lowQualScore                  :          11    1       11111111             333333    1111            222222222222222                   111  111    11                   66666666666666666666666666666666666666666666       111111  111111                          22222222222            111111          44444444                    1111                111111111111                                                   22222222222222222               22222222222    1111111111        33333   111   111  1                       11      2222222222       1                       333333333333           1111                                        1111             1  3333333333333333               1       11                      444444  11111111           1111111      11    1                            11                                                                1                     
lowQualScore                  :          22 1  5   2   77777777 3     3     777777    2222            999999999999999   1  4  1 0 1 333 222  333  2 44  8  9  44  1  222 11111111111111111111111111111111111111111111    22 222222  444444     1      22  888       33333333333      0  7  000000  888888  99999999 22 3  3  5  555 2  0000 1  33   8888   777777777777     2 6666           0  7  5  8  5        3   55  88888888888888888      0     1  00000000000 0  1111111111 55     22222   333   000  0                88     22      9999999999       3     77    6     66    444444444444   1    0  4444     888888 7     1      8    0   9999  8888             3  7777777777777777  1    888  4  4       88          1    4      777777  33333333     888   4444444      11    3 1             99      6    88      99   4                                      7             7                     
lowQualScore                  :          .. .  .   .   ........ .     .     ......    ....            ...............   .  .  . . . ... ...  ...  . ..  .  .  ..  .  ... ............................................    .. ......  ......     .      ..  ...       ...........      .  .  ......  ......  ........ .. .  .  .  ... .  .... .  ..   ....   ............     . ....           .  .  .  .  .        .   ..  .................      .     .  ........... .  .......... ..     .....   ...   ...  .                ..     ..      ..........       .     ..    .     ..    ............   .    .  ....     ...... .     .      .    .   ....  ....             .  ................  .    ...  .  .       ..          .    .      ......  ........     ...   .......      ..    . .             ..      .    ..      ..   .                                      .             .                     
lowQualScore                  :          55 4  0   7   00000000 1     0     000000    9999            888888888888888   4  6  9 3 4 333 999  999  4 66  5  8  77  4  888 00000000000000000000000000000000000000000000    33 222222  777777     7      33  444       99999999999      8  4  555555  111111  22222222 55 6  6  5  000 0  5555 7  77   3333   555555555555     9 9999           1  1  4  1  7        8   55  77777777777777777      5     2  22222222222 5  8888888888 55     00000   111   222  0                00     22      9999999999       6     66    7     11    111111111111   3    1  7777     777777 1     8      3    9   4444  2222             3  4444444444444444  9    444  4  0       33          7    3      555555  77777777     777   3333333      88    3 0             22      7    33      22   0                                      3             0                     
consensus                     : TGACGTTAACNTGGTNAAA-GAT-CNTCTNAATAAGGATCGCCGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--CG-CGAACTAAG-TATAGGTTA-CGGTA---C--AGT--GCACATGATAATTAAGAATGAA---TTA-----A-----A-A--ATG--AG-C-CGNA--T--A------AGTG--C-----TCGCT----GGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAG---T--ATGAAATGGAGCGACGA-----GT--A-AGAGAA------T--A-GG-AA-GT---TNCT-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCGTTCCTAAATAGGATNATNACAACGGACGAGACNTGG--CT-----GTCTTA--T-TATGATCCGGAAACGAAA---CAG-C--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAANCA-TACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGGATGTC--CAAATC--GNTA--GCGAAAACGTATGTTTGTCGTATTCTT--CGACAT----CA--ACGGAATGATCCTGNNCCACGCC--G--TNCCGAAGGGCCAGACTGTCAAC----GCAGTNTATTACTCAAAGG-TANC------G------ATTTTATAA--CA-AACATATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGTA-----TT---TA---AAAAT-A-AAA--T----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
Reference ( gi|133778 )       : TGATGTTAAATTAGTCAAA-GAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATA---CATGAACTATGC--CA-GGATTTGGA-TATGGGCTA-CGGCA---C--CGT--TCATAGAATCATCAAAGATGAA---TTG-----A-----A-A--ATG--AG-C-CGAA--T--A------AGTG--C-----GCGAT----GGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGAT---C--ATGAAATGGAACGCCGG-----GT--A-ACAGAA---T-CT--A-GG-AA-GT---TTCT-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGG--TT-----GTTTTA--T-TATGATCCGGAAACGAAA---CAA-C--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA--ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATC--GTTA--G-GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--ACGGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC----GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAA--CA-AACATATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT------TT---TA---AAAAT-A-AAA--T----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATTCTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133779                     : TGATGTTAAATTAGTCAAA-GAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATA---CATGAACTATGC--CA-GGATTTGGA-TATGGGCTA-CGGCA---C--CGT--TCATAGAATCATCAAAGATGAA---TTA-----A-----A-A--ATG--AG-C-CGAA--T--A------AGTG--C-----GCGAT----GGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGAT---C--ATGAAATGGAACGCCGG-----GT--A-ACAGAA---T-CT--A-GA-AA-GT---TTCT-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGG--TT-----GTTTTA--T-TATGATCCGGAAACGAAA---CAA-C--AGTCAAGTCA-A--T--GGAAATCA--ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATC--GTTA--G-GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--ACGGAATAATTCTTAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC----GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAA--CA-AACATATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT------TT---AA---AAAAT-A-AAA--T----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AACT--CTATGT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133780                     : TGATGTTAAATTAGTCAAA-GAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATA---CATGAACTATGC--CA-GGATTTGGA-TATGGGCTA-CGGCA---C--CAT--CCATAGAATCATCAAAGATGAA---TTA-----A-----A-A--ATG--AG-C-CGAA--T--A------AGTG--C-----GCGAT----GGGTT-CCCCGA--TAA-TTAAAAGAT---C--ATGAAATGGAACGCCGG-----GT--A-ACAGAA---T-CT--A-GG-AA-GT---TTCT-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGATTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGG--TT-----GTTTTA--T-TATGATCCGGAAACGAAA---CAA-C--AGTCAAATCA-G--T--GGAAATGA--ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATC--GTTA--G-GAAAACATATGTTTATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--CCGGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC----GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAA--CA-AACATATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT------TT---TA---AAAAT-A-AAA--T----AGACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAAATAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133781                     : TGATGCTAAATTAGTCAAA-GAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATA---CATGAACTATGC--CT-TGATTTGGA-TATGGGCTA-CGGCA---C--CAT--TCATAGAATCATCAAAGATGAA---TTA-----A-----A-A--ATG--AG-C-TGAA--T--A------AGTG--C-----GCGAT----GGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGAT---C--ATGAAATGGAACGCCGG-----GT--A-ACAGAA---T-CT--A-GG-AA-GT---TTCT-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGACGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGG--TT-----GTTTTA--T-TATGATCCCGAAACGAAA---CAA-C--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA--ACCG--ATT-CGCC-CGACCGAAAAAAGCCATAATGTC--CAAATC--GTTA--G-GAAAACATAGGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--ACGGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC----GCATTGTATTATTCAAAGG-TACA------G------ATTTTATAA--CA-AACATATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT------TT---TA---AAAAT-A-AAA--T----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACA-TTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133782                     : TGACGTTCATTTACTGAAA-GAA-CATCTCGACAAAGACCATCG-GGCCACAATT---CATGATCTCTGC--AT-TGAATTGGA-TATGGGTTA-CGGCA---C--GGT--GCACAGAATTATAAAAGATAAA---TTA-----C-----A-C--ATG--AA-T-CATT--T--A------AGTG--C-----TCGTT----GGGTTTCCCCAA--TTG-TTGGAAGAT---T--TTGAAATGCAACGGCGA-----GT--G-ATTGAA---T-CA--A-GA-AA-AT---TTCT-A--GCAA--GAT----ATG---CTAAAG---AAGTGAATTCATTTTTAAACAGAATCATCACAACAGATGAGACTTGG--CT-----AGGCTA--T-TATGACGTGGAAACAAAA---CAA-C--AATCAAGTCA-G--T--GGAAGACT--AGTG--ATT-CTCC-CCACCAAATAAAGCGACAATATC--CAAGTC----TACGG-GAAAGCACATGTTTATTGTGTTCTT--CGACAT----CA--ATGGAGTACTCTTGAATCAGGCA--A--TCCCAAAAGACCAGACTGTCAACTCCAGC----TATTATTCGAAGC-TACCTTATTTGAAACGTATTTTAT----CATAACATACATT--TTTCCTAGAGTTTGTCACTAATAA----CT---GA---AAAAC-T-AAATTT----AAATA--------ATATATACTTTCAAA--AT-TAA-AGTT--CT-TAC--AGTACATGTAT
gi|133783                     :   ACGTTAACGTGGT-AAA-AAC-TGCCTCAATAAGGATTGCCGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TG-TGAACTAAG-TATAGGTTA-CAATA---C--AGT--GCACATGATAATTAAAAA---------A-----A-----A-A--ATGC-AT-G-CATT--T--A------AGTG--C-----TCGCT----GGGTT-CCCCAG--TTG-CTAAACGAG---T--AT-AAATGGAGCAACGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133785                     :   ACGTTAACGTGGT-AAA-AAC-TGCCTTAATAAGGATTGTCGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TG-CGAACTAAG-TATAAGTTA-CAATA---T--AGT--GCACACGATAATTAA----GAA-----------A-----A-A--AT---AG-CATGCA--TTTA------AGTG--C-----TCGCT----GGGTT-CCCCTG--TTG-TTAAACGAG---T--AT-AAATGGAGCAACGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133784                     :   ACGTTAACATGGT-AAA-AAC-TGCCTCAATAAGGATTGCCATAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TG-CAAACTAAG-TATAGGTTA-CAATA---C--AGT--GCACA--ATCAT----GGT-AA---TTA-----A-----G-A--ATA--AA-T-AGCA--T--GCATCTTAGTG--C-----TCGCT----GAGTT-CCCCAA--TTG-TTGAAAGAG---T--ATG-AATGGAGCAACCA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133786                     :   ACGTTAAAAGGGT-AAA-AAC-TGCCTTAATAAGGATTGCCG-TAAAACAATT---CAAGAACTATGC--TG-CAAACTAAG-TATAGGTTA-CAATA---C--AGT--GCACACGATAATT-AAGAT--------------A-----A-A--AT---AG-CATGCATTT--A------AGTG--C-----TCGCT----GGGTT-CCCAG---TTG-CTAAACGAG---T--AT-AAATGGAGCAACGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133787                     :   ATGTTAACCTGGTAAAA-ACT-GCCCCA-ATAAGGAATGCCGTAATA-TAATT---TATGAACTATGC--TG-CGAACTAAG-TATATGTTA-CAATA---C--AGT--GCACATAATAATTAAGAATAAA---T-------A-----G-C--ATG-------CATT--T--A------AGTG--C-----TTGCT----GGGTC-CCATAG--TTG-ATAAAAGAG---T--AT-AAATGGGGCAACGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133788                     :   ACGTCAACATGGTAAAA-GGTGCCTC--AATAAGAATCGCCGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TC-TGAACTAAG-TATAGGTTA-CGGTA---C--AGT--GCACATGACAATTAAGAATGAA---T
gi|133789                     :     GTCAACGTGGTAAAA-GTG-CTTC--AATAAGGATTGCTGTAATA-CAATT---CATGAACTTTGC--TG-CGAACTAAG-TATAAGTTA-CAATG---C--AGT--GCACCTGATGAT----AATGAA---T-------------A-A--ATG--TC-A-TGCA--TTAA------AGTG--C-----TCGCA----GGGTT-CCCCAA--TTG-CAAAAAAAG---T--ATG-AGTGGAGCAACGA-----GT--A-AAAG--------T--A-GGAAA-AT---TACT-T--GTGA--AAT----A
gi|133790                     :            TGGTAAAA-GGT--TCCTCAATAAGGATCGCCG-TGATACAATT---CATGAACTATGC--TG-TGAACTAAG-TATAGGTTA-CAGCA---C--AGT--GCACATGATAATTAAGAATAAA---T-------A-----A-C--ATGCAAGTC-CT----T--AG-----AGTGATC-----ACA------GGGTT-CCTCAA--TTG-CAAAAATGT------ATG-AGTGGAGCGACAA-----GC--A-AGAG--------T--A-GG-GATAT---TACT-T--GTGA--AAT----A
gi|133791                     :            TGGTAAAA-GGTGCCTC--AATAAGGATCGCCATAATA-CAATT---CATGAACTATGC--------TGTGAACTA-AGGTTA-CAGTA---C--AGT--GCGCATAATCATTAAGAATGAA-----------A-----A-AC-ATG-------------C--A------AGTC--CTTAGAGTGATCACAGGGTT-CCTCGA--TTGCTTACAAG-----T--ATG-AGTGGTGTGACGA-----GC--A-AGAG--------T--AGGG-AA-AT---TACT-T--GTGA--AAT----A
gi|133792                     :              GTCAAAAGGTGCCTCTA----AGGAATACCGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TG-CGAACTAAG-CATAGGTTA-TGGTA---C--AGT--GCACATAATAATTAAGAATGAA---T-------A-----A-C--ATGCAAG-T-C-AT--T--AG-----AGTT--C-----TCGCT----GGGTT-CTCCAT--TTA-CTAAGAG-----T--ATG-AATGG
gi|133793                     :                 AAA-GGTGCCTC-AG-TAAGAATCACCGTAATA-CAATT---CATGAACTGTGT--TG-CGACCTAAG-TATAGGTTA-CGGTA---CAACGT--ACATGATAT--TTAAGAATGAA---TTACATGCA-----A-AACATT--AG-T-CTAA-----G------AGTG--C-----TCACA----GGTTT-CCCCGA--TTG-CTTAAAGAG---T--GTG-AGTGGAG-GCCGA-----AT--A-AGAG--------T--AGGG-AA-AT---TACTAA--ACGA--CGTA---ACG---TAAA
gi|133794                     :                                ATAAGGACTGCTGTAATA-CAATA---AATGAACTATGC--TGCGGACTT-AA-TATGAGTTA-CAATA---C--AGT--GCACATGATAATAAAGAATAAA---T-------A-----G-C--AT----G-C-TGA------G------AGTG--C-----TTGCA----GGGTT-CCCCAA--TTG-CTATAAGAG---T--ATG-ATTGGTGCGACGA-----GT--A-AGAGTA---------A-GA-AA-ATTACTTGT-A--GGAA--AATTACGACG---CAA
gi|133795                     :                                ATAAGGATTGCTGTAATA-CAATT---TATGAACTATGCTGCA-AACTATG---TACAGGTTA-CAGTA---C--AGC--GCACATGATAAT----AATGAA---T-------------A-A--AT---AG-C----A--T--GCTGGG-AGTG--C-----TCGCA----GGGTT-CCCTAA--TTG-CTAAAAGAG---T--ATG-AGTGGAGCGATGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133796                     :                                ATAAGGATCGCCG---TAATA-TAAGTCATTAACTATGC--TG-CGAACTAAA-TA-AAGTTAACTGTA---A--AGT--GCACATGATAATGATAAATGAA---T-------A-----ACA--ATGCAAG-T-C-AT--T--G------AGTG--C-----TCGTA----GGGTT-CCCCAA--TTG-CTAAAGGAG---T--ATG-AATGGAGCGGCGA-----TT--ATAAAAAA---------A-GGAAA-AT---TACT-T--GTGA--AAT----A
gi|133797                     :                                ATAGGGATTGCCGTAATA-CAATA---CATGAACTATGCTGCA-AACTATGTA-TAAGG--TA-CAATA---C--AGTGCTCATG--ATAATAAAGAATATA---T-------A-----G-C--ATGC-AT-T-CGA--------------GTG--C-----TCGCA----GGGTT-ACCCGA--TTG-CTTAAAGAG---T--ATG-AGTGGAGCGACGA-----GT--
gi|133798                     :                                  AAGAATTGCTGTAATA-CAATT---CATGAACTATGC--TG-CAAACTAAG-TATAG---A-TGGCAATAC--AGC--GCACATGATAGTAAAGAATAAA---T-------A-----A-C--ATG-----C-TGAG------------AGTA--C-----TCGCA----GGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAG---T--ATG-AGTGGGGCGACGG-----GT--A---TGAA------T--A-GG-AA-
gi|133799                     :                                   AGGATTGCCGTAATA-CAATT---CATGAGCTATGC--TG-CGAACTAAG-TATATGTTA-CAATC---C--AAT--GCACATGGTTATTAAGAAAAAA---T-------A-----G-C--ATG--AA-C----A--T--A------AGTG--C-----TTGCT----AGGTT-CCCCAG--TTG-CTTAATGAG---T--AT-AAGCGGAGCAACGA-----GT--A-AGAG--------T--A-GG-AA-
gi|133800                     :                                                                                                                        TCATCAAATATTAACAATCG-----ACCTTGG-A--ATG--TG-C---AG--T--C------AGCG--C-----ACGTT----CGGTC-CCTCGC--TTGGTTAAAAAAG---A--A-GAGAAGCAACGCCGA-----GT------TGAA---TGCTCAA-CG-AC-GT---TGCT-ACGGCGGCTGAT----ACG-----GAGG---AAGACGAT---TTCCTATATACCACAATCACGACTGATGAAACATGG--CTCCACCGCCT--------TGATCCAGAAACAAAA---ATG-C--AGTCA--TCC-GTTT--GGAAAACA--
gi|133801                     :                                                                                                                              tAGAAGAT---TTG-----A-----A-C--ATG--AA-C-AAAG--T--G------AGCG--C-----TCGCT----GGGT---CCCGAGGCTA-CTAAAA--C---CGGACGAACTGGAAAGACTA-----GT-----CAGCGCT-T-CT--C-GT-GA-GT---TTGT-T--GAAT--GGT----ACGAGTCAGAAGGTGAGAGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACAGACAAAACTTGACTTT-----GGCTTT--T-CA--ATCCAGAGACAAAAGTGCAATC--ATTC--GT-A-T--T--AAAAAC----GCCG--GTAACACCACCACCAAAAAAGGCCA--AGGTCAACAAATCCAGC----G-GAAAACACGT-----TTGTATTTTTAATGA-ATAAGGCA----GGGATGACCCT--TCAACACCAGA--TACCAGATGGTCAGACTGTAAAT----GCAGATTACTATTCAAAGG-TAAT-------------ACTTGAAAAAGGA-AATA-ATA--------TTATAAACAAAAAAAAGTATGTGATT---TAATTAAAATAA-AAA--T----AAAGAA-ATATTAAAATAAATTATAAAA--ACATAG-GATTAATTAAAT--AAAATAAATATTTTCA
gi|133803                     :                                                                                                                                     A---TTA-----C-----A-A--ATG--AG-A-CGCG--T--C------TGTG--T-----GCAGT----GGATC-CCGCGA--CTC-CTAAATGATGAAC--A-GAAAT-TAAGGCTGGTTCATGTTGC-ACACAAGTTT-TT--G-TG-AATGG---TTC--------A--GAC----ACG---C----C---AGGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGG--CT------TCATA--TGTTTGATCCAGAATCAAA-----AG-CTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CATTACCAGTATT----CATCATCAAAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATC--AATG--GCGAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCGAAGGGTCAGATGATTAAT----GCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTAT--TA-AA-ATATATTCATTAC
gi|133802                     :                                                                                                                                     A---TTA-----C-----A-A--ATG--AG-A-CGCG--T--C------TGTG--T-----GCAGT----GGATC-CCGCGA--CTC-CTAAATGATGAAC--A-GAAAT-TAAGGCTGGTTCATGTTGC-ACACAAGTTT-TT--G-TG-AATGG---TTC--------A--GAC----ACG---C----C---AGGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGG--CT------TCATA--TGTTTGATCCAGAATCAAA-----AG-CTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CATTACCAGTATT----CATCATCAAAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATC--AATG--GCGAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCGAAGGGTCAGATGATTAAT----GCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTAT--TA-AA-ATATATTCATTAC
gi|133804                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --GGT----ACGAGTCAGAAGGCGAGGGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACGGACGAAATCTGG--CT-------TTGACGT-T-TCATCCGGAGACAAAA---GCG-C--AATCA--TCC-G--TATGGAAAACGCTACGA--A---CACCACCAC--AAAAACGCCA--AGGTCAACAAATC----CA--GCGAAAACCAATTTTT-TTTTATTCAT--GGATAGGG--CA----GGGATGATCCTT--CAACACC--AGATACCAGATGGTCAGACTGTAAAT----GCAGATTACTACTCAAAGG-TATT------A------CTTAAAAAA--TA-AA-ATA-ATA--TTATCAACAA---AA-AATAGTACGTGCTTTAATA---AAAAT-AGAAA--TAAAGAAACAA--TATTAAAATAAATTATAAAAACATACAAGGATTAACTAAATGAAATAAATATATT
gi|133805                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACATGG--CT------TCATA--TGTTTGATCCAGAATCAAAA-----G-CTGAATCTAG-CATA--T--GGAAA-CATTACC---AGT-CTCCAC-ACCGAAGAAAGCTAGGGTATC--AAAATC--AATG--GCGAAGGTG-ATGTTTGTTGTATTCTT--TGAC------CAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCAAAGGGCCAGACGATTAAT----GCTGTCTATTTCCCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTAT--TA-AA-ATATATTCATAACTT----TTTAAAAAT

lowQualScore                  :                    1111111                                                                                                  444444444444444444444444444444444                                        11                    3333333333                                     111      111                                                   111111      1                  111111                      333333    11                                11      11    11      11                       22222222222222                                                                     1  2222222222222222             1        11                      44444444444  111  111              1111            1                            11                                                                                      
lowQualScore                  :          22    1   2222222  4              1    7                 3                  1  0          3333         3      22   222222222222222222222222222222222         1     1      22   1            55                    8888888888 3  3  1   1 555 8888    33   7777   111      444     1   88              1  1  2  5        1    55 666666 22   0 4            0   777777     4   66666 55     000000    11  4  1  8     0            5    11      55  4 66      77      5    2     55    55555555555555   0       777   3   55555 1     3      1        4    22             2  9999999999999999  0    1  4  2  4     66          0    2      77777777777  000  000    77 5 5    2222   0  7     1               77      5    55      77   1                                      3                                   
lowQualScore                  :          ..    .   .......  .              .    .                 .                  .  .          ....         .      ..   .................................         .     .      ..   .            ..                    .......... .  .  .   . ... ....    ..   ....   ...      ...     .   ..              .  .  .  .        .    .. ...... ..   . .            .   ......     .   ..... ..     ......    ..  .  .  .     .            .    ..      ..  . ..      ..      .    .     ..    ..............   .       ...   .   ..... .     .      .        .    ..             .  ................  .    .  .  .  .     ..          .    .      ...........  ...  ...    .. . .    ....   .  .     .               ..      .    ..      ..   .                                      .                                   
lowQualScore                  :          88    0   2222222  3              0    3                 5                  8  6          9999         4      66   222222222222222222222222222222222         2     7      44   7            33                    8888888888 8  8  9   0 444 3333    44   8888   777      000     6   77              0  0  9  7        0    00 555555 22   9 7            2   222222     4   77777 00     777777    00  0  4  0     7            3    00      00  0 55      77      5    1     55    11111111111111   3       333   7   88888 0     0      4        0    11             0  2222222222222222  8    2  0  5  0     55          4    5      66666666666  000  000    99 7 7    1111   7  9     4               99      7    77      99   0                                      2                                   
consensus                     : TGACGTTAACNTGGTAAAAGAT-CGCCTCGATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--G-AGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--AT-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCGTTCCTAAATAGGATNATNACNACNGACGAGACNTGGC--T-----GTCNTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCN-G--T--GGAAANCA-T-ACCG--AT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGGATGTC--CAAATCGNTA-GC-GAAAACGTATGTTCGTCGTNTTCTT--CGACAT----CA--AC--GGAATGATCCTGANCCATGCC--G--TNCCGAAAGGCCAGACTGTCAAC-GCAGTNTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
Reference ( family-673 )      : TGACGTTAACNTGGTNAAAGAT-CNTCTNAATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCCGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--A-AGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--AT-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCGTTCCTAAATAGGATNATNACAACGGACGAGACNTGGC--T-----GTCTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAANCA-T-ACCG--AT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGGATGTC--CAAATCGNTA-GC-GAAAACGTATGTTTGTCGTATTCTT--CGACAT----CA--AC--GGAATGATCCTGNNCCACGCC--G--TNCCGAAGGGCCAGACTGTCAAC-GCAGTNTATTACTCAAAGG-TANC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133778                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTG-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--A-AGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA---ACCG--AT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--AC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATTCTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133779                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--A-AGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GA-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-A--T--GGAAATCA---ACCG--AT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--AC--GGAATAATTCTTAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---AA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AACT--CTATGT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133780                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATCCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--A-AGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TAA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGATTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAATCA-G--T--GGAAATGA---ACCG--AT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTTATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--CC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AGACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAAATAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133781                     : TGATGCTAAATTAGTCAAAGAT-CTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCTTGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-TGAA--T--A-AGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGACGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T-----GTTTTAT-TATGATCCCGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA---ACCG--AT-TCGCC-CGACCGAAAAAAGCCATAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATAGGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CA--AC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--G--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACA------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACA-TTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133782                     : TGACGTTCATTTACTGAAAGAA-CATCTCGACAAAGACCATCGGGCCA-CAATTCATGATCTCTGCATTGAATTGGATATGGGTT-ACGGCACGGTGCA----CAGAATTATAAAAGAT-AAATTA-----CAC--ATG--AA-T-CATT--T--A-AGTGCTCGTTGGGTTTCCCCAA--TTG-TTGGAAGATTTTGAAATGCAACGGCGAGTGATTGA--ATCA---A-GA-AA-ATTTC---T-A--GCAA--GAT----ATG---CTAAAG---AAGTGAATTCATTTTTAAACAGAATCATCACAACAGATGAGACTTGGC--T-----AGGCTAT-TATGACGTGGAAACAAAACAAC--AATCAAGTCA-G--T--GGAAGAC--T-AGTG--AT-TCTCC-CCACCAAATAAAGCGACAATATC--CAAGTC--TACGG-GAAAGCACATGTTTATTGTGTTCTT--CGACAT----CA--AT--GGAGTACTCTTGAATCAGGCA--A--TCCCAAAAGACCAGACTGTCAACTCCAG-CTATTATTCGAAGC-TACCTTATTTGAAACGTATTTTAT--CATAACAT-ACATT--TTTCCTAGAGTTTGTCACTAAT-----A-----AC---TG---AAAAACT-A-AATT----TAA------ATA-ATATATACTTTCAAA--AT-TAA-AGTT--CT-TAC--AGTACATGTAT
gi|133783                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-AC-TGCCTCAATAAGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATTAAAAA-------A-----AAA--ATGC-AT-G-CATT--T--A-AGTGCTCGCTGGGTT-CCCCAG--TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133784                     :   ACGTTAACATGGTAAAA-AC-TGCCTCAATAAGGATTGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCACAATCATGGTAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATC--T--T-AGTGCTCGCTGAGTT-CCCCAA--TTG-TTGAAAGAGTATG-AATGGAGCAACCAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133785                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-AC-TGCCTTAATAAGGATTGTCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATATAGTGCA----CACGATAATTAAGA--------A-----AAA--AT---AG-CATGCATTT--A-AGTGCTCGCTGGGTT-CCCCTG--TTG-TTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133786                     :   ACGTTAAAAGGGTAAAA-AC-TGCCTTAATAAGGATTGCCGTAAAA-CAATTCAAGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CACGATAATTAAG-AT------------AAA--AT---AG-CATGCATTT--A-AGTGCTCGCTGGGTT-CCCAG---TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133787                     :   ATGTTAACCTGGTAAAA-AC-TGCCCCAATAAGGAATGCCGTAATA-TAATTTATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATT--T--A-AGTGCTTGCTGGGTC-CCATAG--TTG-ATAAAAGAGTAT-AAATGGGGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133788                     :   ACGTCAACATGGTAAAAGGT--GCCTCAATAAGAATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTCTGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGACAATTAAGAAT-GAAT
gi|133789                     :     GTCAACGTGGTAAAAGTG-CTTC--AATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTTTGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATGCAGTGCA----CCTGATGAT----AAT-GAAT--------AA--ATG--TC-A-TGCA--TTAA-AGTGCTCGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CAAAAAAAGTATG-AGTGGAGCAACGAGTAAAAG----T-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133790                     :            TGGTAAAAGGT-TC-CTCAATAAGGATCGCCGTGATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAGCACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-AAAT-------AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----G-AGTGATCACAGGGTT-CCTCAA--TTG-C-AAAAATGTATG-AGTGGAGCGACAAGCAAGAG----T-----A-GG-GATATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133791                     :            TGGTAAAAGGT--GCCTCAATAAGGATCGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTA-----AGGTT-ACAGTACAGTGCG----CATAATCATTAAGAAT-GAA--A-----AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----G-AGTGATCACAGGGTT-CCTCGA--TTG-CTTACA-AGTATG-AGTGGTGTGACGAGCAAGAG----T-----AGGG-AA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133792                     :                 AAAGGTGCCTCT----AAGGAATACCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGCATAGGTT-ATGGTACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-GAAT-------AAC--ATGCAAG-T-CAT---T--AGAGTTCTCGCTGGGTT-CTCCAT--TTA-CT--AAGAGTATG-AATGG
gi|133793                     :             gtcaAAAGGT--GCCTCAGTAAGAATCACCGTAATA-CAATTCATGAACTGTGTTGCGACCTAAGTATAGGTT-ACGGTACAACGTA----CATGATATTTAAGAAT-GAATTACATGCAAAACATT--AG-T-CTAA-----G-AGTGCTCACAGGTTT-CCCCGA--TTG-CTTAAAGAGTGTG-AGTGGAG-GCCGAATAAGAG----T-----AGGG-AA-ATTAC---TAA--ACGA--CGTA---ACG---TAAA
gi|133794                     :                               ATAAGGACTGCTGTAATA-CAATAAATGAACTATGCTGCGGACTTAATATGAGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATAAAGAAT-AAAT-------AGC--AT----G-C-TGA------G-AGTGCTTGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTATAAGAGTATG-ATTGGTGCGACGAGTAAGAGT--A------A-GA-AA-ATTACTTGT-A--GGAA--AATTACGACG---CAA
gi|133795                     :                               ATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTTATGAACTATGCTGCAAACTATGTACAGGTT-ACAGTACAGCGCA----CATGATAAT----AAT-GAATAA-----ATA--GCA--TG-C-TGG------G-AGTGCTCGCAGGGTT-CCCTAA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGAGCGATGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133796                     :                               ATAAGGATCGCCGTAATA-TAAGTCATTAACTATGCTGCGAACTAAATA-AAGTTAACTGTAAAGTGCA----CATGATAATGATAAAT-GAA-TA-----ACA--ATGCAAG-T-CAT---T--G-AGTGCTCGTAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTAAAGGAGTATG-AATGGAGCGGCGATTATAAAA--AA-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133797                     :                               ATAGGGATTGCCGTAATA-CAATACATGAACTATGCTGCAAACTATGTATAAGGT-ACAATACAGTGCT----CATGATAATAAAGAAT---AT------------AT---AG-CATGCA--TTCG-AGTGCTCGCAGGGTT-ACCCGA--TTG-CTTAAAGAGTATG-AGTGGAGCGACGAGT
gi|133798                     :                                 AAGAATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGATG-GCAATACAGCGCA----CATGATAGTAAAGAAT-AAAT-------AAC--AT----G-C-TGA------G-AGTACTCGCAGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGGGCGACGGGTA--TGA--AT-----A-GG-AA-
gi|133799                     :                                  AGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAGCTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATCCAATGCA----CATGGTTATTAAGAAA-AAAT-------AGC--ATG--AA-C----A--T--A-AGTGCTTGCTAGGTT-CCCCAG--TTG-CTTAATGAGTAT-AAGCGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133800                     :                                                                                                               ATTAACAATCGACCTT-----GGA--ATG--TG-C-AG----T--C-AGCGCACGTTCGGTC-CCTCGC--TTGGTTAAAAAAGAA-GAGAAGCAACGCCGAGTT---GA--ATGCTCAA-CG-AC-GTTGC---T-ACGGCGGCTGAT----ACG-----GAGG---AAGACGATT---TCCTATATACCACAATCACGACTGATGAAACATGGC--TCCACCGCCTT------GATCCAGAAACAAAAATGC--AGTCA--TCC-GTTT--GGAAAACA-
gi|133801                     :                                                                                                         ttcatcaaatAGAA--GATTTG-----AAC--ATG--AA-C-AAAG--T--G-AGCGCTCGCTGGGT---CCCGAGGCTA-CTAAAACCGGACGAACTGGAAAGACTAGTCAGCGCTTCT-----C-GT-GA-GTTTG---T-T--GAAT--GGT----ACGAGTCAGAAGGTGAGAGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACAGACAAAACTTGACTTT-----GGCTTTT-CA--ATCCAGAGACAAAAGTGC--AATCA--TTC-G--T--ATTAAAAA-C-GCCG--GTAACACCACCACCAAAAAAGGCCAAG--GTCAACAAATC--CA-GCGGAAAAC--ACGTTT---GTATTTTTAATGA-ATAAGGCA------GGGATGACCCT--TCAACACCAGA--TACCAGATGGTCAGACTGTAAAT-GCAGATTACTATTCAAAGG-TAAT-------------ACTTGAAAAAG-GAAATAATA--------TTATAAACAAAAAAAAGTATGTGA-----TT---TAATTAAAA--TAA-AAAT----AAAGAA-ATATTAAAATAAATTATAAAA--ACATAG-GATTAATTAAAT--AAAATAAATATTTTCA
gi|133802                     :                                                                                                                                                                                                                                                              A--GAC----ACG---CCA-------GGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGC--T------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CA-TTACCAGTAT-TCATCATCA---AAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATCAATG-GC-GAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAAGAA--GGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCGAAGGGTCAGATGATTAAT-GCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATTAC
gi|133803                     :                                                                                                                                                      attacaaatgagacgcgtctgtgtgcagtggatcccgcgactcctaaatgatgaacagaaattaaggctggttcatgttgcacacaagtttttgtgaatggttcA--GAC----ACG---CCA-------GGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGC--T------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CA-TTACCAGTAT-TCATCATCA---AAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATCAATG-GC-GAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAAGAA--GGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCGAAGGGTCAGATGATTAAT-GCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATTAC
gi|133804                     :                                                                                                                                                       attacaaatgagacgcgtctgtgtgcagtggatcccgcgactcctaaatgatgaacagaaattaaggctggttcatgttgcacacaagtttttgtgaatggttc--GGT----ACGAGTCAGAAGGCGAGGGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACGGACGAAATCTGGC--T-----TTGACGT-T-TCATCCGGAGACAAAAGCGC--AATCA--TCC-G--TATGGAAAACGCT-ACGA--A---CACCACCAC--AAAAACGCCAAG--GTCAACAAATC--CA-GC-GAAAACCAATTTTTTTT-TATTCAT--GGATAGGG--CA------GGGATGATCCT--TCAACACC--AGATACCAGATGGTCAGACTGTAAAT-GCAGATTACTACTCAAAGG-TATT------A------CTTAAAAAATA-AA-AT-A-ATA--TTATCAACAA---AA-AATAGT-----ACGTGCTTTAATA---AAAA--T-AGAAATAAAGAAACAA--TATTAAAATAAATTATAAAAACATACAAGGATTAACTAAATGAAATAAATATATT
gi|133805                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACATGGC--T------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAG-CATA--T--GGAAA-CA-TTACC---AG-TCTCCAC-ACCGAAGAAAGCTAGGGTATC--AAAATCAATG-GC-GAAGGTG-ATGTTTGTTGTATTCTT--TGAC------CA--AGAAGGATTGATATTGTCACATGCA--G--TACCAAAGGGCCAGACGATTAAT-GCTGTCTATTTCCCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATAACTT----TTTAAAAAT

lowQualScore                  :                    11111                                                                                                   4444444444444444444444444444444                                         11                    333333333333                                     111                 111111                                                                                     11         222                                    11      11    22      11                        1111111  1111                     11                                                 22222222222222                                              44444444444  111  111              1111            1                            11                                                                                      
lowQualScore                  :          22        33333    3             1    7                                    1  0          3333         3      22   1111111111111111111111111111111          1     1      22   1            55                    888888888888 3  3  1   1 555 8888    33   8888   444     888 888     222222              1  1  1  1        1    66 999999   4 4                66  66     77  1 22      5  666     55  0  8                555    33      77  5 33      44     77    1     66     4444444  4444           666       33  1            4        5   777             5    77777777777777          5  5  5     66          0    2      77777777777  000  000    77 5 5    2222   0  7     1               77      5    55      77   1                                      3                                   
lowQualScore                  :          ..        .....    .             .    .                                    .  .          ....         .      ..   ...............................          .     .      ..   .            ..                    ............ .  .  .   . ... ....    ..   ....   ...     ... ...     ......              .  .  .  .        .    .. ......   . .                ..  ..     ..  . ..      .  ...     ..  .  .                ...    ..      ..  . ..      ..     ..    .     ..     .......  ....           ...       ..  .            .        .   ...             .    ..............          .  .  .     ..          .    .      ...........  ...  ...    .. . .    ....   .  .     .               ..      .    ..      ..   .                                      .                                   
lowQualScore                  :          88        11111    1             0    3                                    8  6          9999         4      66   5555555555555555555555555555555          2     7      44   7            33                    888888888888 8  8  9   0 444 3333    99   9999   000     888 888     666666              0  0  0  0        0    11 777777   4 8                00  11     44  0 22      3  888     11  2  5                444    88      00  0 11      66     44    0     99     5555555  5555           999       88  0            0        0   111             0    11111111111111          0  6  0     99          4    5      66666666666  000  000    99 7 7    1111   7  9     4               99      7    77      99   0                                      2                                   
consensus                     : TGACGTTAACNTGGTAAAAGATCGCCTCGATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--GAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--A--T-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATNATNACNACCGACGAGACATGGC--T--GTCTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCAG--TGGAAANCA-T-ACCGAT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-GC-GAAAACATATGTTCATCGTNTTCTT--CGACA--T----CAAC--GGAATAATCCTGAGCCACGCC--GTNCCGAAAGGCCAGNCTGTCAAC-GCANTNTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
Reference ( family-673 )      : TGACGTTAACNTGGTAAAAGATCGCCTCGATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--GAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--A--T-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGGCGACTCGTTCCTAAATAGGATNATNACNACNGACGAGACNTGGC--T--GTCNTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCNG--TGGAAANCA-T-ACCGAT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGGATGTC--CAAATCGNTA-GC-GAAAACGTATGTTCGTCGTNTTCTT--CGACA--T----CAAC--GGAATGATCCTGANCCATGCC--GTNCCGAAAGGCCAGACTGTCAAC-GCAGTNTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133778                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTG-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--A--TCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T--GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCAG--TGGAAATCA---ACCGAT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACA--T----CAAC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--GTTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATTCTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133779                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT-----A-GA-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T--GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCAA--TGGAAATCA---ACCGAT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACA--T----CAAC--GGAATAATTCTTAGCCATGCC--GTTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---AA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AACT--CTATGT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133780                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATCCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TAA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--A--TCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGGCGATTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T--GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAATCAG--TGGAAATGA---ACCGAT-TCGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATATGTTTATCGTCTTCTT--CGACA--T----CACC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--GTTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AGACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAAATAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133781                     : TGATGCTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCTTGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-TGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--A--TCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAA---G---AGGACGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGT--T--GTTTTAT-TATGATCCCGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCAG--TGGAAATCA---ACCGAT-TCGCC-CGACCGAAAAAAGCCATAATGTC--CAAATCGTTA-G--GAAAACATAGGTTCATCGTCTTCTT--CGACA--T----CAAC--GGAATAATCCTGAGCCATGCC--GTTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAAC-GCATTGTATTATTCAAAGG-TACA------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACA-TTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133782                     : TGACGTTCATTTACTGAAAGAACATCTCGACAAAGACCATCGGGCCA-CAATTCATGATCTCTGCATTGAATTGGATATGGGTT-ACGGCACGGTGCA----CAGAATTATAAAAGAT-AAATTA-----CAC--ATG--AA-T-CATT--T--AAGTGCTCGTTGGGTTTCCCCAA--TTG-TTGGAAGATTTTGAAATGCAACGGCGAGTGATTGA--A--TCA---A-GA-AA-ATTTC---T-A--GCAA--GAT----ATG---CTAAA---G---AAGTGAATTCATTTTTAAACAGAATCATCACAACAGATGAGACTTGGC--T--AGGCTAT-TATGACGTGGAAACAAAACAAC--AATCAAGTCAG--TGGAAGAC--T-AGTGAT-TCTCC-CCACCAAATAAAGCGACAATATC--CAAGTC--TACGG-GAAAGCACATGTTTATTGTGTTCTT--CGACA--T----CAAT--GGAGTACTCTTGAATCAGGCA--ATCCCAAAAGACCAGACTGTCAACTCCAG-CTATTATTCGAAGC-TACCTTATTTGAAACGTATTTTAT--CATAACAT-ACATT--TTTCCTAGAGTTTGTCACTAAT-----A-----AC---TG---AAAAACT-A-AATT----TAA------ATA-ATATATACTTTCAAA--AT-TAA-AGTT--CT-TAC--AGTACATGTAT
gi|133783                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-ACTGCCTCAATAAGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATTAAAAA-------A-----AAA--ATGC-AT-G-CATT--T--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCAG--TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133784                     :   ACGTTAACATGGTAAAA-ACTGCCTCAATAAGGATTGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCACAATCATGGTAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATC--T--TAGTGCTCGCTGAGTT-CCCCAA--TTG-TTGAAAGAGTATG-AATGGAGCAACCAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133785                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-ACTGCCTTAATAAGGATTGTCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATATAGTGCA----CACGATAATTAAGA--------A-----AAA--AT---AG-CATGCATTT--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCTG--TTG-TTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133786                     :   ACGTTAAAAGGGTAAAA-ACTGCCTTAATAAGGATTGCCGTAAAA-CAATTCAAGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CACGATAATTAAG-AT------------AAA--AT---AG-CATGCATTT--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCAG---TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133787                     :   ATGTTAACCTGGTAAAA-ACTGCCCCAATAAGGAATGCCGTAATA-TAATTTATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATT--T--AAGTGCTTGCTGGGTC-CCATAG--TTG-ATAAAAGAGTAT-AAATGGGGCAACGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133788                     :   ACGTCAACATGGTAAAAGGT-GCCTCAATAAGAATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTCTGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGACAATTAAGAAT-GAAT
gi|133789                     :     GTCAACGTGGTAAAAG--TGCTTCAATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTTTGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATGCAGTGCA----CCTGATGAT----AAT-GAAT--------AA--ATG--TC-A-TGCA--TTAAAGTGCTCGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CAAAAAAAGTATG-AGTGGAGCAACGAGTAAAAG------T-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133790                     :            TGGTAAAAGGTT-CCTCAATAAGGATCGCCGTGATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAGCACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-AAAT-------AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----GAGTGATCACAGGGTT-CCTCAA--TTG-C-AAAAATGTATG-AGTGGAGCGACAAGCAAGAG------T-----A-GG-GATATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133791                     :            TGGTAAAAGGT-GCCTCAATAAGGATCGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTA-----AGGTT-ACAGTACAGTGCG----CATAATCATTAAGAAT-GAA--A-----AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----GAGTGATCACAGGGTT-CCTCGA--TTG-CTTACA-AGTATG-AGTGGTGTGACGAGCAAGAG------T-----AGGG-AA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133792                     :                AAAAGGT-GCCTC--TAAGGAATACCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGCATAGGTT-ATGGTACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-GAAT-------AAC--ATGCAAG-T-CATT--A--GAGTTCTCGCTGGGTT-CTCCAT--TTA-CT--AAGAGTATG-AATGG
gi|133793                     :              gtcAAAGGT-GCCTCAGTAAGAATCACCGTAATA-CAATTCATGAACTGTGTTGCGACCTAAGTATAGGTT-ACGGTACAACGTA----CATGATATTTAAGAAT-GAATTACATGCAAAACATT--AG-T-CTAA-----GAGTGCTCACAGGTTT-CCCCGA--TTG-CTTAAAGAGTGTG-AGTGGAG-GCCGAATAAGAG------T-----AGGG-AA-ATTAC---TAA--ACGA--CGTA---ACG---TAAA
gi|133794                     :                              ATAAGGACTGCTGTAATA-CAATAAATGAACTATGCTGCGGACTTAATATGAGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATAAAGAAT-AAAT-------AGC--AT----G-C-TGA------GAGTGCTTGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTATAAGAGTATG-ATTGGTGCGACGAGTAAGAGT--A--------A-GA-AA-ATTACTTGT-A--GGAA--AATTACGACG---CAA
gi|133795                     :                              ATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTTATGAACTATGCTGCAAACTATGTACAGGTT-ACAGTACAGCGCA----CATGATAAT----AAT-GAATAA-----ATA--GCA--TG-C-TGG------GAGTGCTCGCAGGGTT-CCCTAA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGAGCGATGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133796                     :                              ATAAGGATCGCCGTAATA-TAAGTCATTAACTATGCTGCGAACTAAATA-AAGTTAACTGTAAAGTGCA----CATGATAATGATAAAT-GAA-TA-----ACA--ATGCAAG-T-CAT---T--GAGTGCTCGTAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTAAAGGAGTATG-AATGGAGCGGCGATTATAAAA--A--A-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133797                     :                              ATAGGGATTGCCGTAATA-CAATACATGAACTATGCTGCAAACTATGTATAAGGT-ACAATACAGTGCT----CATGATAATAAAGAAT---AT------------AT---AG-CATGCA--TTCGAGTGCTCGCAGGGTT-ACCCGA--TTG-CTTAAAGAGTATG-AGTGGAGCGACGAGT
gi|133798                     :                                AAGAATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGATG-GCAATACAGCGCA----CATGATAGTAAAGAAT-AAAT-------AAC--AT----G-C-TGA------GAGTACTCGCAGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGGGCGACGGGTA--TGA--A--T-----A-GG-AA-
gi|133799                     :                                 AGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAGCTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATCCAATGCA----CATGGTTATTAAGAAA-AAAT-------AGC--ATG--AA-C----A--T--AAGTGCTTGCTAGGTT-CCCCAG--TTG-CTTAATGAGTAT-AAGCGGAGCAACGAGTAAGAG------T-----A-GG-AA-
gi|133800                     :                                                                                                              ATTAACAATCGACCTT-----GGA--ATG--TG-C-AG----T--CAGCGCACGTTCGGTC-CCTCGC--TTGGTTAAAAAAGAA-GAGAAGCAACGCCGAGTT---GA--A--TGCTCAA-CG-AC-GTTGC---T-ACGGCGGCTGAT----ACG-----GAG---G---AAGACGATT---TCCTATATACCACAATCACGACTGATGAAACATGGC--TCCACCGCCT-T--GATCCAGAAACAAAAATGC--AGTCA--TCCGTTTGGAAAACA-
gi|133801                     :                                                                                                        ttcatcaaatAGAA--GATTTG-----AAC--ATG--AA-C-AAAG--T--GAGCGCTCGCTGGGT---CCCGAGGCTA-CTAAAACCGGACGAACTGGAAAGACTAGTCAGCGCTTC--T-----C-GT-GA-GTTTG---T-T--GAAT--GGT----ACGAGTCAGAAGGTG---AGAGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACAGACAAAACTTGACTTT--GGCTTTT-CA--ATCCAGAGACAAAAGTGC--AATCA--TTCG--TATTAAAAA-C-GCCGGTAACACCACCACCAAAAAAGGCCAAG--GTCAACAAATC--CA-GCGGAAAAC--ACGT---TTGTATTTTTAATGA-A--TAAGGCA----GGGATGACCCT--TCAACACCAGATACCAGATGGTCAGACTGTAAAT-GCAGATTACTATTCAAAGG-TAAT-------------ACTTGAAAAAG-GAAATAATA--------TTATAAACAAAAAAAAGTATGTGA-----TT---TAATTAAAA--TAA-AAAT----AAAGAA-ATATTAAAATAAATTATAAAA--ACATAG-GATTAATTAAAT--AAAATAAATATTTTCA
gi|133804                     :                                                                                                                                                                                                                                                               --GGT----ACGAGTCAGAA---GGCGAGGGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACGGACGAAATCTGGC--T--TTGACGT-T-TCATCCGGAGACAAAAGCGC--AATCA--TCCGTATGGAAAACGCT-ACGAA---CACCACCAC--AAAAACGCCAAG--GTCAACAAATC--CA-GC-GAAAACCAAT-TTTTTTTTATTCAT--GGATAGGG----CA----GGGATGATCCT--TCAACACCAGATACCAGATGGTCAGACTGTAAAT-GCAGATTACTACTCAAAGG-TATT------A------CTTAAAAAATA-AA-AT-A-ATA--TTATCAACAA---AA-AATAGT-----ACGTGCTTTAATA---AAAA--T-AGAAATAAAGAAACAA--TATTAAAATAAATTATAAAAACATACAAGGATTAACTAAATGAAATAAATATATT
gi|133805                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACATGGC--T---TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAGCATA--TGGAAA-CA-TTACC-AG-TCTCCAC-ACCGAAGAAAGCTAGGGTATC--AAAATCAATG-GC-GAAGGTG-ATGTTTGTTGTATTCTT--TGAC--------CAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCA--GTACCAAAGGGCCAGACGATTAAT-GCTGTCTATTTCCCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATAACTT----TTTAAAAAT

Unaligned ( gi|133802 ): ATTACAAATGAGACGCGTCTGTGTGCAGTGGATCCCGCGACTCCTAAATGATGAACAGAAATTAAGGCTGGTTCATGTTGCACACAAGTTTTTGTGAATGGTTCAGACACGCCAGGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGCTTCATATGTTTGATCCAGAATCAAAAGCTGAATCTAGCGTATGGAAACATTACCAGTATTCATCATCAAAGAAATCTAGGGTGTCAAAATCAATGGCGAAGATGATGTTTGTCGTATTCTTTGACCAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCAGTACCGAAGGGTCAGATGATTAATGCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGTGTTGTGTATTAAAATATATTCATTAC
Unaligned ( gi|133803 ): ATTACAAATGAGACGCGTCTGTGTGCAGTGGATCCCGCGACTCCTAAATGATGAACAGAAATTAAGGCTGGTTCATGTTGCACACAAGTTTTTGTGAATGGTTCAGACACGCCAGGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGCTTCATATGTTTGATCCAGAATCAAAAGCTGAATCTAGCGTATGGAAACATTACCAGTATTCATCATCAAAGAAATCTAGGGTGTCAAAATCAATGGCGAAGATGATGTTTGTCGTATTCTTTGACCAAGAAGGATTGATATTGTCACATGCAGTACCGAAGGGTCAGATGATTAATGCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGTGTTGTGTATTAAAATATATTCATTAC

lowQualScore                  :                    11111                                                                                                   4444444444444444444444444444444                                         11                    3333333333                                     111      111                                                 222222      1                  111111                      333333    11                                11      11    1       1                       222222  11            22222     11    11                                          1  2222222222222222             1        11                      44444444444  111  111              1111            1                            11                                                                                      
lowQualScore                  :          22        33333    3             1    7                                    1  0          3333         3      22   1111111111111111111111111111111          1     1      22   1            55                    8888888888 3  3  1   1 555 8888    33   7777   111      444     1   44              1  1  1  4        2     111111 22   0 4            0   777777     4   66666 55     000000    11   4 1  8     0          55     11      55  4 2       1     66    1     55    000000  44        6   66666     66    11 1     0      1          22 1             2  9999999999999999  0    1  4  2  4     66          0    2      77777777777  000  000    77 5 5    2222   0  7     1               77      5    55      77   1                                      3                                   
lowQualScore                  :          ..        .....    .             .    .                                    .  .          ....         .      ..   ...............................          .     .      ..   .            ..                    .......... .  .  .   . ... ....    ..   ....   ...      ...     .   ..              .  .  .  .        .     ...... ..   . .            .   ......     .   ..... ..     ......    ..   . .  .     .          ..     ..      ..  . .       .     ..    .     ..    ......  ..        .   .....     ..    .. .     .      .          .. .             .  ................  .    .  .  .  .     ..          .    .      ...........  ...  ...    .. . .    ....   .  .     .               ..      .    ..      ..   .                                      .                                   
lowQualScore                  :          88        11111    1             0    3                                    8  6          9999         4      66   5555555555555555555555555555555          2     7      44   7            33                    8888888888 8  8  9   0 444 3333    44   8888   777      000     6   44              0  0  0  1        6     555555 22   9 7            2   222222     4   77777 00     777777    00   0 4  0     7          33     00      88  0 5       3     55    0     55    333333  88        6   33333     55    00 0     7      0          22 0             0  8888888888888888  8    2  0  5  0     55          4    5      66666666666  000  000    99 7 7    1111   7  9     4               99      7    77      99   0                                      2                                   
consensus                     : TGACGTTAACNTGGTAAAAGATCGCCTCGATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--GAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--AT-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCGTTCCTAAATAGGATNATNACNACNGACGAGACNTGGCT-----GTCNTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCN-G--T--GGAAANCA-T-ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGNTA-GCGAAAACGTATGTTTATCGTNTTCTT--CGACAT----CAACGGAATGATCCTGA----GCCAC--GCCG--TNCCGAAAGGCCAGACTGTCAACGCAGTNTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
Reference ( family-673 )      : TGACGTTAACNTGGTAAAAGATCGCCTCGATAAGGATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGNA--T--GAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATGAAATGGAGCGACGAGTAAGAGA--AT-----A-GG-AA-GTTNC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATNATNACNACCGACGAGACATGGCT-----GTCTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAGC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAANCA-T-ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-GCGAAAACATATGTTCATCGTNTTCTT--CGACAT----CAACGGAATAATCCTGA----GCCAC--GCCG--TNCCGAAAGGCCAGNCTGTCAACGCANTNTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----A-----TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATNTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133778                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTG-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGTT-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA---ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G-GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CAACGGAATAATCCTGA----GCCAT--GCCG--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAACGCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATTCTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133779                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCGTTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GA-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGTT-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-A--T--GGAAATCA---ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G-GAAAACATATGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CAACGGAATAATTCTTA----GCCAT--GCCG--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAACGCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---AA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AACT--CTATGT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133780                     : TGATGTTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCAGGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATCCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-CGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TAA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGGCGATTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGTT-----GTTTTAT-TATGATCCGGAAACGAAACAAC--AGTCAAATCA-G--T--GGAAATGA---ACCG--ATT-CGCCGCCACCGAAAAAAGCCAGAATGTC--CAAATCGTTA-G-GAAAACATATGTTTATCGTCTTCTT--CGACAT----CACCGGAATAATCCTGA----GCCAT--GCCG--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAACGCATTGTATTATTCAAAGG-TACC------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AGACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACATTTAAATAAATAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133781                     : TGATGCTAAATTAGTCAAAGATCTTCTAGACAAGGACCGCCG-AGTAACAATACATGAACTATGCCTTGATTTGGATATGGGCT-ACGGCACCATTCA----TAGAATCATCAAAGAT-GAATTA-----AAA--ATG--AG-C-TGAA--T--AAGTGCGCGATGGGTT-CCCCGA--TTA-TTAAAAGATCATGAAATGGAACGCCGGGTAACAGA--ATCT---A-GG-AA-GTTTC---T-A--GCGA--GAT----ACG---CAAAAG---AGGACGACTCATTCCTAAATAGGATTATAACTACCGACGAGACATGGTT-----GTTTTAT-TATGATCCCGAAACGAAACAAC--AGTCAAGTCA-G--T--GGAAATCA---ACCG--ATT-CGCC-CGACCGAAAAAAGCCATAATGTC--CAAATCGTTA-G-GAAAACATAGGTTCATCGTCTTCTT--CGACAT----CAACGGAATAATCCTGA----GCCAT--GCCG--TTCCGAAAGGCCAGTCTGTCAACGCATTGTATTATTCAAAGG-TACA------G------ATTTTATAACA-AACAT-ATATT--TTACTTATAATTTAACAATAGT-----------TT---TA---AAAA--T-A-AAAT----AAACAACGTATT-ACATGTACTATAAAA--ATACAA-AATT--CTATAT--AATTTATATATTTACAGCTTTAGCAGATTAAGGAACGTGACA-TTAAATAATTAATACTCGATTTTCTTATTGTTTTT
gi|133782                     : TGACGTTCATTTACTGAAAGAACATCTCGACAAAGACCATCGGGCCA-CAATTCATGATCTCTGCATTGAATTGGATATGGGTT-ACGGCACGGTGCA----CAGAATTATAAAAGAT-AAATTA-----CAC--ATG--AA-T-CATT--T--AAGTGCTCGTTGGGTTTCCCCAA--TTG-TTGGAAGATTTTGAAATGCAACGGCGAGTGATTGA--ATCA---A-GA-AA-ATTTC---T-A--GCAA--GAT----ATG---CTAAAG---AAGTGAATTCATTTTTAAACAGAATCATCACAACAGATGAGACTTGGCT-----AGGCTAT-TATGACGTGGAAACAAAACAAC--AATCAAGTCA-G--T--GGAAGAC--T-AGTG--ATT-CTCC-CCACCAAATAAAGCGACAATATC--CAAGTC--TACGGGAAAGCACATGTTTATTGTGTTCTT--CGACAT----CAATGGAGTACTCTTGA----ATCAG--GCAA--TCCCAAAAGACCAGACTGTCAACTCCAGCTATTATTCGAAGC-TACCTTATTTGAAACGTATTTTAT--CATAACAT-ACATT--TTTCCTAGAGTTTGTCACTAAT-----A-----AC---TG---AAAAACT-A-AATT----TAA------ATA-ATATATACTTTCAAA--AT-TAA-AGTT--CT-TAC--AGTACATGTAT
gi|133783                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-ACTGCCTCAATAAGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATTAAAAA-------A-----AAA--ATGC-AT-G-CATT--T--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCAG--TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133784                     :   ACGTTAACATGGTAAAA-ACTGCCTCAATAAGGATTGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCACAATCATGGTAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATC--T--TAGTGCTCGCTGAGTT-CCCCAA--TTG-TTGAAAGAGTATG-AATGGAGCAACCAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133785                     :   ACGTTAACGTGGTAAAA-ACTGCCTTAATAAGGATTGTCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATATAGTGCA----CACGATAATTAAGA--------A-----AAA--AT---AG-CATGCATTT--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCCTG--TTG-TTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133786                     :   ACGTTAAAAGGGTAAAA-ACTGCCTTAATAAGGATTGCCGTAAAA-CAATTCAAGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGGTT-ACAATACAGTGCA----CACGATAATTAAG-AT------------AAA--AT---AG-CATGCATTT--AAGTGCTCGCTGGGTT-CCCAG---TTG-CTAAACGAGTAT-AAATGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133787                     :   ATGTTAACCTGGTAAAA-ACTGCCCCAATAAGGAATGCCGTAATA-TAATTTATGAACTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-AAAT-------AGC--ATG-------CATT--T--AAGTGCTTGCTGGGTC-CCATAG--TTG-ATAAAAGAGTAT-AAATGGGGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133788                     :   ACGTCAACATGGTAAAAGGT-GCCTCAATAAGAATCGCCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTCTGAACTAAGTATAGGTT-ACGGTACAGTGCA----CATGACAATTAAGAAT-GAAT
gi|133789                     :     GTCAACGTGGTAAAAG--TGCTTCAATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTTTGCTGCGAACTAAGTATAAGTT-ACAATGCAGTGCA----CCTGATGAT----AAT-GAAT--------AA--ATG--TC-A-TGCA--TTAAAGTGCTCGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CAAAAAAAGTATG-AGTGGAGCAACGAGTAAAAG----T-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133790                     :            TGGTAAAAGGTT-CCTCAATAAGGATCGCCGTGATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTAAGTATAGGTT-ACAGCACAGTGCA----CATGATAATTAAGAAT-AAAT-------AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----GAGTGATCACAGGGTT-CCTCAA--TTG-C-AAAAATGTATG-AGTGGAGCGACAAGCAAGAG----T-----A-GG-GATATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133791                     :            TGGTAAAAGGT-GCCTCAATAAGGATCGCCATAATA-CAATTCATGAACTATGCTGTGAACTA-----AGGTT-ACAGTACAGTGCG----CATAATCATTAAGAAT-GAA--A-----AAC--ATGCAAGTC-CTTA-----GAGTGATCACAGGGTT-CCTCGA--TTG-CTTACA-AGTATG-AGTGGTGTGACGAGCAAGAG----T-----AGGG-AA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133792                     :                AAAAGGT-GCCTC--TAAGGAATACCGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCGAACTAAGCATAGGTT-ATGGTACAGTGCA----CATAATAATTAAGAAT-GAAT-------AAC--ATGCAAG-T-CATT--A--GAGTTCTCGCTGGGTT-CTCCAT--TTA-CT--AAGAGTATG-AATGG
gi|133793                     :              gtcAAAGGT-GCCTCAGTAAGAATCACCGTAATA-CAATTCATGAACTGTGTTGCGACCTAAGTATAGGTT-ACGGTACAACGTA----CATGATATTTAAGAAT-GAATTACATGCAAAACATT--AG-T-CTAA-----GAGTGCTCACAGGTTT-CCCCGA--TTG-CTTAAAGAGTGTG-AGTGGAG-GCCGAATAAGAG----T-----AGGG-AA-ATTAC---TAA--ACGA--CGTA---ACG---TAAA
gi|133794                     :                              ATAAGGACTGCTGTAATA-CAATAAATGAACTATGCTGCGGACTTAATATGAGTT-ACAATACAGTGCA----CATGATAATAAAGAAT-AAAT-------AGC--AT----G-C-TGA------GAGTGCTTGCAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTATAAGAGTATG-ATTGGTGCGACGAGTAAGAGT--A------A-GA-AA-ATTACTTGT-A--GGAA--AATTACGACG---CAA
gi|133795                     :                              ATAAGGATTGCTGTAATA-CAATTTATGAACTATGCTGCAAACTATGTACAGGTT-ACAGTACAGCGCA----CATGATAAT----AAT-GAATAA-----ATA--GCA--TG-C-TGG------GAGTGCTCGCAGGGTT-CCCTAA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGAGCGATGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133796                     :                              ATAAGGATCGCCGTAATA-TAAGTCATTAACTATGCTGCGAACTAAATA-AAGTTAACTGTAAAGTGCA----CATGATAATGATAAAT-GAA-TA-----ACA--ATGCAAG-T-CAT---T--GAGTGCTCGTAGGGTT-CCCCAA--TTG-CTAAAGGAGTATG-AATGGAGCGGCGATTATAAAA--AA-----A-GGAAA-ATTAC---T-T--GTGA--AAT----A
gi|133797                     :                              ATAGGGATTGCCGTAATA-CAATACATGAACTATGCTGCAAACTATGTATAAGGT-ACAATACAGTGCT----CATGATAATAAAGAAT---AT------------AT---AG-CATGCA--TTCGAGTGCTCGCAGGGTT-ACCCGA--TTG-CTTAAAGAGTATG-AGTGGAGCGACGAGT
gi|133798                     :                                AAGAATTGCTGTAATA-CAATTCATGAACTATGCTGCAAACTAAGTATAGATG-GCAATACAGCGCA----CATGATAGTAAAGAAT-AAAT-------AAC--AT----G-C-TGA------GAGTACTCGCAGGGTT-CCCCGA--TTG-CTAAAAGAGTATG-AGTGGGGCGACGGGTA--TGA--AT-----A-GG-AA-
gi|133799                     :                                 AGGATTGCCGTAATA-CAATTCATGAGCTATGCTGCGAACTAAGTATATGTT-ACAATCCAATGCA----CATGGTTATTAAGAAA-AAAT-------AGC--ATG--AA-C----A--T--AAGTGCTTGCTAGGTT-CCCCAG--TTG-CTTAATGAGTAT-AAGCGGAGCAACGAGTAAGAG----T-----A-GG-AA-
gi|133800                     :                                                                                                              ATTAACAATCGACCTT-----GGA--ATG--TG-C-AG----T--CAGCGCACGTTCGGTC-CCTCGC--TTGGTTAAAAAAGAA-GAGAAGCAACGCCGAGTT---GA--ATGCTCAA-CG-AC-GTTGC---T-ACGGCGGCTGAT----ACG-----GAGG---AAGACGATT---TCCTATATACCACAATCACGACTGATGAAACATGGCTCCACCGCCT------TGATCCAGAAACAAAAATGC--AGTCA--TCC-GTTT--GGAAAACA-
gi|133801                     :                                                                                                        ttcatcaaatAGAA--GATTTG-----AAC--ATG--AA-C-AAAG--T--GAGCGCTCGCTGGGT---CCCGAGGCTA-CTAAAACCGGACGAACTGGAAAGACTAGTCAGCGCTTCT-----C-GT-GA-GTTTG---T-T--GAAT--GGT----ACGAGTCAGAAGGTGAGAGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACAGACAAAACTTGACTTT---GGCTTTT-CA--ATCCAGAGACAAAAGTGC--AATCA--TTC-G--T--ATTAAAAA-C-GCCG--GTAACACCACCACCAAAAAAGGCCA--AGGTCAACAAATC--CA-GCGGAAA-ACACGTTT---GTATTTTTAATGA-ATAAGGCA--GGGATGACCCTT------CAAC--ACCAGATACCAGATGGTCAGACTGTAAATGCAGATTACTATTCAAAGG-TAAT-------------ACTTGAAAAAG-GAAATAATA--------TTATAAACAAAAAAAAGTATGTGA-----TT---TAATTAAAA--TAA-AAAT----AAAGAA-ATATTAAAATAAATTATAAAA--ACATAG-GATTAATTAAAT--AAAATAAATATTTTCA
gi|133802                     :                                                                                                                                                                                                                                                            A--GAC----ACG---CCA-------GGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGCT------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CA-TTACCAGTATT-CATCATCA---AAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATCAATG-GCGAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAA--GAAGGAT--TGATATTGTCACATGCAG--TACCGAAGGGTCAGATGATTAATGCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATTAC
gi|133803                     :                                                                                                                                                    attacaaatgagacgcgtctgtgtgcagtggatcccgcgactcctaaatgatgaacagaaattaaggctggttcatgttgcacacaagtttttgtgaatggttcA--GAC----ACG---CCA-------GGGTGACTTGTTTTTAAGGAACATAGTGACAATGGATGAAACTTGGCT------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAGCGT-A--T--GGAAA-CA-TTACCAGTATT-CATCATCA---AAGAAATCTAGGGTGTC--AAAATCAATG-GCGAAGATG-ATGTTTGTCGTATTCTT--TGAC------CAA--GAAGGAT--TGATATTGTCACATGCAG--TACCGAAGGGTCAGATGATTAATGCTGTCTATTTCTCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATTAC
gi|133804                     :                                                                                                                                                     attacaaatgagacgcgtctgtgtgcagtggatcccgcgactcctaaatgatgaacagaaattaaggctggttcatgttgcacacaagtttttgtgaatggttc--GGT----ACGAGTCAGAAGGCGAGGGC------TTTCTAGATTGGATAATTACAACGGACGAAATCTGGCT-----TTGACGT-T-TCATCCGGAGACAAAAGCGC--AATCA--TCC-G--TATGGAAAACGCT-ACGA--A---CACCACCAC--AAAAACGCCA--AGGTCAACAAATC--CA-GCGAAAACCAATTTTT-TTTTATTCAT--GGATAGGG--CA--GGGATGATCCTT------CAAC--ACCAGATACCAGATGGTCAGACTGTAAATGCAGATTACTACTCAAAGG-TATT------A------CTTAAAAAATA-AA-AT-A-ATA--TTATCAACAA---AA-AATAGT-----ACGTGCTTTAATA---AAAA--T-AGAAATAAAGAAACAA--TATTAAAATAAATTATAAAAACATACAAGGATTAACTAAATGAAATAAATATATT
gi|133805                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACATGGCT------TCATATGTTTGATCCAGAATCAAAA--GCTGAATCTAG-CATA--T--GGAAA-CA-TTACC---AGT-CTCCAC-ACCGAAGAAAGCTAGGGTATC--AAAATCAATG-GCGAAGGTG-ATGTTTGTTGTATTCTT--TGAC------CAA--GAAGGAT--TGATATTGTCACATGCAG--TACCAAAGGGCCAGACGATTAATGCTGTCTATTTCCCAGAGGTTAGT------G-------TTGTGTATTA-AA-AT-ATATTCATAACTT----TTTAAAAAT