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Reference ( family-684 )      :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
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gi|125995                     :                                                    -AGA--TAGTC--CA-T-----A--AACA-T-TT-G-------TATTTGTGATTATTT-----------TT-AGA-GA-AATAAATTCTGGTAA-----------ATATCTGAATTAAC-G-------CAC-TT--TG-TCATT--ATC
gi|125996                     :                                                             TC--CA-T-----A--AACA-G-TT-G-------TATTTGTGATCAGTT-----------TT-ATT-GA-AATCAGCTCCAGAAA-----------AATCCAG------CTG-------CAC-TT--CGCTGATT--
gi|125997                     :                                                                                                        TTCATT-----------TT-TGCAGA-AACCAATTCTGGATT-----------GCTTCGG----AAT-G-------CAT-TT--CGCTGATT--ATCGGA





Alignments
lowQualScore                  :                          1 44  444  3333     222   3   22     22  1 33333 22    222  1 4444444            4  66666666666  1   1  1          0  1 77777777777     5 3333   1 5555555   1  22    3   22      
lowQualScore                  :                          . ..  ...  ....     ...   .   ..     ..  . ..... ..    ...  . .......            .  ...........  .   .  .          .  . ...........     . ....   . .......   .  ..    .   ..      
lowQualScore                  :                          7 11  888  5555     999   2   22     00  5 77777 00    000  5 8888888            0  88888888888  4   4  4          4  0 33333333333     5 7777   7 7777777   8  55    4   55      
consensus                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
Reference ( family-684 )      :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
gi|125970                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TGTTCTTGATTGATT-----------TT-AGT-GT-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTGATT--ACCGGA
gi|125971                     :                TTTCTACAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAACAGG--TAGT------------A--AACA-A-TT-G-------TGTTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCAGATA-----------GTTTCGA----AAC-G-------CAC-TT--CGCTGATT--ACTGGA
gi|125972                     :                TTTCTAAAAA-A--AA---GT----GTTTA---AAA-GGG--TTGTC--TA-T-----A--AATT-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAACTCTTGATA-----------GTTTCGG----AAT-G-------CAC-TT--TACTGATT--ACTGGA
gi|125973                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTT-A---AAA-AGG--TCGTC--TA-TACTATA--AACA-A-TT-G-------TATTCATGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTTCGGGTA-----------GTTTCGG----AAG-G-------CAC-TT--TGCTGATT--AC
gi|125974                     :                TTTTTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---ATC--GA--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACAAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAA-TT--TGCTGATT--ACCGAA
gi|125975                     :                TTTCCATAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCATC--TA-T-----A--ATCA-G-TT-G-------TATTTGTGATTACTT-----------TT-AGT-GA-CACCAATTCCAAATA-----------ATTTCGG----AAT-G-------CAC-TT--CTATGATT--AGTGGA
gi|125976                     :                TTTCTAGAA--T--AA---GT----GTTTA---AAA-TGG--TCGTC--TA-T-----G--AACA-A-TT-G-------TGTTCGTGAGTGATT-----------TT-AGC-TT-AAGCAATTCCAGATA-----------GCTTTGG----AAT-G-------CAC-TT--CGCTTATA--ACCGGA
gi|125977                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------AATTCGTGATTGTTT-----------TA-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCG-------C-G-------GAT-TTACCGGGAATT--ATCGGA
gi|125978                     :                TTTCTAGAAA-TT-AAT--GTAATAGTTTT---ATA-AGG--TCGTT--TA-T-----A--AACA-A-CT-G-------TATTTGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGAACA-----------GTTTCCG----AAC-C-------CAC-TT--TGCTTAAA--ACCGGA
gi|125979                     :                TTCCTAGTGA-TGTAA---CT----TTTTAGGAAAA-GGG--TAATT--TA-T-----A--AA-A-C-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-CGT-AA-TATCAATACCAGACA-----------GTTTTCG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTTATT--ACAGGA
gi|125980                     :                TTTCTAGATA-T--AATATGT----GTTTG---AAA-ACG--TCGTA--TA-T-----A--ATCA-T-TT-G-------TATTCGTGATTGCTT-----------TT-AGT-TA-AAACAATTCC----------------------G----AAC-G-------CAC-TT--CGCTTATT--AC
gi|125981                     :                TTTCTATAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AAG--TTGTC--TA-T-----T--TACA-T-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TA-AGT-GA-AACTGATTTCGGATA-----------G
gi|125982                     :                TTTCTTGTAA-T--AG---GT----GTTTA---AAA-CGG--TCGTC--TA-T-----A--AATA-A-TT-T-------TTTTTGTTATTTATT-----------TT-AGT-GATGAACAATTCCCGACT-----------GTTTCCA----AAT-G-------CA
gi|125983                     :                TTTCTAGAAAAT--AT---GT----ATGTA---GAA-AGG--TCATC--TA-T-----ACGAATACA-TTCG-------TATTAATGACTGTTT-----------TTTAAT-GA-AACCAATTCCGGAAG-----------AAATCCG----AAT-A-------CTC-TT--CGCTTATT--ACAGGA
gi|125984                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---AA----GTTTA---AAA-TGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTTGTGATTGATT-----------TT-A---GA-AATC
gi|125985                     :                TTTTTTGAAA-T--TT---GT----GTTTA------------TCATG--AA-T-----A--AACA-A-GT-T-------TATTCGTGGTTG-TT-----------TT-AGA-GA-AGTAAATTCCCGAAA-----------ATATCCG----AAC-G-------CAC-TT--CGC--ATTTAACCGG
gi|125986                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTAA---AAAAAGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATAAATAACTTATTCGATATTTAAATC-AGT-TA-AACTAATTCTGGA
gi|125987                     :                TTTCTAGAAT-T--GC---GT----GTTGT---AGT-AGGCATTGTCACTACT-----A--AACA-G-TT-T-------TATTCGTGATTG-TT-----------CT-AGT-CA-ACTCAATTCCTGAAAAAAAAACGAACGT---AG----AAT-G-------CAC-TC--CGCT-ATT--ACGGGA
gi|125988                     :                TTTCTAGAAA-T--TA---AT----GTTTG---GAA-AGG--TGATC--TA-T-----T--TGTG-A-TT-GATTTATCTATTTGTGATTAA-T-----------TT-AGT-GA-ACTCGGTTT--AACA-----------ACTCC-G----ACC-G-------TAC-TT--CGCTTGTT--GC
gi|125989                     :                TTTCTAGAAA-T--GT---AT----GCTTA---AAA-AGA--TTGTC--TA-T-----A--AACA-GTTT-G-------TACTCGTAATTG-TG-----------TT-AG--GA-GACACGTTCCGGTTA-----------
gi|125990                     :                TTTCTTGAAA-T--TT---GT----GCTTT---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-T-TT-A-------TATTTATGATCTTTT-----------AT-ATT-GA-AATGAATTCTGGACA-----------
gi|125991                     :                 TTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGAC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TGTTTGTGATTAATT-----------TT-AGT-TA-AACCAACTCCGGACA-----------GTTTCCG----AAT-G-------TAC-TT--CGCTTATT--ACCGGA
gi|125992                     :                 TTTTAGAAA-G--AA---GT----GTTTG---AAA-GGG--TCGTC--TA-T-----A--AATA-A-TA-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AATAAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-T-------CAC-TT--CGCTGATT--ACCGAA
gi|125993                     :                                                             TC--TG-T-----A--AACT-G-TT-G-------TATTTATGATTATTT-----------TT-ATC-GA-AAACAATT---GATG--------------TCCA----AAC-A-------CAC-TT--TGCTTATT--ACCGGA
gi|125994                     : taaaaatatgatatggataaaaaaatgatcatcatT----GTTTA---AAA-TTG--TCATC--AA-T-----A--GACA-G-TT-C-------TGCTGGTGATTGCAT-----------TT-AAT-GA-AACCAATTCCGTACA---------------C-A----AAC-AACCAATTCACTTT--CGCTTATT--ACCAGA
gi|125995                     :                                                    -AGA--TAGTC--CA-T-----A--AACA-T-TT-G-------TATTTGTGATTATTT-----------TT-AGA-GA-AATAAATTCTGGTAA-----------ATATCTGAATTAAC-G-------CAC-TT--TG-TCATT--ATC
gi|125996                     :                                                             TC--CA-T-----A--AACA-G-TT-G-------TATTTGTGATCAGTT-----------TT-ATT-GA-AATCAGCTCCAGAAA-----------AATCCAG------CTG-------CAC-TT--CGCTGATT--
gi|125997                     :                                                                                                        TTCATT-----------TT-TGCAGA-AACCAATTCTGGATT-----------GCTTCGG----AAT-G-------CAT-TT--CGCTGATT--ATCGGA


blockSeqs                     :                          A GT  TAT  AATA     GGA   C   CA     AC  C ACTAT CG    CA   C ATTTATC            A  CGATATTTAAA  T   A  T               AAAAAACGAAC     G AATT   T ACCAATT   T  AC    G   TA
blockSeqs                     :                          . T   T    .        .     A   .      .   . .     .     GT   . .                  A  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     G   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     G   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     G   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  C  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     G   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     G    . .                  T  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     A   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  C  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     C    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     T    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     T    . .                  T  .            .   .  .               .               A .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     G   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               G .      . .         .  .     T   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  A  .            .   .  .               .               C .      . .         .  .     T   . 
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blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  C  .            .   .  .               .               . .      . .         .  .     .   . 
blockSeqs                     :                          . .   .    .        .     .   .      .   . .     .     A    . .                  T  .            .   .  .               .               . .      . .                        
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blockSeqCons                  :                
originalCons                  :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
finalCons                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA





Alignments
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lowQualScore                  :                          . ..  ...  ....     ...   .   ..     ..  . ..... ..    ...  . .......            .  ...........  .   .  .          .  . ...........     . ....   . .......   .  ..    .   ..      
lowQualScore                  :                          7 11  888  5555     999   2   22     00  5 77777 00    000  5 8888888            0  88888888888  4   4  4          4  0 33333333333     5 7777   7 7777777   8  55    4   55      
consensus                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
Reference ( family-684 )      :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTNATT--ACCGGA
gi|125970                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TGTTCTTGATTGATT-----------TT-AGT-GT-AACCAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-G-------CAC-TT--CGCTGATT--ACCGGA
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gi|125975                     :                TTTCCATAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCATC--TA-T-----A--ATCA-G-TT-G-------TATTTGTGATTACTT-----------TT-AGT-GA-CACCAATTCCAAATA-----------ATTTCGG----AAT-G-------CAC-TT--CTATGATT--AGTGGA
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gi|125981                     :                TTTCTATAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AAG--TTGTC--TA-T-----T--TACA-T-TT-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TA-AGT-GA-AACTGATTTCGGATA-----------G
gi|125982                     :                TTTCTTGTAA-T--AG---GT----GTTTA---AAA-CGG--TCGTC--TA-T-----A--AATA-A-TT-T-------TTTTTGTTATTTATT-----------TT-AGT-GATGAACAATTCCCGACT-----------GTTTCCA----AAT-G-------CA
gi|125983                     :                TTTCTAGAAAAT--AT---GT----ATGTA---GAA-AGG--TCATC--TA-T-----ACGAATACA-TTCG-------TATTAATGACTGTTT-----------TTTAAT-GA-AACCAATTCCGGAAG-----------AAATCCG----AAT-A-------CTC-TT--CGCTTATT--ACAGGA
gi|125984                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---AA----GTTTA---AAA-TGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATTTGTGATTGATT-----------TT-A---GA-AATC
gi|125985                     :                TTTTTTGAAA-T--TT---GT----GTTTA------------TCATG--AA-T-----A--AACA-A-GT-T-------TATTCGTGGTTG-TT-----------TT-AGA-GA-AGTAAATTCCCGAAA-----------ATATCCG----AAC-G-------CAC-TT--CGC--ATTTAACCGG
gi|125986                     :                TTTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTAA---AAAAAGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TATAAATAACTTATTCGATATTTAAATC-AGT-TA-AACTAATTCTGGA
gi|125987                     :                TTTCTAGAAT-T--GC---GT----GTTGT---AGT-AGGCATTGTCACTACT-----A--AACA-G-TT-T-------TATTCGTGATTG-TT-----------CT-AGT-CA-ACTCAATTCCTGAAAAAAAAACGAACGT---AG----AAT-G-------CAC-TC--CGCT-ATT--ACGGGA
gi|125988                     :                TTTCTAGAAA-T--TA---AT----GTTTG---GAA-AGG--TGATC--TA-T-----T--TGTG-A-TT-GATTTATCTATTTGTGATTAA-T-----------TT-AGT-GA-ACTCGGTTT--AACA-----------ACTCC-G----ACC-G-------TAC-TT--CGCTTGTT--GC
gi|125989                     :                TTTCTAGAAA-T--GT---AT----GCTTA---AAA-AGA--TTGTC--TA-T-----A--AACA-GTTT-G-------TACTCGTAATTG-TG-----------TT-AG--GA-GACACGTTCCGGTTA-----------
gi|125990                     :                TTTCTTGAAA-T--TT---GT----GCTTT---AAA-AGG--TCGTC--TA-T-----A--AACA-T-TT-A-------TATTTATGATCTTTT-----------AT-ATT-GA-AATGAATTCTGGACA-----------
gi|125991                     :                 TTCTAGAAA-T--AA---GT----GTTTA---AAA-AGG--TCGAC--TA-T-----A--AACA-A-TT-G-------TGTTTGTGATTAATT-----------TT-AGT-TA-AACCAACTCCGGACA-----------GTTTCCG----AAT-G-------TAC-TT--CGCTTATT--ACCGGA
gi|125992                     :                 TTTTAGAAA-G--AA---GT----GTTTG---AAA-GGG--TCGTC--TA-T-----A--AATA-A-TA-G-------TATTCGTGATTGATT-----------TT-AGT-GA-AATAAATTCCGGATA-----------GTTTCGG----AAC-T-------CAC-TT--CGCTGATT--ACCGAA
gi|125993                     :                                                             TC--TG-T-----A--AACT-G-TT-G-------TATTTATGATTATTT-----------TT-ATC-GA-AAACAATT---GATG--------------TCCA----AAC-A-------CAC-TT--TGCTTATT--ACCGGA
gi|125994                     : taaaaatatgatatggataaaaaaatgatcatcatT----GTTTA---AAA-TTG--TCATC--AA-T-----A--GACA-G-TT-C-------TGCTGGTGATTGCAT-----------TT-AAT-GA-AACCAATTCCGTACA---------------C-A----AAC-AACCAATTCACTTT--CGCTTATT--ACCAGA
gi|125995                     :                                                    -AGA--TAGTC--CA-T-----A--AACA-T-TT-G-------TATTTGTGATTATTT-----------TT-AGA-GA-AATAAATTCTGGTAA-----------ATATCTGAATTAAC-G-------CAC-TT--TG-TCATT--ATC
gi|125996                     :                                                             TC--CA-T-----A--AACA-G-TT-G-------TATTTGTGATCAGTT-----------TT-ATT-GA-AATCAGCTCCAGAAA-----------AATCCAG------CTG-------CAC-TT--CGCTGATT--
gi|125997                     :                                                                                                        TTCATT-----------TT-TGCAGA-AACCAATTCTGGATT-----------GCTTCGG----AAT-G-------CAT-TT--CGCTGATT--ATCGGA