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gi|111141                     :                       GCTTTGA--TTTCAAA-TGTTGCTCAC--CAG-AGT---AACTGAGTTTG-CCACGCCACGCGACTG
gi|111142                     :                             G--TTTCAAA-TATCACTCAA--CAG-GGT---AACTGAGCATT-CCATGCTATGCACCTG
gi|111143                     :                                    AAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---AACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111144                     :                                    AAA-TGTTACTCAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111145                     :                                     AA-TGTTACTGAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111146                     :                                     AA-TGTTACTCAG--CAG-AGCGGAAACTGAGTATG-CCACGCTATGCGCCTG
gi|111147                     :                                     AA-TGTTACTCAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCATGCTACCCGCCTG
gi|111148                     :                                     AA-TGTTACTCAGTACAGTGGT---AACTGAGTATG-CCACGCTATGCGCCT


blockSeqs                     :             ACTTGG           AC       A          TA   T   GGT T         C
blockSeqs                     :             GTAA             .        .          .    .   GGT T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   GGA T         .
blockSeqs                     :             T                .        .          .    .   GGT T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   C         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   T         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             A                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             .                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             .                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :             .                .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                              .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                              .        .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .          .    .   .   A         .
blockSeqs                     :                                       .                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ANCTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
finalCons                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ANCTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG





Alignments
lowQualScore                  :             444444444        22       1          11   1   888 1         1                
lowQualScore                  :             .........        ..       .          ..   .   ... .         .                
lowQualScore                  :             777777777        00       2          77   2   888 0         2                
consensus                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ANCTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
Reference ( family-606 )      : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ANCTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111116                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCACGCTACTCGTCTG
gi|111117                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCACGCTACTCGTCTG
gi|111118                     : TTTTTAATATTT---T-----GGCTTTGG--TTTCCAA-TATTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111119                     : TTTTCAATATTC---A-----GGCTCTGA--TTTCCAA-TATTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATA-CCATGCTACGCGCCTG
gi|111120                     : TTTTCAATATTA---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TATTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCATGCTACTTGCC
gi|111121                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTATAG--TTTCAAA-TATTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCATGCAACGTGTCTG
gi|111122                     : TTTTCAACATTT---A-----GGCTTTGG--TTGCAAA-TATTACTCGA--CAA-AGT---ATCTGAGTATG-CCATACTACGCGCTTG
gi|111123                     : TTCTCAATATTA---A-----GGCTTTGG--TTTCAAA-TATTACTCGG--CAG-AGG---ATCTTAGTATG-TCACACTACGCGCCTG
gi|111124                     : TTTTCAATACTT---A-----GGCTTTGG--T--CAAG-TATTACTCAG--CAG-AGT---GTCTGAGTATG-ACACACTACACGCCTG
gi|111125                     : TTTTCAATTTTT---A-----GGCCTTGG--TTTTAAA-TATCACTCAG--CAG-AGT---GTCTGAGTATG-CAACGCTTCGCACCTG
gi|111126                     : TTTTCAATATTT---A-----GACTTTGG--GTTCAAC-TATAACTTAA--CAG-AGT---ACCTGAGTATG-CAACGCTACGCGCCT
gi|111127                     : TTCTCAATATTT---A-----GACTTTGG--TTTCAAA-TATTACTC
gi|111128                     : TTTTCAATATTT---A-----GGCTTTGG--TTTCTGA-TATTACTCAA--CAG-AGT---ATCTTAGTTTG-CCATACTATGCACCT
gi|111129                     : TTTTCGATATTT---------GGCTTTGA--TTTCAAG-TATAAGTCAG--CAG-AGT---ATTTGTGTATG-CCAGCCTACGCGCCTG
gi|111130                     :  TTTCAATATTT---A-----TACTTTGG--TTTCAAA-TATTACTCAG--CAG-AGT---ATCTGAGTATG-CCACTCTACGCGTCTG
gi|111131                     :   TTTATTAGTT---A-----TGCTTTGA--TTTCAGT-TGTTACTCAG--TAG-AGT---AACTAAGTATG-CCACGCTACACGCTTG
gi|111132                     :    TCAGTATTTGTAA-----GGCTTCAA--TTTCAAA-TGTTACTCAG--CAG-TGT---AATTGAGTATG-
gi|111133                     :    TCAGTATTT---A-----TGCTTTGG--TTTCAAA-TATTACTCAG--GAG-AGT---TTCTGAGAAAA-CAACTATACGCGCTTG
gi|111134                     :      AATATTT---ACTTGGGGATTTGA--TTTCAAA-TGTTACTCAG--AAG-AAT---AACTAAATATGCCCACGCTACGCGCATG
gi|111135                     :       ATCTTT---A-----GAATTTGA--TTTCACA-TGTTACTCAG--CAG-AGC---AACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111136                     :       ACATTT----------GCTC-GA--TTTAAAA-TGTTACTCTG--CAA-AGT---TTCTGAGTATA-CCACGATACACGCCTG
gi|111137                     :        TGTTT---A-----TGCTTTGA--TTTCAAT-TGTTACTCAG--TTG-AGT---AACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCC
gi|111138                     :        TATTT-----------CTTTAGACTTTCAAA-TGTTA-TCAG--CAG-AGT---AACTGAGTATG-CCACGCTACGCGGCTG
gi|111139                     :        TATTT---A-----GGATTTTA--TTTCAAAATGTTACCGAT--CAG-ATT---AACTGAGTATG-CCACGTCAC
gi|111140                     :          TCT---A-----GGCTTTGA--TTTCAAA-TGTAATTCAG--GAG-AGT---AATTGAATATG-CCATGCTACGCGTCTG
gi|111141                     :                       GCTTTGA--TTTCAAA-TGTTGCTCAC--CAG-AGT---AACTGAGTTTG-CCACGCCACGCGACTG
gi|111142                     :                             G--TTTCAAA-TATCACTCAA--CAG-GGT---AACTGAGCATT-CCATGCTATGCACCTG
gi|111143                     :                                    AAA-TGTTACTCAG--CAG-AGT---AACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111144                     :                                    AAA-TGTTACTCAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111145                     :                                     AA-TGTTACTGAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCACGCTACGCGCCTG
gi|111146                     :                                     AA-TGTTACTCAG--CAG-AGCGGAAACTGAGTATG-CCACGCTATGCGCCTG
gi|111147                     :                                     AA-TGTTACTCAG--CAG-AGTGGTAACTGAGTATG-CCATGCTACCCGCCTG
gi|111148                     :                                     AA-TGTTACTCAGTACAGTGGT---AACTGAGTATG-CCACGCTATGCGCCT