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Reference ( gi|21784 )        : ATGTTTGTATTAATGCTATTATGTTAT-CT----GTTT-G----CTC-ATT-G-T------CATTTGTGACTTA--T-GCA--TAAAT--TTA-CATG-AAAC--T--TT--GT-A----C-GGT-T--A--A---TTG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATGACGTGGA-AATAAAATATT
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gi|21797                      :             TTGTTATTATGTTAC-C-T----GTTT-GCTT-ATT-G-T------CACTTTTGAC-A--AA-T-GCACACAT--TTA--T-ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----CAGGT-T---A---T--TA-AG---G-ATGACACC----C----GACA-CC--AAATGACCGATG--------AC-----GAGGAAATTAAA
gi|21798                      :             TTGTT----TGTTTT-CCT----GTTTTGCTC-ATA-A---------------GACGT--GT-T-GTAAAAATGATTA--TCACA-G----A-------TT--A-TC----C-TGT-T--TA---G--TGTGG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--ACTAGACCTATA--------AC-----GAGGAAATAAAATTTT
gi|21799                      :                    TATGTTAT-C-TATTCGTTT-GCTC-ATA-G-T------AATTTTT-------------TATAGAT--TTA--T-ATG-A----CAC--A--TG--G-CA----C-GAT-T--AA---C--TT-GG---G-ATGAC-CT----C----GGCA-CCAAAATTGACTTATGGTAATGAAACATTGTGAGGAAATAAAA
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gi|21801                      :                     ATGT-AT---T----GTTT-GTTT-ATA-G-T------C--TCGTTAG-T--CA-T-A-ATGACT--TAA--A-ATA-ATT--AGCA-T--GT--G-TA----C-TGT-T--AAAGGT--AG-GGTGAG-ATGGC-TT----T----GACC-CG--ACTTGACCTATT--------AC-----GAGGATATAAGATCTT
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Reference ( family-640 )      : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
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Reference ( family-640 )      : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
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blockSeqs                     :                  T         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   A  .   .     .  ACCCC        .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AACC   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   A  .   .     .  ATCCC        .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AATT   .  .      GA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  ACCCC        .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  T         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      CATT   .  .      AG       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  CA           .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      GATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  T            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AATA   .  .      AT       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      CATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  A         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      GATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  .         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AATG   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                  .         . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AAAT   .  .      AC       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  T            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                            . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      GATA   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                            . . .       .    .   . . .      .   .        .   . A      AATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                            . . .       .    .   . . .      .   .        .   . T      TATT   .  .      AA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                            . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      AATG   .  .      AG       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                            . . .       .    .   . . .      .   .        .   . G      ATT    .  .      TA       .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                        .    .   . . .      .   .        .   . A      AA     .  .      A        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                        .    .   . . .      .   .        .   . A      AT     .  .      A        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  T            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                 . . .      .   .        .   . .      AT     .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  G            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                         .   . .      .      .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                         .   . .      .      .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  T            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                         .   . .      .      .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                                      .      .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                                             .  .      .        .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  C            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  .            .  .             .         .    
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  .            .  .                            
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .   .  .  .    .   . .   .   .   .  .   .     .  .                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
finalCons                     : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT





Alignments
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lowQualScore                  :                  2         2 2 4444    3    1   3 1 555555 22  1        33  1 111    44444  22 4444   6666666  33 11  11 1  4444 1   2 33  222 11  7  222 2     1  666666666    1  11   0        55555555  33333                
lowQualScore                  :                  .         . . ....    .    .   . . ...... ..  .        ..  . ...    .....  .. ....   .......  .. ..  .. .  .... .   . ..  ... ..  .  ... .     .  .........    .  ..   .        ........  .....                
lowQualScore                  :                  7         0 0 2222    6    8   5 7 000000 44  7        77  5 777    66666  00 5555   4444444  11 88  88 3  5555 3   6 11  333 88  7  333 6     3  666666666    3  88   1        00000000  44444                
consensus                     : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
Reference ( family-640 )      : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
gi|21784                      : ATGTTTGTATTAATGCTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATT-G-T------C--AT-TTGTGACT--TA-T-G-CATAAAT-TTA--C----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GTGGAAATAAAATATT
gi|21785                      : ATGTTTGTATTATTGTTATTCTGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTAACT--AA-T-G-CATAAAC-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TT----T-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----T----GACC-TC--AGTTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATCTT
gi|21786                      : ATGTTTGTATTATTGGTTTTATGTTAT-G-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGAGACT--AA-T-G-CATACAT-TTA--T----ATG-A----AACT-T--TT--GTTA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGATCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATATT
gi|21787                      : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTTAT-C-T----GTTT-GAAC-ATG-G-T------C--AT-TTGTAACT--AA-T-G-AATAAAT-CTA--T----ATG-A----AACGTT--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--AATTGACATATG--------AC-----AAGGAAATAAAATCTT
gi|21788                      : ATGTTTGTATTATTTTTATTGTGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--TA-T-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--A-TA----C-GGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGTC-CT----C----GACC-CC--AAATGACCTATG--------AT-----GAAGAAACAAAA
gi|21789                      : ATATTTGTATTATTGTTTTTATGTTAA-C-T----GTGT-CTTC-ATG-G-T------G--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAC-CTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---A--TG-GG---G-ATTAC-CT----C----GACC-AC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAGTCTT
gi|21790                      : ATGTTTGTATTATTGTTATTATGTT---------------GCTC-GTG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAAT-TTA--T----GCG-G----AAT--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---C--TG-GG---T-ATGTC-CT----T----GACC-CC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAATATCTT
gi|21791                      : ATGTTTGTAAAATTGTTAT---------C-T----GTTT-GTTC-ATG-A-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATAAA-----------------------C--T--TT--G-TA----T-GGT-T--AA---TATTG-GG---G-ATGGC-C---------------CC--AAATGACCTATG--------AC-----GATGAAATAAAAT
gi|21792                      : ACGTTTATCATATTGTTTTTAAATTAT-C-T----GCTT-GCTC-ATG-A-T------C--AT-CCGTGACTTAAA-T---CATACAT-TTA--T----ATA-A----GAC--T--CT--G-TA----C-CGT-T--AA---T--TG-GG---G-AT----------------ACCGTC--AATTGACCCAAG--------AC-----GAGGAAATAAA
gi|21793                      :  TGTTTGTATTATTGTTATTCTGTTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-ATGTGACT--TA-T-G-CATAGAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-GGT-T--AA---T--TT-TG---G-ATGGC-CT---------------T--AATTGACCTATG--------AC-----GGGGAAATAAAAT
gi|21794                      :      TGTGTT--TGTT--TATATT-C-C-T----GTTTTGCTC-ATAAG-T------C--AT-AC-TGACT-----T-G-TA-AAAT-AAA--T----ATC-A----TAC--T--TT--A-TATA--C-GGT-T--AG---T--GT-AG---G-ATGGC-CA----C----GACC-CC--ACTATACCTATT--------AG-----GA--AAATA
gi|21795                      :        TACTATTTTTAATATGTTAT-A-T----GTTT-GCTCAATT-T-T------C--AT-TTGTG-----------------AT-TTG--T----ATG-A----AAC--T--TTAAG-T--------TT-T--AA---T-------------------T----CA---GACC-AC--ATTTGATAGATG--------AC-----TCGGAAATAAAGT
gi|21796                      :         ATCATTATAATT-T-TTAT-C-T----GTTT-GCTC-ATG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AA-T-G-CATA---------T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-AGG-T--AA---T--TG-GG---A-ATTGT-CT----C----GACC-TC--AATTGACCTATG--------AC-----GAGGAAATAAAATATT
gi|21797                      :             TTGTTATTATGTTAC-C-T----GTTT-GCTT-ATT-G-T------C--AC-TTTTGACA--AA-T-G-CACACAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----CAGGT-T---A---T--TA-AG---G-ATGACACC----C----GACA-CC--AAATGACCGATG--------AC-----GAGGAAATTAAA
gi|21798                      :             TTGTT----TGTTTT-CCT----GTTTTGCTC-ATAAG-A------C--GTGTTGTAAA---AA-T-G--ATTA---TCA--C----A-G-A------------TT--A-TC----C-TGT-T--TA---G--TGTGG---G-ATGGC-CT----C----GACC-CC--ACTAGACCTATA--------AC-----GAGGAAATAAAATTTT
gi|21799                      :                    TATGTTAT-C-TATTCGTTT-GCTC-ATA-G-T------A--AT-TTTT-------------TATAGAT-TTA--T----ATG-A----CAC--A--TG--G-CA----C-GAT-T--AA---C--TT-GG---G-ATGAC-CT----C----GGCA-CCAAAATTGACTTATGGTAATGAAACATTGTGAGGAAATAAAA
gi|21800                      :                     ATGTTAT-C-T----GTTC-GCTC-ATG-G-T------C--AG-TTGTGACT--AA-T-G-CAGAAAT-GTA--T----ACG-A----AAC--T--AT--G-TA----C-TGT-T--AG---T--TG-GA---G-ATGGT-TT----C----GAC
gi|21801                      :                     ATGT-AT---T----GTTT-GTTT-ATA-G-T------CTCGT-TAGTCA-T--AA-T-GACTTAAAA-TAA--TTAGCATG---------------T--G-TA----C-TGT-T--AAAGGT--AG-GGTGAG-ATGGC-TT----T----GACC-CG--ACTTGACCTATT--------AC-----GAGGATATAAGATCTT
gi|21802                      :                      TGTTTT-C-T-----TTT-GCTC-CTC-G-TTTCACAC--AT-TTGTAA----AA-T-A-TATAGAT-AAA--C----ATGCATGTCAAC--TATTT--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TGAGG---G-ATGGC-CC----CACCCGACC-CT--AATAGACCTATT--------AC-----GGGGTGATTAAAT
gi|21803                      :                      TGTCATAC-T----GTTT-TCC------G-C------C--AT-T---GACT--AT-T-T-AATAA---TTA--TC---AT--------AC--T--TT--G-TA----C-GGTGTG-AA---C--TG-GA-----ATTGC-CT----G----GACC-CC--ACTGGACCTATA--------AC-----GAGGAAAT
gi|21804                      :                                     TTT-GCAT-GTG-G-T------C--AT-TTGTGACT--AAAT-G-CATAAAT-TTA--T----ATG-A----AAC--T--TT--G-TA----C-AGT-T--AA---T--TG-GG---G-ATGGC-CT----C----AATC-CC--ATTTGACCAATG--------AC-----GAGAAAATAAAATCTT
gi|21805                      :                                     TTT-GCTC-ATG-GGT------C--AT-TT-TAACC--AA-TTG-CA-AAATATTAAAT----ATG-A------T--T--TT--A-TA----A-AGTCT--AA---T---G-CG---G-ATGGC-CT----T----GACC-AC--GCTCGACC
gi|21806                      :                                                 -G-T------C--AC-TTACTATTT-AA-T-G-AATATAT-TTA--A----GTA-A----AAC--G--TT--G-TA----C-GAT-T--GG---T--TT-GG---G-ATGGC-CT----C----GAAA-CA--AATTGACCTATG--------AC-----AATGAAAT
gi|21807                      :                                                                    TGACT--AA-T-A-CATA---------T----ATG---------------T--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TGAGG---G-ATGGC-CCACCCC----GACC-CT--CACAGACCTATT--------AC-----GGGGTGATTAAAT
gi|21808                      :                                                                    TGACT--GA-T----ATA-----TA--T----AT---------------TT--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TGAGG---G-ATGGC-CCACCCC----GACC-CT--AACAGACCTATT--------AC-----GGGGTGATTAAATa
gi|21809                      :                                                                    TGACT--GA-T-A-CATA---------T----AT---------------TT--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TGAGG---G-ATGGC-CCACCCC----GACC-CT--CACAGACCTATT--------AC-----GGGGTGATTAAAT
gi|21810                      :                                                                                     AAAT-GTT--T----GCA-A----GAC--T--TT--A-GAGTTTC-GGC-TGAAA---T--TG-GA---A-ATGGC-CT----C----AACC-CA--AATTGACCTATA--------AC-----GGGGAAATAAA
gi|21811                      :                                                                                            A--T----ATG-T----ATA--T--TT--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TGAGG---G-ATGGC-CCACCCC----GACC-CT--CACAGACCTATT--------AC-----GAGGTGATTAAAT
gi|21812                      :                                                                                                                --T--TT--G-TA----C-GGT-T--TG---T--TG-GG---GGATGGC-CCATCCC----GACC-CC--AACAGACCTTTT--------AC-----GGGGTAATTAAAT
gi|21813                      :                                                                                                                --T--CT--A-TG----C-GGT-A--AA---T--TG-AT---G-ATGGC-CT----C----GACA-CA--AATTAACTTATA--------AC-----AGAAAAATAA
gi|21814                      :                                                                                                                --T--TT--G-TA----C-GGT-T--GG---C--TG-GG---GGATGGC-CCACCCC----GACC-CC--CACAGACCTATT--------AC-----GGGATGATAAA