lowQualScore : 111 2222222 3333333333333333 1111111 111
lowQualScore : 999 1 1111111 11 1 3333333333333333 9 1 3333333 111 1 1
lowQualScore : ... . ....... .. . ................ . . ....... ... . .
lowQualScore : 111 3 0000000 77 2 7777777777777777 1 2 2222222 888 2 2
consensus : AATTTTATT--CGG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Reference ( gi|69082 ) : AATTTTATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TATGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69083 : AAGTTTATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TTTGCTTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69084 : AAGTTTGTT--CAG-CAA----T--C--AGC-AA--------A---T-TTTGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAAACAATAC
gi|69089 : AAGTTTATT--CAG-CAA----T--C--TAC-AA--------A---G-TTTGTCTTTGGCCATTTACAA-GGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGATAACACA
gi|69098 : AAGTTTATT--CAG-CAA----T--C--GGT-AA--------A---T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-AGAA-TTGCAA-AAAACATATAT-ATCA-AAGACAATACA
gi|69097 : AAATTTATT--TAG-CAA----T--A--GGC-AA--------A---T-TTTGCCTTAAGCCATTTACAA-AATT-TTAAAATAGAA---ATAT-GGCA-AAGACAA
gi|69096 : AATTGTATT--CAG-CAA----C--C--GGC-AA--------AA--T-TTTGCCTTAAGCCATTTATAA-AATT-GTACAA-AGAA---ATAT-GACA-AATACAACA
gi|69085 : AATTTTATT---GG-CAA----TTTC--GGC-AA--------A---TATTTGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TT--AG-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAaca
gi|69095 : AATTTTATT---GG-CAA----TTTC--GGC-AA--------A---CATGTGCTTTTGGCCATTTACAA-TGTT-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaata
gi|69090 : AATTTTATT---GG-CAA----TTTC--GGT-AA--------AACAT-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGTC-AAGACAcaata
gi|69091 : AATTTTATT---GG-CAA----TTTC--GGC-AA--------ACA-T-T-TGCCTTTGGCTATTTACAA-AGTT-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCcaata
gi|69094 : AATTTTATT--GA--CAA----TTTC--GGCTAACAT-----A---T-T-TGCCTTTGGGCATTTACAA-AGTT-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69100 : AATTTTATTGGCAAACAA----T--C--AGC-AA--------A---CATATGCCTTTGGCCACTTACAATA--T-TTATAA-AT-C---ATAT-GGCA-AAGACAcaaaaca
gi|69103 : AAGTTTATT---AG-CAAC---T--C--GGC-AAGACATAAAA---T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAATAA---TTAC---AGAA---ATAT-GGCA-AACACAAtgaca
gi|69086 : AATTTTATT---GG-CAAACTAT--C--AGC-AA--------A---AATATGCCTTTGGCCATTTACAATATTT-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69105 : AAGTTTATT---AG-CAAC---T--C--GGC-AAGAC-----A---C-T-TGCCTTTGGCCATTTACAATAA---TTAC---AGAA---ATAT-GGC---AGACAAtaaca
gi|69093 : AATTTTATT---GG-CAA----TTTC--GGC-AA--------ACA-T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTT-TT-TAA-ATAA---A
gi|69088 : AATTTTATT---GG-CAAACTAT--C--AGT-AA--------A---AATATGCCTTTGGCCATTTACAATATTT-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69087 : AATTTTATT---GG-CAAACTAT--C--AAC-AA--------A---AATATGCCTTTGGCCATTTACAATATTT-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69101 : AATTTTATT---AG-CAAACTTT--C--AGC-AA--------A---CATATGCATTTGGCCATTTGCAT-AATT-TT-TAA-AATC---ATAT-GACA-AAGGCAtaaca
gi|69099 : AATTTTATT---GG-CAAACTGT--C--AGC-AA--------A---CATATGTCTTTGGCCATTTACAATATTT-TTA------AATC-ATAT-GGAA-AAGAC
gi|69092 : AAATTTATT---GG-CAAACTAT--C--AGC-AA--------A---AATATGCCTTTGGCCATTAACAATATTT-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69102 : AATTTTATT--GAA-CTA----T--C--AGC-AA--------A---CATAT-CCTTTGGCCATTTACAA-taaca
gi|69106 : ATTTTATT--TAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TATGCCTTTGGCCAT------------TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGGCAATACA
gi|69107 : ATTTTATT---GG-CAA----TTTC--AGC-AA--------ACA-T-T-TGCCTTTGGGTATTTACAG-TGTT-TT--TA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69110 : TTTTATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TAGGCCTTTGCCCATTTACAA-TGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69109 : TTTTATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TAGGCCTTTGCCCATTTACAA-TGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69111 : TTTTTTT--TAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TTTGCCTTTGGCCATTTACCA-AGCT-TTCCAA-AGAA---ATAT-GACA-AA-ACA
gi|69108 : TTTTATT---GG-CAA----T--TTAGGC-AA--------ACA-T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-AGTC-TT--AA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69112 : TTTATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TTTGCCTTTTGTCACTTACAA-GGTA-TTAAAA-AGCA---ATAT-GGCA-AAGACAATACAcaata
gi|69113 : TATT--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------A---T-TTTGCCATTGGTCATTTGCAA-AGTT-TTAC-----AT---ATATAGGTA-AAGACAATACA
gi|69114 : T--CAG-CAA----T--C--GGC-AA--------ACG-T-T-TGCATTTGGCCATTAACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGAAGAAGACAACA
gi|69104 : A----T--C--AGC-AA--------ACA-T-T-TGCCTTTGGCCATTTACAA-TATTGTTA------AATC-ACAT-GACA-ATGACAaaaca
gi|69115 : aatcgtatttggaaagt----T--C--GGC-AAGAT-----A---T-T-TGCCTTTGACCATTTACAA-TG-A-TTAC---AGAA---A-AT-GGCA-AAGACAA
gi|69116 : GC-AA--------AACAT-T-TGCTTTTGGCCATTTACAA-AA-A-TTACAA---AA---CTAT-GGCA-AAGAC
gi|69117 : CTCCGGCCATTTACAA-AGTT-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACtaa
Alignments
lowQualScore : 1 2222222 222222222222 111 111
lowQualScore : 8 4444444 11 1 999999999999 11 4 6 1 7 1 1 222 1 3 111 1 1
lowQualScore : . ....... .. . ............ .. . . . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 5 7777777 66 1 999999999999 66 6 9 1 8 1 1 222 1 1 444 2 2
consensus : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-AA--------A-A-T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Reference ( family-568 ) : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69082 : AATTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--TAT-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69083 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--T-TTG-CTTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69084 : AAGTTTGTTCAGCAA----T--C--AGC-AA--------A---T--T-TTG-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAAACAATAC
gi|69085 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-AA--------A---TATT-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT--AG-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69086 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-AA--------AAA-T--A-T-G-CCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69087 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AAC-AA--------AAA-T--A-T-G-CCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69088 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGT-AA--------AAA-T--A-T-G-CCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69089 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--TAC-AA--------AG--T--T-T-G-TCTTTGGCCATTTACAA-GGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGATAACACAtaaca
gi|69090 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGT-AA--------AACAT--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGTC-AAGACA
gi|69091 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-AA--------ACA-T--T-T-G-CCTTTGGCTATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCcaata
gi|69092 : AAATTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-AA--------AAA-T--A-T-G-CCTTTGGCCATTAACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69093 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-AA--------ACA-T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---Ataaca
gi|69094 : AATTTTATT-GACAA----TTTC--GGCTAACAT-----A---T--T-T-G-CCTTTGGGCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69095 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-AA--------ACA-T--G-T-G-CTTTTGGCCATTTACAA-TGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaaaaca
gi|69096 : AATTGTATTCAGCAA----C--C--GGC-AA--------AAT-T--T-T-G-CCTTAAGCCATTTATAA-AAT-T-GTACAA-AGAA---ATAT-GACA-AATACAACAcaata
gi|69097 : AAATTTATTTAGCAA----T--A--GGC-AA--------A---T--T-TTG-CCTTAAGCCATTTACAA-AAT-T-TTAAAATAGAA---ATAT-GGCA-AAGACAAaca
gi|69098 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGT-AA--------A---T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGA-A-TTGCAA-AAAACATATAT-ATCA-AAGACAATACA
gi|69099 : AATTTTATT-GGCAAACTGT--C--AGC-AA--------ACA-T--A-T-G-TCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGAA-AAGAC
gi|69100 : AATTTTATT-GGCAAACAAT--C--AGC-AA--------ACA-T--A-T-G-CCTTTGGCCACTTACAA---TAT-TTATAA-AT-C---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69101 : AATTTTATT-AGCAAACTTT--C--AGC-AA--------ACA-T--A-T-G-CATTTGGCCATTTGCAT-AAT-T-TT-TAA-AATC---ATAT-GACA-AAGGCAtgaca
gi|69102 : AATTTTATTGAACTA----T--C--AGC-AA--------A---C--A-T-ATCCTTTGGCCATTTACAA-
gi|69103 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGC-AAGACATAAAA---T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGCA-AACACAA
gi|69104 : AATCGTATTTGGAAAGTA-T--C--AGC-AA--------ACA-T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-TAT-TGTTA------AATC-ACAT-GACA-ATGACA
gi|69105 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGC-AAGAC-----A---C--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGC---AGACAA
gi|69106 : ATTTTATTTAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--TAT-G-CCTTTGGCCATTTA-------------CAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGGCAATACA
gi|69107 : ATTTTATT-GGCAA----TTTC--AGC-AA--------ACA-T--T-T-G-CCTTTGGGTATTTACAG-TGT-T-TT--TA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69108 : TTTTATT-GGCAA----T--TTAGGC-AA--------ACA-T--T-T-G-CCTTTGGCCATTTACAA-AGT-C-TT--AA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaata
gi|69109 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--TAG-G-CCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69110 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--TAG-G-CCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69111 : TTTTTTTTAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--T-TTG-CCTTTGGCCATTTACCA-AGC-T-TTCCAA-AGAA---ATAT-GACA-AA-ACA
gi|69112 : TTTATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--T-TTG-CCTTTTGTCACTTACAA-GGT-A-TTAAAA-AGCA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69113 : TATTCAGCAA----T--C--GGC-AA--------A---T--T-TTG-CCATTGGTCATTTGCAA-AGT-T-TTAC-----AT---ATATAGGTA-AAGACAATACA
gi|69114 : TCAGCAA----T--C--GGC-AA--------ACG-T--T-T-G-CATTTGGCCATTAACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGAAGAAGACAACA
gi|69115 : ----T--C--GGC-AAGAT-----A---T--T-T-G-CCTTTGACCATTTACAA-TG--A-TTAC---AGAA---A-AT-GGCA-AAGACAAaaaca
gi|69116 : GC-AA--------AACAT--T-T-G-CTTTTGGCCATTTACAA-AA--A-TTACAA---AA---CTAT-GGCA-AAGAC
gi|69117 : CTCCGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACtaa
Alignments
lowQualScore : 1 2222222 111111 111 111
lowQualScore : 8 4444444 11 3333333 999999 5555 1 7 1 1 111 1 3 111 1 1
lowQualScore : . ....... .. ....... ...... .... . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 5 7777777 66 7777777 555555 3333 1 8 1 1 555 1 1 444 2 2
consensus : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Reference ( family-568 ) : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69082 : AATTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69083 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69084 : AAGTTTGTTCAGCAA----T--C--AGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAAACAATAC
gi|69085 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAT--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT--AG-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69086 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69087 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AAC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69088 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGT-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69089 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--TAC-------AAA---G--T--T-T-GTCTTTGGCCATTTACAA-GGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGATAACACAtaaca
gi|69090 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGT-------AAA---ACAT--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGTC-AAGACA
gi|69091 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCTATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCcaata
gi|69092 : AAATTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTAACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69093 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---Ataaca
gi|69094 : AATTTTATT-GACAA----TTTC--GGC-------TAACATA--T--T-T-GCCTTTGGGCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69095 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--G-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-TGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaaaaca
gi|69096 : AATTGTATTCAGCAA----C--C--GGC-------AAA---A--T--T-TTGCCTTAAGCCATTTATAA-AAT-T-GTACAA-AGAA---ATAT-GACA-AATACAACAcaata
gi|69097 : AAATTTATTTAGCAA----T--A--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTAAGCCATTTACAA-AAT-T-TTAAAATAGAA---ATAT-GGCA-AAGACAAaca
gi|69098 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGT-------AAA------T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGA-A-TTGCAA-AAAACATATAT-ATCA-AAGACAATACA
gi|69099 : AATTTTATT-GGCAAACTGT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GTCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGAA-AAGAC
gi|69100 : AATTTTATT-GGCAAACAAT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCCTTTGGCCACTTACAA---TAT-TTATAA-AT-C---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69101 : AATTTTATT-AGCAAACTTT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCATTTGGCCATTTGCAT-AAT-T-TT-TAA-AATC---ATAT-GACA-AAGGCAtgaca
gi|69102 : AATTTTATTGAACTA----T--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T--CCTTTGGCCATTTACAA-
gi|69103 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGCAAGACATAAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGCA-AACACAA
gi|69104 : AATCGTATTTGGAAAGTA-T--C--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-TAT-TGTTA------AATC-ACAT-GACA-ATGACA
gi|69105 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGC-------AAG---A--CACT-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGC---AGACAA
gi|69106 : ATTTTATTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCA------------T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGGCAATACA
gi|69107 : ATTTTATT-GGCAA----TTTC--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGGTATTTACAG-TGT-T-TT--TA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69108 : TTTTATT-GGCAA----T--TTAGGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-C-TT--AA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaata
gi|69109 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69110 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69111 : TTTTTTTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACCA-AGC-T-TTCCAA-AGAA---ATAT-GACA-AA-ACA
gi|69112 : TTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTTGTCACTTACAA-GGT-A-TTAAAA-AGCA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69113 : TATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCATTGGTCATTTGCAA-AGT-T-TTAC-----AT---ATATAGGTA-AAGACAATACA
gi|69114 : TCAGCAA----T--C--GGC-------AAAC--G--T--T-T-GCATTTGGCCATTAACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGAAGAAGACAACA
gi|69115 : ----T--C--GGC-------AAG---A--TATT-T-GCCTTTGACCATTTACAA-TG--A-TTAC---AGAA---A-AT-GGCA-AAGACAAaaaca
gi|69116 : GC-------AAA---ACAT--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AA--A-TTACAA---AA---CTAT-GGCA-AAGAC
gi|69117 : CTCCGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACtaa
Alignments
lowQualScore : 1 2222222 111111 111 111
lowQualScore : 8 4444444 11 3333333 999999 5555 1 7 1 1 111 1 3 111 1 1
lowQualScore : . ....... .. ....... ...... .... . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 5 7777777 66 7777777 555555 3333 1 8 1 1 555 1 1 444 2 2
consensus : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Reference ( family-568 ) : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69082 : AATTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69083 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69084 : AAGTTTGTTCAGCAA----T--C--AGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAAACAATAC
gi|69085 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAT--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT--AG-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69086 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69087 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AAC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69088 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGT-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69089 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--TAC-------AAA---G--T--T-T-GTCTTTGGCCATTTACAA-GGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGATAACACAtaaca
gi|69090 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGT-------AAA---ACAT--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGTC-AAGACA
gi|69091 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCTATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCcaata
gi|69092 : AAATTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTAACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69093 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---Ataaca
gi|69094 : AATTTTATT-GACAA----TTTC--GGC-------TAACATA--T--T-T-GCCTTTGGGCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69095 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--G-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-TGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaaaaca
gi|69096 : AATTGTATTCAGCAA----C--C--GGC-------AAA---A--T--T-TTGCCTTAAGCCATTTATAA-AAT-T-GTACAA-AGAA---ATAT-GACA-AATACAACAcaata
gi|69097 : AAATTTATTTAGCAA----T--A--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTAAGCCATTTACAA-AAT-T-TTAAAATAGAA---ATAT-GGCA-AAGACAAaca
gi|69098 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGT-------AAA------T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGA-A-TTGCAA-AAAACATATAT-ATCA-AAGACAATACA
gi|69099 : AATTTTATT-GGCAAACTGT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GTCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGAA-AAGAC
gi|69100 : AATTTTATT-GGCAAACAAT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCCTTTGGCCACTTACAA---TAT-TTATAA-AT-C---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69101 : AATTTTATT-AGCAAACTTT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCATTTGGCCATTTGCAT-AAT-T-TT-TAA-AATC---ATAT-GACA-AAGGCAtgaca
gi|69102 : AATTTTATTGAACTA----T--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T--CCTTTGGCCATTTACAA-
gi|69103 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGCAAGACATAAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGCA-AACACAA
gi|69104 : AATCGTATTTGGAAAGTA-T--C--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-TAT-TGTTA------AATC-ACAT-GACA-ATGACA
gi|69105 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGC-------AAG---A--CACT-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGC---AGACAA
gi|69106 : ATTTTATTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCA------------T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGGCAATACA
gi|69107 : ATTTTATT-GGCAA----TTTC--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGGTATTTACAG-TGT-T-TT--TA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69108 : TTTTATT-GGCAA----T--TTAGGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-C-TT--AA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaata
gi|69109 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69110 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69111 : TTTTTTTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACCA-AGC-T-TTCCAA-AGAA---ATAT-GACA-AA-ACA
gi|69112 : TTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTTGTCACTTACAA-GGT-A-TTAAAA-AGCA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69113 : TATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCATTGGTCATTTGCAA-AGT-T-TTAC-----AT---ATATAGGTA-AAGACAATACA
gi|69114 : TCAGCAA----T--C--GGC-------AAAC--G--T--T-T-GCATTTGGCCATTAACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGAAGAAGACAACA
gi|69115 : ----T--C--GGC-------AAG---A--TATT-T-GCCTTTGACCATTTACAA-TG--A-TTAC---AGAA---A-AT-GGCA-AAGACAAaaaca
gi|69116 : GC-------AAA---ACAT--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AA--A-TTACAA---AA---CTAT-GGCA-AAGAC
gi|69117 : CTCCGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACtaa
blockSeqs : C ACTAT TA AAGACAT CATA ACT T T A G ACA T G CAT A G
blockSeqs : C ACTAT . . ACA ATT . T . . ACA . G TC . .
blockSeqs : C ACTAT . . ACA TA . T . . ACA . T TC . .
blockSeqs : C ACTAT . . TA TA . T . . ACA . G TC . .
blockSeqs : T ACTGT . . CA TA . T . . AAA . T TC . .
blockSeqs : C ACAAT . . CA TA . T . . GCA . T TC . .
blockSeqs : G ACTTT . . CA T . T . . ATA . T TC . .
blockSeqs : T GTAT . . CA T . . . . ACA . T . . .
blockSeqs : T TTT . . CA T . . . . ACA . T . . .
blockSeqs : C TTT . . CA T . . . . ACA . G . . .
blockSeqs : C TTT . . CA T . . . . CCA . G . . .
blockSeqs : T TTT . . CA T . . . . AAA . A . . .
blockSeqs : C TTT . . CA T . . . . ACA . T . . .
blockSeqs : C TTT . . CA T . . . . ACA . A . . .
blockSeqs : C TTT . . CG G . . . . ACA . G . . .
blockSeqs : . CT . . T T . . . . TA . G . . .
blockSeqs : . CT . . T T . . . . TA . G . . .
blockSeqs : . T . . A T . . . . TA . T . . .
blockSeqs : . T . . A A . . . . TA . T . . .
blockSeqs : . T . . A A . . . . TA . G . . .
blockSeqs : . C . . G A . . . . TA . G . . .
blockSeqs : . T . . A A . . . . AC . G . . .
blockSeqs : . T . . A T . . . . AC . G . . .
blockSeqs : . T . . T T . . . . AC . G . . .
blockSeqs : . T . . A A . . . . AC . G . . .
blockSeqs : . T . . A T . . . . A . G . . .
blockSeqs : . T . . T T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . T A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . T A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . T T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . T T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . T T . . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . A T . . . . T . . . .
blockSeqs : . . T . . . . A . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
finalCons : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Alignments
lowQualScore : 1 2222222 111111 111 111
lowQualScore : 8 4444444 11 3333333 999999 5555 1 7 1 1 111 1 3 111 1 1
lowQualScore : . ....... .. ....... ...... .... . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 5 7777777 66 7777777 555555 3333 1 8 1 1 555 1 1 444 2 2
consensus : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
Reference ( family-568 ) : AATTTTATTCGGCAA----T--C--GGC-------AAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69082 : AATTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69083 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69084 : AAGTTTGTTCAGCAA----T--C--AGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAAACAATAC
gi|69085 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAT--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT--AG-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69086 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69087 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AAC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69088 : AATTTTATT-GGCAAACTAT--C--AGT-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACAtaaca
gi|69089 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--TAC-------AAA---G--T--T-T-GTCTTTGGCCATTTACAA-GGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGATAACACAtaaca
gi|69090 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGT-------AAA---ACAT--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGTC-AAGACA
gi|69091 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCTATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCcaata
gi|69092 : AAATTTATT-GGCAAACTAT--C--AGC-------AAA---A--A--TAT-GCCTTTGGCCATTAACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69093 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---Ataaca
gi|69094 : AATTTTATT-GACAA----TTTC--GGC-------TAACATA--T--T-T-GCCTTTGGGCATTTACAA-AGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69095 : AATTTTATT-GGCAA----TTTC--GGC-------AAAC--A--T--G-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-TGT-T-TT-TAA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaaaaca
gi|69096 : AATTGTATTCAGCAA----C--C--GGC-------AAA---A--T--T-TTGCCTTAAGCCATTTATAA-AAT-T-GTACAA-AGAA---ATAT-GACA-AATACAACAcaata
gi|69097 : AAATTTATTTAGCAA----T--A--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTAAGCCATTTACAA-AAT-T-TTAAAATAGAA---ATAT-GGCA-AAGACAAaca
gi|69098 : AAGTTTATTCAGCAA----T--C--GGT-------AAA------T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGA-A-TTGCAA-AAAACATATAT-ATCA-AAGACAATACA
gi|69099 : AATTTTATT-GGCAAACTGT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GTCTTTGGCCATTTACAATATT-T-TTA------AATC-ATAT-GGAA-AAGAC
gi|69100 : AATTTTATT-GGCAAACAAT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCCTTTGGCCACTTACAA---TAT-TTATAA-AT-C---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69101 : AATTTTATT-AGCAAACTTT--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T-GCATTTGGCCATTTGCAT-AAT-T-TT-TAA-AATC---ATAT-GACA-AAGGCAtgaca
gi|69102 : AATTTTATTGAACTA----T--C--AGC-------AAAC--A--T--A-T--CCTTTGGCCATTTACAA-
gi|69103 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGCAAGACATAAA---A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGCA-AACACAA
gi|69104 : AATCGTATTTGGAAAGTA-T--C--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-TAT-TGTTA------AATC-ACAT-GACA-ATGACA
gi|69105 : AAGTTTATT-AGCAAC---T--C--GGC-------AAG---A--CACT-T-GCCTTTGGCCATTTACAATAA----TTAC---AGAA---ATAT-GGC---AGACAA
gi|69106 : ATTTTATTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-T-GCCTTTGGCCA------------T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGGCAATACA
gi|69107 : ATTTTATT-GGCAA----TTTC--AGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGGTATTTACAG-TGT-T-TT--TA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACA
gi|69108 : TTTTATT-GGCAA----T--TTAGGC-------AAAC--A--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACAA-AGT-C-TT--AA-ATAA---ATAT-GGCC-AAGACAcaata
gi|69109 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAcaata
gi|69110 : TTTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--A-G-GCCTTTGCCCATTTACAA-TGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACA
gi|69111 : TTTTTTTTAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTGGCCATTTACCA-AGC-T-TTCCAA-AGAA---ATAT-GACA-AA-ACA
gi|69112 : TTTATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCTTTTGTCACTTACAA-GGT-A-TTAAAA-AGCA---ATAT-GGCA-AAGACAATACA
gi|69113 : TATTCAGCAA----T--C--GGC-------AAA---T--T--T-T-GCCATTGGTCATTTGCAA-AGT-T-TTAC-----AT---ATATAGGTA-AAGACAATACA
gi|69114 : TCAGCAA----T--C--GGC-------AAAC--G--T--T-T-GCATTTGGCCATTAACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGAAGAAGACAACA
gi|69115 : ----T--C--GGC-------AAG---A--TATT-T-GCCTTTGACCATTTACAA-TG--A-TTAC---AGAA---A-AT-GGCA-AAGACAAaaaca
gi|69116 : GC-------AAA---ACAT--T-T-GCTTTTGGCCATTTACAA-AA--A-TTACAA---AA---CTAT-GGCA-AAGAC
gi|69117 : CTCCGGCCATTTACAA-AGT-T-TTACAA-AGAA---ATAT-GGCA-AAGACAATACtaa