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lowQualScore                  :        .    .              .  .                             .           .   .     ......     .  .                      .                                       ...                      ..                    .. .      .       .               ..           . .        .  .   .  .  .  .    .   ...... ..  .   ..   . ... . .                 .....................    .          ..                        ..     
lowQualScore                  :        7    0              8  4                             0           5   0     000000     7  0                      4                                       000                      88                    55 8      8       6               55           5 8        7  2   1  5  3  5    2   222222 66  0   00   4 111 6 6                 999999999999999999999    1          55                        11     
consensus                     : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGA-GANCACAGCCA----TGT--GTGTTT-TAAAGT--CA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
Reference ( gi|109542 )       : TTTTTTTATATCACCATTTTGCATTGCTTAGTTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTATACAGGT----ATTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGAACGACAGTTTTTGAGATACAGCCAAAGAATCTACTCTAACCACTAACCCTA-AGG-TATGA-GAGCACAGCCA----TGT--GTATTT-TAAAGT--TA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109541                     : TTTTTTTATATCTCCATTTGGCATTCCTTAATTTTATAATTTTCAGACAAAGTAAATGTT-TACGGATTAATATATGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATATGTTCAACTGGAACAT--GAATGTGAACGACAGTTTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-TAGGA-GAGCACAGCCA----TAT--GTTTTT-AAAAGT--CA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------T----------ATATAGGACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109543                     : TTTTTTTATATCTTCATTTGGCATTCCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TATGGATAAATATATGAAGGT----AGTTATATGT-CATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCAGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGAACGACAGTTTTTGAGATACAGCCATGGAATCTATTCTTACCACTAGCCTTA-AGG-TAGGA-GAGCACAGCCA----TAT--GTTTTT-AAAAGT--CA-A-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGAGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109544                     : TTGTTTT-TATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATATATGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCGCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--G-ATATGATTGACAGTGTTTGAGATACAGCAATGGAATCTACTCAGTTCACTAACCTTA-AGG-TAGGA-GAGCACAGCCA----TGT--GT-TTT-TAAAGT--CA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGATCAAAATGGT--AGTAC
gi|109545                     : TTTGTTTTTATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATCATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATATATGCAGGTTACAAGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTTGCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGAACAT--G-ATATGATTGACAGTGTTCGAGATACAGCCATGGAATCTACTCCGATCACTAACCGTA-AGG-TAGGA-GAGCACAGCCA----TGTCAGAA-----AAAGT--CA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGAC
gi|109546                     : TTTTTTTAAAT----AGTTT-CATTGT---GCTTTTTAATTTTCAGACAG--TAAATGTACTATTG-TAAAACTGAGCAGGT----GGTGGTCTTG-TATCTGGCCTAAAATAGTTATAATACTCTTTTCAG--TGTGCGGATAGCCAG---TT----T---TTTCCCCTGAATTTGACACAA----ATG--------TGAAACATCAGAATGCAATTGTCAGTGTTTGAGATTCAGTCATGGA----ACACTAA-CATTCACCCCA-AGG-TAGGT-GACCACA--------------CATTC-TAAA-----A-G-GATTAAAGGGATATGTT----------G----------ATAT-----TTA-AC--CAGGAACCAAAAAGTCAAAATGAT--AGTA
gi|109547                     : TTTTTTTATATCACCATTTTGCATTGCTTAGTTTTATAATTTTCAGA
gi|109549                     :        ATATCTCAATTTTGCATTCCCTAATTTTATAATTTATAATAAGAGTAAATGTA-TACAGATAAATGTATGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGTGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACACAATATCATAGGTTCAACTGGCACAC--GAATGTGAACGACAGTCTTTGAGATGCAGCCATGGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-TAGGA-GAGCACAGCCA----T-T--GTTTTT-AAAAGT--CA-G-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATAGT--AGTAC
gi|109550                     :                 TTTTTCTTCGCTTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTTAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTTGGGCGGATTGCCAGGCCCTTTGACTCGTCTCCCCTGAATTGGAGGCAATTGCACAGTTTCAACTGACACAT--GAATGTGAATGACAGTGTTTGAGGAACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACATTAACCCCAGAGG-TAGGA-GACCACAACTA-----GT--GTGTTT-TCAAATAGTAGG-AATTAATGCAACAGTTTGATTTCTATAT----------ATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109548                     :        acatcttttTTTTGGATTGCGTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGAATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTAGGGCGGATTGCCAAGCCTTAGGACTCATTTCCACTGAATTAGAGGCAATTGTACAGTTTCAACTGGCACAT--GAATGTGACTGACAATGTTTGAGGTACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTAACCGCA-TGGTTAGGA-GACCACAACTG-----GT--GTGTTTATAAAAG--TA-GTAATTAATGGAACAGTTC----------CATATCTGTATATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109551                     :                                        tatatttACAAA-TAAATGTA-TACGGATTAATATATGCAGGT----AGTGGTATTT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTAATACTGTTTTTAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTCCCCCTGAATTTGACACGATTGCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGATTGACAGTGTTTGAGATACAGCCATAGAATCTACTCTGA--A-----CCTA-AGG-TAGGA-GACCACACTCACTCGTGT--GTGTTT-T
gi|109552                     :                                                 AGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAt
gi|109553                     :                                                                                                                      TATTACTGTTTTCAGTTTGTGTGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGATGCAATATCATATGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGAACGACAGTTTTT----TAT------GGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-GACGA-GAGCACAGCCA----TAT--GTTTTT-AAAAGT--CA-G-AATTAATAGAACAGTTT----------CAT--------ATATAGAACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AG
gi|109554                     :                                                                                                                                                                                                                              AGTGTTTGAGATACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTGACCGTAGAGG-TA
gi|109555                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TA-GATGACCACA--CA----TAT--GTGTTT-TTAAAT--AA-G-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTACgg
gi|109556                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TAAAT-AACCACA--CA----TAT--GTGTTT-TTAAAT--AA-G-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTAC
gi|109557                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ----------C----------GTATGGG-CTTGGAC--CAAAGACCAGGGGGTGAAAATGGT--AGTAC
gi|109558                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAATCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109560                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTGGACATAGAC--CAGGAACCTGGGGGTCAGAATGGT--AGTAC
gi|109559                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAT-GGACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTTAAAATGGTAAAGTAC
gi|109562                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTGGATTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109561                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATCGGACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGAA--AGTA
gi|109564                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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Reference ( family-704 )      : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGAGANCACAGCCA----TGT--GTGTTT-T-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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gi|109550                     :        ACATCTTTTTTTTTCTTCGCTTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTTAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTTGGGCGGATTGCCAGGCCCTTTGACTCGTCTCCCCTGAATTGGAGGCAATTGCACAGTTTCAACTGACACAT--GAATGTGAATGACAGTGTTTGAGGAACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACATTAACCCCAGAGG-TAGGAGACCACAACTA-----GT--GTGTTT-TCAAATAGTAGG-AATTAATGCAACAGTTTGATTTCTATAT----------ATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
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gi|109552                     :                                                 AGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAt
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gi|109558                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAATCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109559                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAT-GGACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTTAAAATGGTAAAGTAC
gi|109560                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATTGGACATAGAC--CAGGAACCTGGGGGTCAGAATGGT--AGTAC
gi|109561                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCGGACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGAA--AGTA
gi|109562                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTGGATTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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gi|109564                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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Reference ( family-704 )      : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----TGT--GTGTTT-T-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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gi|109547                     : TTTTTTTATATCACCATTTTGCATTGCTTAGTTTTATAATTTTCAGA
gi|109548                     :       TATATTT---TTTTGGATTGCGTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGAATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTAGGGCGGATTGCCAAGCCTTAGGACTCATTTCCACTGAATTAGAGGCAATTGTACAGTTTCAACTGGCACAT--GAATGTGACTGACAATGTTTGAGGTACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTAACCGCA-TGGTTAGGAGACCACAACTG-----GT--GTGTTTAT-AA--AAGTAGTAATTAATGGAACAGTTC----------CATATCTGTATATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109549                     :        ATATCTCAATTTTGCATTCCCTAATTTTATAATTTATAATAAGAGTAAATGTA-TACAGATAAATGTATGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGTGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACACAATATCATAGGTTCAACTGGCACAC--GAATGTGAACGACAGTCTTTGAGATGCAGCCATGGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----T-T--GTTTTT-A-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATAGT--AGTAC
gi|109550                     :        ACATCTTTTTTTTTCTTCGCTTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTTAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTTGGGCGGATTGCCAGGCCCTTTGACTCGTCTCCCCTGAATTGGAGGCAATTGCACAGTTTCAACTGACACAT--GAATGTGAATGACAGTGTTTGAGGAACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACATTAACCCCAGAGG-TAGGAGACCACAACTA-----GT--GTGTTT-TCAAATAGTAGG-AATTAATGCAACAGTTTGATTTCTATAT----------ATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109551                     :                                               ACAAA-TAAATGTA-TACGGATTAATATATGCAGGT----AGTGGTATTT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTAATACTGTTTTTAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTCCCCCTGAATTTGACACGATTGCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGATTGACAGTGTTTGAGATACAGCCATAGAATCTACTCTGA--A-----CCTA-AGG-TAGGAGACCACACTCACTCGTGT--GTGTTT-T-
gi|109552                     :                                                 AGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAt
gi|109553                     :                                                                                                                      TATTACTGTTTTCAGTTTGTGTGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGATGCAATATCATATGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGAACGACAGTTTTT----------TATGGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-GACGAGAGCACAGCCA----TAT--GTTTTT-A-AA--AGTCAG-AATTAATAGAACAGTTT----------CAT--------ATATAGAACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AG
gi|109554                     :                                                                                                                                                                                                                              AGTGTTTGAGATACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTGACCGTAGAGG-TAGG
gi|109555                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TAGATGACCACA--CA----TAT--GTGTTT-T-TA--AATAAG-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTAC
gi|109556                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TAAATAACCACA--CA----TAT--GTGTTT-T-TA--AATAAG-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTAC
gi|109557                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----------C----------GTATGGG-CTTGGAC--CAAAGACCAGGGGGTGAAAATGGT--AGTAC
gi|109558                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAATCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109559                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAT-GGACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTTAAAATGGTAAAGTAC
gi|109560                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATTGGACATAGAC--CAGGAACCTGGGGGTCAGAATGGT--AGTAC
gi|109561                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCGGACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGAA--AGTA
gi|109562                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTGGATTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109563                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACATAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109564                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109565                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACATAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109566                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACTTAGAC--TAGGAACCAGGGGTTCAAAATGGT--AGTA


blockSeqs                     :                                                             C              T      TACA       T  C                                                              TCA                                            CA        A                                      C           G   T       G    G   CTCGTG CA  A   AT   AT   T  T                 CATATCTGTAT              A          TT                        AA
blockSeqs                     :                                                             .              T      .          T  C                                                              TCG                                            .         A                                      C           G   .       G    G   TG     .   T   TC   .    C  .                 GATTTCTATAT              A          TT                        . 
blockSeqs                     :                                                             .              T      .          T  C                                                              .                                              .         T                                      T           .   .       G    G   TA     .   A   T    .    C  .                 CAT                      A          .                         . 
blockSeqs                     :                                                             .              T      .          T  .                                                              .                                              .         T                                      T           .   .       G    G   TG     .   G   A    .    C  .                 GAT                      A          .                         . 
blockSeqs                     :                                                             .              A      .          T  .                                                              .                                              .         T                                      A           .   .       C    A   TG     .   T   T    .    T  .                 GAT                      A          .                         . 
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blockSeqs                     :                                                             .              T      .          T  .                                                              .                                              .         A                                      C           .   .       G    A   TA     .   G   A    .    A  .                 C                        A          .                         . 
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blockSeqs                     :                                                             .              C      .          .  .                                                              .                                              .         A                                      A           .   .       G    .   T      .   G   T    .    A  .                 G                        A          .                         . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .                           


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finalCons                     : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----TGT--GTGTTT-T-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC





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lowQualScore                  :              0                                              3              2      7777       4  0                      0                                       222                      0                     55        1       0                              5           5   2       1    5   000000 44  5   777  44   1  3                 555555555555555555555    1          55                        22     
lowQualScore                  :              .                                              .              .      ....       .  .                      .                                       ...                      .                     ..        .       .                              .           .   .       .    .   ...... ..  .   ...  ..   .  .                 .....................    .          ..                        ..     
lowQualScore                  :              7                                              6              5      7777       4  9                      5                                       777                      3                     00        0       4                              2           7   9       5    9   888888 22  9   000  66   0  3                 222222222222222222222    5          22                        99     
consensus                     : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----TGT--GTGTTT-T-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
Reference ( family-704 )      : TTTTTTTATATCTCCATTTTGCATTGCTTAATTTTATAATTTTCAGACAGAGTAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACGCAATATCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGANCGACAGTGTTTGAGATACAGCCATGGAATCTACTCTGACCACTAACCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----TGT--GTGTTT-T-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
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gi|109547                     : TTTTTTTATATCACCATTTTGCATTGCTTAGTTTTATAATTTTCAGA
gi|109548                     :       TATATTT---TTTTGGATTGCGTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGAATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTAGGGCGGATTGCCAAGCCTTAGGACTCATTTCCACTGAATTAGAGGCAATTGTACAGTTTCAACTGGCACAT--GAATGTGACTGACAATGTTTGAGGTACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTAACCGCA-TGGTTAGGAGACCACAACTG-----GT--GTGTTTAT-AA--AAGTAGTAATTAATGGAACAGTTC----------CATATCTGTATATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109549                     :        ATATCTCAATTTTGCATTCCCTAATTTTATAATTTATAATAAGAGTAAATGTA-TACAGATAAATGTATGCAGGT----AGTGGTATGT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTATTACTGTTTTCAGTTTGTGTGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTTCCCCTGAATTTGACACAATATCATAGGTTCAACTGGCACAC--GAATGTGAACGACAGTCTTTGAGATGCAGCCATGGAATCTACTCTAACCACTAGCCCTA-AGG-TAGGAGAGCACAGCCA----T-T--GTTTTT-A-AA--AGTCAG-AATTAATGGAACAGTTT----------C----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATAGT--AGTAC
gi|109550                     :        ACATCTTTTTTTTTCTTCGCTTCATTTCATGATTTTCAGACAGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTGCGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTTAACGAGTTGCAATTCTGTTTTCAGTTTGGGCGGATTGCCAGGCCCTTTGACTCGTCTCCCCTGAATTGGAGGCAATTGCACAGTTTCAACTGACACAT--GAATGTGAATGACAGTGTTTGAGGAACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACATTAACCCCAGAGG-TAGGAGACCACAACTA-----GT--GTGTTT-TCAAATAGTAGG-AATTAATGCAACAGTTTGATTTCTATAT----------ATATAGGAGTTGGACTTCAGGAACC
gi|109551                     :                                               ACAAA-TAAATGTA-TACGGATTAATATATGCAGGT----AGTGGTATTT-TATCTAGCCTAAAATAGTTGTAATACTGTTTTTAGTTTGTGCGGATTGCCAGATCTTTGGAT---TTCCCCCTGAATTTGACACGATTGCATAGGTTCAACTGGCACAT--GAATGTGATTGACAGTGTTTGAGATACAGCCATAGAATCTACTCTGA--A-----CCTA-AGG-TAGGAGACCACACTCACTCGTGT--GTGTTT-T-
gi|109552                     :                                                 AGAGAAAATGTA-TACGGATAAATGTACGCAGGT----AGTGGTA-GTCTATCTGGCCTAAACGAGTTGCAt
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gi|109554                     :                                                                                                                                                                                                                              AGTGTTTGAGATACAGCCAGTGAATCTACTCTGAACACTGACCGTAGAGG-TAGG
gi|109555                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TAGATGACCACA--CA----TAT--GTGTTT-T-TA--AATAAG-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTAC
gi|109556                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 CACTAACCTTA-AGG-TAAATAACCACA--CA----TAT--GTGTTT-T-TA--AATAAG-AATTAAAGGGACAGGTTGA--------T----------ATATAAAACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGCT--AGTAC
gi|109557                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----------C----------GTATGGG-CTTGGAC--CAAAGACCAGGGGGTGAAAATGGT--AGTAC
gi|109558                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ----------ATATAGGACTTAGAC--CAGGAATCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109559                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAT-GGACTTGGAC--CAGGAACCAGGGGGTTAAAATGGTAAAGTAC
gi|109560                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATTGGACATAGAC--CAGGAACCTGGGGGTCAGAATGGT--AGTAC
gi|109561                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCGGACTTAGAC--CAGAAACCAGGGGGTCAAAATGAA--AGTA
gi|109562                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTGGATTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109563                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACATAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109564                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACTTAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109565                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACATAGAC--CAGGAACCAGGGGGTCAAAATGGT--AGTAC
gi|109566                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGACTTAGAC--TAGGAACCAGGGGTTCAAAATGGT--AGTA