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lowQualScore                  :         .    ....      . . . .    . ..   ....  ..  .. .    ...... ..........  .....  .   ..       ..         ...  . . ..... .   ..... .         .    
lowQualScore                  :         7    1111      9 1 8 4    4 77   8888  99  99 4    777777 9999999999  00000  3   55       55         333  3 9 55555 3   22222 3         4    
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Reference ( gi|124793 )       : AGTTTAAA-TGAC---CGTTGTA-A-A-A-TGTA-A--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-TGATGTTGA-AACA
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lowQualScore                  :         .     ... ... .    .. .       ..   ....  ..  .. .    ...... ..........  .....  .   ..       ..         ...  . . ..... .   ..... ....        .    
lowQualScore                  :         4     666 666 5    00 9       88   7777  88  88 7    666666 7777777777  88888  2   44       44         222  2 5 11111 2   11111 6666        3    
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gi|124816                     :   TTTCAA-TGACA---G---C-TGT---------TA---GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--CTCCAGC--TTTATGTGT---TA-A-T---G-A-GGC-----A-T--GATGTTGA-AACA
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gi|124819                     :        A-TAACA---------TGTACAACA-TGTAGTCGAATAATAT--AT--A-TATA------T----------AT-----AT-AAG--TTCCTGC--TCTCTGTGT---TA-GTT---T-G-TGT-----G-T--GAGGTTAG-AACA
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gi|124822                     :                                     AG--GAA----A---AA--A-T-TA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---A-A-TGT-----G-T--GATGTTGA-AACAt
gi|124823                     :                                                  aaaatacacATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA
gi|124824                     :                                                           ATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA





Alignments
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lowQualScore                  :         .     ... ... .    .. .       ..   ....  ..  .. .    ...... ..........  .....  .   ..       ..         ...  . . ..... .   ..... ....        .    
lowQualScore                  :         4     666 666 5    00 9       88   7777  88  88 7    666666 7777777777  88888  2   44       44         222  2 5 11111 2   11111 6666        3    
consensus                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA
Reference ( family-616 )      : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA
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gi|124795                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----TG-AAA--GTCATGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-A--GATGTTGA-AACA
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gi|124811                     : AGTCTAAA-AGATA---GATGT-TATA--ATAATGTAG--AAAGA--AT--AA--A-TATA------T----------ATTGAAAAG-AAA--CTGC-GC--TTTC--TGT---TA-GTT---T-A-TGT-------T--GATGTTAG-AACA
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gi|124813                     : AGTTTAAA-CGAAA---T---A-TGTA--ATAATGTAA----A----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----TG-AAAAGGAAATGC--GTTTT-TGT---TA-G-T---TTG-TAT-----G-T--GATGTTGA-AACA
gi|124814                     : AGTCTAAC-TGAAA---G---A-TGTA--CAAATGTAG----A----AT--AA--A-TTTA------T----------ATCA---AA-AAG--GAACTGCGATTTCTGT-----TA-G-T---T---TGT-----GTT--GATGTTGG-AACA
gi|124815                     :   TTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--GTAATGTAA--GAA----AT--AATTA-TATA------T----------AT-----AG-AAT--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TG-T-T---T-A-TAT-----G-
gi|124816                     :   TTTCAA-TGACA---G---C-TGT---------TA---GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--CTCCAGC--TTTATGTGT---TA-A-T---G-A-GGC-----A-T--GATGTTGA-AACA
gi|124817                     :   TTTAAAATGAAA---G---A-TGTA--ATAATGTAA--GAA----TT--AT--A-TGTA------T----------AT-----AT-AAA--GTCCTGC--GTTTTGTG----TA-G-T---T---TGT-----G-CGTGATGCTGG-ACCA
gi|124818                     :      AAA-TGACA---G---T-TGGG--ACAATATAA--GAA----AT--AA--A-TGTA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--GTTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-T--GATGGTGA-AACA
gi|124819                     :        A-TAACA---------TGTACAACA-TGTAGTCGAATAATAT--AT--A-TATA------T----------AT-----AT-AAG--TTCCTGC--TCTCTGTGT---TA-GTT---T-G-TGT-----G-T--GAGGTTAG-AACA
gi|124820                     :                                           A----AT--AA--AATATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTAC--TTTCTGTGT---TAGG-T---T-G-GGTATCACG-C--GATGTTGA-AACA
gi|124821                     :          tgtataaaatgtcgtcgA--AAAATGTAGTCGAA----TA--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-----T-G-TGT-----G-
gi|124822                     :                                     AG--GAA----A---AA--A-T-TA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---A-A-TGT-----G-T--GATGTTGA-AACAt
gi|124823                     :                                                  aaaatacacATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA
gi|124824                     :                                                           ATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA


blockSeqs                     :         G     TAT ATG A    CA T       TC   TAAT  AA  TT A    CATATA ATATATATAT  TGAAA  A   AG       GC         TTC  G T TTAT  G   ATCAC CGT         T
blockSeqs                     :         G     .   .   .    .  C       TC   GA    .   .  A    .      A           CA     .   AG       GA         .    . T TT    .   .     TT          .
blockSeqs                     :         A     .   .   .    .  C       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . TC    .   .     T           .
blockSeqs                     :         A     .   .   .    .  T       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . TT    .   .     A           .
blockSeqs                     :         A     .   .   .    .  T       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         A     .   .   .    .  T       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         A     .   .   .    .  T       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  A       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . G     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  C       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  C       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  C       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
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blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  C       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  A       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . G     .   .     T           .
blockSeqs                     :         .     .   .   .    .  .       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     C           .
blockSeqs                     :                            .  .       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     T           .
blockSeqs                     :                                       .    .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . T     .   .     C           .
blockSeqs                     :                                            .     .   .  .    .      .           .      .   .        .          .    . . A     .   .     C           .
blockSeqs                     :                                                              .      .           .      .   .        .          .    . . G     .   .                  
blockSeqs                     :                                                              .      .           .      .   .        .          .    . . G     .   .                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA
finalCons                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA





Alignments
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lowQualScore                  :         0     222 222 1    22 2       33   4444  11  11 2    333333 6666666666  44444  1   33       33         222  1 2 66666 1   33333 4444        1    
lowQualScore                  :         .     ... ... .    .. .       ..   ....  ..  .. .    ...... ..........  .....  .   ..       ..         ...  . . ..... .   ..... ....        .    
lowQualScore                  :         4     666 666 5    00 9       88   7777  88  88 7    666666 7777777777  88888  2   44       44         222  2 5 11111 2   11111 6666        3    
consensus                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA
Reference ( family-616 )      : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-C--GATGTTGA-AACA
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gi|124794                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ATAATGTAA--GGA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-G-CCT-----G-T--GATGTTGA-AACA
gi|124795                     : AGTTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----TG-AAA--GTCATGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---T-A-TGT-----G-A--GATGTTGA-AACA
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gi|124806                     : AGTTTAAAATGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--GAA----AT--AA--A-TGTA------T----------AT-----AG-AAA--GTCGTGC--GTTATGTGT---AA-A-T---G-A-TGT-----G-C--GATGGTGA-AACA
gi|124807                     : AGTTTAAAATGACA---G---T-TGTA--ACAATGTAA--AAA----AT--AA--A-TGTA------C----------AT-----AG-AAA--TTCGTGT--GTTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--GATGATGA-AACA
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gi|124811                     : AGTCTAAA-AGATA---GATGT-TATA--ATAATGTAG--AAAGA--AT--AA--A-TATA------T----------ATTGAAAAG-AAA--CTGC-GC--TTTC--TGT---TA-GTT---T-A-TGT-------T--GATGTTAG-AACA
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gi|124813                     : AGTTTAAA-CGAAA---T---A-TGTA--ATAATGTAA----A----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----TG-AAAAGGAAATGC--GTTTT-TGT---TA-G-T---TTG-TAT-----G-T--GATGTTGA-AACA
gi|124814                     : AGTCTAAC-TGAAA---G---A-TGTA--CAAATGTAG----A----AT--AA--A-TTTA------T----------ATCA---AA-AAG--GAACTGCGATTTCTGT-----TA-G-T---T---TGT-----GTT--GATGTTGG-AACA
gi|124815                     :   TTTAAA-TGACA---G---T-TGTA--GTAATGTAA--GAA----AT--AATTA-TATA------T----------AT-----AG-AAT--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TG-T-T---T-A-TAT-----G-
gi|124816                     :   TTTCAA-TGACA---G---C-TGT---------TA---GAA----AT--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--CTCCAGC--TTTATGTGT---TA-A-T---G-A-GGC-----A-T--GATGTTGA-AACA
gi|124817                     :   TTTAAAATGAAA---G---A-TGTA--ATAATGTAA--GAA----TT--AT--A-TGTA------T----------AT-----AT-AAA--GTCCTGC--GTTTTGTG----TA-G-T---T---TGT-----G-CGTGATGCTGG-ACCA
gi|124818                     :      AAA-TGACA---G---T-TGGG--ACAATATAA--GAA----AT--AA--A-TGTA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--GTTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-T--GATGGTGA-AACA
gi|124819                     :        A-TAACA---------TGTACAACA-TGTAGTCGAATAATAT--AT--A-TATA------T----------AT-----AT-AAG--TTCCTGC--TCTCTGTGT---TA-GTT---T-G-TGT-----G-T--GAGGTTAG-AACA
gi|124820                     :                                           A----AT--AA--AATATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTAC--TTTCTGTGT---TAGG-T---T-G-GGTATCACG-C--GATGTTGA-AACA
gi|124821                     :          tgtataaaatgtcgtcgA--AAAATGTAGTCGAA----TA--AA--A-TATA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-----T-G-TGT-----G-
gi|124822                     :                                     AG--GAA----A---AA--A-T-TA------T----------AT-----AG-AAA--GTCCTGC--TTTCTGTGT---TA-G-T---A-A-TGT-----G-T--GATGTTGA-AACAt
gi|124823                     :                                                  aaaatacacATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA
gi|124824                     :                                                           ATA------T----------AT-----AG-AAA--ATCGTGC--ATTATGTGT---TA-A-T---G-A-TGT-----G-C--AATGTTGA-AACA