lowQualScore : 111 111111111 111 111 333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333 111 1111 1111 44444444444444 111111 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 111 333333333333333333333333 2222 11111 111 111 1111 222222222222222 1 11 111 1111111111 11 2222222 1 1
lowQualScore : 3 666 4 77 222222222 444 77777 33 111 55555 5 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 111111111111111111 2 6 2 7 000 333 222 222 6666 444444 3333 3 8 6666666 33333333333333 1 1 33 55 0 222222 777 2 4 888 0 33 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 1 8888 2 1 9 6666 444 1 22 555555555555555555555555 22 22 333 7777 2 33 33 0000 00000 99 33 55555 33 1 6 000 000 7 2 1 2222 4 1 33 555555555555555 2 5 33 333 44 6 5555555555 8 6 33 2 6666 44 2 2 5 1111111 2 4 6 6 0 0 5
lowQualScore : . ... . .. ......... ... ..... .. ... ..... . ................................................ . .................. . . . . ... ... ... ... .... ...... .... . . ....... .............. . . .. .. . ...... ... . . ... . .. . ........................................................................ . . .... . . . .... ... . .. ........................ .. .. ... .... . .. .. .... ..... .. .. ..... .. . . ... ... . . . .... . . .. ............... . . .. ... .. . .......... . . .. . .... .. . . . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 1 888 4 22 111111111 000 55555 77 444 99999 9 111111111111111111111111111111111111111111111111 7 666666666666666666 2 0 0 1 555 333 777 777 5555 333333 9999 5 9 1111111 88888888888888 5 5 33 88 4 777777 333 9 4 111 1 66 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 5 9999 0 7 2 2222 444 5 00 888888888888888888888888 55 88 555 0000 2 11 11 2222 00000 44 22 11111 99 7 3 000 000 2 4 7 1111 0 6 44 999999999999999 9 5 66 999 22 2 2222222222 6 5 88 1 1111 88 5 0 0 7777777 5 0 5 0 2 2 0
consensus : TCGAAACTC-AGTACTTAC---TAT-ATAA---AN--T-TT---AAACAAT--ACT--TT-GAATA----TGAAAANTATCT-N-----GAT---GTGCTA-------AA---------TA-----TC--AGAAAATTTCG---TC-------GTA-TCTAT-G-CA-AGATT---CA---GA---T---CGA-GTT------CT---CACGANCT------GGAAATTGAA-----A------G-G-G-TC-GTT--ACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---AGATCGA-A--GGT-----A----------TG--TAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-GT--AAACGTT-G----TAGAAGACGAATATCA---TTTT---TTAC-TG--TGT--C----GTA--NT-A--T-----ATATA--C--GG---AT-C--TAA--G--AGAA-NC-ATA-----TTTGCCAGATAA-A-TAT--TTTAATAA---TCC---GACTGAACA----TAAGTTTACCA-----T-----T---TT-AATGGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNGTAG--C-AAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAAATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACGTACTATGCTATA
Reference ( gi|131113 ) : TCGAAACTC-AGTACTTAC---TAT-GTAA---AG--T-TT---AAACAAT--GTT--TT-GCATA----TGAAAAGTATCT-C-----CAT---GTACTA-------AA---------TA-----TC--AGAAAATTTCG---TC-------ATA-TCTAT-G-CA-AGCTT---CA---GA---T---CGA-GTT------CT---CATGACCT------GGAAATTGAA-----A------G-G-G-TC-GTT--ACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---AGATCGA-A--GGT----AA----------TG--TAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATGAGTTTCA---ATTT---TTAC-TG--TGT--T----GTA--AT-A--T-----ATATA--C--AG---AT-T--TAA--G--AGAA-TC-ATA-----TTTGCCAGATAA-A-TAT--TTTGATAA---TCC---AACTGAACA----TAAGTTTATCA-----T-----T---TT-AATGGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGCTAAAATATGTAG--C-AAC-TTATCTCCATCATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAAATATACCAATATGCCCTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTAATATGCTATA
gi|131112 : TCGAAACTC-AGTACTTAC---TAT-ATAA---AG--T-TT---GAACAAT--GTT--TT-GCATA----TGAAAAGTATCT-C-----GAT---GTGCTA-------AA---------TA-----TC--AGAAAATTTCG---TC-------ATA-TCTAT-G-CA-AGCTT---CA---GA---T---CGA-GTT------CT---CATGACCT------GGAAAATGAA-----A------GAG-G-TT-GTT--ACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---AGATCGA-A--GGT----TA----------TG--TAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAAATGAGTTTCA---CTTT---CTAC-TG--TGT--T----GTA--AT-A--T-----AAATA--C--AG---AT-T--TAA--G--AGAA-GC-ATA-----TTTGCCAGATAA-A-TAT--TTTAATAA---TCC---AACTGAACA----TAAGTTTACCA-----T-----T---TT-AATGGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAATTTGTAG--C-ACC-TTATCTCCATTGTGCCTTT-AAGAGACAAAAAT-------AAGTTCTATGTGTAACTTGTTAAAATATAACACTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAATTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACATACTATGCTATA
gi|131114 : TCGAAACTC-AGTACTTAC---TAT-ATAA---AG--T-TT---AAACAAT--GTT--TT-GCATA----TGTAAAATATCT-C-----GAT---GTGCTT-------AA---------TA-----TC--AGAACATTTCG---TT-------ATA-CCTAT-G-CA-AGCTT---CA---GA---T---CGA-GTT------CT---CATGA-CT------GGAAATTGAA-----A------GTG-G-TC-GTT--ACA-G--A-TATA---AAGAA-AG---AGATCGA-A--GGT----TA----------TG--TAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-AT--AAATGTT-G----TTGAAGATGAGTTTCA---CTTT---TTAC-TG--TGT--T----GTA--AT-A--T-----ATATA--C--AG---AT-T--TAA--G--AGAA-GT-ATA-----TTTGTCAGATAA-A-TAC--TTTAA-AA---TCC---CCTTAAACA----TAAGTTTACAA-----T-----T---TT-AATGGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTGTAG--C-AAC--CATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAGAGAAAATAATTTATATGTGTTACTAGTTAAAATATACCATTATACCTTTAAAAATACAAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTATTGTATATGTACTATGCTATA
gi|131115 : TCAAGGCTT-AGTACATAC---TGTCGT---------T-TT---AAACATT--TTT--TT-ACTCT----TGAATCATATCT-CGATACCAT---ACAATA-------AA---------AAGAAATTC--A--AAATTGC-----------------TTTAA-G-TA--GATT---TA---GA---TTATCG----T------CA---CATAATTT------GGAAATAGAA-----C------GCG-G-TC-GCT--ATA-A--C-AACA---TACCT-AG---AAAT-GACA--GGG----TA----------TG--CAT---AT--TTT---------GT------------AG--T-TC--AAATATT-G----TCGAAAATGAATATCA---CTTT------C-TG--T----------TA--GT-A--TGCCCAAGATA--C--AG---A
gi|131116 : CGAAACTC-AGTACTTAC---TTT-ATAA---AG--T-TT---AAACGAT--GTT--TT-GCATAATTATGAAAAGTATCT-C-----GAT---GTGCTA-------AC---------TA-----TC--AGATAATTTCG---TC-------ATA-TCTAT-G-CA-AGCTT---CA---AA---T---CGA--TT------CT---CATGACCT------GGAAATTGAA-----AG-----G-G-G-TC-ATT--ACA-G--A-AATA---TAGAT-AG---AGATCAA-A--GGT----TA----------TG--AAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-GT--CAATGTC-G----TAGAAGATGAGTTTCA---CTTT---TTAT-TG--TGT--T----GTA--AC-A--T-----ATATA--C--AG---AT-T--AAA--G--AGAA-GC-ATA-----TTTGCCAGATAA-A-TAT--TTTAATAA---TCC---AACTGAACA----TAAGTTTACCA-----T-----T---TT-AATGGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTGTAG--C-AAC-TTATCTCCACTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTAACTGTGTAACTAGCTAAGACATACCATTATGCCTTCAAAAATACTAAAAGATTTTCTATGTGTAACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATAATAT
gi|131117 : AAACTT-AGTACCTATAGAGAT-GTAA---AA--A-TT---GA----T--ATTAGTT----TA-----GAAAAATACATGT-----CAT---GTG-TA-------AA----------------------AAAATATCA---CC-------GAA-T---T-G-CA----CT---CACAAGA---T---TAC-GTTGTTCCGCT---CACAAACT------TGCCATTGAAG----A------G-G-G-TC-GTT--ATA-G--A-AATA---TAGAT-AGATCAGATAGA-A---------AA----------TGTATAT---AT--TGT---------CA------------GA--T-G----AATGTA-G----TGGAAGACGAATATCA---TTTTG--TTAT-TG--T-T--T----GTC--CT-T--T-----CTATA--G--AG---ATAT--TA
gi|131118 : AAACT----TATTT-----TAT-ACAA---ACATT-TT---AAACAGT--CGT--TT-GAATT----CGAAATTTACCT-T-----AAT---GTATTACCTTGTAAA---------T------TC--AGAA--------------------TA-CCTTT-A-AAGAGGTT---AA---GA---T---TGT-CCT------CA---CATCAGCT------GCGCATCGAA-----AC-----G-G-G-GC-GCT--ACATGCCA-AATAGGGTCGAC-AG---AGATATG-A--GAT----AT----------TG--TAC---TT--TAT---------GT------------AA--TTGTTCAGATATT-G-------ATGATGAGTATCA---TTTT---GTACTTGTTTGT--T----CT---GT-A--T-----ATATG--C--AA---AT-C--T----G--TAAA-CA-ATA-------CGCCAGTTCA-T-TTTTCTTTAAGAA---ACC---AAGTGTTTA----TAAATATATCA-----T-----A---TT-GAT-GCAA--ACA---AA
gi|131119 : ACTCGAGTACTTAC---TAT-ATAA---AG--T-TT---AAACAAT--GTT--TT-GCATA----TGAAAAGTATCT-C-----GAT---GTGCTA-------AA---------TA-----TC--AGAAAATTTCA---TC-------TTA-TCTAT-G-CA-AGCTT---CA---GA---T---CGA-GTT------CT---CATGACCT------GGAAATTGAA-----A------G-G-GGTC-GTT--ACA-T--A-AATA---TAGAA-AG---AGATCGA-A--GGT----TA----------TG--TAC---AT--TGT---------GT------------GA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATAAGTTTCA---CTTT---TTAC-TG--T----T----GCA--AT-A--T-----ATATATAC--AG---AT-T--TAA--GGGAGAA-GC-ATA-----TTTGCCAGATAA-A-TAT--TTTAATAA---TCC---AACTGACCA----TAAGTTAACAA-----T-----T---TT-AATGGCATC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAACTGGTAG--C-AAC-TTATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAAATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTTGTTAAGCTATATATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131120 : TC-ACTATGTAC---T-T-ATAA---AA--TGTT---AAAAACT--ACT--TTAGAATT----CGAAAATTATTT-A-----GAT---ATGCT--------------------------TCCAAGAAAATTAAG----A-------ATT-CCTAT-GTCA-AGATT---AA---GA---T---TAT-CTT------CA---CATCAGTT------GAAAGTTGAA-----A------CCG-G-TC-GTT--ATG--------CA---CAGAACAG---A-ATTGA-A--CGT----AACTTGCGTTATTG--TAC---TC--TAT---------GT------------AA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCA---TTTTGTGTTAC-TA--TGT--C----CTA--GT----T-----AT
gi|131121 : TC-ACTATGTAC---T-T-ATAA---AA--TGTT---AAAAACT--ACT--TTAGAATT----CGAAAATTATTT-A-----GAT---ATGCT--------------------------TCCAAGAAAATTAAG----A-------ATT-CCTAT-GTCA-AGATT---AA---GA---T---TAT-CTT------CA---CATCAGTT------GAAAGTTGAA-----A------CCG-G-TC-GTT--ATG--------CA---CAGAACAG---A-ATTGA-A--CAT----AACTTGCGTTATTG--TAC---TC--TAT---------GT------------AA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCA---TTTTGTGTTAC-TA--TGT--C----CTA--GT----T-----AT-----C--AGGATAT-CCGTAA--A--AG----C---------TTTATTAAAT-C-A-TAT--TATTATAAACGGCC---AAGT-ATGA----TAAAAT--TCA-----T-----TGAGTT-AAT-GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTGT-G--T-AAG-TT-TATTCATCAAGCTTTT-A
gi|131122 : TC-ACTATGTAC---T-T-ATAA---AA--TGTT---AAAAACT--ACT--TTAGAATT----CGAAAATTATCT-A-----GAT---ATGCT--------------------------TCCAAGAAAATTAAG----A-------ATT-CCTAT-GTCA-AGATT---AA---GA---T---TAT-CTT------CA---CATCAGTT------GAAAGTTGAA-----A------CCG-G-TC-GTT--ATG--------CA---CAGAACAG---A-ATTGA-A--CGT----AACTTGCGTTATTG--TAC---TC--TAT---------GT------------AA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACC----ATTT--------TG--TGT--------TA--AT-A--T-----GT-CC--T--AG---TTAT--CAG--G--ATAT-CC-GTAAAAGCTTTATTAAAT-C-A-TAT--TATTATAAACGGCC---AAGT-ATGA----TAAACT--TCA-----T-----TGAGTT-AAT-GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTGT-G--T-AAG-TT-TATTCATCAAGCTTTC-A
gi|131123 : -AGTACTAACAT-TAT-ACAA---AT--T-TTTTAAAACAA---ACT--TT-GAATA----TGAATAATATTT-A-----AAT---ATGTTA-------AG---------CA-----CC--AGAAAGTTTCGAAGTT-------GTA-T--A--A-CA-ACATTACGCA---TA---T---C----TT------CT---CACAATTT------AAGAATTGAAACAGGA------A-G-G-T--ATTCAAGA-G--A-AAGAC--TTGAA-CG---ACATGAA-A--GG------------------G--T------T--TGC---------CA------------GATGT-GT--AAGTGCT-GAAAATTGAAGACGAATTTCA---TTTTGTATTAC-CA--TGT--
gi|131124 : -AGTATTAACAT-TAT-ACAA---TT--T-TTTTAAAACAA---ACT--TT-GAATA----TGAACAATATTT-A-----AAT---ATGTTA-------AG---------CA-----CC--AGAAAGTTTCGAAGTT-------GTA-T---T-A-CA-AGATTACGCA---TA---T---C----TT------CT---CACAATTT------AAGAATTGAAACAG-A------A-G-G-TA-TTTA-AGA-G--A-AAGAT--TTGAA-CG---ACATGAA-A--GG------G----------TT--TGCCAGA---TGT---------GT------------GA--C------AGTGCT-GAAA-TTGAAGACGAATTTCA---TTTTGTATTAC-TA--TGT--C----GT---AT-T--T-----AC-CA--T--GA---AC-T--TAAATG--CAAA-T--ATA-----TTC-----ATAA-G-CAT--T---AT-A---TCCGTAGACCAAATATGTTTAAGTTTATTA-----TTCTTCT---TC-AAT--CAA--ACAAT-AAATCGG-A--A-A-----TTGTTAGATTA---AG--CAAAT-TTATATCC
gi|131125 : -AGTATTAACAT-TAT-ACAA---TT--T-TTTTAAAACAA---ACT--TT-GAATA----TGAACAGTATTT-A-----AAT---ATGTTA-------AG---------CA-----CC--AGAAAGTTTCGAAGTT-------GTA-T---T-A-CA-AGATTACGCA---TA---T---C----TT------CT---CACAATTT------AAGAATTGAAACAGGA------A-G-G-T--ATTCAAGA-G--A-AAGAC--TTGAA-CG---ACATGAA-A--GG------G----------TT--TGCCAGA---TGT---------GT------------GA--T------AGTGCT-GAAATTA-AAGACGAATTTCA---TTTTGTATTAC-TA--TGT--C----CTA--TTCAC-C-----ATGAA--CTTAG---AT---------G--CAAA-T--ATA-----TTC-----ATAA-G-CAT--T---AT-A---TCCGTAGACCAAATATGTTTAAGTTTATTAATCTTC-----T---TC-AAT--CAA----A---AAAT--T-AATC-AGAAA-TTGCTAAATTAAGTA-----AAT-TTATATCC
gi|131126 : AC---TAT-TTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTC--TT-GAATA----TGAATTTTACTT-G-----GATTTTATTCCA-------AA---------TG-----AA--ACAAA---CCG---TA-------AAAATTTA--A-CA-AGATT---TA---GA---C---TGA-GTG------CG---CATAATTT------AGAAATTGAA-----ACT----G-G-G--A-GAT--ACA-C--A-AATG---TACAA-AG---GGA--AA-ATCGTT----TT----------TG--TAG---AG--TAT---------GT------------AA--T-G---GGAGGTTGG----TTGAATCGGAGTATCA---TTTT---CTAT-TA--TGT--T----GTC--CT-A--C-----ATATA--
gi|131128 : TAA---AG---------AAACAGTTTATT--TT----------TGAAGATTATTT-A-----GAT---GTTATA-------AAAATTAATGCCA-----TT--AGAAAA---------C-------A-G-TTTAC-G-T---GCCT---TA---GA---T---TAA-GCT------CT---CACGATTT------AGAAATTGAGTTTGGA------A-G-A-T---TT--A------ATAATA---TAGAT-AG---AGAAAAT-A--GGC----TA----------TG--TAA---AT--TGT---------GT------------TC--C-AT--GAAAGTT-G----TTGAAACTGA-TATCA---TTTC---TTAC-TA--TGT--T----Ggaacaatcagaagtaaatatattaaacatagtgcttttccaaatattaatagttttaaaaa
gi|131130 : T-ACACA----TGACAATTATCT-A------AT---GT--TG------------------TA-----TC--TAAATATTTTG---TCTGTTAGAATA-TTTAT-A-AT-AGATA---CT---CA---C---TGG-CTT------CA---CATAATTT------AGAAATTGAA-----ACTGGAAG-GCA-TC-ATA--ACA-T--T-AGTA----AGAA-CA---AGTTTGC-A--AAC----TA----------TG--TAC---AT--C-----------------------------------AAATGAA-G----TTGAGGATGAGTGTCA---TTTT---CTAT-TA--TGT--T----GTA--
gi|131131 : A-----TC--AGGAAATTTAG---AA-------AT--TCAATTG-TT-AAATT---TA---GAACTT---C----TT------CT---CATAATTTAGAAGTGGAAACTGGA-----A------G-G----C-ACC--ACA-------ATA---TTGAT-AT---GGACCTC-A--G------AACC--------TG--TAA---AC--TGT---------GC------------AA--A-AC--TAACGCT-A----TTGAGGACGAGTTTCA---TTTT---TTAC-TA--TGC--T----GTC--CT-T--C-----TTACT--C--TG---TG-T--T----G--AGAACTCAATA-----TATTCCAACAAA-A-TAT--TTTAACAA---CCC---AACTGTACA----TAAATTTAATA-----T-----G---AT-TATGTCTTC-AAA---AAAC--G-A--TAAA--C-TTATTCAAGCA-GTCG--C-CTG-TTATATATATTATGCTTTT-TTAAGAAGAAATG-------AA
gi|131132 : AT-G-CA-AGTTT---CA--------T---TG---TT------TG---CATGTCCT------AGAAATTGAA-----A------ctcattaagaactaaacaaatgtgtataacatta
gi|131129 : -CA-TGCCT---TA---GA---T---TAA-GCT------CC---CACGATTT------AGAAATTGAGTTTGGA------A-G-A-T---TT--A------ATAATA---TAGAT-AG---AGAAAAT-A--GGC----TA----------TG--TAA---AT--TAT---------GT------------TC--C-AT--GAAAGTT-G----TTGAAACTGAGTATCA---TTTC---TTAC-TA--TGT--T----Gatgattaatggttatgtgatgtaaatgttgtagaagatgattatcactctttactgtggtactggtatgatagatgtataaatatttaagagaaatagtttgccatgtaaatatcttaataatccaaatcaacataaagttaccatttatattgctacatggaatgaaaatttgataaaagaagtagaagaactttatctccattttgcctttaaaaagatgaaaaaaatata
gi|131127 : aaacagtttatttttgaagattatttagatgttataaaaaataatgccattagaaaacagttaa-CA-AGATT---TA---GA---C---TGA-GTG------CG---CATAATTT------AGAAATTGAA-----ACT----G-G-G--A-GAT--ACA-C--A-AATG---TACAA-AG---GGA--AA-ATCGTT----TT----------TG--TAG---AG--TAT---------GT------------AA--T-GG--GGGGCTG-G----TTGAATCGGAGTATCA---TTTT---CTAT-TA--TGT--T----GTC--CT-A--C-----ATATA--
gi|131133 : actatttaagaaaatttaaaacatgttttgaatatgaattttacttggatttcattccaaatgaaacaaaccgtaaaaaattaa---GA---T---CTA-GT------------CACAAGCT------CAAAAGAGAA-----A------CTG-G-TC-GTC--ACA-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---ATATTGTTATATTCATGC------------GAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--ACTA-CA-ATG-----TTTA-CAG---------T--CTTGGTAT---TCC---GG-TGAAAA----TAA-CTTAGAAGAT--T-----T---TT-ATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131137 : ---T---CGATGTT------CTAGTCACAAGCT------CAAAATAGAA-----A------CTG-G-TC-GTC--ACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---ATATTGTTATATTCATGC------------GAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--Accttcaaacttaggaaactagctgcatatatccatt
gi|131136 : ---T---CGATGTT------CTAGTCACAAGCT------CAAAATAGAA-----A------CTG-G-TC-GTC--ACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---ATATTGTTATATTCATGC------------GAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--A
gi|131135 : ---T---CGATGTT------CTAGTCACAAGCT------CAAAATAGAA-----A------CTG-G-TC-GTC--ACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---ATATTGTTATATTCATGC------------GAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--A
gi|131134 : ---T---CGATGTT------CTAGTCACAAGCT------CAAAATAGAA-----A------CTG-G-TC-GTC--ACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---ATATTGTTATATTCATGC------------GAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--A
gi|131138 : ---T---CGATGTT------CTAGTCACAAGCT------CAAAATAGAA-----A------CTG-G-TC-ATC--ACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAAGACCGA-A--AGT-----------------G--TAC---AT--ATT---------GTTATATTCATACGAA--T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTATTT---TTTC-TG--TGTC-C----G-------A--G-----ATATG--C--GG---AT-C--TGA--G--ACTA-CA-ATG-----TTTA-CAG---------T--CTTGGTAT---TCC---GG-TGAAAA----TAA-CTTAGAAGAT--T-----T---TT-ATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131139 : T------CT---CATTAACT------GTTCATTGAA-----A------C-A-G-TTAGAC--ATA-T--G-AATA---TTGAA-AG---AAGTCAG-A--GAA----AA----------TG--CTC---AT--TAT---------GT------------AC--C-TT--AGACGAT-G----TAGAAGATGAATATCA-----TT---TTAT-TT--TGTTAT----GTC--CT-T--T-----CTATA--C--CG---AT-T--GAA--G--GAAA-GC-CTA-----CATTCC--ATAATATTAT--TTTAACAA---ACC---AAGTGTCTT----TAAATTGATTAATC--T-----T---TTGAAT-ACAA--ATA---AGAA--A-C--C-A-----TTGTTAATAAAGCTAG--C-AAT-TTA
gi|131132 : -AG---AAATTGA-A--AATGATTAA----------TG--------GT--TAT---------GT------------GA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATGATTATCA---CTCT---TTAC-TG--TGG--TACTGGTATGAT-AGAT-----GTATA--A--AT---AT-T--TAA--G--AGAA----ATAG----TTTGCCATGTAA-A-TAT--CTTAATAA---TCC---AAATCAACA----TAAAGTTACCA-----T-----T---TA-TATTGCTAC-ATG---GAAT--G-A--A-AA--T-TTGATAAAAGAAGTAGAAG-AACTTTATCTCCATTTTGCCTTTAAAAAGATGAAAAA-------AA
Alignments
lowQualScore : 11 111 1111 2222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555 1111 1111 1111111 3333333333333 111111 11111111111 33333333333333333 333333333 111111111 111 111 111111111111 111111111 1111 111111111111111 11 11 111 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 2 1 00 2 888 2 666 7 111 1111 77777 33 9999999 1 1 1 2 777 0 8888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000 2 0 2222 222 222 5555 4444444 999999999 2 1 9999999999999 3 1 666666 3 777 1 4 66666666666 55555555555555 555 4 11111111111111111 1 2 3 555555555 444444444 0 1 8888 1 555 222 777 1 22 1 3333 999999999999 66666666 1 0 5555 444444444 5555 7777 77 11 555 2 2 2 33 0 0 2 9999 2 444 1111 5555 66666 333333333333333 2 99 22 333 33 5 1111111111 2 4 22 77777 0 44 3 1 4 8888888 1 3 1 111 2
lowQualScore : . . .. . ... . ... . ... .... ..... .. ....... . . . . ... . ......................... ............................... . . .... ... ... .... ....... ......... . . ............. . . ...... . ... . . ........... .............. ... . ................. . . . ......... ......... . . .... . ... ... ... . .. . .... ............ ........ . . .... ......... .... .... .. .. ... . . . .. . . . .... . ... .... .... ..... ............... . .. .. ... .. . .......... . . .. ..... . .. . . . ....... . . . ... .
lowQualScore : 9 5 33 8 888 3 999 5 777 4444 55555 00 4444444 1 0 0 2 888 5 1111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 1 6 7777 888 888 0000 5555555 000000000 5 0 0000000000000 1 5 777777 1 333 0 4 11111111111 99999999999999 000 4 88888888888888888 5 1 0 666666666 999999999 8 5 9999 0 666 666 000 5 00 5 1111 888888888888 11111111 6 1 9999 222222222 6666 8888 33 44 111 5 5 5 44 4 1 0 5555 7 777 3333 7777 66666 777777777777777 7 11 00 000 99 7 8888888888 1 1 00 77777 4 22 1 0 4 6666666 0 2 0 777 8
consensus : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-------GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTT-G----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTAC-TG--T-G----TCGTACTATA----TATA-------CGGATCTG---AG--A-G----AAGC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACCGAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
Reference ( family-678 ) : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--ACTTT-G---AAT-AT-------GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTT-G----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTAC-TG--T-G----TCGTANTATA----TATA-------CGGATCTA---AG--A-G----AANC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACTGAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACGTACTATGCTATA
gi|131112 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---GAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-------GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAAATGAA-----A-----GAGG-TT-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAAATGAGTTTCAC---T---TT---CTAC-TG--T-G----TTGTAATATA----AATA-------CAGATTTA---AG--A-G----AAGC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACTGAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAATTTG-----TAG--CACC-TTATCTCCATTGTGCCTTT-AAGAGACAAAAAT-------AAGTTCTATGTGTAACTTGTTAAA---ATATAACACTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAATTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACATACTATGCTATA
gi|131113 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---GTAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-------GAAAAGTATCTCC-AT---GTACTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GG-T-----AA----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATGAGTTTCAA---T---TT---TTAC-TG--T-G----TTGTAATATA----TATA-------CAGATTTA---AG--A-G----AATC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTGATAATCC---AACTGAAC---A----T----AAGTT-TATCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGCTAAAATATG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATCATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCAATATGCCCTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTAATATGCTATA
gi|131114 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-------GTAAAATATCTCG-AT---GTGCTT-------AA---------TATC--AGAACATTTC---G---TTATA-----C----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--A-CTGGAAATTGAA-----A-----GTGG-TC-GTTACA-G--A-TATA---AAGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GGTT-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-AT--AAATGTT-G----TTGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTAC-TG--T-G----TTGTAATATA----TATA-------CAGATTTA---AG--A-G----AAGT--ATA----TTTGTCAGATA--A-A-TA-C--TTTAA-AATCC---CCTTAAAC---A----T----AAGTT-TACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC--CATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAGAGAAAATAATTTATATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATACCTTTAAAAATACAAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTATTGTATATGTACTATGCTATA
gi|131115 : TCAAGGCTT-AGTACATAC--TGT---C---GT--T-TT---AAACATT---TTTT-T---ACT-CTT------GAATCATATCTCG-AT---ACCATAC------AA---------TAAA--AAGAAATT-C---AAAATTGC------T----TTAA-G-TA--GATT---TAGA---TTATCG----TC---A---CAT------A--ATTTGGAAATAGAA-----C-----GCGG-TC-GCTATA-A--C-AACA---TACCT-AG---A---A---ATGAC-----------AG--GG-T-----A-----------T-GCATAT-TTT---------GTAG--T-TC--AAATATT-G----TCGAAAATGAATATCAC---T---TT------C-TG--T---------TAGTAT
gi|131116 : CGAAACTC-AGTACTTAC--TTT---ATAAAG--T-TT---AAACGAT--GTTTT-GCATAATTAT-------GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AC---------TATC--AGATAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAAA---T---CGA--TTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-ATTACA-G--A-AATA---TAGAT-AG---A---G---AT--C---A-------AA--GG-TT----A-----------T-GAACAT-TGT---------GTGA--T-GT--CAATGTC-G----TAGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTAT-TG--T-G----TTGTAACATA----TATA-------CAGATTAA---AG--A-G----AAGC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACTGAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC-TTATCTCCACTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTAACTGTGTAACTAGCTAAG---ACATACCATTATGCCTTCAAAAATACTAAAAGATTTTCTATGTGTAACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATAATATgcccaagatacaga
gi|131117 : AAACTT-AGTAC---C--TAT---AGAGA---T-GT---AAA-AAT------T-G---A-T-ATTAGTTTAGAAAAATACATGTCAT---GTG-TA-------AA-----------------AAAATATC---A---CCGAA-----TTGCACT-C-A-CA-AGATT---ACGT---T-------GTTCCGCT---CAC------A--AACTTGCCATTGAAG----A-----G-GG-TC-GTTATA-G--A-AATA---TAGAT-AG---ATCAG---AT--A---G-------AA--AA-T-----G-----------T-ATATAT-TGT---------CAGA--T-G----AATGTA-G----TGGAAGACGAATATCAT---T---TTG--TTAT-TG--T------TTGTCCTTTC----TATA-------GAGAT
gi|131118 : AAACT----TATTT----TAT---ACAAACATT-TT---AAACAGT--CGTTT-G---AAT-TC-------GAAATTTACCTTA-AT---GTATTACCTTGTAAA---------T-TC--AGAA----------------TA-----C----CTTT-A-AAGAGGTT---AAGA---T---TG---TCC---T---CAC------ATCAGCTGCGCATCGAA-----AC----G-GG-GC-GCTACATGCCA-AATAGGGTCGAC-AG---A---G---AT--A---T-------GA--GA-T-----A-----------TTGTACTT-TAT---------GTAA--TTGTTCAGATATT-G-------ATGATGAGTATCAT---T---TT---GTACTTGTTT-G----TTCT-GTATA----TATG-------CAAATCT----------GT---AAAC--A-A----TACGCCAGTTC--A-T-TT-TTCTTTAAGAAACC---AAGTGTTT---A----T----AAATA-TATCA-----T-----A---TT-GAT--GCAA--ACA---AAatta
gi|131119 : ACTCGAGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-------GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---A---TCTTA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-GTTACA-T--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATAAGTTTCAC---T---TT---TTAC-TG--TTG----CAATA-TATA----TATA-------CAGATTTA---AGGGA-G----AAGC--ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACTGACC---A----T----AAGTT-AACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCATC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAACTGG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTTGTTAAGCTATATATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131120 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-------GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAC-TA--T-G----TCCTAGT-TA----T
gi|131121 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-------GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----AC----C-GG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---G-------AA--CA-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAC-TA--T-G----TCCTAGT-------TATC-------AGGATATC---CGT-A-A----AAGC---------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCCAAGT---A----TGATAAAATT----CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTT-A
gi|131122 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-------GAAAATTATCTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAA-TA--T-G----TCCTAGT-------TATC-------AGGATATC---CGT-A-A----AAGC---------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCCAAGTATGA----T----AAACT-T--CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTC-A
gi|131123 : -AGTACTAACATTAT---ACAAAT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-------GAATAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----------TA--A-CA-ACATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAGGA-----A-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---AT--G---A-------AA--GG---------------------GT---T-TGC---------CAGATGT-GT--AAGTGCT-GAAAATTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-CA--T-G----T
gi|131124 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-------GAACAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAG-A-----A-GG-TA-TTTAAGAG--A-AAGAT--TTGAA-CG---A---C---AT------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--C------AGTGCT-GAAA-TTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-TA--T-G----TCGTATT-TA----C-CA-------TGAACTTA---AA--T-GC---AAAT--ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACCAAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTA-----TTCTTCT---TC-AAT---CAA--ACAAT-AAATCGG-A--A-A-----TTGTTAGATTAAG-----CA----AAT-TTATATCC
gi|131125 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-------GAACAGTATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTC---GAAGTTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAA-----ACAGGAA-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---AT------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--T------AGTGCT-GAAATTA-AAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-TA--T-G----TCCTATTCAC----CAT----------GAACTT---AG--ATGC---AAAT--ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACCAAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTAATCTTC-----T---TC-AAT---CAA----A---AAAT--T-AATC-AGAAA-TTGCTAAATTAAG-----TA----AAT-TTATATCC
gi|131126 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTCTT-G---AAT-AT-------GAATTTTACTTGG-ATTTTATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAA-T----TTA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAAT--C---G-----------TT-T-----T-----------T-GTAGAG-TAT---------GTAA--T-G---GGAGGTTGG----TTGAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTAT-TA--T-G----TTGTCCTACA----TATAGAACAATCAGAAGTA---AA--T-ATATTAAAC--ATAGTGCTTTTCCAAATATTA-A-TAGT--TTTAAAAA
gi|131127 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTTTT-G---AAT-AT-------GAATTTTACTTGG-ATTTCATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAAAT-----TA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAAT--C---GTTTTTGTAG--AG-T-----A-----------T-GTA-AT-GGG---------GGGC--T-G-------GTT--------GAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTAT-TA--T-G----TTGTCCTACA----TATA-------
gi|131128 : ---AAACAGTTTATTTT----------T-------GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAATTAATGCCATT--AGAAAA---C---A-----GTT-----T----ACGT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---T---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---AA--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TGT---------GTTC--C-AT--GAAAGTT-G----TTGAA-ACTGATATCAT---T---TC---TTAC-TA--T-G----TTG
gi|131129 : taaag---AAACAGTTTATTTT----------T-------GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAAATAATGCCATT--AGAAAA---CA--G---T--TA-----A----C-AT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---C---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---AA--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TAT---------GTTC--C-AT--GAAAGTT-G----TTGAAACTGAGTATCAT---T---TC---TTAC-TA--T-G----TTG
gi|131131 : ATC--AGGAAATTTA---G---AAAT------T----CAATTG-TT-AAATT---TAGAACTT---C----TTC---T---CATAATTTAG--AAGTGGAAACTGGA-----A-----G-G---C-ACCAC-------AATA---TTGAT-AT---G---G---AC--CTCAG-------AA-----C-----C-----------T-GTAAAC-TGT---------GCAA--A-AC--TAACGCT-A----TTGAGGACGAGTTTCAT---T---TT---TTAC-TA--T-G----CTGTCCT-TC----T-TA-------C---TCTGTGTTG--A-G----AACTCAATA----TATTCCAACAA--A-A-TA-T--TTTAACAACCC---AACTGTAC---A----T----AAATT-TAATA-----T-----G---AT-TAT-GTCTTC-AAA---AAAC--G-A--TAAA--C-TTATTCAAG-CAG-----TCG--CCTG-TTATATATATTATGCTTTT-TTAAGAAGAAATG-------AACTCAT-TAAG-AACTAAACAAATGTGTATAACATTA
gi|131132 : -AG---A---A---AT--T---G-------AA--AA-TGATTAA-----------T-G---GT-TAT---------GTGA--T-GT--AAATGTT-G----TAGAAGATGATTATCAC---T---CT---TTAC-TG--T-GGTACTGGTATGATAGATGTATA-------AATATTTA---AG--A-G----AA----ATAG---TTTGCCATGTA--A-A-TA-T--CTTAATAATCC---AAATCAAC---A----T----AAAGT-TACCA-----T-----T---TA-TAT-TGCTAC-ATG---GAAT--G-A--A-AA--T-TTGATAAAAGAAG-----TAGAAGAACTTTATCTCCATTTTGCCTTTAAAAAGATGAAAAA-------AA
gi|131133 : atgcaagtttcattgtttgcatgtcctGA---T---CTA-GT---------CAC------A--AGCTCAAAAGAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACA-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-C----TACA--ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-TGAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-AC--C-TT--CAAACTTAGGAAACTAG--CTGC-ATATATCCATTtata
gi|131134 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-
gi|131135 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-
gi|131136 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-
gi|131137 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-
gi|131138 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-ATCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATACGAA-T-AT--AAACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG--T-G----TC---CGAGA----TATG-------CGGATCTG---AG--A-C----TACA--ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-TGAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131139 : TC---T---CAT------T--AACTGTTCATTGAA-----A-----C-AG-TTAGACATA-T--G-AATA---TTGAA-AG---A---A---GT--C---A-------GA--GA-A-----AA----------T-GCTCAT-TAT---------GTAC--C-TT--AGACGAT-G----TAGAAGATGAATATCAT---TTTATT---TTGT-TA--T-G----TC---CTTTC----TATA-------CCGATTGA---AG--G-A----AAGC--CTA----CATTCC--ATA--ATATTA-T--TTTAACAAACC---AAGTGTCT---T----T----AAATT-GATTAATC--T-----T---TTGAAT--ACAA--ATA---AGAA--A-C--C-A-----TTGTTAATAAAGC-----TAG--CAAT-TTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|131130 ): TACACATGACAATTATCTAATGTTGTATCTAAATATTTTGTCTGTTAGAATATTTATAATAGATACTCACTGGCTTCACATAATTTAGAAATTGAAACTGGAAGGCATCATAACATTAGTAAGAACAAGTTTGCAAACTATGTACATCAAATGAAGTTGAGGATGAGTGTCATTTTCTATTATGTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11 111 2222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555 1111 1111 1111111 3333333333333 111111 111 33333333333333333 333333333 111111111 1111 111 111 2222222222222222222 1111111111 111111111 1111 111111111111111 11 11 111 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 2 1 00 2 888 2 666 7 111 6666 88888 44 4 1 1 1 2 777 0 8888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000 2 0 2222 222 222 5555 4444444 999999999 2 1 9999999999999 3 1 666666 3 777 1 4 555 5555555 222 55555555555555 555 4 11111111111111111 1 2 3 555555555 333333333 1 0000 1 555 222 777 1 1 5555555555555555555 1 333 555555 4 2 5555555555 77777 7777 77 11 555 2 2 2 33 0 0 2 333333333 444 1111 5555 66666 333333333333333 2 99 22 333 33 5 1111111111 2 4 22 77777 0 44 3 1 4 8888888 1 3 1 111
lowQualScore : . . .. . ... . ... . ... .... ..... .. . . . . . ... . ......................... ............................... . . .... ... ... .... ....... ......... . . ............. . . ...... . ... . . ... ....... ... .............. ... . ................. . . . ......... ......... . .... . ... ... ... . . ................... . ... ...... . . .......... ..... .... .. .. ... . . . .. . . . ......... ... .... .... ..... ............... . .. .. ... .. . .......... . . .. ..... . .. . . . ....... . . . ...
lowQualScore : 9 5 33 8 888 3 999 5 777 9999 99999 44 4 1 0 0 2 888 5 1111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 1 6 7777 888 888 0000 5555555 000000000 5 0 0000000000000 1 5 777777 1 333 0 4 666 3333333 666 99999999999999 000 4 88888888888888888 5 1 0 666666666 999999999 7 4444 0 666 666 000 5 5 5555555555555555555 8 333 666666 0 0 9999999999 00000 8888 33 44 111 5 5 5 44 4 1 0 888888888 777 3333 7777 66666 777777777777777 7 11 00 000 99 7 8888888888 1 1 00 77777 4 22 1 0 4 6666666 0 2 0 777
consensus : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCGTAC--T----------ATATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
Reference ( family-678 ) : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCGTAC--T----------ATATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131112 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---GAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAAATGAA-----A-----GAGG-TT-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAAATGAGTTTCAC---T---TT---CTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATAAA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAATTTG-----TAG--CACC-TTATCTCCATTGTGCCTTT-AAGAGACAAAAAT-------AAGTTCTATGTGTAACTTGTTAAA---ATATAACACTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAATTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACATACTATGCTATA
gi|131113 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---GTAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCC-AT---GTACTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----AA----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATGAGTTTCAA---T---TT---TTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATATA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AATC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTGATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TATCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGCTAAAATATG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATCATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCAATATGCCCTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTAATATGCTATA
gi|131114 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GTAAAATATCTCG-AT---GTGCTT-------AA---------TATC--AGAACATTTC---G---TTATA-----C----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--A-CTGGAAATTGAA-----A-----GTGG-TC-GTTACA-G--A-TATA---AAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GGTT-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-AT--AAATGTTG----TTGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATATA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AAGT---ATA----TTTGTCAGATA--A-A-TA-C--TTTAA-AATCC-----CCTTAAAC---A----T----AAGTT-TACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC--CATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAGAGAAAATAATTTATATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATACCTTTAAAAATACAAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTATTGTATATGTACTATGCTATA
gi|131115 : TCAAGGCTT-AGTACATAC--TGT---C---GT--T-TT---AAACA-T--TTTTT-T---ACT-CTTGAATCATATCTCG-AT---ACCATAC------AA---------TAAA--AAGAAATT-C---AAAATTGC------T----TTAA-G-TA--GATT---TAGA---TTATCG----TC---A---CAT------A--ATTTGGAAATAGAA-----C-----GCGG-TC-GCTATA-A--C-AACA---TACCT-AG---A---A---A---TGAC-----------AG--GG-T-----A-----------T-GCATAT-TTT---------GTAG--T-TC--AAATATTG----TCGAAAATGAATATCAC---T---TT---CT
gi|131116 : CGAAACTC-AGTACTTAC--TTT---ATAAAG--T-TT---AAACGAT--GTTTT-GCATAATTAT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AC---------TATC--AGATAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAAA---T---CGA--TTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-ATTACA-G--A-AATA---TAGAT-AG---A---G---A---T--C---A-------AA--GG-TT----A-----------T-GAACAT-TGT---------GTGA--T-GT--CAATGTCG----TAGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTATTGT-G-TTGTAA--C----------ATATA-TACA---GATTA--A---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC-TTATCTCCACTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTAACTGTGTAACTAGCTAAG---ACATACCATTATGCCTTCAAAAATACTAAAAGATTTTCTATGTGTAACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATAATATgttagtatgcccaagatacaga
gi|131117 : AAACTT-AGTAC---C--TAT---AGAGA---T-GT---AAAAATT--GATAT-T---AGT-TTAGAAAAATACATGTCAT---GTG-TA-------AA-----------------AAAATATC---A---CCGAA-----TTGCACT-C-A-CA-AGATT---ACGT---T-------GTTCCGCT---CAC------A--AACTTGCCATTGAAG----A-----G-GG-TC-GTTATA-G--A-AATA---TAGAT-AG---ATCAG---A---T--A---G-------AA--AA-T-----G-----------T-ATATAT-TGT---------CAGA--T-G----AATGTAG----TGGAAGACGAATATCAT---T---TTG--TTATTGT---TTGTCC--T----------TTCTA-TAGA---GAT
gi|131118 : AAACT----TATTT----TAT---ACAAACATT-TT---AAACAGT--CGTTT-G---AAT-TC-GAAATTTACCTTA-AT---GTATTACCTTGTAAA---------T-TC--AGAA----------------TA-----C----CTTT-A-AAGAGGTT---AAGA---T---TG---TCC---T---CAC------ATCAGCTGCGCATCGAA-----AC----G-GG-GC-GCTACATGCCA-AATAGGGTCGAC-AG---A---G---A---T--A---T-------GA--GA-T-----A-----------TTGTACTT-TAT---------GTAA--TTGTTCAGATATTG-------ATGATGAGTATCAT---T---TT---GTACT-T-GTTTGTTCTGT----------ATATA-TGCA---AATCT--G--------T----------AAAC---A-A----TACGCCAGTTC--A-T-TT-TTCTTTAAGAAACC---AAGT--GTTT---A----T----AAATA-TATCA-----T-----A---TT-GAT--GCAA--ACA---AAatta
gi|131119 : ACTCGAGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---A---TCTTA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-GTTACA-T--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATAAGTTTCAC---T---TT---TTACTGTTG-CAATA---T----------ATATA-TACA---GATTTAAG---GG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GACC---A----T----AAGTT-AACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCATC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAACTGG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTTGTTAAGCTATATATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131120 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTACTAT-G-TCCTA
gi|131121 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----AC----C-GG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CA-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTACTAT-G-TCCTAG--T-------------TA-TCAG---GATAT--C---CGTA-A----------AAGC----------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGT---A----TGATAAAATT----CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTT-Agttat
gi|131122 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATCTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAATAT-G-TCCTAG--T-------------TA-TCAG---GATAT--C---CGTA-A----------AAGC----------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGTATGA----T----AAACT-T--CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTC-A
gi|131123 : -AGTACTAACATTAT---ACAAAT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAATAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----------TA--A-CA-ACATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAGGA-----A-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---A---T--G---A-------AA--GG---------------------GT---T-TGC---------CAGATGT-GT--AAGTGCTGAAAATTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACCAT-G-T
gi|131124 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAG-A-----A-GG-TA-TTTAAGAG--A-AAGAT--TTGAA-CG---A---C---A---T------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--C------AGTGCTGAAA-TTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACTAT-G-TCGTAT--T-----------TAC--CATG---AACTT--A---AA-T-GC---------AAAT---ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTA-----TTCTTCT---TC-AAT---CAA--ACAAT-AAATCGG-A--A-A-----TTGTTAGATTAAG-----CA----AAT-TTATATCC
gi|131125 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAGTATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTC---GAAGTTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAA-----ACAGGAA-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---A---T------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--T------AGTGCTGAAATTA-AAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACTAT-G-TC---C--T----------ATTCACCATG---AA-CT--T---AG-ATGC---------AAAT---ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTAATCTTC-----T---TC-AAT---CAA----A---AAAT--T-AATC-AGAAA-TTGCTAAATTAAG-----TA----AAT-TTATATCC
gi|131126 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTCTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTTATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAA-T----TTA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---G---AAAAT--C---G-----------TT-T-----T-----------T-GTAGAG-TAT---------GTAA--T-GG--GAG-GTTGG---TTGAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTATTAT-G-TTGTCC--T----------ACATA-TA-GAACAATCA--G---A--A-GTAAATATATTAAAC---ATAGTGCTTTTCCAAATATTA-A-TAGT--TTTAAAAA
gi|131127 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTCATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAAAT-----TA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAA---T--C---GTTTTTGTAG--AG-T-----A-----------T-GTA-AT-GGG---------GGGC--T-G-------GTT-------GAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTATTAT-G-TTGTCC--T----------ACATA-TA
gi|131128 : ---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAATTAATGCCATT--AGAAAA---C---A-----GTT-----T----ACGT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---T---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---A---A--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TGT---------GTTC--C-AT--GAAAGTTG----TTGAA-ACTGATATCAT---T---TC---TTACTAT-G-TTG
gi|131129 : taaag---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAAATAATGCCATT--AGAAAA---CA--G---T--TA-----A----C-AT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---C---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---A---A--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TAT---------GTTC--C-AT--GAAAGTTG----TTGAAACTGAGTATCAT---T---TC---TTACTAT-G-TTG
gi|131131 : ATC--AGGAAATTTA---G---AAAT------T----CAATTG-TT-AAATT---TAGAACTT---C----TTC---T---CATAATTTAG--AAGTGGAAACTGGA-----A-----G-G---C-ACCAC-------AATA---TTGAT-AT---G---G---A---C--CTCAG-------AA-----C-----C-----------T-GTAAAC-TGT---------GCAA--A-AC--TAACGCTA----TTGAGGACGAGTTTCAT---T---TT---TTACTAT-G-CTGTCC--T-----------TCT--TAC------TCT--GTGTTG-A-G----------AA-CTCAATA----TATTCCAACAA--A-A-TA-T--TTTAACAACCC---AACT--GTAC---A----T----AAATT-TAATA-----T-----G---AT-TAT-GTCTTC-AAA---AAAC--G-A--TAAA--C-TTATTCAAG-CAG-----TCG--CCTG-TTATATATATTATGCTTTT-TTAAGAAGAAATG-------AACTCAT-TAAG-AACTAAACAAATGTGTATAACATTA
gi|131132 : -AG---A---A---A---T--T---G-------AA--AA-TGATTAA-----------T-G---GT-TAT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATGATTATCAC---T---CT---TTACTGT-G---GTAC--TGGTATGATAGATGTA-TAAA---TATTT--A---AG-A-G----------AA-----ATAG---TTTGCCATGTA--A-A-TA-T--CTTAATAATCC---AAAT--CAAC---A----T----AAAGT-TACCA-----T-----T---TA-TAT-TGCTAC-ATG---GAAT--G-A--A-AA--T-TTGATAAAAGAAG-----TAGAAGAACTTTATCTCCATTTTGCCTTTAAAAAGATGAAAAA-------AA
gi|131133 : atgcaagtttcattgtttgcatgtcctGA---T---CTA-GT---------CAC------A--AGCTCAAAAGAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACA-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-C----------TACA---ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-AC--C-TT--CAAACTTAGGAAACTAG--CTGC-ATATATCCATTtata
gi|131134 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131135 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131136 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131137 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131138 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-ATCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATACGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-C----------TACA---ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131139 : TC---T---CAT------T--AACTGTTCATTGAA-----A-----C-AG-TTAGACATA-T--G-AATA---TTGAA-AG---A---A---G---T--C---A-------GA--GA-A-----AA----------T-GCTCAT-TAT---------GTAC--C-TT--AGACGATG----TAGAAGATGAATATCAT---TTTATT---TTGTTAT-G-TC---C--T----------TTCTA-TACC---GATTG--A---AG-G-A----------AAGC---CTA----CATTCC--ATA--ATATTA-T--TTTAACAAACC---AAGT--GTCT---T----T----AAATT-GATTAATC--T-----T---TTGAAT--ACAA--ATA---AGAA--A-C--C-A-----TTGTTAATAAAGC-----TAG--CAAT-TTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|131130 ): TACACATGACAATTATCTAATGTTGTATCTAAATATTTTGTCTGTTAGAATATTTATAATAGATACTCACTGGCTTCACATAATTTAGAAATTGAAACTGGAAGGCATCATAACATTAGTAAGAACAAGTTTGCAAACTATGTACATCAAATGAAGTTGAGGATGAGTGTCATTTTCTATTATGTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11 111 2222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555 1111 1111 1111111 3333333333333 111111 111 33333333333333333 333333333 111111111 1111 111 111 2222222222222222222 1111111111 111111111 1111 111111111111111 11 11 111 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 2 1 00 2 888 2 666 7 111 6666 88888 44 4 1 1 1 2 777 0 8888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000 2 0 2222 222 222 5555 4444444 999999999 2 1 9999999999999 3 1 666666 3 777 1 4 555 5555555 222 55555555555555 555 4 11111111111111111 1 2 3 555555555 333333333 1 0000 1 555 222 777 1 1 5555555555555555555 1 333 555555 4 2 5555555555 77777 7777 77 11 555 2 2 2 33 0 0 2 333333333 444 1111 5555 66666 333333333333333 2 99 22 333 33 5 1111111111 2 4 22 77777 0 44 3 1 4 8888888 1 3 1 111
lowQualScore : . . .. . ... . ... . ... .... ..... .. . . . . . ... . ......................... ............................... . . .... ... ... .... ....... ......... . . ............. . . ...... . ... . . ... ....... ... .............. ... . ................. . . . ......... ......... . .... . ... ... ... . . ................... . ... ...... . . .......... ..... .... .. .. ... . . . .. . . . ......... ... .... .... ..... ............... . .. .. ... .. . .......... . . .. ..... . .. . . . ....... . . . ...
lowQualScore : 9 5 33 8 888 3 999 5 777 9999 99999 44 4 1 0 0 2 888 5 1111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 1 6 7777 888 888 0000 5555555 000000000 5 0 0000000000000 1 5 777777 1 333 0 4 666 3333333 666 99999999999999 000 4 88888888888888888 5 1 0 666666666 999999999 7 4444 0 666 666 000 5 5 5555555555555555555 8 333 666666 0 0 9999999999 00000 8888 33 44 111 5 5 5 44 4 1 0 888888888 777 3333 7777 66666 777777777777777 7 11 00 000 99 7 8888888888 1 1 00 77777 4 22 1 0 4 6666666 0 2 0 777
consensus : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCGTAC--T----------ATATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
Reference ( family-678 ) : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCGTAC--T----------ATATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131112 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---GAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAAATGAA-----A-----GAGG-TT-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAAATGAGTTTCAC---T---TT---CTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATAAA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAATTTG-----TAG--CACC-TTATCTCCATTGTGCCTTT-AAGAGACAAAAAT-------AAGTTCTATGTGTAACTTGTTAAA---ATATAACACTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAATTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACATACTATGCTATA
gi|131113 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---GTAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCC-AT---GTACTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----AA----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATGAGTTTCAA---T---TT---TTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATATA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AATC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTGATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TATCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGCTAAAATATG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATCATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCAATATGCCCTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTAATATGCTATA
gi|131114 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GTAAAATATCTCG-AT---GTGCTT-------AA---------TATC--AGAACATTTC---G---TTATA-----C----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--A-CTGGAAATTGAA-----A-----GTGG-TC-GTTACA-G--A-TATA---AAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GGTT-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-AT--AAATGTTG----TTGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTACTGT-G-TTGTAA--T----------ATATA-TACA---GATTT--A---AG-A-G----------AAGT---ATA----TTTGTCAGATA--A-A-TA-C--TTTAA-AATCC-----CCTTAAAC---A----T----AAGTT-TACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC--CATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAGAGAAAATAATTTATATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATACCTTTAAAAATACAAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTATTGTATATGTACTATGCTATA
gi|131115 : TCAAGGCTT-AGTACATAC--TGT---C---GT--T-TT---AAACA-T--TTTTT-T---ACT-CTTGAATCATATCTCG-AT---ACCATAC------AA---------TAAA--AAGAAATT-C---AAAATTGC------T----TTAA-G-TA--GATT---TAGA---TTATCG----TC---A---CAT------A--ATTTGGAAATAGAA-----C-----GCGG-TC-GCTATA-A--C-AACA---TACCT-AG---A---A---A---TGAC-----------AG--GG-T-----A-----------T-GCATAT-TTT---------GTAG--T-TC--AAATATTG----TCGAAAATGAATATCAC---T---TT---CT
gi|131116 : CGAAACTC-AGTACTTAC--TTT---ATAAAG--T-TT---AAACGAT--GTTTT-GCATAATTAT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AC---------TATC--AGATAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAAA---T---CGA--TTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-ATTACA-G--A-AATA---TAGAT-AG---A---G---A---T--C---A-------AA--GG-TT----A-----------T-GAACAT-TGT---------GTGA--T-GT--CAATGTCG----TAGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTATTGT-G-TTGTAA--C----------ATATA-TACA---GATTA--A---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC-TTATCTCCACTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTAACTGTGTAACTAGCTAAG---ACATACCATTATGCCTTCAAAAATACTAAAAGATTTTCTATGTGTAACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATAATATgttagtatgcccaagatacaga
gi|131117 : AAACTT-AGTAC---C--TAT---AGAGA---T-GT---AAAAATT--GATAT-T---AGT-TTAGAAAAATACATGTCAT---GTG-TA-------AA-----------------AAAATATC---A---CCGAA-----TTGCACT-C-A-CA-AGATT---ACGT---T-------GTTCCGCT---CAC------A--AACTTGCCATTGAAG----A-----G-GG-TC-GTTATA-G--A-AATA---TAGAT-AG---ATCAG---A---T--A---G-------AA--AA-T-----G-----------T-ATATAT-TGT---------CAGA--T-G----AATGTAG----TGGAAGACGAATATCAT---T---TTG--TTATTGT---TTGTCC--T----------TTCTA-TAGA---GAT
gi|131118 : AAACT----TATTT----TAT---ACAAACATT-TT---AAACAGT--CGTTT-G---AAT-TC-GAAATTTACCTTA-AT---GTATTACCTTGTAAA---------T-TC--AGAA----------------TA-----C----CTTT-A-AAGAGGTT---AAGA---T---TG---TCC---T---CAC------ATCAGCTGCGCATCGAA-----AC----G-GG-GC-GCTACATGCCA-AATAGGGTCGAC-AG---A---G---A---T--A---T-------GA--GA-T-----A-----------TTGTACTT-TAT---------GTAA--TTGTTCAGATATTG-------ATGATGAGTATCAT---T---TT---GTACT-T-GTTTGTTCTGT----------ATATA-TGCA---AATCT--G--------T----------AAAC---A-A----TACGCCAGTTC--A-T-TT-TTCTTTAAGAAACC---AAGT--GTTT---A----T----AAATA-TATCA-----T-----A---TT-GAT--GCAA--ACA---AAatta
gi|131119 : ACTCGAGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---A---TCTTA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A-----G-GGGTC-GTTACA-T--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-TT----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATAAGTTTCAC---T---TT---TTACTGTTG-CAATA---T----------ATATA-TACA---GATTTAAG---GG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GACC---A----T----AAGTT-AACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCATC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAACTGG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTTGTTAAGCTATATATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131120 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTACTAT-G-TCCTA
gi|131121 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----AC----C-GG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CA-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTACTAT-G-TCCTAG--T-------------TA-TCAG---GATAT--C---CGTA-A----------AAGC----------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGT---A----TGATAAAATT----CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTT-Agttat
gi|131122 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATCTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A-----CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------A---T--T---G-------AA--CG-T-----AACTTGCGTTATT-GTACTC-TAT---------GTAA--C-TT--TAACGACA----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAATAT-G-TCCTAG--T-------------TA-TCAG---GATAT--C---CGTA-A----------AAGC----------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGTATGA----T----AAACT-T--CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTC-A
gi|131123 : -AGTACTAACATTAT---ACAAAT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAATAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----------TA--A-CA-ACATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAGGA-----A-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---A---T--G---A-------AA--GG---------------------GT---T-TGC---------CAGATGT-GT--AAGTGCTGAAAATTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACCAT-G-T
gi|131124 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAG-A-----A-GG-TA-TTTAAGAG--A-AAGAT--TTGAA-CG---A---C---A---T------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--C------AGTGCTGAAA-TTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACTAT-G-TCGTAT--T-----------TAC--CATG---AACTT--A---AA-T-GC---------AAAT---ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTA-----TTCTTCT---TC-AAT---CAA--ACAAT-AAATCGG-A--A-A-----TTGTTAGATTAAG-----CA----AAT-TTATATCC
gi|131125 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAGTATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTC---GAAGTTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAA-----ACAGGAA-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---A---T------G-------AAAGGG-T-----T-----------T-GC-CAGATGT---------GTGA--T------AGTGCTGAAATTA-AAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTACTAT-G-TC---C--T----------ATTCACCATG---AA-CT--T---AG-ATGC---------AAAT---ATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTAATCTTC-----T---TC-AAT---CAA----A---AAAT--T-AATC-AGAAA-TTGCTAAATTAAG-----TA----AAT-TTATATCC
gi|131126 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTCTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTTATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAA-T----TTA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---G---AAAAT--C---G-----------TT-T-----T-----------T-GTAGAG-TAT---------GTAA--T-GG--GAG-GTTGG---TTGAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTATTAT-G-TTGTCC--T----------ACATA-TA-GAACAATCA--G---A--A-GTAAATATATTAAAC---ATAGTGCTTTTCCAAATATTA-A-TAGT--TTTAAAAA
gi|131127 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTCATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAAAT-----TA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACT---G-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAA---T--C---GTTTTTGTAG--AG-T-----A-----------T-GTA-AT-GGG---------GGGC--T-G-------GTT-------GAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTATTAT-G-TTGTCC--T----------ACATA-TA
gi|131128 : ---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAATTAATGCCATT--AGAAAA---C---A-----GTT-----T----ACGT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---T---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---A---A--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TGT---------GTTC--C-AT--GAAAGTTG----TTGAA-ACTGATATCAT---T---TC---TTACTAT-G-TTG
gi|131129 : taaag---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAAATAATGCCATT--AGAAAA---CA--G---T--TA-----A----C-AT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---C---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA-----A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---A---A--A---A-------TA--GGCT-----A-----------T-GTAAAT-TAT---------GTTC--C-AT--GAAAGTTG----TTGAAACTGAGTATCAT---T---TC---TTACTAT-G-TTG
gi|131131 : ATC--AGGAAATTTA---G---AAAT------T----CAATTG-TT-AAATT---TAGAACTT---C----TTC---T---CATAATTTAG--AAGTGGAAACTGGA-----A-----G-G---C-ACCAC-------AATA---TTGAT-AT---G---G---A---C--CTCAG-------AA-----C-----C-----------T-GTAAAC-TGT---------GCAA--A-AC--TAACGCTA----TTGAGGACGAGTTTCAT---T---TT---TTACTAT-G-CTGTCC--T-----------TCT--TAC------TCT--GTGTTG-A-G----------AA-CTCAATA----TATTCCAACAA--A-A-TA-T--TTTAACAACCC---AACT--GTAC---A----T----AAATT-TAATA-----T-----G---AT-TAT-GTCTTC-AAA---AAAC--G-A--TAAA--C-TTATTCAAG-CAG-----TCG--CCTG-TTATATATATTATGCTTTT-TTAAGAAGAAATG-------AACTCAT-TAAG-AACTAAACAAATGTGTATAACATTA
gi|131132 : -AG---A---A---A---T--T---G-------AA--AA-TGATTAA-----------T-G---GT-TAT---------GTGA--T-GT--AAATGTTG----TAGAAGATGATTATCAC---T---CT---TTACTGT-G---GTAC--TGGTATGATAGATGTA-TAAA---TATTT--A---AG-A-G----------AA-----ATAG---TTTGCCATGTA--A-A-TA-T--CTTAATAATCC---AAAT--CAAC---A----T----AAAGT-TACCA-----T-----T---TA-TAT-TGCTAC-ATG---GAAT--G-A--A-AA--T-TTGATAAAAGAAG-----TAGAAGAACTTTATCTCCATTTTGCCTTTAAAAAGATGAAAAA-------AA
gi|131133 : atgcaagtttcattgtttgcatgtcctGA---T---CTA-GT---------CAC------A--AGCTCAAAAGAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACA-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-C----------TACA---ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-AC--C-TT--CAAACTTAGGAAACTAG--CTGC-ATATATCCATTtata
gi|131134 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131135 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131136 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131137 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATGCGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-
gi|131138 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A-----CTGG-TC-ATCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---A---C--C---G-------AA--AG-T-----G-----------T-ACATAT-TGTTATATTCATACGAA-T-AT--AAACGTTA----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTCTGT-G-TC---C--G----------AGATA-TGCG---GATCT--G---AG-A-C----------TACA---ATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131139 : TC---T---CAT------T--AACTGTTCATTGAA-----A-----C-AG-TTAGACATA-T--G-AATA---TTGAA-AG---A---A---G---T--C---A-------GA--GA-A-----AA----------T-GCTCAT-TAT---------GTAC--C-TT--AGACGATG----TAGAAGATGAATATCAT---TTTATT---TTGTTAT-G-TC---C--T----------TTCTA-TACC---GATTG--A---AG-G-A----------AAGC---CTA----CATTCC--ATA--ATATTA-T--TTTAACAAACC---AAGT--GTCT---T----T----AAATT-GATTAATC--T-----T---TTGAAT--ACAA--ATA---AGAA--A-C--C-A-----TTGTTAATAAAGC-----TAG--CAAT-TTA
blockSeqs : G T AT A TTA T CAT G TTA GTTT GCAT TA T A G C C TTT AAAAATTAATGCCATT TCACCGAATTGCACTCA G ACGC ACT TAT GATG CGCT AATTTAG C G ACAGGAA G A CATGCC T GGG A C GCA TCAG AAA CGTTTTTGT AGG T AACTTGCGTTAT T C A TATATTCAT TTGTTCA T AAAA GTA TTA GTG T T GTACTGGTATGATAGAT C AAC GTGT T T TAAATATATT CTCA GTGC GC GA ATT T T G TC T GTAGACC ATG TGTT GATA AGAAG TTCTTCT G CA CT ACT CG T ATCAGAAA C A AT GAAAC AA T C A AGAAAAT C A T TGT
blockSeqs : . T AT A TTA T G G TTA GTTT AG A A A A C . TTC AAAAAATAATGCCATT CAAAATTGCTTTAAG . ACGC . . GATG TAGT ATC T G ACAGGAA G . AGAG T C A C GCA GAAA . CTCAG AGG C AACTTGCGTTAT . C A TATATTCAT TGTGTA T AAAT GTA . GTG . . GTTCTGTAT . . AAG T . C TC G GT GA A . . . . T GTAGACC . TGTT . AGAAG ATCTTCT . CA CT ACT . T TTCAGTC A C CT . . . C . . A A T .
blockSeqs : . A AT G . T G G TTA AT AG A . T A C . . ACCTTGTAAATTC TCGTCATATCTATG . ACGC . . GATG TAGT G C G TTTGGAA . . AGAG . T A C GCA G . GAC G C AACTTGCGTTAT . T . TATATTCAT ATATA T AAA GTA . GTG . . GTAATAT . . A . . C GT . GC GA A . . . . T AACT . . . TATC TTGAG . G C AT . . TTCAGTC A C CT . . . C . . A C A .
blockSeqs : . T . T . G T . . AT AG C . A G C . . ACAATAAA TCGTTATACCTATG . C . . GATG TAGT G A G TTTGGAA . . AGAG . C A . GCA G . CG G . GATTAA . C . TATATTCAT ATATA T G GTA . GTA . . GTAATAT . . A . . . GC . GC GT A . . . . A CCTT . . . TACA TTGAG . G C . . . TAAAC A A TG . . . C . . C A T .
blockSeqs : . T . A . C G . . AT G T . A A G . . AAATATC TCGTCATATCTATG . C . . GATG TAGT A G T ACAGAA . . CAG . . A . GCA A . CG G . AA . T . TATATTCAT ATATA T . GTA . GTA . . GTAACAT . . A . . . AC . GC GA C . . . . T AACT . . . TACC ATCTT . G C . . . CAGT T A TT . . . A . . A . A .
blockSeqs : . T . A . T G . . TT G T . A T T . . TAATATC TCATCTTATCTATG . T . . GAG TAGT G C G ACTG . . CAG . . C . GCA G . CA G . TA . C . TATATTCAT ATATA T . GTA . GTA . . GTCCTTT . . G . . . GC . AT AA A . . . . T AAGT . . . TATC TT . G C . . . CAGT T A TT . . . A . .
blockSeqs : . G . A . T A . . GT T A . A G C . . AACTATC AAGAATTCCTATGT . C . . GAG T A G G ACTG . . TAA . . A . . G . AG A . TA . C . . ATATA T . . . G . . GTCCTAC . . C . . . GC . AT AA A . . . . T AACT . . . AACA TT . G A . . . CAGT T C AA . . . A .
blockSeqs : . G . A . T A . . AT T T . A T A . . AAATATC AAGAATTCCTATGT . A . . GAG T G G G AGT . . CAG . . A . . G . AT G . AA . C . . ATATA C . . . . . . GTCCTAC . . C . . . GC . TC AA A . . . . C GGCC . . . TATT TT . T A . . . CAGT C A AA . . . A .
blockSeqs : . G . A . T A . . CT G T . A T A . . AAGCACC AAGAATTCCTATGT . A . . ATC A C G G CGC . . TAG . . A . . C . CG G . A . C . . TGTA C . . . . . . ATATAT . . A . . . AT . TC AC A . . . . T GGCC . . . TATT TA . . C . . . AAAT T A CA . . . A
blockSeqs : . T . A . C T . . CT G T . A T A . . AAGCACC TCGAAGTTGTATAA . C . . ATC T C T G GAG . . CAT . . A . . C . TG C . A . C . . TATA C . . . . . . GTATTT . . T . . . AT . GC TG A . . . . T AACT . . . TAAT TT . . C . . . CACC A A AA . . . C
blockSeqs : . T . A . C T . . CT G A . T A A . . AAGCACC TCGAAGTTGTATTA . A . . ATC T C T A ACG . . CAC . . T . . C . TG C . G . C . . TTCA T . . . . . . GTCCTT . . G . . . AC . TC A A . . . . T AAAT . . . TACC TG . . . . . . AA T . TA . . . A
blockSeqs : . T . A . C T . . AT G A . C A A . . AAATGAA TCGAAGTTGTATTA . A . . GAG T A T A ACC . . CAC . . T . . G . TG C . A . C . . TGTC T . . . . . . CTAGT . . A . . . CA . A A . . . . . A AAGT . . . GATT TT . . . . . . CA . . AG . . .
blockSeqs : . . . . . G A . . AT G A . C G A . . AAATGAA CCGTAAAAATTTAA . A . . GAG A A T A ACC . . CAA . . T . . G . GA G . T . G . . TGTA T . . . . . . CTAGT . . G . . . CA . A G . . . . . . GGT . . . TC TT . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . . T G A . T T G . . TCCA CCGTAAAAAATTAA . T . . AAG A A T A ACC . . CGA . . A . . G . CG T . T . A . . CTTT A . . . . . . CTAT . . G . . . GC . . G . . . . . . GGT . . . C TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A G A . T T G . . TCCA TAGAAATTCAATTG . T . . AAG A A T A ACT . . CGA . . A . . G . AA A . T . A . . CTTT A . . . . . . CGAG . . G . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . G T A . . TCCA CAGTTTACGTG . T . . TAG T A T A ACT . . CGA . . A . . A . AA G . A . A . . CTTT C . . . . . . CGAG . . G . .
blockSeqs : . A . . . G T A . . AAA CAGTTAACATG . T . . GA T G A A ACT . . CGA . . A . . G . TG G . A . T . . TGGG T . . . . . . CGAG . . G . .
blockSeqs : TACCTTTA . T . . G T G G G ACT . . CGA . . T . . G . CG A . A . T . . CATG C . . . . . . CGAG . . G . .
blockSeqs : . . G G A G C ACT . . TAT . . T . . G . CG A . C . T . . CATG C . . . . . . CGAG . . A . .
blockSeqs : . . G G A G C ACT . . TG . . T . . G . CG A . G . T . . AACT C . . . . . . CGAG . .
blockSeqs : . . . T A G C AG . . TG . . T . . G . CG A . G . T . . TGTA C . . . . . . CTTT .
blockSeqs : . . . C A G C AG . . TG . . T . . G . CG A . G . T . . CTTA C . . . . . .
blockSeqs : . . . T A G C AG . . C . . T . . A . CG A . G . C . . TG C . . . . . .
blockSeqs : . . . T A A C AG . . . . . T . . . . CA A . G . . . . TG C . . . . . .
blockSeqs : . T . G AC . . . . . T . . . . G G . G . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqCons : G**************** CTAT*************** G*
originalCons : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-T-----A-----------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCGTAC--T----------ATATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
finalCons : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A-----G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---A---T--C---G-------AA--GG-TG----------------T-GTACAT-TGT---------GTGA--T-GT--AAACGTTG----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTACTGT-G-TCCTAT---------------ATA-TACG---GATCT--G---AG-A-G----------AAGC---ATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AATG-GCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|131130 ): TACACATGACAATTATCTAATGTTGTATCTAAATATTTTGTCTGTTAGAATATTTATAATAGATACTCACTGGCTTCACATAATTTAGAAATTGAAACTGGAAGGCATCATAACATTAGTAAGAACAAGTTTGCAAACTATGTACATCAAATGAAGTTGAGGATGAGTGTCATTTTCTATTATGTTGTA
Alignments
lowQualScore : 11 111 2222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555 1111 1111 1111111 3333333333 111111 11111111111 22222222222222222 1111 333333333 1111111111111 111 111 11111111111111111111 1111111111111111 111111111 1111 111111111111111 11 11 111 1111111111 1111111 111
lowQualScore : 2 1 00 2 888 2 666 7 111 6666 88888 44 4 1 1 1 2 777 0 8888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000 2 0 2222 222 222 5555 4444444 999999999 2 1 9999999999 3 1 666666 3 777 1 4 66666666666 888888 3 4 33333333333333333 1 0000 1 777777777 22 3333333333333 2 1 5555 1 555 222 999 1 999 444 222 55555555555555555555 55 333 22 7777777777777777 88888 7777 77 11 555 2 2 2 33 0 0 2 333333333 444 1111 5555 66666 333333333333333 2 99 22 333 33 5 1111111111 2 4 22 77777 0 44 3 1 4 8888888 1 3 1 111
lowQualScore : . . .. . ... . ... . ... .... ..... .. . . . . . ... . ......................... ............................... . . .... ... ... .... ....... ......... . . .......... . . ...... . ... . . ........... ...... . . ................. . .... . ......... .. ............. . . .... . ... ... ... . ... ... ... .................... .. ... .. ................ ..... .... .. .. ... . . . .. . . . ......... ... .... .... ..... ............... . .. .. ... .. . .......... . . .. ..... . .. . . . ....... . . . ...
lowQualScore : 9 5 33 8 888 3 999 5 777 9999 99999 44 4 1 0 0 2 888 5 1111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666 1 6 7777 888 888 0000 5555555 000000000 5 0 0000000000 1 5 777777 1 333 0 4 11111111111 999999 6 4 00000000000000000 5 7777 5 666666666 00 8888888888888 1 5 7777 0 666 666 666 5 333 111 999 66666666666666666666 99 333 88 4444444444444444 11111 8888 33 44 111 5 5 5 44 4 1 0 888888888 777 3333 7777 66666 777777777777777 7 11 00 000 99 7 8888888888 1 1 00 77777 4 22 1 0 4 6666666 0 2 0 777
consensus : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A--G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGG-T-----G-----------T-GTAC---AT-TGT---------GCG--A-T-GT--A-----AACGTT-G----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTAC-TG---TG---TC---C----T----------A---TATA--TACG---GATCT--GAG---A-G----------AA----GCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
Reference ( family-678 ) : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAN--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAAAANTATCTNG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCGTA-----T----CTAT-G-CA-AGATT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAC------G--ANCTGGAAATTGAA-----A--G-GG-TC-GTTACG-G--A-AATA---TNGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGG-T-----G-----------T-GTAC---AT-TGT---------GTG--A-T-GT--A-----AACGTT-G----TAGAAGACGAATATCAT---T---TT---TTAC-TG---TG---TC---C----T----------A---TATA--TACG---GATCT--GAG---A-G----------AA----GCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---GACC--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGNTAAAATNNG-----TAG--CAAC-TTATNTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTNTATGTGTNACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131112 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---GAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAAATGAA-----A--GAGG-TT-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGG-TT----A-----------T-GTAC---AT-TGT---------GTG--A-T-GT--A-----AATGTT-G----TAGAAAATGAGTTTCAC---T---TT---CTAC-TG---TG---TT---G----T----------AA--TATAAATACA---GATTT--AAG---A-G----------AA----GCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAATTTG-----TAG--CACC-TTATCTCCATTGTGCCTTT-AAGAGACAAAAAT-------AAGTTCTATGTGTAACTTGTTAAA---ATATAACACTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAATTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATACATACTATGCTATA
gi|131113 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---GTAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCC-AT---GTACTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A--G-GG-TC-GTTACA-G--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGG-T-----AA----------T-GTAC---AT-TGT---------GTG--A-T-GT--A-----AATGTT-G----TAGAAGATGAGTTTCAA---T---TT---TTAC-TG---TG---TT---G----T----------AATATATA--TACA---GATTT--AAG---A-G----------AA----TCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTGATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TATCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGCTAAAATATG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATCATGCCTTT-AAGAGACGAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCAATATGCCCTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTAATATGCTATA
gi|131114 : TCGAAACTC-AGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GTAAAATATCTCG-AT---GTGCTT-------AA---------TATC--AGAACATTTC---G---TTATA-----C----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--A-CTGGAAATTGAA-----A--GTGG-TC-GTTACA-G--A-TATA---AAGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGGTT-----A-----------T-GTAC---AT-TGT---------GTG--A-T-AT--A-----AATGTT-G----TTGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTAC-TG---TG---TTGTAA----T----------A---TATA--TACA---GATTT--AAG---A-G----------AA----GTATA----TTTGTCAGATA--A-A-TA-C--TTTAA-AATCC-----CCTTAAAC---A----T----AAGTT-TACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC--CATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACGAAAAGAGAAAATAATTTATATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATACCTTTAAAAATACAAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAGCTATACATTATTGTATATGTACTATGCTATA
gi|131115 : TCAAGGCTT-AGTACATAC--TGT---C---GT--T-TT---AAACA-T--TTTTT-T---ACT-CTTGAATCATATCTCG-AT---ACCATAC------AA---------TAAA--AAGAAATT-C---AAAATTGC------T----TTAA-G-TA--GATT---TAGA---TTATCG----TC---A---CAT------A--ATTTGGAAATAGAA-----C--GCGG-TC-GCTATA-A--C-AACA---TACCT-AG---A---A---ATGAC----AGGG-T-----A-----------T-GCAT---AT-TTT---------GTA--G-T-TC--A-----AATATT-G----TCGAAAATGAATATCAC---T---TTCTGTTAG-TA---TG---CC---C----A----------A---GATA--CA
gi|131116 : CGAAACTC-AGTACTTAC--TTT---ATAAAG--T-TT---AAACGAT--GTTTT-GCATAATTAT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AC---------TATC--AGATAATTTC---G---TCATA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAAA---T---CGA--TTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A--G-GGGTC-ATTACA-G--A-AATA---TAGAT-AG---A---G---AT--C---AAAGG-TT----A-----------T-GAAC---AT-TGT---------GTG--A-T-GT--C-----AATGTC-G----TAGAAGATGAGTTTCAC---T---TT---TTAT-TG---TG---TT---G----T----------AACATATA--TACA---GATTA--AAG---A-G----------AA----GCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GAAC---A----T----AAGTT-TACCA-----T-----T---TT-AAT-GGCAAC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATCAAATCTG-----TAG--CAAC-TTATCTCCACTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTAACTGTGTAACTAGCTAAG---ACATACCATTATGCCTTCAAAAATACTAAAAGATTTTCTATGTGTAACTAGTTAAGCTATACATTAATGTATATGTACTATAATATga
gi|131117 : AAACTT-AGTAC---C--TAT---AGAGA---T-GT---AAAAATT--GATAT-T---AGT-TTAGAAAAATACATGTCAT---GTG-TA-------AA-----------------AAAATATC---A---CCGAA-----TTGCACT-C-A-CA-AGATT---ACGT---T-------GTTCCGCT---CAC------A--AACTTGCCATTGAAG----A--G-GG-TC-GTTATA-G--A-AATA---TAGAT-AG---ATCAG---AT--A---GAAAA-T-----G-----------T-ATAT---AT-TGT---------CAG--A-T-G---------AATGTA-G----TGGAAGACGAATATCAT---T---TTG--TTAT-TGTT-TG---TC---C----T----------T---TCTA--TAGA---GAT
gi|131118 : AAACT----TATTT----TAT---ACAAACATT-TT---AAACAGT--CGTTT-G---AAT-TC-GAAATTTACCTTA-AT---GTATTACCTTGTAAA---------T-TC--AGAA----------------TA-----C----CTTT-A-AAGAGGTT---AAGA---T---TG---TCC---T---CAC------ATCAGCTGCGCATCGAA-----AC-G-GG-GC-GCTACATGCCA-AATAGGGTCGAC-AG---A---G---AT--A---TGAGA-T-----A-----------TTGTAC---TT-TAT---------GTA--A-TTGTTCA-----GATATT-G-------ATGATGAGTATCAT---T---TT---GTACTTGTT-TG---TT---CTG--T----------A---TATA--TGCA---AATCT--G-------T----------AA----ACA-A----TACGCCAGTTC--A-T-TT-TTCTTTAAGAAACC---AAGT--GTTT---A----T----AAATA-TATCA-----T-----A---TT-GAT--GCAA--ACA---AAatta
gi|131119 : ACTCGAGTACTTAC--TAT---ATAAAG--T-TT---AAACAAT--GTTTT-G---CAT-AT-GAAAAGTATCTCG-AT---GTGCTA-------AA---------TATC--AGAAAATTTC---A---TCTTA-----T----CTAT-G-CA-AGCTT---CAGA---T---CGA-GTTC---T---CAT------G--ACCTGGAAATTGAA-----A--G-GGGTC-GTTACA-T--A-AATA---TAGAA-AG---A---G---AT--C---GAAGG-TT----A-----------T-GTAC---AT-TGT---------GTG--A-T-GT--A-----AATGTT-G----TAGAAGATAAGTTTCAC---T---TT---TTAC-TG---T----TG---CAATAT----------A---TATA--TACA---GATTTAAGGG---A-G----------AA----GCATA----TTTGCCAGATA--A-A-TA-T--TTTAATAATCC---AACT--GACC---A----T----AAGTT-AACAA-----T-----T---TT-AAT-GGCATC-ACA---AAAT--G-A--C-AG--T-TTGATAAAACTGG-----TAG--CAAC-TTATCTCCATTATGCCTTT-AAGAGACAAAAAG-------AAGTTCTATGTGTTACTAGTTAAA---ATATACCATTATGCCTTCAAAAATACGAAAAGAAGTTCTATGTGTTACTTGTTAAGCTATATATTAATGTATATGTACTATGCTATA
gi|131120 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----AC-C-GG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---GAACG-T-----AACTTGCGTTATT-GTAC---TC-TAT---------GTA--A-C-TT--T-----AACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAC-TA---TG---TC---C----T----------A---
gi|131121 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATTTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A--CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---GAACA-T-----AACTTGCGTTATT-GTAC---TC-TAT---------GTA--A-C-TT--T-----AACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAC-TA---TG---TC---C----T----------A---GTTA--TCAG---GATAT--CCGT--A-A----------AA----GC-------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGT---A----TGATAAAATT----CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTT-Agttat
gi|131122 : TC-ACTATGTAC--T-T---ATAAAA--TGTT---AAAAACT--ACTTTAG---AAT-TC-GAAAATTATCTAG-AT---ATGCT---------------------TCCAAGAAAATTAA---GAATTC-------------CTAT-GTCA-AGATT---AAGA---T---TAT-CTTC---A---CAT------C--AGTTGAAAGTTGAA-----A--CCGG-TC-GTTATG--------CA---CAGAACAG---A-------AT--T---GAACG-TAACTTG-----------C-GT-T---AT-TGT---------ACTCTA-T-GT--AACTTTAACGAC-A----TAGAAGATGAATACCAT---T---TTGTGTTAA-TA---TG---TC---C----T----------A---GTTA--TCAG---GATAT--CCGT--A-A----------AA----GC-------TTTATTAAAT---C-A-TA-T--TATTATAA-AC---GGCC--AAGTATGA----T----AAACT-T--CA-----T-----TGAGTT-AAT--GCAAA-GTA---AGAA--GTATTC-AG--TCTTGTT-AAATTTG-----T-G--TAAG-TT-TATTCATCAAGCTTTC-A
gi|131123 : -AGTACTAACATTAT---ACAAAT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAATAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----------TA--A-CA-ACATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAGGA--A-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---AT------GAAAG-G-----G-----------T-TTGCCAGATGTGTAA-------GTG--C-T-GA--A-----AA--TT--------GAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-CA---TG---T
gi|131124 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAATATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAG-A--A-GG-TA-TTTAAGAG--A-AAGAT--TTGAA-CG---A---C---AT------GAAAG-G-----G-----------T-TTGCCAGA--TGT---------GTG--A-C-----------AGTGCT-GAAA-TTGAAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-TA---TG---TC---G----T----------A---TTTAC-CATG---AACTT--AAA---T-GC---------AA----ATATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTA-----TTCTTCT---TC-AAT---CAA--ACAAT-AAATCGG-A--A-A-----TTGTTAGATTAAG-----CA----AAT-TTATATCC
gi|131125 : -AGTATTAACATTAT---ACAATT--T-TTTTAAAACAA---ACTTT-G---AAT-AT-GAACAGTATTTAA-AT---ATGTTA-------AG---------CACC--AGAAAGTTTCGAAG---TTGTA-----T-------T-A-CA-AGATTACGCATA---T---C----TTC---T---CAC------A--ATTTAAGAATTGAAACAGGA--A-GG-TA-TTCAAGAG--A-AAGAC--TTGAA-CG---A---C---AT------GAAAG-G-----G-----------T-TTGCCAGA--TGT---------GTG--A-T-----------AGTGCT-GAAATTA-AAGACGAATTTCAT---T---TTGTATTAC-TA---TG---TC---C----T----------A---TTCAC-CATG---AA-CT--TAG---ATGC---------AA----ATATA----TTC-----ATA--A-G-CA-T--T---AT-ATCCGTAGACC--AAAT---ATGTTT----AAGTT-TATTAATCTTC-----T---TC-AAT---CAA----A---AAAT--T-AATC-AGAAA-TTGCTAAATTAAG-----TA----AAT-TTATATCC
gi|131126 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTCTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTTATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAA-T----TTA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACTG-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAAT--C---G--TT-T-----T-----------T-GTAG---AG-TAT---------GTA--A-T-G---G-----GAGGTTGG----TTGAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTAT-TATGTTG---TC---C----T----------A---CATA--TA-GAACAATCA--GA----A-GTAAATATATTAA----ACATAGTGCTTTTCCAAATATTA-A-TAGT--TTTAAAAA
gi|131127 : AC--TATTTAAGAAAA--T-TT---AAAACAT--GTTTT-G---AAT-AT-GAATTTTACTTGG-ATTTCATTCCA-------AA---------TGAA--ACAAA------------CCGTAAAAAAT-----TA--A-CA-AGATT---TAGA---C---TGA-GTGC---G---CAT------A--ATTTAGAAATTGAA-----ACTG-GG--A-GATACA-C--A-AATG---TACAA-AG---G---GAAAAT--C---G--TT-T-----T-----------T-GTAG---AG-TAT---------GTA--A-T-GG--G-----GGGCTG-G----TTGAATCGGAGTATCAT---T---TT---CTAT-TATGTTG---TC---C----T----------A---CATA--TA
gi|131128 : ---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAATTAATGCCATT--AGAAAA---C---A-----GTT-----T----ACGT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---T---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA--A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---AA--A---ATAGGCT-----A-----------T-GTAA---AT-TGT---------GTT--C-C-AT--G-----AAAGTT-G----TTGAA-ACTGATATCAT---T---TC---TTAC-TA---TG---T
gi|131129 : taaag---AAACAGTTTATTTT----------T-GAAGATTATTTAG-AT---GTTATA-------AAAAATAATGCCATT--AGAAAA---CA--G---T--TA-----A----C-AT-G-C-----CT---TAGA---T---TAA-GCTC---C---CAC------G--ATTTAGAAATTGAGTTTGGA--A-GA-T---TTA------ATAATA---TAGAT-AG---A---G---AA--A---ATAGGCT-----A-----------T-GTAA---AT-TAT---------GTT--C-C-AT--G-----AAAGTT-G----TTGAAACTGAGTATCAT---T---TC---TTAC-TA---TG---Ttg
gi|131131 : ATC--AGGAAATTTA---G---AAAT------T----CAATTG-TT-AAATT---TAGAACTT---C----TTC---T---CATAATTTAG--AAGTGGAAACTGGA-----A--G-G---C-ACCAC-------AATA---TTGAT-AT---G---G---AC--CTCAGAA---C-----C-----------T-GTAA---AC-TGT---------GCA--A-A-AC--T-----AACGCT-A----TTGAGGACGAGTTTCAT---T---TT---TTAC-TA---TGCTGTC---C----T--------------TCT---TAC------TCT--GTGTTGA-G----------AACTCAATATA----TT--CCAACAA--A-A-TA-T--TTTAACAACCC---AACT--GTAC---A----T----AAATT-TAATA-----T-----G---AT-TAT-GTCTTC-AAA---AAAC--G-A--TAAA--C-TTATTCAAG-CAG-----TCG--CCTG-TTATATATATTATGCTTTT-TTAAGAAGAAATG-------AACTCAT-TAAG-AACTAAACAAATGTGTATAACATTAtg
gi|131132 : -AG---A---A---AT--T---GAAAA-T-----G-----------A-TTAATG-GT-TAT---------GTG--A-T-GT--A-----AATGTT-G----TAGAAGATGATTATCAC---T---CT---TTAC-TG---TGG--TA---C----TGGTATGATAGA---TGTA--TAAA---TATTT--AAG---A-G----------AA------ATAG---TTTGCCATGTA--A-A-TA-T--CTTAATAATCC---AAAT--CAAC---A----T----AAAGT-TACCA-----T-----T---TA-TAT-TGCTAC-ATG---GAAT--G-A--A-AA--T-TTGATAAAAGAAG-----TAGAAGAACTTTATCTCCATTTTGCCTTTAAAAAGATGAAAAA-------AA
gi|131133 : atgcaagtttcattgtttgcatgtcctGA---T---CTA-GT---------CAC------A--AGCTCAAAAGAGAA-----A--CTGG-TC-GTCACA-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATGCG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-C----------TA----CAATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-AC--C-TT--CAAACTTAGGAAACTAG--CTGC-ATATATCCATTtata
gi|131134 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A--CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATGCG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-
gi|131135 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A--CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATGCG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-
gi|131136 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A--CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATGCG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-
gi|131137 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A--CTGG-TC-GTCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATGCG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-
gi|131138 : ---T---CGATGTTC---TAGTCAC------A--AGCTCAAAATAGAA-----A--CTGG-TC-ATCACG-A--A-AATA---TTGAA-AGGCAA---G---AC--C---GAAAG-T-----G-----------T-ACAT---AT-TGTTATATTCATACG--AAT-AT--A-----AACGTT-A----TAGAAGACGAATATCATGTAT---TT---TTTC-TG---TG---TC---C----G----------A---GATA--TGCG---GATCT--GAG---A-C----------TA----CAATG----TTTA-CAG------------T--CTTGGTATTCC---GG-T--GAAA---A----T----AACTTAGAAGA-----T-----T---TT-TATCAGCTACTACAACTAAAT--G-A--C-A
gi|131139 : TC---T---CAT------T--AACTGTTCATTGAA-----A--C-AG-TTAGACATA-T--G-AATA---TTGAA-AG---A---A---GT--CAGAGAAAA-T-----G-----------C--T-C---AT-TAT---------GTA--C-C-TT--A-----GACGAT-G----TAGAAGATGAATATCAT---TTTATT---TTGT-TA---TG---TC---C----T----------T---TCTA--TACC---GATTG--AAG---G-A----------AA----GCCTA----CATTCC--ATA--ATATTA-T--TTTAACAAACC---AAGT--GTCT---T----T----AAATT-GATTAATC--T-----T---TTGAAT--ACAA--ATA---AGAA--A-C--C-A-----TTGTTAATAAAGC-----TAG--CAAT-TTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|131130 ): TACACATGACAATTATCTAATGTTGTATCTAAATATTTTGTCTGTTAGAATATTTATAATAGATACTCACTGGCTTCACATAATTTAGAAATTGAAACTGGAAGGCATCATAACATTAGTAAGAACAAGTTTGCAAACTATGTACATCAAATGAAGTTGAGGATGAGTGTCATTTTCTATTATGTTGTA