lowQualScore                  :                               22222222222             111     1                                             22222                                                         1  
lowQualScore                  :                 3333  1       44444444444 22   0    1 777 33  3   222   1  4444444   2222 4 4444444   444   33333 1  555   1   1     4                                    2  
lowQualScore                  :                 ....  .       ........... ..   .    . ... ..  .   ...   .  .......   .... . .......   ...   ..... .  ...   .   .     .                                    .  
lowQualScore                  :                 0000  4       55555555555 00   9    4 666 11  6   555   4  5555555   4444 2 6666666   444   66666 8  000   8   8     4                                    7  
consensus                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----N----A-A--CTTAAGCA-T-N-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATA--CAA-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
Reference ( gi|22887 )        : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T----A-A--CTTAAGCA-T-A-A-CAGATCA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATG--CAA-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGATG
gi|22888                      : AACAAAACAGAAAATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------AAA--C-ATA-------TATG--CAA-----A-AT---CAA-TAC-ATATGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGGTTCATTAAGTTG
gi|22889                      : AACAGAACAGAACACA----TAATCTTATT----A----A-A--CTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATA--CAA-----A-AT---CAA-TGC-ATACCTTGAAATATGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22891                      : AAC-GAACAGAACATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATG--C-ATA-------TTTG--CAA-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAGTAAGGTGGTATATGAATATCGT
gi|22892                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATGCCGGT----A-A--CTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATA--AAG-----A-AC---CAA-TAC-ATACTTTGAAATAAGGTGGTATATAAATACCGTTTCATTAAGTTG
gi|22890                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTTAAGAA-T-T-A-CAGCTTA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATATACAA-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAACTGGAATATGAATATCGTTTCATTTAGTTG
gi|22893                      : AAAAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTTAAGCA-T-----------------------------TA--C-ATA-------TATG--AAA-----A-AT---TCA-TAC-ATGCGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATTGTTTCATTAAGTTG
gi|22894                      : AGCAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATA--C-GCA-------CACG--CA
gi|22896                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----TC---G-A--CTTAAGCA-T-ATA-CAGCTCA---TCA-TT-------ATA--C-A-A-------CATA--CAA-----A-ACA--CAACTAT-ATTCG
gi|22898                      : AACTGTACAAAACATA----TA-TTTTATT----TC---G-A--CTTAAGCA-T-ATA-CAGCTCA---TCA-TC-------ATA--C-A-A-------AATA--CAATT---A-AT---GAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22895                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTCATT----TC---A-A--CTTAAGCATT-ATA-CAGCTCA---TCA-TC-------ATA--C-A-A-------AGTA--CAATT---A-AT---CAA-CG--ATGCG-TGAAATA
gi|22899                      : AACAGAACAGAACATG----TA-----ATT----T----G-A--CATAAGCA-T-ATA-CAGCTCA---TCA-TA-------ATA--C-A-A-------CATA--CAATT---A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22901                      : AACAGAACAGATCATA----TA-TTTTATT----TC---G-A--CTTAAGCA-T-ATG-CAGTTCA---TCA-TCATTTAAAATA--C-AAA-------AAT----AA-----A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAACAA
gi|22900                      : AATAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----C----A-A--TTTAAGCA-T-ATA-CAGCTCA---TCA-AC-------ACA--C-A-A-------AGCA--CAATT---A-AT---CAA-CGC-ATGCA-TAAAATA
gi|22897                      : AACAGAACAGAACAGA----TA-TTTTATT----A----AGA--CTTGAGCA-T-C-A-TAGCTCA---TCG-TC-------ATA--T-ACA-------
gi|22906                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T----G-A--CTTACACA-T-A-G-TA---CA---TAG-TC-------ATAACT-ATA-------CATG--T---------GT---TAA-CAA-ATATATTGAGAT
gi|22904                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATTA---G----G-A--TTT--GTA-C-A-A--AGTACA---TCA-TC-------ATA--C--TA-------TATA--CAATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22910                      : AACAGAATAGAACATA----TA-TTTTA-T----T----A--------------------AGATCA---TCA-TC-------ATA----ATA-------TATA--C-------A-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22909                      : AACAGAACAGAACATA----TG-TTTTATTA---G----G-A--TTT--GTA-C-A-A--AGTACA---TCA-TC-------ATA--C--TA-------TATA--CAATATACA-AT---CAA-TAT-AAACATT
gi|22908                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATTA---G----G-A--TTT--GTA-C-A-A--AGTACA---TCA-TC-------ATA----ATA-------TATA--CAATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22903                      : AACAGAACAGAA---------A-TTTTATT----T----AGA--CTTGAGCA-T-C-A-TAGCTCA---TCG-CC-------ATA--T-ACAAACATTTTATG--CA
gi|22907                      : AACAGAACAGAACAGA----AA-TTGTATT----T----AGA--CTTGAGCA-C-C-A-TAGCTTA---TCG-TC-------ATA--T-ACA-------
gi|22905                      : AACAGAATAGAACATACTTTTA-TCTAATA----T----A-A--CTTGAACA-TTATA-CAGTTCA---TCG-TT-------ATA--T-ATA-------CACA--CAG-----T-A----CAA-TACTGTACG
gi|22902                      : AACAGAACAGAAGAGA----AA-TTTTATT----A----AGA--CTTGAGTA-T-C-G-TAGCTCA---TCG-CC-------ATA--T-ATA-------
gi|22911                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----A----A-A--CTGAAGCA-T-T-A-CAACTCAAAGTCAATC-------AT---T-ATA-------TTTG--CAA-----A-AT---TAC-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTAAATG
gi|22912                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T----G-A--TTTGCACA-T-A-AGTACATCA---TCA-TC-------ATA--CAATA-------CATA--CA
gi|22913                      :   CAGAACAGAACAT----------TTATT----T----A-AACTTTAAGCA-T-T-A-CAGCTCA---TCG-TC-------ATA--C-ATA-------TATG--CAA-----A-AT---TAA-TAC-CTACGTTGCAATAAGGAGATATATGAATATCGTTTCATCAAG
gi|22914                      :   CAGAACAGAACAGA----GA-TTTTATC----TTTTCG-A--CTTGAGCA-T-C-A-TAGCTCA---TCG-TC-------ATA--tt
gi|22915                      :    AGAACAGAGTAGA----CA-TTTTATTATT-T----AGA--TTTAAGCA-T-C-A-TAGCTCA---TCG-TC----------------A-------TATA--CAA-----ATATTTCCAA-TAC-ATGC-----AATGTGATGGT
gi|22916                      :                                                                            -------ATA--T-ACA-------CACA--CAC-----A-AT---CGA-TAC-ATCTGTTGAAATAAGGTGGTATATAAATATCGTTTCATTAAGATG





Alignments
lowQualScore                  :                                    111111111111           111                                          22222                                                            
lowQualScore                  :                 2222  1     5 2222 777777777777    1      333 333      222  1     33333 11 3  22     1 22222 1  444   1   1     3                                       
lowQualScore                  :                 ....  .     . .... ............    .      ... ...      ...  .     ..... .. .  ..     . ..... .  ...   .   .     .                                       
lowQualScore                  :                 9999  4     5 9999 888888888888    4      000 000      444  4     33333 88 9  22     6 66666 7  888   7   7     8                                       
consensus                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
Reference ( family-646 )      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--NA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22887                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----A-----ACTT-AAGCAT--AA--CAGATCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGATG
gi|22888                      : AACAAAACAGAAAATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAA-----AC-ATAT--ATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATATGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGGTTCATTAAGTTG
gi|22889                      : AACAGAACAGAACACA----TAATCTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATACA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATACCTTGAAATATGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22890                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGAAT--TA--CAGCTTA---TC-GTCAT-----AC-ATATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAACTGGAATATGAATATCGTTTCATTTAGTTG
gi|22891                      : AAC-GAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----GC-ATAT--TTGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAGTAAGGTGGTATATGAATATCGT
gi|22892                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----G-CCGGTA-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATAAA-G-----A-AC---CAA-TAC-ATACTTTGAAATAAGGTGGTATATAAATACCGTTTCATTAAGTTG
gi|22893                      : AAAAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT-----------------------T-----AC-ATAT--ATGAA-A-----A-AT---TCA-TAC-ATGCGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATTGTTTCATTAAGTTG
gi|22894                      : AGCAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-GCAC--ACGCA-
gi|22895                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTCATT----T-C----A-----ACTT-AAGCATTATA--CAGCTCA---TC-ATCAT-----AC-A-AA--GTACA-ATT---A-AT---CAA-CG--ATGCG-TGAAATA
gi|22896                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--CAGCTCA---TC-ATTAT-----AC-A-AC--ATACA-A-----A-ACA--CAACTAT-ATTCG
gi|22897                      : AACAGAACAGAACAGA----TA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGCAT--CA--TAGCTCA---TC-GTCAT-----AT-ACA
gi|22898                      : AACTGTACAAAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--CAGCTCA---TC-ATCAT-----AC-A-AA--ATACA-ATT---A-AT---GAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22899                      : AACAGAACAGAACATG----TA-----A-T----T-T----G-----ACAT-AAGCATA-TA--CAGCTCA---TC-ATAAT-----AC-A-AC--ATACA-ATT---A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22900                      : AATAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-C----A-----ATTT-AAGCATA-TA--CAGCTCA---TC-AACAC-----AC-A-AA--GCACA-ATT---A-AT---CAA-CGC-ATGCA-TAAAATA
gi|22901                      : AACAGAACAGATCATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TG--CAGTTCA---TC-ATCATTTAAAAT-ACAA--AAATA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAACAA
gi|22902                      : AACAGAACAGAAGAGA----AA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGTAT--CG--TAGCTCA---TC-GCCAT-----AT-ATA
gi|22903                      : AACAGAACAGAA---------A-TTTTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAT--CA--TAGCTCA---TC-GCCAT-----AT-ACA
gi|22904                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT---GTAC--AA---AGTACA---TC-ATCAT-----AC--TAT--ATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACATaacattttatgca
gi|22905                      : AACAGAATAGAACATACTTTTA-TCTAA-T----A-T----A-----ACTT-GAACAT--TATACAGTTCA---TC-GTTAT-----AT-ATAC--ACACA-G-----T-A----CAA-TACTGTACG
gi|22906                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----G-----ACTT-ACACAT-------AGTACA---TA-GTCAT-----A--AC-T--ATACATG-----T-GT---TAA-CAA-ATATATTGAGAT
gi|22907                      : AACAGAACAGAACAGA----AA-TTGTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAC--CA--TAGCTTA---TC-GTCAT-----AT-ACA
gi|22908                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT---GTAC--AA---AGTACA---TC-ATCAT-----A--ATAT--ATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22909                      : AACAGAACAGAACATA----TG-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT---GTAC--AA---AGTACA---TC-ATCAT-----AC--TAT--ATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22910                      : AACAGAATAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----------------------------AGATCA---TC-ATCAT-----A--ATAT--ATAC--------A-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22911                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTG-AAGCAT--TA--CAACTCAAAGTCAATCAT------T-ATAT--TTGCA-A-----A-AT---TAC-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTAAATG
gi|22912                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-G----ATTTGCACAT-AAG-----TA--CA--TCA---TC-ATCAT-----ACAATAC--ATACA-
gi|22913                      :   CAGAACAGAACATT----TA-TTT----------A----A-----ACTTTAAGCAT--TA--CAGCTCA---TC-GTCAT-----AC-ATAT--ATGCA-A-----A-AT---TAA-TAC-CTACGTTGCAATAAGGAGATATATGAATATCGTTTCATCAAGTT
gi|22914                      :   CAGAACAGAACAGA----GA-TTTTA-TCTTTT-C----G-----ACTT-GAGCAT--CA--TAGCTCA---TC-GTCAT-----A
gi|22915                      :    AGAACAGAGTAGA----CA-TTTTA-T----T-ATTTAG-----ATTT-AAGCAT--CA--TAGCTCA---TC-GTC------------AT--ATACA-A-----ATATTTCCAA-TAC-ATGC-----AATGTGATGGT
gi|22916                      :                                                                                 AT-----AT-ACAC--ACACA-C-----A-AT---CGA-TAC-ATCTGTTGAAATAAGGTGGTATATAAATATCGTTTCATTAAGATG





Alignments
lowQualScore                  :                                    111111111111                                                         22222                                                            
lowQualScore                  :                 2222  1     5 2222 777777777777    1      88  11 55      222  1     33333 55555       1 22222 1  444   1   1     3                                       
lowQualScore                  :                 ....  .     . .... ............    .      ..  .. ..      ...  .     ..... .....       . ..... .  ...   .   .     .                                       
lowQualScore                  :                 9999  4     5 9999 888888888888    4      88  99 77      444  4     33333 00000       6 66666 7  888   7   7     8                                       
consensus                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
Reference ( family-646 )      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22887                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----A-----ACTT-AAGCAT--AA--C--AGATCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGATG
gi|22888                      : AACAAAACAGAAAATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAA-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATATGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGGTTCATTAAGTTG
gi|22889                      : AACAGAACAGAACACA----TAATCTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATACCTTGAAATATGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22890                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGAAT--TA--C--AGCTTA---TC-GTCAT-----ACATATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAACTGGAATATGAATATCGTTTCATTTAGTTG
gi|22891                      : AAC-GAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----GC--ATATTTGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAGTAAGGTGGTATATGAATATCGT
gi|22892                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----G-CCGGTA-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATAAA-G-----A-AC---CAA-TAC-ATACTTTGAAATAAGGTGGTATATAAATACCGTTTCATTAAGTTG
gi|22893                      : AAAAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--A--------------------------TATATGAA-A-----A-AT---TCA-TAC-ATGCGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATTGTTTCATTAAGTTG
gi|22894                      : AGCAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--GCACACGCA-
gi|22895                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTCATT----T-C----A-----ACTT-AAGCATTATA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAGTACA-ATT---A-AT---CAA-CG--ATGCG-TGAAATA
gi|22896                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATTAT-----AC--A-ACATACA-A-----A-ACA--CAACTAT-ATTCG
gi|22897                      : AACAGAACAGAACAGA----TA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22898                      : AACTGTACAAAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAATACA-ATT---A-AT---GAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22899                      : AACAGAACAGAACATG----TA-----A-T----T-T----G-----ACAT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATAAT-----AC--A-ACATACA-ATT---A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22900                      : AATAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-C----A-----ATTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-AACAC-----AC--A-AAGCACA-ATT---A-AT---CAA-CGC-ATGCA-TAAAATA
gi|22901                      : AACAGAACAGATCATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TG--C--AGTTCA---TC-ATCATTTAAAAT--ACAAAAATA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAACAA
gi|22902                      : AACAGAACAGAAGAGA----AA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGTAT--CG--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ATA
gi|22903                      : AACAGAACAGAA---------A-TTTTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ACA
gi|22904                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACATaacattttatgca
gi|22905                      : AACAGAATAGAACATACTTTTA-TCTAA-T----A-T----A-----ACTT-GAACAT--TATAC--AGTTCA---TC-GTTAT-----AT--ATACACACA-G-----T-A----CAA-TACTGTACG
gi|22906                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----G-----ACTT-ACACAT---------AGTACA---TA-GTCAT-----A---AC-TATACATG-----T-GT---TAA-CAA-ATATATTGAGAT
gi|22907                      : AACAGAACAGAACAGA----AA-TTGTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAC--CA--T--AGCTTA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22908                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----A---ATATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22909                      : AACAGAACAGAACATA----TG-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22910                      : AACAGAATAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A------------------------------AGATCA---TC-ATCAT-----A---ATATATAC--------A-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22911                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTG-AAGCAT--TA--C--AACTCAAAGTCAATCAT------T--ATATTTGCA-A-----A-AT---TAC-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTAAATG
gi|22912                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-G----ATTTGCACAT-AAG-----TA--C--A--TCA---TC-ATCAT-----ACA-ATACATACA-
gi|22913                      :   CAGAACAGAACATT----TA-TTT----------A----A-----ACTTTAAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---TAA-TAC-CTACGTTGCAATAAGGAGATATATGAATATCGTTTCATCAAGTT
gi|22914                      :   CAGAACAGAACAGA----GA-TTTTA-TCTTTT-C----G-----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----A
gi|22915                      :    AGAACAGAGTAGA----CA-TTTTA-T----T-ATTTAG-----ATTT-AAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTC-------------ATATACA-A-----ATATTTCCAA-TAC-ATGC-----AATGTGATGGT
gi|22916                      :                                                                                   AT-----AT--ACACACACA-C-----A-AT---CGA-TAC-ATCTGTTGAAATAAGGTGGTATATAAATATCGTTTCATTAAGATG





Alignments
lowQualScore                  :                                    111111111111                                                         22222                                                            
lowQualScore                  :                 2222  1     5 2222 777777777777    1      88  11 55      222  1     33333 55555       1 22222 1  444   1   1     3                                       
lowQualScore                  :                 ....  .     . .... ............    .      ..  .. ..      ...  .     ..... .....       . ..... .  ...   .   .     .                                       
lowQualScore                  :                 9999  4     5 9999 888888888888    4      88  99 77      444  4     33333 00000       6 66666 7  888   7   7     8                                       
consensus                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
Reference ( family-646 )      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22887                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----A-----ACTT-AAGCAT--AA--C--AGATCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGATG
gi|22888                      : AACAAAACAGAAAATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAA-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATATGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGGTTCATTAAGTTG
gi|22889                      : AACAGAACAGAACACA----TAATCTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATACCTTGAAATATGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22890                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGAAT--TA--C--AGCTTA---TC-GTCAT-----ACATATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAACTGGAATATGAATATCGTTTCATTTAGTTG
gi|22891                      : AAC-GAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----GC--ATATTTGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAGTAAGGTGGTATATGAATATCGT
gi|22892                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----G-CCGGTA-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATAAA-G-----A-AC---CAA-TAC-ATACTTTGAAATAAGGTGGTATATAAATACCGTTTCATTAAGTTG
gi|22893                      : AAAAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--A--------------------------TATATGAA-A-----A-AT---TCA-TAC-ATGCGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATTGTTTCATTAAGTTG
gi|22894                      : AGCAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--GCACACGCA-
gi|22895                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTCATT----T-C----A-----ACTT-AAGCATTATA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAGTACA-ATT---A-AT---CAA-CG--ATGCG-TGAAATA
gi|22896                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATTAT-----AC--A-ACATACA-A-----A-ACA--CAACTAT-ATTCG
gi|22897                      : AACAGAACAGAACAGA----TA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22898                      : AACTGTACAAAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAATACA-ATT---A-AT---GAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22899                      : AACAGAACAGAACATG----TA-----A-T----T-T----G-----ACAT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATAAT-----AC--A-ACATACA-ATT---A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22900                      : AATAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-C----A-----ATTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-AACAC-----AC--A-AAGCACA-ATT---A-AT---CAA-CGC-ATGCA-TAAAATA
gi|22901                      : AACAGAACAGATCATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TG--C--AGTTCA---TC-ATCATTTAAAAT--ACAAAAATA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAACAA
gi|22902                      : AACAGAACAGAAGAGA----AA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGTAT--CG--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ATA
gi|22903                      : AACAGAACAGAA---------A-TTTTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ACA
gi|22904                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACATaacattttatgca
gi|22905                      : AACAGAATAGAACATACTTTTA-TCTAA-T----A-T----A-----ACTT-GAACAT--TATAC--AGTTCA---TC-GTTAT-----AT--ATACACACA-G-----T-A----CAA-TACTGTACG
gi|22906                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----G-----ACTT-ACACAT---------AGTACA---TA-GTCAT-----A---AC-TATACATG-----T-GT---TAA-CAA-ATATATTGAGAT
gi|22907                      : AACAGAACAGAACAGA----AA-TTGTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAC--CA--T--AGCTTA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22908                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----A---ATATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22909                      : AACAGAACAGAACATA----TG-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22910                      : AACAGAATAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A------------------------------AGATCA---TC-ATCAT-----A---ATATATAC--------A-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22911                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTG-AAGCAT--TA--C--AACTCAAAGTCAATCAT------T--ATATTTGCA-A-----A-AT---TAC-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTAAATG
gi|22912                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-G----ATTTGCACAT-AAG-----TA--C--A--TCA---TC-ATCAT-----ACA-ATACATACA-
gi|22913                      :   CAGAACAGAACATT----TA-TTT----------A----A-----ACTTTAAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---TAA-TAC-CTACGTTGCAATAAGGAGATATATGAATATCGTTTCATCAAGTT
gi|22914                      :   CAGAACAGAACAGA----GA-TTTTA-TCTTTT-C----G-----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----A
gi|22915                      :    AGAACAGAGTAGA----CA-TTTTA-T----T-ATTTAG-----ATTT-AAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTC-------------ATATACA-A-----ATATTTCCAA-TAC-ATGC-----AATGTGATGGT
gi|22916                      :                                                                                   AT-----AT--ACACACACA-C-----A-AT---CGA-TAC-ATCTGTTGAAATAAGGTGGTATATAAATATCGTTTCATTAAGATG


blockSeqs                     :                 CTTT  A     T CTTT GATTTGC         T      TA  TA AA      AAG  A     TTAAA CATAT       T TATAC T  TTC   C   T     T
blockSeqs                     :                 .     .     T .    CCGGTA          .      A   .  AA      .    .     .     CAAT        . TATAC .  A     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     T .    ATTTAG          .      A   .  AA      .    .     .     CAT         . TATAC .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     T .    AAG             .      A   .  .       .    .     .     CAT         . TT    .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AAG             .      A   .  .       .    .     .     CAT         . TT    .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    TAG             .      A   .  .       .    .     .     CAT         . TT    .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AGG             .      .   .  .       .    .     .     CGC         . TT    .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    TAG             .      .   .  .       .    .     .     TAC         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AGG             .      .   .  .       .    .     .     TAC         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AGG             .      .   .  .       .    .     .     TAT         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     TAC         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     TAT         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     TAC         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     TAT         . .     .  .     .   .     T
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     CAT         . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     TAC         . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CA              .      .   .  .       .    .     .     CA          . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CG              .      .   .  .       .    .     .     CA          . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CG              .      .   .  .       .    .     .     CA          . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    TG              .      .   .  .       .    .     .     CA          . .     .  .     .   .     .
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CA              .      .   .  .       .    .     .     CA          . .     .  .     .   .      
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CG              .      .   .  .       .    .     .     CT          . .     .  .     .   .      
blockSeqs                     :                 .     .     . .    TA              .      .   .  .       .    .     .     AC          .                           
blockSeqs                     :                 .     .     . .    TG              .      .   .  .       .    .     .     AT          .                           
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     CT                                      
blockSeqs                     :                 .     .     . .    AA              .      .   .  .       .    .     .     AT                                      
blockSeqs                     :                 .     .     . .    CG              .      .   .  .       .    .     .     T                                       
blockSeqs                     :                 .     .     . .    A               .      .   .  .       .    .     .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                     .                                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
finalCons                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG





Alignments
lowQualScore                  :                                    111111111111                                                         22222                                                            
lowQualScore                  :                 2222  1     5 2222 777777777777    1      88  11 55      222  1     33333 55555       1 22222 1  444   1   1     3                                       
lowQualScore                  :                 ....  .     . .... ............    .      ..  .. ..      ...  .     ..... .....       . ..... .  ...   .   .     .                                       
lowQualScore                  :                 9999  4     5 9999 888888888888    4      88  99 77      444  4     33333 00000       6 66666 7  888   7   7     8                                       
consensus                     : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
Reference ( family-646 )      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-N----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22887                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----A-----ACTT-AAGCAT--AA--C--AGATCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGATG
gi|22888                      : AACAAAACAGAAAATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAA-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATATGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATCGGTTCATTAAGTTG
gi|22889                      : AACAGAACAGAACACA----TAATCTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATACA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATACCTTGAAATATGGTGGTATATGAATATCGTTTCATTAAGTTG
gi|22890                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGAAT--TA--C--AGCTTA---TC-GTCAT-----ACATATATATACA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAATAAACTGGAATATGAATATCGTTTCATTTAGTTG
gi|22891                      : AAC-GAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----GC--ATATTTGCA-A-----A-AT---CAA-TAC-ATACGTTGAAGTAAGGTGGTATATGAATATCGT
gi|22892                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----G-CCGGTA-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATAAA-G-----A-AC---CAA-TAC-ATACTTTGAAATAAGGTGGTATATAAATACCGTTTCATTAAGTTG
gi|22893                      : AAAAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--A--------------------------TATATGAA-A-----A-AT---TCA-TAC-ATGCGTTGAAATAAGGTGGTATATGAATATTGTTTCATTAAGTTG
gi|22894                      : AGCAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTT-AAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--GCACACGCA-
gi|22895                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTCATT----T-C----A-----ACTT-AAGCATTATA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAGTACA-ATT---A-AT---CAA-CG--ATGCG-TGAAATA
gi|22896                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATTAT-----AC--A-ACATACA-A-----A-ACA--CAACTAT-ATTCG
gi|22897                      : AACAGAACAGAACAGA----TA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22898                      : AACTGTACAAAACATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATCAT-----AC--A-AAATACA-ATT---A-AT---GAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22899                      : AACAGAACAGAACATG----TA-----A-T----T-T----G-----ACAT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-ATAAT-----AC--A-ACATACA-ATT---A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAATA
gi|22900                      : AATAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-C----A-----ATTT-AAGCATA-TA--C--AGCTCA---TC-AACAC-----AC--A-AAGCACA-ATT---A-AT---CAA-CGC-ATGCA-TAAAATA
gi|22901                      : AACAGAACAGATCATA----TA-TTTTATT----T-C----G-----ACTT-AAGCATA-TG--C--AGTTCA---TC-ATCATTTAAAAT--ACAAAAATA-A-----A-AT---CAA-TGC-ATGCG-TGAAACAA
gi|22902                      : AACAGAACAGAAGAGA----AA-TTTTA-T----T-A----AG----ACTT-GAGTAT--CG--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ATA
gi|22903                      : AACAGAACAGAA---------A-TTTTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GCCAT-----AT--ACA
gi|22904                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACATaacattttatgca
gi|22905                      : AACAGAATAGAACATACTTTTA-TCTAA-T----A-T----A-----ACTT-GAACAT--TATAC--AGTTCA---TC-GTTAT-----AT--ATACACACA-G-----T-A----CAA-TACTGTACG
gi|22906                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-T----G-----ACTT-ACACAT---------AGTACA---TA-GTCAT-----A---AC-TATACATG-----T-GT---TAA-CAA-ATATATTGAGAT
gi|22907                      : AACAGAACAGAACAGA----AA-TTGTA-T----T-T----AG----ACTT-GAGCAC--CA--T--AGCTTA---TC-GTCAT-----AT--ACA
gi|22908                      : AACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----A---ATATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22909                      : AACAGAACAGAACATA----TG-TTTTA-T----TAG----G-----ATTT-G-------TA--CAAAGTACA---TC-ATCAT-----AC---TATATACA-ATATACA-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22910                      : AACAGAATAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A------------------------------AGATCA---TC-ATCAT-----A---ATATATAC--------A-AT---CAA-TAT-AAACAT
gi|22911                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-A----A-----ACTG-AAGCAT--TA--C--AACTCAAAGTCAATCAT------T--ATATTTGCA-A-----A-AT---TAC-TAC-ATACGTTGAAATAAGGTGGTAAATG
gi|22912                      :  ACAGAACAGAACATA----TA-TTTTA-T----T-G----ATTTGCACAT-AAG-----TA--C--A--TCA---TC-ATCAT-----ACA-ATACATACA-
gi|22913                      :   CAGAACAGAACATT----TA-TTT----------A----A-----ACTTTAAGCAT--TA--C--AGCTCA---TC-GTCAT-----AC--ATATATGCA-A-----A-AT---TAA-TAC-CTACGTTGCAATAAGGAGATATATGAATATCGTTTCATCAAGTT
gi|22914                      :   CAGAACAGAACAGA----GA-TTTTA-TCTTTT-C----G-----ACTT-GAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTCAT-----A
gi|22915                      :    AGAACAGAGTAGA----CA-TTTTA-T----T-ATTTAG-----ATTT-AAGCAT--CA--T--AGCTCA---TC-GTC-------------ATATACA-A-----ATATTTCCAA-TAC-ATGC-----AATGTGATGGT
gi|22916                      :                                                                                   AT-----AT--ACACACACA-C-----A-AT---CGA-TAC-ATCTGTTGAAATAAGGTGGTATATAAATATCGTTTCATTAAGATG