lowQualScore                  :                                                                         1111111111                      
lowQualScore                  :              444          777    6           3            44444  3333   6666666666   6   6    1   2 2   
lowQualScore                  :              ...          ...    .           .            .....  ....   ..........   .   .    .   . .   
lowQualScore                  :              111          333    6           2            33333  7777   7777777777   1   6    9   0 1   
consensus                     :   TCAATGAGGTC---GAGATGTATCG--CCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GAT--------ACTGATACAATTGT-GAA-T-TTG
Reference ( gi|3471 )         :   TCAATGAGGTC---GAGATGTATCA--CCTTGATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GAT--------AATGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3472                       :   TCAATGAGGTC---GAGATGTATCA--CCTTGATCGCTACAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GAT--------AATGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3461                       :   TCAATGAGGTC---GAGATGTATCG--CCTTAATCGCTGCAAA-TGTCGGGTATAC-----AA----GAT--------ACAGATACAA-TGCAAAA-T-TTG
gi|3473                       : ggTCAATGAGGTC---GAGATATCTTG--CCTTAATCACTGCAAATTTTTGGACATAC-----AA----GAT--------ACTGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3462                       :   TCAATGAGGTC---GAGATTAATCA--CATTAATCGATACAAA-TGGCAGACATAC-----AG----GAT--------GTTGCTATAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3464                       : ggTCAATGAGGTC---GAGATATATCG--CCTTAATCACTGCAAA-TAGCGAATAAAC-----AA----GATAC------AGTTAAACA--TGT-GAC-T-TTG
gi|3463                       : ggTCAGTGAGGTT---GAGATGTATAG--CAGAAATCACTGCAAA-TGATGGAC--AC-----AA----GAT--------ACTGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3474                       : ggTTAACAAGGTC---AAGATGGATCA--CCTTATTCCCTGCAAA-TGGCAG-CATACCAAATAA----GAT--------ACTTATACATTTGT-GAA-T-TT
gi|3470                       :   TCAATGAGGTT---TAGAAGTATCG--CCTTTATCTCAACAAA-TGGCGTACATGC-----AA----GAC--------AGTG-TACGG-TGT-GA
gi|3476                       :  gTCAATATGGTC---GAGA-GTATCG--ACCTAATTTCTGCAAA-TGGCGGACATGT-----AA----AAT--------A
gi|3475                       :   TCAATGAGGTC---GA----------------ATCGCTGCAAA-TGGTGTACATAC-----AT----GTT--------ACTAATATAATTGT-GAA-
gi|3467                       :   TCAATAAGGTC---GAGATGTATCG--ATTTAATCGCAGTAAA-TG
gi|3477                       : ggTCAATGAGGCT---GATATATATTG--CCTTAATTGCTGTAAA-TGG
gi|3469                       :    CAATGAGGTC---AAAGTGTATCG--CCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACAAAC-----AA----GAT--------ACTGATGCATTTGT-GAA-T-TTG
gi|3466                       :  gcCAATGAGGTC---GAGATGTGTCG--CCTTAAACGCTCCAAA-TTGCGAAAATAC-----AT----GAT--------
gi|3465                       :  ggcAAGGAGGTC---AAGATGTATAG--TCTTAATCGCTGTAAA-TGGCGGAGATAC-----AA-------------------------TTGT-GAA-T-TTgcagat
gi|3468                       :      ggctGGTCAATGAGATGTCTCT--TCCTAATCAGTGCAAA--AGTGTACGTTA-----AA----GAC--------ACTGATATAACTGT-GAA-TGTTG
gi|3478                       :           GTC---AAGATGTATCT--CCGTAAAGACTGTTAA-TGGGGGGCATAA-----AA----GAT---------CTGATACAACTGT-GAA-T-
gi|3479                       :                      GTATTATTCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAA-----CA----GAT--------ACTGATACAGTTGT-GAA-T-TT
gi|3480                       :                        ATTG--CATTTATCATTGCAAA-TGGCGGACATAG-----AA----GAT--------ACTGATATAATTTT-TAG-T-TT
gi|3481                       :                         TCG--CCATAATCGCTGCAAA-TGGCGGGCATAC-----AA----GATACAAATTGAATGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3483                       :                                   ATCCCTGCAAA-TGGCAGACATAC-----AA----GAT--------ACTCCTATAATTGT-AAT-T-TTG
gi|3482                       :                                  aATCGCTGCAAAATGGTGTATAAAC-----GC----GAT--------ACTGATGCGATTGT-GAA-T-TT
gi|3485                       :                                   aTCACTGAAAA-TGGTGAATATAC-----AATTCTGAT--------ACCGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3484                       :                                    TCGTTGTAAA-TGGTCTACATAC-----AC----GAT--------ACTGATGTAATTGT-GAA-T-CT
gi|3486                       :                                     agCTGCAAA-TGGTGGATAAAT-----AA----GAT--------CCTGATATAACTGT-GAAGT-TTG





Alignments
lowQualScore                  :               333                           3            44444  3333     66666666            1   1 2   
lowQualScore                  :               ...                           .            .....  ....     ........            .   . .   
lowQualScore                  :               999                           1            22222  5555     33333333            8   9 0   
consensus                     :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
Reference ( family-708 )      :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3461                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGTCGGGTATAC-----AA----GATAC--------AGATACAA-TGCAAAA-T-TTG
gi|3462                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATTAATCACATTAATCGATACAAA-TGGCAGACATAC-----AG----GATGT--------TGCTATAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3463                       :  ggTCAGTGAGGTT---GAGATGTATAGCAGAAATCACTGCAAA-TGATGGAC--AC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3464                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATATATCGCCTTAATCACTGCAAA-TAGCGAATAAAC-----AA----GATAC--------AGTTAAACATGT-GAC-T-TTG
gi|3465                       :    ggAAGGAGGTC---AAGATGTATAGTCTTAATCGCTGTAAA-TGGCGGA------------------------------GATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3466                       : ggctCAATGAGGTC---GAGATGTGTCGCCTTAAACGCTCCAAA-TTGCGAAAATAC-----AT----GATGC--------AGAT
gi|3467                       : ggcTCAATAAGGTC---GAGATGTATCGATTTAATCGCAGTAAA-TG
gi|3468                       :         ggGGTCAATGAGATGTCTCTTCCTAATCAGTGCAAA--AGTGTACGTTA-----AA----GACAC--------TGATATAACTGT-GAA-TGTTG
gi|3469                       :     CAATGAGGTC---AAAGTGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACAAAC-----AA----GATAC--------TGATGCATTTGT-GAA-T-TTG
gi|3470                       :  gcTCAATGAGGTT---TAGAAGTATCGCCTTTATCTCAACAAA-TGGCGTACATGC-----AA----GACAG--------TG-TACGG-TGT-GA
gi|3471                       :   gTCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3472                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTACAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3473                       :    TCAATGAGGTC---GAGATATCTTGCCTTAATCACTGCAAATTTTTGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3474                       :    TTAACAAGGTC---AAGATGGATCACCTTATTCCCTGCAAA-TGGCAG-CATACCAAATAA----GATAC--------TTATACATTTGT-GAA-T-TT
gi|3475                       :    TCAATGAGGTC---G--------------AATCGCTGCAAA-TGGTGTACATAC-----AT----GTTAC--------TAATATAATTGT-GAA-
gi|3476                       :    TCAATATGGTC---GAGA-GTATCGACCTAATTTCTGCAAA-TGGCGGACATGT-----AA----AATA
gi|3477                       :    TCAATGAGGCT---GATATATATTGCCTTAATTGCTGTAAA-TGG
gi|3478                       :            GTC---AAGATGTATCTCCGTAAAGACTGTTAA-TGGGGGGCATAA-----AA----GAT-C--------TGATACAACTGT-GAA-T-
gi|3479                       :                             CCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAA-----CA----GATAC--------TGATACAGTTGT-GAA-T-TT
gi|3480                       :                 gtattattATTGCATTTATCATTGCAAA-TGGCGGACATAG-----AA----GATAC--------TGATATAATTTT-TAG-T-TT
gi|3481                       :                          TCGCCATAATCGCTGCAAA-TGGCGGGCATAC-----AA----GATACAAATTGAATGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3482                       :                                 AATCGCTGCAAAATGGTGTATAAAC-----GC----GATAC--------TGATGCGATTGT-GAA-T-TT
gi|3483                       :                                 AATCCCTGCAAA-TGGCAGACATAC-----AA----GATAC--------TCCTATAATTGT-AAT-T-TTG
gi|3484                       :                                 AGTCGTTGTAAA-TGGTCTACATAC-----AC----GATAC--------TGATGTAATTGT-GAA-T-CT
gi|3485                       :                                   TCACTGAAAA-TGGTGAATATAC-----AATTCTGATAC--------CGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3486                       :                                      CTGCAAA-TGGTGGATAAAT-----AA----GATCC--------TGATATAACTGT-GAAGT-TTG





Alignments
lowQualScore                  :               333                           3            44444  3333     66666666            1   1 2   
lowQualScore                  :               ...                           .            .....  ....     ........            .   . .   
lowQualScore                  :               999                           1            22222  5555     33333333            8   9 0   
consensus                     :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
Reference ( family-708 )      :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3461                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGTCGGGTATAC-----AA----GATAC--------AGATACAA-TGCAAAA-T-TTG
gi|3462                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATTAATCACATTAATCGATACAAA-TGGCAGACATAC-----AG----GATGT--------TGCTATAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3463                       :  ggTCAGTGAGGTT---GAGATGTATAGCAGAAATCACTGCAAA-TGATGGAC--AC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3464                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATATATCGCCTTAATCACTGCAAA-TAGCGAATAAAC-----AA----GATAC--------AGTTAAACATGT-GAC-T-TTG
gi|3465                       :    ggAAGGAGGTC---AAGATGTATAGTCTTAATCGCTGTAAA-TGGCGGA------------------------------GATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3466                       : ggctCAATGAGGTC---GAGATGTGTCGCCTTAAACGCTCCAAA-TTGCGAAAATAC-----AT----GATGC--------AGAT
gi|3467                       : ggcTCAATAAGGTC---GAGATGTATCGATTTAATCGCAGTAAA-TG
gi|3468                       :         ggGGTCAATGAGATGTCTCTTCCTAATCAGTGCAAA--AGTGTACGTTA-----AA----GACAC--------TGATATAACTGT-GAA-TGTTG
gi|3469                       :     CAATGAGGTC---AAAGTGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACAAAC-----AA----GATAC--------TGATGCATTTGT-GAA-T-TTG
gi|3470                       :  gcTCAATGAGGTT---TAGAAGTATCGCCTTTATCTCAACAAA-TGGCGTACATGC-----AA----GACAG--------TG-TACGG-TGT-GA
gi|3471                       :   gTCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3472                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTACAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3473                       :    TCAATGAGGTC---GAGATATCTTGCCTTAATCACTGCAAATTTTTGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3474                       :    TTAACAAGGTC---AAGATGGATCACCTTATTCCCTGCAAA-TGGCAG-CATACCAAATAA----GATAC--------TTATACATTTGT-GAA-T-TT
gi|3475                       :    TCAATGAGGTC---G--------------AATCGCTGCAAA-TGGTGTACATAC-----AT----GTTAC--------TAATATAATTGT-GAA-
gi|3476                       :    TCAATATGGTC---GAGA-GTATCGACCTAATTTCTGCAAA-TGGCGGACATGT-----AA----AATA
gi|3477                       :    TCAATGAGGCT---GATATATATTGCCTTAATTGCTGTAAA-TGG
gi|3478                       :            GTC---AAGATGTATCTCCGTAAAGACTGTTAA-TGGGGGGCATAA-----AA----GAT-C--------TGATACAACTGT-GAA-T-
gi|3479                       :                             CCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAA-----CA----GATAC--------TGATACAGTTGT-GAA-T-TT
gi|3480                       :                 gtattattATTGCATTTATCATTGCAAA-TGGCGGACATAG-----AA----GATAC--------TGATATAATTTT-TAG-T-TT
gi|3481                       :                          TCGCCATAATCGCTGCAAA-TGGCGGGCATAC-----AA----GATACAAATTGAATGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3482                       :                                 AATCGCTGCAAAATGGTGTATAAAC-----GC----GATAC--------TGATGCGATTGT-GAA-T-TT
gi|3483                       :                                 AATCCCTGCAAA-TGGCAGACATAC-----AA----GATAC--------TCCTATAATTGT-AAT-T-TTG
gi|3484                       :                                 AGTCGTTGTAAA-TGGTCTACATAC-----AC----GATAC--------TGATGTAATTGT-GAA-T-CT
gi|3485                       :                                   TCACTGAAAA-TGGTGAATATAC-----AATTCTGATAC--------CGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3486                       :                                      CTGCAAA-TGGTGGATAAAT-----AA----GATCC--------TGATATAACTGT-GAAGT-TTG


blockSeqs                     :               AAT                           T            CAAAT  TTCT     AAATTGAA            .   G G
blockSeqs                     :               .                             A            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :               .                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :                                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :                                             .            .      .        .                   .   . .
blockSeqs                     :                                             .            .      .        .                   .   .  
blockSeqs                     :                                             .            .      .        .                   .      
blockSeqs                     :                                             .            .      .        .                          
blockSeqs                     :                                             .            .      .                                   
blockSeqs                     :                                             .                                                       
blockSeqs                     :                                             .                                                       


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
finalCons                     :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG





Alignments
lowQualScore                  :               333                           3            44444  3333     66666666            1   1 2   
lowQualScore                  :               ...                           .            .....  ....     ........            .   . .   
lowQualScore                  :               999                           1            22222  5555     33333333            8   9 0   
consensus                     :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
Reference ( family-708 )      :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3461                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGTCGGGTATAC-----AA----GATAC--------AGATACAA-TGCAAAA-T-TTG
gi|3462                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATTAATCACATTAATCGATACAAA-TGGCAGACATAC-----AG----GATGT--------TGCTATAATTGT-GAA-T-TTG
gi|3463                       :  ggTCAGTGAGGTT---GAGATGTATAGCAGAAATCACTGCAAA-TGATGGAC--AC-----AA----GATAC--------TGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3464                       :  ggTCAATGAGGTC---GAGATATATCGCCTTAATCACTGCAAA-TAGCGAATAAAC-----AA----GATAC--------AGTTAAACATGT-GAC-T-TTG
gi|3465                       :    ggAAGGAGGTC---AAGATGTATAGTCTTAATCGCTGTAAA-TGGCGGA------------------------------GATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3466                       : ggctCAATGAGGTC---GAGATGTGTCGCCTTAAACGCTCCAAA-TTGCGAAAATAC-----AT----GATGC--------AGAT
gi|3467                       : ggcTCAATAAGGTC---GAGATGTATCGATTTAATCGCAGTAAA-TG
gi|3468                       :         ggGGTCAATGAGATGTCTCTTCCTAATCAGTGCAAA--AGTGTACGTTA-----AA----GACAC--------TGATATAACTGT-GAA-TGTTG
gi|3469                       :     CAATGAGGTC---AAAGTGTATCGCCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACAAAC-----AA----GATAC--------TGATGCATTTGT-GAA-T-TTG
gi|3470                       :  gcTCAATGAGGTT---TAGAAGTATCGCCTTTATCTCAACAAA-TGGCGTACATGC-----AA----GACAG--------TG-TACGG-TGT-GA
gi|3471                       :   gTCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3472                       :    TCAATGAGGTC---GAGATGTATCACCTTGATCGCTACAAA-TGGCGGACATAC-----AA----GATAA--------TGACACAGTTGT-GAA-T-TTG
gi|3473                       :    TCAATGAGGTC---GAGATATCTTGCCTTAATCACTGCAAATTTTTGGACATAC-----AA----GATAC--------TGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3474                       :    TTAACAAGGTC---AAGATGGATCACCTTATTCCCTGCAAA-TGGCAG-CATACCAAATAA----GATAC--------TTATACATTTGT-GAA-T-TT
gi|3475                       :    TCAATGAGGTC---G--------------AATCGCTGCAAA-TGGTGTACATAC-----AT----GTTAC--------TAATATAATTGT-GAA-
gi|3476                       :    TCAATATGGTC---GAGA-GTATCGACCTAATTTCTGCAAA-TGGCGGACATGT-----AA----AATA
gi|3477                       :    TCAATGAGGCT---GATATATATTGCCTTAATTGCTGTAAA-TGG
gi|3478                       :            GTC---AAGATGTATCTCCGTAAAGACTGTTAA-TGGGGGGCATAA-----AA----GAT-C--------TGATACAACTGT-GAA-T-
gi|3479                       :                             CCTTAATCGCTGCAAA-TGGCGGACATAA-----CA----GATAC--------TGATACAGTTGT-GAA-T-TT
gi|3480                       :                 gtattattATTGCATTTATCATTGCAAA-TGGCGGACATAG-----AA----GATAC--------TGATATAATTTT-TAG-T-TT
gi|3481                       :                          TCGCCATAATCGCTGCAAA-TGGCGGGCATAC-----AA----GATACAAATTGAATGATACAATTGT-GAA-T-TT
gi|3482                       :                                 AATCGCTGCAAAATGGTGTATAAAC-----GC----GATAC--------TGATGCGATTGT-GAA-T-TT
gi|3483                       :                                 AATCCCTGCAAA-TGGCAGACATAC-----AA----GATAC--------TCCTATAATTGT-AAT-T-TTG
gi|3484                       :                                 AGTCGTTGTAAA-TGGTCTACATAC-----AC----GATAC--------TGATGTAATTGT-GAA-T-CT
gi|3485                       :                                   TCACTGAAAA-TGGTGAATATAC-----AATTCTGATAC--------CGATATAATTGT-GAA-T-TT
gi|3486                       :                                      CTGCAAA-TGGTGGATAAAT-----AA----GATCC--------TGATATAACTGT-GAAGT-TTG