lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 444444 1 2 1 666 1 0 6666666 1 5555555 1 66666 333 4444 22 444 22 4444 6 999 2
lowQualScore : . ...... . . . ... . . ....... . ....... . ..... ... .... .. ... .. .... . ... .
lowQualScore : 7 888888 6 1 7 222 8 9 2222222 9 6666666 0 99999 333 0000 66 000 88 2222 0 000 4
consensus : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCANGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTG-AATATA
Reference ( gi|120105 ) : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATATCTTACAAGTAATATTTTATGAGTG-AATATA
gi|120094 : TTTA-TTCCTTGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAACACAA-GCTATAT-AATTTTGAAGCT-------TAACACATT-ATATG------ATCACT-T---TAGATA---A----CAT-AGCATG-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTCTAAGGGTG-AATATA
gi|120099 : ctTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTAACAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------CAACACGTT-GCATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----AGACTGTCTTACAAGTAATATTTTAAGTGTG-AATATAaa
gi|120084 : tTTTA-TTCCATGTAACCCATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTATTCATGTATCAATACAA-TCTATAT-A-TTTTTAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTGCAAATAATATTCTAAGGGTG-AATATAaa
gi|120098 : tctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCGTGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTCA----T-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGAGA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTG-AATATAaa
gi|120083 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATATAAATTTT-----T-------TAACACATT-ACAAT------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTGAGGGGTG-AATATAaa
gi|120087 : tctTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACG-AAATCTGTTCATTTATCAATACAA-GCTATATAAATTTTGAAACT-------TAACACATTAACCTG------ATATCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATGTTAAGAGTG-AAAATAaa
gi|120086 : tctTTTA-TTCCAAGGAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAAACTGTTTCTGTATCAATACAA-GCTATAT-ACTTTT----CT-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTG-AACATaa
gi|120088 : tctTTTAATTCCATGTAAGACATA------ACACAATGTTATACA-AAAACTGTACATGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTTGAAACTGGACACCTTACACATT-ACATG------ATAATT-T---CAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ATAATGTCTTACAAGTATTATGTTAAGGGTG-AATATAtaaa
gi|120085 : tcTTTA-TTCCAT--AAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATATAA-GCTGTAT-ACTTCT----CC-------TAACACATT-ACATG------CTACCT-T---TAGATA---A----CAT-GACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTG-AATATAaa
gi|120106 : tctTTCA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAGTGCTATAGA-AAAACTGTTCAGGTGTCAATACAT-GCTGTTT-CATTTTGA------------AACACATT-ATATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AAGATT-TA--A----ACAATGGCTTACAGGTAATATTTTAAGGCTG-TATATAaa
gi|120091 : TTTA-TTTCAAGTAAGACATA------ATACAGTATTATACA-AAAGTTGTTCAGGTATCAATATAA-ACTGTAT-GATTTTGAAATT-------TAACACATT-ATACA------GTAATTGTACATAGATA---A----CAA-AACATT-GA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTaa
gi|120101 : tctTTTA-TTCCATGTAATACATA------ATACAATGTTATAC--AAAACTATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------AAACG---T-ACATG------GTAACT-G---TATATA---A----GAC-AATTTT-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTtattaatacaaa
gi|120089 : tTTTA-TTTCATGAAAGGCATA------ATACAATGTTTTACA-AAAACTGTTCATGTATCAA--------------------GAAATC-------TAACACATA-ACATG------ATAACT-T---AAGATA---C----CAT-ATCATT-AA--T----ACAATGTCTTACGAGTAGTATTTTAAGGGTG-ATTATA
gi|120102 : tctTTTA-TTCCATCAAAGACAAA------ATGCAATCTTATGCA-AAAA-TATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------TAACATATT-ATATG------GTAATT-G---TATATA---A----GAG-AACATT-TAAGTTAAAACAATGTCTTACAAGTAACATTTTA--AGTGTAATATAaa
gi|120092 : tTTTA-TTCCATGCAAGACATA------ATACAATGTTATTCA-AAAATGGTTCAGGTATCAATACAA-ACTACAT-GATTTTGAAACT-------TAACACATA-ACATGTATATTGTAACTGT---TA-ATA---A----CAGAAACATG-Caa
gi|120100 : tctTTTG-CTCCATGTAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAGGTTGTTCAGGTATCAATATAA-TGGATAT-GATTTTGAAACT-------CAACACATT-ATAGA------GCAGCT-G---TAGATA---A----CAA-AATATT-AA--T----ACAATGTCCTACTCATAATATTGTGAGGGTA-AATA
gi|120103 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAAATGTTCATGTATCAATACAA-GCTgaaa
gi|120095 : tTTTA-TTCCATGTGAGGCATACGAGTAATATACTGTTATACA-CAAAATGTTCGGGTATCAATAAAA-GCTATAT-AAT--------T-------TAACACATT-ATATG------GTAATT-G---AAGACC---A----TAG-AATATT-TA--T----GCAATGTCATACAAGTGAT---------GTG-AATATAtaa
gi|120104 : ctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACC-AAAACTGTTCATGTATCAATACAaa
gi|120090 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACACAAAACT
gi|120093 : tctTTCA-ATCCATTTAAGACATA------ATACAATGTTATATA-CATACTGTTCAAATATAAATACGA-ACAATAT-A---TTGAAACT-------TTACATATT-ATATG------GT-TCT-TG--TATATATGGA----AAC-AATA----A--T----AAAA-GTCATACAAGTAACATTTTtagcacattacatgacaactttagataaaatacataacatgtgtacaatgtcttacaagtaatctgttaaggatggatataaa
gi|120096 : tctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTAAATGCAA-AC
gi|120097 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTTAATGCAA-
gi|120107 : ctTTTA-TTGCATGTAAGATATA------ATACAATATTAAACA-TAAATTGTTCAGATATCAATACGA-ACAATAT-A---TTGAA-----------AACTGATT-ATA--------------------AGAAA---A----TAT-TA------A--T----GTAATGTCTCACTAGTAATATTTTAAGTGTG-AAT
gi|120108 : ACA-AAAGTTAGTTATGTATCAATGTGA-ACGATAT-GATTTTAAAACT-------TAACACAGT-A---------------------TAG--A---A----CA-----GTGTCT--T----ACAATGTCTTACAAGCAATATTT------TG-AATATA
gi|120090 : AATACAATGTTATAC-A----CAAAACT-------TAGCACATT-ACATG------ACAACT-T---TAGATA---AAATACAT-AACATG-TG--T----ACAATGTCTTACAAGTAATCTGTTAAGGATG-GATATAaatacaaa
Alignments
lowQualScore : 1 444444 1 1 1 555 1 0 5555555 1 5555555 1 66666 333 3333 22 222 22 4444
lowQualScore : . ...... . . . ... . . ....... . ....... . ..... ... .... .. ... .. ....
lowQualScore : 6 666666 5 0 6 111 3 5 9999999 8 5555555 7 22222 222 9999 00 999 66 0000
consensus : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
Reference ( family-707 ) : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCANGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120083 : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATATAAATTTT-----T-------TAACACATT-ACAAT------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTGAGGGGTGAATATA
gi|120084 : tctTTTA-TTCCATGTAACCCATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTATTCATGTATCAATACAA-TCTATAT-A-TTTTTAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTGCAAATAATATTCTAAGGGTGAATATAaa
gi|120085 : tctTTTA-TTCCAT--AAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATATAA-GCTGTAT-ACTTCT----CC-------TAACACATT-ACATG------CTACCT-T---TAGATA---A----CAT-GACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120086 : tctTTTA-TTCCAAGGAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAAACTGTTTCTGTATCAATACAA-GCTATAT-ACTTTT----CT-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAACATaa
gi|120087 : tctTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACG-AAATCTGTTCATTTATCAATACAA-GCTATATAAATTTTGAAACT-------TAACACATTAACCTG------ATATCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATGTTAAGAGTGAAAATAtaaa
gi|120088 : tctTTTAATTCCATGTAAGACATA------ACACAATGTTATACA-AAAACTGTACATGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTTGAAACTGGACACCTTACACATT-ACATG------ATAATT-T---CAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ATAATGTCTTACAAGTATTATGTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120089 : tcTTTA-TTTCATGAAAGGCATA------ATACAATGTTTTACA-AAAACTGTTCATGTATCAA--------------------GAAATC-------TAACACATA-ACATG------ATAACT-T---AAGATA---C----CAT-ATCATT-AA--T----ACAATGTCTTACGAGTAGTATTTTAAGGGTGATTATAaa
gi|120090 : tctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACACAAAACTaa
gi|120090 : tctAATACAATGTTATAC-A----CAAAACT-------TAGCACATT-ACATG------ACAACT-T---TAGATA---AAATACAT-AACATG-TG--T----ACAATGTCTTACAAGTAATCTGTTAAGGATGGATATAtagcacattacatgacaactttagataaaatacataacatgtgtacaatgtcttacaagtaatctgttaaggatggatataaa
gi|120091 : tcttttattccatgtaagacatTTTA-TTTCAAGTAAGACATA------ATACAGTATTATACA-AAAGTTGTTCAGGTATCAATATAA-ACTGTAT-GATTTTGAAATT-------TAACACATT-ATACA------GTAATTGTACATAGATA---A----CAA-AACATT-GA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTaa
gi|120092 : tctTTTA-TTCCATGCAAGACATA------ATACAATGTTATTCA-AAAATGGTTCAGGTATCAATACAA-ACTACAT-GATTTTGAAACT-------TAACACATA-ACATGTATATTGTAACTGT---TA-ATA---A----CAGAAACATG-Ctattaatacaaa
gi|120093 : tctTTCA-ATCCATTTAAGACATA------ATACAATGTTATATA-CATACTGTTCAAATATAAATACGA-ACAATAT-A---TTGAAACT-------TTACATATT-ATATG------GT-TCT-TG--TATATATGGA----AAC-AATA----A--T----AAAA-GTCATACAAGTAACATTTT
gi|120094 : tctTTTA-TTCCTTGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAACACAA-GCTATAT-AATTTTGAAGCT-------TAACACATT-ATATG------ATCACT-T---TAGATA---A----CAT-AGCATG-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTCTAAGGGTGAATATA
gi|120095 : ctTTTA-TTCCATGTGAGGCATACGAGTAATATACTGTTATACA-CAAAATGTTCGGGTATCAATAAAA-GCTATAT-AAT--------T-------TAACACATT-ATATG------GTAATT-G---AAGACC---A----TAG-AATATT-TA--T----GCAATGTCATACAAGTGAT---------GTGAATATAaa
gi|120096 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTAAATGCAA-ACaa
gi|120097 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTTAATGCAA-
gi|120098 : ctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCGTGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTCA----T-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGAGA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120099 : tTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTAACAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------CAACACGTT-GCATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----AGACTGTCTTACAAGTAATATTTTAAGTGTGAATATAaa
gi|120100 : tTTTG-CTCCATGTAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAGGTTGTTCAGGTATCAATATAA-TGGATAT-GATTTTGAAACT-------CAACACATT-ATAGA------GCAGCT-G---TAGATA---A----CAA-AATATT-AA--T----ACAATGTCCTACTCATAATATTGTGAGGGTAAATAaa
gi|120101 : tTTTA-TTCCATGTAATACATA------ATACAATGTTATAC--AAAACTATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------AAACG---T-ACATG------GTAACT-G---TATATA---A----GAC-AATTTT-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTgaaa
gi|120102 : tTTTA-TTCCATCAAAGACAAA------ATGCAATCTTATGCA-AAAA-TATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------TAACATATT-ATATG------GTAATT-G---TATATA---A----GAG-AACATT-TAAGTTAAAACAATGTCTTACAAGTAACATTTTAAGTGT-AATATA
gi|120103 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAAATGTTCATGTATCAATACAA-GCTaa
gi|120104 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACC-AAAACTGTTCATGTATCAATACAtaa
gi|120105 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATATCTTACAAGTAATATTTTATGAGTGAATATA
gi|120106 : TTCA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAGTGCTATAGA-AAAACTGTTCAGGTGTCAATACAT-GCTGTTT-CATTTTGA------------AACACATT-ATATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AAGATT-TA--A----ACAATGGCTTACAGGTAATATTTTAAGGCTGTATATA
gi|120107 : TTTA-TTGCATGTAAGATATA------ATACAATATTAAACA-TAAATTGTTCAGATATCAATACGA-ACAATAT-A---TTGAA-----------AACTGATT-ATA--------------------AGAAA---A----TAT-TA------A--T----GTAATGTCTCACTAGTAATATTTTAAGTGTGAATaa
gi|120108 : ACA-AAAGTTAGTTATGTATCAATGTGA-ACGATAT-GATTTTAAAACT-------TAACACA--------------GTA--------TAGA-----A----CA-----GTGTCT--T----ACAATGTCTTACAAGCAATATTTTGAATATAAATACA
Alignments
lowQualScore : 1 444444 1 1 1 555 1 0 5555555 1 5555555 1 66666 333 3333 22 222 22 4444
lowQualScore : . ...... . . . ... . . ....... . ....... . ..... ... .... .. ... .. ....
lowQualScore : 6 666666 5 6 6 111 3 5 9999999 8 5555555 7 22222 222 9999 00 999 66 0000
consensus : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
Reference ( family-707 ) : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120083 : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATATAAATTTT-----T-------TAACACATT-ACAAT------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTGAGGGGTGAATATA
gi|120084 : tctTTTA-TTCCATGTAACCCATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTATTCATGTATCAATACAA-TCTATAT-A-TTTTTAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTGCAAATAATATTCTAAGGGTGAATATAaa
gi|120085 : tctTTTA-TTCCAT--AAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATATAA-GCTGTAT-ACTTCT----CC-------TAACACATT-ACATG------CTACCT-T---TAGATA---A----CAT-GACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120086 : tctTTTA-TTCCAAGGAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAAACTGTTTCTGTATCAATACAA-GCTATAT-ACTTTT----CT-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAACATaa
gi|120087 : tctTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACG-AAATCTGTTCATTTATCAATACAA-GCTATATAAATTTTGAAACT-------TAACACATTAACCTG------ATATCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATGTTAAGAGTGAAAATAtaaa
gi|120088 : tctTTTAATTCCATGTAAGACATA------ACACAATGTTATACA-AAAACTGTACATGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTTGAAACTGGACACCTTACACATT-ACATG------ATAATT-T---CAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ATAATGTCTTACAAGTATTATGTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120089 : tcTTTA-TTTCATGAAAGGCATA------ATACAATGTTTTACA-AAAACTGTTCATGTATCAA--------------------GAAATC-------TAACACATA-ACATG------ATAACT-T---AAGATA---C----CAT-ATCATT-AA--T----ACAATGTCTTACGAGTAGTATTTTAAGGGTGATTATAaa
gi|120090 : tctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACACAAAACTaa
gi|120090 : tctAATACAATGTTATAC-A----CAAAACT-------TAGCACATT-ACATG------ACAACT-T---TAGATA---AAATACAT-AACATG-TG--T----ACAATGTCTTACAAGTAATCTGTTAAGGATGGATATAtagcacattacatgacaactttagataaaatacataacatgtgtacaatgtcttacaagtaatctgttaaggatggatataaa
gi|120091 : tcttttattccatgtaagacatTTTA-TTTCAAGTAAGACATA------ATACAGTATTATACA-AAAGTTGTTCAGGTATCAATATAA-ACTGTAT-GATTTTGAAATT-------TAACACATT-ATACA------GTAATTGTACATAGATA---A----CAA-AACATT-GA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTaa
gi|120092 : tctTTTA-TTCCATGCAAGACATA------ATACAATGTTATTCA-AAAATGGTTCAGGTATCAATACAA-ACTACAT-GATTTTGAAACT-------TAACACATA-ACATGTATATTGTAACTGT---TA-ATA---A----CAGAAACATG-Ctattaatacaaa
gi|120093 : tctTTCA-ATCCATTTAAGACATA------ATACAATGTTATATA-CATACTGTTCAAATATAAATACGA-ACAATAT-A---TTGAAACT-------TTACATATT-ATATG------GT-TCT-TG--TATATATGGA----AAC-AATA----A--T----AAAA-GTCATACAAGTAACATTTT
gi|120094 : tctTTTA-TTCCTTGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAACACAA-GCTATAT-AATTTTGAAGCT-------TAACACATT-ATATG------ATCACT-T---TAGATA---A----CAT-AGCATG-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTCTAAGGGTGAATATA
gi|120095 : ctTTTA-TTCCATGTGAGGCATACGAGTAATATACTGTTATACA-CAAAATGTTCGGGTATCAATAAAA-GCTATAT-AAT--------T-------TAACACATT-ATATG------GTAATT-G---AAGACC---A----TAG-AATATT-TA--T----GCAATGTCATACAAGTGAT---------GTGAATATAaa
gi|120096 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTAAATGCAA-ACaa
gi|120097 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTTAATGCAA-
gi|120098 : ctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCGTGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTCA----T-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGAGA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120099 : tTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTAACAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------CAACACGTT-GCATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----AGACTGTCTTACAAGTAATATTTTAAGTGTGAATATAaa
gi|120100 : tTTTG-CTCCATGTAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAGGTTGTTCAGGTATCAATATAA-TGGATAT-GATTTTGAAACT-------CAACACATT-ATAGA------GCAGCT-G---TAGATA---A----CAA-AATATT-AA--T----ACAATGTCCTACTCATAATATTGTGAGGGTAAATAaa
gi|120101 : tTTTA-TTCCATGTAATACATA------ATACAATGTTATAC--AAAACTATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------AAACG---T-ACATG------GTAACT-G---TATATA---A----GAC-AATTTT-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTgaaa
gi|120102 : tTTTA-TTCCATCAAAGACAAA------ATGCAATCTTATGCA-AAAA-TATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------TAACATATT-ATATG------GTAATT-G---TATATA---A----GAG-AACATT-TAAGTTAAAACAATGTCTTACAAGTAACATTTTAAGTGT-AATATA
gi|120103 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAAATGTTCATGTATCAATACAA-GCTaa
gi|120104 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACC-AAAACTGTTCATGTATCAATACAtaa
gi|120105 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATATCTTACAAGTAATATTTTATGAGTGAATATA
gi|120106 : TTCA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAGTGCTATAGA-AAAACTGTTCAGGTGTCAATACAT-GCTGTTT-CATTTTGA------------AACACATT-ATATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AAGATT-TA--A----ACAATGGCTTACAGGTAATATTTTAAGGCTGTATATA
gi|120107 : TTTA-TTGCATGTAAGATATA------ATACAATATTAAACA-TAAATTGTTCAGATATCAATACGA-ACAATAT-A---TTGAA-----------AACTGATT-ATA--------------------AGAAA---A----TAT-TA------A--T----GTAATGTCTCACTAGTAATATTTTAAGTGTGAATaa
gi|120108 : ACA-AAAGTTAGTTATGTATCAATGTGA-ACGATAT-GATTTTAAAACT-------TAACACA--------------GTA--------TAGA-----A----CA-----GTGTCT--T----ACAATGTCTTACAAGCAATATTTTGAATATAAATACA
blockSeqs : A CGAGTA C T T AAA T GGACACC A TATATTG A GTACA TGG AATA GA GTC AG TAAA
blockSeqs : . . . T . AC G . . A C GT . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . AC G . . C C TG . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . TA G . . A T T . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . GA A . . A A T . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . GA G . . A A T . . T GC . .
blockSeqs : . . . G . AA G . . A A T . . T TA . .
blockSeqs : . . . G . AA G . . A A T . . T GT . .
blockSeqs : . . . A . TA G . . G A T . . A TG . .
blockSeqs : . . . T . AA A . . G T T . . C GC . .
blockSeqs : . . . G . GA G . . A A T . . T GA . .
blockSeqs : . . . G . AA G . . G A G . . G TT . .
blockSeqs : . . . G . AA G . . A C T . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . AA G . . A A T . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . CA G . . G G G . . A TA . .
blockSeqs : . . . G . GA G . . G A G . . C TA . .
blockSeqs : . . . G . A G . . G A G . . G TT . .
blockSeqs : . . . G . A A . . A A T . . T GC . .
blockSeqs : . . . T . A . . . G A T . . T TT . .
blockSeqs : . . . T . A . . . G . . . . T . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G .
blockSeqs : . . . G .
blockSeqs : . . . T .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AA*
originalCons : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
finalCons : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATATAA-TTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
Alignments
lowQualScore : 1 444444 1 1 1 555 1 0 5555555 1 5555555 1 66666 333 3333 22 222 22 4444
lowQualScore : . ...... . . . ... . . ....... . ....... . ..... ... .... .. ... .. ....
lowQualScore : 6 666666 5 6 6 111 3 5 9999999 8 5555555 7 22222 222 9999 00 999 66 0000
consensus : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
Reference ( family-707 ) : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120083 : TTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATATAAATTTT-----T-------TAACACATT-ACAAT------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTGAGGGGTGAATATA
gi|120084 : tctTTTA-TTCCATGTAACCCATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTATTCATGTATCAATACAA-TCTATAT-A-TTTTTAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTGCAAATAATATTCTAAGGGTGAATATAaa
gi|120085 : tctTTTA-TTCCAT--AAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATATAA-GCTGTAT-ACTTCT----CC-------TAACACATT-ACATG------CTACCT-T---TAGATA---A----CAT-GACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120086 : tctTTTA-TTCCAAGGAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAAACTGTTTCTGTATCAATACAA-GCTATAT-ACTTTT----CT-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAACATaa
gi|120087 : tctTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACG-AAATCTGTTCATTTATCAATACAA-GCTATATAAATTTTGAAACT-------TAACACATTAACCTG------ATATCT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATGTTAAGAGTGAAAATAtaaa
gi|120088 : tctTTTAATTCCATGTAAGACATA------ACACAATGTTATACA-AAAACTGTACATGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTTGAAACTGGACACCTTACACATT-ACATG------ATAATT-T---CAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ATAATGTCTTACAAGTATTATGTTAAGGGTGAATATAaa
gi|120089 : tcTTTA-TTTCATGAAAGGCATA------ATACAATGTTTTACA-AAAACTGTTCATGTATCAA--------------------GAAATC-------TAACACATA-ACATG------ATAACT-T---AAGATA---C----CAT-ATCATT-AA--T----ACAATGTCTTACGAGTAGTATTTTAAGGGTGATTATAaa
gi|120090 : tctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACACAAAACTaa
gi|120090 : tctAATACAATGTTATAC-A----CAAAACT-------TAGCACATT-ACATG------ACAACT-T---TAGATA---AAATACAT-AACATG-TG--T----ACAATGTCTTACAAGTAATCTGTTAAGGATGGATATAtagcacattacatgacaactttagataaaatacataacatgtgtacaatgtcttacaagtaatctgttaaggatggatataaa
gi|120091 : tcttttattccatgtaagacatTTTA-TTTCAAGTAAGACATA------ATACAGTATTATACA-AAAGTTGTTCAGGTATCAATATAA-ACTGTAT-GATTTTGAAATT-------TAACACATT-ATACA------GTAATTGTACATAGATA---A----CAA-AACATT-GA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTaa
gi|120092 : tctTTTA-TTCCATGCAAGACATA------ATACAATGTTATTCA-AAAATGGTTCAGGTATCAATACAA-ACTACAT-GATTTTGAAACT-------TAACACATA-ACATGTATATTGTAACTGT---TA-ATA---A----CAGAAACATG-Ctattaatacaaa
gi|120093 : tctTTCA-ATCCATTTAAGACATA------ATACAATGTTATATA-CATACTGTTCAAATATAAATACGA-ACAATAT-A---TTGAAACT-------TTACATATT-ATATG------GT-TCT-TG--TATATATGGA----AAC-AATA----A--T----AAAA-GTCATACAAGTAACATTTT
gi|120094 : tctTTTA-TTCCTTGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAACACAA-GCTATAT-AATTTTGAAGCT-------TAACACATT-ATATG------ATCACT-T---TAGATA---A----CAT-AGCATG-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTCTAAGGGTGAATATA
gi|120095 : ctTTTA-TTCCATGTGAGGCATACGAGTAATATACTGTTATACA-CAAAATGTTCGGGTATCAATAAAA-GCTATAT-AAT--------T-------TAACACATT-ATATG------GTAATT-G---AAGACC---A----TAG-AATATT-TA--T----GCAATGTCATACAAGTGAT---------GTGAATATAaa
gi|120096 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTAAATGCAA-ACaa
gi|120097 : ctTTTG-TTCCGTGTAAAACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCAGGTGTTAATGCAA-
gi|120098 : ctTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCGTGTATCAATACAA-GCTATAT-TATTTCA----T-------TAACACATT-ACATG------ATACCT-T---TAGAGA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATATTTTAAGGGTGAATATA
gi|120099 : tTTTA-TTACATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTAACAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------CAACACGTT-GCATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----AGACTGTCTTACAAGTAATATTTTAAGTGTGAATATAaa
gi|120100 : tTTTG-CTCCATGTAAGACATA------ATACACTGTTATACA-AAGGTTGTTCAGGTATCAATATAA-TGGATAT-GATTTTGAAACT-------CAACACATT-ATAGA------GCAGCT-G---TAGATA---A----CAA-AATATT-AA--T----ACAATGTCCTACTCATAATATTGTGAGGGTAAATAaa
gi|120101 : tTTTA-TTCCATGTAATACATA------ATACAATGTTATAC--AAAACTATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------AAACG---T-ACATG------GTAACT-G---TATATA---A----GAC-AATTTT-AA--T----ACAATGTCTTACAAGTAATTTTTTgaaa
gi|120102 : tTTTA-TTCCATCAAAGACAAA------ATGCAATCTTATGCA-AAAA-TATTCAGGTATCAATACAA-ACACTAT-AATTTTGAAACT-------TAACATATT-ATATG------GTAATT-G---TATATA---A----GAG-AACATT-TAAGTTAAAACAATGTCTTACAAGTAACATTTTAAGTGT-AATATA
gi|120103 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAAATGTTCATGTATCAATACAA-GCTaa
gi|120104 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACC-AAAACTGTTCATGTATCAATACAtaa
gi|120105 : tTTTA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAATGTTATACA-AAAACTGTTCATGTATCAATACAA-GCTATAT-AATTTTGAAACT-------TAACACATT-ACATG------ATAACT-T---TAGATA---A----CAT-AACATG-CA--T----ACAATATCTTACAAGTAATATTTTATGAGTGAATATA
gi|120106 : TTCA-TTCCATGTAAGACATA------ATACAGTGCTATAGA-AAAACTGTTCAGGTGTCAATACAT-GCTGTTT-CATTTTGA------------AACACATT-ATATG------GTAACT-T---TAGATA---A----CAT-AAGATT-TA--A----ACAATGGCTTACAGGTAATATTTTAAGGCTGTATATA
gi|120107 : TTTA-TTGCATGTAAGATATA------ATACAATATTAAACA-TAAATTGTTCAGATATCAATACGA-ACAATAT-A---TTGAA-----------AACTGATT-ATA--------------------AGAAA---A----TAT-TA------A--T----GTAATGTCTCACTAGTAATATTTTAAGTGTGAATaa
gi|120108 : ACA-AAAGTTAGTTATGTATCAATGTGA-ACGATAT-GATTTTAAAACT-------TAACACA--------------GTA--------TAGA-----A----CA-----GTGTCT--T----ACAATGTCTTACAAGCAATATTTTGAATATAAATACA