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Reference ( gi|68675 )        :                                                                                                                                                 TAAGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCTAA
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gi|68679                      :                                                                                                                                                  aAGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCTATGGAAGGCAaa
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gi|68694                      :                                                                                                                                                   AGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCA
gi|68695                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCAACCCATGGATGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAAGGTTTT--CAAAAT-GGGGGGG-------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAATGGGGAGGGTCAAATTTCAAAGTGCCTTCCATAGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCTctttgaaattggacccttcccctttatattttgaattcattttatcaggccccctattttgaaaaaccctcctacttaagaagtttattattttgctgttcatggatgggatgtatgtttaaatggaacagccct
gi|68695                      :                                                                                                                                                   AGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCTATGGAAGGCA
gi|68697                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCTATTTAAACATATATCCCACCCATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------ACTGATAAAATTAATTAAAA-ATGTAAAGGGGGAGGGTCTAATTTCAAAGTGCCTTCCACGGCTGGATTGTATGTTAAAATGGTATAGCCCTctttgaaatttgaccctccccatttatatttttaattcattttatcaggcccccccattttgaaaaccttcccaccttagaagtttattattttgccatccatgggttggatgtatgtttaaatggaacagccct
gi|68697                      :                                                                                                                                                   AGGGCTATACCATTTTAACATACAATCCAGCCGTGGAAGGCA
gi|68687                      :            agggctgttctatttaaacatatatcccacccatggacggcaaaataataaacttctaaggtgggagggtttttcaaaatggggggactgataaaattaattaaaaatgtaaagggggagggtctaatttcaaagAGGGCTGTTCTATTTAAACATATATCCCACCCATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------ACTGATAAAATTAATTAAAA-ATGTAAAGGGGGAGGGTCTAATTTCAAAGTGCCTTCCACGGCTGGATTGTATGTTAAAATGGTATAGCCCT
gi|68681                      :                                                                                                                                                  aAGGGCTATTCCATTTAAACATACAATCCACCCATGAAaa
gi|68680                      :                 taagggctgttccatttaaacatacatcccacccatggacggaaaaataataaacttctaaggcgggagggtttttcaaaatgaggggcctgataaaatgaattaaaaatataaagggggagggtccaatAAGGCTTTTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCAaa
gi|68696                      : tgagggctgttccatttaaacatacagcccacccattgacgacaaaataataaacttctaaggtgggagttttttttcaaaatggggggggaggggtcctgattaaatgaattaaaaatataaagggggagggtccaatttcaaagAGGGCTGTTCCATTTAAACATACAGCCCACCCATTGACGACAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGTTTTTTTTCAAAAT-GGGGGGGGAGGGGTCCTGATTAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAAAAGCCTTga
gi|68696                      :                                                                                                                                                   AAGGCTTTTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCA
gi|68698                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGAAAAATAATAAACTTCTAAGGCGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GAGGGG--------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCA------------TGGGTGGATTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCTctttgaaattggaccctccccctttatatttttaattcatttaatcaggacccctccccccccattttgaaaaaaaactcccaccttagaagtttattattttgtcgtcaatgggtgggctgtatgtttaaatggaacagccct
gi|68698                      :                                                                                                                                                   AGGGCTATTCCATTTAAACATACAATCCACCCATGAA
gi|68701                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACGTATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGA-GGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGattggaccctccccctttatatttttaattcattttatcaggcccctcattttgaaaaaccctcccgccttagaagtttattatttttccgtccatgggtgggatgtatgtttaaatggaacagccct
gi|68704                      :                                                                                                                                                   AGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCA
gi|68705                      :                                                                                                                ttaaaaatataaagggggagggtccaatttcaaagAGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCA
gi|68703                      :                                                                                                                ttaaaaatatagagggggagggtccaatttcaaagAGGGCTATTCCATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCA
gi|68706                      :                                                                                                                ttaaaaatatagagggggagggtccaatttcaaagAGGACTGTTCCATT-AAACATACAACCCAATCATGGAAGGCA
gi|68702                      :                                                                                                                ttaaaaatataaaagggaagtgtccaatttcaaagAGGGCTGTTCCATTTAAA-------CCCACCCATGGAAGACA
gi|68707                      :                                                                                                               tttaaaaatataaaaggggagggtacattttcaaagAGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGCAAAATAA
gi|68700                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGCAga
gi|68708                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAATATATATCCCACCCATGGATGGCAAAAT
gi|68699                      :                                                                                                                                                   AGGGCTGTTCCATTTAAATATATATCCCACCCATGGATGGCAaa
gi|68683                      :                                                                                                                                                                                                                     GGATTNNN-NNNNNN-NGGGGA--------CCAGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68688                      :                                                                                                                                                                                                                             taAAAAT-AGTGGG--------CCTGATCAAATGATTTAAAA-ATATAAAAGGGGAGGGTACATTTTCAAAGTGTCTTCCATGGGTGG-------GTTTAAATGGAACAGCCCTacaatgatgagttggttg
gi|68682                      :                                                                                                                                                                                                                                aAAT-GGAGGG--------CCTGATAAAATCTATTAAAA-ATATAGAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68684                      :                                                                                                                                                                                                                               taAAT-GGAGGG--------CCTGATTAAATTTATTAAAA-ATATAGAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68689                      :                                                                                                                                                                                                                                                     tgATAAAATTAATTAAAA-ATATAAAAGGGAAGTGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGATTGGGTTGTATGTTT-AATGGAACAGTCCT
gi|68704                      :                                                                                                                                                                                                                                                                aTTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68705                      :                                                                                                                                                                                                                                                                 TTAAAA-ATATAGAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68703                      :                                                                                                                                                                                                                                                                 TTAAAA-ATATAGAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCT
gi|68706                      :                                                                                                                                                                                                                                                                 TTAAAA-ATATAAAAGGGAAGTGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGATTGGGTTGTATGTTT-AATGGAACAGTCCT
gi|68702                      :                                                                                                                                                                                                                                                                 TTAAAA-ATATAAAAGGGGAGGGTACATTTTCAAAGTGTCTTCCATGGGTGG-------GTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68690                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tTGCCGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68691                      :                                                                                                                                                              agggctattccatttaaacatacaacccacccatggaaggcactttgaaattggaccctccccctttatatttttaattcattttatcaggccccccattttgaaaaaccctcccaccttagaagtttattatttTGCCGTCCATGGGTGGGATGTTTGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68676                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCCGTCCATGGGTGGGATGTTTGTTTAAATGGAACAGCCCTAAaaataataaacttctaaggtgggaggatttttcaaaattgggaggcctgataaaatgaattaaaaatataaagggggagggtccaatttcaaagtgccttccatgggtgggttgtatgtttaaatggaatagccct
gi|68677                      :                                                                                                                                                           taagggctattccatttaaacatacaacccacccatggaaggcactttgaaattggaccctccccctttatatttttaattcattttatcaggcctcccaattttgaaaaatcctcccaccttagaagtttattatttTGCTGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68693                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTGCTGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCTaaataataaacttctaaggtgggagagtttttcaaaatgggggacctgataaaatgaaaaaatatataaagggggagggtccaatttcaaagtgccttccatgggtgggttgtatgtttaaatggaatagccctga
gi|68678                      :                                                                                                                                                               agggctattccatttaaacatacaacccacccatggaaggcactttgaaattggaccctccccctttatatattttttcattttatcaggtcccccattttgaaaaactctcccaccttagaagtttattatttTGCTGTTCATGGATGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68692                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taTGCTGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCACTaaataataaacttcttaagtaggagggtttttcaaaatagggggcctgataaaatgaattcaaaatataaaggggaagggtccaatttcaaagtgccttccatgggtgggttgtatgtttaaatggaatagccctaa
gi|68686                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCTGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCACTAAaaataataagcttcaaaggtaggagggtttttcaaaatggagggcctgataaaatgaattaaaaatataaagggggagggtccagtttcaaagtgccttccatgggtgggttgtatgtttaaatggaataaccct
gi|68679                      :                                                                                                                                                             aagggttattccatttaaacatacaacccacccatggaaggcactttgaaactggaccctccccctttatatttttaattcattttatcaggccctccattttgaaaaaccctcctacctttgaagcttattatttTGCCATCCATGGGTTGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68694                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taTGCTGTTCATGGATGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCTaaataataaacttctaaggtgggaaggttttcaaaatgggggggcctgataaaatgaattaaaaatataaatggggagggtcaaatttcaaagtgccttccataggtgggttgtatgtttaaatggaatagccctaa
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gi|68680                      :                                                                                                                                                             aagggctataccattttaacatacaatccagccgtggaaggcactttgaaattagaccctccccctttacatttttaattaattttatcagtccccccattttgaaaaaccctcccaccttagaagtttattatttTGTCGTCAATGGGTGGGCTGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68696                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgTGTCGTCAATGGGTGGGCTGTATGTTTAAATGGAACAGCCCTaaataataaacttctaaggtgggagttttttttcaaaatggggggggaggggtcctgattaaatgaattaaaaatataaagggggagggtccaatttcaaagtgccttccatgggtgggttgtatgtttaaatggaaaagccttga
gi|68701                      :                                                                                                                                                     aaggcttttccatttaaacatacaacccacccatggaaggcactttgaaattggaccctccccctttatatttttaattcatttaatcaggacccctccccccccattttgaaaaaaaactcccaccttagaagtttattatttTGCCGTCCATACGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
gi|68707                      :                                                                                                                                                                                                                          ccccctttatatttttaattcattttatcaggccccccattttgaaaaacctcccaccttagaagtttattatttTGCCGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCTGA
gi|68700                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttatttTGCCGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
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gi|68685                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atttTGCCGTCCATACGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCT
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Alignments
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Reference ( family-593 )      :   TAAGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCTAA
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lowQualScore                  :                                                                               4      7      22222222                    2                                                                         
lowQualScore                  :                                                                               .      .      ........                    .                                                                         
lowQualScore                  :                                                                               0      0      66666666                    8                                                                         
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Reference ( family-593 )      :   TAAGGGCTGTTCCATTTAAACATACATCCCACCCATGGACGGCAAAATAATAAACTTCTAAGGTGGGAGGGTTTTT-CAAAAT-GGGGGG--------CCTGATAAAATGAATTAAAA-ATATAAAGGGGGAGGGTCCAATTTCAAAGTGCCTTCCATGGGTGGGTTGTATGTTTAAATGGAATAGCCCTAA
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