lowQualScore : 1 2222222222222 2222 444444444 11111111 1 11 2222222222
lowQualScore : 1 33 1 2 1 8888888888888 33 33333 1 5 7 1 7 1 11 1 1 22 11 0000 1 5 5 22 22 999 22 333333333 11111111 1 1 2 8 2 22 0 1 22 1 2222222222 7 333
lowQualScore : . .. . . . ............. .. ..... . . . . . . .. . . .. .. .... . . . .. .. ... .. ......... ........ . . . . . .. . . .. . .......... . ...
lowQualScore : 5 55 5 1 5 3333333333333 55 88888 4 8 6 4 2 9 88 4 4 00 99 8888 7 2 6 44 44 000 44 888888888 66666666 8 2 4 6 0 88 7 0 55 8 4444444444 4 999
consensus : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GATGTATT----AAAT-ATTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGTTT-GA-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCAT-CA-T-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTCGGCT-ATAAAC-GGTTA------G-TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAA-TGATAA-AA-----C--G-TATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
Reference ( gi|18263 ) : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-ACA-TATG---GA------TATATATT----GAAT-ATTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGTTT-GA-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCAT-GA-T-T-GTTGA--T--ATGT--GT--CATTCGGCTAATAAAC-GGTTG------G-TTCAATTTAAACGCTGGTCG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCGAGCAAATTTTAA-GGATAA-AA-----A--A-TATAAGTGCGCTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18262 : TTTATTTGTAAAAAG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GATGTATT----GAAT-AATTCAATC-AGTCTGTCGATTTAGTTT-AA-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCAT-CT-T-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTCGGCTAA---AC-AGTTA------G-TTCAATTTAAACGCTAGTCG-C--ATGAGTAACTTGGTTCAGCATGCAAATTTTAA-TGATAA-AA-----T--G-TATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---ATATACTGTA
gi|18264 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GAAATATT----GAATAATTTAGATC--GTTTGTCGATTTAGTTT-GA-TATTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCAT-CA-G-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTCTGC---TAAAC-GGTTA------G-TTCAATTTAAACGCTTGTTG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAA-TGATTA-AA-----C--G-TATAAGTGCAATAGAATAGGGTAAG---GTATA
gi|18266 : TTTATTTGTTAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GAAATATT----GAAT-ATTTCGATC-AGTTTGTCGATTT-------------T-ATCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCAT-AG-T-T-GCTGA--T--AAGC--GT--CATTCGGCTAA---AC-GGTTA------G-TTCAACTTAAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACGAGTGAATTTTAA-TGATAA-AA-----C--G-TATAAGTGCGTTAAAATAGGGTTAA---GTATATTGT
gi|18265 : TTTGTTTGTAGAATG-TG--AA-AAAATATA---AA------GATATATT----GAAT-AATTCGATC-AGTTTGTCGATTTATTTT-TA-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCAT-CA-T-G-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTCGGCTAA---AC-GGTTA------G-TTCAATTTAAACGCTTGTCG-A--TCGAGTATTTTGGTTCAGCAAGCTAATTTTAA-TGATAA-AA-----C--G-TACAAGTGCGTTTGAATTGAGTTAA---ATTCACTGTA
gi|18267 : TTTACTTGTTAAATG-TT--AA-AAA-TACA---AA------GATATATT----GAAT-ATTTCGACC-AGTTTGTCGATTTACTTG-GA-TTTTT-ACCAG--AATCT--ACTCTT-TAGAGCAT-CA-T-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTCGGCTAA---ACTGGTTG--------TTCAATTTAATCGTTAGTAG-C--TTGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAA-CGATAA-AA-----T--G-TAAAAGTGTGTTAGAATATGATTAA---GTATACTGTA
gi|18268 : TTGATTTGTAAAATGATT--AA-A-A-TATA---AATACATGTATGTATT----AAAT-ATTTTGAGCGAATTTGGCGATTTAGTTT-GG-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATTACACAA-CA-T-TGGCTGA--T--ATGC--GT--CATTCGGCT----AAC-GGTTA------G-TTCAATTTGAACTCTATTCA-T--TTGGGTAACTTGGTTCAGTGTGCAAATTTTAA-TGCTAA-AA-----C--G-TATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18269 : TCTATTTGTAAAATG-TTT-AA-AAA-TAAA---GA------TA-A-GTT----GAAT-ATTTCGATC-ATTTTGTCGATTTAGTTT-TA-TTTTT-ACCGG--AAACT--AATTCCACTGCGCGT-CA-T-T-ATTTA--T--ATGC--GT--TATTCAGC---TAAAC-GGTTA------G-TTCAATTTAAACGCTAATTG-C--TCTAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTCAA-TGATAT-AT-----A--A-TAGAA
gi|18271 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-CAA-TACA---AAG-----TA-ATATT----AAAT-ATTTTGAAC-AGTTTGGCAATTTAGTTT-GA-TTTTT-ACCAG--AAACT--AATTCTATAGCTAAT-CATT-T-GCTGA--T--ATGC--GG--CATTTGGCTGA--------------------------TGAACACTAGTTG-C--ACCAGTAAGTCGGTTCAGCGAGCAAATTTTAA-TGATAA-AA-----C--A-TATAAGTGCACTAGAGTGGACTTAA---GTATATTGTAta
gi|18270 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GACTTATC----AAAC-ATTTTTACC-AGTTCGGCGATTCAGTTT-GAAGTTTT-ACAAG--AAACT--ACTTTTACAGCGCAT-CA-TAT-GCTTA--T--ATGC--AT--CATTCGGCTAA---AC-GGTAG------G-TTCAGTTTGAACACTGGTAG-C--TAAAGAAATTAGGTTCAGCGAGAAAACCTTAA-TGATAA-CA-----C--G-TATAAGTGCG-TAAAAAAGTATTAT---ATATACTGTA
gi|18272 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TA-------------------------AAA-------GAAC-AGTTTGGTGATTTAGTTT-GC-TTTTT-ACCAG--AAACT--TTTTTTATAACGAAT-CA-T-TTGCTGA--T--ATGC--GA--CATTCGG-----------------------TTCAATATAAACACCAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACAAGTGAATTTTAA-TGAAAATAA-----C--G-TATAAATGCGTTAGAATTGGATTAA---GTATACTGTA
gi|18275 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TGTA---AA------TATGTATT----AATT-AGTTTGAAC-AGTTTGGCAA-TTAATTT-AA--TATT-ATCAG--AAACT--ACTTTTATGGGGCTT-CT-G-T-GCTGA--T--ATATACGG--CATGCGGCT--T-AAC-GGTAA------A-TTCAGTTTGAACTCT--------------TAACTTTGTTCAGCGAGCAAATTTCAATGGTTAA-A
gi|18276 : TTTATTTGTAAAATG-AT--AA-AC--TATA---AA------GACGTATT----AAAT-A----------GTTT-----------TT----TTTTT-ACCAC--AAACT--ACGTTTGTAGCGCAT-CATT-T-GATAA--T--ATGC--GT--CATTCGG---ATAAA---GTTGTTTTTTT-TTCAATTTGAACCTTAGTCG-C--TCAAG--------------AAACGAA-TTTAA-TGAT-T-AA-----A--T-TATAAGTACGTTAGAAAAAGGTCAA---GTATACAGTAcgtttttaataattgcat
gi|18274 : TTTATTTGTAAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GTTTTATT----AGAT-ATTTGGAAC-AGTTTGGCAACTTTATTT-TT-TTTTT-ATGA---AAACT--AATTTTATAGGGCAT-CATT-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTTGGC--AC-AAT-GG-TA------G-TTCAATTTGAACACAAGTCA-CCTTCGTGT
gi|18277 : TTTATTTGTAAAAAG-TT--AA------------GA------TATAT-TT----AAAT-AG---GAAC-AGTTTGGCACTTTAGTTT-GA-TTTTT-ACCAA--AAAAT--ACTTTAATAGCACATCAA-T-T-GCTGA--T--ATGCG-GT--TATTCAGC---TAAAT-GGTAA------GTTTTAATTAAAAc
gi|18273 : TTCATTTGTAAAATG-TT--AA-ATA-TA-----AA------AATATATT----AAAT-ATTT-GATC-AGTTTGTTGATTTAGTTT-GA-TTTTT-ACAAG--AAACT--A
gi|18280 : TTTATTTACAAAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------TATGTATA----AAAT-ATTTTGAAC-AGTTTAGCGATTAAGTTA-TT-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACGTTTATAGCGTA
gi|18278 : TTGATTTGTAAAATG-TC--AACAAA-TATA---AA------AATGCATT----AAAT-ATTTTAA---A-----------TAGTTT-AA-TTTAT-ATTAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-ACTGA--T--ATGC--AT--AATTCGGCTAgcat
gi|18279 : TTTATTTGTAAAATT-TC--AA-AAA-TATT---AA------GATACATT----AAAT-ATTTTGAAA-AGTTTGATGATTTAG-TT-AA-TTTTT-ATCAA--GTACT--ACATTTATA-------------------------------T--CATTCAGC---TGAAC-GGTAA------G-TTCTATTTGAATACTAGTga
gi|18281 : TTAATTTGTAAAATG-TC--AA-AAA-TATA---AA------GAAGTATT----ACAT-ATTTTGAAT-GGTTTGATGATTCA------A-TTTTT----AG--TGATTTAACTTTTATAGCGCAT-
gi|18282 : TTGTTTGTCAA-T--TT--AA-AT--TAT------------TATTTATTTGTAAAAT-GTTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGTAC-GA-TTTTT-ACCAGGGAAACC--ACTTTT-TAGCACTT-CA-T-T-GCTAA--T--ATGC--GT--CATACGGCTAA---AC-GGTTA------G-TGCAATTAAAATGCTAGTCG-C--TCGAGAATCTCGGTTCAACAAGCAAATTTTAA-TTATGA-AA-----C--G-TAGAAGTGCGTTTGAATAGGGTAAA---GTATACTGTca
gi|18283 : TTATTTGTAGAATG-TT--AA-AAA-TATA---AA------GATTTATT----GAAT-ATTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGTTT-GA-TTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTAATGCGCAT-
gi|18284 : TTATTTGTAAAACG-TT--AA-AAA-TATC---AA------GATATATG----GAAT-ATTTGGATC-AGTTTGTTGATTTA-----GA-TTTTT-CCCAG--AAACT--ACTTTTATAGCACAT-c
gi|18285 : TATTTGTTAAATG-TC--GA-AAA-CTTA---AA------GATGTATT----AAAT-ATTTTGAAC-AGTTTGACGATTTACTTTGGA-TTTTT-ACCAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-GCTGA--T--AAGC--GT--CATTCGG---AT---------------------AATTCGAACACTAGTCG-G--TTAAATCACTTGGTTCAGCGAACGAATTTTAA-GGATCC-GA-----C--G-TATAAATGCATTAGTATATGGTTCA---GTATAta
gi|18286 : TATTTGTAAAATG-TC--AC-AAT-TATA---AA------GATGTACT----GAAT-ATTTAGAAC-AGTTTA--------------A-CTTTA-ATCAG--GAGCT--ATTGTTATAGCGCGTCAA-T-T-GCTGA--T--ATGC--GT--CATTTAGCT--TAAA--GGTAA------G-TTCAGTTGTAATACTAGTCA-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCTGTCGAATTTTAA-TAATAT-AA-----GTCA-TGTAAGTGCGTTAGAATAAAGTTAAACGGTATA
gi|18287 : TATGTGTAAAGTA-TTGTAA-ACA-AAT----------------T-TC----AAAT-GTTTTGATG-A-TTCACTGCTACA--TT-GA-TTTTT-ACCAG--TATCT--ACTTTTGTAGTGTA--G----T-ATTCAATT--ATGG--AT--GAATAAACTGATAAA----TTG------G-----ATTTGAATACTTGTAAAC--TATAGTAACTTTGATCAGAGAGTGAATTTTAA-CGATAA-AACATACA--ATTATAAGGGCATTATAATAAGGTTAA---GCATA
gi|18288 : ATTTGTAAGATG-CT--AA-ATA-TAT-----A------AAGATATC----AGAT-ATTTTGGAC-AGTTTGGAGGTTTAGTTT-GA-TTTTC-ACCAG--AAACT--ATGTTTATAGCGCAC-CA-T-TTGCTGA--TCAATAT--GCAGCATTTATCT--TAA-C-GGTCA------G-ATTATTTTGAACACAAGCCG-T--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAA-ATATAA-AA-----A--G-TATAAGT
gi|18289 : TTTTTAAAATG-----AA-ACA-TATATTAAA------CATGTATT----AAAT-GTTTTGAAC-ATTTTAGCGATTCAGTTT-GG-TTATA-ATAAG--GAACT--ACTTTTACAGTGCAT-
gi|18290 : T-ATTTGGAAC-AGCTTGGCAATTTAGTTC-GA-TTTTTTACTAG--AAACT--ACTTTTATAGTGCAT-CATT-T-GCCGA--T--ATGC--GT--CATTTGGC---TAAAT-GATAA------G--ACAATTT-----------G-C--TCGACCAACTTGGTTCAGCGAGTGAACTTAAATGGA-AA-AA-----C--G-TATAAGTGGGTTAGAATAGGGCAAA---GTATACTGTA
gi|18291 : CT--ACTTTTACAGCGCAT-GA-C-T-GCTGA--T--ATGT--GT--CATTCGGCTAA--AA--GGTTA------G-TTCAGTTTAAACACTAGTCA-T--TCGAGTAACTTGATTCAGCGAGCGAA-TTTAA-TGATAC-AA-----C--A-TATAAGTGCGTTAGAATAGCGTAAA---GTATACTGTA
gi|18293 : GTAACTTGGTTCAACCAACGAATTTTAA-GGATAA-AA-----C--G-TACAAGTGCGTTAGAA
gi|18294 : TCTTGGTTCAGTGAGCACATTTTAA-TGATAA-AA-----C--G-TATACGTTCGTTAGAATATGGTTAA---GTTTACTGTA
gi|18292 : CTTGGTTCAGCTAGCAAATTTTAA-GGATAA-AA-----C--G-TACAAATGTGTTAAAATAGGGTTAA---
Alignments
lowQualScore : 33333
lowQualScore : 1 1 222 33333 1 3 6666 1 11 4 1 1 2 1 444444 222 1 11 11 666 1 3 1 22 3333 1 22222 55 2 7777777 0 1 1 22 1 22 555555 44444 333
lowQualScore : . . ... ..... . . .... . .. . . . . . ...... ... . .. .. ... . . . .. .... . ..... .. . ....... . . . .. . .. ...... ..... ...
lowQualScore : 5 4 555 66666 4 4 4444 4 99 7 5 4 0 4 000000 777 4 99 88 000 6 3 7 33 5555 7 22222 33 7 4444444 7 8 9 66 7 44 000000 33333 777
consensus : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
Reference ( family-602 ) : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18262 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----GAAT-A--ATTCAATC-AGTCTGTCGATTTAGT------TT-A-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-T-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-AGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAGTCG-C--ATGAGTAACTTGGTTCAGCATGCAAATTTTAATGATAA-AA--TG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---ATATACTGTA
gi|18263 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-ACA-TATG---GA-----T-ATATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATG-A-T-T-G-TTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCTAATAAAC-GGTTGG-------TTCAATTTAAACGCTGGTCG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCGAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--AA------T-----ATAAGTGCGCTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18264 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAATAA--TTTAGATC--GTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATATTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-G-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCTGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTTG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAATGATTA-AA--CG------T-----ATAAGTGCAATAGAATAGGGTAAG---GTATA
gi|18265 : TTTGTTTGTAGAATGTGAA-AAAATATA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--ATTCGATC-AGTTTGTCGATTTATT------TT-T-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-A-T-G-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTCG-A--TCGAGTATTTTGGTTCAGCAAGCTAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTTGAATTGAGTTAA---ATTCACTGTA
gi|18266 : TTTATTTGTTAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTT-------------------T-ATCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATA-G-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAACTTAAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACGAGTGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAAAATAGGGTTAA---GTATATTGT
gi|18267 : TTTACTTGTTAAATGTTAA-AAA-TACA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--TTTCGACC-AGTTTGTCGATTTACT------TG-G-ATTTTT-ACCAG--AATCT--ACTCTT-TAGAGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AACTGGTT-G-------TTCAATTTAATCGTTAGTAG-C--TTGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAACGATAA-AA--TG------T-----AAAAGTGTGTTAGAATATGATTAA---GTATACTGTA
gi|18268 : TTGATTTGTAAAATGATTA-AAA-TATA---AATACATGTATGTATT----AAAT-A--TTTTGAGCGAATTTGGCGATTTAGT------TT-G-GTTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATTACACAAC-A-T-T-GGCTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A---AC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACTCTATTCA-T--TTGGGTAACTTGGTTCAGTGTGCAAATTTTAATGCTAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18269 : TCTATTTGTAAAATGTTTA-AAA--ATA---AA-----G-ATAAGTT----GAAT-A--TTTCGATC-ATTTTGTCGATTTAGT------TT-T-ATTTTT-ACCGG--AAACT--AATTCCACTGCGCGTC-A-T-T-A-TTT--AT----ATGC-GTTATTCAGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAATTG-C--TCTAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTCAATGATA--------------T-----ATAA------TAGAATA
gi|18270 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ACTTATC----AAAC-A--TTTTTACC-AGTTCGGCGATTCAGT------TT-GAAGTTTT-ACAAG--AAACT--ACTTTTACAGCGCATC-A-TAT-G-CTT--AT----ATGC-ATCATTCGGC---TAAAC-GGTAGG-------TTCAGTTTGAACACTGGTAG-C--TAAAGAAATTAGGTTCAGCGAGAAAACCTTAATGATAA-CA--CG------T-----ATAAGTGCG-TAAAAAAGTATTAT---ATATACTGTA
gi|18271 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-CAA-TACA---AA-----G-TAATATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGGCAATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--AATTCTATAGCTAATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GGCATTTGGCT--------GA------------------TGAACACTAGTTG-C--ACCAGTAAGTCGGTTCAGCGAGCAAATTTTAATGATAA-AA--CA------T-----ATAAGTGCACTAGAGTGGACTTAA---GTATATTGTA
gi|18272 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TA-------------------------AAA---------GAAC-AGTTTGGTGATTTAGT------TT-G-CTTTTT-ACCAG--AAACT--TTTTTTATAACGAATC-A-T-TTG-CTG--AT----ATGC-GACATTCGG-----------------------TTCAATATAAACACCAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACAAGTGAATTTTAATGAAAATAA--CG------T-----ATAAATGCGTTAGAATTGGATTAA---GTATACTGTA
gi|18273 : TTCATTTGTAAAATGTTAA-A---TATA---AA-----A-ATATATT----AAAT-A--TTT-GATC-AGTTTGTTGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACAAG--AAACT--A
gi|18274 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-TTTTATT----AGAT-A--TTTGGAAC-AGTTTGGCAACTTTAT------TT-T-TTTTTT-ATGA---AAACT--AATTTTATAGGGCATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTGGC--AC-AAT-GG-TAG-------TTCAATTTGAACACAAGTCA-CCTTCGTGT
gi|18275 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TGTA---AA-----T-ATGTATT----AATT-A--GTTTGAAC-AGTTTGGCAA-TTAAT------TT-A-A-TATT-ATCAG--AAACT--ACTTTTATGGGGCTTC-T-G-T-G-CTGATAT----ATAC-GGCATGCGGCT--T-AAC-GGTAAA-------TTCAGTTTGAACTCT--------------TAACTTTGTTCAGCGAGCAAATTTCAATGGTTA-AA--CG------TTTTTAATAATTGCATc
gi|18276 : TTTATTTGTAAAATGATAA-AC--TATA---AA-----G-ACGTATT----AAAT-A------------GTTT-----------------TT----TTTTT-ACCAC--AAACT--ACGTTTGTAGCGCATC-ATT-T-G-ATA--AT----ATGC-GTCATTCGG---ATAAA---GTT-GTTTTTTTTTCAATTTGAACCTTAGTCG-C--TCAAGAAA--------------CGAA-TTTAATGATTA-AA--T-------T-----ATAAGTACGTTAGAAAAAGGTCAA---GTATACAGTA
gi|18277 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-------------------G-ATATATTT---AAAT-A--G---GAAC-AGTTTGGCACTTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAA--AAAAT--ACTTTAATAGCACATCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGCGGTTATTCAGC---TAAAT-GGTAAGT------TTTAATT
gi|18278 : TTGATTTGTAAAATGTCAACAAA-TATA---AA-----A-ATGCATT----AAAT-A--TTTTAAA--------------TAGT------TT-A-ATTTAT-ATTAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-A-CTG--AT----ATGC-ATAATTCGGCT-Aaaaa
gi|18279 : TTTATTTGTAAAATTTCAA-AAA-TATT---AA-----G-ATACATT----AAAT-A--TTTTGAAA-AGTTTGATGATTTAG-------TT-A-ATTTTT-ATCAA--GTACT--ACATTTATA---------------------------------TCATTCAGC---TGAAC-GGTAAG-------TTCTATTTGAATACTAGTga
gi|18280 : TTTATTTACAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----T-ATGTATA----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTAGCGATTAAGT------TA-T-TTTTTT-ACCAG--AAACT--ACGTTTATAGCGTAGC-A-T-
gi|18281 : TTAATTTGTAAAATGTCAA-AAA-TATA---AA-----G-AAGTATT----ACAT-A--TTTTGAAT-GGTTTGATGATTCA-------------ATTTTT----AG--TGATTTAACTTTTATAGCGCATC-A-
gi|18282 : TTGTTTGTCAA---TTTA-AAT-TAT-----------T-ATTTATTTGTAAAAT-G--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------AC-G-ATTTTT-ACCAGGGAAACC--ACTTTT-TAGCACTTC-A-T-T-G-CTA--AT----ATGC-GTCATACGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TGCAATTAAAATGCTAGTCG-C--TCGAGAATCTCGGTTCAACAAGCAAATTTTAATTATGA-AA--CG------T-----AGAAGTGCGTTTGAATAGGGTAAA---GTATACTGT
gi|18283 : TTATTTGTAGAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATTTATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTAATGCGCATC-
gi|18284 : TTATTTGTAAAACGTTAA-AAA-TATC---AA-----G-ATATATG----GAAT-A--TTTGGATC-AGTTTGTTGATTTA-----------G-ATTTTT-CCCAG--AAACT--ACTTTTATAGCACATT-A-
gi|18285 : TATTTGTTAAATGTCGA-AAA-CTTA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGACGATTTACT------TTGG-ATTTTT-ACCAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGG---AT---------------------AATTCGAACACTAGTCG-G--TTAAATCACTTGGTTCAGCGAACGAATTTTAAGGATCC-GA--CG------T-----ATAAATGCATTAGTATATGGTTCA---GTATA
gi|18286 : TATTTGTAAAATGTCAC-AAT-TATA---AA-----G-ATGTACT----GAAT-A--TTTAGAAC-AGTTTAAC--TTTA--------------------ATCAG--GAGCT--ATTGTTATAGCGCGTCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTAGCT--TAAA--GGTAAG-------TTCAGTTGTAATACTAGTCA-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCTGTCGAATTTTAATAATAT-AAGTCA------T-----GTAAGTGCGTTAGAATAAAGTTAAACGGTATA
gi|18287 : -TGTA---AA-----G----TATTGT--AAAC-AAATTTCAAAT-GTTTTGATGATTCACTGCTACATT-G-ATTTTT-ACCAG--TATCT--ACTTTTGTAGTGTAGT-A-T-T---CAA--TT----ATGG-ATGA--------ATAAACTGATAAA-------TTGGATTTGAATACTTGTAAAC--TATAGTAACTTTGATCAGAGAGTGAATTTTAACGATAA-AA--CATACAATT-----ATAAGGGCATTATAATAAGGTTAA---GCATA
gi|18288 : tatgATTTGTAAGATGCTAA-ATA-TATA---AA-----G-AT--ATC----AGAT-A--TTTTGGAC-AGTTTGGAGGTTTAGT------TT-G-ATTTTC-ACCAG--AAACT--ATGTTTATAGCGCACC-A-T-TTG-CTG--ATCAATATGC-AGCATTTATCT--TAA-C-GGTCAG-------ATTATTTTGAACACAAGCCG-T--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAAATATAA-AA--AG------T-----ATAAGT
gi|18289 : TTTTTAAAATG--AA-ACA-TATATTAAA-----C-ATGTATT----AAAT-G--TTTTGAAC-ATTTTAGCGATTCAGT------TT-G-GTTATA-ATAAG--GAACT--ACTTTTACAGTGCAT
gi|18290 : T-A--TTTGGAAC-AGCTTGGCAATTTAGT------TC-G-ATTTTTTACTAG--AAACT--ACTTTTATAGTGCATC-ATT-T-G-CCG--AT----ATGC-GTCATTTGGC---TAAAT-GATAAG--------ACAATTT-----------G-C--TCGACCAACTTGGTTCAGCGAGTGAACTTAAATGGAAA-AA--CG------T-----ATAAGTGGGTTAGAATAGGGCAAA---GTATACTGTA
gi|18291 : CT--ACTTTTACAGCGCATG-A-C-T-G-CTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCT-A-AAA--GGTTAG-------TTCAGTTTAAACACTAGTCA-T--TCGAGTAACTTGATTCAGCGAGCGAA-TTTAATGATAC-AA--CA------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGCGTAAA---GTATACTGTA
gi|18292 : GTGACTTGGTTCAGCTAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAATGTGTTAAAATAGGGTTAA---
gi|18293 : ctagccatGTAACTTGGTTCAACCAACGAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTAGAA
gi|18294 : CTTGGTTCAGTGAGCACATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATACGTTCGTTAGAATATGGTTAA---GTTTACTGTA
Alignments
lowQualScore : 33333
lowQualScore : 1 1 222 33333 1 3 6666 1 11 4 1 1 2 1 444444 222 1 11 11 666 1 3 1 22 3333 1 22222 55 2 7777777 0 1 1 22 1 22 555555 44444 333
lowQualScore : . . ... ..... . . .... . .. . . . . . ...... ... . .. .. ... . . . .. .... . ..... .. . ....... . . . .. . .. ...... ..... ...
lowQualScore : 5 4 555 66666 4 4 4444 4 99 7 5 4 0 4 000000 777 4 99 88 000 6 3 7 33 5555 7 22222 33 7 4444444 7 8 9 66 7 44 000000 33333 777
consensus : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
Reference ( family-602 ) : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18262 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----GAAT-A--ATTCAATC-AGTCTGTCGATTTAGT------TT-A-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-T-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-AGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAGTCG-C--ATGAGTAACTTGGTTCAGCATGCAAATTTTAATGATAA-AA--TG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---ATATACTGTA
gi|18263 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-ACA-TATG---GA-----T-ATATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATG-A-T-T-G-TTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCTAATAAAC-GGTTGG-------TTCAATTTAAACGCTGGTCG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCGAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--AA------T-----ATAAGTGCGCTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18264 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAATAA--TTTAGATC--GTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATATTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-G-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCTGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTTG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAATGATTA-AA--CG------T-----ATAAGTGCAATAGAATAGGGTAAG---GTATA
gi|18265 : TTTGTTTGTAGAATGTGAA-AAAATATA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--ATTCGATC-AGTTTGTCGATTTATT------TT-T-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-A-T-G-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTCG-A--TCGAGTATTTTGGTTCAGCAAGCTAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTTGAATTGAGTTAA---ATTCACTGTA
gi|18266 : TTTATTTGTTAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTT-------------------T-ATCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATA-G-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAACTTAAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACGAGTGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAAAATAGGGTTAA---GTATATTGT
gi|18267 : TTTACTTGTTAAATGTTAA-AAA-TACA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--TTTCGACC-AGTTTGTCGATTTACT------TG-G-ATTTTT-ACCAG--AATCT--ACTCTT-TAGAGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AACTGGTT-G-------TTCAATTTAATCGTTAGTAG-C--TTGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAACGATAA-AA--TG------T-----AAAAGTGTGTTAGAATATGATTAA---GTATACTGTA
gi|18268 : TTGATTTGTAAAATGATTA-AAA-TATA---AATACATGTATGTATT----AAAT-A--TTTTGAGCGAATTTGGCGATTTAGT------TT-G-GTTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATTACACAAC-A-T-T-GGCTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A---AC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACTCTATTCA-T--TTGGGTAACTTGGTTCAGTGTGCAAATTTTAATGCTAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18269 : TCTATTTGTAAAATGTTTA-AAA--ATA---AA-----G-ATAAGTT----GAAT-A--TTTCGATC-ATTTTGTCGATTTAGT------TT-T-ATTTTT-ACCGG--AAACT--AATTCCACTGCGCGTC-A-T-T-A-TTT--AT----ATGC-GTTATTCAGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAATTG-C--TCTAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTCAATGATA--------------T-----ATAA------TAGAATA
gi|18270 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ACTTATC----AAAC-A--TTTTTACC-AGTTCGGCGATTCAGT------TT-GAAGTTTT-ACAAG--AAACT--ACTTTTACAGCGCATC-A-TAT-G-CTT--AT----ATGC-ATCATTCGGC---TAAAC-GGTAGG-------TTCAGTTTGAACACTGGTAG-C--TAAAGAAATTAGGTTCAGCGAGAAAACCTTAATGATAA-CA--CG------T-----ATAAGTGCG-TAAAAAAGTATTAT---ATATACTGTA
gi|18271 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-CAA-TACA---AA-----G-TAATATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGGCAATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--AATTCTATAGCTAATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GGCATTTGGCT--------GA------------------TGAACACTAGTTG-C--ACCAGTAAGTCGGTTCAGCGAGCAAATTTTAATGATAA-AA--CA------T-----ATAAGTGCACTAGAGTGGACTTAA---GTATATTGTA
gi|18272 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TA-------------------------AAA---------GAAC-AGTTTGGTGATTTAGT------TT-G-CTTTTT-ACCAG--AAACT--TTTTTTATAACGAATC-A-T-TTG-CTG--AT----ATGC-GACATTCGG-----------------------TTCAATATAAACACCAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACAAGTGAATTTTAATGAAAATAA--CG------T-----ATAAATGCGTTAGAATTGGATTAA---GTATACTGTA
gi|18273 : TTCATTTGTAAAATGTTAA-A---TATA---AA-----A-ATATATT----AAAT-A--TTT-GATC-AGTTTGTTGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACAAG--AAACT--A
gi|18274 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-TTTTATT----AGAT-A--TTTGGAAC-AGTTTGGCAACTTTAT------TT-T-TTTTTT-ATGA---AAACT--AATTTTATAGGGCATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTGGC--AC-AAT-GG-TAG-------TTCAATTTGAACACAAGTCA-CCTTCGTGT
gi|18275 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TGTA---AA-----T-ATGTATT----AATT-A--GTTTGAAC-AGTTTGGCAA-TTAAT------TT-A-A-TATT-ATCAG--AAACT--ACTTTTATGGGGCTTC-T-G-T-G-CTGATAT----ATAC-GGCATGCGGCT--T-AAC-GGTAAA-------TTCAGTTTGAACTCT--------------TAACTTTGTTCAGCGAGCAAATTTCAATGGTTA-AA--CG------TTTTTAATAATTGCATc
gi|18276 : TTTATTTGTAAAATGATAA-AC--TATA---AA-----G-ACGTATT----AAAT-A------------GTTT-----------------TT----TTTTT-ACCAC--AAACT--ACGTTTGTAGCGCATC-ATT-T-G-ATA--AT----ATGC-GTCATTCGG---ATAAA---GTT-GTTTTTTTTTCAATTTGAACCTTAGTCG-C--TCAAGAAA--------------CGAA-TTTAATGATTA-AA--T-------T-----ATAAGTACGTTAGAAAAAGGTCAA---GTATACAGTA
gi|18277 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-------------------G-ATATATTT---AAAT-A--G---GAAC-AGTTTGGCACTTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAA--AAAAT--ACTTTAATAGCACATCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGCGGTTATTCAGC---TAAAT-GGTAAGT------TTTAATT
gi|18278 : TTGATTTGTAAAATGTCAACAAA-TATA---AA-----A-ATGCATT----AAAT-A--TTTTAAA--------------TAGT------TT-A-ATTTAT-ATTAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-A-CTG--AT----ATGC-ATAATTCGGCT-Aaaaa
gi|18279 : TTTATTTGTAAAATTTCAA-AAA-TATT---AA-----G-ATACATT----AAAT-A--TTTTGAAA-AGTTTGATGATTTAG-------TT-A-ATTTTT-ATCAA--GTACT--ACATTTATA---------------------------------TCATTCAGC---TGAAC-GGTAAG-------TTCTATTTGAATACTAGTga
gi|18280 : TTTATTTACAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----T-ATGTATA----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTAGCGATTAAGT------TA-T-TTTTTT-ACCAG--AAACT--ACGTTTATAGCGTAGC-A-T-
gi|18281 : TTAATTTGTAAAATGTCAA-AAA-TATA---AA-----G-AAGTATT----ACAT-A--TTTTGAAT-GGTTTGATGATTCA-------------ATTTTT----AG--TGATTTAACTTTTATAGCGCATC-A-
gi|18282 : TTGTTTGTCAA---TTTA-AAT-TAT-----------T-ATTTATTTGTAAAAT-G--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------AC-G-ATTTTT-ACCAGGGAAACC--ACTTTT-TAGCACTTC-A-T-T-G-CTA--AT----ATGC-GTCATACGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TGCAATTAAAATGCTAGTCG-C--TCGAGAATCTCGGTTCAACAAGCAAATTTTAATTATGA-AA--CG------T-----AGAAGTGCGTTTGAATAGGGTAAA---GTATACTGT
gi|18283 : TTATTTGTAGAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATTTATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTAATGCGCATC-
gi|18284 : TTATTTGTAAAACGTTAA-AAA-TATC---AA-----G-ATATATG----GAAT-A--TTTGGATC-AGTTTGTTGATTTA-----------G-ATTTTT-CCCAG--AAACT--ACTTTTATAGCACATT-A-
gi|18285 : TATTTGTTAAATGTCGA-AAA-CTTA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGACGATTTACT------TTGG-ATTTTT-ACCAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGG---AT---------------------AATTCGAACACTAGTCG-G--TTAAATCACTTGGTTCAGCGAACGAATTTTAAGGATCC-GA--CG------T-----ATAAATGCATTAGTATATGGTTCA---GTATA
gi|18286 : TATTTGTAAAATGTCAC-AAT-TATA---AA-----G-ATGTACT----GAAT-A--TTTAGAAC-AGTTTAAC--TTTA--------------------ATCAG--GAGCT--ATTGTTATAGCGCGTCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTAGCT--TAAA--GGTAAG-------TTCAGTTGTAATACTAGTCA-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCTGTCGAATTTTAATAATAT-AAGTCA------T-----GTAAGTGCGTTAGAATAAAGTTAAACGGTATA
gi|18287 : -TGTA---AA-----G----TATTGT--AAAC-AAATTTCAAAT-GTTTTGATGATTCACTGCTACATT-G-ATTTTT-ACCAG--TATCT--ACTTTTGTAGTGTAGT-A-T-T---CAA--TT----ATGG-ATGA--------ATAAACTGATAAA-------TTGGATTTGAATACTTGTAAAC--TATAGTAACTTTGATCAGAGAGTGAATTTTAACGATAA-AA--CATACAATT-----ATAAGGGCATTATAATAAGGTTAA---GCATA
gi|18288 : tatgATTTGTAAGATGCTAA-ATA-TATA---AA-----G-AT--ATC----AGAT-A--TTTTGGAC-AGTTTGGAGGTTTAGT------TT-G-ATTTTC-ACCAG--AAACT--ATGTTTATAGCGCACC-A-T-TTG-CTG--ATCAATATGC-AGCATTTATCT--TAA-C-GGTCAG-------ATTATTTTGAACACAAGCCG-T--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAAATATAA-AA--AG------T-----ATAAGT
gi|18289 : TTTTTAAAATG--AA-ACA-TATATTAAA-----C-ATGTATT----AAAT-G--TTTTGAAC-ATTTTAGCGATTCAGT------TT-G-GTTATA-ATAAG--GAACT--ACTTTTACAGTGCAT
gi|18290 : T-A--TTTGGAAC-AGCTTGGCAATTTAGT------TC-G-ATTTTTTACTAG--AAACT--ACTTTTATAGTGCATC-ATT-T-G-CCG--AT----ATGC-GTCATTTGGC---TAAAT-GATAAG--------ACAATTT-----------G-C--TCGACCAACTTGGTTCAGCGAGTGAACTTAAATGGAAA-AA--CG------T-----ATAAGTGGGTTAGAATAGGGCAAA---GTATACTGTA
gi|18291 : CT--ACTTTTACAGCGCATG-A-C-T-G-CTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCT-A-AAA--GGTTAG-------TTCAGTTTAAACACTAGTCA-T--TCGAGTAACTTGATTCAGCGAGCGAA-TTTAATGATAC-AA--CA------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGCGTAAA---GTATACTGTA
gi|18292 : GTGACTTGGTTCAGCTAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAATGTGTTAAAATAGGGTTAA---
gi|18293 : ctagccatGTAACTTGGTTCAACCAACGAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTAGAA
gi|18294 : CTTGGTTCAGTGAGCACATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATACGTTCGTTAGAATATGGTTAA---GTTTACTGTA
blockSeqs : C A TTA TACAT T A TGTA A AA C T G T G GCTACA GA T GG TA AT A T G AT CAAT G TAATA CT T TTTTTTT G A CT T GT TACAAT TTTTA ACG
blockSeqs : . . . . . A GT . . A T . T G . GG . . . AT . T . . . . ATA CT T T G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T . . C T . T T . G . . . AT . . . . . . TTA C T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C T . T C . G . . . AA . . . . . . ATA C T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C C . T G . T . . . AA . . . . . . TTA C T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T G . G G . G . . . AA . . . . . . TAA C T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C T . T G . G . . . AA . . . . . . TA C T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . T C . G G . T . . . AT . . . . . . TA C A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . T A . G G . G . . . A . . . . . . TA C T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G A . G G . G . . . A . . . . . . TA T A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . T T . T A . G . . . A . . . . . . TA C T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T A . G A . T . . . G . . . . . . TA T A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T A . G G . A . . . A . . . . . . TA C A . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . T A . G G . G . . . A . . . . . . AC C T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T A . A G . A . . . A . . . . . . TT C A . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C A . G G . A . . . A . . . . . . TA T A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . C A . A G . T . . . A . . . . . . TG . C . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . G A . T G . G . . . T . . . . . . TA . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . T T . T C . G . . . A . . . . . . AT . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . A T . T C . G . . . A . . . . . . TA . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C T . A G . G . . . A . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T A . A G . G . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T A . A G . G . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . G A . G . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . G . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
finalCons : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
Alignments
lowQualScore : 33333
lowQualScore : 1 1 222 33333 1 3 6666 1 11 4 1 1 2 1 444444 222 1 11 11 666 1 3 1 22 3333 1 22222 55 2 7777777 0 1 1 22 1 22 555555 44444 333
lowQualScore : . . ... ..... . . .... . .. . . . . . ...... ... . .. .. ... . . . .. .... . ..... .. . ....... . . . .. . .. ...... ..... ...
lowQualScore : 5 4 555 66666 4 4 4444 4 99 7 5 4 0 4 000000 777 4 99 88 000 6 3 7 33 5555 7 22222 33 7 4444444 7 8 9 66 7 44 000000 33333 777
consensus : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
Reference ( family-602 ) : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTCGANC-AGTTTGNCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-ATAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18262 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATGTATT----GAAT-A--ATTCAATC-AGTCTGTCGATTTAGT------TT-A-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-T-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-AGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAGTCG-C--ATGAGTAACTTGGTTCAGCATGCAAATTTTAATGATAA-AA--TG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---ATATACTGTA
gi|18263 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-ACA-TATG---GA-----T-ATATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATG-A-T-T-G-TTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCTAATAAAC-GGTTGG-------TTCAATTTAAACGCTGGTCG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCGAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--AA------T-----ATAAGTGCGCTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18264 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAATAA--TTTAGATC--GTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATATTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATC-A-G-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCTGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTTG-C--TCGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAATGATTA-AA--CG------T-----ATAAGTGCAATAGAATAGGGTAAG---GTATA
gi|18265 : TTTGTTTGTAGAATGTGAA-AAAATATA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--ATTCGATC-AGTTTGTCGATTTATT------TT-T-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTT-TAGCGCATC-A-T-G-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTTGTCG-A--TCGAGTATTTTGGTTCAGCAAGCTAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTTGAATTGAGTTAA---ATTCACTGTA
gi|18266 : TTTATTTGTTAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-AAATATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTT-------------------T-ATCAG--AAACT--ACTTTTATAGCGCATA-G-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TTCAACTTAAACGCTAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACGAGTGAATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCGTTAAAATAGGGTTAA---GTATATTGT
gi|18267 : TTTACTTGTTAAATGTTAA-AAA-TACA---AA-----G-ATATATT----GAAT-A--TTTCGACC-AGTTTGTCGATTTACT------TG-G-ATTTTT-ACCAG--AATCT--ACTCTT-TAGAGCATC-A-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A--AACTGGTT-G-------TTCAATTTAATCGTTAGTAG-C--TTGAGTATCTTGGTTCAGCAAGCGAATTTTAACGATAA-AA--TG------T-----AAAAGTGTGTTAGAATATGATTAA---GTATACTGTA
gi|18268 : TTGATTTGTAAAATGATTA-AAA-TATA---AATACATGTATGTATT----AAAT-A--TTTTGAGCGAATTTGGCGATTTAGT------TT-G-GTTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTATTACACAAC-A-T-T-GGCTG--AT----ATGC-GTCATTCGGCT-A---AC-GGTTAG-------TTCAATTTGAACTCTATTCA-T--TTGGGTAACTTGGTTCAGTGTGCAAATTTTAATGCTAA-AA--CG------T-----ATAAGTGCATTAGAATAGGGTTAA---GTATACTGTA
gi|18269 : TCTATTTGTAAAATGTTTA-AAA--ATA---AA-----G-ATAAGTT----GAAT-A--TTTCGATC-ATTTTGTCGATTTAGT------TT-T-ATTTTT-ACCGG--AAACT--AATTCCACTGCGCGTC-A-T-T-A-TTT--AT----ATGC-GTTATTCAGC---TAAAC-GGTTAG-------TTCAATTTAAACGCTAATTG-C--TCTAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTCAATGATA--------------T-----ATAA------TAGAATA
gi|18270 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ACTTATC----AAAC-A--TTTTTACC-AGTTCGGCGATTCAGT------TT-GAAGTTTT-ACAAG--AAACT--ACTTTTACAGCGCATC-A-TAT-G-CTT--AT----ATGC-ATCATTCGGC---TAAAC-GGTAGG-------TTCAGTTTGAACACTGGTAG-C--TAAAGAAATTAGGTTCAGCGAGAAAACCTTAATGATAA-CA--CG------T-----ATAAGTGCG-TAAAAAAGTATTAT---ATATACTGTA
gi|18271 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-CAA-TACA---AA-----G-TAATATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGGCAATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--AATTCTATAGCTAATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GGCATTTGGCT--------GA------------------TGAACACTAGTTG-C--ACCAGTAAGTCGGTTCAGCGAGCAAATTTTAATGATAA-AA--CA------T-----ATAAGTGCACTAGAGTGGACTTAA---GTATATTGTA
gi|18272 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TA-------------------------AAA---------GAAC-AGTTTGGTGATTTAGT------TT-G-CTTTTT-ACCAG--AAACT--TTTTTTATAACGAATC-A-T-TTG-CTG--AT----ATGC-GACATTCGG-----------------------TTCAATATAAACACCAGTCG-C--TCGAGTAACTTGATTCAACAAGTGAATTTTAATGAAAATAA--CG------T-----ATAAATGCGTTAGAATTGGATTAA---GTATACTGTA
gi|18273 : TTCATTTGTAAAATGTTAA-A---TATA---AA-----A-ATATATT----AAAT-A--TTT-GATC-AGTTTGTTGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACAAG--AAACT--A
gi|18274 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-TTTTATT----AGAT-A--TTTGGAAC-AGTTTGGCAACTTTAT------TT-T-TTTTTT-ATGA---AAACT--AATTTTATAGGGCATC-ATT-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTGGC--AC-AAT-GG-TAG-------TTCAATTTGAACACAAGTCA-CCTTCGTGT
gi|18275 : TTTATTTGTAAAATGTTAA-AAA-TGTA---AA-----T-ATGTATT----AATT-A--GTTTGAAC-AGTTTGGCAA-TTAAT------TT-A-A-TATT-ATCAG--AAACT--ACTTTTATGGGGCTTC-T-G-T-G-CTGATAT----ATAC-GGCATGCGGCT--T-AAC-GGTAAA-------TTCAGTTTGAACTCT--------------TAACTTTGTTCAGCGAGCAAATTTCAATGGTTA-AA--CG------TTTTTAATAATTGCATc
gi|18276 : TTTATTTGTAAAATGATAA-AC--TATA---AA-----G-ACGTATT----AAAT-A------------GTTT-----------------TT----TTTTT-ACCAC--AAACT--ACGTTTGTAGCGCATC-ATT-T-G-ATA--AT----ATGC-GTCATTCGG---ATAAA---GTT-GTTTTTTTTTCAATTTGAACCTTAGTCG-C--TCAAGAAA--------------CGAA-TTTAATGATTA-AA--T-------T-----ATAAGTACGTTAGAAAAAGGTCAA---GTATACAGTA
gi|18277 : TTTATTTGTAAAAAGTTAA-------------------G-ATATATTT---AAAT-A--G---GAAC-AGTTTGGCACTTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAA--AAAAT--ACTTTAATAGCACATCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGCGGTTATTCAGC---TAAAT-GGTAAGT------TTTAATT
gi|18278 : TTGATTTGTAAAATGTCAACAAA-TATA---AA-----A-ATGCATT----AAAT-A--TTTTAAA--------------TAGT------TT-A-ATTTAT-ATTAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-A-CTG--AT----ATGC-ATAATTCGGCT-Aaaaa
gi|18279 : TTTATTTGTAAAATTTCAA-AAA-TATT---AA-----G-ATACATT----AAAT-A--TTTTGAAA-AGTTTGATGATTTAG-------TT-A-ATTTTT-ATCAA--GTACT--ACATTTATA---------------------------------TCATTCAGC---TGAAC-GGTAAG-------TTCTATTTGAATACTAGTga
gi|18280 : TTTATTTACAAAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----T-ATGTATA----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTAGCGATTAAGT------TA-T-TTTTTT-ACCAG--AAACT--ACGTTTATAGCGTAGC-A-T-
gi|18281 : TTAATTTGTAAAATGTCAA-AAA-TATA---AA-----G-AAGTATT----ACAT-A--TTTTGAAT-GGTTTGATGATTCA-------------ATTTTT----AG--TGATTTAACTTTTATAGCGCATC-A-
gi|18282 : TTGTTTGTCAA---TTTA-AAT-TAT-----------T-ATTTATTTGTAAAAT-G--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------AC-G-ATTTTT-ACCAGGGAAACC--ACTTTT-TAGCACTTC-A-T-T-G-CTA--AT----ATGC-GTCATACGGCT-A--AAC-GGTTAG-------TGCAATTAAAATGCTAGTCG-C--TCGAGAATCTCGGTTCAACAAGCAAATTTTAATTATGA-AA--CG------T-----AGAAGTGCGTTTGAATAGGGTAAA---GTATACTGT
gi|18283 : TTATTTGTAGAATGTTAA-AAA-TATA---AA-----G-ATTTATT----GAAT-A--TTTCGATC-AGTTTGTCGATTTAGT------TT-G-ATTTTT-ACCAG--AAACT--ACTTTTAATGCGCATC-
gi|18284 : TTATTTGTAAAACGTTAA-AAA-TATC---AA-----G-ATATATG----GAAT-A--TTTGGATC-AGTTTGTTGATTTA-----------G-ATTTTT-CCCAG--AAACT--ACTTTTATAGCACATT-A-
gi|18285 : TATTTGTTAAATGTCGA-AAA-CTTA---AA-----G-ATGTATT----AAAT-A--TTTTGAAC-AGTTTGACGATTTACT------TTGG-ATTTTT-ACCAG--GAACT--ACTTTTATAGCGCATCAA-T-T-G-CTG--AT----AAGC-GTCATTCGG---AT---------------------AATTCGAACACTAGTCG-G--TTAAATCACTTGGTTCAGCGAACGAATTTTAAGGATCC-GA--CG------T-----ATAAATGCATTAGTATATGGTTCA---GTATA
gi|18286 : TATTTGTAAAATGTCAC-AAT-TATA---AA-----G-ATGTACT----GAAT-A--TTTAGAAC-AGTTTAAC--TTTA--------------------ATCAG--GAGCT--ATTGTTATAGCGCGTCAA-T-T-G-CTG--AT----ATGC-GTCATTTAGCT--TAAA--GGTAAG-------TTCAGTTGTAATACTAGTCA-C--TCGAGTAACTTGGTTCAGCTGTCGAATTTTAATAATAT-AAGTCA------T-----GTAAGTGCGTTAGAATAAAGTTAAACGGTATA
gi|18287 : -TGTA---AA-----G----TATTGT--AAAC-AAATTTCAAAT-GTTTTGATGATTCACTGCTACATT-G-ATTTTT-ACCAG--TATCT--ACTTTTGTAGTGTAGT-A-T-T---CAA--TT----ATGG-ATGA--------ATAAACTGATAAA-------TTGGATTTGAATACTTGTAAAC--TATAGTAACTTTGATCAGAGAGTGAATTTTAACGATAA-AA--CATACAATT-----ATAAGGGCATTATAATAAGGTTAA---GCATA
gi|18288 : tatgATTTGTAAGATGCTAA-ATA-TATA---AA-----G-AT--ATC----AGAT-A--TTTTGGAC-AGTTTGGAGGTTTAGT------TT-G-ATTTTC-ACCAG--AAACT--ATGTTTATAGCGCACC-A-T-TTG-CTG--ATCAATATGC-AGCATTTATCT--TAA-C-GGTCAG-------ATTATTTTGAACACAAGCCG-T--TCGAGTAACTTGGTTCAGCGAGCGAATTTTAAATATAA-AA--AG------T-----ATAAGT
gi|18289 : TTTTTAAAATG--AA-ACA-TATATTAAA-----C-ATGTATT----AAAT-G--TTTTGAAC-ATTTTAGCGATTCAGT------TT-G-GTTATA-ATAAG--GAACT--ACTTTTACAGTGCAT
gi|18290 : T-A--TTTGGAAC-AGCTTGGCAATTTAGT------TC-G-ATTTTTTACTAG--AAACT--ACTTTTATAGTGCATC-ATT-T-G-CCG--AT----ATGC-GTCATTTGGC---TAAAT-GATAAG--------ACAATTT-----------G-C--TCGACCAACTTGGTTCAGCGAGTGAACTTAAATGGAAA-AA--CG------T-----ATAAGTGGGTTAGAATAGGGCAAA---GTATACTGTA
gi|18291 : CT--ACTTTTACAGCGCATG-A-C-T-G-CTG--AT----ATGT-GTCATTCGGCT-A-AAA--GGTTAG-------TTCAGTTTAAACACTAGTCA-T--TCGAGTAACTTGATTCAGCGAGCGAA-TTTAATGATAC-AA--CA------T-----ATAAGTGCGTTAGAATAGCGTAAA---GTATACTGTA
gi|18292 : GTGACTTGGTTCAGCTAGCAAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAATGTGTTAAAATAGGGTTAA---
gi|18293 : ctagccatGTAACTTGGTTCAACCAACGAATTTTAAGGATAA-AA--CG------T-----ACAAGTGCGTTAGAA
gi|18294 : CTTGGTTCAGTGAGCACATTTTAATGATAA-AA--CG------T-----ATACGTTCGTTAGAATATGGTTAA---GTTTACTGTA