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Alignments
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lowQualScore                  :                                      .     .        ........ .    ..............     ..                          
lowQualScore                  :                                      3     7        77777777 2    11111111111111     77                          
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Reference ( family-608 )      :                             TTGAAAAGT-GACCCATGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
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Alignments
lowQualScore                  :                                      1     7        44444444 1    77777777777777     11                          
lowQualScore                  :                                      .     .        ........ .    ..............     ..                          
lowQualScore                  :                                      3     5        77777777 2    11111111111111     77                          
consensus                     :                             TTGAAAAGT-GACCCNTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
Reference ( family-608 )      :                             TTGAAAAGT-GACCCNTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
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gi|45778                      :                             TTGAAAAAT-GACCCGTGGGTTCA--------T-TTTT--------------TAACG--GGGTCAAAATTTAATGTAACACCGGC
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gi|45786                      :                             TTGAAAAGT-GAACCATGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTTATGTTACACCAGC
gi|45787                      :                             TTGAAATGT-GACCC--GGGTTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAATATTTAATGTTACACCGGC
gi|45788                      :                             TTGAAAAGT-GATCCATAGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACAC
gi|45789                      :                             TTGAAA-GT-GACCCATGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACA
gi|45790                      :                             TCGAAAAAT-GACCATTGGGATCA--------T-TATT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCG
gi|45791                      :                             TTGAAAAAT-GATCTTTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACT--GGGTCAAAATTTGATGTCACACCGG
gi|45792                      :                             TTGAAAAAT-GACCCTTGGGGTCT--------T-TTTTCAACGGTCTATTTTCAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45793                      :                             TTGAAAAGT-GACCCATGGCGTCA--------T-TTTT---------------AATG--GGGTTAAAATTTAATGTTACACCG
gi|45794                      :                             TTGAAAAGT-GACACACGAGATCA--------T-TTTT--------------CAACC--GGGTCAAAATTTAATGTTACCCCGG
gi|45795                      :                             TTGAAAAGT-GACGCATTGGTTCA--------T-ATGT--------------TAACA--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGG
gi|45796                      :                             TTGTAAAAT-GACACTTCGGGTCA--------T-TATT--------------CAACG--GGGTCAAAGTTTAATGTTACACCGGC
gi|45797                      :                             TTGAAATTT-GACCCGTG---TCA--------A-TTT---------------CAACG--GTGTCAAAATTTAATGTTACACCGG
gi|45798                      :                             TTGAAATGT-GACCCTTGGCGTCA--------T-TATT--------------CAAC---GGGTCAAAATTTAATTTTACGCCGGC
gi|45799                      :                             TTGAAATCT-GACCC---GGTTCA--------A-TTCT--------------TAATG--GGATCAAAATTTAATGTTACACAGGC
gi|45800                      :                                                              -TTTT--------------CAACG--GGGTAAAAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45801                      : ttaaaaattgatcactcatccgttgaaaTTGAAATGT-GACCC---GGGTAA--------A-TTTT--------------CAACATTGGGTCAATATTTAATGTTGCACCGGC
gi|45802                      :                             TTGAAATGT-GACCT---GGGTCA--------A-TTTT--------------CAACG--GGGTATAAATTTAGTGTTACACC
gi|45803                      :                             TTGAAATGT-GATCC---GGGTCAATTTTTAGTATTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTAAATGTTCCACCGGC
gi|45804                      :                              TGAAAAGT-GACCCATGAGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTGCACCGGC
gi|45805                      :                              TGAAAAGT-GACCCATGGGGTCA--------T-TATT--------------CAACA--GGGTCAA-----AATATTACACCGGC
gi|45806                      :                                 AAAGTTGACCCTTGGGGTAA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45807                      :                                     T-GACTCATGTGGTCA--------T-ATT---------------CAACG--GGG-CAAAATTAAATATTACACCGGC
gi|45808                      :                                                  TTA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAGAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45809                      :                                                                 TT--------------CATCG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC


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finalCons                     :                             TTGAAAAGT-GACCCNTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC





Alignments
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consensus                     :                             TTGAAAAGT-GACCCNTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
Reference ( family-608 )      :                             TTGAAAAGT-GACCCNTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
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gi|45788                      :                             TTGAAAAGT-GATCCATAGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACAC
gi|45789                      :                             TTGAAA-GT-GACCCATGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACA
gi|45790                      :                             TCGAAAAAT-GACCATTGGGATCA--------T-TATT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCG
gi|45791                      :                             TTGAAAAAT-GATCTTTGGGGTCA--------T-TTTT--------------CAACT--GGGTCAAAATTTGATGTCACACCGG
gi|45792                      :                             TTGAAAAAT-GACCCTTGGGGTCT--------T-TTTTCAACGGTCTATTTTCAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45793                      :                             TTGAAAAGT-GACCCATGGCGTCA--------T-TTTT---------------AATG--GGGTTAAAATTTAATGTTACACCG
gi|45794                      :                             TTGAAAAGT-GACACACGAGATCA--------T-TTTT--------------CAACC--GGGTCAAAATTTAATGTTACCCCGG
gi|45795                      :                             TTGAAAAGT-GACGCATTGGTTCA--------T-ATGT--------------TAACA--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGG
gi|45796                      :                             TTGTAAAAT-GACACTTCGGGTCA--------T-TATT--------------CAACG--GGGTCAAAGTTTAATGTTACACCGGC
gi|45797                      :                             TTGAAATTT-GACCCGTG---TCA--------A-TTT---------------CAACG--GTGTCAAAATTTAATGTTACACCGG
gi|45798                      :                             TTGAAATGT-GACCCTTGGCGTCA--------T-TATT--------------CAAC---GGGTCAAAATTTAATTTTACGCCGGC
gi|45799                      :                             TTGAAATCT-GACCC---GGTTCA--------A-TTCT--------------TAATG--GGATCAAAATTTAATGTTACACAGGC
gi|45800                      :                                                              -TTTT--------------CAACG--GGGTAAAAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45801                      : ttaaaaattgatcactcatccgttgaaaTTGAAATGT-GACCC---GGGTAA--------A-TTTT--------------CAACATTGGGTCAATATTTAATGTTGCACCGGC
gi|45802                      :                             TTGAAATGT-GACCT---GGGTCA--------A-TTTT--------------CAACG--GGGTATAAATTTAGTGTTACACC
gi|45803                      :                             TTGAAATGT-GATCC---GGGTCAATTTTTAGTATTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTAAATGTTCCACCGGC
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gi|45806                      :                                 AAAGTTGACCCTTGGGGTAA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC
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gi|45808                      :                                                  TTA--------T-TTTT--------------CAACG--GGGTCAGAATTTAATGTTACACCGGC
gi|45809                      :                                                                 TT--------------CATCG--GGGTCAAAATTTAATGTTACACCGGC