lowQualScore                  :                                                                                                                                         1       11     1            
lowQualScore                  :                                                          11     22            0      1  0  2   1111        66        66666          444 3   8   44 55  0     5      
lowQualScore                  :                                                          ..     ..            .      .  .  .   ....        ..        .....          ... .   .   .. ..  .     .      
lowQualScore                  :                                                          44     66            9      1  9  5   9999        77        88888          222 6   1   99 00  5     0      
consensus                     :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGGGATATCGG-TTAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TATATAGCGAATAT-TTAACGAATTAACAT
Reference ( gi|85245 )        :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGGGATATCGG-TTAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--CAGATAACGACCAT-TTTACGAATTAACAT
gi|85249                      :                                                   TTTCGCT--GTATG--CTTGGATATCGG-TTAGGATCA-GTTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCT-----GATAATCCAG--CATATAGCGAGCAT-TTTACGAATTAACAT
gi|85241                      :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGGTATATCGG-TTAGGGTCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAACC-----GATTTTCCAG--TATATA
gi|85246                      :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGATATATTGG-CTATGATCA-GTTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGTC-----GATATTTCAA--CAAACAGCGAATAC-TTAGCGAATTAtagtgaatattaacgcattactat
gi|85238                      :                                                   TTACGCT--ATATG--CTGGGATATTGG-TTAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTAG--TCTGAGCC-----AATATTCCAG--TATATA
gi|85237                      :                                                   TTTCTAT--ATATG--CTGGGATATCTG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCGGTATATATAGTGAATAT-TTAACGTA-TAACgtaaatattaacgtat
gi|85236                      :                                                   TCTCGCT--ATATG--CTGAGATGTCGG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTAAACC-----GATATTCCAA--TATATAGTGAATAT-Ttat
gi|85240                      :                                                   TTTCGAT--ACATG--CTGGGATATCTG-TAAGGATCA-GCATGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAGTATATATAGTGAATAT-TTAACGTA-TAACaacgtatt
gi|85244                      :                                                   TTTCGCT--ATTTG--CTGGGATATCGG-TTAGGATCA-GTTTGT----ACGCATAG--TCTGAGCC-----AATATTCCAG--TATATAGTGAATAT-Ttat
gi|85250                      :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGGGATATCGT-TTAAGATCA-GCTGGT----ACGTTTTG--TCTGAGTC-----GATATTTCAG----GATAaacgttttactat
gi|85239                      :                                                   TCTCGCT--CTATG--CTGAGATGTTGG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAACC-----GATATTCCAA--CATATAGTGAATAT-Ttagtttatatttaactaata
gi|85242                      :                                                   TCTCGCT--ATATG--CTGTGATGTCGG-TAAGGATCA-GCTTGT----ATGTTTTG--TCTGAACC-----AATATTCCAA--TATATAGTGAACAT-Taacgtatt
gi|85248                      :                                                   TTTCGAT--ATATG--CTAAGATATCTG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACATTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TATATAaacgtttt
gi|85247                      :                                                   TTTCGAT--ATATG--CTAAGATATCTG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACATTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TATATAcatgtatagtgaatattcaacgtgtaactat
gi|85243                      :                                                   TTTCAAT--ATATG--ATGGGATATCTG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCT-----GATATTCCAG--TATATAcatgtacagtgaatattcaacgtgtaactat
gi|85251                      :                                                   TTTCGCT--ATTTG--CTGATATATTGG-CTTAGATCA-GTGTGT----ACGTTTTG--TCTGAGTC-----GATACTTCAA--CAAACAGCGAATAT-TTAACGAATTAtagtgaatattcaacgtataactat
gi|85267                      :                                                   TTTCACT--ATATATACTGGAATATCGG-CTCAGA-CA-AAACGT----ACAAGCTGA-TCCTAACC-----GATATTACAG--
gi|85254                      :                                                   TTTCACT--ATATA--CTGAGATATCGG-TTAGGATCA-GCTTGT----ATGTTTTG--TCTGAGCA-----AATATCTCAA--TATATAatgaacgtattactat
gi|85256                      :                                                   TTTCGCT--ATATG--CTGGGATATCGG-TTA-----A-GC--------ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TAttgtgtattaaacgt
gi|85255                      :                                                   TTTCACT--CTATG--CTGGTATATCGG-TTGGGGTCA-GCTTGT----ACGTTTAG--TCTGAACC-----GATATATCAG--TAtgtattaatattagtaatgttaacgtattacta
gi|85253                      :                                                   TTTCGAT--ATATG--TTGGGATATTGA-TTAGGATCA-GCATGT----ATGTTTTG--TCTGAATG-----GATAGTCCAG--TATATAtaaagtgtatatctaacttatt
gi|85252                      :                                                   TTTCGCT--ATATA--CTGATGTATCGG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCA-----GATATtattgaatattaaagtattactat
gi|85259                      :                                                   TTTCAAT--ATATG--CCGAGATATTGG-TAAGGATCA-GTTTGT----ACATTTTG--TCTGAGCC-----GATTTTTCAcatactatatggtgtctatttaacgtttta
gi|85257                      :                                                   TTTAGCT--TTATG--CCGAATTATCAG-TTAGGATCA-GCTCGT----AAGTTTTG--TCAGAGCC-----GATATTTCAA--TATATAataattattatagttcatactagtatttaacat
gi|85260                      :                                                   TTCCGCT--ATATA--CTGAGATATCGG-TTTTGATCA-GCTTGT----ATGTTTAG--TTTGAGCT-----GATATgtatatgttaacgtttta
gi|85258                      :                                                   TTTTGCT--ATAGG--CTGAGATATCAG-TAAGGGTCA-GCTTTTAAAAACGTTTTatggtgtgtatttaatgtttta
gi|85236                      :                                                    TTCACT--ATATA--TTGGAATATCGG-TTTAGA-CA-AAACGT----ACAAGCTGATCCTTA-CC-----GACATCTCAG--CATATAGCGA
gi|85240                      :                                                  tcTTCACT--ATATATACTGGAATATCGG-CTCAGA-CA-AAACGT----ACA---TG---CTGATCCTTACAGATATCCCAG--CATGTATCGAtattaacgtatt
gi|85244                      :                                                  ttTTCACT--ATATA--CTGGAATATTGG-CTCAGACTATGC--GT----ACAAACTGA-TCCTAACC-----GATATCCCAG--CAAATAGCGAtatttaacgtataactat
gi|85239                      :                                                  ttTTCACT--ATATG--TTGGAATATCGG-TTtattaacgttttactat
gi|85266                      : tctcgctctatgctgagatgttggtaaggatcagcttgtacgttttgtctgTTCACTTTATATA--CTGGAATAGCGG-CTCAGA-CA-AAACGT----ACATGCTGA-TCCTAACC-----GATATCCCAG--tattaacgtatt
gi|85249                      :                                                     TCGCT--ATATG--CTGGATTATCAG-CTCAGA-CA-AAACGT----ACAAACTGA-TCCTAACC-----GATATCCAAG--CATACAGCGAtattaacgta
gi|85261                      :                                                   ttTCGCT--ATATG--CTGGGATATCGG-TTTAGATCA-GTTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTTCAG--TATATAGTGCACA--TAAACTAATTAACAgcattttacgaattaacat
gi|85262                      :                                                     TCGCT--AAATG--CTGGGATATTGG-TTTAGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--ACTGAGCC-----GATATTTCAG--TATATA--GTTCACATTAACTAATTAACA
gi|85263                      :                                                     TTGCT--ATATG--CTGAGATATTGG-TGAGGATCA-ACATGA----A----TTA--TTTGAAAC-----AATATTTCAG--TATATAGCG
gi|85261                      :                                                      CACT--ATATA--CTGAAATATCGG-CTCAGA-CA-AAACGT----ACAAACTGA-TCTAAACC-----GATATCCCAG--CATATAGCGActtatt
gi|85262                      :                                                        CT--ATATA--CTGAAATATCGGCTCAG--TCA-AAACGT----ACAAGCTGA-TCTAAACC-----AATATCCCAG--CATTTAGCGAcacataaactaattaaca
gi|85248                      :                                                         T--ATATA--CTGGAATATCGG-CTCAGA-CA-AAATGT----ACA----A--GCTGATCCTTACAGATATCTTAG--CATATATCGAttcacattaactaattaaca
gi|85247                      :                                                       ttT--ATATA--CTGGAATATCGG-CTCAGA-CA-AAATGT----ACA----A--GCTGATCCTTACAGATATCTTAG--CATATATCGAcatgtatagtgaatattcaacgtgtaactat
gi|85256                      :                                                       ttT--ACATA--CTGGAATATCGG-CTCAGACAA-A---------ACGT---G---CTTAACC-----GATATCCCAG--CATATAGCGAcatgtacagtgaatattcaacgtgtaactat
gi|85264                      :                                                        tt--ATATG--CTGGGATTTCGG-TAAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTAG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TATATttaatattagtaatgttaacgtattacta
gi|85265                      :                                                               TG--CTGGAACATCGG-TTTGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAACC-----GATATTTCAtgtgaatataaacgttttgatgt
gi|85266                      :                                                                 --CTGGGATATCGG-TTAGGATCA-GCATGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GCTATTCCAG--TATATAAtagtgtataattgtatgttgtaatggagtaat
gi|85267                      :                                                                 --CTGTAATATCGG-TTAGGATCA-GCTTGT----ACGTTTTG--TCTGAGCC-----GATATTCCAG--TATATAagtgaatattaacgta
gi|85268                      :                                                                      GGATATCGG-TAAGGATCA-GAGTGA----ACCTTTAG--TCTGAGCC-----TATAGTCCAG--TATATAGTGAtagtgaaaatgaacgtattactat
gi|85269                      :                                                                      GGATATCAT-TTAGAATCA-GCTAGT----ATGTTTTG--TCTGGGCC-----AATTTCTCAA--TATACAGCGatataaacgtatta
gi|85270                      :                                                                                             TGA----ACGTTTAG--TCGGAGTC-----GAAATTCCAG--TATATGGTGAATA--TTTACGcacataactgcatt





Alignments
lowQualScore                  :                          1             2222                        11  99  77777777   55555555  7777777     99 33     7        
lowQualScore                  :                          .             ....                        ..  ..  ........   ........  .......     .. ..     .        
lowQualScore                  :                          6             4444                        66  77  22222222   99999999  3333333     22 00     9        
consensus                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG------TGAATAT-T--TAACGNATTAACAT
Reference ( family-583 )      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG------CGAATAT-T--TAACGAATTAACAT
gi|85236                      : TCTCGCTATATGCTGAGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTAAACCGATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG------TGAATA--T--TAACGTATT
gi|85237                      : TTTCTATATATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--GGTATA--------TAT--------AG------TGAATAT-T--TAACGTA-TAAC
gi|85238                      : TTACGCTATATGCTGGGATATTGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG------TAAATA--T--TAACGTATtat
gi|85239                      : TCTCGCTCTATGCTGAGATGTTGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTCC--AA--CA--------TAT--------AG------TGAATA--T--TAACGTATT
gi|85240                      : TTTCGATACATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG------TGAATAT-T--TAACGTA-TAAC
gi|85241                      : TTTCGCTATATGCTGGTATATCGGTTAGGGTCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATTTTCC--AGTATA--------TAT--------AG------TGAATA--T--TAACGCATTAtat
gi|85242                      : TCTCGCTATATGCTGTGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAACCAATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG------TGAACA--T--TAACGctat
gi|85243                      : TTTCAATATATGATGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG------TGAATAT-T--CAACGTA-TAACtttt
gi|85244                      : TTTCGCTATTTGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGCATAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG------TGAATA--T--TAACGtat
gi|85245                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--CA--------GAT--------AA------CGACCAT-T--TTACGAATTAACATttttactat
gi|85246                      : TTTCGCTATATGCTGATATATTGGCTATGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AA--CA--------AAC--------AG------CGAATAC-T--TAGCGAATTA
gi|85247                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TATACATGTACAG------TGAATAT-T--CAACG
gi|85248                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TATATACATGTAT--------AG------TGAATAT-T--CAACGtgtaactat
gi|85249                      : TTTCGCTGTATGCTTGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATAATCC--AG--CA--------TAT--------AG------CGAGCAT-T--TTACGAATTAACATtgtaactat
gi|85250                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGTTTAAGATCAGCTGGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AG--GA--------TAT--------AG------TTTATAT-T--TAACTAAT
gi|85251                      : TTTCGCTATTTGCTGATATATTGGCTTAGATCAGTGTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATACTTC--AA--CA--------AAC--------AG------CGAATAT-T--TAACGAATTAa
gi|85252                      : TTTCGCTATATACTGATGTATCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCAGATATCAT--AC--TA--------TAT--------GG------TGTCTAT-T--TAACG
gi|85253                      : TTTCGATATATGTTGGGATATTGATTAGGATCAGCATGT----ATGTTTTGTCTGAATGGATAGTCC--AGTATA--------TAT--------AT------TGAATA--T--TAAAGTATTAtttta
gi|85254                      : TTTCACTATATACTGAGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAGCAAATATCTC--AA--TA--------TAT--------AT------TGTGTAT-T--AAACGctat
gi|85255                      : TTTCACTCTATGCTGGTATATCGGTTGGGGTCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAACCGATATATC--AG--TA--------TAA--------AG------TGTATAT-C--TAACt
gi|85256                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTA-----AGC--------ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TGT--------A-------TTAATAT-TAGTAATG--TTAACGTttatt
gi|85257                      : TTTAGCTTTATGCCGAATTATCAGTTAGGATCAGCTCGT----AAGTTTTGTCAGAGCCGATATTTC--AA--TA--------TAT--------AG------T--ATATGT--TAACGattacta
gi|85258                      : TTTTGCTATAGGCTGAGATATCAGTAAGGGTCAGCTTTTAAAAACGTTTTtttta
gi|85259                      : TTTCAATATATGCCGAGATATTGGTAAGGATCAGTTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATTTTTC--AA--TAATTAT---TAT--------AGTTCATACTAGTAT-T--TAAC
gi|85260                      : TTCCGCTATATACTGAGATATCGGTTTTGATCAGCTTGT----ATGTTTAGTTTGAGCTGA------------TA--------TAT--------GG------TGTGTAT-T--TAATGat
gi|85261                      :   TCGCTATATGCTGGGATATCGGTTTAGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG------TGCACA--T--AAACTAATTAACAtttta
gi|85262                      :   TCGCTAAATGCTGGGATATTGGTTTAGATCAGCTTGT----ACGTTTTGACTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG------TTCACA--T--TAACTAATTAACA
gi|85263                      :   TTGCTATATGCTGAGATATTGGTGAGGATCAACATGA----A----TTATTTGAAACAATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG------CGCTTAT-T--
gi|85264                      :        ATATGCTGGGATTTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------TG------TGAATAT-
gi|85265                      :           TGCTGGAACATCGGTTTGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTTCATAG--TG--------TAT--------AAT-----TGTATGT-TG-TAATGGAGTAAaaacgttttgatgt
gi|85266                      :             CTGGGATATCGGTTAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGCTATTCC--AG--TA--------TATAA------AG------TGAATA--T--TAACGt
gi|85267                      :             CTGTAATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG------TGAA-AA-T--GAACGTATTAta
gi|85268                      :                GGATATCGGTAAGGATCAGAGTGA----ACCTTTAGTCTGAGCCTATAGTCC--AG--TA--------TAT--------AG------TGAATA--T--AAACGTATTActat
gi|85269                      :                GGATATCATTTAGAATCAGCTAGT----ATGTTTTGTCTGGGCCAATTTCTC--AA--TA--------TAC--------AG------CGCACAT-
gi|85270                      :                                     TGA----ACGTTTAGTCGGAGTCGAAATTCC--AG--TA--------TAT--------GG------TGAATAT-T--TAaactgcatt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              111111111                 
lowQualScore                  :                          1             2222                        11  99  77777777   55555555  1 333333     444444444 1    1 1 1      
lowQualScore                  :                          .             ....                        ..  ..  ........   ........  . ......     ......... .    . . .      
lowQualScore                  :                          6             4444                        66  77  22222222   99999999  2 444444     999999999 2    2 0 1      
consensus                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-T------GAATAT--------T-TAAC-GTATTAACAT
Reference ( family-583 )      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-T------GAATAT--------T-TAAC-GNATTAACAT
gi|85236                      : TCTCGCTATATGCTGAGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTAAACCGATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-T------GAATA---------T-TAAC-GTAT
gi|85237                      : TTTCTATATATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--GGTATA--------TAT--------AG-T------GAATAT--------T-TAAC-GTA-TAAC
gi|85238                      : TTACGCTATATGCTGGGATATTGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-T------AAATA---------T-TAAC-GTATtat
gi|85239                      : TCTCGCTCTATGCTGAGATGTTGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTCC--AA--CA--------TAT--------AG-T------GAATA---------T-TAAC-GTAT
gi|85240                      : TTTCGATACATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-T------GAATAT--------T-TAAC-GTA-TAAC
gi|85241                      : TTTCGCTATATGCTGGTATATCGGTTAGGGTCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATTTTCC--AGTATA--------TAT--------AG-T------GAATA---------T-TAAC-GCATTAtat
gi|85242                      : TCTCGCTATATGCTGTGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAACCAATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-T------GAACA---------T-TAAC-Gctat
gi|85243                      : TTTCAATATATGATGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-T------GAATAT--------T-CAAC-GTA-TAACtttt
gi|85244                      : TTTCGCTATTTGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGCATAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-T------GAATA---------T-TAAC-GTTTTAtat
gi|85245                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--CA--------GAT--------AA-C------GACCAT--------T-TTAC-GAATTAACATctat
gi|85246                      : TTTCGCTATATGCTGATATATTGGCTATGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AA--CA--------AAC--------AG-C------GAATAC--------T-TAGC-GAATTA
gi|85247                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TATACATGTACAG-T------GAATAT--------T-CAAC-GTG-TAAC
gi|85248                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TATATACATGTAT--------AG-T------GAATAT--------T-CAAC-GTG-TAACtat
gi|85249                      : TTTCGCTGTATGCTTGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATAATCC--AG--CA--------TAT--------AG-C------GAGCAT--------T-TTAC-GAATTAACATtat
gi|85250                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGTTTAAGATCAGCTGGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AG--GA--------TAT--------AG-T------TTATAT--------T-TAAC-TAAT
gi|85251                      : TTTCGCTATTTGCTGATATATTGGCTTAGATCAGTGTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATACTTC--AA--CA--------AAC--------AG-C------GAATAT--------T-TAAC-GAATTAa
gi|85252                      : TTTCGCTATATACTGATGTATCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCAGATATCAT--AC--TA--------TAT--------GG-T------GTCTAT--------T-TAAC-GTTTTA
gi|85253                      : TTTCGATATATGTTGGGATATTGATTAGGATCAGCATGT----ATGTTTTGTCTGAATGGATAGTCC--AGTATA--------TAT--------AT-T------GAATA---------T-TAAA-GTATTA
gi|85254                      : TTTCACTATATACTGAGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAGCAAATATCTC--AA--TA--------TAT--------AT-T------GTGTAT--------T-AAAC-Gctat
gi|85255                      : TTTCACTCTATGCTGGTATATCGGTTGGGGTCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAACCGATATATC--AG--TA--------TAA--------AG-T------GTATAT--------C-TAAC-TTATt
gi|85256                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTA-----AGC--------ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TGT--------A--T------TAATATTAGTAATGT-TAAC-GTATTA
gi|85257                      : TTTAGCTTTATGCCGAATTATCAGTTAGGATCAGCTCGT----AAGTTTTGTCAGAGCCGATATTTC--AA--TA--------TAT--------AG-T--------ATATG-------T-TAAC-GTTTTActa
gi|85258                      : TTTTGCTATAGGCTGAGATATCAGTAAGGGTCAGCTTTTAAAAACGTTTT
gi|85259                      : TTTCAATATATGCCGAGATATTGGTAAGGATCAGTTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATTTTTC--AA--TAATTAT---TAT--------AG-TTCATACTAGTAT--------T-TAAC-
gi|85260                      : TTCCGCTATATACTGAGATATCGGTTTTGATCAGCTTGT----ATGTTTAGTTTGAGCTGA------------TA--------TAT--------GG-T------GTGTAT--------T-TAAT-GTTTTAat
gi|85261                      :   TCGCTATATGCTGGGATATCGGTTTAGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-T------GCACA---------T-AAAC-TAATTAACA
gi|85262                      :   TCGCTAAATGCTGGGATATTGGTTTAGATCAGCTTGT----ACGTTTTGACTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-T------TCACA---------T-TAAC-TAATTAACA
gi|85263                      :   TTGCTATATGCTGAGATATTGGTGAGGATCAACATGA----A----TTATTTGAAACAATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-C------GCTTAT--------T-
gi|85264                      :        ATATGCTGGGATTTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------TG-T------GAATAT--------
gi|85265                      :           TGCTGGAACATCGGTTTGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTTCATAG--TG--------TAT--------AATT------GTATGT--------TGTAAT-GGAGTAAaaacgttttgatgt
gi|85266                      :             CTGGGATATCGGTTAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGCTATTCC--AG--TA--------TATAA------AG-T------GAATA---------T-TAAC-GTAt
gi|85267                      :             CTGTAATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-T------GAA-AA--------T-GAAC-GTATTA
gi|85268                      :                GGATATCGGTAAGGATCAGAGTGA----ACCTTTAGTCTGAGCCTATAGTCC--AG--TA--------TAT--------AG-T------GAATA---------T-AAAC-GTATTActat
gi|85269                      :                GGATATCATTTAGAATCAGCTAGT----ATGTTTTGTCTGGGCCAATTTCTC--AA--TA--------TAC--------AG-C------GCACA-----------TAACTGCAT
gi|85270                      :                                     TGA----ACGTTTAGTCGGAGTCGAAATTCC--AG--TA--------TAT--------GG-T------GAATAT--------T-T-AC-GCAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                        111111111                  
lowQualScore                  :                          1             2222                        11  99  77777777   55555555  1      777777777 1    1   11      
lowQualScore                  :                          .             ....                        ..  ..  ........   ........  .      ......... .    .   ..      
lowQualScore                  :                          6             4444                        66  77  22222222   99999999  2      888888888 2    2   88      
consensus                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
Reference ( family-583 )      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
gi|85236                      : TCTCGCTATATGCTGAGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTAAACCGATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85237                      : TTTCTATATATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--GGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85238                      : TTACGCTATATGCTGGGATATTGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TAAATA---------T-TAAC-GTA-Ttat
gi|85239                      : TCTCGCTCTATGCTGAGATGTTGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTCC--AA--CA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85240                      : TTTCGATACATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85241                      : TTTCGCTATATGCTGGTATATCGGTTAGGGTCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATTTTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GCA-TTAtat
gi|85242                      : TCTCGCTATATGCTGTGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAACCAATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAACA---------T-TAAC-GTT-Tctat
gi|85243                      : TTTCAATATATGATGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTA--TAAC
gi|85244                      : TTTCGCTATTTGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGCATAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTT-TTAtat
gi|85245                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--CA--------GAT--------AA-CGACCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATctat
gi|85246                      : TTTCGCTATATGCTGATATATTGGCTATGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAC--------T-TAGC-GAA-TTA
gi|85247                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TATACATGTACAG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAAC
gi|85248                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TATATACATGTAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAACtat
gi|85249                      : TTTCGCTGTATGCTTGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATAATCC--AG--CA--------TAT--------AG-CGAGCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATtat
gi|85250                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGTTTAAGATCAGCTGGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AG--GA--------TAT--------AG-TTTATAT--------T-TAAC-
gi|85251                      : TTTCGCTATTTGCTGATATATTGGCTTAGATCAGTGTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATACTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAT--------T-TAAC-GAA-TTAtaata
gi|85252                      : TTTCGCTATATACTGATGTATCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCAGATATCAT--AC--TA--------TAT--------GG-TGTCTAT--------T-TAAC-GTT-TTA
gi|85253                      : TTTCGATATATGTTGGGATATTGATTAGGATCAGCATGT----ATGTTTTGTCTGAATGGATAGTCC--AGTATA--------TAT--------AT-TGAATA---------T-TAAA-GTA-TTA
gi|85254                      : TTTCACTATATACTGAGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAGCAAATATCTC--AA--TA--------TAT--------AT-TGTGTAT--------T-AAAC-GTctat
gi|85255                      : TTTCACTCTATGCTGGTATATCGGTTGGGGTCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAACCGATATATC--AG--TA--------TAA--------AG-TGTATAT--------C-TAAC-TTA-T
gi|85256                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTA-----AGC--------ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TGT--------A--TTAATATTAGTAATGT-TAAC-GTA-TTA
gi|85257                      : TTTAGCTTTATGCCGAATTATCAGTTAGGATCAGCTCGT----AAGTTTTGTCAGAGCCGATATTTC--AA--TA--------TAT--------AG-T--ATATG-------T-TAAC-GTT-TTActa
gi|85258                      : TTTTGCTATAGGCTGAGATATCAGTAAGGGTCAGCTTTTAAAAACGTTTT
gi|85259                      : TTTCAATATATGCCGAGATATTGGTAAGGATCAGTTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATTTTTC--AA--TAATTAT---TAT--------AG-TTCATA---------C-TA---GTATTTAACAT
gi|85260                      : TTCCGCTATATACTGAGATATCGGTTTTGATCAGCTTGT----ATGTTTAGTTTGAGCTGA------------TA--------TAT--------GG-TGTGTAT--------T-TAAT-GTT-TTA
gi|85261                      :   TCGCTATATGCTGGGATATCGGTTTAGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TGCACA---------T-AAAC-TAA-TTAACA
gi|85262                      :   TCGCTAAATGCTGGGATATTGGTTTAGATCAGCTTGT----ACGTTTTGACTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TTCACA---------T-TAAC-TAA-TTAACA
gi|85263                      :   TTGCTATATGCTGAGATATTGGTGAGGATCAACATGA----A----TTATTTGAAACAATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-CGCTTAT--------T-
gi|85264                      :        ATATGCTGGGATTTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------TG-TGAATA---------T-AAAC-GTT-TTGA
gi|85265                      :           TGCTGGAACATCGGTTTGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTTCATAG--TG--------TAT--------AATTGTATGT--------TGTAAT-GGA-GTAAtgt
gi|85266                      :             CTGGGATATCGGTTAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGCTATTCC--AG--TA--------TATAA------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-t
gi|85267                      :             CTGTAATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAA-AA--------T-GAAC-GTA-TTA
gi|85268                      :                GGATATCGGTAAGGATCAGAGTGA----ACCTTTAGTCTGAGCCTATAGTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-AAAC-GTA-TTActat
gi|85269                      :                GGATATCATTTAGAATCAGCTAGT----ATGTTTTGTCTGGGCCAATTTCTC--AA--TA--------TAC--------AG-CGCACA-----------TAACTGCA-T
gi|85270                      :                                     TGA----ACGTTTAGTCGGAGTCGAAATTCC--AG--TA--------TAT--------GG-TGAATAT--------T-T-AC-GCA-C





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                        111111111                  
lowQualScore                  :                          1             2222                        11  99  77777777   55555555  1      777777777 1    1   11      
lowQualScore                  :                          .             ....                        ..  ..  ........   ........  .      ......... .    .   ..      
lowQualScore                  :                          6             4444                        66  77  22222222   99999999  2      888888888 2    2   88      
consensus                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
Reference ( family-583 )      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
gi|85236                      : TCTCGCTATATGCTGAGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTAAACCGATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85237                      : TTTCTATATATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--GGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85238                      : TTACGCTATATGCTGGGATATTGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TAAATA---------T-TAAC-GTA-Ttat
gi|85239                      : TCTCGCTCTATGCTGAGATGTTGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTCC--AA--CA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85240                      : TTTCGATACATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85241                      : TTTCGCTATATGCTGGTATATCGGTTAGGGTCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATTTTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GCA-TTAtat
gi|85242                      : TCTCGCTATATGCTGTGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAACCAATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAACA---------T-TAAC-GTT-Tctat
gi|85243                      : TTTCAATATATGATGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTA--TAAC
gi|85244                      : TTTCGCTATTTGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGCATAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTT-TTAtat
gi|85245                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--CA--------GAT--------AA-CGACCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATctat
gi|85246                      : TTTCGCTATATGCTGATATATTGGCTATGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAC--------T-TAGC-GAA-TTA
gi|85247                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TATACATGTACAG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAAC
gi|85248                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TATATACATGTAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAACtat
gi|85249                      : TTTCGCTGTATGCTTGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATAATCC--AG--CA--------TAT--------AG-CGAGCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATtat
gi|85250                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGTTTAAGATCAGCTGGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AG--GA--------TAT--------AG-TTTATAT--------T-TAAC-
gi|85251                      : TTTCGCTATTTGCTGATATATTGGCTTAGATCAGTGTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATACTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAT--------T-TAAC-GAA-TTAtaata
gi|85252                      : TTTCGCTATATACTGATGTATCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCAGATATCAT--AC--TA--------TAT--------GG-TGTCTAT--------T-TAAC-GTT-TTA
gi|85253                      : TTTCGATATATGTTGGGATATTGATTAGGATCAGCATGT----ATGTTTTGTCTGAATGGATAGTCC--AGTATA--------TAT--------AT-TGAATA---------T-TAAA-GTA-TTA
gi|85254                      : TTTCACTATATACTGAGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAGCAAATATCTC--AA--TA--------TAT--------AT-TGTGTAT--------T-AAAC-GTctat
gi|85255                      : TTTCACTCTATGCTGGTATATCGGTTGGGGTCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAACCGATATATC--AG--TA--------TAA--------AG-TGTATAT--------C-TAAC-TTA-T
gi|85256                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTA-----AGC--------ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TGT--------A--TTAATATTAGTAATGT-TAAC-GTA-TTA
gi|85257                      : TTTAGCTTTATGCCGAATTATCAGTTAGGATCAGCTCGT----AAGTTTTGTCAGAGCCGATATTTC--AA--TA--------TAT--------AG-T--ATATG-------T-TAAC-GTT-TTActa
gi|85258                      : TTTTGCTATAGGCTGAGATATCAGTAAGGGTCAGCTTTTAAAAACGTTTT
gi|85259                      : TTTCAATATATGCCGAGATATTGGTAAGGATCAGTTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATTTTTC--AA--TAATTAT---TAT--------AG-TTCATA---------C-TA---GTATTTAACAT
gi|85260                      : TTCCGCTATATACTGAGATATCGGTTTTGATCAGCTTGT----ATGTTTAGTTTGAGCTGA------------TA--------TAT--------GG-TGTGTAT--------T-TAAT-GTT-TTA
gi|85261                      :   TCGCTATATGCTGGGATATCGGTTTAGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TGCACA---------T-AAAC-TAA-TTAACA
gi|85262                      :   TCGCTAAATGCTGGGATATTGGTTTAGATCAGCTTGT----ACGTTTTGACTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TTCACA---------T-TAAC-TAA-TTAACA
gi|85263                      :   TTGCTATATGCTGAGATATTGGTGAGGATCAACATGA----A----TTATTTGAAACAATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-CGCTTAT--------T-
gi|85264                      :        ATATGCTGGGATTTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------TG-TGAATA---------T-AAAC-GTT-TTGA
gi|85265                      :           TGCTGGAACATCGGTTTGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTTCATAG--TG--------TAT--------AATTGTATGT--------TGTAAT-GGA-GTAAtgt
gi|85266                      :             CTGGGATATCGGTTAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGCTATTCC--AG--TA--------TATAA------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-t
gi|85267                      :             CTGTAATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAA-AA--------T-GAAC-GTA-TTA
gi|85268                      :                GGATATCGGTAAGGATCAGAGTGA----ACCTTTAGTCTGAGCCTATAGTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-AAAC-GTA-TTActat
gi|85269                      :                GGATATCATTTAGAATCAGCTAGT----ATGTTTTGTCTGGGCCAATTTCTC--AA--TA--------TAC--------AG-CGCACA-----------TAACTGCA-T
gi|85270                      :                                     TGA----ACGTTTAGTCGGAGTCGAAATTCC--AG--TA--------TAT--------GG-TGAATAT--------T-T-AC-GCA-C


blockSeqs                     :                          A             AAAA                        AT  TA  TATACATG   ACATGTAC  T      TTAGTAATG G    T   TT
blockSeqs                     :                          T             .                           .   TA  ATTAT      AA        .      TG        .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   TA  .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   TA  .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   TA  .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   TA  .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      C         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      A         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      T         .    .   G 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   T 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   T 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   C 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   . 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   . 
blockSeqs                     :                          G             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   . 
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   . 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .   . 
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .     
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .    .     
blockSeqs                     :                          A             .                           .   .   .          .         .      .         .    .     
blockSeqs                     :                          T             .                           .   .   .          .         .      .         .          
blockSeqs                     :                                        .                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                        T********
originalCons                  : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
finalCons                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                        111111111                  
lowQualScore                  :                          1             2222                        11  99  77777777   55555555  1      777777777 1    1   11      
lowQualScore                  :                          .             ....                        ..  ..  ........   ........  .      ......... .    .   ..      
lowQualScore                  :                          6             4444                        66  77  22222222   99999999  2      888888888 2    2   88      
consensus                     : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
Reference ( family-583 )      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA-TTAACAT
gi|85236                      : TCTCGCTATATGCTGAGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTAAACCGATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85237                      : TTTCTATATATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--GGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85238                      : TTACGCTATATGCTGGGATATTGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TAAATA---------T-TAAC-GTA-Ttat
gi|85239                      : TCTCGCTCTATGCTGAGATGTTGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTCC--AA--CA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-T
gi|85240                      : TTTCGATACATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-TAAC-GTA--TAAC
gi|85241                      : TTTCGCTATATGCTGGTATATCGGTTAGGGTCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATTTTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GCA-TTAtat
gi|85242                      : TCTCGCTATATGCTGTGATGTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAACCAATATTCC--AA--TA--------TAT--------AG-TGAACA---------T-TAAC-GTT-Tctat
gi|85243                      : TTTCAATATATGATGGGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTA--TAAC
gi|85244                      : TTTCGCTATTTGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGCATAGTCTGAGCCAATATTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTT-TTAtat
gi|85245                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--CA--------GAT--------AA-CGACCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATctat
gi|85246                      : TTTCGCTATATGCTGATATATTGGCTATGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAC--------T-TAGC-GAA-TTA
gi|85247                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TATACATGTACAG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAAC
gi|85248                      : TTTCGATATATGCTAAGATATCTGTAAGGATCAGCTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TATATACATGTAT--------AG-TGAATAT--------T-CAAC-GTG--TAACtat
gi|85249                      : TTTCGCTGTATGCTTGGATATCGGTTAGGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCTGATAATCC--AG--CA--------TAT--------AG-CGAGCAT--------T-TTAC-GAA-TTAACATtat
gi|85250                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGTTTAAGATCAGCTGGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATATTTC--AG--GA--------TAT--------AG-TTTATAT--------T-TAAC-
gi|85251                      : TTTCGCTATTTGCTGATATATTGGCTTAGATCAGTGTGT----ACGTTTTGTCTGAGTCGATACTTC--AA--CA--------AAC--------AG-CGAATAT--------T-TAAC-GAA-TTAtaata
gi|85252                      : TTTCGCTATATACTGATGTATCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCAGATATCAT--AC--TA--------TAT--------GG-TGTCTAT--------T-TAAC-GTT-TTA
gi|85253                      : TTTCGATATATGTTGGGATATTGATTAGGATCAGCATGT----ATGTTTTGTCTGAATGGATAGTCC--AGTATA--------TAT--------AT-TGAATA---------T-TAAA-GTA-TTA
gi|85254                      : TTTCACTATATACTGAGATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ATGTTTTGTCTGAGCAAATATCTC--AA--TA--------TAT--------AT-TGTGTAT--------T-AAAC-GTctat
gi|85255                      : TTTCACTCTATGCTGGTATATCGGTTGGGGTCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAACCGATATATC--AG--TA--------TAA--------AG-TGTATAT--------C-TAAC-TTA-T
gi|85256                      : TTTCGCTATATGCTGGGATATCGGTTA-----AGC--------ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TGT--------A--TTAATATTAGTAATGT-TAAC-GTA-TTA
gi|85257                      : TTTAGCTTTATGCCGAATTATCAGTTAGGATCAGCTCGT----AAGTTTTGTCAGAGCCGATATTTC--AA--TA--------TAT--------AG-T--ATATG-------T-TAAC-GTT-TTActa
gi|85258                      : TTTTGCTATAGGCTGAGATATCAGTAAGGGTCAGCTTTTAAAAACGTTTT
gi|85259                      : TTTCAATATATGCCGAGATATTGGTAAGGATCAGTTTGT----ACATTTTGTCTGAGCCGATTTTTC--AA--TAATTAT---TAT--------AG-TTCATA---------C-TA---GTATTTAACAT
gi|85260                      : TTCCGCTATATACTGAGATATCGGTTTTGATCAGCTTGT----ATGTTTAGTTTGAGCTGA------------TA--------TAT--------GG-TGTGTAT--------T-TAAT-GTT-TTA
gi|85261                      :   TCGCTATATGCTGGGATATCGGTTTAGATCAGTTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TGCACA---------T-AAAC-TAA-TTAACA
gi|85262                      :   TCGCTAAATGCTGGGATATTGGTTTAGATCAGCTTGT----ACGTTTTGACTGAGCCGATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-TTCACA---------T-TAAC-TAA-TTAACA
gi|85263                      :   TTGCTATATGCTGAGATATTGGTGAGGATCAACATGA----A----TTATTTGAAACAATATTTC--AG--TA--------TAT--------AG-CGCTTAT--------T-
gi|85264                      :        ATATGCTGGGATTTCGGTAAGGATCAGCTTGT----ACGTTTAGTCTGAGCCGATATTCC--AG--TA--------TAT--------TG-TGAATA---------T-AAAC-GTT-TTGA
gi|85265                      :           TGCTGGAACATCGGTTTGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAACCGATATTTCATAG--TG--------TAT--------AATTGTATGT--------TGTAAT-GGA-GTAAtgt
gi|85266                      :             CTGGGATATCGGTTAGGATCAGCATGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGCTATTCC--AG--TA--------TATAA------AG-TGAATA---------T-TAAC-GTA-t
gi|85267                      :             CTGTAATATCGGTTAGGATCAGCTTGT----ACGTTTTGTCTGAGCCGATATTCC--AGTATA--------TAT--------AG-TGAA-AA--------T-GAAC-GTA-TTA
gi|85268                      :                GGATATCGGTAAGGATCAGAGTGA----ACCTTTAGTCTGAGCCTATAGTCC--AG--TA--------TAT--------AG-TGAATA---------T-AAAC-GTA-TTActat
gi|85269                      :                GGATATCATTTAGAATCAGCTAGT----ATGTTTTGTCTGGGCCAATTTCTC--AA--TA--------TAC--------AG-CGCACA-----------TAACTGCA-T
gi|85270                      :                                     TGA----ACGTTTAGTCGGAGTCGAAATTCC--AG--TA--------TAT--------GG-TGAATAT--------T-T-AC-GCA-C