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Reference ( gi|81733 )        :           GGTCATGGT--TGTCTCTACTTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCATTTTT-AGCCAGTTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTA--C----GAAA---GGTGATTATA
gi|81725                      :           GGTTATGGC--TGTCTCGACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCATTTTG-AGTCAGTTAGTCACTTAGGGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTA--C----GAAA---GGTGATTATA
gi|81734                      : taatgttggtGGTTATGGT--TGTCTCTACCTAT--AAACA--AGTCAAT-TATCTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCATTTTG-AGCCGGTTAGTCACTTACAGACGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTA--C----TAAA---GGTGATTATA
gi|81732                      :           GGTAATGGT--TGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGGA----------ATTTGCATTTTTGAGATAGTTAGTCACTTACGGATGATGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTA--C----GAAA---GGTAATTATA
gi|81724                      :          tGGTAATGGT--TGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATCTT--AT-TG-TAGGG----------ATTTGCATTTTG-AGCCAGTTAGTTACTTACGGATGATGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTA--C----TAAA---AATGATTGTA
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gi|81726                      : taatgttggtGGTAATGGC--TGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAAAG----------ATTTGCATTTTG-AGCCAATTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AATC-TT-TTAA--ATTAGTGAC-TTA--C----TAAA---GATGATAAT
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gi|81735                      :  taatattggtGTTATGGT--TGTTTCTACCTGC--AAACA--AGTCAAT-TATATT--AT-TG-TACAG----------ATTTGTATTTTG-AACCAGTTAGTCACTTACGGATGTTCTCAT-AATC-AT-TTGATCATAAGTGAC-TTA--C----AAAA---GGTGATTAT
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gi|81739                      :                                               CAAT-TATGTT------G-TATGG----------ATTTCCATATTG-AGCCAGTTAGTCACTTACAGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-GTA--C----TAAA---GATGATTGTA
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lowQualScore                  :                                 22     77       4      22  4  4     3333333333       6    0                  0           3    3  3    88         5   11111   666 5 666        
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Reference ( family-642 )      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTAC---NAAA---G-A---TGATTATA
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lowQualScore                  :                                 22     77       4      22  4  4     3333333333       6    0                  0           3    3  3    88         5   00000    5 0       
consensus                     :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
Reference ( family-642 )      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
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gi|81735                      :            GTTATGGTTGTTTCTACCTGC--AAACA--AGTCAAT-TATATT--AT-TG-TACAG----------ATTTGTA-TTTTGAACCAGTTAGTCACTTACGGATGTTCTCAT-AATC-AT-TTGATCATAAGTGAC-TTACA---AAAG-GTGATTAT
gi|81736                      :                 GGGTGTTTCCCCTCGTTGATACA--TGTAAATCTATGCTGAATATG-TAGTA----------GTTT------TTTAGCCAGTTGATTACTATCTGATGTTGCCGT-ACTC-AT-TCGA--ATAAGTGAT-TTTAA---AAAG-ACGATGAT
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gi|81738                      :                                    AACACCAGTTACT-TATGTT--AA-TGACAGAGCGGGGCACTAACTGGCT-TTTTAAGCTAGTGTGTCACTTACTGATGTTGCCGT-AAGC-AT-CTGA--ATAAGTGAC-TTAAT---AAAG-AC
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gi|81740                      :                                             CAAT-TATGTT------G-TATGG----------ATTTCCA-TATTGAGCCAGTTAGTCACTTACAGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-GTACT---AAAG-ATGATTGTA
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gi|81743                      :                                                                                        TTTTAGCAAGTTAGTCACCTATTGACGTTGCAAT-AATC-AT-TTGA--ATTAGTGAC-TTGAT---AAAA-ACGAT
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Alignments
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consensus                     :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
Reference ( family-642 )      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
gi|81724                      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATCTT--AT-TG-TAGGG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCAGTTAGTTACTTACGGATGATGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAA-ATGATTGTA
gi|81725                      : taatgttggtGGTTATGGCTGTCTCGACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTGAGTCAGTTAGTCACTTAGGGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACG---AAAG-GTGATTATA
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gi|81731                      : taatattggtGGTAATGG----CTCTACCTGT--GCACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAAGG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCATTTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AAGC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ATGATTATA
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gi|81735                      :            GTTATGGTTGTTTCTACCTGC--AAACA--AGTCAAT-TATATT--AT-TG-TACAG----------ATTTGTA-TTTTGAACCAGTTAGTCACTTACGGATGTTCTCAT-AATC-AT-TTGATCATAAGTGAC-TTACA---AAAG-GTGATTAT
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gi|81748                      :                                                                                              CCAGTTAATCACTTACTGATGTTTGCAT-AACT-AT-TAGA--ATAAATTAC-TTATT---CAAGAAAAATTATA
gi|81749                      :                                                                              cacttactgaTTTTAGCTTGTTAGTCACTTACTGATGTTGCCAT-AATC-AT-CTGA--ATAAGT
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gi|81751                      :                                                                                      -TTTTTAGCCCGTTAGTCAATTACTGCTGTTGCCATCAGTA-AT-TTGA--ATACGTGAC-TTAAT---ATAA-ACGA
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gi|81754                      :                                                                                                  TTAATCACTTACTGATGTTACCAA-ATTT-AT-TTGA--ATAAGTCAC-TTATT---CAAA-AAGATTAT


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blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  G           .    .  .    .          .   CG       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  A           .    .  .    .          .   CT       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    T                  G           .    .  .    .          .   CC       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    T                  G           .    .  .    .          .   CG       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  G           .    .  .    .          .   CT       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  G           .    .  .    .          .   CG       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    T                  G           .    .  .    .          .   CG       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  G           .    .  .    .          .   CT       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  A           .    .  .    .          .   CA       . C
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    T                  G           .    .  .    .          .   AA       . T
blockSeqs                     :                                 .      .        .      .   .  .     .                .    G                  T           .    .  .    .          .   CT       . C
blockSeqs                     :                                        .        .      .   .  .     .                .    A                  G           .    .  .    .          .   AT       . T
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blockSeqs                     :                                                                                      .    A                  T           .    .  .    .          .   AT       . C
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blockSeqs                     :                                                                                      .    T                  T           .    .  .    .          .   AT       . T
blockSeqs                     :                                                                                      .    C                  T           .    .  .    .          .   AT       . C
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blockSeqs                     :                                                                                           .                  T           .    .  .    .          .   A        . C
blockSeqs                     :                                                                                           .                  G           .    .  .    .          .   T        . A
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blockSeqs                     :                                                                                                              T           .    .  .                               


blockSeqCons                  :           
originalCons                  :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
finalCons                     :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA





Alignments
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lowQualScore                  :                                 44     33       2      33  2  2     0000000000       1    3                  1           1    1  1    11         1   44444    1 2       
lowQualScore                  :                                 ..     ..       .      ..  .  .     ..........       .    .                  .           .    .  .    ..         .   .....    . .       
lowQualScore                  :                                 22     77       4      22  4  4     3333333333       6    0                  0           3    3  3    88         5   00000    5 0       
consensus                     :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
Reference ( family-642 )      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTNAGCCAGTTAGTCACTTACNGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ACGATTATA
gi|81724                      :           GGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATCTT--AT-TG-TAGGG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCAGTTAGTTACTTACGGATGATGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAA-ATGATTGTA
gi|81725                      : taatgttggtGGTTATGGCTGTCTCGACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTGAGTCAGTTAGTCACTTAGGGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACG---AAAG-GTGATTATA
gi|81726                      : taatgttggtGGTAATGGCTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAAAG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCAATTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AATC-TT-TTAA--ATTAGTGAC-TTACT---AAAG-ATGATAAT
gi|81727                      : taatgttgacGGTAATGGTCGTCACTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TT-TAGAG----------ATTTGCA-ATTT-AGCCAGT-AGTCACTTACAGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACC---AAAG-ATGATTATA
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gi|81730                      : taatgttggtGGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-AATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTTAGCCAGTTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AATC-AT-
gi|81731                      : taatattggtGGTAATGG----CTCTACCTGT--GCACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAAGG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCATTTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AAGC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-ATGATTATA
gi|81732                      :     gttgttGGTAATGGTTGTCTCTACCTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGGA----------ATTTGCATTTTTGAGATAGTTAGTCACTTACGGATGATGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACG---AAAG-GTAATTATA
gi|81733                      :          tGGTCATGGTTGTCTCTACTTGT--AAACA--AGTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTTAGCCAGTTAGTCACTTACGGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACG---AAAG-GTGATTATA
gi|81734                      :           GGTTATGGTTGTCTCTACCTAT--AAACA--AGTCAAT-TATCTT--AT-TG-TAGAG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCGGTTAGTCACTTACAGACGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---AAAG-GTGATTATA
gi|81735                      :            GTTATGGTTGTTTCTACCTGC--AAACA--AGTCAAT-TATATT--AT-TG-TACAG----------ATTTGTA-TTTTGAACCAGTTAGTCACTTACGGATGTTCTCAT-AATC-AT-TTGATCATAAGTGAC-TTACA---AAAG-GTGATTAT
gi|81736                      :                 GGGTGTTTCCCCTCGTTGATACA--TGTAAATCTATGCTGAATATG-TAGTA----------GTTT------TTTAGCCAGTTGATTACTATCTGATGTTGCCGT-ACTC-AT-TCGA--ATAAGTGAT-TTTAA---AAAG-ACGATGAT
gi|81737                      :                                    AATA--ATTCAAT-TATGTT--AT-TG-TAGGG----------ATTTGCA-TTTTGAGCCAGTTAGTCACTTACGAATGTTGTCTT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-TTACT---TATG-ATGATTATA
gi|81738                      :                                    AACACCAGTTACT-TATGTT--AA-TGACAGAGCGGGGCACTAACTGGCT-TTTTAAGCTAGTGTGTCACTTACTGATGTTGCCGT-AAGC-AT-CTGA--ATAAGTGAC-TTAAT---AAAG-AC
gi|81739                      :                                             CAAT-TATGTT------G-TATGG----------ATTTCCA-TATTGAGCCAGTTAGTCACTTACAGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-GTACT---AAAG-ATGATTGTAactgat
gi|81740                      :                                             CAAT-TATGTT------G-TATGG----------ATTTCCA-TATTGAGCCAGTTAGTCACTTACAGATGTTGTCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAC-GTACT---AAAG-ATGATTGTA
gi|81741                      :                                                                                TTTACA-GTT--AGTTAGTTAATCACTTACTGATGTTACCAT-AGCT-AT-TTGG--ATAAGTGGC-TTATT---CAAG-AAGTTTAT
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gi|81743                      :                                                                                        TTTTAGCAAGTTAGTCACCTATTGACGTTGCAAT-AATC-AT-TTGA--ATTAGTGAC-TTGAT---AAAA-ACGAT
gi|81744                      :                                                                              tgctaGCT-TTTTTAGCCAGTTAGTCACTTACTGATGTTGCCAT-AATC-AT-TTGA--ATAAGTGAT-TTAAT---CAAG-ACGATGAT
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gi|81752                      :                                                                                                AGTTAGTCACCTACTGATGTTGCCAT-AATC-AT-CTGA--ATAAGTGAC-TTAAT---AAAG-AC
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gi|81754                      :                                                                                                  TTAATCACTTACTGATGTTACCAA-ATTT-AT-TTGA--ATAAGTCAC-TTATT---CAAA-AAGATTAT