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lowQualScore                  :      .            .......... ..............       . ...  ....           .              .    ........................                 ......................       .                  ..            .     . .      
lowQualScore                  :      0            3333333333 77777777777777       4 000  7777           6              1    888888888888888888888888                 7777777777777777777777       7                  33            6     2 6      
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Reference ( gi|8505 )         : AAAAT-GTCCGATGCAAA----------A-A-T----------ACTAGTACA---TT----TGAGATAAGATGAATATTGTGTGCATTATGTAC----------------------TTGATGTATGTTGGCGC--------------------T-ACATATCCCTTCCATTTGAAGTGCGTCAGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
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Alignments
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lowQualScore                  :      3             33333333333333333333333      3333   222             3        4444444444444444444444         66666666666       222        22          3333    22222222222222222222                                 1     3 1      
lowQualScore                  :      .             .......................      ....   ...             .        ......................         ...........       ...        ..          ....    ....................                                 .     . .      
lowQualScore                  :      8             11111111111111111111111      5555   999             0        2222222222222222222222         88888888888       555        11          3333    00000000000000000000                                 5     1 5      
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Reference ( family-650 )      : AAAAT-GTCCGATGCAAAA----------A-T----------ACTAGT----ATA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
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gi|8519                       :   AAT-ATCCGATGCAAAA----------AAC----------ACTAAT----ACA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------ATGCATTAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCAACA----TATC--------------------GCGTCCATTTGAAGTTCGTTGGCCAATCTTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
gi|8520                       :                AAAA----------A------------ACTAGT----ACA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------GTGCATTAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCG--------TCCTCCA-TTTAA-G-GCTT
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gi|8522                       :                                                 ----ACA---TTCGAAATAAGATAAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCG-AAC-----CATC--------------------GTTTCCATTTGAAGTGGGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTT
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lowQualScore                  :      8             11111111111111111111111      5555   999             0        2222222222222222222222         88888888888       555        11          3333    00000000000000000000                                 5     1 5      
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Reference ( family-650 )      : AAAAT-GTCCGATGCAAAA----------A-T----------ACTAGT----ATA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
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gi|8522                       :                                                 ----ACA---TTCGAAATAAGATAAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCG-AAC-----CATC--------------------GTTTCCATTTGAAGTGGGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTT
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Reference ( family-650 )      : AAAAT-GTCCGATGCAAAA----------A-T----------ACTAGT----ATA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
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gi|8518                       :  AAAT-GTCTAATACAAAA----------A-ACAACAACAAAACTATT----ACA---TTTGAGATAA-----ATGTTTT----------------------AGGCATAAT-----------GTGTTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------ACTTCCATTTGACATGCGTTGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
gi|8519                       :   AAT-ATCCGATGCAAAA----------AAC----------ACTAAT----ACA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------ATGCATTAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCAACA----TATC--------------------GCGTCCATTTGAAGTTCGTTGGCCAATCTTCCA-TTTGA-G-GTTTTA
gi|8520                       :                AAAA----------A------------ACTAGT----ACA---TTTGAGATAAGATGAATATTGT----------------------GTGCATTAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCGCGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCG--------TCCTCCA-TTTAA-G-GCTT
gi|8521                       :                                                T----ATA---TCTGAGATAA-----ATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------G---------AGGTATGT--TGGCGTGACA----TATC--------------------GCTTCCATTTGAAGTGCTTTGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTT
gi|8522                       :                                                 ----ACA---TTCGAAATAAGATAAATATTGT----------------------ATGCATAAT-----------GTGCTTG---ATGTATGT--TGGCG-AAC-----CATC--------------------GTTTCCATTTGAAGTGGGTCGGCCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTT
gi|8523                       :                                                                           TATTAT----------------------ATACACAATTAACATTTGAGGAGTTTGGGCATGTATGT--AGGCGCGACA----AATC--------------------GCTTCCACTTGAAGTACGTGCGCCAAGCCTCAAGTTTGA-GAGTTT
gi|8524                       :                                                                                                            TGAT-----------GTG--TA---ATACGTGTAATGGCGTGACAATTACATA--------------------GCTTTCATTTGAACAGCGTCAGCCAACCCTCTA-TTTAA-T-GTTT
gi|8525                       :                                                                                                               T-----------GTGTT-----ATGTATGT--TGGCGCGACA----AATC--------------------GCTTCCATAAGAAGTGCGTCAGACAAACTTCCA-TTTGA-G-
gi|8526                       :                                                                                                               T-----------GTGTTT-----TGTATGT--TGGCGCGACA----AATCGCTNNNNNNNNNNACAAATCGCTTCCATTTGAAGTGCGTCAGCCATGCCTCCA-TTTGA-G-GGTTT
gi|8527                       :                                                                                                                                TG---TTGTTTGT--TGGCGCGACA----AATC--------------------GCTAAAATTTGAAGTGCGTCAGCCAAGCCACAA-TTTGA-G-
gi|8528                       :                                                                                                                                                                 --------------------GCTTCCATTTGAAGTACATCACTCAATCCTCCA-TTTGA-G-GTTTTA