lowQualScore                  :                           1                                                                                     11111111111                           11111111111111111111                                          2222222222222                                                                                         111                    1111111                                   222222222222222                                     1                                                                            22222222       22222222                 444444444444444                                                  1                 
lowQualScore                  :                           9    6             1   777               555 3     5   5  33     2 4         444   8  77777777777   8 1    2   7   3  2 8   55555555555555555555    5555     2  4 6             2  8888   4444444444444  6666    0    888 22 444  7  22 4  2     7 333 99 33     1        22   0 2        3  3  000    2 8 999   6 2   6666666  1   22      22          1 1    2 999999999999999  4444      2   3  6     0   9     1 1  1  88  5555        666666  33 2 666 5555       99 22 33 5555          444 33333333   2 4 00000000   777777 0 5555 000000000000000        1 1         2  4 4   2  7     1         3 0  8              
lowQualScore                  :                           .    .             .   ...               ... .     .   .  ..     . .         ...   .  ...........   . .    .   .   .  . .   ....................    ....     .  . .             .  ....   .............  ....    .    ... .. ...  .  .. .  .     . ... .. ..     .        ..   . .        .  .  ...    . . ...   . .   .......  .   ..      ..          . .    . ...............  ....      .   .  .     .   .     . .  .  ..  ....        ......  .. . ... ....       .. .. .. ....          ... ........   . . ........   ...... . .... ...............        . .         .  . .   .  .     .         . .  .              
lowQualScore                  :                           0    6             5   000               888 3     7   7  77     0 2         777   0  66666666666   0 1    5   5   3  7 0   33333333333333333333    7777     0  0 0             9  4444   7777777777777  1111    3    666 99 111  2  88 7  4     5 111 22 11     3        77   2 8        8  1  666    2 9 111   7 2   8888888  9   99      99          1 8    4 444444444444444  7777      2   6  3     7   4     8 4  8  55  0000        888888  22 4 444 0000       44 00 22 0000          111 00000000   8 7 99999999   111111 1 0000 444444444444444        0 4         2  2 1   8  0     0         2 0  0              
consensus                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-AT-----A-C---TTT-TCTCATCTTTCAAGCTA-A-ATA-N-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAAC-CA---NTTAG--NT--------TT----GAAGAAAGT--TT-GT---CTNAA-ATNTT-CATACNCAT-T--A--CATTCGAAGAAGAAA-TGAAATTCATCTTCGATTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNA--TT--N-AT--A-ATG----TCTTCC-CTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCA-ACG----AAAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGACAAGT---CTAAN-GTCTAAAT-A-----TGATTC-----CGAA----T---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
Reference ( gi|115431 )       : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-AT-----G-C---TTT-TCTCATCTTTCAAGCTA-A-ATA-T-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAAC-CA---ATTAG--AT--------TT----GAAAAAAGT--TT-GT---CTAAA-ATGTT-CATACTCAT-T--A--CATTCAAAGAAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TT--G-AT--AAGTG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACA-ACG----AAAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAAT---C-AAT-GTCTAAGT-A-----TGATTC-----TGAA----T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115432                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-AT-----G-C---TTT-TCTCATCTTTCAAGCTA-A-ATA-T-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAAC-CA---ATTAG--AT--------TT----GAAAAAAGT--TT-GT---CTAAA-ATGTT-CATACTCAT-T--A--CATTCAAAGAAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TT--G-AT--AAGTG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACA-ACG----AAAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAAT---C-AAT-GTCTAAGT-A-----TGATTC-----TGAA----T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115433                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-AT-----G-C---TTT-TCTCATCTTTCAAGCTA-A-ATA-T-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAAC-CA---ATTAG--AT--------TT----GAAAAAAGT--TT-GT---CTAAA-ATGTT-CATACTCAT-T--A--CATTCAAAGAAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TT--G-AT--AAATG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACA-ACG----AAAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAAT---C-AAT-GTCTAAGT-A-----TGATTC-----TGAA----T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115436                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATAGTTCTTTAAATCGACAAATTTAGAA---A---AGTTCCTCTTTTAAA---A-GCATT-AAA-AC--GATATACAGTAATACTG---ATA-AT-----A-C---TTT-TCTCATCTTTCAAGCTT-A-ATA-C-T---A--T----T---TAATA---CATGTTTAGCGACTTATTTCTTGAC-CA---ATTAG--TT--------TT----GAAGAAAGT--TT-GT---CTAAA-CTTTT-CATACTCAT-T--A--CATTCAAAGAAGAAG-TGAAACTCATCTTTGACTACAGAAATA-T-T--ATGT-T-TCAT---A--TATATA--GGACAG--AATCTTAGATTT
gi|115437                     : GTAGTTTACTCTTCTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCGTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATCTTGCAATACTG---ACA-AT-----A-C---TTT-TCTCATCTTTTAAGCTA-A-ATA-T-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAAC-CA---ATTAG--TT--------TT----GAAGAAAGT--TT-GT---CTAAA-CTTTA-CATACTCAT-T--A--CATTCAAATAAGAA
gi|115435                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATATAACAATACTG---ACA-AT-----A-C---TTT-T-TTATCTTTTAAGCTA-A-AAA-C-T---G--T----G---TAATA---CATGTTAAGCGGTCGATTTCTTA
gi|115434                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATTGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-GA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-AT-----A-C----TT-TCTCATCTTTTAA
gi|115438                     : GTTGCTTACTCTTGT----ATTTCTT-GAATAGGTATATCTAGGAATTC---TCTTCTTCTTGAAAA---A-AAACA-TAA-AATGAATTTATAGCAATACTG---ACT-AT-----A-C---TTG-TTTCATATTTTAAGCTA-A-AAA-C-T---A--T----
gi|115439                     :                                       TCCAAAACTTC---TTTCCTTTGTTTAAA---T-GCATG-CAC-CA--AATATTTTGCTATATTATGTACA-TT-----------TTT-TGCTACCTGTCAA---A-G-ACA-T-T---A--T----AGTATAGAA---CATGATAAGTGACCTGTTCTTCAAC-CA---GTAAT--CT--------TA----GAAGTAAGT--TT-GT---CTCAGTAT-TT-CATATTCTT-G--A--CACTCAAAGAAGAAA-TGATATTCATCTTCCACAACAGTTGTT-T-T--ATTG-T-GCAA---C--CAAATG--GGACAG--AGTCATTAATGTCTATCAA--TTACA-AC--AA--G----TCTATC-TTTTTCAATCAATAATTCGTGACTTGAGCA-CCG----AAATTTTG------AC--A-AT--GTTTTTTTTTCTT---AT--A----TAAGACATAT---C-AAC-ATAAAGAT-A-----AAATTC-----CGCA----T---A-AG----TAATGATTTAAAGTGTTTATAATGAAATGCTTTAG
gi|115440                     :                                       TCCATAACGTC---TTTCCTTCGTTTAAATGAATGCACT-TAATAG--GGT---T-GCTATATT----ATATAC-----A-T---TTT-TACTACCTGTCAA---A-A-ACA-A-T---A--T----A---TTATAGAACAAGTTAAGTGATCTGCTCTTCGATTCG---GCTAGTAATCG------TT----GAAGTAAAT--TT-GC---CTCAG--TGTTTCATTTTCTT-G--A--CATACGAATAAAAAA-TGATATTTTACTTCCACAGCTGTCATT-T-T--ATTG-T-GCAA---G--CAAACG--GGACAA--AATCTTAGATGTCTTTCAA--TT--G-CA--ACATG----TCTTCT-TTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCA-TCT----AAAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATAT---C-AAC-ATAAAGAT-A-----AAATTC-----CGTA----T----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115441                     :                                            AATTCCAGTTTTTCTTCTTTCAAA---A-GCATT-TGACAA--GATATTT-GAGATAGAG---ATA-ATATTACG-T---TTG-TCTGATG----AGGACATA-ATT-G-T---A--T----A---AAATA---GAT-TTAAA-GATCTAGATCTTAGC-CA---GGCA--------------T----AATGAAAGT--ATAGTAGGCTAAG-GTGTT-CATAA--AT-T--GGGCATTCGAAAACGATA-TGAATCTCATCTTCAATTATTTATACA-T-TTGAATT-A-TGAC---A--AA-ATA--AG-CAA--AATCGTAAAGTTCTATCAA--CC--C-AT--A--TG----TTTTCC-TTTTTTGGTCATTAAACTATG
gi|115442                     :                                                      TTTCGTTTTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATTTTG----CATAT-----G-CCAGTTT-TATCATCATT--GGACA-T-ATA-CCT---A--C----G----AA-A---AGTGTT------TGTGTCTCTTAA---A---TTTAG--ATAGTTTTCGTC----AAAAACATC--CT-TT---CTTAA-ATTTT-CATACACTG-T--A--CATTCCATGGAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTTAAA-----T--GTTT-C-TCAGAGAA--CATATC--TGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTAACCT--T-AT--A--TG----ACGACC-TGTTTCAATCATAAGATTATGCGT-GGACGTTCT----AAATTTTG------CC--A-GC--G----TTTGTCTTGGAGG--A----AATGATAAGT---CTAAA-G-ATAAAT-A-----TTTTTC-----AGAT----TTA-ACA-A---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115443                     :                                                             TTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATATTG----CATAT-----GACAG-TTT-AATCATCATT------G-A-ACAGT-T---ACCT----A---TAAAA---AATGTT------TGTGTCTCTTAA---A---TTTAG--ATAGTT----TTCAGCAAAAACATC--CT-TT---CTTAA-ATTTT-CATACACTG-T--A--CATTCAATGAAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTACAATA-T-T---TCT-C-TGAGA--A--CATAAT--GGACAA--AATCTAAAATTTCTCTCTAACCC--A-AT--A--TG----ACGACCTTTTTTCAATCATAAAATTATACGT-GGACGTTCT----AAATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTAAAAGG--A----AATGAT-AGT---C-TAG-AGATAAAT-A-----TTTTTC-----AGGA----T---ATA-A---CAATGATTTAAAGTTTCTATA
gi|115444                     :                                                                           ATA-TAA-AA-----ATTTAGCGAT--TG---ACA-AA-----A-T---TTCATCTGAT-TTTGAAGATG-ACATA-A-GGGAA--T----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAAC-CA---TATAT--CT--------TT----AAAATAAGT--AG-CT---CT--T-ATGTT-GTTATACAA-TGGA--CATTCGAAGAAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAGCAGATA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATTAA--TT--C-TT--ATATG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGGTAGAGCA-ACG----GAAATTAG------AC--A-TA--G----CTCTTCTATATTT--A----TATGGCAAGT---CTAGA-GT-TAAAT-AATGCTCGACGT-----TGAG----T---A--------AA-GACTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115445                     :                                                                             T-TAC-AA---ATATTTAG--AGACTG---ACA-AA-----A-T---TTCATCTGAT-TTTAAAGATG-ACATA-A-GGGAA--T----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAAC-CACACATT-----T--------TT----AAAATAAGTAGCT-CT---C-----ATGTT-GTTATACAA-TGGA--CATTCGAAGAAAAAA-TGATATTCATCTTCAAT------AACA-TGT--GTTT-TGTCCTTA-A--GAGAAA--GAGCAG--TGTCTTAAATGCCTATCAA--TT--C-CT--ATATG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCA-ACG----GAAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCTATATTT--A----TATGGCAATT---CTAAA-GT-TAAAT-AATGCTTGACAT-----TGAG----T---A--------AA-GACTTATAGTATTTATGATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115447                     :                                                                                    A--AATATTTAGCGAT--TG---ACA-AA-----A-T---TTCATCTGAT-TTTGAAGATG-ACATA-A-T---A--GAAAAG----AATA---AATCATAAGTG--CTGTTTCTTAAC-CA---TATAT--CT--------TT----AAAATAAGTAGCT-CT---C-----ATGTT-GTTATACAA-TGGA--CATTCGAAGTACAAG-GTATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-TCTT---AAGCAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAA--TC--CTAT--A--TG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCA-ACG----GAAATTAG------AC--ATACTAG----CTCTTCTATATTT--A----TATGACAAGT---CTAGA-GT-TAAAT-AATGCTCGACGT-----TGAG----T---A--------GA-AATTTATCGTCTTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA--GTTCA-ACAT-C-ATGCCAGTTTTGTGAAT
gi|115448                     :                                                                                                                                    ACCCTTTAAGCTA-A-ATA-C-T---A--T----G---TAATA---CATGTTAAGTGATCGATTTCTTAAC-CA---ATAAG--TT--------TT----GAAGAAAGT--TT-AT---CTAAA-CTTTT-CATACTCAT-T--A--CATTTAAAGAAGAAG-TGAAATTCATCTTCTACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTAACTA--TT--G-AT--AATTG----TCTTCC-CTTCTCAATCATTAAAGTATGGGTCGAACA-ACG----AAAATTTG------AC--A-AA--G----TTTTTCTTATAAT--A----TATGATAAAT---C-AAT-CTCTAAGT-A-----TGATTC-----TGAA----T---AAAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTAAGGGGAATTGTTTAGACCTGCTAT-CCATC
gi|115449                     :                                                                                                                                                                                                         AT-CA---CTTTG--TT--------TT----GAAGAAAGT--GT-GT---CTAAA-CTTTT-CATACTCAT-T--A--CATTCAAAGAAGAAG-TGAAATTCATCTTCGGCTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A--CATATA--GGACAG--AATCTTAATTTTTTATCTA--TT--G-AT--AAATG----TCTTCC-CTTCTCAATCATCAAAGTATGGGTCGAACA-ACG----AAAATTTGAAGAAAAA--A-A------------TCTTAAAAT--A----TATGATAAAT---C-AAT-GTCTAAGT-A-----TGATTC-----TGAA----T---AAAGA---TAA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGATATTAAGGGGAATCGTTTAGACCTACTAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115450                     :                                                                                                                                                                                                                                                       T---CTTAA-ATTTT-CATACACTG-T--A--CATTCCATAAAAAAA-TGAAAGTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TAAG---AA-CATATT--GGACAA--AATTTAAAATTTCTATCTAACCC--A-AT--A--TG----ACGACC-CTTTTCAATCATAAGATTATGCGTGGA-----TGTTTTAAATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTTAAAGG--A----AATGATAAGT---CTAAA-GAC-AAAT-A-----T--TTT-----TCAAGATTT---ATCAA---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115451                     :                                                                                                                                                                                                                                                       T---CTTAA-ATTTT-CATACACTG-T--A--CATTCCATGAAAAAAATGAAATTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TGATA--A--CATATT--GGACAC--AATCTAAAATTTCTATCTAACCC--A-AT--A--TGACGACCTT---TTTTTCAATCATAAGATTATGCGT-GGACGTTCT----TAATTTTG------CC--A-AC--G----TTTATCTTAAAGG--A----AATGATAAGT---CTAAA-G-ATAAAT-A-----TTTTTC-----AGGA----TTAAACA-A---T---GATTTATGGTTTCTATA
gi|115452                     :                                                                                                                                                                                                                                                       T---CTTAA-ATGTT-CATAC-AATGT--A--CATTCCGTGAAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATAACAAAAATA-T-T---TCT-C-TGAG---A---ATATATTGGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTA--
gi|115453                     :                                                                                                                                                                                                                                                                               T-T--T--CATTCGAAGAAAAAA-TTATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAGCAGAAA--AAGCAGTAAAAGTTTAATGTCTATCAA--TT--C-CT--ATATG----TCTTCC-ATTTTCTATCATAAGATTATGGCTACAGCA-ACG----AAAATTAG------ACATA-AC--C----CTTCTAT--ATCT--A----TATGGCAAGT---CTAGA-GT-TAAATAA-----TG-CTC-----GGCA----T---TGAGT---AGA-GACTTATAATATATATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115454                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAATAAG-T--ATCT-C-TCAT---G--T-TGTT--ATACAG--TTTCTTAAATGCTTATCGA--TT--C-CT--ATATG----TCTTCC-CTTTTCTATCATTATATTATAGCTAGAGCA-ACG----CAAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCT--ATATTAA----TATGGCAAGT---C-AAGAGTTAAATT-A-----T-ACTCAACGTTGAG----T---A--------GA-GACTTAAAGTATTTATATTGTA
gi|115455                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A--GAGCAA--TATCTTAAGTGGCTATCTA--T-----ACTAAAGTG----TCTTCC-ATTTTCTCTCATTAGGTTATGACATGAGCA-ACG----AAAATTTG------AA--A-AA--G----CTTTTCT----AT--ATGTTTATGGTAAATATAG-AAT----TAAATAA-----TG-TTC-----AACA----T---TTAGT---AGA-GACTTAAAGTATTAATAATGTAAGGCTTTTGGTGAA
gi|115456                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----TCTTCT-TTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCA-TCT----TAAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATAT---C-AAC-ATCAAAAT-A-----AAATTC-----CGTA----T----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115457                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ---ACAGAATCTTA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCGTT

Unaligned ( gi|115446 ): AAATATTTAGTGATTGACAAAATTTCATCTAATTTTGAAGAAGACATAAGGGAATAAAATAAATTATGGGTGCTGTTTCTTAACCATATATCTTTTAAATAAGTAGCTCTCATGTTGTTATAAAATGGACATTCGAAGAAAAAATGATATTCATCTTCAATAACATATGTGTTTGTCCTAAAGCAGAAAAAGCAGTATCTTAAATGCCTATCAATTTCTATATGTCTTCCCTTCTCTATCATGAGACCATGGCTAGAGCAACGGACATTGGACATAGCTCTTCTATATTTATTTGGCAAGTCAAGAGTTAATTAATGCTCGACGTTGAGTAGAAATTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA

lowQualScore                  :                           1                                                                                                                   111      111  111111111                                              11111111                                                                                         111      1              1111111                                   22222222222222222                                          1111                                                            1    11        22222      111111      333333333333333                                                                    
lowQualScore                  :                           5    4             0   666               555 3     5   5  33     1 2      1   888   4    444   9 0    2  2 5   4  2 111   33 222  111111111    5555     1  3 7            33 2  22  6666 22222222      0   66666 1 44 333  1  33 3       9999999 22     2   333      2   0          3  3  000    2 0 888   6 2    7777777  2   22      22          1      1 66666666666666666  4         2  1     1         1 1 1      7777        666666  22 2 555      4444  77777 22 4444           4  1 55    2 4 11111 22   111111   22 666666666666666          1         1  1 1   1  1               1 1  6              
lowQualScore                  :                           .    .             .   ...               ... .     .   .  ..     . .      .   ...   .    ...   . .    .  . .   .  . ...   .. ...  .........    ....     .  . .            .. .  ..  .... ........      .   ..... . .. ...  .  .. .       ....... ..     .   ...      .   .          .  .  ...    . . ...   . .    .......  .   ..      ..          .      . .................  .         .  .     .         . . .      ....        ......  .. . ...      ....  ..... .. ....           .  . ..    . . ..... ..   ......   .. ...............          .         .  . .   .  .               . .  .              
lowQualScore                  :                           5    5             5   444               444 1     3   3  22     5 4      2   222   7    111   4 7    5  2 6   7  4 222   44 444  333333333    3333     6  2 2            44 5  66  2222 55555555      8   22222 6 44 777  0  55 1       4444444 88     2   555      1   5          2  2  444    0 0 000   0 0    7777777  0   66      66          3      0 33333333333333333  0         2  0     0         8 0 3      9999        111111  99 1 999      5555  55555 99 5555           4  0 11    1 2 11111 11   666666   99 222222222222222          0         7  0 5   0  0               0 0  7              
consensus                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATNGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TNAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----TTT-GT---CTNAA-ATTTTCATACNCAT-T-A--CATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNA--T--TN--AT-AT-A-TG-TCTTCCCTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----AAAATTTG------AC--A-AC--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TATGACAAGTCTAAAGTCTAAA-T-A-----TGATTC-----CGAA--T---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
Reference ( family-694 )      : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----TTT-GT---CTNAA-ATNTTCATACNCAT-T-A--CATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGATTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNA--T--TN--AT-A--A-TG-TCTTCCCTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----AAAATTTG------AC--A-AC--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TATGACAAGTCTAANGTCTAAA-T-A-----TGATTC-----CGAA--T---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115431                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----TTT-GT---CTAAA-ATGTTCATACTCAT-T-A--CATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--T--TG--AT-A--AGTG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----AAAATTTG------AC--A-AC--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TATGATAAATC-AATGTCTAAG-T-A-----TGATTC-----TGAA--T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115432                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----TTT-GT---CTAAA-ATGTTCATACTCAT-T-A--CATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--T--TG--AT-A--AGTG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----AAAATTTG------AC--A-AC--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TATGATAAATC-AATGTCTAAG-T-A-----TGATTC-----TGAA--T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115433                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----TTT-GT---CTAAA-ATGTTCATACTCAT-T-A--CATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--T--TG--ATAA--A-TG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----AAAATTTG------AC--A-AC--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TATGATAAATC-AATGTCTAAG-T-A-----TGATTC-----TGAA--T---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115434                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATTGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-GA--GATATCT-AGCAATACTG---ACA-ATAC----TT-TCTCATCTT-TTAA
gi|115435                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATAT-AACAATACTG---ACA-ATAC---TTT-T-TTATCTT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---GT----G---TAATA---CATGTTAAGCGGTCGATTTCTTA
gi|115436                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATAGTTCTTTAAATCGACAAATTTAGAA---A---AGTTCCTCTTTTAAA---A-GCATT-AAA-AC--GATATAC-AGTAATACTG---ATA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTT-A---ATAC-T---AT----T---TAATA---CATGTTTAGCGACTTATTTCTTGA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----TTT-GT---CTAAA-CTTTTCATACTCAT-T-A--CATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTTGACTACAGAAATA-T-T--ATGT-T-TCAT---A---TATATA--GGACAG--AATCTTAGATTT
gi|115437                     : GTAGTTTACTCTTCTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCGTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATCT-TGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TTAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----TTT-GT---CTAAA-CTTTACATACTCAT-T-A--CATTCAAAT---AAGAA
gi|115438                     : GTTGCTTACTCTTGT----ATTTCTT-GAATAGGTATATCTAGGAATTC---TCTTCTTCTTGAAAA---A-AAACA-TAA-AATGAATTTAT-AGCAATACTG---ACT-ATAC---TTG-TTTCATATT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---AT----
gi|115439                     :                                       TCCAAAACTTC---TTTCCTTTGTTTAAA---T-GCATG-CAC-CA--AATATTT-TGCTATATTATGTACA-TT-----TTT-TGCTACCTG-TCAA---A-G---ACAT-T---AT----AGTATAGAA---CATGATAAGTGACCTGTTCTTCAA--C-CAGTAATC--T--------TAGAAGTAAG-----TTT-GT---CTCAGTAT-TTCATATTCTT-G-A--CACTCAAAG---AAGAAA-TGATATTCATCTTCCACAACAGTTGTT-T-T--ATTG-T-GCAA---C---CAAATG--GGACAG--AGTCATTAATGTCTATCAA--T--TACAAC-A--A--G-TCTATCTTTTTCAATCAATAATTCGTGACTTGAGCACCG----AAATTTTG------AC--A-AT--GTTTTTTTTTCTTA---T--A----TAAGACATATC-AACATAAAGA-T-A-----AAATTC-----CGCA--T---A-AG----TAATGATTTAAAGTGTTTATAATGAAATGCTTTAG
gi|115440                     :                                       TCCATAACGTC---TTTCCTTCGTTTAAATGAATGCACT-TAATAG--GGT---T--GCTATATT----ATATACAT---TTT-TACTACCTG-TCAA---A-A---ACAA-T---AT----A---TTATAGAACAAGTTAAGTGATCTGCTCTTCGA--TTCGGCTAGTAATCG------TTGAAGTAAA-----TTT-GC---CTCAG-TGTTTCATTTTCTT-G-A--CATACGAAT---AAAAAA-TGATATTTTACTTCCACAGCTGTCATT-T-T--ATTG-T-GCAA---G---CAAACG--GGACAA--AATCTTAGATGTCTTTCAA--T--TG--CA-AC-A-TG-TCTTCTTTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----AAAATTTG------AC--A-AT--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TAAGACATATC-AACATAAAGA-T-A-----AAATTC-----CGTA--T----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115441                     :                                            AATTCCAGTTTTTCTTCTTTCAAA---A-GCATT-TGACAA--GATATTTGAG--ATAGAG---ATA-ATAT---TAC-GTTTGTCTGATGAGGACATA---ATTG-T---AT----A---AAATA---GAT-TTAAA-GATCTAGATCTTAG--C-CAGGCA--------------TAATGAAAG-----TATAGTAGGCTAAG-GTGTTCATAA--AT-T-GGGCATTCGAAA---ACGATA-TGAATCTCATCTTCAATTATTTATACA-T-TTGAATT-A-TGAC---A---AA-ATA--AG-CAA--AATCGTAAAGTTCTATCAA--C--CC--AT----A-TG-TTTTCCTTTTTTGGTCATTAAACTATG
gi|115442                     :                                                      TTTCGTTTTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCT-CGCAATTTTG----CATATGCCAGTTT-TATCATCAT-T--GGACA-T---ATACCT---AC----G----AA-A---AGTGTT------TGTGTCTCTTAA-----ATTTAGA--TAGTTTTCGTCAAAAACAT-----CCT-TT---CTTAA-ATTTTCATACACTG-T-A--CATTCCATG---GAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTTAAA-----T--GTTT-C-TCAGAGAA---CATATC--TGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTAACC--TT--AT----A-TG-ACGACCTGTTTCAATCATAAGATTATGCGTGG----ACGTTCTAAATTTTG------CC--A-GC--GTTTGT----CTTGGAGG--A----AATGATAAGTCTAAAG-ATAAA-T-A-----TTTTTC-----AGAT--TTA-ACA-A---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115443                     :                                                             TTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCT-CGCAATATTGCATATG-ACAG---TTT-AATCATCAT-TGAA--CA-G---TTAC-C----T----A---TAAAA---AATGTT------TGTGTCTCTTAAATT-TAGATAGT--T--------TTCAGCAAAAACATCCTT--T---CTTAA-ATTTTCATACACTG-T-A--CATTCAATG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTACAATA-T-T---TCT-C-TGAGA--A---CATAAT--GGACAA--AATCTAAAATTTCTCTCTAACC--CA--AT-ATGA-CGACCTT---TTTTCAATCATAAAATTATACGTGG----ACGTTCTAAATTTTG------CC--A-AC--GTTTGT----CTAAAAGG--A----AATGAT-AGTCTAGAG-ATAAA-T-A-----TTTTTC-----AGGA--T---ATA-A---CAATGATTTAAAGTTTCTATA
gi|115444                     :                                                                           ATA-TAA-AA-----ATTT-AGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----TAG-CT---CTTAT-GTTGTTATACA-AT-GGA--CATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGATA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATTAA--T--TC--TT-AT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGGTAGAGCAACG----GAAATTAG------AC--A-TA--GCTCTT----CTATATTT--A----TATGGCAAGTCTAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGACGT-----TGAG--T---A--------AA-GACTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115445                     :                                                                             T-TAC-AA---ATATTT-AG--AGACTG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TAAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CACACATT--T--------TTAAAATAAG-----TAG-CT---CTCAT-GTTGTTATACA-AT-GGA--CATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAAT------AACA-TGT--GTTT-TGTCCTTA-A---GAGAAA--GAGCAG--TGTCTTAAATGCCTATCAA--T--TC--CT-AT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----GAAATTAG------AC--A-TA--GCCCTT----CTATATTT--A----TATGGCAATTCTAAAGT-TAAA-T-AATGCTTGACAT-----TGAG--T---A--------AA-GACTTATAGTATTTATGATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115446                     :                                                                                    A--AATATTT-AGTGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTAAT-TT-TGAAG--A-AGACATAA-GGGAAT----A---AAATA---AATTATGGGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTTAAATAAG-----TAG-CT---CTCAT-GTTGTTATA-AAATGG-A--CATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTT-G-TCCT---AAAGCAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAA--T--TT--CT-AT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATGAGACCATGGCTAGAGCAACG----GACATTGG------AC--A-TA--GCTCTT----CTATATTT--A----TTTGGCAAGTCAAGAGT-TAAT-T-AATGCTCGACGT-----TGAG--T---A--------GA-AATTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115447                     :                                                                                    A--AATATTT-AGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-T---AGAAAAG----AATA---AATCATAAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----TAG-CT---CTCAT-GTTGTTATACA-AT-GGA--CATTCGAAGTACAAGGTA-T---ATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-TCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAA--T--CCT-AT-A----TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----GAAATTAG------AC--ATACTAGCTCTT----CTATATTT--A----TATGACAAGTCTAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGACGT-----TGAG--T---A--------GA-AATTTATCGTCTTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA--GTTCA-ACAT--CATGCCAGTTTTGTGAAT
gi|115448                     :                                                                                                                               ACCCT-TTAAGCTA-A---ATAC-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGTGATCGATTTCTTAA--C-CAATAAGT--T--------TTGAAGAAAG-----TTT-AT---CTAAA-CTTTTCATACTCAT-T-A--CATTTAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCTACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTAACTA--T--TG--AT-A--ATTG-TCTTCCCTTCTCAATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----AAAATTTG------AC--A-AA--GTTTTT----CTTATAAT--A----TATGATAAATC-AATCTCTAAG-T-A-----TGATTC-----TGAA--T---AAAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTAAGGGGAATTGTTTAGACCTGCTAT-CCATC
gi|115449                     :                                                                                                                                                                                                    A--T-CACTTTGT--T--------TTGAAGAAAG-----TGT-GT---CTAAA-CTTTTCATACTCAT-T-A--CATTCAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCGGCTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAATTTTTTATCTA--T--TG--ATAA--A-TG-TCTTCCCTTCTCAATCATCAAAGTATGGGTCGAACAACG----AAAATTTGAAGAAAAA--A-A--------T----CTTAAAAT--A----TATGATAAATC-AATGTCTAAG-T-A-----TGATTC-----TGAA--T---AAAGA---TAA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGATATTAAGGGGAATCGTTTAGACCTACTAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115450                     :                                                                                                                                                                                                                                                T---CTTAA-ATTTTCATACACTG-T-A--CATTCCATA---AAAAAA-TGAAAGTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TAAG---AA--CATATT--GGACAA--AATTTAAAATTTCTATCTAACC--CA--AT----A-TG-ACGACCCTTTTCAATCATAAGATTATGCGTGG----ATGTTTTAAATTTTG------CC--A-AC--GTTTGT----CTTAAAGG--A----AATGATAAGTCTAAAGAC-AAA-T-A-----TTTTTC-----AAGATTT---ATCAA---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115451                     :                                                                                                                                                                                                                                                T---CTTAA-ATTTTCATACACTG-T-A--CATTCCATG---AAAAAAATGAAATTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TGATA--A---CATATT--GGACAC--AATCTAAAATTTCTATCTAACC--CA--AT-ATGA-CGACCTT--TTTTTCAATCATAAGATTATGCGTGG----ACGTTCTTAATTTTG------CC--A-AC--GTTTAT----CTTAAAGG--A----AATGATAAGTCTAAAG-ATAAA-T-A-----TTTTTC-----AGGA--TTAAACA-A---T---GATTTATGGTTTCTATA
gi|115452                     :                                                                                                                                                                                                                                                T---CTTAA-ATGTTCATACA-ATGT-A--CATTCCGTG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATAACAAAAATA-T-T---TCT-C-TGAG---A----ATATATTGGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTA--
gi|115453                     :                                                                                                                                                                                                                                                                       T-T-T--CATTCGAAG---AAAAAA-TTATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAGTAAAAGTTTAATGTCTATCAA--T--TC--CT-AT-A-TG-TCTTCCATTTTCTATCATAAGATTATGGCTACAGCAACG----AAAATTAG------ACATA-AC--CCTTCT----AT--ATCT--A----TATGGCAAGTCTAGAGT-TAAA-TAA-----TG-CTC-----GGCA--T---TGAGT---AGA-GACTTATAATATATATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115454                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AAATAAG-T--ATCT-C-TCAT---G---T-TGTT--ATACAG--TTTCTTAAATGCTTATCGA--T--TC--CT-AT-A-TG-TCTTCCCTTTTCTATCATTATATTATAGCTAGAGCAACG----CAAATTAG------AC--A-TA--GCCCTT----CT--ATATTAA----TATGGCAAGTCAAGAGT-TAAATT-A-----T-ACTCAACGTTGAG--T---A--------GA-GACTTAAAGTATTTATATTGTA
gi|115455                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A--GAGCAA--TATCTTAAGTGGCTATCTA--TACTA--A--A--G-TG-TCTTCCATTTTCTCTCATTAGGTTATGACATGAGCAACG----AAAATTTG------AA--A-AA--GCTTTT----CT----AT--ATGTTTATGGTAAATATAGAAT-TAAA-TAA-----TG-TTC-----AACA--T---TTAGT---AGA-GACTTAAAGTATTAATAATGTAAGGCTTTTGGTGAA
gi|115456                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TCTTCTTTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----TAAATTTG------AC--A-AT--GTTTTT----CTTAAAAT--A----TAAGACATATC-AACATCAAAA-T-A-----AAATTC-----CGTA--T----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115457                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---ACAGAATCTTA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCGTT

lowQualScore                  :                           1                                                                                                                  111      111  111111111                                              11111111                                           1111                                        111      1              1111111                                   111111                                                111111111                                                           22222222222        333333333333333333333333333333333333333333                                                                    
lowQualScore                  :                           5    1             0   666               555 3     5   5  33     1 2     1   888   4    444   9 0    2  2 1  66  2 111   33 222  111111111    5555     1  3 7            33 2  22  6666 22222222      0   66666 3333 333  1  2         44  1111      2   333      2   0          3  3  111    2 0 888   6 2    7777777  2   22      22          1      1 000000  55 2  4         0  1     1         1 1  2     666666666       666666  22 2 555 4444       99 22 22 4444           33333333333    2 4 555555555555555555555555555555555555555555          1         1  1 1   1  1               1 1  6              
lowQualScore                  :                           .    .             .   ...               ... .     .   .  ..     . .     .   ...   .    ...   . .    .  . .  ..  . ...   .. ...  .........    ....     .  . .            .. .  ..  .... ........      .   ..... .... ...  .  .         ..  ....      .   ...      .   .          .  .  ...    . . ...   . .    .......  .   ..      ..          .      . ......  .. .  .         .  .     .         . .  .     .........       ......  .. . ... ....       .. .. .. ....           ...........    . . ..........................................          .         .  . .   .  .               . .  .              
lowQualScore                  :                           5    0             5   444               444 1     3   3  22     5 6     2   222   7    111   4 7    5  2 0  55  4 222   44 444  333333333    3333     6  2 2            44 5  66  2222 55555555      8   22222 0000 777  0  7         99  0000      2   555      1   5          2  2  666    0 0 000   0 0    7777777  0   66      66          3      0 111111  00 1  0         5  0     0         8 0  1     111111111       111111  99 1 999 5555       22 66 99 5555           22222222222    1 2 888888888888888888888888888888888888888888          0         7  0 5   0  0               0 0  7              
consensus                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATNGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCGATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TNAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTNAANTTTTCATACNCAT-T--ACATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNA--TTNNTAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGACAAGTC----TAAAGTCTAAA-T-A-----TGA------TTC-----CGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
Reference ( family-694 )      : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATNGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TNAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTNAAATTTTCATACNCAT-T--ACATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNA--TTNATAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGACAAGTC----TAAAGTCTAAA-T-A-----TGA------TTC-----CGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115431                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TTGATAA-G-TG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115432                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TTGATAA-G-TG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115433                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTA--TTGATAA-A-TG-TCTTCCCTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115434                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATTGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-GA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATAC----TT-TCTCATCTT-TTAA
gi|115435                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATATAACAATACTG---ACA-ATAC---TTT-T-TTATCTT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---GT----G---TAATA---CATGTTAAGCGGTCGATTTCTTA
gi|115436                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATAGTTCTTTAAATCGACAAATTTAGAA---A---AGTTCCTCTTTTAAA---A-GCATT-AAA-AC--GATATACAGTAATACTG---ATA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTT-A---ATAC-T---AT----T---TAATA---CATGTTTAGCGACTTATTTCTTGA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTTGACTACAGAAATA-T-T--ATGT-T-TCAT---A---TATATA--GGACAG--AATCTTAGATTT
gi|115437                     : GTAGTTTACTCTTCTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCGTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATCTTGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TTAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTAAACTTTACATACTCAT-T--ACATTCAAAT---AAGAA
gi|115438                     : GTTGCTTACTCTTGT----ATTTCTT-GAATAGGTATATCTAGGAATTC---TCTTCTTCTTGAAAA---A-AAACA-TAA-AATGAATTTATAGCAATACTG---ACT-ATAC---TTG-TTTCATATT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---AT----
gi|115439                     :                                       TCCAAAACTTC---TTTCCTTTGTTTAAA---T-GCATG-CAC-CA--AATATTTTGCTATATTATGTACA-TT-----TTT-TGCTACCTG-TCAA---A-G---ACAT-T---AT----AGTATAGAA---CATGATAAGTGACCTGTTCTTCAA--C-CAGTAATC--T--------TAGAAGTAAG-----T-TTGT---CTCAGTATTTCATATTCTT-G--ACACTCAAAG---AAGAAA-TGATATTCATCTTCCACAACAGTTGTT-T-T--ATTG-T-GCAA---C---CAAATG--GGACAG--AGTCATTAATGTCTATCAA--TTACAAC-A-AG-TCTATCTTTTTCAATCAATAATTCGTGACTTGAGCACCG----A----AATTTTG------AC--A-AT--GTTTTTTTTTCTT---AT--A----TAAGACATATCAACATAAAG-----A-T-A-----AAA------TTC-----CGCAT---A-AG----TAATGATTTAAAGTGTTTATAATGAAATGCTTTAG
gi|115440                     :                                       TCCATAACGTC---TTTCCTTCGTTTAAATGAATGCACT-TAATAG--GGT---T-GCTATATT----ATATACAT---TTT-TACTACCTG-TCAA---A-A---ACAA-T---AT----A---TTATAGAACAAGTTAAGTGATCTGCTCTTCGA--TTCGGCTAGTAATCG------TTGAAGTAAA-----T-TTGC---CTCAGTGTTTCATTTTCTT-G--ACATACGAAT---AAAAAA-TGATATTTTACTTCCACAGCTGTCATT-T-T--ATTG-T-GCAA---G---CAAACG--GGACAA--AATCTTAGATGTCTTTCAA--TTGCAAC-A-TG-TCTT-CTTTTTCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----A----AAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATATCAACATAAAG-----A-T-A-----AAA------TTC-----CGTAT----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115441                     :                                            AATTCCAGTTTTTCTTCTTTCAAA---A-GCATT-TGACAA--GATATTT-GAGATAGAG---ATA-ATAT---TAC-GTTTGTCTGATGAGGACATA---ATTG-T---AT----A---AAATA---GAT-TTAAA-GATCTAGATCTTAG--C-CAGGCA--------------TAATGAAAG-----TATAGTAGGCTAAGGTGTTCATA--AAT-TGGGCATTCGAAA---ACGATA-TGAATCTCATCTTCAATTATTTATACA-T-TTGAATT-A-TGAC---A---AA-ATA--AG-CAA--AATCGTAAAGTTCTATCAA--CCC--AT-A-TG-TTTTCCTTTTTTGGTCATTAAACTATG
gi|115442                     :                                                      TTTCGTTTTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATTTTG----CATATGCCAGTTT-TATCATCAT-TGGA--CA-T---ATACCT---AC----G----AA-A---AGTGTT------TGTGTCTCTTAA-----ATTTAGA--TAGTTTTCGTCAAAAACAT-----C-CTTT---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATG---GAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTTAAA-----T--GTTT-C-TCAGAGAA---CATATC--TGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTA--ACCTTAT-A-TG-ACGACCTGTTTCAATCATAAGATTATGCGTGG----ACGTTCTA----AATTTTG------CC--A-GC--G----TTTGTCTTGGAGG--A----AATGATAAGTC----TAAAG-ATAAA-T-A-----TTT------TTC-----AGATTTA-ACA-A---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115443                     :                                                             TTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATATTGCATATG-ACAG---TTT-AATCATCAT-TGAA--CA-G---TTAC-C----T----A---TAAAA---AATGTT------TGTGTCTCTTAAATT-TAGATAGT--T--------TTCAGCAAAAACATCC-TT-T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCAATG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTACAATA-T-T---TCT-C-TGAGA--A---CATAAT--GGACAA--AATCTAAAATTTCTCTCTAACCCAATATGA-CGACCTT---TTTTCAATCATAAAATTATACGTGG----ACGTTCTA----AATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTAAAAGG--A----AATGAT-AGTC----TAGAG-ATAAA-T-A-----TTT------TTC-----AGGAT---ATA-A---CAATGATTTAAAGTTTCTATA
gi|115444                     :                                                                           ATA-TAA-AA-----ATTTAGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTTATGTTGTTATACA-ATGG--ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGATA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATTAA--TTCTTAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGGTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--A-TA--G----CTCTTCTATATTT--A----TATGGCAAGTC----TAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------AA-GACTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115445                     :                                                                             T-TAC-AA---ATATTTAG--AGACTG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TAAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CACACATT--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATACA-AT-GG-ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAAT------AACA-TGT--GTTT-TGTCCTTA-A---GAGAAA--GAGCAG--TGTCTTAAATGCCTATCAA--TTCCTAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCTATATTT--A----TATGGCAATTC----TAAAGT-TAAA-T-AATGCTTGA------CAT-----TGAGT---A--------AA-GACTTATAGTATTTATGATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115446                     :                                                                                    A--AATATTTAGTGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTAAT-TT-TGAAG--A-AGACATAA-GGGAAT----A---AAATA---AATTATGGGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTTAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATA-AAATGG--ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTT-G-TCCT---AAAGCAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAA--TTTCTAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATGAGACCATGGCTAGAGCAACG----G----ACATTGG------AC--A-TA--G----CTCTTCTATATTT--A----TTTGGCAAGTC----AAGAGT-TAAT-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------GA-AATTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115447                     :                                                                                    A--AATATTTAGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-T---AGAAAAG----AATA---AATCATAAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATACA-AT-GG-ACATTCGAAGTACAAGGTA-T---ATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-TCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAA--TCC-TAT-A-TG-TCTTCCCTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--ATACTAG----CTCTTCTATATTT--A----TATGACAAGTC----TAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------GA-AATTTATCGTCTTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA--GTTCA-ACAT--CATGCCAGTTTTGTGAAT
gi|115448                     :                                                                                                                              ACCCT-TTAAGCTA-A---ATAC-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGTGATCGATTTCTTAA--C-CAATAAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTAT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTTAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCTACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTAACTA--TTGATAA-T-TG-TCTTCCCTTCTCAATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AA--G----TTTTTCTTATAAT--A----TATGATAAATC-----AATCTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---AAAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTAAGGGGAATTGTTTAGACCTGCTAT-CCATC
gi|115449                     :                                                                                                                                                                                                   A--T-CACTTTGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-GTGT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCGGCTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAATTTTTTATCTA--TTGATAA-A-TG-TCTTCCCTTCTCAATCATCAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTGAAGAAAAA--A-A------------TCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---AAAGA---TAA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGATATTAAGGGGAATCGTTTAGACCTACTAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115450                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATA---AAAAAA-TGAAAGTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TAAG---AA--CATATT--GGACAA--AATTTAAAATTTCTATCTAA-CCCA-AT-A-TG-ACGACCCTTTTCAATCATAAGATTATGCGTGGA----TGTTTTA----AATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTTAAAGG--A----AATGATAAGTC----TAAAGAC-AAA-T-A-----TTT------TTC-----AAGATTT-ATCAA---TGA---TTTAAAGTTTCTATA
gi|115451                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATG---AAAAAAATGAAATTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TGAT---AA--CATATT--GGACAC--AATCTAAAATTTCTATCTAACCCAATATGA-CGACCTTT--TTTTCAATCATAAGATTATGCGTGGA----CG----TTCTTAATTTTG------CC--A-AC--G----TTTATCTTAAAGG--A----AATGATAAGTC----T-------AAA-G-A-----TAAATATTTTTC-----AGGATTAAACA-A---T---GATTTATGGTTTCTATA
gi|115452                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATGTTCATACA-ATGT--ACATTCCGTG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATAACAAAAATA-T-T---TCT-C-TGAG---A----ATATATTGGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTA--
gi|115453                     :                                                                                                                                                                                                                                                                     T-T--TCATTCGAAG---AAAAAA-TTATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAGTAAAAGTTTAATGTCTATCAA--TTCCTAT-A-TG-TCTTCCATTTTCTATCATAAGATTATGGCTACAGCAACG----A----AAATTAG------ACATA-AC--C----CTTCTAT--ATCT--A----TATGGCAAGTC----TAGAGT-TAAA-TAA-----TG-------CTC-----GGCAT---TGAGT---AGA-GACTTATAATATATATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115454                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAATAAG-T--ATCT-C-TCAT---G---T-TGTT--ATACAG--TTTCTTAAATGCTTATCGA--TTCCTAT-A-TG-TCTTCCCTTTTCTATCATTATATTATAGCTAGAGCAACG----C----AAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCT--ATATTAA----TATGGCAAGTC----AAGAGT-TAAATT-A-----T-A------CTCAACGTTGAGT---A--------GA-GACTTAAAGTATTTATATTGTA
gi|115455                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A--GAGCAA--TATCTTAAGTGGCTATCTA--T-ACTAA-AGTG-TCTTCCATTTTCTCTCATTAGGTTATGACATGAGCAACG----A----AAATTTG------AA--A-AA--G----CTTTTCT----AT--ATGTTTATGGTAAATA----TAGAAT-TAAA-TAA-----TG-------TTC-----AACAT---TTAGT---AGA-GACTTAAAGTATTAATAATGTAAGGCTTTTGGTGAA
gi|115456                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -TCTTCTTTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----T----AAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATATC-----AACATCAAAA-T-A-----AAA------TTC-----CGTAT----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115457                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---ACAGAATCTTA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCGTT

lowQualScore                  :                           1                                                                                                                  111      111  111111111                                              11111111                                           1111                                        111      1              1111111                                                                                          111111111                                                           22222222222        333333333333333333333333333333333333333333                                                                    
lowQualScore                  :                           5    1             0   666               555 3     5   5  33     1 2  2  2   888   4    444   9 0    2  2 1  66  2 111   33 222  111111111    5555     1  3 7            33 2  22  6666 22222222      0   66666 3333 333  1  1         44  1111      2   333      2   0          3  3  111    2 0 888   6 2    7777777  2   22      22          1      1  222  0 2  4444      2   2  1     1         1 1  2     666666666       666666  22 2 555 4444       99 22 22 4444           33333333333    2 4 555555555555555555555555555555555555555555          1         1  1 1   1  1               1 1  6              
lowQualScore                  :                           .    .             .   ...               ... .     .   .  ..     . .  .  .   ...   .    ...   . .    .  . .  ..  . ...   .. ...  .........    ....     .  . .            .. .  ..  .... ........      .   ..... .... ...  .  .         ..  ....      .   ...      .   .          .  .  ...    . . ...   . .    .......  .   ..      ..          .      .  ...  . .  ....      .   .  .     .         . .  .     .........       ......  .. . ... ....       .. .. .. ....           ...........    . . ..........................................          .         .  . .   .  .               . .  .              
lowQualScore                  :                           5    0             5   444               444 1     3   3  22     5 6  4  6   222   7    111   4 7    5  2 0  55  4 222   44 444  333333333    3333     6  2 2            44 5  66  2222 55555555      8   22222 0000 777  0  0         99  0000      2   555      1   5          2  2  666    0 0 000   0 0    7777777  0   66      66          3      0  666  8 1  2222      0   2  0     0         8 0  1     111111111       111111  99 1 999 5555       22 66 99 5555           22222222222    1 2 888888888888888888888888888888888888888888          0         7  0 5   0  0               0 0  7              
consensus                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATNGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCGATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TNAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTNAANTTTTCATACNCAT-T--ACATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNATTCCTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGACAAGTC----TAAAGTCTAAA-T-A-----TGA------TTC-----CGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
Reference ( family-694 )      : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATNGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCGATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TNAAGCTA-A---ATAN-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTGTTTCTTAA--C-CANTTAGN--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTNAANTTTTCATACNCAT-T--ACATTCGAAG---AAGAAA-TGAAATTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTCTATCNATTNNTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCNATCATTAGATTATGGGTNGAGCAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGACAAGTC----TAAAGTCTAAA-T-A-----TGA------TTC-----CGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAGTGTTTATAATGCAGNGCTTTNGGNGAATCGTTTAGACCTGCNAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115431                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTATTGATAAG-TG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115432                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTATTGATAAG-TG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115433                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTTTAAATGGGCAAATCTAGAATTTC---TTTTCTTCTTTTAAA---A-GCATT-TAA-AA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATGC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGA--T--------TTGAAAAAAG-----T-TTGT---CTAAAATGTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTCGACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTATCTATTGATAAA-TG----TCTTCC-CTTCTCGATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AC--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---ACAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCATTTAGACCTGCGAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115434                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATTGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-GA--GATATCTAGCAATACTG---ACA-ATAC----TT-TCTCATCTT-TTAA
gi|115435                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCTTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATATAACAATACTG---ACA-ATAC---TTT-T-TTATCTT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---GT----G---TAATA---CATGTTAAGCGGTCGATTTCTTA
gi|115436                     : GTAGTTTACTCTTGTTAATAGTTCTTTAAATCGACAAATTTAGAA---A---AGTTCCTCTTTTAAA---A-GCATT-AAA-AC--GATATACAGTAATACTG---ATA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TCAAGCTT-A---ATAC-T---AT----T---TAATA---CATGTTTAGCGACTTATTTCTTGA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAACTCATCTTTGACTACAGAAATA-T-T--ATGT-T-TCAT---A---TATATA--GGACAG--AATCTTAGATTT
gi|115437                     : GTAGTTTACTCTTCTTAATATTTCTT-AAATCGGCAAATCTAGAATTTC---TCTTCTTCGTGTAAA---A-GCATT-AAA-AA--GATATCTTGCAATACTG---ACA-ATAC---TTT-TCTCATCTT-TTAAGCTA-A---ATAT-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGCGATCTATTTCTTAA--C-CAATTAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTGT---CTAAACTTTACATACTCAT-T--ACATTCAAAT---AAGAA
gi|115438                     : GTTGCTTACTCTTGT----ATTTCTT-GAATAGGTATATCTAGGAATTC---TCTTCTTCTTGAAAA---A-AAACA-TAA-AATGAATTTATAGCAATACTG---ACT-ATAC---TTG-TTTCATATT-TTAAGCTA-A---AAAC-T---AT----
gi|115439                     :                                       TCCAAAACTTC---TTTCCTTTGTTTAAA---T-GCATG-CAC-CA--AATATTTTGCTATATTATGTACA-TT-----TTT-TGCTACCTG-TCAA---A-G---ACAT-T---AT----AGTATAGAA---CATGATAAGTGACCTGTTCTTCAA--C-CAGTAATC--T--------TAGAAGTAAG-----T-TTGT---CTCAGTATTTCATATTCTT-G--ACACTCAAAG---AAGAAA-TGATATTCATCTTCCACAACAGTTGTT-T-T--ATTG-T-GCAA---C---CAAATG--GGACAG--AGTCATTAATGTCTATCAATTACAACA-AG----TCTATC-TTTTTCAATCAATAATTCGTGACTTGAGCACCG----A----AATTTTG------AC--A-AT--GTTTTTTTTTCTT---AT--A----TAAGACATATCAACATAAAG-----A-T-A-----AAA------TTC-----CGCAT---A-AG----TAATGATTTAAAGTGTTTATAATGAAATGCTTTAG
gi|115440                     :                                       TCCATAACGTC---TTTCCTTCGTTTAAATGAATGCACT-TAATAG--GGT---T-GCTATATT----ATATACAT---TTT-TACTACCTG-TCAA---A-A---ACAA-T---AT----A---TTATAGAACAAGTTAAGTGATCTGCTCTTCGA--TTCGGCTAGTAATCG------TTGAAGTAAA-----T-TTGC---CTCAGTGTTTCATTTTCTT-G--ACATACGAAT---AAAAAA-TGATATTTTACTTCCACAGCTGTCATT-T-T--ATTG-T-GCAA---G---CAAACG--GGACAA--AATCTTAGATGTCTTTCAATTGCAACA-TG----TCTTCT-TTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----A----AAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATATCAACATAAAG-----A-T-A-----AAA------TTC-----CGTAT----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115441                     :                                            AATTCCAGTTTTTCTTCTTTCAAA---A-GCATT-TGACAA--GATATTT-GAGATAGAG---ATA-ATAT---TAC-GTTTGTCTGATGAGGACATA---ATTG-T---AT----A---AAATA---GAT-TTAAA-GATCTAGATCTTAG--C-CAGGCA--------------TAATGAAAG-----TATAGTAGGCTAAGGTGTTCATA--AAT-TGGGCATTCGAAA---ACGATA-TGAATCTCATCTTCAATTATTTATACA-T-TTGAATT-A-TGAC---A---AA-ATA--AG-CAA--AATCGTAAAGTTCTATCAA--CCCATA-TG----TTTTCC-TTTTTTGGTCATTAAACTATG
gi|115442                     :                                                      TTTCGTTTTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATTTTG----CATATGCCAGTTT-TATCATCAT-TGGA--CA-T---ATACCT---AC----G----AA-A---AGTGTT------TGTGTCTCTTAA-----ATTTAGA--TAGTTTTCGTCAAAAACAT-----C-CTTT---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATG---GAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTTAAA-----T--GTTT-C-TCAGAGAA---CATATC--TGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTAACCTTATA-TG----ACGACC-TGTTTCAATCATAAGATTATGCGTGG----ACGTTCTA----AATTTTG------CC--A-GC--G----TTTGTCTTGGAGG--A----AATGATAAGTC----TAAAG-ATAAA-T-A-----TTT------TTC-----AGATTTA-ACA-A---T---GATTTAAAGTTTCTATA
gi|115443                     :                                                             TTTCGAA---A-GCCCTATAC-AG--GA-ACCTCGCAATATTGCATATG-ACAG---TTT-AATCATCAT-TGAA--CA-G---TTAC-C----T----A---TAAAA---AATGTT------TGTGTCTCTTAAATT-TAGATAGT--T--------TTCAGCAAAAACATCC-TT-T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCAATG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATTACTACAATA-T-T---TCT-C-TGAGA--A---CATAAT--GGACAA--AATCTAAAATTTCTCTCTAACCCAATA-TG----ACGACCTTTTTTCAATCATAAAATTATACGTGG----ACGTTCTA----AATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTAAAAGG--A----AATGAT-AGTC----TAGAG-ATAAA-T-A-----TTT------TTC-----AGGAT---ATA-A---CAATGATTTAAAGTTTCTATA
gi|115444                     :                                                                           ATA-TAA-AA-----ATTTAGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTTATGTTGTTATACA-ATGG--ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGATA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATTAATTCTTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGGTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--A-TA--G----CTCTTCTATATTT--A----TATGGCAAGTC----TAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------AA-GACTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115445                     :                                                                             T-TAC-AA---ATATTTAGAGA--CTG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TAAAGATG-AC--ATAA-GGGAAT----A---GAATA---AATTATGAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CACACATT--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATACA-AT-GG-ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAAT------AACA-TGT--GTTT-TGTCCTTA-A---GAGAAA--GAGCAG--TGTCTTAAATGCCTATCAATTCCTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCTATATTT--A----TATGGCAATTC----TAAAGT-TAAA-T-AATGCTTGA------CAT-----TGAGT---A--------AA-GACTTATAGTATTTATGATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115446                     :                                                                                    A--AATATTTAGTGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTAAT-TT-TGAAG--A-AGACATAA-GGGAAT----A---AAATA---AATTATGGGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTTAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATA-AAATGG--ACATTCGAAG---AAAAAA-TGATATTCATCTTCAATAAC----ATA-TGT--GTTT-G-TCCT---AAAGCAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAATTTCTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCTATCATGAGACCATGGCTAGAGCAACG----G----ACATTGG------AC--A-TA--G----CTCTTCTATATTT--A----TTTGGCAAGTC----AAGAGT-TAAT-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------GA-AATTTATAGTATTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115447                     :                                                                                    A--AATATTTAGCGAT--TG---ACA-AAAT---TTCATCTGAT-TT-TGAAGATG-AC--ATAA-T---AGAAAAG----AATA---AATCATAAGTG--CTGTTTCTTAA--C-CATATATC--T--------TTAAAATAAG-----T-AGCT---CTCATGTTGTTATACA-AT-GG-ACATTCGAAGTACAAGGTA-T---ATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-TCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAG--TATCTTAAATGCCTATCAAT-CCTATA-TG----TCTTCC-CTTCTCTATCATTAGATCATGGCTAGAGCAACG----G----AAATTAG------AC--ATACTAG----CTCTTCTATATTT--A----TATGACAAGTC----TAGAGT-TAAA-T-AATGCTCGA------CGT-----TGAGT---A--------GA-AATTTATCGTCTTTATAATGTAATGCTTTTGGTGAA--GTTCA-ACAT--CATGCCAGTTTTGTGAAT
gi|115448                     :                                                                                                                              ACCCT-TTAAGCTA-A---ATAC-T---AT----G---TAATA---CATGTTAAGTGATCGATTTCTTAA--C-CAATAAGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-TTAT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTTAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCTACTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAAATTTTTAACTATTGATAAT-TG----TCTTCC-CTTCTCAATCATTAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTG------AC--A-AA--G----TTTTTCTTATAAT--A----TATGATAAATC-----AATCTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---AAAGA---TGA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTAAGGGGAATTGTTTAGACCTGCTAT-CCATC
gi|115449                     :                                                                                                                                                                                                   A--T-CACTTTGT--T--------TTGAAGAAAG-----T-GTGT---CTAAACTTTTCATACTCAT-T--ACATTCAAAG---AAGAAG-TGAAATTCATCTTCGGCTACAGAAATA-T-T--ATTT-T-TCAT---A---CATATA--GGACAG--AATCTTAATTTTTTATCTATTGATAAA-TG----TCTTCC-CTTCTCAATCATCAAAGTATGGGTCGAACAACG----A----AAATTTGAAGAAAAA--A-A------------TCTTAAAAT--A----TATGATAAATC-----AATGTCTAAG-T-A-----TGA------TTC-----TGAAT---AAAGA---TAA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGATATTAAGGGGAATCGTTTAGACCTACTAT-CCATCTTTGTAAAT
gi|115450                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATA---AAAAAA-TGAAAGTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TAAG---AA--CATATT--GGACAA--AATTTAAAATTTCTATCTAACCCAATA-TG----ACGACC-CTTTTCAATCATAAGATTATGCGTGGA----TGTTTTA----AATTTTG------CC--A-AC--G----TTTGTCTTAAAGG--A----AATGATAAGTC----TAAAGAC-AAA-T-A-----TTT------TTC-----AAGATTT-ATCAA---TGA---TTTAAAGTTTCTATA
gi|115451                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATTTTCATACACTG-T--ACATTCCATG---AAAAAAATGAAATTCAGATTCAATTACTAAAATA-T-T---TCT-C-TGAT---AA--CATATT--GGACAC--AATCTAAAATTTCTATCTAACCCAATA-TGACGACCTTT---TTTTCAATCATAAGATTATGCGTGGA----CG----TTCTTAATTTTG------CC--A-AC--G----TTTATCTTAAAGG--A----AATGATAAGTC----T-------AAA-G-A-----TAAATATTTTTC-----AGGATTAAACA-A---T---GATTTATGGTTTCTATA
gi|115452                     :                                                                                                                                                                                                                                               T---CTTAAATGTTCATACA-ATGT--ACATTCCGTG---AAAAAA-TGAAATTCAGATTCAATAACAAAAATA-T-T---TCT-C-TGAG---A----ATATATTGGACAA--AATCTAAAATTTCTATCTA
gi|115453                     :                                                                                                                                                                                                                                                                     T-T--TCATTCGAAG---AAAAAA-TTATATTCATCTTCAATAACA----TA-TGT--GTTTGT-CCTT---AAG-CAGAAA--AAGCAGTAAAAGTTTAATGTCTATCAATTCCTATA-TG----TCTTCC-ATTTTCTATCATAAGATTATGGCTACAGCAACG----A----AAATTAG------ACATA-AC--C----CTTCTAT--ATCT--A----TATGGCAAGTC----TAGAGT-TAAA-TAA-----TG-------CTC-----GGCAT---TGAGT---AGA-GACTTATAATATATATAATGTAATGCTTTTGGTGAA
gi|115454                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAATAAG-T--ATCT-C-TCAT---G---T-TGTT--ATACAG--TTTCTTAAATGCTTATCGATTCCTATA-TG----TCTTCC-CTTTTCTATCATTATATTATAGCTAGAGCAACG----C----AAATTAG------AC--A-TA--G----CCCTTCT--ATATTAA----TATGGCAAGTC----AAGAGT-TAAATT-A-----T-A------CTCAACGTTGAGT---A--------GA-GACTTAAAGTATTTATATTGTA
gi|115455                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A--GAGCAA--TATCTTAAGTGGCTATCTAT-ACTAAAGTG----TCTTCC-ATTTTCTCTCATTAGGTTATGACATGAGCAACG----A----AAATTTG------AA--A-AA--G----CTTTTCT----AT--ATGTTTATGGTAAATA----TAGAAT-TAAA-TAA-----TG-------TTC-----AACAT---TTAGT---AGA-GACTTAAAGTATTAATAATGTAAGGCTTTTGGTGAA
gi|115456                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----TCTTCT-TTT-TCAATCACCAATTCATGACTTGAGCATCT----T----AAATTTG------AC--A-AT--G----TTTTTCTTAAAAT--A----TAAGACATATC-----AACATCAAAA-T-A-----AAA------TTC-----CGTAT----TAAG---TAATGATTTGAAGTGTTTATAATGAAG
gi|115457                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---ACAGAATCTTA-GATTTAAAATGTTTATAATGCAGAGATTTAGGAGAATCGTT