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lowQualScore                  :    .        .       .............            ..  ..     ....       ..       .   ............................................    .    .    ..   ..   ......          . . ..          ........   .             .       
lowQualScore                  :    1        7       6666666666666            22  00     2222       33       6   22222222222222222222222222222222222222222222    2    8    55   55   555555          2 2 11          33333333   9             0       
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|118828 ): TCCAGTTGGCTTCATCGCCAATTTCCTCGCATCATTGTGTCTGCCAATTGCAGACGGCGGCCATGAAAATCCGAGTTTAAGAAT






Alignments
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lowQualScore                  :    .        .       .. ...........                ..     ....       ..       .   ............................................   .. .    ....          ......  ......        .   .            .. .    .                     
lowQualScore                  :    9        4       88 11111111111                55     6666       22       5   22222222222222222222222222222222222222222222   11 2    5555          777777  444444        8   7            99 6    5                     
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Reference ( family-681 )      : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAGTATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-GGCCATG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
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gi|118811                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--AAA-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-TCTCGGT--CAGCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------AA------ATT
gi|118812                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAACAA-A-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-ACTCGGT--CACCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------TT------ATT
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gi|118817                     :          TTT-AAATAAA--A-C-A-------TGTTTACAGTAGGTGTG-TTATT--A-ACTTGGT--CAACGTT-TTC----------C-----------
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gi|118819                     :           TT-AGATAAA--A---A-A-----TGTTTACAATAAGAATT-TTATT--A-ACTTGGT--CAGCGTTGTTC----------T-----------GCTTAA--------CTCGGATTTGA--TCAGCGT---TTTCTTCGTA------T--------TTTAGT
gi|118820                     :                   AA--A-A-A-A-----TGTTTACAATACGTGTA-TTATT--G-ATTTGGT--CAGCGTT-TTCT---------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCATCGCA------TA------ATTTGGTC-------AGCTG-----------TG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118821                     :             aacatAAA--A-A-A-A-----TA---ACAATAAGTATA-GAATT--T-ACTTTAT--CGGCGTG-TTC----------C-----------A----A--------T-------TGG--T-AGCGT------------AG-----TG------ATTTGGTCTGGCCACAACAGACATC-AGCCATG-AACGTCAGCACTTTAG
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gi|118825                     :                                                         T--G-ACTTAATATCAGCATT-TTT----------C-----------A----A--------C-------TGT--TTAGAAT---TTTCCTCACATACTAGTA------ATTTTGTCTGCCGACAGCTG
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gi|118827                     :                                                                           GTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--CCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGATAGTCCATAGCTG
gi|118828                     :                                                                                TC----------C-----------A----G--------T-------TGGCTTCATCGCCAATTTCCTCGCA------TC------ATTGTGTCTGCCAATTGCAGACGGC-GGCCATG-AAAATCCGAGTTTAAGAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :    .        .       .. ...........                ..     ....       ..       .   ............................................   .. .    ....          ......  ......        .   .            .. .    .                     
lowQualScore                  :    9        4       88 11111111111                55     6666       22       5   22222222222222222222222222222222222222222222   11 2    5555          777777  444444        8   7            99 6    5                     
consensus                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAGTATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-GGCCATG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
Reference ( family-681 )      : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAGTATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-GGCCATG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118802                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAAAATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCACGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCACAGCTGACGTC-TGCAATG-AAAGTCAGCGTTTCAGAGTGG
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gi|118811                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--AAA-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-TCTCGGT--CAGCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------AA------ATT
gi|118812                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAACAA-A-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-ACTCGGT--CACCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------TT------ATT
gi|118813                     : AAA-ATAA--TT-AAATAAA--A-----A-----TGTTTACAATAAGAATT-TTATT--A-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------CTGCTTAGCTCGG----AT-------T-------TGG--TCAGCGT---TTTCTTCGTA------T
gi|118814                     : AAT-ATAGCTTTTAAATACA--A-C-A-------TGTTTACAATAAGCTTG-TTATT--A-ATTTGGT--CAGCGTT-TTT----------CTGCTTAACTC-G----AAT------T-------TGG--TCAGCGT---TTTCTT--CA------TA------CTTT
gi|118815                     : AAC-ACAGCTT---AATAAA--C-A-A----------TTACAA-AAGT-TACTTATT--TCATCTGTT--CAACTCT-TTA----------C-----------A----G--------C-------TGA--TCAGCGT---TTTCCTCACA------TA------CTTTGGTCAGTCCATAGCTGGAACC-GGCCATG-AAAGTCAACGTTTTAGAATG
gi|118816                     :          TTT-AAATACA--A-C-A-------TGTTTACAATAAATATT-TTATT--A-ATTTGGT--CAGCGTT-TTCCTGTCAAACTC-----------G----AATT-----T-------TGG--TAAGCGT---TTTCTT--TA------TA------TTTTG
gi|118817                     :          TTT-AAATAAA--A-C-A-------TGTTTACAGTAGGTGTG-TTATT--A-ACTTGGT--CAACGTT-TTC----------C-----------
gi|118818                     :          TTT-TAATAAA--T-ATA-G-----TG---ACAATAAGTATG-TAATT--G-A--TG-----------------------------------------------------------TGA--TCAGCAT---TTTCCTTACA------TACTAGTGACTTGGTCTGCCTATAGCTGACATT-GGTCAC---ATGTCAGTGTTTCAG
gi|118819                     :           TT-AGATAAA--A---A-A-----TGTTTACAATAAGAATT-TTATT--A-ACTTGGT--CAGCGTTGTTC----------T-----------GCTTAA--------CTCGGATTTGA--TCAGCGT---TTTCTTCGTA------T--------TTTAGT
gi|118820                     :                   AA--A-A-A-A-----TGTTTACAATACGTGTA-TTATT--G-ATTTGGT--CAGCGTT-TTCT---------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCATCGCA------TA------ATTTGGTC-------AGCTG-----------TG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118821                     :             aacatAAA--A-A-A-A-----TA---ACAATAAGTATA-GAATT--T-ACTTTAT--CGGCGTG-TTC----------C-----------A----A--------T-------TGG--T-AGCGT------------AG-----TG------ATTTGGTCTGGCCACAACAGACATC-AGCCATG-AACGTCAGCACTTTAG
gi|118822                     :                                     aTTACAATCCGTAT--TTATTTCA-ATTTTGT--CGGCGTT-TTC----------C-----------A----A--------C-------TAG--T---------TTTCCTCACA------TA------ATTTGATCTGACAATAGCTGA-ATCTTGCCATA-AATGGCAGAGTTTTAGA
gi|118823                     :                                                                  gGT--CAGCATT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGT--TCAGGGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-AGCTATGAAAAGTCAGCATTTTAGAATGG
gi|118824                     :                     aacaatagattaaaaccagtCAATAACTATA-TAAAA--G-TCATGCT--TAGCGTT-TTC----------C-----------A----A--------C-------CGG--TCA-----------CTTACA------AA------ACTTGGTCTGAACAAAGTCGACGTC-GACCACG-GCAGTCCGCATTTTAG
gi|118825                     :                                                         T--G-ACTTAATATCAGCATT-TTT----------C-----------A----A--------C-------TGT--TTAGAAT---TTTCCTCACATACTAGTA------ATTTTGTCTGCCGACAGCTG
gi|118826                     :                                                           aa-ACTTAAA--CACTGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--CCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------GTTTGGTCAGTTCATAACT
gi|118827                     :                                                                           GTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--CCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGATAGTCCATAGCTG
gi|118828                     :                                                                                TC----------C-----------A----G--------T-------TGGCTTCATCGCCAATTTCCTCGCA------TC------ATTGTGTCTGCCAATTGCAGACGGC-GGCCATG-AAAATCCGAGTTTAAGAAT
gi|118829                     :                                                                                                                                              TTCTTCGCG------TA------ATTTGGTCAGCCGTTAGCTGGCGTC-GG-CATG-AAAGTCAGCG-TTTAGAGTG


blockSeqs                     :    T        T       CA CAATTTTT                   AC     TCA        AT       G   CTGTCAAACTCGAATTT                              CT A    CCAA          TACTAG  CTAGTG        A   C            TT C    A
blockSeqs                     :    .        T       .  AAAA                       A      TC         .        .   CTGCAAAACTCGAATT                               .  C    T             G       .             A   A            A  G    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAAA                       T      G          .        .   CTGCAGAACTCGGATT                               .  C    T             .       .             A   C            T  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AATA                       A      A          .        .   CTGCTTAGCTCGGATT                               .  C    T             .       .             A   G            G  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  CAAA                       A      G          .        .   CTGCTTAACTCGAATT                               .  C    T             .       .             A   G            A  T    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAAA                       G      G          .        .   TGCTTAACTCGGATT                                .  A    T             .       .             A   G            G  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  ATAG                       A      G          .        .   TCGAC                                          .  A    T             .       .             A   C            G  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAA                        A      A          .        .   CGAC                                           .  C    T             .       .             T   T            G  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAA                        A      A          .        .   AGAC                                           .  C    T             .       .             T   C            A  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAA                        A      T          .        .   CGGG                                           .  C    T             .       .             T   A            A  C    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAA                        A      G          .        .   CAAC                                           .  A    T             .       .             A   C            G  .    .
blockSeqs                     :    .        .       .  AAA                        T      G          .        .   CAAC                                           .  C    T             .       .             T   C            G  .    .
blockSeqs                     :    .        .       .  CA                         G      A          .        .   GAAC                                           .  C    T             .       .             T   G            G  .    .
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blockSeqs                     :             .       .  AA                         G      A          .        .   CGAC                                           .  C    T             .       .             A   C            .  .    .
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blockSeqs                     :                     .  AA                         A      A          .        .   CAAC                                           .  C    .             .       .             .   .                     
blockSeqs                     :                     .  A                          A      G          .        .   CGAC                                           .  C    .             .       .                                       
blockSeqs                     :                                                   A      T          .        .   CAAC                                           .  C    .             .       .                                       
blockSeqs                     :                                                   .      G          .        .   CAAC                                           .  .    .             .       .                                       
blockSeqs                     :                                                          G          .        .   CGAC                                           .  .    .             .       .                                       
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blockSeqs                     :                                                                              .   .                                              .  .    .             .       .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                       .                                               


blockSeqCons                  :                        AAA********
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lowQualScore                  :    9        4       88 11111111111                55     6666       22       5   22222222222222222222222222222222222222222222   11 2    5555          777777  444444        8   7            99 6    5                     
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Reference ( family-681 )      : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAGTATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-GGCCATG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118802                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--A-A-A-A-----TGTTTACAATAAAAATA-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCCACGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCACAGCTGACGTC-TGCAATG-AAAGTCAGCGTTTCAGAGTGG
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gi|118806                     : AAC-ATAACTTT-AAATCGA--A-A-ATA-----TGTTTACAATAAGTATA-TTAAT--G-ACTTGGA--CAGCGTT-TTC----------C-----------G----G--------G-------TGG--GCGGCGT---GGTCGTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCGTAACTGATATC-TGGTATG-AAAGTCGGC
gi|118807                     : AACTATAGCTTT-TAATTAA--A-A-A-A-----TGTTTAAAATAAGTTTG-TTATT--G-ACTTGGT--CAGCGTT-TTC----------CTGCA-------G----AACTCGGATT-------TGG--TCAGCGT---TTTCTT--TA------TA------TTTTG
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gi|118809                     : AAC-ATAACTTC-GAATCAA--ACA-A-A-----TGTTGACAATAAGTATA-TTATT--A-ACTAAGT--CAGCGTT-TGC----------C-----------A----A--------C-----------------------TTCTTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCGATAGCTGGTGTT-AG-CATA-AAATTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118810                     : AAC-ATAATTTT-GAAT-------C-A-ATTTTTTTTTTACCATAAGTATA-TTATT--T-ACTTAGC--GAGCATT-TGC----------G-----------A----A--------C-----------------------TTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCTGATAGCTGGCGTC-GG-CATG-AAAAACAGCG-TTTAGAGTGG
gi|118811                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAA--AAA-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-TCTCGGT--CAGCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------AA------ATT
gi|118812                     : AAC-ATAACTTT-AAATAAACAA-A-A-A-----TGTTTACAATAAGAATA-TTATT--G-ACTCGGT--CACCGCT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--TAAGCG----TTTCCTCGCA------TT------ATT
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gi|118814                     : AAT-ATAGCTTTTAAATACA--A-C-A-------TGTTTACAATAAGCTTG-TTATT--A-ATTTGGT--CAGCGTT-TTT----------CTGCTTAACTC-G----AAT------T-------TGG--TCAGCGT---TTTCTT--CA------TA------CTTT
gi|118815                     : AAC-ACAGCTT---AATAAA--C-A-A----------TTACAA-AAGT-TACTTATT--TCATCTGTT--CAACTCT-TTA----------C-----------A----G--------C-------TGA--TCAGCGT---TTTCCTCACA------TA------CTTTGGTCAGTCCATAGCTGGAACC-GGCCATG-AAAGTCAACGTTTTAGAATG
gi|118816                     :          TTT-AAATACA--A-C-A-------TGTTTACAATAAATATT-TTATT--A-ATTTGGT--CAGCGTT-TTCCTGTCAAACTC-----------G----AATT-----T-------TGG--TAAGCGT---TTTCTT--TA------TA------TTTTG
gi|118817                     :          TTT-AAATAAA--A-C-A-------TGTTTACAGTAGGTGTG-TTATT--A-ACTTGGT--CAACGTT-TTC----------C-----------
gi|118818                     :          TTT-TAATAAA--T-ATA-G-----TG---ACAATAAGTATG-TAATT--G-A--TG-----------------------------------------------------------TGA--TCAGCAT---TTTCCTTACA------TACTAGTGACTTGGTCTGCCTATAGCTGACATT-GGTCAC---ATGTCAGTGTTTCAG
gi|118819                     :           TT-AGATAAA--A---A-A-----TGTTTACAATAAGAATT-TTATT--A-ACTTGGT--CAGCGTTGTTC----------T-----------GCTTAA--------CTCGGATTTGA--TCAGCGT---TTTCTTCGTA------T--------TTTAGT
gi|118820                     :                   AA--A-A-A-A-----TGTTTACAATACGTGTA-TTATT--G-ATTTGGT--CAGCGTT-TTCT---------C-----------G----A--------C-------TGG--TCAGCGT---TTTCATCGCA------TA------ATTTGGTC-------AGCTG-----------TG-AAAGTCAGCGTTTTAGAGTGG
gi|118821                     :             aacatAAA--A-A-A-A-----TA---ACAATAAGTATA-GAATT--T-ACTTTAT--CGGCGTG-TTC----------C-----------A----A--------T-------TGG--T-AGCGT------------AG-----TG------ATTTGGTCTGGCCACAACAGACATC-AGCCATG-AACGTCAGCACTTTAG
gi|118822                     :                                     aTTACAATCCGTAT--TTATTTCA-ATTTTGT--CGGCGTT-TTC----------C-----------A----A--------C-------TAG--T---------TTTCCTCACA------TA------ATTTGATCTGACAATAGCTGA-ATCTTGCCATA-AATGGCAGAGTTTTAGA
gi|118823                     :                                                                  gGT--CAGCATT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGT--TCAGGGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGTCAGCCCATAGCTGACGTC-AGCTATGAAAAGTCAGCATTTTAGAATGG
gi|118824                     :                     aacaatagattaaaaccagtCAATAACTATA-TAAAA--G-TCATGCT--TAGCGTT-TTC----------C-----------A----A--------C-------CGG--TCA-----------CTTACA------AA------ACTTGGTCTGAACAAAGTCGACGTC-GACCACG-GCAGTCCGCATTTTAG
gi|118825                     :                                                         T--G-ACTTAATATCAGCATT-TTT----------C-----------A----A--------C-------TGT--TTAGAAT---TTTCCTCACATACTAGTA------ATTTTGTCTGCCGACAGCTG
gi|118826                     :                                                           aa-ACTTAAA--CACTGTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--CCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------GTTTGGTCAGTTCATAACT
gi|118827                     :                                                                           GTT-TTC----------C-----------G----A--------C-------TGG--CCAGCGT---TTTCCTCGCA------TA------ATTTGGATAGTCCATAGCTG
gi|118828                     :                                                                                TC----------C-----------A----G--------T-------TGGCTTCATCGCCAATTTCCTCGCA------TC------ATTGTGTCTGCCAATTGCAGACGGC-GGCCATG-AAAATCCGAGTTTAAGAAT
gi|118829                     :                                                                                                                                              TTCTTCGCG------TA------ATTTGGTCAGCCGTTAGCTGGCGTC-GG-CATG-AAAGTCAGCG-TTTAGAGTG