lowQualScore : 111111 1 11111 22222 11 11 11111
lowQualScore : 777 222222 2 9 1 3 1 1 66 1 0 77 1 0 11111 1 1 1 5 1 22 2 5 22 22 22 333 2 22 1 1 3 66666 2 4 00000 6 2 7 1 5555555 22 1 22 888 1 5 3 33 22 77 3 77 1 1 1 3 1 33 33333 1 6 6
lowQualScore : ... ...... . . . . . . .. . . .. . . ..... . . . . . .. . . .. .. .. ... . .. . . . ..... . . ..... . . . . ....... .. . .. ... . . . .. .. .. . .. . . . . . .. ..... . . .
lowQualScore : 444 555555 0 5 8 6 8 8 11 8 6 22 7 2 22222 7 7 7 2 7 11 3 0 33 33 33 333 8 33 7 9 8 77777 0 0 00000 0 0 8 9 0000000 66 9 55 333 5 4 7 99 00 99 4 22 4 4 4 3 7 44 11111 4 0 3
consensus : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAA--CA-TGTTAACTANT-TC-TAT-TTTTA-G-CC-TGCTGTACG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATNT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AA---ATCTT-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-CTTA--TAG--NAT-GTCCCACACA-CCAGTAT--TATAT--TGGGTTTAANTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAA-TACAATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
Reference ( gi|85942 ) : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCAATAAAA--CA-TGTTAACTAAT-TC-TAT-TTTTA-G-CC-TGCTGTACG-TGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AA---ACCTT-AA-TAACTAAATG-CAT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GTCTCACACA-CCAGTAT--TATAT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAA-TACAATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTAACTATAATACA
gi|85943 : AGATGTCGACT---CT-A----GT-C-GC-T-A-A-A--T-TCCAATAAAA--CA-TGTTAACT-AT-CCATAT-TTATA-G-CC-AGCTGTACG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AC---AGCTT-AA-TGACT-AATG-CAT---G---T--A-CCTA--TAGA-AAT-ATCTCTCACA-CCAGTGT--TATAT--TGGGTTTAATTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAA-TACAATAATTAAT-ATT-----TGAAGTGACTGACTATAATACA
gi|85931 : AGATGTCCACT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAA--CA-TGTTAATTATT-TC-TAT-TTTAA-G-CT-TGCTGTACG-CGAATTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AA---AGCTA-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GTCTCACA-A--CAGTAT--TATAT--TAGGTTTAATTTTTACATTATTAAAAT-A-AT-AAAA-TATGATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85936 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAA--TA-TGTTA-CTAAT-TA-TAT-TTTTG-G-CC-TGCTGTACG-TGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AA---ATCTTAAA-TAACTAAATG-CTT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GCCATACACA-CCAGTAT--TATTT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85938 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAA--TA-TGTTA-CTAAT-TA-TAT-TTTTG-G-CC-TGCTGTACG-TGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AA---ATCTTAAA-TAACTAAATG-CTT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GCCATACACA-CCAGTAT--TATTT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACA
gi|85937 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAA--TA-TGTTA-CTAAT-TA-TAT-TTTTT-G-CC-TGCTGTACG-TGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AA---ATCTT-AAATAACTAAATG-CTT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GCCATACACA-CAAGTAT--TATTT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAAAAA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85932 : tcAGATGTCTACT---TTAC----TT-CCGC-T-ACA-A--T-GCCCGTAAAA--CA-TGTTAACTATC-CC-TAT-TTT-A-G-CC-TACTATATG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAA-G-TTCAAA-C-TAATTA-----AGGCCT-TC-AA---AGCTT-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-CTTA--TAG--TAT-GTCTCA-A-A-CCAGTAC--TATTT--TGGGTTTAATTTTAACATTATCAAAAT-A-AT-AAAA-TACAATAATAAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85944 : tcAGATGTTGATT---CT-A----GT-CTGC-T-A-A-AA-C-GCCAATAAAA--CA-TGTTGACTATC-CC-TAT-TTTAA-G-CC-TGCTGTACG-CAAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AA---AGCTT-AA-TGACTAAATG-TAT---G---T--A-CTTA--TAG--TAT-ATCT-A-ACA-CCAGTTT--TATAA--TGGGTTTAATGTTTATATTATCAAAA-AA-AT-AAAA-TACAATAATTAAT-AAG-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85934 : AGATGTCCATT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--AAGCCCATAAAA--CA-TGTTAACTATC-TA-TAT-TTTAA-G-CC-TGTTGTACG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAATG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CA---G-CTT-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-TTTG--TTG--AAT-AGC-CA-ACA-CCAGTAT--GATAT--TGGGTTGAAATTTTACATTATCAAAC-AA-AT-AAAA-TACAATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85933 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TTCC-GC-TAA-A-A--T-GCCCATAAA----A-TGTTAACTATC-TC-TAT-TTCAA-A-CC-TGCTGTAGG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GT--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CA---G-CTT-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-ATTA--TAG--AATAGCC---CACA-CCAGTAT--AATAG--TGGATTTAATTTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAG-TACAATAATTGAT-AAA-----TGAAGTAATTGACAAAAATACA
gi|85935 : ttAGATGTCCACC---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-AA-T-GCCCATAAAA--CA-TGTTAACTATT-TC-TGT-TTTTA-G-CC-TGCTGTACG-CGAACTT-TTGACA--G--T--GA--AATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCTACC-AG-----CTT-AA-TGACTAAATG-CAT---T---G--A-CCTA--TAG--AAT-AAC-CA-ACA-CCAGTAT--AATAT--TGGGTTTAATTTTTACATTAAAATACT-A-AT-AAAATTAT-ATAATTAATAAATAA---TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85939 : tcAGATGTCCACT---CT-C----AT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAA--TA-TGTTA-CTAAT-TC-TAT-TTTTA-G-CC-TGCTGTACG-CGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATAT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AA---ATCTTAAA-TAACTAAAT--TAT-------T--A-TTT---TGG------GT-TTA-------AGTTT--TACAT--T------------------ATAAAA--AA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85945 : tcAGATGTCCACT---TA-T----TT-C----------------CCA-TACAA---A-TATTCACTATC-TC-TAT-TTTTA-A-CCCTGTTGCACA-TTA--TTATTAACA--GCGT--GT--CATTT--ATCAGAAG-TTCAAG-C-TAGTTAATTTCGGACAT-CC-TC---ATATA-AA-TGAGTACATG-CAT---T---TTGC-CTTA--TTG--AAT-ATCCCACTCA---AGTAT--TTTAT--TGGGTTTCAATTTTACATTATCAAATTA-----AAAA-T-CTATA-------AAT-----CAGAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85940 : AGATGTCCGCT---CTACG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCCTTAAA--CGTTGTTCA-TA---TC-TAA-TTCTA-GTCC-CGTTATGT--TAAAATT-TTGAAT--G--G--GT--AATTC--ATC
gi|85946 : cAGATGTCCACT---CT-CT---TT-C-GC-TAA-A-A--T-ACCCATAAAACCCA--GTTCA-TATC-TG-TAA-TTCTA-GTCC-CGT--TATG-TTATATT-TTGACA--G--G--GT--AATTG--ATCATAAG-Tctggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaatatcccacataatcatatattgggcttaaattttacaatatcaaactaataaaatacatttaatattaagtgaccgactataataca
gi|85941 : AGATGTCCACT---CT-AG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACCCA--GTTCA-TATC-TC-TTT-TTTTATT-CC-TGTTATGTT-TTA--TT-TTGACA--G--G--GT--AACTC--ATCATAAG-T---GA-CATAATTA-----gacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaatatcccacataattatatagtgggtttaagttttacaatatcaagctaataaaatacaataataaatgagtgactgaccaataca
gi|85948 : cATGTCCACTGAACTAC-------C-GC-T-A-ATA--T-GCCAATAAAACCCA--GTTCA-TATT-TC-TAA-TTTTA-GTCC-CGT--TACA-TTATATT-TTGACA--G--G--GT--AAGTC--ATCATAAG-T
gi|85947 : ATGTACACTGG-CC-CGATGTC-C-GC-T-A-A-C--T-TCCCATAAAA--CA-TGTGAAC--ATGTC-TGT-TCTTA-G-CC-CTATGTACG-
gi|85949 : -C----TT-C-GCAT-A-G-AACT-TCCCATAAAA--CA-TGTAAAC--ATGTC-TAT-TCTTA-G-CC-CTATGTACG-CTA--TTGTTGACA--G--TATGC--AATTT--GTCAGAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CCCAG---A--TT-AA-TGACTAAATG-CAT---G---T--A-CCTA--TAG--AAT-ATCTCACA---CCAGTAT--TATAT--TGGGTTTAATTGTTACATTATCAAATT-A-AT-AAAA-TACAAAAATAGAT--AT-------AAGTGACTGACTATAATACAc
gi|85950 : ----TC-C-GC-T-A-A-T--T-TCCCATAAAA--CA-TGTTAAC---------ATGTCTTA-G-CC-CTATATACGCTG---TTGCTGACA--G--T--GTGTAATTT--ATCAGAAG-TTCAAA-C-TAATAA-----GGACCT-CCCAG---A--TT-AA-TGACTTAATG-CAT---G---T--A-CCTA--TAG--AAT-ATCTCACACA---AGTAT--AATAT--ATGGTTTAAATTTCACATTATCAAACTAA-A-------------AGTCAAT-AAT-----T------ACTGAATATAATACA
gi|85952 : -C-GC-T-A-A-A--T-GTCCATAAA---TA-TGTTTAC-AAT-TC-TAT-GTTAA-G-CG-TGCTGTATG-CGAATAT-TTGACA--G--T--GT--CATCT--ATCAAAAG-TTCAAAAC-TAATTA-----GTATCT-TC-AA----TCTC-AA-T--CTAAATG-CTT---G---C--A-TCTA--TAG--CGT-GCCCTACATG-TCAGTGT--TATTT--TGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAA-AT-AGAA-TATAATAATTAAT-AAT-----TAAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85953 : -GC-T-A-A-A--T-GGCCATAAAA--CA-TGTTAACTATC-GC-TAT-CTTTA-G-CC-TGCTGTACG-AGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATAT--ATCAAAAGATTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AA---ATCTT-AA-TAGTTAAATG-CTT---G---T--A-CTTA--TAG--CAT-GCTTTACACG-CCAGTAT--TATTT--TAGGTTTAAGTTTTACATTAACAAACAAA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AAT-----TGAAGTTACTGACAATAACACA
gi|85954 : -T-A-A-A--T-ATCCATTAAT--CA-AGTTAGC--ATCTC-TAT-CTTAG-A-CC-TGTT-TA-G-CTATTTC-TTGACAAAG--T--GT--CATTC--ATCAGATG-TTCAAG-CAGAGTTC-----GGACCT-CC-CA----TGTT-AA-AGACTTCATG-CATTTCGCCTT--A-CATA--CGA--CAT-ATCCCACACA---AGTAT--TATTT--TGGGTTTAAATATTGCATTATCAAACT-A-AT-AAAA-T-CAATAATT------T-----CTGAGTGACTGACTATAACACA
gi|85955 : ATAAAA--TA-TGTTAAC-AAT-TC-TAT-TTTTA-G-CC-TGCTGTATG-CGAACCT-TTGACA--G--T--GT--CATTT--ATCAAAAG-TTTAAA-C-TAATTA-----GTAATT-CC-AA---ATCTT-AA-T--CTAAATG-CTT---G---T--A-CTTA--TAG--CGT-GCCTTACACA-CCAGAAT--TATTT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-AT-AGAA-TACAATAATTAAT-AAC-----TGAAGTGACCGACAATAATACA
gi|85956 : cCTC-TTGACA--G--T--CC--ATCACTGATCAGAAG-TTCAAG-C-CAAGTAC----GGACCT-TC-CATTTACTT---A-TCACTACTTGTTAT---C---T--GCCTTAACTAGGAAAT-ATCCCACA----TAGTATTATATAT--TGGGTTTATATTTTGCATTATCAAACT-A-AT-ACAA-T-CAAAAATTA
gi|85957 : TT-CTGACA--G--T--GT--CATCT--ATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATCA-----GTATCT-TC-AA----TCTT-AA-T--CTAAATG-CTT---G---C--A-CTTA--TAG--CGT-GCCTTATATA-TCAGTGT--TATTT--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-GT-AGAA-TACAATAATTTAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85951 : TG-CAT-------T--A-ACTA---GG--CAT-ATCCTACATA---AGTAT--TATATCTTGGGTTTAAGTTTTATATTTTCAAACT-T-AT-AAAA-T-CAATAATT-----AC-----TG-AGTGACTGACTATAAAACA
gi|85960 : ccgctaattaaccataaatcaagttttcatctctattttagacctgtttacgctatatccccggtaggttttcactcattagaagttcaagccaatcttgacgtctgaagtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtcA--TGG--AAT-ATCCCGCATA---AGTAT--TATATCTTTGGTTTAAATTTTACATTATCAAAATAA-AT-GAAA-T-CAATTATTACT---T-----T---GTGACTGACT
gi|85958 : AT-ATCCCACATA---ATTAT---ATAT--TGGGTTTAAATTTTACAATATCAAACTAACATCAGAA-TACAAT-ATT--T-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85959 : atgaaAT-ATCCCACATAATCA------TATAT--TGGGTTTAAATTTTACAATACCAAACT-A-AT--AAA-TTCAATAATTA---AGT-----T-AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85940 : atgaaAT-ATCCCACATAATCA------TATAT--TGGGCTTAAATTTTACAATATCAAACT-A-AT-AAAA-TAC-AT--TTAAT--AT-----T-AAGTGACCGACTATAATACA
gi|85946 : cagatgtccgctctacgtccgctaaatgccccttaaacgttgttcatatctaattctagtcccgttatgttaaaattttgaatgggtaattcatcctggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaAT-ATCCCACATA------AT--TATATAGTGGGTTTAAGTTTTACAATATCAAGCT-A-AT-AAAA-TACAATAATAAAT-----------GAGTGACTGAC--CAATACA
gi|85961 : agatgtccactctctttcgctaaaatacccataaaacccagttcatatctgtaattctagtcccgttatgttatattttgacagggtaattgatcataagtgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaTCCCACATA---GGTAT--TATATCTTTGGTTTAAATTTTACATGAACAAACT-A-AT-AAAA-T----TAAT--AT-TAC-----TG-AGTGACTGACTATAACACA
gi|85962 : aat--TATAT--TGGGTTTAAATTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAA-TACAATAATT-----AT-----TG-AGTAACTGACTATAATACA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11 11111
lowQualScore : 666 111111 1 8 1 3 1 1 55 1 1 4 0 4 44 0 1 1 1 1 1 33 1 3 22 22 44 22 55555 1 1 1 3 66666 1 3 7777 7 2 1 333 333 22 1 22 22 22 1 1 33 11 77 1 66 1 1 5 1 1 33 33333 1
lowQualScore : ... ...... . . . . . . .. . . . . . .. . . . . . . .. . . .. .. .. .. ..... . . . . ..... . . .... . . . ... ... .. . .. .. .. . . .. .. .. . .. . . . . . .. ..... .
lowQualScore : 999 444444 8 7 7 3 7 7 66 7 6 8 4 7 00 2 6 6 6 6 6 00 5 1 11 11 22 11 44444 0 6 7 5 11111 8 6 2222 6 9 9 333 333 66 9 33 77 11 5 5 99 99 66 0 00 4 4 4 4 3 44 11111 0
consensus : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
Reference ( family-629 ) : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTANTTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAANTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
gi|85931 : AGATGTCCACT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAATTATTTCTATTTTAA-G-CT-TGCTG-T-ACGCGA-ATT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTA-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACA-A--CAGTATTATA--T--TAGGTTTAATTTTTACATTATTAAAAT-A-AT-AAAATATG-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85932 : tcAGATGTCTACT---TTAC----TT-CCGC-T-ACA-A--T-GCCCGTAAAACA-T-GTTAACTATCCCTATTTT-A-G-CC-TACTA-T-ATGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAA-G-TTCAAA-C-TAATTA-----AGGCCT-TC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-GTCTCA-A-A-CCAGTACTATT--T--TGGGTTTAATTTTAACATTATCAAAAT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85933 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TTCC-GC-TAA-A-A--T-GCCCATAAA--A-T-GTTAACTATCTCTATTTCAA-A-CC-TGCTG-T-AGGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AA-TTA--TAG-AA--T-AGCC--CACA-CCAGTATAATA--G--TGGATTTAATTTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAGTACA-ATAATTGAT-AAA-----TGAAGTAATTGACAAAAATACA
gi|85934 : ttAGATGTCCATT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--AAGCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTATATTTTAA-G-CC-TGTTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAATG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AT-TTG--TTG-AA--TAG--CCA-ACA-CCAGTATGATA--T--TGGGTTGAAATTTTACATTATCAAAC-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85935 : tcAGATGTCCACC---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-AA-T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATTTCTGTTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GA--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCTACC-AG----CTT-AATGACTAAATGC-AT---T---G--AC-CTA--TAG-AA--T-A-ACCA-ACA-CCAGTATAATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTAAAATACT-A-AT-AAAAT-TATATAATTAATAAATAA---TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85936 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85937 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTT-ACTAATTATATTTTTT-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CAAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAAAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85938 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACA
gi|85939 : tcAGATGTCCACT---CT-C----AT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAAT
gi|85939 : tcTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATAAAA--AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACAtattattttgggtttaagttttacattataaaaaaatagaatacaataattaataattgaagtgactgacaataacaca
gi|85940 : tcagatgtccactctcatcgctaaatgaccataaaatatgttactaattctatttttagcctgctgtacgcgaacctttgacagtgtcatatatcaaaagttcaaactaattagtatctccaaatcttaaataactaaatAGATGTCCGCT---CTACG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCCTTAAACGTT-GTTCA-TA--TCTAATTCTA-GTCC-CGTTA-T-GT-TAA-AAT-T-T--TGAAT--G--G--GT--A--ATTCATC
gi|85940 : cA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGCTTAAATTTTACAATATCAAACT-A-AT-AAAATAC--AT--TTAAT--AT-----T-AAGTGACCGACTATAATACActggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaatatcccacataatcatatattgggcttaaattttacaatatcaaactaataaaatacatttaatattaagtgaccgactataataca
gi|85941 : cagatgtccgctctacgtccgctaaatgccccttaaacgttgttcatatctaattctagtcccgttatgttaaaattttgaatgggtaattcatcctggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaAGATGTCCACT---CT-AG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTCTTTTTTTATT-CC-TGTTA-T-GTTTTA---T-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ACTCATCATAAG-T---GA-CATAATTA-----
gi|85942 : cAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCAATAAAACA-T-GTTAACTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAC--CTT-AATAACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTAACTATAATACA
gi|85943 : AGATGTCGACT---CT-A----GT-C-GC-T-A-A-A--T-TCCAATAAAACA-T-GTTAACTATCCATATTTATA-G-CC-AGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-ACAG--CTT-AATGACT-AATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAGAAA--T-ATCTCTCACA-CCAGTGTTATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-ATT-----TGAAGTGACTGACTATAATACA
gi|85944 : AGATGTTGATT---CT-A----GT-CTGC-T-A-A-AA-C-GCCAATAAAACA-T-GTTGACTATCCCTATTTTAA-G-CC-TGCTG-T-ACGCAA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGT-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-AT-CTA-ACA-CCAGTTTTATA--A--TGGGTTTAATGTTTATATTATCAAAA-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAG-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85945 : AGATGTCCACT---TA-T----TT-C-----------------CCATACAA-A-T-ATTCACTATCTCTATTTTTA-A-CCCTGTTG-C-ACATTA---T-TAT--TAACA--GCGT--GT--C--ATTTATCAGAAG-TTCAAG-C-TAGTTAATTTCGGACAT-CC-TCAT--ATA-AATGAGTACATGC-AT---T---TTGCC-TTA--TTG-AA--T-ATCCCACTCA---AGTATTTTA--T--TGGGTTTCAATTTTACATTATCAAATTA-----AAAAT-CT-ATA-------AAT-----CAGAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85946 : AGATGTCCACT---CT-CT---TT-C-GC-TAA-A-A--T-ACCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTGTAATTCTA-G-TC---CCGTT-ATGTTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ATTGATCATAAG-T
gi|85946 : A--T-ATCCCACATA------ATTATA--TAGTGGGTTTAAGTTTTACAATATCAAGCT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-----------GAGTGACTGACC--AATACAgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaatatcccacataattatatagtgggtttaagttttacaatatcaagctaataaaatacaataataaatgagtgactgaccaataca
gi|85947 : agatgtccactctctttcgctaaaatacccataaaacccagttcatatctgtaattctagtcccgttatgttatattttgacagggtaattgatcataagtgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaATGTACACTGG-CC-CGATGTC-C-GC-T-A-A-C--T-TCCCATAAAACA-T-GTGAAC-ATGTCTGTTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGC
gi|85948 : ATGTCCACTGAACTAC-------C-GC-T-A-ATA--T-GCCAATAAAACC-CAGTTCA-TATTTCTAATTTTA-G-TC---CCG-TTACATTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--AGTCATCATAAG-T
gi|85949 : -C----TT-C-GCAT-A-G-AACT-TCCCATAAAACA-T-GTAAAC-ATGTCTATTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGCTA---T-TGT--TGACA--G--TATGC--A--ATTTGTCAGAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACA---CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAATTGTTACATTATCAAATT-A-AT-AAAATACA-AAAATAGAT--AT-------AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85950 : ----TC-C-GC-T-A-A-T--T-TCCCATAAAACA-T-GTTAAC-ATGTCT-----TA-G-CC---CTA-T-ATACG---CTGT-TGCTGACA--G--T--GTGTA--ATTTATCAGAAG-TTCAAA-C-TAATAA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTTAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACACA---AGTATAATA--T--ATGGTTTAAATTTCACATTATCAAACTA-----AAAGT-CA-ATAATTA
gi|85951 : -C-GC-T-A-A-T--T-AACCATAAATCA-A-GTTTTC-ATCTCTATTTTAG-A-CC-TGTT--T-ACGCTATATC-C-C--CGGTA--GGTT--TT--C--ACTCATTAGAAG-TTCAAG-C-CAATCT-----TGACGT-CT-GAActgaatataataca
gi|85951 : cTGC-AT-------T--AA-CTA---GG-CA--T-ATCCTACATA---AGTATTATA--TCTTGGGTTTAAGTTTTATATTTTCAAACT-T-AT-AAAAT-CA-ATAATT-----AC-----TG-AGTGACTGACTATAAAACAgtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtctgcattaactaggcatatcctacataagtattatatcttgggtttaagttttatattttcaaacttataaaatcaataattactgagtgactgactataaaaca
gi|85952 : ccgctaattaaccataaatcaagttttcatctctattttagacctgtttacgctatatccccggtaggttttcactcattagaagttcaagccaatcttgacgtctgaagtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtc-C-GC-T-A-A-A--T-GTCCATAAA-TA-T-GTTTAC-AATTCTATGTTAA-G-CG-TGCTG-T-ATGCGA-ATA-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAAAC-TAATTA-----GTATCT-TC-AA-T--CTC-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AT-CTA--TAG-CG--T-GCCCTACATG-TCAGTGTTATT--T--TGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATATA-ATAATTAAT-AAT-----TAAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85953 : -GC-T-A-A-A--T-GGCCATAAAACA-T-GTTAACTATCGCTATCTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGAGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAGATTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTT-AATAGTTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCTTTACACG-CCAGTATTATT--T--TAGGTTTAAGTTTTACATTAACAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTTACTGACAATAACACA
gi|85954 : -T-A-A-A--T-ATCCATTAATCA-A-GTTAGC-ATCTCTATCTTAG-A-CC-TGTT--T-A-GCTA-TTT-C-T--TGACAAAG--T--GT--C--ATTCATCAGATG-TTCAAG-CAGAGTTC-----GGACCT-CC-CA-T--GTT-AAAGACTTCATGC-ATTTCGCCTT--AC-ATA--CGA-CA--T-ATCCCACACA---AGTATTATT--T--TGGGTTTAAATATTGCATTATCAAACT-A-AT-AAAAT-CA-ATAATT------T-----CTGAGTGACTGACTATAACACA
gi|85955 : CATAAAATA-T-GTTAAC-AATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ATGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATTTATCAAAAG-TTTAAA-C-TAATTA-----GTAATT-CC-AAAT--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTACACA-CCAGAATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAC-----TGAAGTGACCGACAATAATACA
gi|85956 : CT-C-T--TGACA--G--T--CC--ATCACTGATCAGAAG-TTCAAG-C-CAAGTAC----GGACCT-TC-CATTTACTT-A-TCACTACTTGTTAT---C---T--GCCTTAACTAG-GAAAT-ATCCCACATA----GTATTATATAT--TGGGTTTATATTTTGCATTATCAAACT-A-AT-ACAAT-CA-AAAATTA
gi|85957 : T-T-C--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATCA-----GTATCT-TC-AA-T--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTATATA-TCAGTGTTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-GT-AGAATACA-ATAATTTAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85958 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATA---ATTAT-ATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATATCAAACTAACATCAGAATACA-AT-ATT--T-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85959 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATACCAAACT-A-AT--AAATTCA-ATAATTA---AGT-----T-AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85960 : A--TGG-AA--T-ATCCCGCATA---AGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATTATCAAAATAA-AT-GAAAT-CA-ATTATTACT---T-----T---GTGACTGACT
gi|85961 : TCCCACATA---GGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATGAACAAACT-A-AT-AAAAT-----TAAT--AT-TAC-----TG-AGTGACTGACTATAACACA
gi|85962 : aatTATA--T--TGGGTTTAAATTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAATACA-ATAATT-----AT-----TG-AGTAACTGACTATAATACA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11 11111
lowQualScore : 666 111111 1 8 1 3 1 1 55 1 1 4 1 3 3 0 1 1 1 1 1 33 1 3 22 22 44 22 55555 1 1 1 3 66666 1 3 7777 7 2 1 333 333 22 1 22 22 22 1 1 33 11 77 2 66 1 1 5 1 1 33 33333 1
lowQualScore : ... ...... . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .. .. .. .. ..... . . . . ..... . . .... . . . ... ... .. . .. .. .. . . .. .. .. . .. . . . . . .. ..... .
lowQualScore : 999 444444 8 7 7 3 7 7 66 7 6 8 4 5 1 2 6 6 6 6 6 00 5 1 11 11 22 11 44444 0 6 7 5 11111 8 6 2222 6 9 9 333 333 66 9 33 77 11 5 5 99 99 66 1 00 4 4 4 4 3 44 11111 0
consensus : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
Reference ( family-629 ) : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
gi|85931 : AGATGTCCACT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAATTATTTCTATTTTAA-G-CT-TGCTG-T-ACGCGA-ATT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTA-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACA-A--CAGTATTATA--T--TAGGTTTAATTTTTACATTATTAAAAT-A-AT-AAAATATG-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85932 : tcAGATGTCTACT---TTAC----TT-CCGC-T-ACA-A--T-GCCCGTAAAACA-T-GTTAACTATCCCTATTTT-A-G-CC-TACTA-T-ATGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAA-G-TTCAAA-C-TAATTA-----AGGCCT-TC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-GTCTCA-A-A-CCAGTACTATT--T--TGGGTTTAATTTTAACATTATCAAAAT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85933 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TTCC-GC-TAA-A-A--T-GCCCATAAA--A-T-GTTAACTATCTCTATTTCAA-A-CC-TGCTG-T-AGGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AA-TTA--TAG-AA--T-AGCC--CACA-CCAGTATAATA--G--TGGATTTAATTTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAGTACA-ATAATTGAT-AAA-----TGAAGTAATTGACAAAAATACA
gi|85934 : ttAGATGTCCATT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--AAGCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTATATTTTAA-G-CC-TGTTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAATG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AT-TTG--TTG-AA--TAG--CCA-ACA-CCAGTATGATA--T--TGGGTTGAAATTTTACATTATCAAAC-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85935 : tcAGATGTCCACC---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-AA-T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATTTCTGTTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GA--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCTACC-AG----CTT-AATGACTAAATGC-AT---T---G--AC-CTA--TAG-AA--T-A-ACCA-ACA-CCAGTATAATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTAAAATACT-A-AT-AAAAT-TATATAATTAATAAATAA---TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85936 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85937 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTT-ACTAATTATATTTTTT-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CAAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAAAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85938 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACA
gi|85939 : tcAGATGTCCACT---CT-C----AT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAAT
gi|85939 : tcTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATAAAA--AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACAtattattttgggtttaagttttacattataaaaaaatagaatacaataattaataattgaagtgactgacaataacaca
gi|85940 : tcagatgtccactctcatcgctaaatgaccataaaatatgttactaattctatttttagcctgctgtacgcgaacctttgacagtgtcatatatcaaaagttcaaactaattagtatctccaaatcttaaataactaaatAGATGTCCGCT---CTACG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCCTTAAACGTT-GTT---CATATCTAATTCTA-GTCC-CGTTA-T-GT-TAA-AAT-T-T--TGAAT--G--G--GT--A--ATTCATC
gi|85940 : cA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGCTTAAATTTTACAATATCAAACT-A-AT-AAAATAC--AT--TTAAT--AT-----T-AAGTGACCGACTATAATACActggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaatatcccacataatcatatattgggcttaaattttacaatatcaaactaataaaatacatttaatattaagtgaccgactataataca
gi|85941 : cagatgtccgctctacgtccgctaaatgccccttaaacgttgttcatatctaattctagtcccgttatgttaaaattttgaatgggtaattcatcctggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaAGATGTCCACT---CT-AG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTCTTTTTTTATT-CC-TGTTA-T-GTTTTA---T-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ACTCATCATAAG-T---GA-CATAATTA-----
gi|85942 : cAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCAATAAAACA-T-GTTAACTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAC--CTT-AATAACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTAACTATAATACA
gi|85943 : AGATGTCGACT---CT-A----GT-C-GC-T-A-A-A--T-TCCAATAAAACA-T-GTTAACTATCCATATTTATA-G-CC-AGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-ACAG--CTT-AATGACT-AATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAGAAA--T-ATCTCTCACA-CCAGTGTTATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-ATT-----TGAAGTGACTGACTATAATACA
gi|85944 : AGATGTTGATT---CT-A----GT-CTGC-T-A-A-AA-C-GCCAATAAAACA-T-GTTGACTATCCCTATTTTAA-G-CC-TGCTG-T-ACGCAA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGT-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-AT-CTA-ACA-CCAGTTTTATA--A--TGGGTTTAATGTTTATATTATCAAAA-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAG-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85945 : AGATGTCCACT---TA-T----TT-C-----------------CCATACAA-A-T-ATTCACTATCTCTATTTTTA-A-CCCTGTTG-C-ACATTA---T-TAT--TAACA--GCGT--GT--C--ATTTATCAGAAG-TTCAAG-C-TAGTTAATTTCGGACAT-CC-TCAT--ATA-AATGAGTACATGC-AT---T---TTGCC-TTA--TTG-AA--T-ATCCCACTCA---AGTATTTTA--T--TGGGTTTCAATTTTACATTATCAAATTA-----AAAAT-CT-ATA-------AAT-----CAGAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85946 : AGATGTCCACT---CT-CT---TT-C-GC-TAA-A-A--T-ACCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTGTAATTCTA-G-TC---CCGTT-ATGTTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ATTGATCATAAG-T
gi|85946 : A--T-ATCCCACATA------ATTATA--TAGTGGGTTTAAGTTTTACAATATCAAGCT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-----------GAGTGACTGACC--AATACAgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaatatcccacataattatatagtgggtttaagttttacaatatcaagctaataaaatacaataataaatgagtgactgaccaataca
gi|85947 : agatgtccactctctttcgctaaaatacccataaaacccagttcatatctgtaattctagtcccgttatgttatattttgacagggtaattgatcataagtgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaATGTACACTGG-CC-CGATGTC-C-GC-T-A-A-C--T-TCCCATAAAACA-T-GTGAAC-ATGTCTGTTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGC
gi|85948 : ATGTCCACTGAACTAC-------C-GC-T-A-ATA--T-GCCAATAAAACC-CAGTTCA-TATTTCTAATTTTA-G-TC---CCG-TTACATTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--AGTCATCATAAG-T
gi|85949 : -C----TT-C-GCAT-A-G-AACT-TCCCATAAAACA-T-GTAAAC-ATGTCTATTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGCTA---T-TGT--TGACA--G--TATGC--A--ATTTGTCAGAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACA---CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAATTGTTACATTATCAAATT-A-AT-AAAATACA-AAAATAGAT--AT-------AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85950 : ----TC-C-GC-T-A-A-T--T-TCCCATAAAACA-T-GTTAAC-ATGTCT-----TA-G-CC---CTA-T-ATACG---CTGT-TGCTGACA--G--T--GTGTA--ATTTATCAGAAG-TTCAAA-C-TAATAA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTTAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACACA---AGTATAATA--T--ATGGTTTAAATTTCACATTATCAAACTA-----AAAGT-CA-ATAATTA
gi|85951 : -C-GC-T-A-A-T--T-AACCATAAATCA-A-GTTTTC-ATCTCTATTTTAG-A-CC-TGTT--T-ACGCTATATC-C-C--CGGTA--GGTT--TT--C--ACTCATTAGAAG-TTCAAG-C-CAATCT-----TGACGT-CT-GAActgaatataataca
gi|85951 : cTGC-AT-------T--AA-CTA---GG-CA--T-ATCCTACATA---AGTATTATA--TCTTGGGTTTAAGTTTTATATTTTCAAACT-T-AT-AAAAT-CA-ATAATT-----AC-----TG-AGTGACTGACTATAAAACAgtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtctgcattaactaggcatatcctacataagtattatatcttgggtttaagttttatattttcaaacttataaaatcaataattactgagtgactgactataaaaca
gi|85952 : ccgctaattaaccataaatcaagttttcatctctattttagacctgtttacgctatatccccggtaggttttcactcattagaagttcaagccaatcttgacgtctgaagtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtc-C-GC-T-A-A-A--T-GTCCATAAA-TA-T-GTTTACAAT-TCTATGTTAA-G-CG-TGCTG-T-ATGCGA-ATA-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAAAC-TAATTA-----GTATCT-TC-AA-T--CTC-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AT-CTA--TAG-CG--T-GCCCTACATG-TCAGTGTTATT--T--TGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATATA-ATAATTAAT-AAT-----TAAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85953 : -GC-T-A-A-A--T-GGCCATAAAACA-T-GTTAACTATCGCTATCTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGAGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAGATTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTT-AATAGTTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCTTTACACG-CCAGTATTATT--T--TAGGTTTAAGTTTTACATTAACAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTTACTGACAATAACACA
gi|85954 : -T-A-A-A--T-ATCCATTAATCA-A-GTTAGC-ATCTCTATCTTAG-A-CC-TGTT--T-A-GCTA-TTT-C-T--TGACAAAG--T--GT--C--ATTCATCAGATG-TTCAAG-CAGAGTTC-----GGACCT-CC-CA-T--GTT-AAAGACTTCATGC-ATTTCGCCTT--AC-ATA--CGA-CA--T-ATCCCACACA---AGTATTATT--T--TGGGTTTAAATATTGCATTATCAAACT-A-AT-AAAAT-CA-ATAATT------T-----CTGAGTGACTGACTATAACACA
gi|85955 : CATAAAATA-T-GTTAACAAT-TCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ATGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATTTATCAAAAG-TTTAAA-C-TAATTA-----GTAATT-CC-AAAT--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTACACA-CCAGAATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAC-----TGAAGTGACCGACAATAATACA
gi|85956 : CT-C-T--TGACA--G--T--CC--ATCACTGATCAGAAG-TTCAAG-C-CAAGTAC----GGACCT-TC-CATTTACTT-A-TCACTACTTGTTAT---C---T--GCCTTAACTAG-GAAAT-ATCCCACATA----GTATTATATAT--TGGGTTTATATTTTGCATTATCAAACT-A-AT-ACAAT-CA-AAAATTA
gi|85957 : T-T-C--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATCA-----GTATCT-TC-AA-T--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTATATA-TCAGTGTTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-GT-AGAATACA-ATAATTTAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85958 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATA---ATTAT-ATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATATCAAACTAACATCAGAATACA-AT-ATT--T-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85959 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATACCAAACT-A-AT--AAATTCA-ATAATTA---AGT-----T-AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85960 : A--TGG-AA--T-ATCCCGCATA---AGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATTATCAAAATAA-AT-GAAAT-CA-ATTATTACT---T-----T---GTGACTGACT
gi|85961 : TCCCACATA---GGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATGAACAAACT-A-AT-AAAAT-----TAAT--AT-TAC-----TG-AGTGACTGACTATAACACA
gi|85962 : aatTATA--T--TGGGTTTAAATTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAATACA-ATAATT-----AT-----TG-AGTAACTGACTATAATACA
blockSeqs : GAA CGATG C C A A C T AC A T A A T C T T C T T TA G A GC AA CG AT GTA A A A A ATTTC A C TTTA A G T TTC CCT TG C AC AA AA A C AT TA AG T AA C C A T A AA TGAAG T
blockSeqs : GG ACG . C . A . . A . . A A T C . . . . . A . G . . GT . ATC A . . A C . C AG A G . . . . . . T . . C AT . CT T TA . . A . G A TGAAG A
blockSeqs : . AC . C . . . . A . . A A T C . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT A G . . . . . . A . . C C . CT A TA . . A . A A TGAAG A
blockSeqs : . AG . T . . . . . . . . A T T . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT A G . . . . . . A . . C C . CT T TA . . A . A A AA A
blockSeqs : . CT . . . . . . . . . . A T T . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT . A . . . . . . A . . C C . . G TA . . A . A A . A
blockSeqs : . AC . . . . . . . . . . A T T . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT . A . . . . . . C . . C C . . G AA . . A . A A . A
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . A T T . . . . . A . . . . . . C A . . . . . . AC . A . . . . . . C . . T C . . G AA . . A . A A . A
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . C T T . . . . . A . . . . . . C A . . . . . . AG . A . . . . . . C . . C C . . G AA . . A . A A . A
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . A C A . . . . . A . . . . . . C T . . . . . . AG . A . . . . . . C . . C C . . A AA . . A . A A . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . A T C . . . . . A . . . . . . C T . . . . . . AT . G . . . . . . T . . C C . . G TA . . A . A A . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . G T T . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT . G . . . . . . A . . C C . . T TA . . A . A A . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . C T C . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT . G . . . . . . A . . T C . . T T . . A . A A . A
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . C T C . . . . . A . . . . . . A A . . . . . . AT . G . . . . . . A . . C C . . A T . . A . A A . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . A T C . . . . . T . . . . . . A T . . . . . . AT . G . . . . . . C . . T T . . G A . . A . G A . C
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . C T C . . . . . T . . . . . . A T . . . . . . G . A . . . . . . C . . T C . . T T . . A . A A . T
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . A T G . . . . . A . . . . . . C T . . . . . . G . G . . . . . . C . . C C . . A A . . A . A A . T
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . A A T . . . . . A . . . . . . A T . . . . . . T . C . . . . . . C . . C T . . G A . . A . A A . A
blockSeqs : C . . . . . . . . . . T T G . . . . . T . . . . . . A T . . . . . . T . . . . . . . . C . . C . . . G A . . A . A A . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . T A G . . . . . A . . . . . . A T . . . . . . T . . . . . . . . G . . T . . . G T . . T . A T . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . A A . . A . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . A . . T . . . G T . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . C T . . . . . A . . T . . . A T . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . A . . T . . . G T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . T . . . A T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . C C . . . . . . A T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . T
blockSeqs : . . A T . . . . .
blockSeqs : . . A T . . . . .
blockSeqCons : C*
originalCons : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
finalCons : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACAC-CAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 11 11111
lowQualScore : 666 111111 1 8 1 3 1 1 55 1 1 4 1 3 3 0 1 1 1 1 1 33 1 3 22 22 44 22 55555 1 1 1 3 66666 1 3 7777 7 2 1 333 333 22 1 22 22 22 1 1 33 11 77 2 66 1 1 5 1 1 33 33333 1
lowQualScore : ... ...... . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . .. . . .. .. .. .. ..... . . . . ..... . . .... . . . ... ... .. . .. .. .. . . .. .. .. . .. . . . . . .. ..... .
lowQualScore : 999 444444 8 7 7 3 7 7 66 7 6 8 4 5 1 2 6 6 6 6 6 00 5 1 11 11 22 11 44444 0 6 7 5 11111 8 6 2222 6 9 9 333 333 66 9 33 77 11 5 5 99 99 66 1 00 4 4 4 4 3 44 11111 0
consensus : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
Reference ( family-629 ) : AGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATNTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAT--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-NA--T-GTCCCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACNATAACACA
gi|85931 : AGATGTCCACT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACA-T-GTTAATTATTTCTATTTTAA-G-CT-TGCTG-T-ACGCGA-ATT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTA-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACA-A--CAGTATTATA--T--TAGGTTTAATTTTTACATTATTAAAAT-A-AT-AAAATATG-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85932 : tcAGATGTCTACT---TTAC----TT-CCGC-T-ACA-A--T-GCCCGTAAAACA-T-GTTAACTATCCCTATTTT-A-G-CC-TACTA-T-ATGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAA-G-TTCAAA-C-TAATTA-----AGGCCT-TC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-GTCTCA-A-A-CCAGTACTATT--T--TGGGTTTAATTTTAACATTATCAAAAT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85933 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TTCC-GC-TAA-A-A--T-GCCCATAAA--A-T-GTTAACTATCTCTATTTCAA-A-CC-TGCTG-T-AGGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AA-TTA--TAG-AA--T-AGCC--CACA-CCAGTATAATA--G--TGGATTTAATTTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAGTACA-ATAATTGAT-AAA-----TGAAGTAATTGACAAAAATACA
gi|85934 : ttAGATGTCCATT---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-A--AAGCCCATAAAACA-T-GTTAACTATCTATATTTTAA-G-CC-TGTTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAATG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCT-CC-CAG---CTT-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AT-TTG--TTG-AA--TAG--CCA-ACA-CCAGTATGATA--T--TGGGTTGAAATTTTACATTATCAAAC-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAA-----TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85935 : tcAGATGTCCACC---CT-C----TT-CCGC-T-A-A-AA-T-GCCCATAAAACA-T-GTTAACTATTTCTGTTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GA--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGATCTACC-AG----CTT-AATGACTAAATGC-AT---T---G--AC-CTA--TAG-AA--T-A-ACCA-ACA-CCAGTATAATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTAAAATACT-A-AT-AAAAT-TATATAATTAATAAATAA---TGAAGTGACTGACAATAATACA
gi|85936 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85937 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTT-ACTAATTATATTTTTT-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CAAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAAAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85938 : tcAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTATATTTTTG-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCCATACACA-CCAGTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATTAAAA-AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AATTGAAGTGAAGTGACTGACAATAACA
gi|85939 : tcAGATGTCCACT---CT-C----AT-C-GC-T-A-A-A--T-GACCATAAAATA-T-GTTA-CTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTTAAATAACTAAAT
gi|85939 : tcTATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATAAAA--AA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACAtattattttgggtttaagttttacattataaaaaaatagaatacaataattaataattgaagtgactgacaataacaca
gi|85940 : tcagatgtccactctcatcgctaaatgaccataaaatatgttactaattctatttttagcctgctgtacgcgaacctttgacagtgtcatatatcaaaagttcaaactaattagtatctccaaatcttaaataactaaatAGATGTCCGCT---CTACG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCCTTAAACGTT-GTT---CATATCTAATTCTA-GTCC-CGTTA-T-GT-TAA-AAT-T-T--TGAAT--G--G--GT--A--ATTCATC
gi|85940 : cA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGCTTAAATTTTACAATATCAAACT-A-AT-AAAATAC--AT--TTAAT--AT-----T-AAGTGACCGACTATAATACActggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaatatcccacataatcatatattgggcttaaattttacaatatcaaactaataaaatacatttaatattaagtgaccgactataataca
gi|85941 : cagatgtccgctctacgtccgctaaatgccccttaaacgttgttcatatctaattctagtcccgttatgttaaaattttgaatgggtaattcatcctggtgacctctgaaaaattcccattttgaccagtacagaaagtctaggattttgtagcctcaccttaacagtgaaAGATGTCCACT---CT-AG---TC-C-GC-T-A-A-A--T-GCCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTCTTTTTTTATT-CC-TGTTA-T-GTTTTA---T-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ACTCATCATAAG-T---GA-CATAATTA-----
gi|85942 : cAGATGTCCACT---CT-C----TT-C-GC-T-A-A-A--T-GCCAATAAAACA-T-GTTAACTAATTCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGTGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAC--CTT-AATAACTAAATGC-AT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GTCTCACACA-CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTGACTAACTATAATACA
gi|85943 : AGATGTCGACT---CT-A----GT-C-GC-T-A-A-A--T-TCCAATAAAACA-T-GTTAACTATCCATATTTATA-G-CC-AGCTG-T-ACGCGA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-ACAG--CTT-AATGACT-AATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAGAAA--T-ATCTCTCACA-CCAGTGTTATA--T--TGGGTTTAATTTTTACATTATCAAACTAA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-ATT-----TGAAGTGACTGACTATAATACA
gi|85944 : AGATGTTGATT---CT-A----GT-CTGC-T-A-A-AA-C-GCCAATAAAACA-T-GTTGACTATCCCTATTTTAA-G-CC-TGCTG-T-ACGCAA-ACT-T-T--TGACA--G--T--GT--A--ATATATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CC-AAAG--CTT-AATGACTAAATGT-AT---G---T--AC-TTA--TAG-TA--T-AT-CTA-ACA-CCAGTTTTATA--A--TGGGTTTAATGTTTATATTATCAAAA-AA-AT-AAAATACA-ATAATTAAT-AAG-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85945 : AGATGTCCACT---TA-T----TT-C-----------------CCATACAA-A-T-ATTCACTATCTCTATTTTTA-A-CCCTGTTG-C-ACATTA---T-TAT--TAACA--GCGT--GT--C--ATTTATCAGAAG-TTCAAG-C-TAGTTAATTTCGGACAT-CC-TCAT--ATA-AATGAGTACATGC-AT---T---TTGCC-TTA--TTG-AA--T-ATCCCACTCA---AGTATTTTA--T--TGGGTTTCAATTTTACATTATCAAATTA-----AAAAT-CT-ATA-------AAT-----CAGAGTGACTGACTATAATGCA
gi|85946 : AGATGTCCACT---CT-CT---TT-C-GC-TAA-A-A--T-ACCCATAAAACC-CAGTTCA-TATCTGTAATTCTA-G-TC---CCGTT-ATGTTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--ATTGATCATAAG-T
gi|85946 : A--T-ATCCCACATA------ATTATA--TAGTGGGTTTAAGTTTTACAATATCAAGCT-A-AT-AAAATACA-ATAATAAAT-----------GAGTGACTGACC--AATACAgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaatatcccacataattatatagtgggtttaagttttacaatatcaagctaataaaatacaataataaatgagtgactgaccaataca
gi|85947 : agatgtccactctctttcgctaaaatacccataaaacccagttcatatctgtaattctagtcccgttatgttatattttgacagggtaattgatcataagtgacctctgaaatattcccattttgaccagtacaggactaggatttttgtaatctcaacttaaccacgaaATGTACACTGG-CC-CGATGTC-C-GC-T-A-A-C--T-TCCCATAAAACA-T-GTGAAC-ATGTCTGTTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGC
gi|85948 : ATGTCCACTGAACTAC-------C-GC-T-A-ATA--T-GCCAATAAAACC-CAGTTCA-TATTTCTAATTTTA-G-TC---CCG-TTACATTA-TAT-T-T--TGACA--G--G--GT--A--AGTCATCATAAG-T
gi|85949 : -C----TT-C-GCAT-A-G-AACT-TCCCATAAAACA-T-GTAAAC-ATGTCTATTCTTA-G-CC-CTATG-T-ACGCTA---T-TGT--TGACA--G--TATGC--A--ATTTGTCAGAAG-TTCAAA-C-TAATTA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTAAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACA---CCAGTATTATA--T--TGGGTTTAATTGTTACATTATCAAATT-A-AT-AAAATACA-AAAATAGAT--AT-------AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85950 : ----TC-C-GC-T-A-A-T--T-TCCCATAAAACA-T-GTTAAC-ATGTCT-----TA-G-CC---CTA-T-ATACG---CTGT-TGCTGACA--G--T--GTGTA--ATTTATCAGAAG-TTCAAA-C-TAATAA-----GGACCT-CCCAGAT----T-AATGACTTAATGC-AT---G---T--AC-CTA--TAG-AA--T-ATCTCACACA---AGTATAATA--T--ATGGTTTAAATTTCACATTATCAAACTA-----AAAGT-CA-ATAATTA
gi|85951 : -C-GC-T-A-A-T--T-AACCATAAATCA-A-GTTTTC-ATCTCTATTTTAG-A-CC-TGTT--T-ACGCTATATC-C-C--CGGTA--GGTT--TT--C--ACTCATTAGAAG-TTCAAG-C-CAATCT-----TGACGT-CT-GAActgaatataataca
gi|85951 : cTGC-AT-------T--AA-CTA---GG-CA--T-ATCCTACATA---AGTATTATA--TCTTGGGTTTAAGTTTTATATTTTCAAACT-T-AT-AAAAT-CA-ATAATT-----AC-----TG-AGTGACTGACTATAAAACAgtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtctgcattaactaggcatatcctacataagtattatatcttgggtttaagttttatattttcaaacttataaaatcaataattactgagtgactgactataaaaca
gi|85952 : ccgctaattaaccataaatcaagttttcatctctattttagacctgtttacgctatatccccggtaggttttcactcattagaagttcaagccaatcttgacgtctgaagtattcccatttcaaacatagaccgataatactatagtgaccttgttgtc-C-GC-T-A-A-A--T-GTCCATAAA-TA-T-GTTTACAAT-TCTATGTTAA-G-CG-TGCTG-T-ATGCGA-ATA-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAAAC-TAATTA-----GTATCT-TC-AA-T--CTC-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AT-CTA--TAG-CG--T-GCCCTACATG-TCAGTGTTATT--T--TGGGTCCAAGTTCTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATATA-ATAATTAAT-AAT-----TAAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85953 : -GC-T-A-A-A--T-GGCCATAAAACA-T-GTTAACTATCGCTATCTTTA-G-CC-TGCTG-T-ACGAGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATATATCAAAAGATTCAAA-C-TAATTA-----GTATCT-CC-AAAT--CTT-AATAGTTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CA--T-GCTTTACACG-CCAGTATTATT--T--TAGGTTTAAGTTTTACATTAACAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAT-----TGAAGTTACTGACAATAACACA
gi|85954 : -T-A-A-A--T-ATCCATTAATCA-A-GTTAGC-ATCTCTATCTTAG-A-CC-TGTT--T-A-GCTA-TTT-C-T--TGACAAAG--T--GT--C--ATTCATCAGATG-TTCAAG-CAGAGTTC-----GGACCT-CC-CA-T--GTT-AAAGACTTCATGC-ATTTCGCCTT--AC-ATA--CGA-CA--T-ATCCCACACA---AGTATTATT--T--TGGGTTTAAATATTGCATTATCAAACT-A-AT-AAAAT-CA-ATAATT------T-----CTGAGTGACTGACTATAACACA
gi|85955 : CATAAAATA-T-GTTAACAAT-TCTATTTTTA-G-CC-TGCTG-T-ATGCGA-ACC-T-T--TGACA--G--T--GT--C--ATTTATCAAAAG-TTTAAA-C-TAATTA-----GTAATT-CC-AAAT--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---T--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTACACA-CCAGAATTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-AT-AGAATACA-ATAATTAAT-AAC-----TGAAGTGACCGACAATAATACA
gi|85956 : CT-C-T--TGACA--G--T--CC--ATCACTGATCAGAAG-TTCAAG-C-CAAGTAC----GGACCT-TC-CATTTACTT-A-TCACTACTTGTTAT---C---T--GCCTTAACTAG-GAAAT-ATCCCACATA----GTATTATATAT--TGGGTTTATATTTTGCATTATCAAACT-A-AT-ACAAT-CA-AAAATTA
gi|85957 : T-T-C--TGACA--G--T--GT--C--ATCTATCAAAAG-TTCAAA-C-TAATCA-----GTATCT-TC-AA-T--CTT-AAT--CTAAATGC-TT---G---C--AC-TTA--TAG-CG--T-GCCTTATATA-TCAGTGTTATT--T--TGGGTTTAAGTTTTACATTATCAAACAAA-GT-AGAATACA-ATAATTTAT-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85958 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATA---ATTAT-ATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATATCAAACTAACATCAGAATACA-AT-ATT--T-AAT-----TGAAGTGACTGACAATAACACA
gi|85959 : A--TGA-AA--T-ATCCCACATAATCA----TATA--T--TGGGTTTAAATTTTACAATACCAAACT-A-AT--AAATTCA-ATAATTA---AGT-----T-AAGTGACTGACTATAATACA
gi|85960 : A--TGG-AA--T-ATCCCGCATA---AGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATTATCAAAATAA-AT-GAAAT-CA-ATTATTACT---T-----T---GTGACTGACT
gi|85961 : TCCCACATA---GGTATTATA--TCTTTGGTTTAAATTTTACATGAACAAACT-A-AT-AAAAT-----TAAT--AT-TAC-----TG-AGTGACTGACTATAACACA
gi|85962 : aatTATA--T--TGGGTTTAAATTTTACATTATCAAACT-A-AT-AAAATACA-ATAATT-----AT-----TG-AGTAACTGACTATAATACA