lowQualScore : 1 22222222
lowQualScore : 6 4 5 22 3 4 1 1 2 11 1 00000000 5 3 1 1
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. . ........ . . . .
lowQualScore : 0 8 9 00 9 4 3 3 7 88 0 22222222 7 0 4 8
consensus : TCTCAGTCAAATGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---TGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
Reference ( gi|115502 ) : TTTCTGTCAAATGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTT--AT---TGTGTGTTTAATGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115504 : TCTCAGTCAAATGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACAA-AAAAT--A-TCTACTGTTTT--AA---TGCGTGTTTAACGTCCA-CAATTTCAAAT-ATATATG
gi|115507 : TCTCTGTCAAATGATA--GACCTTCGATAGTGGTCTTCAG-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTT--CA---TGCGTGTTAAACACCCC-AACTTTCAAAT-ATATA
gi|115515 : TCTCGGTCAAATGATA--GATTTTCGATAATGGCCTTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTTTACTTTTTTTCAA---TGTGTGTTTA
gi|115511 : TCTCAGTCAAATGATA--GTTCCTTGTTAATTGCCTTTAT-CAT-G-AAAAT--ATTCTTCTTTCTA--AA---TGCATGTTTTATGTCCA-AAATTTCATAT-ATATATGA
gi|115509 : TCTCAGTCAA-TGATA--GACTCTCGATTGTTGCCGTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---TGCGTGTTTAATGCCCA-AAATTT
gi|115510 : TCTCAGTCAAATGATA--GACCCTCGAAAATAACCATCAT-CAC-A-AAAAT--ATCCAACTTTTCA--AA---TGTGTCCTTAACGCTCA-AAATTTCAAAA-ATATATAA
gi|115514 : TCTCAGTCAAATGATA--GACCCTCGTTAAAGGCTGTCAT-TAC-A-AAAA---AGTCTTCTTTTTA--AA---CCAGTGTTTAATGCACA-AAATTTCATAT-ATATA
gi|115522 : TCTCAGTCAAATGATA--GATTCTGGATAAAGCTCTTCAT-TAC-A-AAAAC--ATTCTAC-------------------TTTAACACCCA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115517 : TCTCAGTCAA----TA--GACCCTCGATAATGGTCATCAT-CAC-A-AAAAT--ATGCTAC-TTTTA--AA---TGCGTGTTTACCTCCCA-AATTTCCACCG-ATACAAGA
gi|115525 : TCTCAGTCAAATGAAA--AAC--TCGATCATGGCCTTCAT-TAC-ACAAAATCAATTC-------------------GTGTTTCATG-CCA-AAATGTC-CGA-ATATATGA
gi|115524 : TCTCAGTCAAAGG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-AAC-A-AAA-T--ATCCTATCTTTGT--AA---TGCGTGTATAACACACA-AA
gi|115519 : TCTCAGTCAAATGATA--GACCCTTGCTAATAATCGTCAT-CAA-C-ATGAT--ATTCTACTTT
gi|115528 : TCAGTTAAGTTGTA--GTTTCTCAATTATGCTCGTCAT-CCC-A-AAAAT--ATCCCACATTTTA--AA---TGCATGTTAAATGCCC--AAATTTCATAT-ata
gi|115503 : GTCAAATGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTTAT-CAC-A-AAAAT--TGTCTAC-TTTTT--AA---TGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115530 : tctaaGTCAAATGATAAAGGTCCTCGATAATGGACGTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTGCTTATTA--AA---TGCATGGTTAACCCCCA-AAATTTCACAG-ATACATG
gi|115520 : aGTCAAATGATA--GACCCTCAATAATGGCCATCAT-TAC-A-AATAT--ATCATAC----TT--ATAAATGAGTGTTTAATGCCCA-AACCTT-ATAG-GTATATGA
gi|115518 : tctaaGTCAAATGATA--AACCCTCGCTAATGGCCGTCGT-CAC-A-AAAA---AGACTACTTTTTA--AA---TGTTTGTTTAACACGCA-ACAATTCACAT-ACA
gi|115527 : tcttaGTCTAATGATA--AATCATCAGTTATGAATGTCAT-CAC-A-CAAAT--ATCCTGCTTTTGA--AA---TGTGTATTTAACATCCA-AAATTCTAGAG-ATATATGA
gi|115529 : ttaTCAAATGATA--AATCTTCGATAATGGCCTTCAT-TAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTT--AA---TGCGTTTTTAACGCCCA-AAATTTTACAT-ATATGTGA
gi|115505 : aaTCAAATGA----GATCCTTGATAATGGCATTCAT-CAC-A-AGAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---TGCGTGTTTGACGCCCA-AAATTTCACAT-
gi|115516 : tctcaaCAAATGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CAC-A-AAAAT--GTCCTATTTTTTA--AT---TGGGTGTTTAACAACCA-AAA
gi|115531 : tctcataCAAATGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CAC-A-AAATT--ATTCTACTTTCTA--AT---TGGGTGTTTATCTACCA-AAA
gi|115523 : CAAATGAAA--GATCCTCGATAATGGCCTTCAT-TAC-A-AAAAT--G--------TTTT--AT---T-----TTTAACGTCCA-AGATGTTGCAT-ACATATGA
gi|115513 : tctcaggAAATGACT--GACCATGGATAATGGCCGTCAT-CAG-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTTA-AA---AGCATGTTTAAAGCGCA-AAATTTCACGT-AGACATGA
gi|115512 : tctcagcgAAAT-ATA--GGTCCTGGATA--GGCCTT-ATGTAC-ACAAAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---AGCGTGTATAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115526 : tctcagctaAATGAC------CCTCGGTAATGGCCGCCGT-CGC-A-AACAT--AGCTTACT--------T---TATACATTTAAGGCCCA-AAATT
gi|115506 : tctcagttaaaagtTGATA--GATCTTCGACAATGGCCTTCAC-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---TGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCTCAG-ATATAT
gi|115521 : tcccattcact--GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-CAC-A-AAAAT--ATCCCATCTTTTT--AA---TGCGTGTTTAACGCCCA-ATAT
gi|115508 : tctcaggcaaaggAATGGCCTTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTTA--AA---TGCATGTTTAGTGATCACAAATCCAAAATGATATA
gi|115533 : tctcagtcaaagTCAT-CAC-A-AAAAT--ATTCTACTTTTCA--AA---TGCGTGTTTAACAACC--AAATTTCACAC-ATATATGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|115532 ): TGAAGCCCCTCGATAATGGTGTTTTACTTTTTAAATGCATGTTTAACGTCCACATATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 0 11 4 1 2 1 33 1 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .. . . .
lowQualScore : 88 1 88 5 2 5 2 00 2 3 7
consensus : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
Reference ( family-628 ) : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115502 : TTTCTGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTATTGTGTGTTTAATGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115503 : TCTAAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTTAT-CACA-AAAATTG-TCTAC--TTTTT-AATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115504 : TCTCAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAA-ATATCTAC--TGTTTTAATGCGTGTTTAACGTCCA-CAATTTCAAAT-ATATATG
gi|115505 : TCTCAATCAAA--TGA----GATCCTTGATAATGGCATTCAT-CACA-AGAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTGACGCCCA-AAATTTCACAT-
gi|115506 : TCCCATTCACT--TGATA--GATCTTCGACAATGGCCTTCAC-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCTCAG-ATATAT
gi|115507 : TCTCTGTCAAA--TGATA--GACCTTCGATAGTGGTCTTCAG-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTCATGCGTGTTAAACACCCC-AACTTTCAAAT-ATATA
gi|115508 : TCTCAGTCAAA----------------GA--ATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAGTGATCACAAATCCAAAATGATATA
gi|115509 : TCTCAGTCAA---TGATA--GACTCTCGATTGTTGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAATGCCCA-AAATTT
gi|115510 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGAAAATAACCATCAT-CACA-AAAATAT-CCAAC--TTTTCAAATGTGTCCTTAACGCTCA-AAATTTCAAAA-ATATATAA
gi|115511 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GTTCCTTGTTAATTGCCTTTAT-CATG-AAAATAT-TCTTC--TTTCTAAATGCATGTTTTATGTCCA-AAATTTCATAT-ATATATGA
gi|115512 : TCTCAGCTAAA--ATATA--GGTCCTGGATA--GGCC-TTATGTACACAAAATAT-TCTAC--TTTTTAAAAGCGTGTATAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115513 : TCTCAGCGAAA--TGACT--GACCATGGATAATGGCCGTCAT-CAGA-AAAATAT-TCTACT-TTTTTAAAAGCATGTTTAAAGCGCA-AAATTTCACGT-AGACATGA
gi|115514 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGTTAAAGGCTGTCAT-TACA-AAAA-AG-TCTTC--TTTTTAAACCAGTGTTTAATGCACA-AAATTTCATAT-ATATA
gi|115515 : TCTCGGTCAAA--TGATA--GATTTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TTTACTTTTTTTCAATGTGTGTTTA
gi|115516 : TCTCATACAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATGT-CCTAT--TTTTTAATTGGGTGTTTAACAACCA-AAA
gi|115517 : TCTCAGTCAA------TA--GACCCTCGATAATGGTCATCAT-CACA-AAAATAT-GCTAC---TTTTAAATGCGTGTTTACCTCCCA-AATTTCCACCG-ATACAAGA
gi|115518 : TCTTAGTCAAA--TGATA--AACCCTCGCTAATGGCCGTCGT-CACA-AAAA-AG-ACTAC--TTTTTAAATGTTTGTTTAACACGCA-ACAATTCACAT-ACA
gi|115519 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTTGCTAATAATCGTCAT-CAAC-ATGATAT-TCTAC--TTTATA
gi|115520 : TCTAAGTCAAA--TGATA--GACCCTCAATAATGGCCATCAT-TACA-AATATAT-CATAC---TTATAAATGAGTGTTTAATGCCCA-AACCTT-ATAG-GTATATGA
gi|115521 : TCTCAGGCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-CCCAT--CTTTTTAATGCGTGTTTAACGCCCA-ATAT
gi|115522 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GATTCTGGATAAAGCTCTTCAT-TACA-AAAACAT-TCTAC----------------TTTAACACCCA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115523 : TCTCAGGCAAA--TGAAA--GATCCTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATGT-TTTAT--T-------------TTTAACGTCCA-AGATGTTGCAT-ACATATGA
gi|115524 : TCTCAGTCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-AAC--AAAATAT-CCTAT--CTTTGTAATGCGTGTATAACACACA-AA
gi|115525 : TCTCAGTCAAA--TGAAA--AA--CTCGATCATGGCCTTCAT-TACACAAAA----TC-----------AATTCGTGTTTCATG-CCA-AAATGTC-CGA-ATATATGA
gi|115526 : TCTCAGTTAAAAGTAAT---GACCCTCGGTAATGGCCGCCGT-CGCA-AACATAG-CTTAC--TTT----ATAC--ATTTAAGGCCCA-AAATT
gi|115527 : TTAGTCTAA--TGATA--AATCATCAGTTATGAATGTCAT-CACA-CAAATAT-CCTGC--TTTTGAAATGTGTATTTAACATCCA-AAATTCTAGAG-ATATATGA
gi|115528 : TCAGTTAAG--TTGTA--GTTTCTCAATTATGCTCGTCAT-CCCA-AAAATAT-CCCAC--ATTTTAAATGCATGTTAAATGCCC--AAATTTCATAT-
gi|115529 : AATCAAA--TGATA--AATCTTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTAATGCGTTTTTAACGCCCA-AAATTTTACAT-ATATGTGA
gi|115530 : AGTCAAA--TGATAAAGGTCCTCGATAATGGACGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTGC--TTATTAAATGCATGGTTAACCCCCA-AAATTTCACAG-ATACATG
gi|115531 : CAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAATTAT-TCTAC--TTTCTAATTGGGTGTTTATCTACCA-AAA
gi|115532 : --TGA-A--GCCCCTCGATAATGG-----------------TGT-TTTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAACGTCCA-------CATAT-ATATA
gi|115533 : TCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTCAAATGCGTGTTTAACAACC--AAATTTCACAC-ATATATGA
Alignments
lowQualScore : 11 0 11 4 1 2 1 33 1 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .. . . .
lowQualScore : 88 1 88 5 2 5 2 00 2 3 7
consensus : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
Reference ( family-628 ) : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115502 : TTTCTGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTATTGTGTGTTTAATGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115503 : TCTAAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTTAT-CACA-AAAATTG-TCTAC--TTTTT-AATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115504 : TCTCAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAA-ATATCTAC--TGTTTTAATGCGTGTTTAACGTCCA-CAATTTCAAAT-ATATATG
gi|115505 : TCTCAATCAAA--TGA----GATCCTTGATAATGGCATTCAT-CACA-AGAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTGACGCCCA-AAATTTCACAT-
gi|115506 : TCCCATTCACT--TGATA--GATCTTCGACAATGGCCTTCAC-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCTCAG-ATATAT
gi|115507 : TCTCTGTCAAA--TGATA--GACCTTCGATAGTGGTCTTCAG-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTCATGCGTGTTAAACACCCC-AACTTTCAAAT-ATATA
gi|115508 : TCTCAGTCAAA----------------GA--ATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAGTGATCACAAATCCAAAATGATATA
gi|115509 : TCTCAGTCAA---TGATA--GACTCTCGATTGTTGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAATGCCCA-AAATTT
gi|115510 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGAAAATAACCATCAT-CACA-AAAATAT-CCAAC--TTTTCAAATGTGTCCTTAACGCTCA-AAATTTCAAAA-ATATATAA
gi|115511 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GTTCCTTGTTAATTGCCTTTAT-CATG-AAAATAT-TCTTC--TTTCTAAATGCATGTTTTATGTCCA-AAATTTCATAT-ATATATGA
gi|115512 : TCTCAGCTAAA--ATATA--GGTCCTGGATA--GGCC-TTATGTACACAAAATAT-TCTAC--TTTTTAAAAGCGTGTATAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115513 : TCTCAGCGAAA--TGACT--GACCATGGATAATGGCCGTCAT-CAGA-AAAATAT-TCTACT-TTTTTAAAAGCATGTTTAAAGCGCA-AAATTTCACGT-AGACATGA
gi|115514 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGTTAAAGGCTGTCAT-TACA-AAAA-AG-TCTTC--TTTTTAAACCAGTGTTTAATGCACA-AAATTTCATAT-ATATA
gi|115515 : TCTCGGTCAAA--TGATA--GATTTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TTTACTTTTTTTCAATGTGTGTTTA
gi|115516 : TCTCATACAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATGT-CCTAT--TTTTTAATTGGGTGTTTAACAACCA-AAA
gi|115517 : TCTCAGTCAA------TA--GACCCTCGATAATGGTCATCAT-CACA-AAAATAT-GCTAC---TTTTAAATGCGTGTTTACCTCCCA-AATTTCCACCG-ATACAAGA
gi|115518 : TCTTAGTCAAA--TGATA--AACCCTCGCTAATGGCCGTCGT-CACA-AAAA-AG-ACTAC--TTTTTAAATGTTTGTTTAACACGCA-ACAATTCACAT-ACA
gi|115519 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTTGCTAATAATCGTCAT-CAAC-ATGATAT-TCTAC--TTTATA
gi|115520 : TCTAAGTCAAA--TGATA--GACCCTCAATAATGGCCATCAT-TACA-AATATAT-CATAC---TTATAAATGAGTGTTTAATGCCCA-AACCTT-ATAG-GTATATGA
gi|115521 : TCTCAGGCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-CCCAT--CTTTTTAATGCGTGTTTAACGCCCA-ATAT
gi|115522 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GATTCTGGATAAAGCTCTTCAT-TACA-AAAACAT-TCTAC----------------TTTAACACCCA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115523 : TCTCAGGCAAA--TGAAA--GATCCTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATGT-TTTAT--T-------------TTTAACGTCCA-AGATGTTGCAT-ACATATGA
gi|115524 : TCTCAGTCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-AAC--AAAATAT-CCTAT--CTTTGTAATGCGTGTATAACACACA-AA
gi|115525 : TCTCAGTCAAA--TGAAA--AA--CTCGATCATGGCCTTCAT-TACACAAAA----TC-----------AATTCGTGTTTCATG-CCA-AAATGTC-CGA-ATATATGA
gi|115526 : TCTCAGTTAAAAGTAAT---GACCCTCGGTAATGGCCGCCGT-CGCA-AACATAG-CTTAC--TTT----ATAC--ATTTAAGGCCCA-AAATT
gi|115527 : TTAGTCTAA--TGATA--AATCATCAGTTATGAATGTCAT-CACA-CAAATAT-CCTGC--TTTTGAAATGTGTATTTAACATCCA-AAATTCTAGAG-ATATATGA
gi|115528 : TCAGTTAAG--TTGTA--GTTTCTCAATTATGCTCGTCAT-CCCA-AAAATAT-CCCAC--ATTTTAAATGCATGTTAAATGCCC--AAATTTCATAT-
gi|115529 : AATCAAA--TGATA--AATCTTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTAATGCGTTTTTAACGCCCA-AAATTTTACAT-ATATGTGA
gi|115530 : AGTCAAA--TGATAAAGGTCCTCGATAATGGACGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTGC--TTATTAAATGCATGGTTAACCCCCA-AAATTTCACAG-ATACATG
gi|115531 : CAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAATTAT-TCTAC--TTTCTAATTGGGTGTTTATCTACCA-AAA
gi|115532 : --TGA-A--GCCCCTCGATAATGG-----------------TGT-TTTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAACGTCCA-------CATAT-ATATA
gi|115533 : TCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTCAAATGCGTGTTTAACAACC--AAATTTCACAC-ATATATGA
blockSeqs : AG AA T G C A TT T C G
blockSeqs : . . T . C . T A . .
blockSeqs : . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . C . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . A . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . G . . . . A .
blockSeqs : . . G . . . . A .
blockSeqs : . . T . . . . A .
blockSeqs : . . G . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
finalCons : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
Alignments
lowQualScore : 11 0 11 4 1 2 1 33 1 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .. . . .
lowQualScore : 88 1 88 5 2 5 2 00 2 3 7
consensus : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
Reference ( family-628 ) : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115502 : TTTCTGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTATTGTGTGTTTAATGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115503 : TCTAAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTTAT-CACA-AAAATTG-TCTAC--TTTTT-AATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115504 : TCTCAGTCAAA--TGACA--GATCTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAA-ATATCTAC--TGTTTTAATGCGTGTTTAACGTCCA-CAATTTCAAAT-ATATATG
gi|115505 : TCTCAATCAAA--TGA----GATCCTTGATAATGGCATTCAT-CACA-AGAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTGACGCCCA-AAATTTCACAT-
gi|115506 : TCCCATTCACT--TGATA--GATCTTCGACAATGGCCTTCAC-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAACGCCAA-AAATTTCTCAG-ATATAT
gi|115507 : TCTCTGTCAAA--TGATA--GACCTTCGATAGTGGTCTTCAG-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTCATGCGTGTTAAACACCCC-AACTTTCAAAT-ATATA
gi|115508 : TCTCAGTCAAA----------------GA--ATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAGTGATCACAAATCCAAAATGATATA
gi|115509 : TCTCAGTCAA---TGATA--GACTCTCGATTGTTGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTAAATGCGTGTTTAATGCCCA-AAATTT
gi|115510 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGAAAATAACCATCAT-CACA-AAAATAT-CCAAC--TTTTCAAATGTGTCCTTAACGCTCA-AAATTTCAAAA-ATATATAA
gi|115511 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GTTCCTTGTTAATTGCCTTTAT-CATG-AAAATAT-TCTTC--TTTCTAAATGCATGTTTTATGTCCA-AAATTTCATAT-ATATATGA
gi|115512 : TCTCAGCTAAA--ATATA--GGTCCTGGATA--GGCC-TTATGTACACAAAATAT-TCTAC--TTTTTAAAAGCGTGTATAACGCCCA-AAATTTCACAT-ATATATGA
gi|115513 : TCTCAGCGAAA--TGACT--GACCATGGATAATGGCCGTCAT-CAGA-AAAATAT-TCTACT-TTTTTAAAAGCATGTTTAAAGCGCA-AAATTTCACGT-AGACATGA
gi|115514 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTCGTTAAAGGCTGTCAT-TACA-AAAA-AG-TCTTC--TTTTTAAACCAGTGTTTAATGCACA-AAATTTCATAT-ATATA
gi|115515 : TCTCGGTCAAA--TGATA--GATTTTCGATAATGGCCTTCAT-CACA-AAAATAT-TTTACTTTTTTTCAATGTGTGTTTA
gi|115516 : TCTCATACAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAAATGT-CCTAT--TTTTTAATTGGGTGTTTAACAACCA-AAA
gi|115517 : TCTCAGTCAA------TA--GACCCTCGATAATGGTCATCAT-CACA-AAAATAT-GCTAC---TTTTAAATGCGTGTTTACCTCCCA-AATTTCCACCG-ATACAAGA
gi|115518 : TCTTAGTCAAA--TGATA--AACCCTCGCTAATGGCCGTCGT-CACA-AAAA-AG-ACTAC--TTTTTAAATGTTTGTTTAACACGCA-ACAATTCACAT-ACA
gi|115519 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GACCCTTGCTAATAATCGTCAT-CAAC-ATGATAT-TCTAC--TTTATA
gi|115520 : TCTAAGTCAAA--TGATA--GACCCTCAATAATGGCCATCAT-TACA-AATATAT-CATAC---TTATAAATGAGTGTTTAATGCCCA-AACCTT-ATAG-GTATATGA
gi|115521 : TCTCAGGCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-CACA-AAAATAT-CCCAT--CTTTTTAATGCGTGTTTAACGCCCA-ATAT
gi|115522 : TCTCAGTCAAA--TGATA--GATTCTGGATAAAGCTCTTCAT-TACA-AAAACAT-TCTAC----------------TTTAACACCCA-AAATTTCACAT-TTATATGA
gi|115523 : TCTCAGGCAAA--TGAAA--GATCCTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATGT-TTTAT--T-------------TTTAACGTCCA-AGATGTTGCAT-ACATATGA
gi|115524 : TCTCAGTCAAA--GG-----GACTCTCGATGATGGCCGTCAT-AAC--AAAATAT-CCTAT--CTTTGTAATGCGTGTATAACACACA-AA
gi|115525 : TCTCAGTCAAA--TGAAA--AA--CTCGATCATGGCCTTCAT-TACACAAAA----TC-----------AATTCGTGTTTCATG-CCA-AAATGTC-CGA-ATATATGA
gi|115526 : TCTCAGTTAAAAGTAAT---GACCCTCGGTAATGGCCGCCGT-CGCA-AACATAG-CTTAC--TTT----ATAC--ATTTAAGGCCCA-AAATT
gi|115527 : TTAGTCTAA--TGATA--AATCATCAGTTATGAATGTCAT-CACA-CAAATAT-CCTGC--TTTTGAAATGTGTATTTAACATCCA-AAATTCTAGAG-ATATATGA
gi|115528 : TCAGTTAAG--TTGTA--GTTTCTCAATTATGCTCGTCAT-CCCA-AAAATAT-CCCAC--ATTTTAAATGCATGTTAAATGCCC--AAATTTCATAT-
gi|115529 : AATCAAA--TGATA--AATCTTCGATAATGGCCTTCAT-TACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTTTAATGCGTTTTTAACGCCCA-AAATTTTACAT-ATATGTGA
gi|115530 : AGTCAAA--TGATAAAGGTCCTCGATAATGGACGTCAT-CACA-AAAATAT-TCTGC--TTATTAAATGCATGGTTAACCCCCA-AAATTTCACAG-ATACATG
gi|115531 : CAAA--TGATA--GACCCTCGATAATGGCCGTCAT-CACA-AAATTAT-TCTAC--TTTCTAATTGGGTGTTTATCTACCA-AAA
gi|115532 : --TGA-A--GCCCCTCGATAATGG-----------------TGT-TTTAC--TTTTTAAATGCATGTTTAACGTCCA-------CATAT-ATATA
gi|115533 : TCAT-CACA-AAAATAT-TCTAC--TTTTCAAATGCGTGTTTAACAACC--AAATTTCACAC-ATATATGA