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lowQualScore                  :        . .   ......       ............   ...  .. .                .        .        .. .. ..       . ..   .      .  .       .           .    .  .  .    .              .......  .................                        
lowQualScore                  :        9 8   222222       555555555555   222  55 7                8        8        55 55 55       8 55   8      9  3       6           4    6  0  0    0              4444444  00000000000000000                        
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Reference ( gi|8576 )         : GTCCATTTATAAA-----CACTCCTT-----T------ACT---AT--ACTTTTATGGCAATAATA-TTCTAATA-TAGGATAG--A--A--ACATATA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCTGGTTTATCAGCATCTTATTTCAACA-------AA-------TAT-------AATCCCCACTTAAAATGGTTTAAA
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gi|8578                       : GTCCATTTATAAA-----CACTCCTT-----T------ACT---AT--ATTTTTATGGCAATAATA-TTCTAATA-TAGG--AG--A--A--ACATACA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATACCCCCCAATTTATCAGCATCTTATTTCAACA-------AA-------TAA-------AATCCCCACTTAAAA
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gi|8595                       :         ATAAA------A-TCATT-----T------ACT---AT--TTTTTTATGGCAACAGTA-TTTTAATA-TTGAATAG--A--A--ACATATA-C--TTG-A
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gi|8598                       :                           -----T------ACT---AT--ATTTTTATGTCAGTAATA-TTCTAATA-TTGGGAAG--A--A--ACATATG-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCCGGTTTCTCAGCATCTTATTTCAACA-------AA-------TAA-------AATCCCCTCTTAAAACGGTTTAAA
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gi|8602                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTAATTCAACA-------AAGCTAGAATAA-------AATTCCCACTTAAAATGGTT
gi|8601                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTATTTCAATAAAGCTAGAA-------TAA-------AATCCCCTCTTAAAATGGTT
gi|8606                       :                                                                                                                                                                TTTCAACA-------AA-------TAA-------AATCCCCACTTAAAACGGTTCAAA





Alignments
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lowQualScore                  :        . .   ......       ............   ...  ..                  .        .        .. .. ..       . ..   .      .  .       .           .               .              .......................                           
lowQualScore                  :        2 9   222222       999999999999   000  44                  7        7        44 44 44       7 44   7      8  7       4           2               2              99999999999999999999999                           
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Reference ( family-635 )      : GTCCATTTATAAA-----CACTCCTT-----T------ACT---AT--ATTTTTATGGCAACAATA-TTCTAATA-TAGGATAG--A--A--ACATATA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCCGGTTTCTCAGCATCTTATTTCAACA-------A-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAACGGTTTAAA
gi|8576                       : GTCCATTTATAAA-----CACTCCTT-----T------ACT---AT--ACTTTTATGGCAATAATA-TTCTAATA-TAGGATAG--A--A--ACATATA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCTGGTTTATCAGCATCTTATTTCAACA-------A-------A-------TATAATCCCCACTTAAAATGGTTTAAA
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Alignments
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Reference ( family-635 )      : GTCCATTTATAAA-----CACTCCTT-----T------ACT---AT--ATTTTTATGGCAACAATA-TTCTAATA-TAGGATAG--A--A--ACATATA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCCGGTTTCTCAGCATCTTATTTCAACA-------A-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAACGGTTTAAA
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gi|8596                       :           AAA-----CACTCCTTGTATAT------ATTTTTATTCATTTTTATGGTAACAATA-TTCTAACA-TAGAATAG--A--A--ACCCATA-C--ATGAAAATGCAAC-ATTCATGAATA
gi|8597                       :                      TCCCT-----T--------T---TT--ATTTTTATGGCAATAATA-TTCTAATA-TTGGGAAG--A--A--ACATATA-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CACCCGGTTTCTCAGGATCTTATTTCAACA-------A-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAACGGTTTAAAacaaacttaaacattttaatacaagagtaaatatcc
gi|8598                       :                           -----T------ACT---AT--ATTTTTATGTCAGTAATA-TTCTAATA-TTGGGAAG--A--A--ACATATG-T--TTG-AAATGC-AC-ATTAATGGATAGTTGGATA-CCCCCGGTTTCTCAGCATCTTATTTCAACA-------A-------A-------TAAAATCCCCTCTTAAAACGGTTTAAA
gi|8599                       :                                                                                                                                                 TTTTTCAGCATCTTATTTCAACAAACATAGA-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAATGATT
gi|8600                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCATATTTCAACA-------A-------AGCTAGAATAAAATCCCCACTTAAAATGGTT
gi|8601                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTATTTCAATAAAGCTAGA-------A-------TAAAATCCCCTCTTAAAATGGTT
gi|8602                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTAATTCAACAAAGCTAGA-------A-------TAAAATTCCCACTTAAAATGGTT
gi|8603                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTATTTCAACAAAGCTAGA-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAATGGTT
gi|8604                       :                                                                                                                                                 TTTCTCAGCATCTTATTTCAGTA-------A-------AGCTAGAATAAAATCCCCACTTAAAATGGTTTAA
gi|8605                       :                                                                                                                                                 TTTCTGAGCATCTTATTTCAACA-------AATATAGGA-------TAAAATCACCACTTAAAACGGTT
gi|8606                       :                                                                                                                                                                TTTCAACA-------A-------A-------TAAAATCCCCACTTAAAACGGTTCAAA