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Reference ( gi|85903 )        : CAGTGGCGTAGCTG-ACCC--TAAA--ATGAT---GTGCAAGCCC-A-TAGGGTTCTA-G-AAGGCT-T--GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
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gi|85904                      : CAGTGACGTAGCTG-ACCC--TAAA--ATGAT---GTGCAAGCAC-A-TAGGGTTCTA-G-AAGGGT-T--GGGGGAGGGGCCTGGGGGACAT
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blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  C      C    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  C      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A      C    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  G      C    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  G      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  G      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  C      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  T      T    
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  G           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  C           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  A           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .  .           
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .              
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .    .              
blockSeqs                     :               .        .  .     .                  .                   
blockSeqs                     :                                 .                  .                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCACCGGG-TTCT-AG-AGGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
finalCons                     : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCACCGGG-TTCT-AG-AGGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT





Alignments
lowQualScore                  :               1        22 22    222           0    1    3  33     77777                      
lowQualScore                  :               .        .. ..    ...           .    .    .  ..     .....                      
lowQualScore                  :               4        00 00    444           1    4    0  99     11111                      
consensus                     : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCACCGGG-TTCT-AG-AGGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
Reference ( family-666 )      : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCACCGGG-TTCT-AG-AGGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85902                      : CAGTGACGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCATAGGG-TTCT-AG-AAGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85903                      : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCATAGGG-TTCT-AG-AAGGCT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85904                      : CAGTGACGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCACATAGGG-TTCT-AG-AAGGGT-T---GGGGGAGGGGCCTGGGGGACAT
gi|85905                      : CAGTGGCGTAGCTGTCCCCTTAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCATAGGG-TTCT-AG-AAGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGGACAT
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gi|85907                      : CAGTGGCGTATCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGTCCATCGGG-TTCT-AG-TGGGGT-C---GGCGGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85908                      : CAGTGGCGTAGCTG-ACCTTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCACCAGG-TTCCAAG-AGGG
gi|85909                      : CAGTGGCGAAGCTG-ACCCTTAA--A--TGAT---GTGCAAGCCAACCAGA-TTCT-AG-TGGGGT-T---GGGGAAGGGGTTT-GGGGACATt
gi|85910                      : CAGTGGCGTAGCTG-ACTCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCAATAGG-TTGT-AG-CGGGGT-CCA-GGGG
gi|85911                      : CAATGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCATGCCCAATAGG-TTCT-AC-CGGGGTCT---GGG
gi|85912                      : CGGTGGCGTAGCAG-ACCCTAAA--A--TGAC---GTGCAAGCCAACCGTG-TTCT-AG-AGGG
gi|85913                      : CAGTGGCTTAGCTG-ACACTAAA--A--CTAT---GTGCAAGCCCGCTGGG-TTCTAAG-AGGG
gi|85914                      : CAGTGGTGCAGCTG-ACCTTAAA--A--TGAC---GTGCAAGTTCACCACA-TTCT-AGCAGGGTC-T---GGGGG
gi|85915                      : CAATGGCGTAGCTG-ACCCTACA--A--TTAT---GTGTAAGCCCGTCAAG-TTCT-AG-
gi|85916                      : CAGTGGCGTAGCTG-ACCCTTAA--A--TGAT---GCGAAAGCCCACCGGG-ATCT-TG-GGGG
gi|85917                      : CAGTGACATAGCTG-ATCCTAAA--A--CGAT---GTGCAAGTCCACCAAA-TTCT-AG-AGG
gi|85918                      : CAGTGGCATAGCTG-ACCCTAAT--A--TAAT---GTGCAAGCCTATCGGG-
gi|85919                      : CAGTGGCGTTGCTG-ACCCTAGA--A--CGAT---GTTCAAGCCCATCAGA-TTCT-AT-GGTGGT-C---CGGGG
gi|85920                      : CAGTGGCGTATCTG-ACCTTTAA--A--CGAT---GTGCAAGCCCACTATA-TTCT-AG-GGGGCTCT---GGGGG
gi|85921                      : CAGTGGCATAGCTG-ACTCTAAA--A--TGAT---ATTTAAGTCCACCAGG-TT
gi|85922                      : CAGTTGCTTAGTTG-ACCCTAAA--A--TG------TGCAAGCCTACCGGG-ACCT-AG-CTGGGTCT---GGGGG
gi|85923                      : CAGTGGCGTAGCTG-ACACAAAA--AAATGAT---ATGCGAGCCCACCAGG-TTAT-A
gi|85924                      :  AGTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGTCCATCGGG-TTCT-AG-TGGGGT-C---GGCGGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85925                      :  AGTGGCATAACTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCA------TTCT-AG-----GT-TTTAGGGGGAGGGG
gi|85926                      :   GTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCATAGGG-TTCT-AG-AAGGGA-T---GGGAGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85927                      :   GTGGCGTAGCTG-ACCCTAAA--A--TGAT---GTGCAAGCCCATAGGG-TTCT-AG-AAGGGA-T---GGGAGAGGGGTCTGGGGGACAT
gi|85928                      :      GTGTAGCTG-ACCCTAAA--A--AGAT---GTGCAAGCCCACCAGG-TTGT-TG-GGAGTT-T---GGGG
gi|85929                      :          AGCTG-ACCCTAAATGA--TGATCATGTGCAAGCCCACCAGG-TTCT-AG-CTGGTT-T---TGGG
gi|85930                      :                                 ---GCGTAAGCCCATAGAG-TTCT-AG-AAGGGT-T---GGGGGAGGGGTCTGGGGAACAT