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Reference ( gi|115306 )       : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAA----ACAC--ATACA----TAAA-----ACTTA--CA----TA---T--GG--AT---GAGT-GCA---AG-------G--TATA--T-ACT-TATGT----ATTGC-TGCTTTATTA-TATG-CGTTGGTTTTCAGGAGCT
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Reference ( family-671 )      : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTCG-GTTTTCAGAAGCT
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gi|115329                     :                                                TTACAAATACAAAGAT--ATGCA-TAAA-------------ACTT--TCACG-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AT-------G--TATA--TGCT--TATATCATGATTGCATATTTTTTTATATGCGTTG-GTTTTCAAAAGCT
gi|115330                     :                                                                                                  TA-TT----T-AT---AA-A----TGC---A---AT-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGT-CACTTTATTATATGCATCA-GTTTTCAGAAGCT
gi|115331                     :                                                                                                                                              --TATA--TGAG--TTTAT----ATTGC-CACTTTATTATATGCGTCG-GTTTCCAAAAGCT





Alignments
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lowQualScore                  :                 .        ....                      .           ..     .  . .............    ..     .  .... .  ...  . ....   ... ...  ....... ..    ..    ..     ....     .                 . .             
lowQualScore                  :                 6        2222                      9           11     5  7 5555555555555    11     5  6666 5  666  5 1111   666 666  8888888 00    00    00     4444     6                 3 6             
consensus                     : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTCG-GTTTTCAGAAGCT
Reference ( family-671 )      : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTCG-GTTTTCAGAAGCT
gi|115304                     : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAT--ATATA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TAT---ACTGAG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATAATATGCATAG-GTTTTCAGAAGCT
gi|115305                     : TATATTGGCATTTAGC-TCTCAATA----TGGTGCCATTTACAAA-ATTACATATACAAAGAT--ATACA-TAAT--------------CTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTTA-ATTTTCAGAAGCT
gi|115306                     : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAACAC--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TG----G-AT---GA-G----TGC---A---AG-------G--TATA--TACT--TATGT----ATTGC-TGCTTTATTATATGCGTTG-GTTTTCAGGAGCT
gi|115307                     : TATATTGGCATTTAGC-TCTCAATA----TGGTGCCATTTACAAA-ATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAT--------------CTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAGT--TATAT----ATTGC-CGCCTGATTATATGCGTTG-ATTTTCAGAAGCT
gi|115308                     : TATATTGGTATTTAAC-TCTCAATA----TATTGTCATAAGAAAACATTACAAATACAAAGAT--ATACG-TAAA-------------ACTT--ATATA-TT----T-GT---GA-A----TGC---A---TG-------A--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTCG-GTTTTCAGCAGTT
gi|115309                     : TATATTGGCATTTAAG-TCTCAATA----TGATGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAA--ATGCA-TAAA-------------ACTG--ACGTA-TT----T-AA---GA-A----TGC---A---AG-------GGATATAATTAAT--TATAT----ATTGC-CTCTTTATAATATGCCTTG-ATTTTCAGAAGCT
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gi|115311                     : TATATTGGCATTTAAA-TCTCAATA----TAGTGTCATTAATAAACATTTCAGATTCGAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATT-TT----T-AT---GA-A----TGC-------AG-------G--TATA--GTAT--TATAT----ACTGC-CGCTTTGTTATATGCGTCG-GTTTTAAGAA
gi|115312                     : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATGAATAAACATTACAAATATGAAGAT--ATGCA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGG---A---AG-------G--TTTA--TAAT--TATAT----ATTGC-AGTTTTAT--TATGGGTTG-GTTT
gi|115313                     : TGTATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGCCATAAATAATCATGACAAAAACAAAGAT--ATTCA-TAAA-------------ACTC--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------A--TATA--TAAG--TTTAT----ATTGC-TGATTTGATATATGCGTCG-GGTTTCAGAAG
gi|115314                     : TATATTGGCAACTGAC-TCCCAATA----TGGTGTCATAGA--AACATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------CCTT--ACAAA-TT----T-AT---AA-A----TAC---A---GGATAAAATG--TATA--CACC--TATAC----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTTG-GTTTTTAGAAGC
gi|115315                     : TATATTG-CATTTAAC-TCTCAATG----TGGTGTCGTAAATAAACATTACAATTTCAACGAT--ATACA-TAAA-------------ACTTAAACATA-GT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------A--TAGC--TAAT--GATAT----ATTGC-CGTGTCATTATATGCATTG-GTTTTCAGAAGC
gi|115316                     : TATGTTGGCATTTAAC-ACTCAATAATA-TGGTGTCATAAACAAACATAACAATTACAAAGAT--ATACA-TATA-------------ATTT--ACATATTT----T-TT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TTAAT----ATTAC-CGCTTTATTAT-TTTGTCGTTTTTTCAGAAG
gi|115317                     : TATATTGGCATTAAGC-TCACAATAATTATGGTGTCATAAATAAACATTGCACATACAAAGAT--ACACA-TACATGTTTAGAGATATACTT--ACAAC-TT----T-AT---GA-A----TAC---A---GG-------G--TATA--TAACTATATAT----ATTGC-CACTTTATTATATGTATTG-GTTTTCAGAAG
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gi|115319                     : TATTTTGGCATTAAAC-TCTCAATA----TGGTGTCGTAAGTAAACATT---AGTATAAAGAT--ATACG-TATA-------------ACTT--ACGCA-TG----T-TT---GA-------GCAAAA---AA-------G--TATA--TAAT----TAT----ATTGC-CGCTTTATTATTTGCA-AG-GTTTTCAGAAG
gi|115320                     : TATGTCAGCATTTAAC-TCTCAACA----TGGTGCCGTAAATAAACATTACCGGTACAAAGAT--ATACA-TATA-------------ACTT--ACACA-TT----T-GT---GT-A----TCC---G---AA-------A--TATA--T---------------------GTTTTATTATACGC--------CTCAGAAGCT
gi|115321                     : TATAATAGCAGTTGAC-TCTCAATA----TGATTTCTTATGTCAATATTACCAGTACAGAGAC--ATACAGT--A-------------TCTT--ACGCA-TTTTGGT-ATCCAGA-G----TAC-------AT-------G--TATA--TAAT----TGT----ATTGC-CACTTTATTATATGTGTAC-ATTTTCAGAAGCT
gi|115322                     : TATATTGGCATCTAGC-TCCCAACA----TAATGTCGTAAATAAATGTTACCAGTACAAAGAT--ATACA-TATA-------------ACCT--ACGCA-------T-AT---GG-G----TATTA-A---AC-------G--TATA--TACT--TATA
gi|115323                     : TATAT-GGCATTTAAC-TCTCGATA----TATTGTCAT---TTAACATTAC-----------------CA-TATA-------------ACTT--ATTCA-TT----T--T---GGTA----TCC---A---AA-------G--TATA--TGAT--TATA
gi|115324                     :  ATATTGTTATTTAAC-TCTCAAAA----TGGTGTAATAAATAAACATTA-----------AT--ATATC-TAAA-------------ACTT--ACAAA-AAA---T-AT---GA-A----TGT---A---AG-------G--TATA--TACT--TGCAT----ATTGC-TGCTCTATTATATGCGTTG-GTTTTTAGAAGCT
gi|115325                     :  ATATTGACATTTAAT-ATTCAATG----TGATGGTGTAAATAAACATTACCAACACACACAT--AAATA-TATA-------------ACTT--GCATA-TC----A-GG---GA-A----TTC---A---AA-------G--AATA--CAAT----TAT----ATTAC-CACCTTATTATATGCGTCA-GTTTTTAGAAACT
gi|115326                     :   TATTGGTATTTAAC-TCACAATA----TGGTGTCATAAATAAATATTACAAATACAAACAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--AAATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TAT
gi|115327                     :            TTAACATTTCAATA----TGGTGTCATGAATAAACATTACAAGTACAAAGAA--ATACA-TTAA-------------ACCT--TCATA-TT----T-AT---GA-A----AGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-GGA-TTATTATATGCGTTG-GCTTTCTGAACCT
gi|115328                     :             TAAC-TCTCAATA----TGGTGCCATAAATAAACATAACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------A--TAAA--TATT--TATAT----AATGC-CACTTTATTATATGCATTG-GTTTTCAGAAGC
gi|115329                     :                                                TTACAAATACAAAGAT--ATGCA-TAAA-------------ACTT--TCACG-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AT-------G--TATA--TGCT--TATATCATGATTGCATATTTTTTTATATGCGTTG-GTTTTCAAAAGCT
gi|115330                     :                                                                                                  TA-TT----T-AT---AA-A----TGC---A---AT-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGT-CACTTTATTATATGCATCA-GTTTTCAGAAGCT
gi|115331                     :                                                                                                                                              --TATA--TGAG--TTTAT----ATTGC-CACTTTATTATATGCGTCG-GTTTCCAAAAGCT


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blockSeqs                     :                 .        .                                     .      .    .                .      .  .    .  .    . .      .   .    .       .     .     .      .        .                 T .
blockSeqs                     :                 .        .                                     .      .    .                .      .  .    .  .    . .      .   .    .       .     .     .      .        .                 C .
blockSeqs                     :                 .        .                                     .      .    .                .      .  .    .  .    . .      .   .    .       .     .     .      .        .                 T .
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blockSeqs                     :                 .        .                                     .      .    .                .      .  .    .  .    . .      .   .    .       .     .     .      .        .                 T .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                              .                                                


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Alignments
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lowQualScore                  :                 6        2222                      9           11     5  7 5555555555555    11     5  6666 5  666  5 1111   666 666  8888888 00    00    00     4444     6                 3 6             
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Reference ( family-671 )      : TATATTGGCATTTAAC-TCTCAATA----TGGTGTCATAAATAAACATTACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-CGCTTTATTATATGCGTCG-GTTTTCAGAAGCT
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gi|115322                     : TATATTGGCATCTAGC-TCCCAACA----TAATGTCGTAAATAAATGTTACCAGTACAAAGAT--ATACA-TATA-------------ACCT--ACGCA-------T-AT---GG-G----TATTA-A---AC-------G--TATA--TACT--TATA
gi|115323                     : TATAT-GGCATTTAAC-TCTCGATA----TATTGTCAT---TTAACATTAC-----------------CA-TATA-------------ACTT--ATTCA-TT----T--T---GGTA----TCC---A---AA-------G--TATA--TGAT--TATA
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gi|115326                     :   TATTGGTATTTAAC-TCACAATA----TGGTGTCATAAATAAATATTACAAATACAAACAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--AAATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------G--TAT
gi|115327                     :            TTAACATTTCAATA----TGGTGTCATGAATAAACATTACAAGTACAAAGAA--ATACA-TTAA-------------ACCT--TCATA-TT----T-AT---GA-A----AGC---A---AG-------G--TATA--TAAT--TATAT----ATTGC-GGA-TTATTATATGCGTTG-GCTTTCTGAACCT
gi|115328                     :             TAAC-TCTCAATA----TGGTGCCATAAATAAACATAACAAATACAAAGAT--ATACA-TAAA-------------ACTT--ACATA-TT----T-AT---GA-A----TGC---A---AG-------A--TAAA--TATT--TATAT----AATGC-CACTTTATTATATGCATTG-GTTTTCAGAAGC
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