lowQualScore : 1 4444444444444444 11111111 111111 1
lowQualScore : 6 9 1 7777777777777777 1 1 5 5 00000000 999999 1 5 2
lowQualScore : . . . ................ . . . . ........ ...... . . .
lowQualScore : 0 0 3 0000000000000000 3 3 3 3 44444444 888888 8 0 6
consensus : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----TATTATTCTAGTCATGC-AATTGNAGTATTT
Reference ( gi|116282 ) : ACTATACTTTACATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAACTACTGT-T-----ACTTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTC-----TATTATTCTAGTCATGC-AATGGAAGTATTT
gi|116279 : ACTAGATTTTATATTCTTGA-TGTAATTATTTCAGATAATGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----TATTATTCTAGTCATGC-AATTGTAGTA
gi|116280 : ACTATATTTTAAATTCTTAC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTCATTTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCCTGACCAAC--------TTA-----TATTATTCTAGTCATGC-AATTTTAGTATTT
gi|116286 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAAATATTTCAGGTAATATTTAATT--TGTAT-----A-TTAG-T-A-TTGCTTGACCAAC--------TTA-----TATTATTCTAGTCATGC-TATTGAAGTATTT
gi|116287 : ACTATATTTCAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGCTAATGTTTAATT--TGTAT-----A-TTAG-T-ATT-GCTCAACCAAC--------TTA-----TATTATTCTAGTCATGC-AGTTGAAGTATTT
gi|116285 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGG-T-A-T-GCTAGACCAGC--------TTA-----TATTAACCAAGTCATGC-AATTGAAGTATTT
gi|116284 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGG-T-A-T-GCTAGACCAGC--------TTA-----TATTAACCAAGTCATGC-AATTGAAGTATTT
gi|116293 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTTAGGTAATGTTTAAC----------------------A-T-GCTTGACCAAT--------TTA-----TAATAGTCTAGTCATGC-AATTGAAGTATTT
gi|116294 : ACTGTATTTTAAATTCTTGC-TGGAGTTGTATCAGGTAATGTTTAATT--TGTAT-----A-TTGG-T-ATT-ACCTGACCAAC--------TTC-----TATTATTCTAATCATAC-AATTAAAGTAT
gi|116283 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-ACGGATTATTTCCGGTAGTGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCTCGACCAAC--------TTA-----TAT--TTTTAGTCATGC-AATTGTTGTATTT
gi|116290 : ACTTTGTCTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATT--TGTAT-----A--TAAGT-A-TTGCTTGACCAAA--------TTA-----TATTATTCTAATCATGC-AATTGAAGTATT
gi|116288 : ACTTTATTTTAAATTCTTGT-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAA----------------TTAG-T-A-T-TCTTGACCAAC--------TTA-----TATTATTCTATTCATGC-AGTTGCAATATTT
gi|116289 : ACTTTATCTTAAATTCTTGA-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCTTGACCAAT--------TT
gi|116298 : ACCATATTTTA-ATTCTTGC-TGGGATTATTTCGGGTCATGTTCAGTT--TGTGT-----A-TTAG-T-A-TTGCTTGACCAAT--------TTA-----TATTATTCTAGCCATGC-AAT
gi|116292 : ACTGTATTTTAAATTCTTAC-TGGAATTATTTCAGGTAAAACTTAATTAGTAT-TTCTCAAGTTGA-T-A-T-GCTTGTCCAAC--------TTA-----TATTATTCTt
gi|116295 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCT
gi|116299 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTACATTGGGTTATGATTAATT--TGTAT-----A-TTAG-T-A-TTGGTTGACCAAT--------TTA-----TATTATTCTTGCCATTC-AATTGAAGTATTT
gi|116297 : ACTATATTTTAAATTCTTTCCTGGAATTATTTCTTGTAATATTTAATT--TGT-------A-TTGA-T--------TGACCAAC--------TTA-----TATTAGTCAACTCATGC-AATTGAAGTATTT
gi|116291 : ACTAT-TTTTAAATTTTTGC-TGGAGTTATTTCAGATAATGTTTAATCAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-GCTTGATAAAC--------TT
gi|116296 : ACTATATTCTAAATTATTGC-TGGAATTATT-CAATTAGTAT---------GT-T-------TTGA-C-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----TACTATTCTATTCATGC-AGTacagta
gi|116300 : ATTGTATTTCATATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTAATT--TGTAT-----A-TTAG-T-ATT-GCTTGACCtgta
gi|116301 : CTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATT--TGTAT-----A-TTAG-T-ATT-TCTTGACCAAC--------TTA-----TAT
gi|116305 : TATTTTAAATTTTAGC-TGGAATTATTTCTGGTAATGTTTATTTAGTAT-T-----TCTTGA-TAA-T-GCTTGACCAAT--------TAA-----TATTATTCTAGGCATGA-TAT-GAAGTATTT
gi|116302 : TATCTTA-ATTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTAT-T-----TCCTGA-T-A-T-GCTTGACCAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGC-AATTGTAGTATTT
gi|116306 : TATCTTA-ATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTGACAA----------------G-T-A-T-GCTTGACAAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGC-AATTGTAGTATTT
gi|116303 : TATCTTA-ATTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTAT-T-----TCCTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----TATTGTTCT
gi|116304 : TATCTTA-ATTCTTGC-TAGA-TAATTTCAGATAATGTTAAATAAGTAT-T-----TCCTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----TATTGTTCTtatatattattctagtatt
gi|116307 : TTTAAGTTCTAGC-TGGAATTATTTCACGTAATGTTTAATTAGTAT-C-----TCTTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------TTA-----AATTATTCTATTGATGCAAATGCAA-TATTTtatatattattctagtatt
gi|116281 : tTCCTGC-TGGAATTATT-CAGGTAATGTTTAATAAGTAT-T-----TATTGA-T-A-T-GCTTGACCAAC--------T-------TA-TATTCTAGTCATGT-AATTGTAGTATTT
gi|116308 : actttgttataaaaCTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-ACTTGACCAAT--------TTA-----TATTATTCTGTTCATGC-AATTGTAATATTT
gi|116309 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTAT-T-----TCTTGA-T-A-T-ACATGACCAAT--------TTA-----TATTATTCTATTCATGC-AATTGTAATATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111
lowQualScore : 1 0 444444444 1 11111 1 5555555555555 1 1
lowQualScore : . . ......... . ..... . ............. . .
lowQualScore : 3 1 444444444 3 00000 3 7777777777777 6 0
consensus : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
Reference ( family-632 ) : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
gi|116279 : ACTAGATTTTATATTCTTGA-TGTAATTATTTCAGATAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTA
gi|116280 : ACTATATTTTAAATTCTTAC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTCATTTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCCTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TTTAGTATTT
gi|116281 : ACTTTGTTATAAAATCCTGC-TGGAATTATT-CAGGTAATGTTTAATAAGTATTTA-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTA----------------TATTCTAGTCATGTAAT-TGTAGTATTT
gi|116282 : ACTATACTTTACATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAACTACTGTTAC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-GGAAGTATTT
gi|116283 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-ACGGATTATTTCCGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTCGACCAACTTAT-------------AT--TTTTAGTCATGCAAT-TGTTGTATTT
gi|116284 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116285 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116286 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAAATATTTCAGGTAATATTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCTAT-TGAAGTATTT
gi|116287 : ACTATATTTCAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGCTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTCAACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAGT-TGAAGTATTT
gi|116288 : ACTTTATTTTAAATTCTTGT-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATT----------------------CTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAGT-TGCAATATTT
gi|116289 : ACTTTATCTTAAATTCTTGA-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAATTT
gi|116290 : ACTTTGTCTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTAT-----------AT-AAGTATT-GCTTGACCAAATTAT-------------ATTATTCTAATCATGCAAT-TGAAGTATT
gi|116291 : ACTAT-TTTTAAATTTTTGC-TGGAGTTATTTCAGATAATGTTTAATCAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGATAAACTTAC-------------AGTA
gi|116292 : ACTGTATTTTAAATTCTTAC-TGGAATTATTTCAGGTAAAACTTAATTAGTATTTCTCAAGTTGAT-A-----T-GCTTGTCCAACTTAT-------------ATTATTCT
gi|116293 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTTAGGTAATGTTTAAC--------------------A-----T-GCTTGACCAATTTAT-------------AATAGTCTAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116294 : ACTGTATTTTAAATTCTTGC-TGGAGTTGTATCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTGGT-AT----T-ACCTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAATCATACAAT-TAAAGTAT
gi|116295 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCT
gi|116296 : ACTATATTCTAAATTATTGC-TGGAATTATTC------------AATTAGTATGTT-----TTGAC-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ACTATTCTATTCATGCAGT-TGT
gi|116297 : ACTATATTTTAAATTCTTTCCTGGAATTATTTCTTGTAATATTTAATTTGTATT---------GAT------------TGACCAACTTAT-------------ATTAGTCAACTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116298 : ACCATATTTTAA-TTCTTGC-TGGGATTATTTCGGGTCATGTTCAGTT--TGTGTA-----TTAGT-A-----TTGCTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTAGCCATGCAAT-T
gi|116299 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTACATTGGGTTATGATTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GGTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTTGCCATTCAAT-TGAAGTATTT
gi|116300 : ATTGTATTTCATATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACC
gi|116301 : CTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-TCTTGACCAACTTAT-------------AT
gi|116302 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116303 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116304 : TATCTTAA-TTCTTGC-TAGA-TAATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116305 : TATTTTAAATTTTAGC-TGGAATTATTTCTGGTAATGTTTATTTAGTATTTC-----TTGATAA-----T-GCTTGACCAATTAAT-------------ATTATTCTAGGCATG--ATATGAAGTATTT
gi|116306 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTGACAAG---------------T-A-----T-GCTTGACAAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116307 : TTTTAAGTTCTAGC-TGGAATTATTTCACGTAATGTTTAATTAGTATCTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAA-------------ATTATTCTATTGATGCAAA-TGCAATATTT
gi|116308 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTGTTCATGCAAT-TGTAATATTT
gi|116309 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACATGACCAATTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAAT-TGTAATATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111
lowQualScore : 1 0 444444444 1 11111 1 5555555555555 1 1
lowQualScore : . . ......... . ..... . ............. . .
lowQualScore : 3 1 444444444 3 00000 3 7777777777777 6 0
consensus : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
Reference ( family-632 ) : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
gi|116279 : ACTAGATTTTATATTCTTGA-TGTAATTATTTCAGATAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTA
gi|116280 : ACTATATTTTAAATTCTTAC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTCATTTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCCTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TTTAGTATTT
gi|116281 : ACTTTGTTATAAAATCCTGC-TGGAATTATT-CAGGTAATGTTTAATAAGTATTTA-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTA----------------TATTCTAGTCATGTAAT-TGTAGTATTT
gi|116282 : ACTATACTTTACATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAACTACTGTTAC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-GGAAGTATTT
gi|116283 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-ACGGATTATTTCCGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTCGACCAACTTAT-------------AT--TTTTAGTCATGCAAT-TGTTGTATTT
gi|116284 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116285 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116286 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAAATATTTCAGGTAATATTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCTAT-TGAAGTATTT
gi|116287 : ACTATATTTCAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGCTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTCAACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAGT-TGAAGTATTT
gi|116288 : ACTTTATTTTAAATTCTTGT-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATT----------------------CTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAGT-TGCAATATTT
gi|116289 : ACTTTATCTTAAATTCTTGA-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAATTT
gi|116290 : ACTTTGTCTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTAT-----------AT-AAGTATT-GCTTGACCAAATTAT-------------ATTATTCTAATCATGCAAT-TGAAGTATT
gi|116291 : ACTAT-TTTTAAATTTTTGC-TGGAGTTATTTCAGATAATGTTTAATCAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGATAAACTTAC-------------AGTA
gi|116292 : ACTGTATTTTAAATTCTTAC-TGGAATTATTTCAGGTAAAACTTAATTAGTATTTCTCAAGTTGAT-A-----T-GCTTGTCCAACTTAT-------------ATTATTCT
gi|116293 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTTAGGTAATGTTTAAC--------------------A-----T-GCTTGACCAATTTAT-------------AATAGTCTAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116294 : ACTGTATTTTAAATTCTTGC-TGGAGTTGTATCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTGGT-AT----T-ACCTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAATCATACAAT-TAAAGTAT
gi|116295 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCT
gi|116296 : ACTATATTCTAAATTATTGC-TGGAATTATTC------------AATTAGTATGTT-----TTGAC-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ACTATTCTATTCATGCAGT-TGT
gi|116297 : ACTATATTTTAAATTCTTTCCTGGAATTATTTCTTGTAATATTTAATTTGTATT---------GAT------------TGACCAACTTAT-------------ATTAGTCAACTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116298 : ACCATATTTTAA-TTCTTGC-TGGGATTATTTCGGGTCATGTTCAGTT--TGTGTA-----TTAGT-A-----TTGCTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTAGCCATGCAAT-T
gi|116299 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTACATTGGGTTATGATTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GGTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTTGCCATTCAAT-TGAAGTATTT
gi|116300 : ATTGTATTTCATATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACC
gi|116301 : CTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-TCTTGACCAACTTAT-------------AT
gi|116302 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116303 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116304 : TATCTTAA-TTCTTGC-TAGA-TAATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116305 : TATTTTAAATTTTAGC-TGGAATTATTTCTGGTAATGTTTATTTAGTATTTC-----TTGATAA-----T-GCTTGACCAATTAAT-------------ATTATTCTAGGCATG--ATATGAAGTATTT
gi|116306 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTGACAAG---------------T-A-----T-GCTTGACAAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116307 : TTTTAAGTTCTAGC-TGGAATTATTTCACGTAATGTTTAATTAGTATCTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAA-------------ATTATTCTATTGATGCAAA-TGCAATATTT
gi|116308 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTGTTCATGCAAT-TGTAATATTT
gi|116309 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACATGACCAATTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAAT-TGTAATATTT
blockSeqs : C TTTCTCAAG A AGTAT T ATTGTTCTTATAT A T
blockSeqs : . TTTC . T . ATTGTTCTTATAT . T
blockSeqs : . TTTA . T . . . A
blockSeqs : . TTAC . T . . . T
blockSeqs : . TTTC . T . . . A
blockSeqs : . TTTC . T . . . A
blockSeqs : . TTTC . T . . . A
blockSeqs : . TTTC . . . . . A
blockSeqs : . TTTC . . . . . C
blockSeqs : . TTTC . . . . . A
blockSeqs : . TGTT . . . . . A
blockSeqs : . TGTA . . . . . A
blockSeqs : . TTTC . . . . . T
blockSeqs : . TTTC . . . . . A
blockSeqs : . TTTC . . . . . A
blockSeqs : . TTTC . . . . . T
blockSeqs : . TCTC . . . . . T
blockSeqs : . TTTC . . . . . T
blockSeqs : . TTTC . . . . . A
blockSeqs : . TA . . . . . T
blockSeqs : . TA . . . . . C
blockSeqs : . TT . . . . . T
blockSeqs : . TA . . . . . T
blockSeqs : . TT . . . . .
blockSeqs : . TA . . . .
blockSeqs : . TA . . . .
blockSeqs : . TA . . . .
blockSeqs : . T . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
finalCons : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111
lowQualScore : 1 0 444444444 1 11111 1 5555555555555 1 1
lowQualScore : . . ......... . ..... . ............. . .
lowQualScore : 3 1 444444444 3 00000 3 7777777777777 6 0
consensus : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
Reference ( family-632 ) : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGNAGTATTT
gi|116279 : ACTAGATTTTATATTCTTGA-TGTAATTATTTCAGATAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTA
gi|116280 : ACTATATTTTAAATTCTTAC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTCATTTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCCTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-TTTAGTATTT
gi|116281 : ACTTTGTTATAAAATCCTGC-TGGAATTATT-CAGGTAATGTTTAATAAGTATTTA-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTA----------------TATTCTAGTCATGTAAT-TGTAGTATTT
gi|116282 : ACTATACTTTACATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAACTACTGTTAC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAGTCATGCAAT-GGAAGTATTT
gi|116283 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-ACGGATTATTTCCGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTCGACCAACTTAT-------------AT--TTTTAGTCATGCAAT-TGTTGTATTT
gi|116284 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116285 : ACTATATTTTGAATTCTTGC-TCGAATTATTTCTGGTAGTGTTTAATTAGTATTTC-----TTGGT-A-----T-GCTAGACCAGCTTAT-------------ATTAACCAAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116286 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAAATATTTCAGGTAATATTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCTAT-TGAAGTATTT
gi|116287 : ACTATATTTCAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGCTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTCAACCAACTTAT-------------ATTATTCTAGTCATGCAGT-TGAAGTATTT
gi|116288 : ACTTTATTTTAAATTCTTGT-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATT----------------------CTTGACCAACTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAGT-TGCAATATTT
gi|116289 : ACTTTATCTTAAATTCTTGA-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAATTT
gi|116290 : ACTTTGTCTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTAT-----------AT-AAGTATT-GCTTGACCAAATTAT-------------ATTATTCTAATCATGCAAT-TGAAGTATT
gi|116291 : ACTAT-TTTTAAATTTTTGC-TGGAGTTATTTCAGATAATGTTTAATCAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGATAAACTTAC-------------AGTA
gi|116292 : ACTGTATTTTAAATTCTTAC-TGGAATTATTTCAGGTAAAACTTAATTAGTATTTCTCAAGTTGAT-A-----T-GCTTGTCCAACTTAT-------------ATTATTCT
gi|116293 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTTAGGTAATGTTTAAC--------------------A-----T-GCTTGACCAATTTAT-------------AATAGTCTAGTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116294 : ACTGTATTTTAAATTCTTGC-TGGAGTTGTATCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTGGT-AT----T-ACCTGACCAACTTCT-------------ATTATTCTAATCATACAAT-TAAAGTAT
gi|116295 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGAAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-GCT
gi|116296 : ACTATATTCTAAATTATTGC-TGGAATTATTC------------AATTAGTATGTT-----TTGAC-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ACTATTCTATTCATGCAGT-TGT
gi|116297 : ACTATATTTTAAATTCTTTCCTGGAATTATTTCTTGTAATATTTAATTTGTATT---------GAT------------TGACCAACTTAT-------------ATTAGTCAACTCATGCAAT-TGAAGTATTT
gi|116298 : ACCATATTTTAA-TTCTTGC-TGGGATTATTTCGGGTCATGTTCAGTT--TGTGTA-----TTAGT-A-----TTGCTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTAGCCATGCAAT-T
gi|116299 : ACTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTACATTGGGTTATGATTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GGTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTTGCCATTCAAT-TGAAGTATTT
gi|116300 : ATTGTATTTCATATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-GCTTGACC
gi|116301 : CTATATTTTAAATTCTTGC-TGGAATTATTTCAGGTAATGTTTAATTTGTA--TA-----TTAGT-AT----T-TCTTGACCAACTTAT-------------AT
gi|116302 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116303 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGA-TTATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116304 : TATCTTAA-TTCTTGC-TAGA-TAATTTCAGATAATGTTAAATAAGTATTTC-----CTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAT-------------ATTGTTCTTAT-ATATTAT-TCTAGTATT
gi|116305 : TATTTTAAATTTTAGC-TGGAATTATTTCTGGTAATGTTTATTTAGTATTTC-----TTGATAA-----T-GCTTGACCAATTAAT-------------ATTATTCTAGGCATG--ATATGAAGTATTT
gi|116306 : TATCTTAA-TTCTTGC-TGGAATTATTTCAGATAATGTTTGACAAG---------------T-A-----T-GCTTGACAAACTTATATTGTTCTTATATATTATTCTAGTCATGCAAT-TGTAGTATTT
gi|116307 : TTTTAAGTTCTAGC-TGGAATTATTTCACGTAATGTTTAATTAGTATCTC-----TTGAT-A-----T-GCTTGACCAACTTAA-------------ATTATTCTATTGATGCAAA-TGCAATATTT
gi|116308 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACTTGACCAATTTAT-------------ATTATTCTGTTCATGCAAT-TGTAATATTT
gi|116309 : CTTGG-TAGAATTGTTTCGGGTAATATTTAATTAGTATTTC-----TTGAT-A-----T-ACATGACCAATTTAT-------------ATTATTCTATTCATGCAAT-TGTAATATTT