lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111 111 1111 1 8888888888888888888 1111111 1 111 111 1 1 1 222222222222222222222222222
lowQualScore : 55 3 5 44 11111 2 77777 4 1 7 6 5 000 1111 66 33 77777 2 9 777 4444 5 4 444 2 3333333333333333333 2222222 6 6 4 7 9 1 999 0 6 1 4 111 0 2 7 0 7 333333333333333333333333333
lowQualScore : .. . . .. ..... . ..... . . . . . ... .... .. .. ..... . . ... .... . . ... . ................... ....... . . . . . . ... . . . . ... . . . . . ...........................
lowQualScore : 22 2 1 33 77777 4 66666 3 0 5 7 4 000 4444 11 22 11111 1 8 444 5555 2 1 888 2 2222222222222222222 7777777 7 0 0 0 2 4 888 7 0 0 0 777 5 8 0 3 0 777777777777777777777777777
consensus : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT--TT--N--A-TGCGT-GT--CCGTAGCGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACG---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT-----T--ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGG--TAA-CGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTG---AGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Reference ( gi|140487 ) : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTT--TT--T--A-TGCGT-AT--CCGTAACGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATCGAAAA-GACA---AA----TT--C--AA--CAGTG-TAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTTCATTTTTAATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGG--TTA-CGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATATTATACGTATTGGACTTTCTCTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTAAATGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGTGCCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATG---AGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTAAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATAAGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGATAACA--AGCGTTATTGTTTGACGA---AGAA
gi|140479 : TGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAATT--TT--T--A-TGCGT-GT--CCGTAACGTATCAAGTAAGGTATCGTTGGAAAGATATTGAAAA-CACG---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAACT---T----TTATGACTCTATGACGAACCTAGGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA-------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGG--TAA-CGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAGCTGGGTCAATTTATG---AGATAATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATATACGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAGTATT-TTGTC--ACGATTCAGAA
gi|140482 : TGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAACAGATCGAATTT--TT--A--A-TGCGT-GT--CCGTAACGTATCTAGTACGGTATAGTTGGAAAGGTATTGCAAA-GGCG---AA----TT--C--AG--CGGTG-TAACT---T----TTATGAGTCTAGGGCGAACCTGAGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA-------------------ATTAAACTTCATCGTAAAATATTCGTTTTGG--TAA-CGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTTTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTCAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTATG---AGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAGTCGGACCGGAAATGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTAATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTCGAATCTAGTTAtccaatccaagacgaaa
gi|140485 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATTT--G------A-TGCGT-GT--CCGTAACGTGTCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACG---AA----TT--A--AA--CGGAG-TAA-T---A----TTATGATTCTAGGACGAACCTGAACTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA-------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGG--TAA-CATATGAAAGCTCTCGACACATTCAT-AAGGAAAATGTTTTGCGTATAGGTTTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAGTTTAACGCTTTATTGCGCCAAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTTTT---AGATTATAAAGCCTTGAAGGATACCGTGCGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTTATATTGTCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTAATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGGT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAcattagttttttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140489 : TGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAATGATCGATTTT--TT--TTTA-TGCGT-GT--CTGTAATTTATCGAGTTATATATATTTGAAAATGTATTGAAAA-GAAA---AA-----------AATACGGTC-TAATT---A----TTATAGGTCTAGGACGAGTCATAGCTGAGATGCAGT--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATTAA-------------------ATTAAACTTCATCCTAGAATATTCGTTTTGG--TAA-AATTTGAAAGCTCTCGACACGCCGAT-TACGAAAATGTTATACGTATAGGTCTCCCTCCTACCATTTC-GAAATATTACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACGCAATTTAACGCGTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGACTAATTTTTTGACTAAAT-ATATA--CGTGTCTGGTACCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTGTCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGG-ATCACTCATGCGTTAAAAGGCAATTCTTTCATTAATTATATGTTGATTCCAACAAACTTGTAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAtccaatccaatatgaaa
gi|140492 : TGAGATATAGA--CGTTTGAA---ACCGGAAGTGACGTCATAAACGATAGAATTG--TT--A--A-TGCAT-GT--CCGTAACGTATCGAGTAATGTAGTGCTGGAAAGGTATTGAAAA-GACA---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAGCT---T----TTATAAGTTTGGGACGAACCTTAGCTGAG---CGGT--CGTTTAAATAAACCAGAAGTTAAGTCATAAA-------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTATTA---TTTGAAAGCTCTCGAAACACTTAT-GAGGAAAATGTTATGCATATAGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGACATATCATGA-------------TGACGTCACACAATTTAACCCTTTATTGCGCCGAAATTTCAATCGATCATTACCGAGTCATTTTTTG---AGATAATAAAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACCTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGCCTGGAAGTGGAATtccaatccaagatgaaa
gi|140490 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATTT--TT--A--A-TGCGT-GT--CCGTAATGTATTGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACA---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAGCT---T----TTATGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT--TA-----A-TGCGT-AT--CCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACG---AA----TC--C--AA--CAGTG-TAACT---T----TTATTAGTATAGGACAACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAAaaatgttatgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTTG-TT--T--AATGCGT-GC--CCTTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACA---AA----TC--T--AA--CGATG-TAATT---T----TTATGAGTCTAGGACAACCCTGAGTTGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAA
gi|140499 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTT--
gi|140493 : cgtaaatgatcaaaatacattcaagtatatgtccgtaatgtatcgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttgtgagtctaggacgaacctgagcTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGGA--T--TT--T--------------------------------TATATCGTTGGAAAGATATTGAACA-GACG---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCCAGATGAGATATAGA--CGTTTG---AAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140501 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATTT--
gi|140504 : tagcgaatcgagtatggtaccatatgaaagaaaatgacgcgcagtttccaaatatgtaacttttatgagtctaggacgatcccgagcTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAA--T--TT--G--A-TGCGT-
gi|140502 : tgtaacttttatgagtctatgacgaccccgagcTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT--
gi|140500 : cgaatcgagtatggtaccatatgaaagaaaatgacgcacagtttccaaatatgtaatttttatgagtcaaggacgacctcgagcTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT--T
gi|140503 : tagcgaatcgaatatggtaccatatgaaagaaaatgacgcgcagtttccaaatatgtatttttatgagtctatgacgaccccgagcTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAAa
gi|140488 : tattaaagaaaatgacgcacggttgtcaaatatgtaacttttatgggtataggacgaacctaagtTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTT--
gi|140505 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGA
gi|140491 : ttgtattggtataggacggccccgagcTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAA--T--GT--T--A-TGCGT-AT--
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTTT--TT--T--A-TACGTTAT--C-GTAGCGTATCGAACTAGGTATCGTTGGAAAGATATTGAAAA-G-CAT--AT----TT--C--A----AATA-TA--T---TAAAATTATGAGTCCAG
gi|140494 : AACTGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTTT--TT--A--A-TGCAT-GA--TCATAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGGAATGTATTGAATA-G-CA---GA----TT--
gi|140496 : ACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTTT--TT--A--A-TGCAT-AA--CCGTAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGAATGGTATTGAAAA-G-CA---GAT---TT--C--AA--ATATATTAGA----T----TTATGGGTCCAGttaa
gi|140497 : ATCGGAAATGACGTCATAAA--ATTAACTTT--TT--T--A-TGCGT-GA--TCGTAGTGTATCGAATGAGGTATCGTTGAAGAGGTATTCAAAA-G-CA---GAT---TT--C--A----AATA-TA-CTAGAT----TTATGGGTATAG
gi|140498 : ACCGGAAATGACGTCAAAAA--ATCAACTTT--TTTTT--A-TACAT-GA--TCATAGCGTATCGAACGAGGTATCTTTTGATAGGTATTGAAAA-G-TA---GAT---TT--C--A----AATA-TA-CTAGAT----TTATGAGCATAG
gi|140499 : CGTAAATGATCAAAATACATT--C--A-AGTAT-ATGTCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATTGAAAA-GACA---AA----TT--C--AA--CGGTG-TAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140501 : TAGCGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG------AAAATGACGCGCAG----TTTCC--AA--ATATG-TAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGATCCCGAGCTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140500 : TAGCGAATCGAATATGGTACCATATGAAAG------AAAATGACGCGCAG----TTTCC--AA--ATATG-TA-TT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTTTA
gi|140502 : CGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG------AAAATGACG---CACAGTTT--CCAAA--TA-TG-TAATT---T----TTATGAGTCAAGGACGACCTCGAGCTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140504 : TG-TAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATTTGAT
gi|140503 : TG-TAACT---T----TTATGGGTATAGGACGAACCTAAGTTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAAgcgt
gi|140505 : tattaaagaaaatgacgcacggttgtcaaataGTATAGGACGGCCCCGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGA
gi|140490 : ttgtattgTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATTT-----TTAAT
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTTTAgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgtcatgaaggaaaatgttatgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---TGTTTAATatgcgtatccgtaatgtatcgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacgaatccaacagtgtaacttttattagtataggacaaccccgagctgagatatagacgtttaaataaagcggaagtgacgtcataaa
gi|140493 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGGATTTgcgtgcccttaatgtatcgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaatctaacgatgtaatttttatgagtctaggacaaccctgagttgagatatagacctttgaataaaccggaagtgacgtcataa
gi|140488 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTTttatatcgttggaaagatattgaacagacgaattcaacggtgtaacttttatgagtctatgacgacccccagatgagatatagacgtttgaaaccggaagtgacgtcataaa
gi|140491 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAAaaatgttatgcgtat
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATC-AACTT--TTTT--AT---ACGTTATCGTAGCGTA-TCGAACTAG--GTATCGTTGGAAAGATATTGA
gi|140490 : TCATGAAGGAAAATGTTATGCGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGATCCGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATG---AGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTTATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATATCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAaaagcatatttcaaatatattaaaattatgagtccag
gi|140489 : tgagatataaacgtttgaataaaccggaactgacgtcataaacgatcgaatttttaatgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgATAACGCG--TTAAAT--TGCGTGACGTCACACAACTtccaatccaaaatgaaa
gi|140482 : tgagatatagtcgtttgaataaaccggaagtgacgtcataaatgatcgatttttttttatgcgtgtctgtaatttatcgagttatatatatttgaaaatgtattgaaaagaaaaaaatacggtctaattattataggtctaggacgagtcatagctgagatgcagtcgtttaaataaagcggaagtgacgtcattaaattaaacttcatcctagaatattcgttttggtaaaatttgaaagctctcgacacgccgattacgaaaatgttatacgtataggtctccctcctaccatttcgaaatattacgatttaaaTTAAAT--TGTGTGACGTCACACAACTtgcgccgaaatttcaaacgatcataaccgactaattttttgactaaatatatacgtgtctggtaccgtacgaaataactttttaggctctgtcagttgatataatcggaccggaagtggatcactcatgcgttaaaaggcaattctttcattaattatatgttgattccaacaaacttgtagtctagatacattagtattttctcacgattcagaatccaatccaagatgaaa
gi|140485 : tgagatatagacctttgaataaaccggaagtgacgtcataacagatcgaatttttaatgcgtgtccgtaacgtatctagtacggtatagttggaaaggtattgcaaaggcgaattcagcggtgtaacttttatgagtctagggcgaacctgagctgagatacggtcgtttaaataaaccggaagtgacgtaataaaattaaacttcatcgtaaaatattcgttttggtaacgtttgaaagctctcgacacactcataaggaaaatgttatacgtattggtctttcttttaccgtttttgagatatcacgatttcaaTTAAAC--TGTGTGACGTCACACAACTcgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataaccgggtcaatttatgagataatatagccttgtcgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatatagtcggaccggaaatggaatcactcatgcgtaaaaaggtcatttcttaattaattatatgtcgatttcaacaaacttcgaatctagttacattagttttttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140479 : tgagatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgtcacaaacgatagaatttgatgcgtgtccgtaacgtgtcgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacgaattaaacggagtaatattatgattctaggacgaacctgaactgagatacggtcgtttaaataaaccggaagtgacatcataaaattaaacttcatcgtagaatattcgttttggtaacatatgaaagctctcgacacattcataaggaaaatgttttgcgtataggtttttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaTTGTGTGACGTCACACAACTcgctttattgcgccaaaatttcaaacgatcataaccgggtcaattttttagattataaagccttgaaggataccgtgcgaaataactttttaggctctatcagtttatattgtcggaccggaagtggaatcactcatgcgtaaaaaggtaatttcttcattaattatatgtcgatttcaacaaacttggagtctaggtacattagtattttctcacgattcagaatccaatccaatatgaaa
Alignments
lowQualScore : 111 444444444444 2222222 111
lowQualScore : 33 8 33 333 33 555 2 0 0 1 0 333 8 000 55555 88 22 66 666 4444 1 333 111111111111 1111111 5 1 1 0 6 2 111
lowQualScore : .. . .. ... .. ... . . . . . ... . ... ..... .. .. .. ... .... . ... ............ ....... . . . . . . ...
lowQualScore : 77 4 11 999 11 111 4 9 3 8 4 555 0 555 00000 22 88 77 777 0000 0 444 444444444444 7777777 7 0 0 4 7 2 777
consensus : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGA--ATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AAT-----T--CA--ACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT-ATT-------AAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Reference ( family-697 ) : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGA--ATT---T--TTN--A-TGCGTGTCCGTAGCGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AAT-----T--CA--ACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTTTATT-------AAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140479 : TGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGA--AAT---T--TTT--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCAAGTAAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-CACG---AAT-----T--CA--ACGGTGTAACT---T----TTATGACTCTATGACGAACCTAGGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA------------ATT-------AAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAGCTGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATATACGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTGTCACGATTCAGAA
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGA--ATT---T--T-A--A-TGCGTATCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AAT-----C--CA--ACAGTGTAACT---T----TTATTAGTATAGGACAACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAAtccaatccaagacgaaa
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140482 : TGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAACAGATCGA--ATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCTAGTACGGTATAGTTGGAAAGGTATT---GCAAA-GGCG---AAT-----T--CA--GCGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGGCGAACCTGAGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA------------ATT-------AAACTTCATCGTAAAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTTTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTCAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAGTCGGACCGGAAATGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTAATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTCGAATCTAGTT-ACATTAG---TTTTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGA--ATT---TGTTTA--A-TGCGTGCCCTTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AAT-----C--TA--ACGATGTAATT---T----TTATGAGTCTAGGACAACCCTGAGTTGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAtccaatccaaaatgaaa
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140485 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGA--ATT---T----G--A-TGCGTGTCCGTAACGTGTCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AAT-----T--AA--ACGGAGTAA-T---A----TTATGATTCTAGGACGAACCTGAACTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA------------ATT-------AAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACATATGAAAGCTCTCGACACATTCAT-AAGGAAAATGTTTTGCGTATAGGTTTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAGTTTAACGCTTTATTGCGCCAAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTTTTAGATTATAAAGCCTTGAAGGATACCGTGCGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTTATATTGTCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTAATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGGT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAAtccaatccaatatgaaa
gi|140487 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGA--ATT---T--TTT--A-TGCGTATCCGTAACGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATC---GAAAA-GACA---AAT-----T--CA--ACAGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTTCATTTTTAATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTTACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATATTATACGTATTGGACTTTCTCTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTAAATGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGTGCCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTAAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATAAGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGATAACA--AGCGTTATTGTTTGACGA---AGAA
gi|140488 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGA--ATT---T--
gi|140489 : TGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAATGATCGATTTTT---T--TTT--A-TGCGTGTCTGTAATTTATCGAGTTATATATATTTGAAAATGTATT---GAAAA-GAAA---AA----------AATACGGTCTAATT---A----TTATAGGTCTAGGACGAGTCATAGCTGAGATGCAGT--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATTAA------------ATT-------AAACTTCATCCTAGAATATTCGTTTTGGTAAAATTTGAAAGCTCTCGACACGCCGAT-TACGAAAATGTTATACGTATAGGTCTCCCTCCTACCA-TTTCGAAATATTACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACGCAATTTAACGCGTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGACTAATTTTTTGACTAAATATATACGTGTCTGGTACCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTGTCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGG-ATCACTCATGCGTTAAAAGGCAATTCTTTCATTAATTATATGTTGATTCCAACAAACTTGTAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140490 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGA--ATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAATGTATTGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AAT-----T--CA--ACGGTGTAGCT---T----TTATGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATGTTATtccaatccaagatgaaa
gi|140490 : TCATGAAGGAAAATGTTATGCGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGATCCGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTTATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATATCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140491 : tgagatataaacgtttgaataaaccggaactgacgtcataaacgatcgaatttttaatgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AA--ATG---T--T----A-TGCGTATtccaatccaaaatgaaa
gi|140492 : TGAGATATAGA--CGTTTGAA---ACCGGAAGTGACGTCATAAACGATAGA--ATT---G--TTA--A-TGCATGTCCGTAACGTATCGAGTAATGTAGTGCTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AAT-----T--CA--ACGGTGTAGCT---T----TTATAAGTTTGGGACGAACCTTAGCTGAG---CGGT--CGTTTAAATAAACCAGAAGTTAAGTCATAAA------------ATT-------AAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTATTATTTGAAAGCTCTCGAAACACTTAT-GAGGAAAATGTTATGCATATAGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGACATATCATGA-------------TGACGTCACACAATTTAACCCTTTATTGCGCCGAAATTTCAATCGATCATTACCGAGTCATTTTTTGAGATAATAAAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACCTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGCCTGGAAGTGGAAT
gi|140493 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGG--ATT---T--TTA-------------------TATC------------GTTGGAAAGATATT---GAACA-GACG---AAT-----T--CA--ACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCCAGATGAGATATAGA--CGTTTG---AAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140494 : AACTGGAAATGACGTCATAAA--ATCAA--CTT---T--TTA--A-TGCATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGGAATGTATT---GAATA-GCAG---ATT-----T--TA--A
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAA--CTT---T--TTT--A-TACGTTATCGTAGCGTATCGAACTAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-GCAT---ATT-----T--CA--A--ATATA--T---TAAAATTATGAGTCCAG
gi|140496 : ACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAA--CTT---T--TTA--A-TGCATAACCGTAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGAATGGTATT---GAAAA-GCAG---ATT-----T--CA--AATATATTAGA---T----TTATGGGTCCAG
gi|140497 : ATCGGAAATGACGTCATAAA--ATTAA--CTT---T--TTT--A-TGCGTGATCGTAGTGTATCGAATGAGGTATCGTTGAAGAGGTATT---CAAAA-GCAG---ATT-----T--CA--A--ATAT-ACTAGAT----TTATGGGTATAG
gi|140498 : ACCGGAAATGACGTCAAAAA--ATCAA--CTT---T--TTTTTA-TACATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCTTTTGATAGGTATT---GAAAA-GTAG---ATT-----T--CA--A--ATAT-ACTAGAT----TTATGAGCATAG
gi|140499 : CGTAAATGATCAA--AATACAT--TCA--AGTATATGTCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AAT-----T--CA--ACGGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140500 : TAGCGAATCGAATATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAGT-----TTCCA--AATATGTA-TT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTTTA
gi|140501 : TAGCGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAGT-----TTCCA--AATATGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGATCCCGAGCTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140502 : CGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCACAGT-----TTCCA--AATATGTAATT---T----TTATGAGTCAAGGACGACCTCGAGCTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT
gi|140503 : TATTAAAGAAAATGACG---CACGGTTGT--CA--AATATGTAACT---T----TTATGGGTATAGGACGAACCTAAGTTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140504 : TGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATTTGAT
gi|140505 : T---T----GTATTGGTATAGGACGGCCCCGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGAgcgt
Alignments
lowQualScore : 111 44444444444444444444 111
lowQualScore : 33 8 333 33 888 2 0 1 0 333 8 000 22 55555 88 66 666 4444 1 333 66666666666666666666 5 1 1 0 6 111
lowQualScore : .. . ... .. ... . . . . ... . ... .. ..... .. .. ... .... . ... .................... . . . . . ...
lowQualScore : 77 4 999 11 999 4 9 8 4 555 0 555 88 00000 22 77 777 0000 0 444 22222222222222222222 7 0 0 4 7 777
consensus : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Reference ( family-697 ) : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140479 : TGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAAT---T--TTT--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCAAGTAAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-CACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGACTCTATGACGAACCTAGGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAGCTGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATATACGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTGTCACGATTCAGAA
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--T-A--A-TGCGTATCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----C--CAACAGTGTAACT---T----TTATTAGTATAGGACAACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAAtccaatccaagacgaaa
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140482 : TGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAACAGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCTAGTACGGTATAGTTGGAAAGGTATT---GCAAA-GGCG---AA--T-----T--CAGCGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGGCGAACCTGAGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAAAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTTTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTCAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAGTCGGACCGGAAATGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTAATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTCGAATCTAGTT-ACATTAG---TTTTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---TGTTTA--A-TGCGTGCCCTTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----C--TAACGATGTAATT---T----TTATGAGTCTAGGACAACCCTGAGTTGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAtccaatccaaaatgaaa
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140485 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATT---T----G--A-TGCGTGTCCGTAACGTGTCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--AAACGGAGTAA-T---A----TTATGATTCTAGGACGAACCTGAACTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACATATGAAAGCTCTCGACACATTCAT-AAGGAAAATGTTTTGCGTATAGGTTTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAGTTTAACGCTTTATTGCGCCAAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTTTTAGATTATAAAGCCTTGAAGGATACCGTGCGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTTATATTGTCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTAATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGGT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAAtccaatccaatatgaaa
gi|140487 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--TTT--A-TGCGTATCCGTAACGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATC---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACAGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TTCATTTTTAATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTTACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATATTATACGTATTGGACTTTCTCTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTAAATGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGTGCCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTAAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATAAGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGATAACA--AGCGTTATTGTTTGACGA---AGAA
gi|140488 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--
gi|140489 : TGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAATGATCGATTT---T--TTTTTA-TGCGTGTCTGTAATTTATCGAGTTATATATATTTGAAAATGTATT---GAAAA-GAAA---AAAAT----------ACGGTCTAATT---A----TTATAGGTCTAGGACGAGTCATAGCTGAGATGCAGT--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATTAA--------------------ATTAAACTTCATCCTAGAATATTCGTTTTGGTAAAATTTGAAAGCTCTCGACACGCCGAT-TACGAAAATGTTATACGTATAGGTCTCCCTCCTACCATTT-CGAAATATTACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACGCAATTTAACGCGTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGACTAATTTTTTGACTAAATATATACGTGTCTGGTACCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTGTCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGG-ATCACTCATGCGTTAAAAGGCAATTCTTTCATTAATTATATGTTGATTCCAACAAACTTGTAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140490 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAATGTATTGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATGTT--------ATtccaatccaagatgaaa
gi|140490 : TCATGAAGGAAAATGTTATGCGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGATCCGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTTATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATATCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140491 : tgagatataaacgtttgaataaaccggaactgacgtcataaacgatcgaatttttaatgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATG---T--T----A-TGCGTATtccaatccaaaatgaaa
gi|140492 : TGAGATATAGA--CGTTTGAA---ACCGGAAGTGACGTCATAAACGATAGAATT---G--TTA--A-TGCATGTCCGTAACGTATCGAGTAATGTAGTGCTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATAAGTTTGGGACGAACCTTAGCTGAG---CGGT--CGTTTAAATAAACCAGAAGTTAAGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTATTATTTGAAAGCTCTCGAAACACTTAT-GAGGAAAATGTTATGCATATAGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGACATATCATGA-------------TGACGTCACACAATTTAACCCTTTATTGCGCCGAAATTTCAATCGATCATTACCGAGTCATTTTTTGAGATAATAAAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACCTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGCCTGGAAGTGGAAT
gi|140493 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGGATT---T--TTA-------------------TATC------------GTTGGAAAGATATT---GAACA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCCAGATGAGATATAGA--CGTTTG---AAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140494 : AACTGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGGAATGTATT---GAATA-GCAG---AT--T-----T--TAA
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTT--A-TACGTTATCGTAGCGTATCGAACTAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-GCAT---AT--T-----T--CAA--ATATA--T---TAAAATTATGAGTCCAG
gi|140496 : ACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATAACCGTAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGAATGGTATT---GAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAAATATATTAGA---T----TTATGGGTCCAG
gi|140497 : ATCGGAAATGACGTCATAAA--ATTAACTT---T--TTT--A-TGCGTGATCGTAGTGTATCGAATGAGGTATCGTTGAAGAGGTATT---CAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGGGTATAG
gi|140498 : ACCGGAAATGACGTCAAAAA--ATCAACTT---T--TTTTTA-TACATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCTTTTGATAGGTATT---GAAAA-GTAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGAGCATAG
gi|140499 : CGTAAATGATCAAAATACAT--TCA--AGTATATGTCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140500 : TAGCGAATCGAATATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTA-TT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140501 : TAGCGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGATCCCGAGCTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ta
gi|140502 : CGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCACAG--T-----TTCCAAATATGTAATT---T----TTATGAGTCAAGGACGACCTCGAGCTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140503 : TATTAAAGAAAATGACG---CA--CGGTTGT--CAAATATGTAACT---T----TTATGGGTATAGGACGAACCTAAGTTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140504 : TGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAAT-TT--------
gi|140505 : T---T----GTATTGGTATAGGACGGCCCCGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGAgatgcgt
Alignments
lowQualScore : 111 44444444444444444444 111
lowQualScore : 33 8 333 33 888 2 0 1 0 333 8 000 22 55555 88 66 666 4444 1 333 66666666666666666666 5 1 1 0 6 111
lowQualScore : .. . ... .. ... . . . . ... . ... .. ..... .. .. ... .... . ... .................... . . . . . ...
lowQualScore : 77 4 999 11 999 4 9 8 4 555 0 555 88 00000 22 77 777 0000 0 444 22222222222222222222 7 0 0 4 7 777
consensus : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Reference ( family-697 ) : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140479 : TGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAAT---T--TTT--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCAAGTAAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-CACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGACTCTATGACGAACCTAGGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAGCTGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATATACGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTGTCACGATTCAGAA
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--T-A--A-TGCGTATCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----C--CAACAGTGTAACT---T----TTATTAGTATAGGACAACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAAtccaatccaagacgaaa
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140482 : TGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAACAGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCTAGTACGGTATAGTTGGAAAGGTATT---GCAAA-GGCG---AA--T-----T--CAGCGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGGCGAACCTGAGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAAAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTTTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTCAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAGTCGGACCGGAAATGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTAATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTCGAATCTAGTT-ACATTAG---TTTTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---TGTTTA--A-TGCGTGCCCTTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----C--TAACGATGTAATT---T----TTATGAGTCTAGGACAACCCTGAGTTGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAtccaatccaaaatgaaa
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140485 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATT---T----G--A-TGCGTGTCCGTAACGTGTCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--AAACGGAGTAA-T---A----TTATGATTCTAGGACGAACCTGAACTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACATATGAAAGCTCTCGACACATTCAT-AAGGAAAATGTTTTGCGTATAGGTTTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAGTTTAACGCTTTATTGCGCCAAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTTTTAGATTATAAAGCCTTGAAGGATACCGTGCGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTTATATTGTCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTAATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGGT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAAtccaatccaatatgaaa
gi|140487 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--TTT--A-TGCGTATCCGTAACGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATC---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACAGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TTCATTTTTAATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTTACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATATTATACGTATTGGACTTTCTCTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTAAATGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGTGCCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTAAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATAAGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGATAACA--AGCGTTATTGTTTGACGA---AGAA
gi|140488 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--
gi|140489 : TGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAATGATCGATTT---T--TTTTTA-TGCGTGTCTGTAATTTATCGAGTTATATATATTTGAAAATGTATT---GAAAA-GAAA---AAAAT----------ACGGTCTAATT---A----TTATAGGTCTAGGACGAGTCATAGCTGAGATGCAGT--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATTAA--------------------ATTAAACTTCATCCTAGAATATTCGTTTTGGTAAAATTTGAAAGCTCTCGACACGCCGAT-TACGAAAATGTTATACGTATAGGTCTCCCTCCTACCATTT-CGAAATATTACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACGCAATTTAACGCGTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGACTAATTTTTTGACTAAATATATACGTGTCTGGTACCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTGTCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGG-ATCACTCATGCGTTAAAAGGCAATTCTTTCATTAATTATATGTTGATTCCAACAAACTTGTAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140490 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAATGTATTGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATGTT--------ATtccaatccaagatgaaa
gi|140490 : TCATGAAGGAAAATGTTATGCGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGATCCGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTTATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATATCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140491 : tgagatataaacgtttgaataaaccggaactgacgtcataaacgatcgaatttttaatgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATG---T--T----A-TGCGTATtccaatccaaaatgaaa
gi|140492 : TGAGATATAGA--CGTTTGAA---ACCGGAAGTGACGTCATAAACGATAGAATT---G--TTA--A-TGCATGTCCGTAACGTATCGAGTAATGTAGTGCTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATAAGTTTGGGACGAACCTTAGCTGAG---CGGT--CGTTTAAATAAACCAGAAGTTAAGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTATTATTTGAAAGCTCTCGAAACACTTAT-GAGGAAAATGTTATGCATATAGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGACATATCATGA-------------TGACGTCACACAATTTAACCCTTTATTGCGCCGAAATTTCAATCGATCATTACCGAGTCATTTTTTGAGATAATAAAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACCTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGCCTGGAAGTGGAAT
gi|140493 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGGATT---T--TTA-------------------TATC------------GTTGGAAAGATATT---GAACA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCCAGATGAGATATAGA--CGTTTG---AAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140494 : AACTGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGGAATGTATT---GAATA-GCAG---AT--T-----T--TAA
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTT--A-TACGTTATCGTAGCGTATCGAACTAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-GCAT---AT--T-----T--CAA--ATATA--T---TAAAATTATGAGTCCAG
gi|140496 : ACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATAACCGTAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGAATGGTATT---GAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAAATATATTAGA---T----TTATGGGTCCAG
gi|140497 : ATCGGAAATGACGTCATAAA--ATTAACTT---T--TTT--A-TGCGTGATCGTAGTGTATCGAATGAGGTATCGTTGAAGAGGTATT---CAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGGGTATAG
gi|140498 : ACCGGAAATGACGTCAAAAA--ATCAACTT---T--TTTTTA-TACATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCTTTTGATAGGTATT---GAAAA-GTAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGAGCATAG
gi|140499 : CGTAAATGATCAAAATACAT--TCA--AGTATATGTCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140500 : TAGCGAATCGAATATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTA-TT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140501 : TAGCGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGATCCCGAGCTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ta
gi|140502 : CGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCACAG--T-----TTCCAAATATGTAATT---T----TTATGAGTCAAGGACGACCTCGAGCTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140503 : TATTAAAGAAAATGACG---CA--CGGTTGT--CAAATATGTAACT---T----TTATGGGTATAGGACGAACCTAAGTTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140504 : TGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAAT-TT--------
gi|140505 : T---T----GTATTGGTATAGGACGGCCCCGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGAgatgcgt
blockSeqs : TA C ACA GT TTT G T AAA T CGC AA GGTTG TC CA AGA AAAA C ATA CGATCGAATTTCATTTTTA G T A A CGT
blockSeqs : . A . . TTT . G . T CGC . . TC CG AGA . A A CGATCGAATTT . A T . .
blockSeqs : . C . . A . T . T CAC . . TC CG . . C T CGATCGAATTT . T A . .
blockSeqs : . C . . A . T . T . . . . CG . . A A CGATCGAATTT . A T . .
blockSeqs : . C . . A . T . . . . . . CA . . A T CGATCGAATTT . T A . .
blockSeqs : . C . . G . T . . . . . . CG . . G A CGATAGAATTT . A T
blockSeqs : . T . . T . T . . . . . . CG . . A T GGAAAATGTT
blockSeqs : . C . . A . T . . . . . . CG . . A A .
blockSeqs : . G . . A . G . . . . . . CG . . C T .
blockSeqs : . C . . A . G . . . . . . AT . . A A .
blockSeqs : . C . . A . G . . . . . . CG . . C A .
blockSeqs : . T . . T . G . . . . . . AT . . T A
blockSeqs : . . . . A . G . . . . . . AT . . C A
blockSeqs : . . . . T . T . . . . . . AT . . A T
blockSeqs : . . . A . G . . . . . . AT . . C A
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . C A
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CGATCGAATTT*********
originalCons : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
finalCons : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATTT---------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Alignments
lowQualScore : 111 44444444444444444444 111
lowQualScore : 33 8 333 33 888 2 0 1 0 333 8 000 22 55555 88 66 666 4444 1 333 66666666666666666666 5 1 1 0 6 111
lowQualScore : .. . ... .. ... . . . . ... . ... .. ..... .. .. ... .... . ... .................... . . . . . ...
lowQualScore : 77 4 999 11 999 4 9 8 4 555 0 555 88 00000 22 77 777 0000 0 444 22222222222222222222 7 0 0 4 7 777
consensus : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
Reference ( family-697 ) : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCGAGTAAGGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGANCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATGCGTATNGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTNTGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140479 : TGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAAT---T--TTT--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCAAGTAAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-CACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGACTCTATGACGAACCTAGGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAGCTGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATATACGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTGTCACGATTCAGAA
gi|140480 : TGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--T-A--A-TGCGTATCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----C--CAACAGTGTAACT---T----TTATTAGTATAGGACAACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATAAAtccaatccaagacgaaa
gi|140481 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAATCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140482 : TGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAACAGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAACGTATCTAGTACGGTATAGTTGGAAAGGTATT---GCAAA-GGCG---AA--T-----T--CAGCGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGGCGAACCTGAGCTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAAAATATTCGTTTTGGTAACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATGTTATACGTATTGGTCTTTCTTTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTCAAAGTTGTGTGACGTCACACAATTTAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTATGAGATAATATAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAGTCGGACCGGAAATGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTAATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTCGAATCTAGTT-ACATTAG---TTTTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140483 : TGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAATT---TGTTTA--A-TGCGTGCCCTTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----C--TAACGATGTAATT---T----TTATGAGTCTAGGACAACCCTGAGTTGAGATATAGA--CCTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAtccaatccaaaatgaaa
gi|140484 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACGTAATAAA
gi|140485 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAATT---T----G--A-TGCGTGTCCGTAACGTGTCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACG---AA--T-----T--AAACGGAGTAA-T---A----TTATGATTCTAGGACGAACCTGAACTGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTAACATATGAAAGCTCTCGACACATTCAT-AAGGAAAATGTTTTGCGTATAGGTTTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACACAGTTTAACGCTTTATTGCGCCAAAATTTCAAACGATCATAACCGGGTCAATTTTTTAGATTATAAAGCCTTGAAGGATACCGTGCGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTTATATTGTCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTAATTTCTTCATTAATTATATGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGGT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140486 : TGAGATACGGT--CGTTTAAATAAACCGGAAGTGACATCATAAAtccaatccaatatgaaa
gi|140487 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--TTT--A-TGCGTATCCGTAACGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATC---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACAGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TTCATTTTTAATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTTACGTTTGAAAGCTCTCGACACACTCAT-AAGGAAAATATTATACGTATTGGACTTTCTCTTACCGTTTTTGAGATATCACGATTTAAATGTTGTGTGACGTCACACAATTCAACGCTTTATTGTGCCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTAAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTCATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATAAGTCGATTTCAACAAACTTGGAGTCTAGATAACA--AGCGTTATTGTTTGACGA---AGAA
gi|140488 : TGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAATT---T--
gi|140489 : TGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAATGATCGATTT---T--TTTTTA-TGCGTGTCTGTAATTTATCGAGTTATATATATTTGAAAATGTATT---GAAAA-GAAA---AAAAT----------ACGGTCTAATT---A----TTATAGGTCTAGGACGAGTCATAGCTGAGATGCAGT--CGTTTAAATAAAGCGGAAGTGACGTCATTAA--------------------ATTAAACTTCATCCTAGAATATTCGTTTTGGTAAAATTTGAAAGCTCTCGACACGCCGAT-TACGAAAATGTTATACGTATAGGTCTCCCTCCTACCATTT-CGAAATATTACGATTTAAAAGTTGTGTGACGTCACGCAATTTAACGCGTTATTGCGCCGAAATTTCAAACGATCATAACCGACTAATTTTTTGACTAAATATATACGTGTCTGGTACCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTGTCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGG-ATCACTCATGCGTTAAAAGGCAATTCTTTCATTAATTATATGTTGATTCCAACAAACTTGTAGTCTAGAT-ACATTAG---TATTTTCTCACGATTCAGAA
gi|140490 : TGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAATT---T--TTA--A-TGCGTGTCCGTAATGTATTGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATGTT--------ATtccaatccaagatgaaa
gi|140490 : TCATGAAGGAAAATGTTATGCGTATTGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGAGATATCACGATTTAAAAGTTGTGATCCGTCACACAATTCAACGCTTTATTGCACCGAAATTTCAAACGATCATAACTGGGTCAATTTATGAGATGATATAGCCTTGTTGGGTATCGTACGAAATAACTTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGACCGGAAGTGGAATCACTTATGCGTAAAAAGGTCATTTCTTCATTAATTATATGTCGATATCAACAAACTTGGAGTCTAGAT-ACATCAG---TATTTTCTCACGATTCAGAAgcgtattggtctttctcttaccgttttcgagatatcacgatttaaaagttgtgatccgtcacacaattcaacgctttattgcaccgaaatttcaaacgatcataactgggtcaatttatgagatgatatagccttgttgggtatcgtacgaaataactttttaggctctatcagttgatataatcggaccggaagtggaatcacttatgcgtaaaaaggtcatttcttcattaattatatgtcgatatcaacaaacttggagtctagatacatcagtattttctcacgattcagaatccaatccaaaatgaaa
gi|140491 : tgagatataaacgtttgaataaaccggaactgacgtcataaacgatcgaatttttaatgcgtgtccgtaatgtattgagtaatgtatcgttggaaaggtattgaaaagacaaattcaacggtgtagcttttatgagtctaggacgaacctgagctgaaatatagacgtttgaataaaccggaagtgacgTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATGAAGGA--AAATG---T--T----A-TGCGTATtccaatccaaaatgaaa
gi|140492 : TGAGATATAGA--CGTTTGAA---ACCGGAAGTGACGTCATAAACGATAGAATT---G--TTA--A-TGCATGTCCGTAACGTATCGAGTAATGTAGTGCTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTATAAGTTTGGGACGAACCTTAGCTGAG---CGGT--CGTTTAAATAAACCAGAAGTTAAGTCATAAA--------------------ATTAAACTTCATCGTAGAATATTCGTTTTGGTATTATTTGAAAGCTCTCGAAACACTTAT-GAGGAAAATGTTATGCATATAGGTCTTTCTCTTACCGTTTTCGACATATCATGA-------------TGACGTCACACAATTTAACCCTTTATTGCGCCGAAATTTCAATCGATCATTACCGAGTCATTTTTTGAGATAATAAAGCCTTGTCGGGTATCGTACGAAATAACCTTTTAGGCTCTATCAGTTGATATAATCGGCCTGGAAGTGGAAT
gi|140493 : TGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGACGATCGGATT---T--TTA-------------------TATC------------GTTGGAAAGATATT---GAACA-GACG---AA--T-----T--CAACGGTGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCCAGATGAGATATAGA--CGTTTG---AAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140494 : AACTGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGGAATGTATT---GAATA-GCAG---AT--T-----T--TAA
gi|140495 : AACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTT--A-TACGTTATCGTAGCGTATCGAACTAGGTATCGTTGGAAAGATATT---GAAAA-GCAT---AT--T-----T--CAA--ATATA--T---TAAAATTATGAGTCCAG
gi|140496 : ACCGGAAATGACGTCATAAA--ATCAACTT---T--TTA--A-TGCATAACCGTAGCGTATCGAACGAGGTATCGTTGGAATGGTATT---GAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAAATATATTAGA---T----TTATGGGTCCAG
gi|140497 : ATCGGAAATGACGTCATAAA--ATTAACTT---T--TTT--A-TGCGTGATCGTAGTGTATCGAATGAGGTATCGTTGAAGAGGTATT---CAAAA-GCAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGGGTATAG
gi|140498 : ACCGGAAATGACGTCAAAAA--ATCAACTT---T--TTTTTA-TACATGATCATAGCGTATCGAACGAGGTATCTTTTGATAGGTATT---GAAAA-GTAG---AT--T-----T--CAA--ATAT-ACTAGAT----TTATGAGCATAG
gi|140499 : CGTAAATGATCAAAATACAT--TCA--AGTATATGTCCGTAATGTATCGAGTAATGTATCGTTGGAAAGGTATT---GAAAA-GACA---AA--T-----T--CAACGGTGTAGCT---T----TTGTGAGTCTAGGACGAACCTGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGAAGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140500 : TAGCGAATCGAATATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTA-TT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATATA--CGTTTGAATTAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140501 : TAGCGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCGCAG--T-----TTCCAAATATGTAACT---T----TTATGAGTCTAGGACGATCCCGAGCTGAGATATAAA--CGTTTGAATAAACCGGAACTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------ta
gi|140502 : CGAATCGAGTATGGTACCATATGAAAG---------AAAATGACGCACAG--T-----TTCCAAATATGTAATT---T----TTATGAGTCAAGGACGACCTCGAGCTGAGATATATATACGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAACGATCGAAT-TT--------
gi|140503 : TATTAAAGAAAATGACG---CA--CGGTTGT--CAAATATGTAACT---T----TTATGGGTATAGGACGAACCTAAGTTGAGATATAGT--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAAA
gi|140504 : TGTAACT---T----TTATGAGTCTATGACGACCCCGAGCTGAGATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCACAAACGATAGAAT-TT--------
gi|140505 : T---T----GTATTGGTATAGGACGGCCCCGAGCTGAAATATAGA--CGTTTGAATAAACCGGAAGTGACGTCATAGAgatgcgt