lowQualScore : 1 111111111111 11
lowQualScore : 0 5 3 3 0 55 4 1 5 333333333333 1 11 1 77 888 444 2222 88888 11 1 11 666666666 5 11 5 1 55 222 3 0 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . ............ . .. . .. ... ... .... ..... .. . .. ......... . .. . . .. ... . . .
lowQualScore : 9 0 6 5 3 44 0 7 9 000000000000 4 99 4 66 888 444 7777 66666 77 2 77 777777777 7 88 3 3 22 666 0 8 2
consensus : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAACGGTTNGAGNTAGC-CATAT-A-G--------TT-TAAG-AA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------TATATGA--ANATGAAC-CCANTG---CACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Reference ( gi|21308 ) : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTATGGCTCTACTGACTAAACGGTTGGAGTTAGC-CATAT-A-G--------TT-TAAA-AA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--CCCT--ACA-A--CA---------TATGTGA--AAATGAAC-CCATCG---CACGTGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21309 : TTTTGGCTCTCTGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TAATGGCTCTACTGGCTAAACGATTTGAGTAAGC-CATAT-A-G--------TT-TAAA-GA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--CCCT--ACA-A--CA---------TATATGA--AGATGAAC-CCATCG---CACATGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21310 : TTTTGGCCCTCAAGCTGACCGCATCTGAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAACAGTTGGAGTTAGC-CATAT-A-C--------TT-TAAA-GA-CAAAAGTTACTAAG-AA---T---TAAA----TT--CCCT--ACA-A--CA---------TATATG---AGATGAAC-CCATCG---CACGTGGCTCTCAGAATAGCGCACGTG
gi|21312 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTTAGGCTCTAGCGGCTGAACGGGTTGAGTTAGC-CATAT-A-G--------TT-GAAA-AAATAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--CCCT--ACA-G--CA---------TATATGA--AGATGAAC-CCATTG---CGCGTGGCTCTCAGAATCGCGCACGTG
gi|21313 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACTGTATCTGAGTTGGGG-TTAAAGCTCTAATGGCTAAATGGTTTAAGTTAGT-CATAT-A-G--------TT-TATA-GA-CAAAAGTTGCTCGG-AA---T---TAAA----TT--CCCT------A--CA---------TGTATGA--AGATGAAC-CCATTG---CAATTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21311 : TTTTGGACCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAACGGTTGGTGTTATC-CATAA-A-C--------TT-TAAA-GA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------CATATGT--AGATGAAC-CCAT-G---TACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21315 : TTTTGACCC-CCGACTGACCGTATGTGAGTTGGCG-TTAAAGCTGTAATGGCTTAACGATTTGATATAGC-CATAT-A-G--------TT-TAGA-CA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--CGCT--ACA-ATTTAAT-------TATATGA--TGATGAAG-TCAATG---CACGTGGTTCTCAGAATGGCGCATG
gi|21316 : TTTTGGCCGACAAGCTGACCATATGTGAGTTAGGG-TTAAGGTAATACTGGCTAAACGGTTTGAGTTAGC-TACAT-A-G--------TT-CGAC-AA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------T--------AAATGAA------TG---CACGTGGTTCTCAAAATGACGCTCGTG
gi|21314 : TTTTGGCTCTCCGGTTCACCATAAGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAACTGTTTGAGATAGC-CATAT-C-A--------TT-T-CA-CA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------TATACCA--ACATGACC-CCAGTG---CACTTGGCTCTTA
gi|21317 : TTTTTGCCCGCCGGCTGACTG-ATGTGAGTTGGAA-TTACGGCTCTACTGGCTAAACGGTTTGAGTTAGC-CATAT-A-G--------
gi|21318 : TTGGCCCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGGGTTAAGGTTCTGTTGGTTTAACGGTTTGAGATAGC-CAAAT-A-G--------TT-TCAA-CA-CAAAAATTGGTCAG-TA---T---TAAA----TT--TTCT--ACA-T--CA---------TATATCA--ACATTACC-CAAATG---CACGTGGCTCTCA
gi|21319 : TGGGA-TT-----TTTTCTAACTTAACGGTTAGCGTTAGC-CA-AT-A-A--------TT-TCTA-TA-CAAAAGTTGCTAAG-GAGGGT---T-------TG--CTCT--ACA-T--CA---------TGTTAGA--AGATGAAC-TCAGTG---CACGTGCTTCTCAGAATCGTGCACGTG
gi|21323 : CTGACTTAACGGTTAACGTTAGCTCA-AG-A-A--------TT-TCTA-TA-CAAAAGTTGCTCAG-GAGGGT---T-------TG--CTCT--ACA-A--CA---------TGTTAGA--AGATGAAC-TCAGTG---CACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21328 : CTGACTTAACGGTTAACGTTAGC-CAAAG-A-A--------TT-TCTA-T--TAAAAGTTGCTCAGTAG---T---T-------TTTGCTCT--ACA-A--CA---------TGTTAGA--AGATGAAC-TCAGTG---CACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21321 : CTGACTGAACGGAGACAGATAGC-T-TAT-C-A--------TTCTAAA-AA-CAAATGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--TTCT--ACA-A--CA---------TATATCA--ACATGATT-CTATTG---CACG-GGCCCT
gi|21320 : CTGACTGAATGGAGACAGATAGC-T-TATCA-C--------TC-TAAG-AA-CAAATGTAACTTAA-AA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------TATATCA--ACATAATT-GTACTG---CACGTGTCCCTCA
gi|21326 : CTGACTAAACAAAGGCAGATAGC-T-TATCA-C--------TT-TAAG-AA-CAAA-TTTGCACGG-AA---T---GAAA----TT--TTCT--ACA-C--TA---------TATTTGA--ACATGACC-CAAATG---CACGTGCCTCTCA
gi|21322 : CTGGCGAAATGGTGGTAGACAAC-T-TAT-TTG--------TT-AAAG-GA-CAAAAGTTGCTTAG-AATCGT---TAAA----T-----CT--ACA-A--CA---------TATGTGA--AAATAAAC-CCA
gi|21325 : CTGGCGAAACGGTGGTAGATAGC-T-TAT-T-T--------CT-TAAAGAA-CAAAAGTTGCTTAG-AATGGT---CAGA----T-----CT--ACA-A--CA---------TTTGTGA--AAA--AAT-CCA
gi|21324 : CTGAATAAACGCTGACAGCTAGC-T---T-A-ACTT-----TT-TAAG-AA-TAAAA-TTGCTTAG-AA---T---TGGT----TT--CTCT--AAA-A--CA---------TATATGA--ACATCATTTCCAG-G---CACGTGCATTTTATATTCCTGCACGTG
gi|21329 : CTGACTAAACA--------TAAA-CATAT-A-GCGTAACACTC-TAAG-AA-CAAAAGTTGCTGAG-AA---TGGCCAAA----T-----AT--ACA-A--CA---------TATGTG---AAATTAAT-CTAATA---TAAGTGCCTCTC
gi|21327 : CTGGCGCAACGGTGGTAGATAGC-T-TAT-TTG--------TT-TAAG-TA-CCAAAGTTGCTTAG-AA---TCGTTAAA----T-----CT--ACA-A--CA---------TATGTGG--TTATAAAC-CAAT
gi|21330 : CTAAACGGTTAGAATTAGC-CATAC-A-G--------GT-TAAA-CA-CAAATGTGGTTCAG-TA---T-----AG----TT--TCTA--ACATA--CA---------T
gi|21331 : GGAGACAGA-TACATCA-C--------TC-TAAG-AA-CAAATGTTGCTAAG-AA---C---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--TA---------TATATCA--ACATGGTT-TCAATG---CACATGGCTCTCA
gi|21337 : --------TC-TAAG-AA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--TTCT--ACA-A--CA---------TATATGA--AAAAAAAT-CAAT-G---CACGTGCTTCTCA
gi|21334 : --------TC-TAAA-AA-CAAATTTTGCATAT-AA---T---TAAA----TT--TTCT--ACC-A--CA---------TATATAA--ACATGATC-CTATTG---CAATTGCCTCTCA
gi|21332 : --------TC-TAAG-AA-AAATTGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--TTCT--ACA-A--CA---------TATATCA--ACATGACC-CTGATG---CACGTGCTCCTCA
gi|21338 : agacagataggttatcac--------TT-GAAG-AA-CAAA-GTTGCTTAG-AA---T---TAAAAAAGTA--C-----ACA-A--CA---------TATATGA--ATATGAAC-CAAATG---CACGTGCCTC
gi|21333 : --------TC-TAAG-AA-CAAAAGTTGCCGGG-AA---T---AAGG----TG--TTCT--ACA-A--CA---------CATATGG--GGAAAAAT-CAAT-G---CACGTGCCTCTCA
gi|21335 : --------TC-TAAG-AA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--TTTT--ACA-A--TATAATTGTTTTATATGA--AAAAAAAA-ACAATT---CACGTGCCTCTCA
gi|21336 : --------TT-GAAG-AA-CAAAAGTTACTTAT-AA---T---C--A----TT--CAGTACACA-A--TA---------TATATGA--ACATGGA----ATCGATACACGTGCCTCACA
gi|21339 : tAAGAGTTACTCAG-AA---T---CACG----TA--TTCT--ACA-A--CA---------TATATGA--AAATGAAC-TCA
gi|21340 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------T---TGATGAAATAAAC-ACAATG---CACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTGatgc
gi|21341 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--CTCT--ACA-A--CA---------TTTATGA--AA-TAAAC-ACAATG---CACGTGGATCTCAGAATGGCGCACGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 1 3 333 444 1 1 55555 111111111111 1 11 1 1 888 444 2222 22222 11 666666666 5 1 2 1 0
lowQualScore : . . ... ... . . ..... ............ . .. . . ... ... .... ..... .. ......... . . . . .
lowQualScore : 4 3 000 777 0 7 88888 111111111111 3 66 3 2 555 222 6666 22222 77 555555555 9 2 8 0 1
consensus : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGA-ACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Reference ( family-599 ) : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGA-ACCCANTGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21308 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTATGGCTCTACTGACTAAAC---GGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AAA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATGTGAAAATGA-ACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21309 : TTTTGGCTCTCTGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TAATGGCTCTACTGGCTAAAC---GATTTGAGTAAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATGAAGATGA-ACCCATCGCACATGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21310 : TTTTGGCCCTCAAGCTGACCGCATCTGAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---AGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTACTAAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATG-AGATGA-ACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATAGCGCACGTG
gi|21311 : TTTTGGACCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---GGTTGGTGTTATC-C-A---TAA-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------CATATGTAGATGA-ACCCA-TGTACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21312 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTTAGGCTCTAGCGGCTGAAC---GGGTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-GAA-AAAATAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAG--CA---------TATATGAAGATGA-ACCCATTGCGCGTGGCTCTCAGAATCGCGCACGTG
gi|21313 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACTGTATCTGAGTTGGGG-TTAAAGCTCTAATGGCTAAAT---GGTTTAAGTTAGT-C-A---TAT-A-G--------TT-TAT-AGA-CAAAAGTTGCTCGG-AA---T---TAAA----TT--C--CCT---A--CA---------TGTATGAAGATGA-ACCCATTGCAATTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21314 : TTTTGGCTCTCCGGTTCACCATAAGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---TGTTTGAGATAGC-C-A---TAT-C-A--------TT-TCA--CA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATACCAACATGA-CCCCAGTGCACTTGGCTCTTA
gi|21315 : TTTTGACCC-CCGACTGACCGTATGTGAGTTGGCG-TTAAAGCTGTAATGGCTTAAC---GATTTGATATAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAG-ACA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--GCTACAATTTAAT-------TATATGATGATGA-AGTCAATGCACGTGGTTCTCAGAATGGCGCATG
gi|21316 : TTTTGGCCGACAAGCTGACCATATGTGAGTTAGGG-TTAAGGTAATACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-T-A---CAT-A-G--------TT-CGA-CAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TAAATGAA------------TGCACGTGGTTCTCAAAATGACGCTCGTG
gi|21317 : TTTTTGCCCGCCGGCTGACTG-ATGTGAGTTGGAA-TTACGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------
gi|21318 : TTGGCCCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGGGTTAAGGTTCTGTTGGTTTAAC---GGTTTGAGATAGC-C-A---AAT-A-G--------TT-TCA-ACA-CAAAAATTGGTCAG-TA---T---TAAA----TT--T--TCTACAT--CA---------TATATCAACATTA-CCCAAATGCACGTGGCTCTCA
gi|21319 : TGGGA-TT-----TTTTCTAACTTAAC---GGTTAGCGTTAGC-C-A----AT-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTAAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAT--CA---------TGTTAGAAGATGA-ACTCAGTGCACGTGCTTCTCAGAATCGTGCACGTG
gi|21320 : CTGACTGAAT---GGAGACAGATAGC-T-----TATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTAACTTAA-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATCAACATAA-TTGTACTGCACGTGTCCCTCA
gi|21321 : CTGACTGAAC---GGAGACAGATAGC-T-----TAT-C-A--------TTCTAA-AAA-CAAATGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGA-TTCTATTGCACG-GGCCCT
gi|21322 : CTGGCGAAAT---GGT----GGTAGA-C-AACTTAT-TTG--------TT-AAA-GGA-CAAAAGTTGCTTAG-AATCGT---TAAA-----------TCTACAA--CA---------TATGTGAAAATAA-ACCCA
gi|21323 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGCTC-A----AG-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTCAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGA-ACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21324 : CTGAATAAAC---GCTGACAGCTAGC-T-------T-A-ACTT-----TT-TAA-GAA-TAAAA-TTGCTTAG-AA---T---TGGT----TT--C--TCTAAAA--CA---------TATATGAACATCATTTCCAG-GCACGTGCATTTTATATTCCTGCACGTG
gi|21325 : CTGGCGAAAC---GGTGGTAGATAGC-T-----TAT-T-T--------CT-TAAAGAA-CAAAAGTTGCTTAG-AATGGT---CAGA-----------TCTACAA--CA---------TTTGTGAAAA--A-ATCCA
gi|21326 : CTGACTAAACAAAGGC---AGATAGC-T-----TATCA-C--------TT-TAA-GAA-CAAA-TTTGCACGG-AA---T---GAAA----TT--T--TCTACAC--TA---------TATTTGAACATGA-CCCAAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21327 : CTGGCGCAAC---GGTGGTAGATAGC-TTA---TTT---G--------TT-TAA-GTA-CCAAAGTTGCTTAG-AA---TCGTTAAA----T-------CTACAA--CA---------TATGTGGTTATAA-ACC
gi|21328 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGC-C-A---AAG-A-A--------TT-TC--TAT-TAAAAGTTGCTCAGTAG---T---T-------TTTGC--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGA-ACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTGaat
gi|21329 : CTGACTAAAC-----------ATAAA-C-A---TAT-A-GCGTAACACTC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTGAG-AA---TGGCCAAA-----------TATACAA--CA---------TATGTGAA-ATTA-ATCTAATATAAGTGCCTCTC
gi|21330 : CTAAAC---GGTTAGAATTAGC-C-A---TAC-A-G--------GT-TAA-ACA-CAAATGTGGTTCAG-TA---T-----AG----TT-----TCT--AA--CA---------TACAT
gi|21331 : GAGACAGA-T-A---CATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTTGCTAAG-AA---C---TAAA----TT--C--TCTACAA--TA---------TATATCAACATGG-TTTCAATGCACATGGCTCTCA
gi|21332 : g--------TC-TAA-GAA-AAATTGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGA-CCCTGATGCACGTGCTCCTCA
gi|21333 : agacagataggttatcac--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCCGGG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------CATATGGGGA-AA-AATCAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21334 : --------TC-TAA-AAA-CAAATTTTGCATAT-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACCA--CA---------TATATAAACATGA-TCCTATTGCAATTGCCTCTCA
gi|21335 : --------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TTTACAA--TATAATTGTTTTATATGAAAAAAA-AAACAATTCACGTGCCTCTCA
gi|21336 : --------TT-GAA-GAA-CAAAAGTTACTTAT-AA---T---C--A----TT--CAGTACACAA--TA---------TATATGAACATGG-AATCGATACACGTGCCTCACA
gi|21337 : t--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAA-AA-AATCAATGCACGTGCTTCTCA
gi|21338 : --------TT-GAA-GAA-CAAA-GTTGCTTAG-AA---T---TAAAAAAGTA--C-----ACAA--CA---------TATATGAATATGA-ACCAAATGCACGTGCCTC
gi|21339 : AAGAGTTACTCAG-AA---T---CACG----TA--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAATGA-ACTCAATGC
gi|21340 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTGATGAA-ATAA-ACACAATGCACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21341 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTTATGAA-ATAA-ACACAATGCACGTGGATCTCAGAATGGCGCACGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 1 3 333 444 1 1 55555 111111111111 1 11 1 1 888 444 2222 22222 11 666666666 5 1 0
lowQualScore : . . ... ... . . ..... ............ . .. . . ... ... .... ..... .. ......... . . .
lowQualScore : 4 3 000 777 0 7 88888 111111111111 3 66 3 2 555 222 6666 22222 77 555555555 1 0 1
consensus : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Reference ( family-599 ) : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21308 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTATGGCTCTACTGACTAAAC---GGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AAA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATGTGAAAATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21309 : TTTTGGCTCTCTGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TAATGGCTCTACTGGCTAAAC---GATTTGAGTAAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATGAAGATGAACCCATCGCACATGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21310 : TTTTGGCCCTCAAGCTGACCGCATCTGAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---AGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTACTAAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATG-AGATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATAGCGCACGTG
gi|21311 : TTTTGGACCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---GGTTGGTGTTATC-C-A---TAA-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------CATATGTAGATGAACCC-ATGTACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21312 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTTAGGCTCTAGCGGCTGAAC---GGGTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-GAA-AAAATAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAG--CA---------TATATGAAGATGAACCCATTGCGCGTGGCTCTCAGAATCGCGCACGTG
gi|21313 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACTGTATCTGAGTTGGGG-TTAAAGCTCTAATGGCTAAAT---GGTTTAAGTTAGT-C-A---TAT-A-G--------TT-TAT-AGA-CAAAAGTTGCTCGG-AA---T---TAAA----TT--C--CCT---A--CA---------TGTATGAAGATGAACCCATTGCAATTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21314 : TTTTGGCTCTCCGGTTCACCATAAGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---TGTTTGAGATAGC-C-A---TAT-C-A--------TT-TCA--CA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATACCAACATGACCCCAGTGCACTTGGCTCTTA
gi|21315 : TTTTGACCC-CCGACTGACCGTATGTGAGTTGGCG-TTAAAGCTGTAATGGCTTAAC---GATTTGATATAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAG-ACA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--GCTACAATTTAAT-------TATATGATGATGAAGTCAATGCACGTGGTTCTCAGAATGGCGCATG
gi|21316 : TTTTGGCCGACAAGCTGACCATATGTGAGTTAGGG-TTAAGGTAATACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-T-A---CAT-A-G--------TT-CGA-CAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TAAATG-----------AATGCACGTGGTTCTCAAAATGACGCTCGTG
gi|21317 : TTTTTGCCCGCCGGCTGACTG-ATGTGAGTTGGAA-TTACGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------
gi|21318 : TTGGCCCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGGGTTAAGGTTCTGTTGGTTTAAC---GGTTTGAGATAGC-C-A---AAT-A-G--------TT-TCA-ACA-CAAAAATTGGTCAG-TA---T---TAAA----TT--T--TCTACAT--CA---------TATATCAACATTACCCAAATGCACGTGGCTCTCA
gi|21319 : TGGGA-TT-----TTTTCTAACTTAAC---GGTTAGCGTTAGC-C-A----AT-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTAAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAT--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCTCAGAATCGTGCACGTG
gi|21320 : CTGACTGAAT---GGAGACAGATAGC-T-----TATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTAACTTAA-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATCAACATAATTGTACTGCACGTGTCCCTCA
gi|21321 : CTGACTGAAC---GGAGACAGATAGC-T-----TAT-C-A--------TTCTAA-AAA-CAAATGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGATTCTATTGCACG-GGCCCT
gi|21322 : CTGGCGAAAT---GGT----GGTAGA-C-AACTTAT-TTG--------TT-AAA-GGA-CAAAAGTTGCTTAG-AATCGT---TAAA-----------TCTACAA--CA---------TATGTGAAAATAAACCCA
gi|21323 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGCTC-A----AG-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTCAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21324 : CTGAATAAAC---GCTGACAGCTAGC-T-------T-A-ACTT-----TT-TAA-GAA-TAAAA-TTGCTTAG-AA---T---TGGT----TT--C--TCTAAAA--CA---------TATATGAACATCATTTCCAGGCACGTGCATTTTATATTCCTGCACGTG
gi|21325 : CTGGCGAAAC---GGTGGTAGATAGC-T-----TAT-T-T--------CT-TAAAGAA-CAAAAGTTGCTTAG-AATGGT---CAGA-----------TCTACAA--CA---------TTTGTGAAAA--AATCCA
gi|21326 : CTGACTAAACAAAGGC---AGATAGC-T-----TATCA-C--------TT-TAA-GAA-CAAA-TTTGCACGG-AA---T---GAAA----TT--T--TCTACAC--TA---------TATTTGAACATGACCCAAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21327 : CTGGCGCAAC---GGTGGTAGATAGC-TTA---TTT---G--------TT-TAA-GTA-CCAAAGTTGCTTAG-AA---TCGTTAAA----T-------CTACAA--CA---------TATGTGGTTATAAA-CCAAT
gi|21328 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGC-C-A---AAG-A-A--------TT-TC--TAT-TAAAAGTTGCTCAGTAG---T---T-------TTTGC--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21329 : CTGACTAAAC-----------ATAAA-C-A---TAT-A-GCGTAACACTC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTGAG-AA---TGGCCAAA-----------TATACAA--CA---------TATGTGAA-ATTAATCTAATATAAGTGCCTCTC
gi|21330 : CTAAAC---GGTTAGAATTAGC-C-A---TAC-A-G--------GT-TAA-ACA-CAAATGTGGTTCAG-TA---T-----AG----TT-----TCT--AA--CA---------TACAT
gi|21331 : GAGACAGA-T-A---CATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTTGCTAAG-AA---C---TAAA----TT--C--TCTACAA--TA---------TATATCAACATGGTTTCAATGCACATGGCTCTCA
gi|21332 : g--------TC-TAA-GAA-AAATTGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGACCCTGATGCACGTGCTCCTCA
gi|21333 : agacagataggttatcac--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCCGGG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------CATATGGGGA-AAAATCAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21334 : --------TC-TAA-AAA-CAAATTTTGCATAT-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACCA--CA---------TATATAAACATGATCCTATTGCAATTGCCTCTCA
gi|21335 : --------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TTTACAA--TATAATTGTTTTATATGAAAAAAAAAACAATTCACGTGCCTCTCA
gi|21336 : --------TT-GAA-GAA-CAAAAGTTACTTAT-AA---T---C--A----TT--CAGTACACAA--TA---------TATATGAACATGGAATCGATACACGTGCCTCACA
gi|21337 : t--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAA-AAAATCAATGCACGTGCTTCTCA
gi|21338 : --------TT-GAA-GAA-CAAA-GTTGCTTAG-AA---T---TAAAAAAGTA--C-----ACAA--CA---------TATATGAATATGAACCAAATGCACGTGCCTC
gi|21339 : AAGAGTTACTCAG-AA---T---CACG----TA--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAATGAACTCAATGC
gi|21340 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTGATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21341 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTTATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGATCTCAGAATGGCGCACGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 1 3 333 444 1 1 55555 111111111111 1 11 1 1 888 444 2222 22222 11 666666666 5 1 0
lowQualScore : . . ... ... . . ..... ............ . .. . . ... ... .... ..... .. ......... . . .
lowQualScore : 4 3 000 777 0 7 88888 111111111111 3 66 3 2 555 222 6666 22222 77 555555555 1 0 1
consensus : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Reference ( family-599 ) : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21308 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTATGGCTCTACTGACTAAAC---GGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AAA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATGTGAAAATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21309 : TTTTGGCTCTCTGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TAATGGCTCTACTGGCTAAAC---GATTTGAGTAAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATGAAGATGAACCCATCGCACATGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21310 : TTTTGGCCCTCAAGCTGACCGCATCTGAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---AGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTACTAAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATG-AGATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATAGCGCACGTG
gi|21311 : TTTTGGACCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---GGTTGGTGTTATC-C-A---TAA-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------CATATGTAGATGAACCC-ATGTACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21312 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTTAGGCTCTAGCGGCTGAAC---GGGTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-GAA-AAAATAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAG--CA---------TATATGAAGATGAACCCATTGCGCGTGGCTCTCAGAATCGCGCACGTG
gi|21313 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACTGTATCTGAGTTGGGG-TTAAAGCTCTAATGGCTAAAT---GGTTTAAGTTAGT-C-A---TAT-A-G--------TT-TAT-AGA-CAAAAGTTGCTCGG-AA---T---TAAA----TT--C--CCT---A--CA---------TGTATGAAGATGAACCCATTGCAATTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21314 : TTTTGGCTCTCCGGTTCACCATAAGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---TGTTTGAGATAGC-C-A---TAT-C-A--------TT-TCA--CA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATACCAACATGACCCCAGTGCACTTGGCTCTTA
gi|21315 : TTTTGACCC-CCGACTGACCGTATGTGAGTTGGCG-TTAAAGCTGTAATGGCTTAAC---GATTTGATATAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAG-ACA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--GCTACAATTTAAT-------TATATGATGATGAAGTCAATGCACGTGGTTCTCAGAATGGCGCATG
gi|21316 : TTTTGGCCGACAAGCTGACCATATGTGAGTTAGGG-TTAAGGTAATACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-T-A---CAT-A-G--------TT-CGA-CAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TAAATG-----------AATGCACGTGGTTCTCAAAATGACGCTCGTG
gi|21317 : TTTTTGCCCGCCGGCTGACTG-ATGTGAGTTGGAA-TTACGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------
gi|21318 : TTGGCCCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGGGTTAAGGTTCTGTTGGTTTAAC---GGTTTGAGATAGC-C-A---AAT-A-G--------TT-TCA-ACA-CAAAAATTGGTCAG-TA---T---TAAA----TT--T--TCTACAT--CA---------TATATCAACATTACCCAAATGCACGTGGCTCTCA
gi|21319 : TGGGA-TT-----TTTTCTAACTTAAC---GGTTAGCGTTAGC-C-A----AT-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTAAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAT--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCTCAGAATCGTGCACGTG
gi|21320 : CTGACTGAAT---GGAGACAGATAGC-T-----TATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTAACTTAA-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATCAACATAATTGTACTGCACGTGTCCCTCA
gi|21321 : CTGACTGAAC---GGAGACAGATAGC-T-----TAT-C-A--------TTCTAA-AAA-CAAATGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGATTCTATTGCACG-GGCCCT
gi|21322 : CTGGCGAAAT---GGT----GGTAGA-C-AACTTAT-TTG--------TT-AAA-GGA-CAAAAGTTGCTTAG-AATCGT---TAAA-----------TCTACAA--CA---------TATGTGAAAATAAACCCA
gi|21323 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGCTC-A----AG-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTCAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21324 : CTGAATAAAC---GCTGACAGCTAGC-T-------T-A-ACTT-----TT-TAA-GAA-TAAAA-TTGCTTAG-AA---T---TGGT----TT--C--TCTAAAA--CA---------TATATGAACATCATTTCCAGGCACGTGCATTTTATATTCCTGCACGTG
gi|21325 : CTGGCGAAAC---GGTGGTAGATAGC-T-----TAT-T-T--------CT-TAAAGAA-CAAAAGTTGCTTAG-AATGGT---CAGA-----------TCTACAA--CA---------TTTGTGAAAA--AATCCA
gi|21326 : CTGACTAAACAAAGGC---AGATAGC-T-----TATCA-C--------TT-TAA-GAA-CAAA-TTTGCACGG-AA---T---GAAA----TT--T--TCTACAC--TA---------TATTTGAACATGACCCAAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21327 : CTGGCGCAAC---GGTGGTAGATAGC-TTA---TTT---G--------TT-TAA-GTA-CCAAAGTTGCTTAG-AA---TCGTTAAA----T-------CTACAA--CA---------TATGTGGTTATAAA-CCAAT
gi|21328 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGC-C-A---AAG-A-A--------TT-TC--TAT-TAAAAGTTGCTCAGTAG---T---T-------TTTGC--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21329 : CTGACTAAAC-----------ATAAA-C-A---TAT-A-GCGTAACACTC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTGAG-AA---TGGCCAAA-----------TATACAA--CA---------TATGTGAA-ATTAATCTAATATAAGTGCCTCTC
gi|21330 : CTAAAC---GGTTAGAATTAGC-C-A---TAC-A-G--------GT-TAA-ACA-CAAATGTGGTTCAG-TA---T-----AG----TT-----TCT--AA--CA---------TACAT
gi|21331 : GAGACAGA-T-A---CATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTTGCTAAG-AA---C---TAAA----TT--C--TCTACAA--TA---------TATATCAACATGGTTTCAATGCACATGGCTCTCA
gi|21332 : g--------TC-TAA-GAA-AAATTGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGACCCTGATGCACGTGCTCCTCA
gi|21333 : agacagataggttatcac--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCCGGG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------CATATGGGGA-AAAATCAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21334 : --------TC-TAA-AAA-CAAATTTTGCATAT-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACCA--CA---------TATATAAACATGATCCTATTGCAATTGCCTCTCA
gi|21335 : --------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TTTACAA--TATAATTGTTTTATATGAAAAAAAAAACAATTCACGTGCCTCTCA
gi|21336 : --------TT-GAA-GAA-CAAAAGTTACTTAT-AA---T---C--A----TT--CAGTACACAA--TA---------TATATGAACATGGAATCGATACACGTGCCTCACA
gi|21337 : t--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAA-AAAATCAATGCACGTGCTTCTCA
gi|21338 : --------TT-GAA-GAA-CAAA-GTTGCTTAG-AA---T---TAAAAAAGTA--C-----ACAA--CA---------TATATGAATATGAACCAAATGCACGTGCCTC
gi|21339 : AAGAGTTACTCAG-AA---T---CACG----TA--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAATGAACTCAATGC
gi|21340 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTGATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21341 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTTATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGATCTCAGAATGGCGCACGTG
blockSeqs : C G AAA TTG T T AACT AGCGTAACAC C AG A T GGG CGT AAAG TGC TT TAATTGTTT G G
blockSeqs : C . . TGG T . TA AACTT . A . . TCG GGC . CAG . AT G G
blockSeqs : G . . TGG T . A CAC . A . . GGG . . C . . G G
blockSeqs : C . . TTG T . A TTG . A . . TGG . . C . . G G
blockSeqs : C . . TTA T . A CAC . A . . . . . C . . G G
blockSeqs : G . . TTG A . A CAC . A . . . . . C . . C G
blockSeqs : G . . TTG A . A AG . A . . . . . C . . G G
blockSeqs : G . . TTG T . A AC . C . . . . . C . . C G
blockSeqs : G . . TTG T . A AC . A . . . . . C . . G G
blockSeqs : G . . TTG A . A AG . A . . . . . C . . C C
blockSeqs : . . TAG T . A AG . G . . . . . T . . C T
blockSeqs : . GAC A . A CA . A . . . . . C . . A G
blockSeqs : . GAC A . A AG . G . . . . . C . . G C
blockSeqs : . TAA G . A AG . A . . . . . T . . C C
blockSeqs : . GAC T . A AG . G . . . . . C . . A C
blockSeqs : . GGT C . A AG . G . . . . . C . . C C
blockSeqs : . GGT A . A AA . G . . . . . T . . T C
blockSeqs : . TAA A . A CA . T . . . . . C . . G G
blockSeqs : . TAG A . . AA . G . . . . . T . . C C
blockSeqs : . . T . . TT . A . . . . . T . . C C
blockSeqs : . . A . . AA . G . . . . . T . . G C
blockSeqs : . . T . . AG . G . . . . . T . . C C
blockSeqs : A . . G . G . . . . . T . . A C
blockSeqs : . A . . . . . C . . C C
blockSeqs : . G . . . . . T . . A C
blockSeqs : . G . . . . . C . . T G
blockSeqs : . G . . . . . C . . A G
blockSeqs : . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
finalCons : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 1 3 333 444 1 1 55555 111111111111 1 11 1 1 888 444 2222 22222 11 666666666 5 1 0
lowQualScore : . . ... ... . . ..... ............ . .. . . ... ... .... ..... .. ......... . . .
lowQualScore : 4 3 000 777 0 7 88888 111111111111 3 66 3 2 555 222 6666 22222 77 555555555 1 0 1
consensus : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
Reference ( family-599 ) : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATGTGAGTTGGGG-TTAAGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTNGAGNTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATGAANATGAACCCAATGCACGTGNCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21308 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTATGGCTCTACTGACTAAAC---GGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AAA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATGTGAAAATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21309 : TTTTGGCTCTCTGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TAATGGCTCTACTGGCTAAAC---GATTTGAGTAAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATGAAGATGAACCCATCGCACATGGCTCTCAGAATGGTGCACGTG
gi|21310 : TTTTGGCCCTCAAGCTGACCGCATCTGAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---AGTTGGAGTTAGC-C-A---TAT-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGTTACTAAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAA--CA---------TATATG-AGATGAACCCATCGCACGTGGCTCTCAGAATAGCGCACGTG
gi|21311 : TTTTGGACCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---GGTTGGTGTTATC-C-A---TAA-A-C--------TT-TAA-AGA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------CATATGTAGATGAACCC-ATGTACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21312 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACCGTATCTGAGTTGGGG-TTTAGGCTCTAGCGGCTGAAC---GGGTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-GAA-AAAATAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--CCTACAG--CA---------TATATGAAGATGAACCCATTGCGCGTGGCTCTCAGAATCGCGCACGTG
gi|21313 : TTTTGGCCCTCCGGCTGACTGTATCTGAGTTGGGG-TTAAAGCTCTAATGGCTAAAT---GGTTTAAGTTAGT-C-A---TAT-A-G--------TT-TAT-AGA-CAAAAGTTGCTCGG-AA---T---TAAA----TT--C--CCT---A--CA---------TGTATGAAGATGAACCCATTGCAATTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21314 : TTTTGGCTCTCCGGTTCACCATAAGTCAGTTGGGG-TTAAGGTTCTACTGGCTAAAC---TGTTTGAGATAGC-C-A---TAT-C-A--------TT-TCA--CA-CAAAAGATGCTCAG-TA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATACCAACATGACCCCAGTGCACTTGGCTCTTA
gi|21315 : TTTTGACCC-CCGACTGACCGTATGTGAGTTGGCG-TTAAAGCTGTAATGGCTTAAC---GATTTGATATAGC-C-A---TAT-A-G--------TT-TAG-ACA-CAAAAGTTGCTCAA-AA---T---TAAA----TT--C--GCTACAATTTAAT-------TATATGATGATGAAGTCAATGCACGTGGTTCTCAGAATGGCGCATG
gi|21316 : TTTTGGCCGACAAGCTGACCATATGTGAGTTAGGG-TTAAGGTAATACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-T-A---CAT-A-G--------TT-CGA-CAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TAAATG-----------AATGCACGTGGTTCTCAAAATGACGCTCGTG
gi|21317 : TTTTTGCCCGCCGGCTGACTG-ATGTGAGTTGGAA-TTACGGCTCTACTGGCTAAAC---GGTTTGAGTTAGC-C-A---TAT-A-G--------
gi|21318 : TTGGCCCTCCGGCTGACCATAGGTCAGTTGGGGGTTAAGGTTCTGTTGGTTTAAC---GGTTTGAGATAGC-C-A---AAT-A-G--------TT-TCA-ACA-CAAAAATTGGTCAG-TA---T---TAAA----TT--T--TCTACAT--CA---------TATATCAACATTACCCAAATGCACGTGGCTCTCA
gi|21319 : TGGGA-TT-----TTTTCTAACTTAAC---GGTTAGCGTTAGC-C-A----AT-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTAAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAT--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCTCAGAATCGTGCACGTG
gi|21320 : CTGACTGAAT---GGAGACAGATAGC-T-----TATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTAACTTAA-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TATATCAACATAATTGTACTGCACGTGTCCCTCA
gi|21321 : CTGACTGAAC---GGAGACAGATAGC-T-----TAT-C-A--------TTCTAA-AAA-CAAATGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGATTCTATTGCACG-GGCCCT
gi|21322 : CTGGCGAAAT---GGT----GGTAGA-C-AACTTAT-TTG--------TT-AAA-GGA-CAAAAGTTGCTTAG-AATCGT---TAAA-----------TCTACAA--CA---------TATGTGAAAATAAACCCA
gi|21323 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGCTC-A----AG-A-A--------TT-TCT-ATA-CAAAAGTTGCTCAG-GAGGGT---T-------TG--C--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21324 : CTGAATAAAC---GCTGACAGCTAGC-T-------T-A-ACTT-----TT-TAA-GAA-TAAAA-TTGCTTAG-AA---T---TGGT----TT--C--TCTAAAA--CA---------TATATGAACATCATTTCCAGGCACGTGCATTTTATATTCCTGCACGTG
gi|21325 : CTGGCGAAAC---GGTGGTAGATAGC-T-----TAT-T-T--------CT-TAAAGAA-CAAAAGTTGCTTAG-AATGGT---CAGA-----------TCTACAA--CA---------TTTGTGAAAA--AATCCA
gi|21326 : CTGACTAAACAAAGGC---AGATAGC-T-----TATCA-C--------TT-TAA-GAA-CAAA-TTTGCACGG-AA---T---GAAA----TT--T--TCTACAC--TA---------TATTTGAACATGACCCAAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21327 : CTGGCGCAAC---GGTGGTAGATAGC-TTA---TTT---G--------TT-TAA-GTA-CCAAAGTTGCTTAG-AA---TCGTTAAA----T-------CTACAA--CA---------TATGTGGTTATAAA-CCAAT
gi|21328 : CTGACTTAAC---GGTTAACGTTAGC-C-A---AAG-A-A--------TT-TC--TAT-TAAAAGTTGCTCAGTAG---T---T-------TTTGC--TCTACAA--CA---------TGTTAGAAGATGAACTCAGTGCACGTGCTTCCCAGAATCGTGCACGTG
gi|21329 : CTGACTAAAC-----------ATAAA-C-A---TAT-A-GCGTAACACTC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTGAG-AA---TGGCCAAA-----------TATACAA--CA---------TATGTGAA-ATTAATCTAATATAAGTGCCTCTC
gi|21330 : CTAAAC---GGTTAGAATTAGC-C-A---TAC-A-G--------GT-TAA-ACA-CAAATGTGGTTCAG-TA---T-----AG----TT-----TCT--AA--CA---------TACAT
gi|21331 : GAGACAGA-T-A---CATCA-C--------TC-TAA-GAA-CAAATGTTGCTAAG-AA---C---TAAA----TT--C--TCTACAA--TA---------TATATCAACATGGTTTCAATGCACATGGCTCTCA
gi|21332 : g--------TC-TAA-GAA-AAATTGTTGCTTAG-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACAA--CA---------TATATCAACATGACCCTGATGCACGTGCTCCTCA
gi|21333 : agacagataggttatcac--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCCGGG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------CATATGGGGA-AAAATCAATGCACGTGCCTCTCA
gi|21334 : --------TC-TAA-AAA-CAAATTTTGCATAT-AA---T---TAAA----TT--T--TCTACCA--CA---------TATATAAACATGATCCTATTGCAATTGCCTCTCA
gi|21335 : --------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TTTACAA--TATAATTGTTTTATATGAAAAAAAAAACAATTCACGTGCCTCTCA
gi|21336 : --------TT-GAA-GAA-CAAAAGTTACTTAT-AA---T---C--A----TT--CAGTACACAA--TA---------TATATGAACATGGAATCGATACACGTGCCTCACA
gi|21337 : t--------TC-TAA-GAA-CAAAAGTTGCTCAG-AA---T---AAGG----TG--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAA-AAAATCAATGCACGTGCTTCTCA
gi|21338 : --------TT-GAA-GAA-CAAA-GTTGCTTAG-AA---T---TAAAAAAGTA--C-----ACAA--CA---------TATATGAATATGAACCAAATGCACGTGCCTC
gi|21339 : AAGAGTTACTCAG-AA---T---CACG----TA--T--TCTACAA--CA---------TATATGAAAATGAACTCAATGC
gi|21340 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTGATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGCTCTCAGAATGGCGCACGTG
gi|21341 : AAAATTGCTTGC-AA---T---TAAA----TT--C--TCTACAA--CA---------TTTATGAA-ATAAACACAATGCACGTGGATCTCAGAATGGCGCACGTG