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Reference ( gi|105546 )       : AGATATTAATACA--CGACAG--AGCCAGGCCG--GGAG-GTGATAATCGGCCC-T---AA-TTCATAAT
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gi|105549                     : AGAGGTTAATACA--CGACAG--TGCCGGGCCG--GGAG-GTGATAATCGGCCC-
gi|105545                     : AGAGGTTAATACA--CGACAG--AGCCGGGCTG--GGAG-GTGATAATCGGCCg
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gi|105565                     : AGACATTAATACA--TGACAG--AGTCAGGCCG--GGAG-GTTATAAACAACCC-
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gi|105568                     :                      --AGCCAAGCCG--GGAG-GTGACAATCGGTCC-G---AGTTTCATAATggaaaatgaataat





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Reference ( family-664 )      :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
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Alignments
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Reference ( family-664 )      :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
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gi|105568                     :                    aaattaat--AG-CCAA--GCCGGGAGGTGACAATCGGTC----C-----G---AGTTTCATAAT
gi|105569                     : gagtaataaagatTTAATACGCGACAG--AG-CCGG---CTGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATGA
gi|105570                     :               aAATACATGACAG--TG-CTGG--GCCGGGAGATGATAATTGGCC----C-----G---AA-TTCAAAAT
gi|105571                     :                        ATAG--AG-CCAG--GCCGAGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---GA-TGCATAAT
gi|105572                     :                        ACAG--AG-CCGG--GTCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----GGAAAA-TGAATAAT


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blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    G     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            T               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            G               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :            C               .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .    .
blockSeqs                     :                            .   .    .                      .    .     .     


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
finalCons                     :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                 11111               
lowQualScore                  :            4               11  1    11                     2222 00000 666  1        
lowQualScore                  :            .               ..  .    ..                     .... ..... ...  .        
lowQualScore                  :            2               99  4    99                     9999 33333 222  4        
consensus                     :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
Reference ( family-664 )      :         AGACGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
gi|105544                     :         AGATATTAATACACGACAG--AG-CCTG--GCCGGGAGGTGATAACCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
gi|105545                     :         AGAGGTTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCTGGGAGGTGATAATCGGCCATTAT-----G---AA-TTC
gi|105546                     :         AGATATTAATACACGACAG--AG-CCAG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----T---AA-TTCATAAT
gi|105547                     :         AGACATTAATACACGACAA--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATAGGCT----C-----G---AA-TTCATAAT
gi|105548                     :         AGACATTAATACACGACAG--TG-CCGG--GC-GGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATAAT
gi|105549                     :         AGAGGTTAATACACGACAG--TG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---
gi|105550                     :         AGACATTAATACACGACAG--AG-CCGA--GTCGGAAGGTGATAATCGGCC----T-----G---AA-TTCATAAT
gi|105551                     :               TAATACACGACAG--AG-CCAG--GCCTGGAGGTAATAATCGGCC----C-----G---GA-
gi|105552                     :   agagaaAGAGGTTAAAACACGGCAG--AG-CCGG--GCCGGGAGATGATAATCGGCC----C-----G---GA-
gi|105553                     :         AGACATTAATACATGACAG--AG-CCTG--GCCGGGAGGTGATAATCAGTC----CG----G---AA-TTCATAAT
gi|105554                     :         AGAGGTTGATACACAACAGTGAG-CCAG--GTCGGGAGGTGATAGTCGGCC----C-----GGAAAA-TGTATAAT
gi|105555                     :         AGACATTAAAACACGACAA--AA-CTGG--GCCGGGAGGTGATAATCGGCC----A-----G---AA-TTCATAAT
gi|105556                     :         AGAGATTAATACATGACAA--AG-CCGG--GCCGGGAGGTGATAATC-TCC----CATTATG---AA-TTC
gi|105557                     :              TTAATACACGACAG--AG-CCGG--GCCGGGAGATGATAGTCA-------T-----G---AA-TTC
gi|105558                     :    agagtAGAGGTTAATACACGACAG--AG-CCGA--GCCGGAAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-
gi|105559                     :         AGACATTAAAACATGACAG--AG-CCTG--GCCAGGACGTGATAATCGGCC----CG----G---AA-TTCATAAT
gi|105560                     :         AGAGGTTAATACACGACA--------GG--GCTGGGAGCTGATAATCGGCC----CA----G---AA-
gi|105561                     :         AGAGGTTAATACACGATAG--AG-CATA--GCCGGGAGGTAATAATCGGCC----C-----G---AA-
gi|105562                     :         AGATATTAATGCACGACAG--AGTCTGGCCGCCGGAATGTGATAATCGGCC----T-----GT--AA-TTCGTAAT
gi|105563                     :         AGAGGTCAATACAAGACAC--AG-CCGG---CCGGGAGGTGATACTCAGTC----C-----G---GA-
gi|105564                     :         AGAGGTTTATACATGACAG--AG-AGGG--GCTGGGAGGTGATAATCAGCC----CA----G---AA-
gi|105565                     :         AGACATTAATACATGACAG--AG-TCAG--GCCGGGAGGTTATAAACAACC----C-----G---GA-
gi|105566                     :          GACATTAATACACGACAG--AG-CCAG--GCGGGGAGGTGATAATCGACC----C-----G---AA-TTCATAAT
gi|105567                     :                 ATATACGACGA--AG-CCGG--GCTGGCAGGTGCTAATCGATC----CG----G---AA-TTCATAAT
gi|105568                     :                    aaattaat--AG-CCAA--GCCGGGAGGTGACAATCGGTC----C-----G---AGTTTCATAAT
gi|105569                     : gagtaataaagatTTAATACGCGACAG--AG-CCGG---CTGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---AA-TTCATGA
gi|105570                     :               aAATACATGACAG--TG-CTGG--GCCGGGAGATGATAATTGGCC----C-----G---AA-TTCAAAAT
gi|105571                     :                        ATAG--AG-CCAG--GCCGAGAGGTGATAATCGGCC----C-----G---GA-TGCATAAT
gi|105572                     :                        ACAG--AG-CCGG--GTCGGGAGGTGATAATCGGCC----C-----GGAAAA-TGAATAAT