAACTGAATCCATTTTATTCGGAT-----------Cttcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcttgttaatcagtggctagtggacaataaattattcctgcatttgggtaaaactgaatccattttattcggatc
gi|104652 : ttcttcaaatgtccctattacatgtggagtgccacaaggttcaattcttggaccactactgttcttgatttataaaaatgacatgtcagctgtggttaaacacaaactgttgctatatgcagatgattcttgtgtcaggaaaaaaagttgcaggttgagaatgttctgacaaaggacctacatcTCATCGT--AAGC-ACC--A---GTTACTTCTGGTGTACCCCAAGG---TACT---GTCCTCGGACCGTTATTGTT-C-TT-AGTGT--ACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CTC-C
gi|104653 : CAC---GTTACTTCTGGCGTACCCCAGGG---TACT---GTCCTGGGACCGTTATTGTT-C-TT-A--GTGTACATCAATGACAT--GCCTACTTG-T-GTA--TC--CT--CAAC-TGC-CAG------ACTGTTTTCAGATGA--
gi|104654 : A---GTAACATGTGGTGTACCCCAAGG---ATCT---GTTTTAGGCCCACTTCTATT-TATT-A-TCT-T-TATCAATGATAT--GCCCTT--A-T-GCA--ttgcctcctgtacagata
gi|104655 : ---GTTAGCTCCGGTGTGCCACAGGG---AACG---ATGCTCGGCCCGCTTTCATT-T-CT-C-TGC-TACATCAATGA
gi|104656 : TGTGGAGTTCCTCAAAG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTTAATGATAT--GAGTATTAG-T-ATAAGTCAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACCGTCATTGCATCTGGGACAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AACGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGATAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATAATG-TT--AAAAAG--GT-TAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTACAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104657 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGGGCCATTATTGTG-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATATGAGCATTA--G-T-ATAAGTAAA-----AAA-TGTAAAA-TCATT-CTCTATGCCTATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AAGATTCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTGCATCTGGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGGGT-----------C------------AA--AATGCAGGCTTGCTAA-A---GTGAAA---CAATTT---TCAGTGCTTA---GTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTTGG------TGCAA-TGTTAGATAATGATTTTTCTGC----TACATC-CATTGTGA-------AC--AATA----TTG-------------TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-ATTTTTGTATAGACACAAACACTACT-TA--AATTTATC--CC-TT----AGAAAGACTCTTTGTAA-TTCTTTGATACAGTGTCATTTTAATTAT
gi|104658 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTTTGGTGCCATTTCTGTT-T-TT-A-TGC-TATGTAAATGATAT--GAGCAT--T-A-GCA--T-AAGTCAAAAA-TGT-AAAGTTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCACATA--AATATCCTAATGCTATAAGT-GAAGTTTAAGGC-----AAT--GAACCA---------GAAAATTGTTA-TA--AAT---GATAAATAGACAACAAACTTTCTTTTCATCCTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTGAGTCAAAACGCAAGCT-----TG--CTA---A----AG---TGAAAC-AGTTTTCAGT---G-CTTTATAATGG---TCACAC-CATACAAGCACAA----CCATC--------------AGTCAAATATCTCGGTGCAATGTTAGCTAAT-GATTT----------GTC---TGC-TA-CAT-------------C--CATT---GTGA---ACAATATTG-TT--AAAATG--GT-AAA---TTTTAGAATAAC-ATTTTTGTATAGACA-TG---------------------------A----AGACT-ACT-TAAAT-------TTA-TACAGTGTCATTTTGATTAT
gi|104659 : TGTGGAGTTCCTCAAGG---AAGT---ATTATGGGGCCATAACTGTT-T-TT-A------ATGTAAATGATAT--GAGCAT--G-A-GTA--T-AAGTC-AAAAATGT-AAAATTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGCTATTCTTTTT---CTCACAT--A--AAGATCCTGATGTAAT---T-AGTGA---AGTTTT---AGG-CA-ATGAACTA-----GAAAAGTGTAA-TA--AAT---AGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACAGAATGTATATTATTTAG
gi|104659 : ATTG-TT--AAAAAG--GT-AAA---TTCTAGAATAAA-AAGTTTGTATAGACATAAACACTACT-TA--AA--T-TTATCCTTA----AGACAGACTATTTGTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTGATTATgacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatattgttaaaaaggtaaattctagaataaaaagtttgtatagacataaacactacttaaatttatccttaagacagactatttgtaattctttaatacagtgtcattttgattat
gi|104660 : tgtggagttcctcaaggaagtattatggggccataactgtttttaatgtaaatgatatgagcatgagtataagtcaaaaatgtaaaattattctctatgccgatgatagtgctattctttttctcacataaagatcctgatgtaattagtgaagttttaggcaatgaactagaaaagtgtaataaatagttaatagacaacaaactgtcattacatcttggaaagacagaatgtatattatttaggacaaaacgcaggcttgcttaagtgaaacaatttttagtgctttgtaatggtcacatcatacaagcacaaacatcagtcaaatatctcggtgcaatgttagataatgatttgtctgctacatccactttgaacaatGGTGTGCCACAGGG---ATCT---ATATTAGGCCCTCTTCTTTT-C-TT-A-GTT-TATATTAATGATAT--
gi|104661 : A-TTATT-CTCTATGCCGATGA--TAGTGC--T-ATTCTT---TTCTCAC--ATGAAGATCCTAATGTCAT---T-AGTGA---AGGTTT---AG---GTA--A--TGAACTAGAAAATTGTAA-TA--AAT---GGTTAATAGACAACAAACTGTCATTACATCTTGGAAAGACATAATATATATTATTTGGGTAAAAACGCAGGCT-----TG--CTA---A----AG--TGAAACA-ATT-TTCAGT--------------GC---TT---TGTA-ATGGTCACA-----CCATACAAGCACAAACATCAGTCAAATATCTAGG--------TGCATATG-GA-AG----------GTGCAATGT-TA-AATAATGATTTGTCTGC--TACACCCATTGTGAACAATATTG-TT--AAAAAG--GT-AAC---TTCTAGAATAAA-TATTTTGTATAGACATAAACACTACT-TTAGAAC------GAC-T------------CT-TT-GTAA-TTCTTTAATACAGTGTCATTTTTATTAT
gi|104662 : cggttgaaagatT-ATT-CT---CGC--AC--A--AAGATCCTGATGTTAT---TAGAAAAT--GTACTT---AG---AAATGAACTT-----AAAAATTGTAG-TA--AAT---GGTTAGCTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAACTGAATGCATTGTATTTGGTT-----------CT-----
gi|104663 : ACTT---AATATGTAC----TT-----GAAAAGTGTAG-TA--AAT---GGTTAGTTGGCAACAAATTATGGCTGCATCTTGGTAAAATTAAATGCACTTTATTTGGTT-----------CTAAACGTAAGTTAGCAA----ATATTTAAAAATA---TTCAATGAAC-ATT
gi|104664 : AATTGTAG-TA--AAT---GTTTAGTTGACAACAAATTATCGTTGCATCTTGGTAAAATTGAATGCATAGTATTTGGTG-----------CTAAGAATGAGTTAGC-G----AGTGTTGAAAG-A---TTCAATGTAC-ATT
gi|104665 : TAAATAAT-GATAA----------AT----ATT-TATAATGGTGA---G---GCTCAATATATGTTG---ACTCAAT-G-TT--AAAAAAACGTGTAAATTTTCGAGTAAAG---TTTTTATATCGAAACT----TTAATAGC--AAGTA-TCACA--TATTCCATATA---T-CTAACAAGTACTTTAATACAGTGTCATTTGGATTAT