lowQualScore                  :                                 6 2             0                      5 2            
lowQualScore                  :                                 . .             .                      . .            
lowQualScore                  :                                 1 6             3                      7 7            
consensus                     :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNC-TATATTGATGGA
Reference ( gi|41572 )        :                       TGCATGCACCTC-TATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATTGATGGA
gi|41571                      :                       TGCCTGCACCTC-TATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41575                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATAAACATATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATTGGTGGA
gi|41565                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGAACATATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATCTATGGA
gi|41563                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGACATATATGTATCACTGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41583                      :                       TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATTGATGGA
gi|41577                      :                       TGCATGCACCTC-TATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCAC-TATATTGAT
gi|41576                      :                       TGCATGCACCTC-TATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCAC-TATATTGAT
gi|41569                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATACACCAC-TATATTGATGGA
gi|41566                      :                       TGCATGCACCTC-TATATCTATGGATGTATACATATCACTGCATGCCCCTC-TATATTGATGGA
gi|41584                      :                       TGGATGCACCTC-AATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCACCTC-AATATTGATGGA
gi|41585                      :                       TGCATGCACCTC-TATATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGA
gi|41570                      :                       TGCATACACTAC-TATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCAACAC-TATATTGATGGA
gi|41574                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGATATATACATAATACTGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41564                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGACTTATACATATTACTGCATGCACCAC-TATATTGATGAA
gi|41578                      :                       TGCATGCACTAC-TATATTGATGGACATATTCATATCACTGGATGCACCTC-AATATTGATGGA
gi|41579                      :                       TGCATGCAACAC-TATATTGATGGATGTATACATACCACTGCCTGCACCTC-TATATTGATGGA
gi|41580                      :                       TGCATGCACCTC-TATATTAAAGGACGTCTACATACCACTGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41581                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATAAACATATAAATATCACTGCATGCACCTC-TTTATTGGTGGA
gi|41587                      :                       TGCATGCACCTC-AATATTGATGGACTTATGTATATCACTGCATGCACCTC-TATATTAAAGGA
gi|41588                      :                       TGCATGCACCTC-TTTATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGA
gi|41582                      :                       TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGACATATACATACCACTGCATACACTAC-TATATTGATGGA
gi|41573                      :                       TGCATGCACAAC-TATATTGATGGAAGTATATATATCACTGCCTGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41593                      :                       TGCATGCACCTC-TATATTGATGGA
gi|41567                      : ttgatggatgtatacatatcacTGCATGCCCCTC-TATATTGATGGACATATGCATAGCATTGTATGCATCAC-TTTATTGTTGGA
gi|41586                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCAC
gi|41589                      :                       TGCATACACCAC-TATATTGATGGACATATACGTATCACTGCATGTAC
gi|41590                      :                       TGCGTACACCAC-TATAATGTTGGAAATATACAAACTACTGCATGCACAAC-TATATTGATGGA
gi|41568                      :                       TGTATGCATCAC-TTTATTGTTGGACATATACATATCACTGCATGC
gi|41594                      :                       TGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41591                      :           tatacatatcacTGCCTGCACCAC-TATATTGATGGATGTATATCTAT--CTGCATGCAC
gi|41592                      :                           TGTACCAC-TTTATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATTGATGGAtaccat
gi|41593                      :                                        TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTC-TATATTGATGGA
gi|41594                      :                                                  TATACATATCACTGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41586                      :                                                              TGCATGCACCAC-TATATTGATGGA
gi|41589                      :                                                              TGCATACACCAC-TATATTGATGGActtatacatatcactgcatgcac
gi|41591                      :                                                              TGCCTGCACCAC-TATATTGATGGAcatatacgtatcactgcatgtac

lowQualScore                  :           2  2            2                      1     2        
lowQualScore                  :           .  .            .                      .     .        
lowQualScore                  :           3  7            3                      0     9        
consensus                     : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
Reference ( family-617 )      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
gi|41563                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACATATATGTATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41564                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATTACTGCATGCACCACTATA-TTGATGAA
gi|41565                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TCTATGGA
gi|41566                      : TGCATGCACCTCT-ATATCTATGGATGTATACATATCACTGCATGCCCCTCTATA-TTGATGGA
gi|41567                      : TGCATGCCCCTCT-ATATTGATGGACATATGCATAGCATTGTATGCATCACTTTA-TTGTTGGA
gi|41568                      : TGTATGCATCACT-TTATTGTTGGACATATACATATCACTGCATGC
gi|41569                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATACACCACTATA-TTGATGGA
gi|41570                      : TGCATACACTACT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCAACACTATA-TTGATGGA
gi|41571                      : TGCCTGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41572                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41573                      : TGCATGCACAACT-ATATTGATGGAAGTATATATATCACTGCCTGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41574                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGATATATACATAATACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41575                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGGTGGA
gi|41576                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41577                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41578                      : TGCATGCACTACT-ATATTGATGGACATATTCATATCACTGGATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41579                      : TGCATGCAACACT-ATATTGATGGATGTATACATACCACTGCCTGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41580                      : TGCATGCACCTCT-ATATTAAAGGACGTCTACATACCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41581                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATAAATATCACTGCATGCACCTCTTTA-TTGGTGGA
gi|41582                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGACATATACATACCACTGCATACACTACTATA-TTGATGGA
gi|41583                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41584                      : TGGATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41585                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41586                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCAC
gi|41587                      : TGCATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATGTATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTAAAGGA
gi|41588                      : TGCATGCACCTCT-TTATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41589                      : TGCATACACCACT-ATATTGATGGACATATACGTATCACTGCATGTAC
gi|41590                      : TGCGTACACCACT-ATAATGTTGGAAATATACAAACTACTGCATGCACAACTATA-TTGATGGA
gi|41591                      : TGCCTGCACCACT-ATATTGATGGATGTATATCTAT--CTGCATGCACTACCAT
gi|41592                      :     TGTACCACT-TTATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41593                      :                  TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41594                      :                            TATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA

lowQualScore                  :           1  2            2                      1     2        
lowQualScore                  :           .  .            .                      .     .        
lowQualScore                  :           0  7            3                      0     9        
consensus                     : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
Reference ( family-617 )      : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
gi|41563                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACATATATGTATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41564                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATTACTGCATGCACCACTATA-TTGATGAA
gi|41565                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TCTATGGA
gi|41566                      : TGCATGCACCTCT-ATATCTATGGATGTATACATATCACTGCATGCCCCTCTATA-TTGATGGA
gi|41567                      : TGCATGCCCCTCT-ATATTGATGGACATATGCATAGCATTGTATGCATCACTTTA-TTGTTGGA
gi|41568                      : TGTATGCATCACT-TTATTGTTGGACATATACATATCACTGCATGC
gi|41569                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATACACCACTATA-TTGATGGA
gi|41570                      : TGCATACACTACT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCAACACTATA-TTGATGGA
gi|41571                      : TGCCTGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41572                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41573                      : TGCATGCACAACT-ATATTGATGGAAGTATATATATCACTGCCTGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41574                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGATATATACATAATACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41575                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGGTGGA
gi|41576                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41577                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41578                      : TGCATGCACTACT-ATATTGATGGACATATTCATATCACTGGATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41579                      : TGCATGCAACACT-ATATTGATGGATGTATACATACCACTGCCTGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41580                      : TGCATGCACCTCT-ATATTAAAGGACGTCTACATACCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41581                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATAAATATCACTGCATGCACCTCTTTA-TTGGTGGA
gi|41582                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGACATATACATACCACTGCATACACTACTATA-TTGATGGA
gi|41583                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41584                      : TGGATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41585                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41586                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCAC
gi|41587                      : TGCATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATGTATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTAAAGGA
gi|41588                      : TGCATGCACCTCT-TTATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41589                      : TGCATACACCACT-ATATTGATGGACATATACGTATCACTGCATGTAC
gi|41590                      : TGCGTACACCACT-ATAATGTTGGAAATATACAAACTACTGCATGCACAACTATA-TTGATGGA
gi|41591                      : TGCCTGCACCACT-ATATTGATGGATGTATATCTAT--CTGCATGCACTACCAT
gi|41592                      :     TGTACCACT-TTATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41593                      :                  TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41594                      :                            TATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA


blockSeqs                     :           A  T            T                      A     T
blockSeqs                     :           A  T            A                      T     T
blockSeqs                     :           T  .            G                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            T                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            G                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            G                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            G                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            G                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            G                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            G                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            T                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            T                      T     .
blockSeqs                     :           T  .            T                      A     .
blockSeqs                     :           T  .            A                      A     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            A                      T     .
blockSeqs                     :           A  .            G                      A      
blockSeqs                     :           A  .            G                             
blockSeqs                     :                           G                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
finalCons                     : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA

lowQualScore                  :           1  2            2                      1     2        
lowQualScore                  :           .  .            .                      .     .        
lowQualScore                  :           0  7            3                      0     9        
consensus                     : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
Reference ( family-617 )      : TGCATGCACCNCT-ATATTGATGGACGTATACATATCACTGCATGCACCNCTATA-TTGATGGA
gi|41563                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACATATATGTATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41564                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATTACTGCATGCACCACTATA-TTGATGAA
gi|41565                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TCTATGGA
gi|41566                      : TGCATGCACCTCT-ATATCTATGGATGTATACATATCACTGCATGCCCCTCTATA-TTGATGGA
gi|41567                      : TGCATGCCCCTCT-ATATTGATGGACATATGCATAGCATTGTATGCATCACTTTA-TTGTTGGA
gi|41568                      : TGTATGCATCACT-TTATTGTTGGACATATACATATCACTGCATGC
gi|41569                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATACACCACTATA-TTGATGGA
gi|41570                      : TGCATACACTACT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCAACACTATA-TTGATGGA
gi|41571                      : TGCCTGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41572                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41573                      : TGCATGCACAACT-ATATTGATGGAAGTATATATATCACTGCCTGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41574                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGATATATACATAATACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41575                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGGTGGA
gi|41576                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41577                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGAT
gi|41578                      : TGCATGCACTACT-ATATTGATGGACATATTCATATCACTGGATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41579                      : TGCATGCAACACT-ATATTGATGGATGTATACATACCACTGCCTGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41580                      : TGCATGCACCTCT-ATATTAAAGGACGTCTACATACCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA
gi|41581                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATAAACATATAAATATCACTGCATGCACCTCTTTA-TTGGTGGA
gi|41582                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGACATATACATACCACTGCATACACTACTATA-TTGATGGA
gi|41583                      : TGCATGCACCTCTTAT-TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41584                      : TGGATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCACCTCAATA-TTGATGGA
gi|41585                      : TGCATGCACCTCT-ATATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41586                      : TGCATGCACCACT-ATATTGATGGACTTATACATATCACTGCATGCAC
gi|41587                      : TGCATGCACCTCA-ATATTGATGGACTTATGTATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTAAAGGA
gi|41588                      : TGCATGCACCTCT-TTATTGGTGGACATATGCATATTACTGCATGCACCTCT-TATTTGATGGA
gi|41589                      : TGCATACACCACT-ATATTGATGGACATATACGTATCACTGCATGTAC
gi|41590                      : TGCGTACACCACT-ATAATGTTGGAAATATACAAACTACTGCATGCACAACTATA-TTGATGGA
gi|41591                      : TGCCTGCACCACT-ATATTGATGGATGTATATCTAT--CTGCATGCACTACCAT
gi|41592                      :     TGTACCACT-TTATTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41593                      :                  TTGATGGATGTATACATATCACTGCATGCACCTCTATA-TTGATGGA
gi|41594                      :                            TATACATATCACTGCATGCACCACTATA-TTGATGGA