lowQualScore                  :                              1111111                                    
lowQualScore                  :    22  6          1      11  0000000 2 55 44 1  1  33    5              
lowQualScore                  :    ..  .          .      ..  ....... . .. .. .  .  ..    .              
lowQualScore                  :    66  0          4      55  0000000 8 22 77 4  4  33    2              
consensus                     : TAT-TAAGTGGCCATGCA-AAACTCG-TA-------T-T--T--T-TT-GC--AAAANGTGCAACGGCGTAT
Reference ( gi|110157 )       : TAT-TAACTGGCCATGCA-AAACTCA-TA-------T-T--T--T-TT-GC--AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110158                     : TAT-TAACTGACCATGCA-AAACTCA-TAT------T-T--T--T-TT-AC--AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110159                     : TAT-TATCTGGCCATGCA-GAACTCA-TAT------T-T--T--T-TT-GC--AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110160                     : TAT-TAACTGGCCATGCA-AAACTCA-TA-------T-TTAT--T-TT-GT--TAAATGTGCAACGGCGT
gi|110161                     : TAA-TAACTGGCCATGCA-AAACTCA-TA-------T-T--T--T-TTGGC--AAAATGTGTAACGGCATA
gi|110162                     : TAT-TAACTTGCCATGCA-AAACTCA-TA-------T-T--TG-T-TT-GC--AAAATGTGCAATGGGGTAT
gi|110164                     : TAT-TAACTTGCCATGCA-AAACTCA-TA-------T-T--TG-T-TT-GC--AAAATGTGCAA
gi|110166                     : TATATAACGGGCCATGCA-AAACTCA-TA-------TAT--A--T-TT-GC--AAAATGTGTTACGGCGTAT
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gi|110165                     : TAT-AAAGTGGCCATGCA-CAACTCG-TA-------TAT--T--T-TT-GC--AATAAGTGCAACGGCGTAT
gi|110163                     : TAT-TTAGTGGCCATGCA-AAACTCG-TA-------A-T--T--T-TA-AC--AAAAT-TGCAACGGTGTAT
gi|110168                     : TAT-CAAGCGACCATGTA-AAATTCG-TA-------T-T--T--T-TT-GA--AAAAAGTGTAACGGCGTA
gi|110172                     : TAT-CAAGTGACTATGCACAAACTCA-TAT------T-T--T--T-TT-AC--AAAAAGTGCAATAGCGTAT
gi|110176                     : TAT-CAAGTGGC-ATGTA-AAACTCA-TA-------T-A--T--T-TG-GC--AAAAAGTGC-ACGGCATAT
gi|110171                     : TAT-AAAGTGACCATGCA-AAACTTG-TA-------T-T--T--T-TT-GC--AAAAAGC-CAACAGTGT
gi|110170                     : TAT-CAAGTAGCCATGCA-GAACTCG-TA-------T-TG-T--T-TT-GT--AAACAGCGTAACGGCGT
gi|110169                     : TAT-CAAGTGACTATGTA-AAATTTG-TA-------T-T--T--T-TT-GC--AAAGAGTGCAACGG
gi|110173                     : TAT-CAAGTGACCAAGCA-AAAATCG-TA-------T-T--TTTT-TT-AC--AAAATGTGCAAATTCGTAT
gi|110175                     : TAT-AAAGTGACCATGCA-AAACGTG-TT-------T-T--T--T-TT-GC--AAAAAGTCCAACAGTGT
gi|110174                     : TAT-AAAGTGACCATGCA-AAACGTG-TT-------T-T--T--T-TT-GC--AAAAAGTCCAACAGTGT
gi|110177                     : TAT-AAAGTGGCCATGCA-AAACTAG-TA-------T-T--T--A-TT-GC--AAAAAATGCA
gi|110178                     :  AT-CAATTGATCATGCA-AAACTCG-TA-------T-TTCT--T-TT-GC--CATTTGTGCAACGGTGT
gi|110179                     :   T-CAAGTGGCCATGTA-AAGCTGG-TA-------T-T--T--T-TT-GT--AAAA-GTGCAACAGCATAT
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gi|110182                     :    -TAAGTTGTCATGCA-AAACTCAGTAT------T-T--T--T-TT-GCA-AAAAAGTGCAACAGCGCAT
gi|110183                     :       ACCGGCCATGCA-AAACTTG-TA-------T-T--T--TATT-GT--AAAATGTGCGACAGCGTAT
gi|110184                     :         TGGCCATGCA-AAACTCG-TA-------T-T--T--T-TC--C--AAAATGTGCAATGGCGTAT
gi|110185                     :          GGCCATGCA-AAACTCG-TA-------T-G--T--T-TT-GCAAAAAATGTAC
gi|110186                     :           GTCATGCA-AAACTCG-TA-------T-T--T--T-TT-GT--AAAAAGTGCAA





Alignments
lowQualScore                  :             1             1      1   8888888 2 55 2 4  1  1    2              
lowQualScore                  :             .             .      .   ....... . .. . .  .  .    .              
lowQualScore                  :             0             3      3   8888888 7 00 7 0  3  3    3              
consensus                     :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
Reference ( family-655 )      :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
gi|110157                     :          TATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110158                     :          TATTAACTGACCATGCA-AAACTC-ATAT------T-T--T-T-TT-AC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110159                     :          TATTATCTGGCCATGCA-GAACTC-ATA-------T-T--T-TTTT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
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gi|110164                     :          TATTAACTTGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--TGT-TT-GC-AAAATGTGCAA
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gi|110166                     :                  GGCCATGCA-AAACTC-ATA-------TAT--A-T-TT-GC-AAAATGTGTTACGGCGTAT
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gi|110170                     :          TATCAAGTAGCCATGCA-GAACTC-GTA-------T-TG-T-T-TT-GT-AAACAGCGTAACGGCGT
gi|110171                     :          TATAAAGTGACCATGCA-AAACTT-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAAAGC-CAACAGTGT
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gi|110173                     :          TATCAAGTGACCAAGCA-AAAATC-GTATT-----T-T--T-T-TT-AC-AAAATGTGCAAATTCGTAT
gi|110174                     :          TATAAAGTGACCATGCA-AAACGT-GTT-------T-T--T-T-TT-GC-AAAAAGTCCAACAGTGT
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gi|110176                     :          TATCAAGTGGC-ATGTA-AAACTC-ATA-------T-A--T-T-TG-GC-AAAAAGTGC-ACGGCATAT
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gi|110178                     :           ATCAATTGATCATGCA-AAACTC-GTA-------T-TTCT-T-TT-GC-CATTTGTGCAACGGTGT
gi|110179                     :            TCAAGTGGCCATGTA-AAGCTG-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAA-GTGCAACAGCATAT
gi|110180                     :             TAAGTGGCCATGCA-AA-CTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GT-GAAAAATGCAATGGCGTAT
gi|110181                     :             TAAATGACCATGCA-AAACTC-CTA-------T-T--T-T-TC-GC-AATAAGTGCAACAGTGTAT
gi|110182                     :             TAAGTTGTCATGCA-AAACTCAGTAT------T-T--T-T-TT-GCAAAAAAGTGCAACAGCGCAT
gi|110183                     :                  GGCCATGCA-AAACTT-GTA-------T-T--T-TATT-GT-AAAATGTGCGACAGCGTAT
gi|110184                     :              accTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TC--C-AAAATGTGCAATGGCGTAT
gi|110185                     :                  GGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-G--T-T-TT-GC-AAAAAATGTA
gi|110186                     :                   GTCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAAAGTGCAAc





Alignments
lowQualScore                  :             1             1      1   8888888 2 55 2 4  1  1    2              
lowQualScore                  :             .             .      .   ....... . .. . .  .  .    .              
lowQualScore                  :             0             3      3   8888888 7 00 7 0  3  3    3              
consensus                     :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
Reference ( family-655 )      :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
gi|110157                     :          TATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110158                     :          TATTAACTGACCATGCA-AAACTC-ATAT------T-T--T-T-TT-AC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110159                     :          TATTATCTGGCCATGCA-GAACTC-ATA-------T-T--T-TTTT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110160                     :          TATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-TTAT-T-TT-GT-TAAATGTGCAACGGCGT
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gi|110179                     :            TCAAGTGGCCATGTA-AAGCTG-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAA-GTGCAACAGCATAT
gi|110180                     :             TAAGTGGCCATGCA-AA-CTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GT-GAAAAATGCAATGGCGTAT
gi|110181                     :             TAAATGACCATGCA-AAACTC-CTA-------T-T--T-T-TC-GC-AATAAGTGCAACAGTGTAT
gi|110182                     :             TAAGTTGTCATGCA-AAACTCAGTAT------T-T--T-T-TT-GCAAAAAAGTGCAACAGCGCAT
gi|110183                     :                  GGCCATGCA-AAACTT-GTA-------T-T--T-TATT-GT-AAAATGTGCGACAGCGTAT
gi|110184                     :              accTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TC--C-AAAATGTGCAATGGCGTAT
gi|110185                     :                  GGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-G--T-T-TT-GC-AAAAAATGTA
gi|110186                     :                   GTCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAAAGTGCAAc


blockSeqs                     :             T             C      A   CTTTTTT A TA G T  G  A    T
blockSeqs                     :             T             .      .   TT      A TC G T  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   T       . G  . A  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   T       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             A             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             A             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             A             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             A             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             A             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             C             .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :             T             .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :                           .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :                           .      .   .       . .  . .  .  .    T
blockSeqs                     :                           .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :                           .      .   .       . .  . .  .  .    A
blockSeqs                     :                           .      .   .       . .  . .  .  .    .


blockSeqCons                  :          
originalCons                  :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
finalCons                     :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT





Alignments
lowQualScore                  :             1             1      1   8888888 2 55 2 4  1  1    2              
lowQualScore                  :             .             .      .   ....... . .. . .  .  .    .              
lowQualScore                  :             0             3      3   8888888 7 00 7 0  3  3    3              
consensus                     :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
Reference ( family-655 )      :          TATTAAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAANGTGCAACGGCGTAT
gi|110157                     :          TATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110158                     :          TATTAACTGACCATGCA-AAACTC-ATAT------T-T--T-T-TT-AC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110159                     :          TATTATCTGGCCATGCA-GAACTC-ATA-------T-T--T-TTTT-GC-AAAATGTGCAACGGCGTAT
gi|110160                     :          TATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-TTAT-T-TT-GT-TAAATGTGCAACGGCGT
gi|110161                     :          TAATAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--T-T-TTGGC-AAAATGTGTAACGGCATA
gi|110162                     :          TATTAACTTGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--TGT-TT-GC-AAAATGTGCAATGGGGTAT
gi|110163                     :          TATTTAGTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------A-T--T-T-TA-AC-AAAAT-TGCAACGGTGTAT
gi|110164                     :          TATTAACTTGCCATGCA-AAACTC-ATA-------T-T--TGT-TT-GC-AAAATGTGCAA
gi|110165                     :          TATAAAGTGGCCATGCA-CAACTC-GTA-------TAT--T-T-TT-GC-AATAAGTGCAACGGCGTAT
gi|110166                     :                  GGCCATGCA-AAACTC-ATA-------TAT--A-T-TT-GC-AAAATGTGTTACGGCGTAT
gi|110167                     : tatataacgTATTAACTGGCCATGCA-AAACTC-ATACTTTTTTT-T--T-T-TT-GC-AAAATGTGTAA
gi|110168                     :          TATCAAGCGACCATGTA-AAATTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GA-AAAAAGTGTAACGGCGTA
gi|110169                     :          TATCAAGTGACTATGTA-AAATTT-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAGAGTGCAACGG
gi|110170                     :          TATCAAGTAGCCATGCA-GAACTC-GTA-------T-TG-T-T-TT-GT-AAACAGCGTAACGGCGT
gi|110171                     :          TATAAAGTGACCATGCA-AAACTT-GTA-------T-T--T-T-TT-GC-AAAAAGC-CAACAGTGT
gi|110172                     :          TATCAAGTGACTATGCACAAACTC-ATA-------T-T--T-TTTT-AC-AAAAAGTGCAATAGCGTAT
gi|110173                     :          TATCAAGTGACCAAGCA-AAAATC-GTATT-----T-T--T-T-TT-AC-AAAATGTGCAAATTCGTAT
gi|110174                     :          TATAAAGTGACCATGCA-AAACGT-GTT-------T-T--T-T-TT-GC-AAAAAGTCCAACAGTGT
gi|110175                     :          TATAAAGTGACCATGCA-AAACGT-GTT-------T-T--T-T-TT-GC-AAAAAGTCCAACAGTGT
gi|110176                     :          TATCAAGTGGC-ATGTA-AAACTC-ATA-------T-A--T-T-TG-GC-AAAAAGTGC-ACGGCATAT
gi|110177                     :          TATAAAGTGGCCATGCA-AAACTA-GTA-------T-T--T-A-TT-GC-AAAAAATGCA
gi|110178                     :           ATCAATTGATCATGCA-AAACTC-GTA-------T-TTCT-T-TT-GC-CATTTGTGCAACGGTGT
gi|110179                     :            TCAAGTGGCCATGTA-AAGCTG-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAA-GTGCAACAGCATAT
gi|110180                     :             TAAGTGGCCATGCA-AA-CTC-ATA-------T-T--T-T-TT-GT-GAAAAATGCAATGGCGTAT
gi|110181                     :             TAAATGACCATGCA-AAACTC-CTA-------T-T--T-T-TC-GC-AATAAGTGCAACAGTGTAT
gi|110182                     :             TAAGTTGTCATGCA-AAACTCAGTAT------T-T--T-T-TT-GCAAAAAAGTGCAACAGCGCAT
gi|110183                     :                  GGCCATGCA-AAACTT-GTA-------T-T--T-TATT-GT-AAAATGTGCGACAGCGTAT
gi|110184                     :              accTGGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TC--C-AAAATGTGCAATGGCGTAT
gi|110185                     :                  GGCCATGCA-AAACTC-GTA-------T-G--T-T-TT-GC-AAAAAATGTA
gi|110186                     :                   GTCATGCA-AAACTC-GTA-------T-T--T-T-TT-GT-AAAAAGTGCAAc