lowQualScore                  :                                                                                                 11111         1                111111                         1      1111111111111111111        1111111                                    11            1          
lowQualScore                  :    2           333  4444 1    22    77777   77 555555     1  5555555    77777      1 3     22   22222   1  22 2         4      111111 6            2    77 22 5      5555555555555555555    2   0000000                      99999999 5    00   8888888  2          
lowQualScore                  :    .           ...  .... .    ..    .....   .. ......     .  .......    .....      . .     ..   .....   .  .. .         .      ...... .            .    .. .. .      ...................    .   .......                      ........ .    ..   .......  .          
lowQualScore                  :    2           555  2222 9    55    00000   22 000000     7  7777777    00000      7 6     44   99999   7  55 3         1      666666 5            0    11 99 8      6666666666666666666    5   6666666                      11111111 5    44   9999999  7          
consensus                     : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACAG----TGGTTT-ANTAATG--ATA-NTN-AAC-AG--TTACAATGTTAGTTTCATG----GTATAAATCGTATCG-AATA-NA--TTTAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----TAATAATATTCAAAA
Reference ( gi|14138 )        : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACAA----TGGTTT-ATTAATG--ATA-ATA-AAC-AG--TAACAATGTTATTTTCATA----ATGTAAATCATATCG-AATA-AA--TGTAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TACATA-GCAG-----TTATTATATTCAAAA
gi|14140                      : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACAC----TGGTTT-ATTAATA--AAA-ATA-AAC-AG--TTACAATGTTGTTTTCATG----GTATAAATCATATAG-AATA-AA--TTTAAATT---------T---------CGGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG------------CTTA-ACAA-----TGATAATATTCAAAA
gi|14139                      : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--TACA-----AAT--A------TATGA-CAAACAGCAGACAG----TGGTTT-ATTAATG--AGT-ATT-AAC-AG--TTACAATGTTATTTTCATG----GTATAAATCATATTG-AA---------TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----TAATAATATTCAAAA
gi|14144                      : CCAGTCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACAA----TGGATT-ATTGATG--ATA-ATA-AAC-AG--TAATAATGCTATTTTCGTG----GTATAAGTAATATCG-AATA-AA--TTCAAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTAGAGAAGGTGGTA--------TGCATT-ACAG-----TAATAATATTGAAAA
gi|14142                      : CCA-TCCGGTACATG---AT----A-TATA--CACA-----CAT--ACATGTATATGA-CA-------GACAG----TGGAGA-AGTAATG--ATA-TTT-AAC-AG--TTACAATGTTAGTTTCATG----TTATAAATCGTATTG-AATA-CA--TTTCAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTGGAGATGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----TAATTATATTCAA
gi|14143                      : CCA-TCTGGTACAGG---AT----A-TATA--CACA-----AAT--G------TATGA-CA-------GACAG----TGGGTT-AGTTATG--ATA-TTT-AAC-AT--TTACCATGTTTGTTTCATG----GTATAAATCGCATCG-AATA-AA--TTAAAATT---------T---------TAGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----
gi|14145                      : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TAT------------GACAG-----------------------------AC-AG--TTACAATGTTATTTTCATG----GTATAAATCATTTCG-AACA-AA--TTTAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTTAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----TAATAATATTCAAAAcaagcaata
gi|14141                      : CCA-TCTTGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGG-CA-------GAAAG----TTGTTT-ATTAATG--ATA-TTA-AAC-AG--TTACAATGTTATTTTCATG----GTATAAATCATATTA-AAAA-AA--T-TAAATT---------T---------AAG
gi|14146                      : CCA-T-TGGTACATT---AT----G-TATA--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACAG----TGGTTT-ATTAATT--ATA-ATT-AAC-AG--TTACAATTTTATTTTCATG----GTGTAAATCATATCG-AATA-A
gi|14150                      : CTA-TCTGATACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACAG----TAGTTT-ATTAATG--ATA-ATA-AAC-AG--TTAC-ATATTATTTATATATTCTTTTT---TCAGATCGAAATATAG--TATAAATT---------T---------AAggtggtatgcataacagtaatactattcaaaa
gi|14153                      : CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------G--------TGGTTT-ATAAATG--ATA-ATA-AAC-A
gi|14147                      : CCA-CCTGGTGCATG---AT----G-TTTA--CGCA-----AA---------------------------------------T-AT--ATG--A---------C-AG--TTACAATATTAGTTTCGTG----GTATAAGTTCTATCG-AATA-TC--TTTAAATT---------T---------AAGC-AAGT------GGTGAAAGTTGAGATGATAGTA--------TGTAAA-ACAG-----TTATAATAATCAAActcatagt
gi|14148                      : CCA-TCTGGGACATG---GT----T-TATA--CACATGTATAAT--A-------ATGA-GA-------AACGG----TGTTTT-GGTAATACTATA-TTAGAAT-GG--TA-CAGTGTTAGGTACATG----ATTTAAACTACATCA-AATA-TA--TTCGAGTT---------G---------AAGC-AAA-------GGTGAAAGTGGAGACGGTGGTA--------CATTTATGCAT-----GTA-TACATGTAAAA
gi|14149                      : CCA-TCTGGTACATG---GT----T-TATA--CTAA-----AAC--A------TTTGT-CA-------GATAG----TGGTTT-AGTAATG--ATA-TTT-GAC-AG--TTGC-AT-TTATT---------------AATCGTATCG-AATA-TA--TCTAGATT---------A---------AAGA-AAAGATGCACGGTGAAA--GAAGAAGGTGGTACATTGTATTGCTTATGCAGAACGTTTATAATATTCAAAActatttaaa
gi|14151                      : CCA-TCTGGTACATGTACAT----GATATA--TCTA-----GCTCTG------TATGAACA-------TACAA----TGTTTT-AGTAATG--ATATAT--AAC-TGTTTAA-AATATTAGTTTTAAG----ATATAAAGCTTATCA-AATA-TA--TCTAAA-T---------T---------AAGT-AAA-------AGTGAAAGT
gi|14154                      : CCA-TCTGGTACATG---AT----T-TAT----ACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAA----TGTTTT-TGTAATG--AT--ATA-TACTAG--TTACAATG---------------ACACAAAGCGTATCA-AATT-TA--TTTAAATT---------G---------AA
gi|14152                      : CCA-TCTG--ACTTG---AT----A-TATA--CAAA-----AAC--A------CA-----A-------AGCAA----TGGTT--AGTAATG--ATA-TTT-AGC-AG--TTACAATATTAGTTTCATG----ATATAAAT
gi|14155                      :  CA-TCTGGTATATG---AC----A-TATATTCAAA-----AAC--A------TATGA-CA-------GACAG----TGGTTT-AGTAATG--GTA-TTT-ATC-AG--TTACACTATAAGCTTTATA----TTATAAATCGTATCG-GATA-TA--TTTAAATTAAAACAAACTTTAAAGCGAAAAC-AAA-------GGTGAAAGTAAAGATGGTG--A--------TGCAAC-TCAG-----TTATAATATTC
gi|14156                      :   A-TCTGGTACATT---AC----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACAG----TTGTTT-ATTAATG--ATA-ATT-AAA-AG--TTACAATGTTGTTTTCAAG----GTATAAATC
gi|14157                      :         GTACATG---ATACATG-TATA--TACA-----AAA--A------CATGA-CA-------GACAG----TGGTTT-AATAATT--ATA-TTG-AAC-AG--TTGCAGTACTAGTTTTAAA----TTATTACTTATATTG-AATA-TA--TTTAAAAT---------A---------AAGC-AAA-------GGTG-AACTGGAGAAGGTGGTA--------
gi|14158                      :          TATAT----AT----A-TATA--CATATA---AAT--G------TATGA-CA-------GGCAG----TGGTTT-AGTAATG--AT---TT-AAC-AG--TTACAATGTTAGTTCCATG----ATATAAATTGTATCA-AATA-AA--TTTCAAAT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGGTA--------TGCATA-ATAG-----TAATAATATTCAAAA
gi|14160                      :                          -TGTG--CACA-----AAT--A------TAAGA-CA-------GACAG----TGGTTT-ATAAATG--GTA-ATA-TAC-AG--TTACAATGTTATTTT
gi|14161                      :                          acaTA--TACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAAACAGTGTTTTTGTTA-TG--CTA--TATAAC-AC--TAACAATATTAGTTTCA-G----ATAGAAATGGTA----AATA-TATTTCTAAATT---------G---------AAACAAAA-------AGTTAAATAGGAGATGGTGGTA--------ggtggta
gi|14162                      :                                           AC--A------TATGA-CG-------GT--A----TG--TT-GGTAATG--CTA-CGT-GAT-AG--TTAGAATATTAGTTTCATA----ATAAAAATTGTATCA-AATA-TA--TTTAAAGT---------G---------AAGC-AAA-------CGTGAAATTGGAGAAGATTGTA--------
gi|14163                      :                                                                                                                                               TATGG-GATA-AA--TTTGAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAACGTGGAGAAGGTGGT---------TGCATT-ACAG-----TAATAATATTCAAAA
gi|14146                      :                                                                                                                                                                                                     atgatatgatagttttAAGGTGGTA--------TGCATA-ACAG-----TAATACTATTCAAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14159 ): TGCATGAGACATACAAACCAATATGGCAGACAGTGTTTAAGCAATGTTATATAACAGTTACAATATAAGTTTTATGATATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111        1111111                    22222222222222                                
lowQualScore                  :                                                                                                         2           333  3333 1    22    66666   88 444444     1  5555555    3333        2     22 1  444       1         3       0        0 6666666    1    2   44      4444444444444444444    2   0000000                    00000000000000        555   2    2            
lowQualScore                  :                                                                                                         .           ...  .... .    ..    .....   .. ......     .  .......    ....        .     .. .  ...       .         .       .        . .......    .    .   ..      ...................    .   .......                    ..............        ...   .    .            
lowQualScore                  :                                                                                                         1           222  9999 7    33    55555   88 666666     6  2222222    4444        1     22 6  444       6         5       8        9 2222222    9    9   88      4444444444444444444    4   0000000                    66666666666666        000   9    9            
consensus                     :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATG--A-TATTTAACAGTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
Reference ( family-715 )      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTANTAATG--A-TANTNAACAGTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14138                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGTTTATTAATG--A-TAATAAACAGTA-ACAATGTTATTTTCATAATGTAAATCAT-------ATCG-AATAAATG--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATACATA---GCA-GTTA-TTATATTCAAAA
gi|14139                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--TACA-----AAT--A------TATGA-CAAACAGCAGACA----GTGGTTTATTAATG--AGTATT-AACAGTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTG-AATA--------AATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14140                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----CTGGTTTATTAATA--A-AAATAAACAGTT-ACAATGTTGTTTTCATGGTATAAATCAT-------ATAG-AATAAATT--TAAATT---------T---------CGGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTG------------------GCTTA---ACA-ATGA-TAATATTCAAAA
gi|14141                      :                                                                                                      CCA-TCTTGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGG-CA-------GAAA----GTTGTTTATTAATG--A-TATTAAACAGTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTA-AA-AAAAT--TAAATT---------T---------AAG
gi|14142                      :                                                                                                      CCA-TCCGGTACATG---AT----A-TATA--CACA-----CAT--ACATGTATATGA-CA-------GACA----GTGGAGAAGTAATG--A-TATTTAACAGTT-ACAATGTTAGTTTCATGTTATAAATCGT-------ATTG-AATACATT--TCAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTGGAGATGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TTATATTCAA
gi|14143                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACAGG---AT----A-TATA--CACA-----AAT--G------TATGA-CA-------GACA----GTGGGTTAGTTATG--A-TATTTAACATTT-ACCATGTTTGTTTCATGGTATAAATCGC-------ATCG-AATAAATT--AAAATT---------T---------TAGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GCAAGCAATA
gi|14144                      :                                                                                                      CCAGTCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGATTATTGATG--A-TAATAAACAGTA-ATAATGCTATTTTCGTGGTATAAGTAAT-------ATCG-AATAAATT--CAAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTAGAGAAGGTGG--------------TATGCATT---ACA-GTAA-TAATATTGAAAA
gi|14145                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----G---------------------------TT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------TTCG-AACAAATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTTAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14146                      :                                                                                                      CCA-T-TGGTACATT---AT----G-TATA--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTATTAATT--A-TAATTAACAGTT-ACAATTTTATTTTCATGGTGTAAATCAT-------ATCG-AATA
gi|14146                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TACTATTCAAAAaggtggtatgcataacagtaatactattcaaaa
gi|14147                      : ccattggtacattatgtatacacacatatatgacagacagtggtttattaattataattaacagttacaattttattttcatggtgtaaatcatatcgaatCCA-CCTGGTGCATG---AT----G-TTTA--CGCA-----AA----------TAT-------------------------------ATG--A--------CAGTT-ACAATATTAGTTTCGTGGTATAAGTTCT-------ATCG-AATATCTT--TAAATT---------T---------AAGC-AAGT------GGTGAAAGTTGAGATGATAG--------------TATGTAAA---ACA-GTTA-TAATAATCAAA
gi|14148                      :                                                                                                      CCA-TCTGGGACATG---GT----T-TATA--CACATGTATAAT--A-------ATGA-GA-------AACG----GTGTTTTGGTAATACTA-TATTAGAATGGT-ACAGTGTTAGGTACATGATTTAAACTAC-------ATCA-AATATATT--CGAGTT---------G---------AAGC-AAA-------GGTGAAAGTGGAGACGGTGGTACATT--------TATGCATGTATACATGTAA-AACTATTTAAA
gi|14149                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---GT----T-TATA--CTAA-----AAC--A------TTTGT-CA-------GATA----GTGGTTTAGTAATG--A-TATTTGACAGTT-GCA---TT----------TATTAATCGT-------ATCG-AATATATC--TAGATT---------A---------AAGA-AAAGATGCACGGTGAAA--GAAGAAGGTGGTACATTGTATTGCTTATGCAGA---ACG-TTTA-TAATATTCAAAA
gi|14150                      :                                                                                                      CTA-TCTGATACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTAGTTTATTAATG--A-TAATAAACAGTT-AC-ATATTA--TTTAT-ATAT---TCTTTTTTCAGATCGAAATATAGTA-TAAATT---------T---------AA
gi|14151                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATGTACAT----GATATA--TCTA-----GCTCTG------TATGAACA-------TACA----ATGTTTTAGTAATG--A-TATATAACTGTTTAAAATATTAGTTTTAAGATATAAAGCTT-------ATCA-AATATATC--TAAA-T---------T---------AAGT-AAA-------AGTGAAAGT
gi|14152                      :                                                                                                      CCA-TCTG--ACTTG---AT----A-TATA--CAAA-----AAC--A------CA-----A-------AGCA----ATGGTT-AGTAATG--A-TATTTAGCAGTT-ACAATATTAGTTTCATGATATAAAT
gi|14153                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TAT------------GACA----GTGGTTTATAAATG--A-TAATAAACACTC-ATAGT
gi|14154                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----T-TATA--CA-------AATGCA------TATGA-CA-------GACA----ATGTTTTTGTAATG--A-TATATACTAGTT-ACAATG-----------ACACAAAGCGT-------ATCA-AATTTATT--TAAATT---------G---------AA
gi|14155                      :                                                                                                       CA-TCTGGTATATG---AC----A-TATATTCAAA-----AAC--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATG--G-TATTTATCAGTT-ACACTATAAGCTTTATATTATAAATCGT-------ATCG-GATATATT--TAAATTAAAACAAACTTTAAAGCGAAAAC-AAA-------GGTGAAAGTAAAGATGGTG----------------ATGCAAC---TCA-GTTA-TAATATTC
gi|14156                      :                                                                                                        A-TCTGGTACATT---AC----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTTGTTTATTAATG--A-TAATTAAAAGTT-ACAATGTTGTTTTCAAGGTATAAATC
gi|14157                      :                                                                                                              GTACATG---ATACATG-TATA--TACA-----AAA--A------CATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAATAATT--A-TATTGAACAGTT-GCAGTACTAGTTTTAAATTATTACTTAT-------ATTG-AATATATT--TAAAAT---------A---------AAGC-AAA-------GGTG-AACTGGAGAAGGTGG--------------TA
gi|14158                      :                                                                                                               TATAT----AT----A-TATA--CATATA---AAT--G------TATGA-CA-------GGCA----GTGGTTTAGTAATG--A-T--TTAACAGTT-ACAATGTTAGTTCCATGATATAAATTGT-------ATCA-AATAAATT--TCAAAT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ATA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14159                      :                                                                                                               TGCATG---A-----G--ACA--TACA-----AACCAA------TATGG-CA-------GACA----GTGTTTAAGCAATG--T-TATATAACAGTT-ACAATATAAGTTTTATGATATA
gi|14160                      :                                                                                                                               -TGTG--CACA-----AAT--A------TAAGA-CA-------GACA----GTGGTTTATAAATG--G-TAATATACAGTT-ACAATGTTATTTTGGTGGTA
gi|14161                      :                                                                                                                               acaTA--TACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAAACAGTGTTTTTGTTATG--C-TATATAACACTA-ACAATATTAGTTTCA-GATAGAAATGGT-------A----AATATATTTCTAAATT---------G---------AAACAAAA-------AGTTAAATAGGAGATGGTGG--------------TA
gi|14162                      :                                                                                                                                                AC--A------TATGA-CG-------G-TA-----TG--TTGGTAATG--C-TACGTGATAGTT-AGAATATTAGTTTCATAATAAAAATTGT-------ATCA-AATATATT--TAAAGT---------G---------AAGC-AAA-------CGTGAAATTGGAGAAGATTG--------------TA
gi|14163                      :                                                                                                                                                                                                                                            T-------ATGG-GATAAATT--TGAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAACGTGGAGAAGGTGG--------------T-TGCATT---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111        1111111                    22222222222222                                
lowQualScore                  :                                                                                                         2           333  3333 1    22    66666   88 444444     1  5555555    3333        2      1  5555    1   1         3       0        0 6666666    1    2   44      4444444444444444444    2   0000000                    00000000000000        555   2    2            
lowQualScore                  :                                                                                                         .           ...  .... .    ..    .....   .. ......     .  .......    ....        .      .  ....    .   .         .       .        . .......    .    .   ..      ...................    .   .......                    ..............        ...   .    .            
lowQualScore                  :                                                                                                         1           222  9999 7    33    55555   88 666666     6  2222222    4444        6      6  6666    6   6         5       8        9 2222222    9    9   88      4444444444444444444    4   0000000                    66666666666666        000   9    9            
consensus                     :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
Reference ( family-715 )      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14138                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTA-ACAATGTTATTTTCATAATGTAAATCAT-------ATCG-AATAAATG--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATACATA---GCA-GTTA-TTATATTCAAAA
gi|14139                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--TACA-----AAT--A------TATGA-CAAACAGCAGACA----GTGGTTTATTAATGAGTAT-T-AACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTG-AATA--------AATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14140                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----CTGGTTTATTAATAA-AAA-TAAACA-GTT-ACAATGTTGTTTTCATGGTATAAATCAT-------ATAG-AATAAATT--TAAATT---------T---------CGGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTG------------------GCTTA---ACA-ATGA-TAATATTCAAAA
gi|14141                      :                                                                                                      CCA-TCTTGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGG-CA-------GAAA----GTTGTTTATTAATGA-TAT-TAAACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTA-AA-AAAAT--TAAATT---------T---------AAG
gi|14142                      :                                                                                                      CCA-TCCGGTACATG---AT----A-TATA--CACA-----CAT--ACATGTATATGA-CA-------GACA----GTGGAGAAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGTTATAAATCGT-------ATTG-AATACATT--TCAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTGGAGATGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TTATATTCAA
gi|14143                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACAGG---AT----A-TATA--CACA-----AAT--G------TATGA-CA-------GACA----GTGGGTTAGTTATGA-TAT-TTAACA-TTT-ACCATGTTTGTTTCATGGTATAAATCGC-------ATCG-AATAAATT--AAAATT---------T---------TAGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GCAAGCAATA
gi|14144                      :                                                                                                      CCAGTCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGATTATTGATGA-TAA-TAAACA-GTA-ATAATGCTATTTTCGTGGTATAAGTAAT-------ATCG-AATAAATT--CAAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTAGAGAAGGTGG--------------TATGCATT---ACA-GTAA-TAATATTGAAAA
gi|14145                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----G---------------------------TT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------TTCG-AACAAATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTTAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14146                      :                                                                                                      CCA-T-TGGTACATT---AT----G-TATA--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTATTAATTA-TAA-TTAACA-GTT-ACAATTTTATTTTCATGGTGTAAATCAT-------ATCG-AATA
gi|14146                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TACTATTCAAAAaggtggtatgcataacagtaatactattcaaaa
gi|14147                      : ccattggtacattatgtatacacacatatatgacagacagtggtttattaattataattaacagttacaattttattttcatggtgtaaatcatatcgaatCCA-CCTGGTGCATG---AT----G-TTTA--CGCA-----AAT--A------TATGA-CA------------------GTT-----ACAA-TAT-------------------TAGTTTCGTGGTATAAGTTCT-------ATCG-AATATCTT--TAAATT---------T---------AAGC-AAGT------GGTGAAAGTTGAGATGATAG--------------TATGTAAA---ACA-GTTA-TAATAATCAAA
gi|14148                      :                                                                                                      CCA-TCTGGGACATG---GT----T-TATA--CACATGTATAAT--A-------ATGA-GA-------AACG----GTGTTTTGGTAATAC-TATATTAGAATGGT-ACAGTGTTAGGTACATGATTTAAACTAC-------ATCA-AATATATT--CGAGTT---------G---------AAGC-AAA-------GGTGAAAGTGGAGACGGTGGTACATT--------TATGCATGTATACATGTAA-AACTATTTAAA
gi|14149                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---GT----T-TATA--CTAA-----AAC--A------TTTGT-CA-------GATA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTGACA-GTT-GCA---TT----------TATTAATCGT-------ATCG-AATATATC--TAGATT---------A---------AAGA-AAAGATGCACGGTGAAA--GAAGAAGGTGGTACATTGTATTGCTTATGCAGA---ACG-TTTA-TAATATTCAAAA
gi|14150                      :                                                                                                      CTA-TCTGATACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTAGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTT-AC-ATATTA--TTTAT-ATAT---TCTTTTTTCAGATCGAAATATAGTA-TAAATT---------T---------AA
gi|14151                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATGTACAT----GATATA--TCTA-----GCTCTG------TATGAACA-------TACA----ATGTTTTAGTAATGA-TAT-ATAACT-GTTTAAAATATTAGTTTTAAGATATAAAGCTT-------ATCA-AATATATC--TAAA-T---------T---------AAGT-AAA-------AGTGAAAGT
gi|14152                      :                                                                                                      CCA-TCTG--ACTTG---AT----A-TATA--CAAA-----AAC--A------CA-----A-------AGCA----ATGGTT-AGTAATGA-TAT-TTAGCA-GTT-ACAATATTAGTTTCATGATATAAAT
gi|14153                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TAT------------GACA----GTGGTTTATAAATGA-TAA-TAAACA-CTC-ATAGT
gi|14154                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----T-TAT----ACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACA----ATGTTTTTGTAATGA-TAT-ATACTA-GTT-ACA-----------ATGACACAAAGCGT-------ATCA-AATTTATT--TAAATT---------G---------AA
gi|14155                      :                                                                                                       CA-TCTGGTATATG---AC----A-TATATTCAAA-----AAC--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGG-TAT-TTATCA-GTT-ACACTATAAGCTTTATATTATAAATCGT-------ATCG-GATATATT--TAAATTAAAACAAACTTTAAAGCGAAAAC-AAA-------GGTGAAAGTAAAGATGGTG----------------ATGCAAC---TCA-GTTA-TAATATTC
gi|14156                      :                                                                                                        A-TCTGGTACATT---AC----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTTGTTTATTAATGA-TAA-TTAAAA-GTT-ACAATGTTGTTTTCAAGGTATAAATC
gi|14157                      :                                                                                                              GTACATG---ATACATG-TATA--TACA-----AAA--A------CATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAATAATTA-TAT-TGAACA-GTT-GCAGTACTAGTTTTAAATTATTACTTAT-------ATTG-AATATATT--TAAAAT---------A---------AAGC-AAA-------GGTG-AACTGGAGAAGGTGG--------------TA
gi|14158                      :                                                                                                               TATAT----AT----A-TATA--CATATA---AAT--G------TATGA-CA-------GGCA----GTGGTTTAGTAATGA-T---TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTCCATGATATAAATTGT-------ATCA-AATAAATT--TCAAAT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ATA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14159                      :                                                                                                               TGCATG---A-----G--ACA--TACA-----AACCAA------TATGG-CA-------GACA----GTGTTTAAGCAATGT-TAT-ATAACA-GTT-ACAATATAAGTTTTATGATATA
gi|14160                      :                                                                                                                               -TGTG--CACA-----AAT--A------TAAGA-CA-------GACA----GTGGTTTATAAATGG-TAA-TATACA-GTT-ACAATGTTATTTTGGTGGTA
gi|14161                      :                                                                                                                               acaTA--TACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAAACAGTGTTTTTGTTATGC-TAT-ATAACA-CTA-ACAATATTAGTTTCA-GATAGAAATGGT-------A----AATATATTTCTAAATT---------G---------AAACAAAA-------AGTTAAATAGGAGATGGTGG--------------TA
gi|14162                      :                                                                                                                                                AC--A------TATGA-CG-------G-TA-----TG--TTGGTAATGC-TAC-GTGATA-GTT-AGAATATTAGTTTCATAATAAAAATTGT-------ATCA-AATATATT--TAAAGT---------G---------AAGC-AAA-------CGTGAAATTGGAGAAGATTG--------------TA
gi|14163                      :                                                                                                                                                                                                                                            T-------ATGG-GATAAATT--TGAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAACGTGGAGAAGGTGG--------------T-TGCATT---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111        1111111                    22222222222222                                
lowQualScore                  :                                                                                                         2           333  3333 1    22    66666   88 444444     1  5555555    3333        2      1  5555    1   1         3       0        0 6666666    1    2   44      4444444444444444444    2   0000000                    00000000000000        555   2    2            
lowQualScore                  :                                                                                                         .           ...  .... .    ..    .....   .. ......     .  .......    ....        .      .  ....    .   .         .       .        . .......    .    .   ..      ...................    .   .......                    ..............        ...   .    .            
lowQualScore                  :                                                                                                         1           222  9999 7    33    55555   88 666666     6  2222222    4444        6      6  6666    6   6         5       8        9 2222222    9    9   88      4444444444444444444    4   0000000                    66666666666666        000   9    9            
consensus                     :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
Reference ( family-715 )      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14138                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTA-ACAATGTTATTTTCATAATGTAAATCAT-------ATCG-AATAAATG--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATACATA---GCA-GTTA-TTATATTCAAAA
gi|14139                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--TACA-----AAT--A------TATGA-CAAACAGCAGACA----GTGGTTTATTAATGAGTAT-T-AACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTG-AATA--------AATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14140                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----CTGGTTTATTAATAA-AAA-TAAACA-GTT-ACAATGTTGTTTTCATGGTATAAATCAT-------ATAG-AATAAATT--TAAATT---------T---------CGGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTG------------------GCTTA---ACA-ATGA-TAATATTCAAAA
gi|14141                      :                                                                                                      CCA-TCTTGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGG-CA-------GAAA----GTTGTTTATTAATGA-TAT-TAAACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTA-AA-AAAAT--TAAATT---------T---------AAG
gi|14142                      :                                                                                                      CCA-TCCGGTACATG---AT----A-TATA--CACA-----CAT--ACATGTATATGA-CA-------GACA----GTGGAGAAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGTTATAAATCGT-------ATTG-AATACATT--TCAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTGGAGATGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TTATATTCAA
gi|14143                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACAGG---AT----A-TATA--CACA-----AAT--G------TATGA-CA-------GACA----GTGGGTTAGTTATGA-TAT-TTAACA-TTT-ACCATGTTTGTTTCATGGTATAAATCGC-------ATCG-AATAAATT--AAAATT---------T---------TAGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GCAAGCAATA
gi|14144                      :                                                                                                      CCAGTCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGATTATTGATGA-TAA-TAAACA-GTA-ATAATGCTATTTTCGTGGTATAAGTAAT-------ATCG-AATAAATT--CAAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTAGAGAAGGTGG--------------TATGCATT---ACA-GTAA-TAATATTGAAAA
gi|14145                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----G---------------------------TT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------TTCG-AACAAATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTTAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14146                      :                                                                                                      CCA-T-TGGTACATT---AT----G-TATA--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTATTAATTA-TAA-TTAACA-GTT-ACAATTTTATTTTCATGGTGTAAATCAT-------ATCG-AATA
gi|14146                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TACTATTCAAAAaggtggtatgcataacagtaatactattcaaaa
gi|14147                      : ccattggtacattatgtatacacacatatatgacagacagtggtttattaattataattaacagttacaattttattttcatggtgtaaatcatatcgaatCCA-CCTGGTGCATG---AT----G-TTTA--CGCA-----AAT--A------TATGA-CA------------------GTT-----ACAA-TAT-------------------TAGTTTCGTGGTATAAGTTCT-------ATCG-AATATCTT--TAAATT---------T---------AAGC-AAGT------GGTGAAAGTTGAGATGATAG--------------TATGTAAA---ACA-GTTA-TAATAATCAAA
gi|14148                      :                                                                                                      CCA-TCTGGGACATG---GT----T-TATA--CACATGTATAAT--A-------ATGA-GA-------AACG----GTGTTTTGGTAATAC-TATATTAGAATGGT-ACAGTGTTAGGTACATGATTTAAACTAC-------ATCA-AATATATT--CGAGTT---------G---------AAGC-AAA-------GGTGAAAGTGGAGACGGTGGTACATT--------TATGCATGTATACATGTAA-AACTATTTAAA
gi|14149                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---GT----T-TATA--CTAA-----AAC--A------TTTGT-CA-------GATA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTGACA-GTT-GCA---TT----------TATTAATCGT-------ATCG-AATATATC--TAGATT---------A---------AAGA-AAAGATGCACGGTGAAA--GAAGAAGGTGGTACATTGTATTGCTTATGCAGA---ACG-TTTA-TAATATTCAAAA
gi|14150                      :                                                                                                      CTA-TCTGATACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTAGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTT-AC-ATATTA--TTTAT-ATAT---TCTTTTTTCAGATCGAAATATAGTA-TAAATT---------T---------AA
gi|14151                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATGTACAT----GATATA--TCTA-----GCTCTG------TATGAACA-------TACA----ATGTTTTAGTAATGA-TAT-ATAACT-GTTTAAAATATTAGTTTTAAGATATAAAGCTT-------ATCA-AATATATC--TAAA-T---------T---------AAGT-AAA-------AGTGAAAGT
gi|14152                      :                                                                                                      CCA-TCTG--ACTTG---AT----A-TATA--CAAA-----AAC--A------CA-----A-------AGCA----ATGGTT-AGTAATGA-TAT-TTAGCA-GTT-ACAATATTAGTTTCATGATATAAAT
gi|14153                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TAT------------GACA----GTGGTTTATAAATGA-TAA-TAAACA-CTC-ATAGT
gi|14154                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----T-TAT----ACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACA----ATGTTTTTGTAATGA-TAT-ATACTA-GTT-ACA-----------ATGACACAAAGCGT-------ATCA-AATTTATT--TAAATT---------G---------AA
gi|14155                      :                                                                                                       CA-TCTGGTATATG---AC----A-TATATTCAAA-----AAC--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGG-TAT-TTATCA-GTT-ACACTATAAGCTTTATATTATAAATCGT-------ATCG-GATATATT--TAAATTAAAACAAACTTTAAAGCGAAAAC-AAA-------GGTGAAAGTAAAGATGGTG----------------ATGCAAC---TCA-GTTA-TAATATTC
gi|14156                      :                                                                                                        A-TCTGGTACATT---AC----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTTGTTTATTAATGA-TAA-TTAAAA-GTT-ACAATGTTGTTTTCAAGGTATAAATC
gi|14157                      :                                                                                                              GTACATG---ATACATG-TATA--TACA-----AAA--A------CATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAATAATTA-TAT-TGAACA-GTT-GCAGTACTAGTTTTAAATTATTACTTAT-------ATTG-AATATATT--TAAAAT---------A---------AAGC-AAA-------GGTG-AACTGGAGAAGGTGG--------------TA
gi|14158                      :                                                                                                               TATAT----AT----A-TATA--CATATA---AAT--G------TATGA-CA-------GGCA----GTGGTTTAGTAATGA-T---TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTCCATGATATAAATTGT-------ATCA-AATAAATT--TCAAAT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ATA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14159                      :                                                                                                               TGCATG---A-----G--ACA--TACA-----AACCAA------TATGG-CA-------GACA----GTGTTTAAGCAATGT-TAT-ATAACA-GTT-ACAATATAAGTTTTATGATATA
gi|14160                      :                                                                                                                               -TGTG--CACA-----AAT--A------TAAGA-CA-------GACA----GTGGTTTATAAATGG-TAA-TATACA-GTT-ACAATGTTATTTTGGTGGTA
gi|14161                      :                                                                                                                               acaTA--TACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAAACAGTGTTTTTGTTATGC-TAT-ATAACA-CTA-ACAATATTAGTTTCA-GATAGAAATGGT-------A----AATATATTTCTAAATT---------G---------AAACAAAA-------AGTTAAATAGGAGATGGTGG--------------TA
gi|14162                      :                                                                                                                                                AC--A------TATGA-CG-------G-TA-----TG--TTGGTAATGC-TAC-GTGATA-GTT-AGAATATTAGTTTCATAATAAAAATTGT-------ATCA-AATATATT--TAAAGT---------G---------AAGC-AAA-------CGTGAAATTGGAGAAGATTG--------------TA
gi|14163                      :                                                                                                                                                                                                                                            T-------ATGG-GATAAATT--TGAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAACGTGGAGAAGGTGG--------------T-TGCATT---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA


blockSeqs                     :                                                                                                         G           TAC  ACAT A    TT    TGTAT   CT CATGTA     A  AACAGCA    AACA        T      G  TATT    T   T         T                  TTTTCAG    A    A   TC      AAAACAAACTTTAAAGCGA    A   GATGCAC                    TACATTGTATTGCT        TAT   T    G
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     TA      GC .          .  .          .           T      .  ATA     .   .         T                  .          .    A   A       T                      .   T                          TACATT                .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       CA .          .  .          .           T      .  TTA     .   .         T                  .          .    C   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       GC .          .  .          .           G      .  TTT     .   .         G                  .          .    A   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TTT     .   .         G                  .          .    A   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  ATA     .   .         T                  .          .    A   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  ATT     .   .         T                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TTT     .   .         T                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  ATA     .   .         G                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  TAT     .   .         G                  .          .    T   .       G                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TTT     .   .         G                  .          .    T   .       A                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  ATA     .   .         G                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  TAT     .   .         G                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TTT     .   .         T                  .          .    T   .       G                      .   .                          .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  ATT     .   .         G                  .          .    A   .       A                      .   .                          .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  TTG     .   .         G                  .          .    T   .       T                      .   .                          .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           A      .  TAT     .   .         G                  .          .    T   .       G                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                         .           .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  ATA     .   .         T                  .          .    A   .       G                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                     .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TAT     .   .         G                  .          .    .   .       T                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                     .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           T      .  CGT     .   .         G                  .          .                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                     .    .    .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TT      .   .         .                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                               .    .     .       .  .          .  .          .           G      .  TT      .   .         .                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .     .       .  .          .  .          .           .      .  T       .   .         .                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .  .          .  .          .           .      .  .       .   .                                                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                                      
originalCons                  :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
finalCons                     :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111        1111111                    22222222222222                                
lowQualScore                  :                                                                                                         2           333  3333 1    22    66666   88 444444     1  5555555    3333        2      1  5555    1   1         3       0        0 6666666    1    2   44      4444444444444444444    2   0000000                    00000000000000        555   2    2            
lowQualScore                  :                                                                                                         .           ...  .... .    ..    .....   .. ......     .  .......    ....        .      .  ....    .   .         .       .        . .......    .    .   ..      ...................    .   .......                    ..............        ...   .    .            
lowQualScore                  :                                                                                                         1           222  9999 7    33    55555   88 666666     6  2222222    4444        6      6  6666    6   6         5       8        9 2222222    9    9   88      4444444444444444444    4   0000000                    66666666666666        000   9    9            
consensus                     :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
Reference ( family-715 )      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGGTATAAATCGT-------ATCG-AATANATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14138                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTA-ACAATGTTATTTTCATAATGTAAATCAT-------ATCG-AATAAATG--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATACATA---GCA-GTTA-TTATATTCAAAA
gi|14139                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--TACA-----AAT--A------TATGA-CAAACAGCAGACA----GTGGTTTATTAATGAGTAT-T-AACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTG-AATA--------AATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14140                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----CTGGTTTATTAATAA-AAA-TAAACA-GTT-ACAATGTTGTTTTCATGGTATAAATCAT-------ATAG-AATAAATT--TAAATT---------T---------CGGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTG------------------GCTTA---ACA-ATGA-TAATATTCAAAA
gi|14141                      :                                                                                                      CCA-TCTTGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGG-CA-------GAAA----GTTGTTTATTAATGA-TAT-TAAACA-GTT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------ATTA-AA-AAAAT--TAAATT---------T---------AAG
gi|14142                      :                                                                                                      CCA-TCCGGTACATG---AT----A-TATA--CACA-----CAT--ACATGTATATGA-CA-------GACA----GTGGAGAAGTAATGA-TAT-TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTTCATGTTATAAATCGT-------ATTG-AATACATT--TCAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTGGAGATGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TTATATTCAA
gi|14143                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACAGG---AT----A-TATA--CACA-----AAT--G------TATGA-CA-------GACA----GTGGGTTAGTTATGA-TAT-TTAACA-TTT-ACCATGTTTGTTTCATGGTATAAATCGC-------ATCG-AATAAATT--AAAATT---------T---------TAGT-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GCAAGCAATA
gi|14144                      :                                                                                                      CCAGTCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----ATGGATTATTGATGA-TAA-TAAACA-GTA-ATAATGCTATTTTCGTGGTATAAGTAAT-------ATCG-AATAAATT--CAAATT---------T---------AAGA-AAG-------GGTGAAAGTAGAGAAGGTGG--------------TATGCATT---ACA-GTAA-TAATATTGAAAA
gi|14145                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATG--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----G---------------------------TT-ACAATGTTATTTTCATGGTATAAATCAT-------TTCG-AACAAATT--TAAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTTAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14146                      :                                                                                                      CCA-T-TGGTACATT---AT----G-TATA--CACA-----CAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTATTAATTA-TAA-TTAACA-GTT-ACAATTTTATTTTCATGGTGTAAATCAT-------ATCG-AATA
gi|14146                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGGTGG--------------TATGCATA---ACA-GTAA-TACTATTCAAAAaggtggtatgcataacagtaatactattcaaaa
gi|14147                      : ccattggtacattatgtatacacacatatatgacagacagtggtttattaattataattaacagttacaattttattttcatggtgtaaatcatatcgaatCCA-CCTGGTGCATG---AT----G-TTTA--CGCA-----AAT--A------TATGA-CA------------------GTT-----ACAA-TAT-------------------TAGTTTCGTGGTATAAGTTCT-------ATCG-AATATCTT--TAAATT---------T---------AAGC-AAGT------GGTGAAAGTTGAGATGATAG--------------TATGTAAA---ACA-GTTA-TAATAATCAAA
gi|14148                      :                                                                                                      CCA-TCTGGGACATG---GT----T-TATA--CACATGTATAAT--A-------ATGA-GA-------AACG----GTGTTTTGGTAATAC-TATATTAGAATGGT-ACAGTGTTAGGTACATGATTTAAACTAC-------ATCA-AATATATT--CGAGTT---------G---------AAGC-AAA-------GGTGAAAGTGGAGACGGTGGTACATT--------TATGCATGTATACATGTAA-AACTATTTAAA
gi|14149                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---GT----T-TATA--CTAA-----AAC--A------TTTGT-CA-------GATA----GTGGTTTAGTAATGA-TAT-TTGACA-GTT-GCA---TT----------TATTAATCGT-------ATCG-AATATATC--TAGATT---------A---------AAGA-AAAGATGCACGGTGAAA--GAAGAAGGTGGTACATTGTATTGCTTATGCAGA---ACG-TTTA-TAATATTCAAAA
gi|14150                      :                                                                                                      CTA-TCTGATACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTAGTTTATTAATGA-TAA-TAAACA-GTT-AC-ATATTA--TTTAT-ATAT---TCTTTTTTCAGATCGAAATATAGTA-TAAATT---------T---------AA
gi|14151                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATGTACAT----GATATA--TCTA-----GCTCTG------TATGAACA-------TACA----ATGTTTTAGTAATGA-TAT-ATAACT-GTTTAAAATATTAGTTTTAAGATATAAAGCTT-------ATCA-AATATATC--TAAA-T---------T---------AAGT-AAA-------AGTGAAAGT
gi|14152                      :                                                                                                      CCA-TCTG--ACTTG---AT----A-TATA--CAAA-----AAC--A------CA-----A-------AGCA----ATGGTT-AGTAATGA-TAT-TTAGCA-GTT-ACAATATTAGTTTCATGATATAAAT
gi|14153                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----G-TATA--CACA-----AAT--A------TAT------------GACA----GTGGTTTATAAATGA-TAA-TAAACA-CTC-ATAGT
gi|14154                      :                                                                                                      CCA-TCTGGTACATG---AT----T-TAT----ACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACA----ATGTTTTTGTAATGA-TAT-ATACTA-GTT-ACA-----------ATGACACAAAGCGT-------ATCA-AATTTATT--TAAATT---------G---------AA
gi|14155                      :                                                                                                       CA-TCTGGTATATG---AC----A-TATATTCAAA-----AAC--A------TATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAGTAATGG-TAT-TTATCA-GTT-ACACTATAAGCTTTATATTATAAATCGT-------ATCG-GATATATT--TAAATTAAAACAAACTTTAAAGCGAAAAC-AAA-------GGTGAAAGTAAAGATGGTG----------------ATGCAAC---TCA-GTTA-TAATATTC
gi|14156                      :                                                                                                        A-TCTGGTACATT---AC----G-TATA--CACA-----AAT--A------TATGA-CA-------GACA----GTTGTTTATTAATGA-TAA-TTAAAA-GTT-ACAATGTTGTTTTCAAGGTATAAATC
gi|14157                      :                                                                                                              GTACATG---ATACATG-TATA--TACA-----AAA--A------CATGA-CA-------GACA----GTGGTTTAATAATTA-TAT-TGAACA-GTT-GCAGTACTAGTTTTAAATTATTACTTAT-------ATTG-AATATATT--TAAAAT---------A---------AAGC-AAA-------GGTG-AACTGGAGAAGGTGG--------------TA
gi|14158                      :                                                                                                               TATAT----AT----A-TATA--CATATA---AAT--G------TATGA-CA-------GGCA----GTGGTTTAGTAATGA-T---TTAACA-GTT-ACAATGTTAGTTCCATGATATAAATTGT-------ATCA-AATAAATT--TCAAAT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAAAGTGGAGAAGGTGG--------------TATGCATA---ATA-GTAA-TAATATTCAAAA
gi|14159                      :                                                                                                               TGCATG---A-----G--ACA--TACA-----AACCAA------TATGG-CA-------GACA----GTGTTTAAGCAATGT-TAT-ATAACA-GTT-ACAATATAAGTTTTATGATATA
gi|14160                      :                                                                                                                               -TGTG--CACA-----AAT--A------TAAGA-CA-------GACA----GTGGTTTATAAATGG-TAA-TATACA-GTT-ACAATGTTATTTTGGTGGTA
gi|14161                      :                                                                                                                               acaTA--TACA-----AATGCA------TATGA-CA-------GACAAACAGTGTTTTTGTTATGC-TAT-ATAACA-CTA-ACAATATTAGTTTCA-GATAGAAATGGT-------A----AATATATTTCTAAATT---------G---------AAACAAAA-------AGTTAAATAGGAGATGGTGG--------------TA
gi|14162                      :                                                                                                                                                AC--A------TATGA-CG-------G-TA-----TG--TTGGTAATGC-TAC-GTGATA-GTT-AGAATATTAGTTTCATAATAAAAATTGT-------ATCA-AATATATT--TAAAGT---------G---------AAGC-AAA-------CGTGAAATTGGAGAAGATTG--------------TA
gi|14163                      :                                                                                                                                                                                                                                            T-------ATGG-GATAAATT--TGAATT---------T---------AAGC-AAG-------GGTGAACGTGGAGAAGGTGG--------------T-TGCATT---ACA-GTAA-TAATATTCAAAA