lowQualScore : 11 11111111
lowQualScore : 11 222 6666 33 1 99999999 66666 888888 1 1 6
lowQualScore : .. ... .... .. . ........ ..... ...... . . .
lowQualScore : 66 111 9999 44 1 22222222 33333 777777 1 1 3
consensus : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT-C----N-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
Reference ( gi|14065 ) : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGCTCTGTT
gi|14036 : GTATG--ACGATAAG---CT---GTA--ATTCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCT
gi|14035 : atatatGTTTG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATTTTCTGTTT-TGTTCTGTT
gi|14054 : atatatGCATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTCGTTTTCTGTa
gi|14034 : atatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAG--T----T-ACCGGCA------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTTaaaat
gi|14038 : atatatGTATG--ACGATGAT---CT---GTT--ATGCTT-AAGT-T----A-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTTTGTaaa
gi|14037 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAGATTATGTGTTCTGTTC-TGTaaat
gi|14060 : atatatGTATG--ATGATGAG---CT---GTATAATGCTT-AAGT-T----G-A-----AA-----TGAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTaaa
gi|14061 : tGTATA--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT-C----G-A-----AA-----TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
gi|14039 : tGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTTAAAGT-T----T----------------AAA-TAAATGTTCTGTTC-TGGTCTGTT
gi|14062 : atatatGTATG--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT-C----G-A-----AA-----TAAAA-TATATGTTTTGTAC-AGTTCTGT
gi|14063 : tGTGTG--TTGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAAT-T----G-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-Tcaa
gi|14047 : tGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT-T------A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTatt
gi|14048 : tatatgtatgtattGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT-C------A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTTgaa
gi|14064 : tatatgtatgtattGTATT--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-ATGT-C----A-A-----A------T-----TACATGTTCTGTTC-TGTTCT
gi|14050 : tGTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT-CC---T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
gi|14055 : tatataTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGTCT----T-A-----A------TAAAA-TATCTGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
gi|14046 : tgtaTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT-C----A-A-----A------TAAAA-TAAATGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
gi|14056 : tatagtTATG--ACGATAAG---CT---ATG--GTGCTC-AAGT-C----TAA-----A------TACAA-TTTCTGTTCTGTTC-TGTTTTGT
gi|14045 : tgtaTATA--ACGATGAA---CT---GTATAATGTTC-AAGT-TATATT-AG----A------TAAAA--GTATGTTCTATTC-TGTTCTGTT
gi|14066 : tgtataTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT-C----G-AAAAG-A------TAAAA-TCTCTGTTCTGTTC-TGcaaat
gi|14057 : TATG--GCGATGAG---CT---ACG--ATACTC-AAGTCT----T-A-----A------TAAAA-TTTCTCTTCTGTTC-TGTTTCGTataa
gi|14052 : tataTATG--ACGATGAT---CT--------ATGTAT-AAGC-C----A-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGGTC-TGTTCTTTT
gi|14051 : tatagtTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT-C----A-A-----A------TAAAA-TATAGGTTCTGTTC-TGTTCT
gi|14043 : tatagtTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTT-AAAT-CTAAAT-A-----A------TAAAA-TGTCTACTCTGTTC-T
gi|14058 : atatttgtaTATG--GCGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT-C----TAA-----A------TAAAA-TTTCTGTTCTGTT
gi|14049 : tgtaTATG--ACTATGTA---CT--------ATGTGT-AAGT-C----A-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCtctatttcgt
gi|14059 : tatagtTATG--A-GATGAG---CT---ACG--ATGCTC-AAGT-C----T-A-----AAAAAAATAAAA-TTTCTGTTCTGTTC-TGTTCTCTTatattaaa
gi|14041 : tgtaTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT-CC---T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGTTCTGTT
gi|14042 : atatatTATGTCATGATGAGATACT---GTA---TGTAT-AAGT-A----A-A-----AA-----TAAAA-TATATGTTTTGTTC-TGTTCCGT
gi|14067 : atatatgtaATG--ATGATGAA---CT---GCAT-ATGCTT-AAGT-C----G-A-----AA-----TAAAA-TATATGATCTGTTC-TGT
gi|14068 : ATG--GTGATAAG---CTTTTGTA--ATGCTT-AAGT-GA---A-A-----A------TAAAA-GA-ATATTCTGTTC-TGTTCTATT
gi|14053 : ATA--ACGATGAA---CT---GTAT-ATGTTC-AAGT-T----A-T-----A------TTGAA-TAAA-ATTCTGTTC-AGTTCTGTTaaat
gi|14040 : tgtgtgaTG--ACTTTGAG---TT---GTA--ATGCTT-CAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TGctgtgataaat
gi|14069 : atataatgat--ACGATGAA---CT---GTAT-ACGTTC-AAGT-TATATTGA-----A------TAAAA-ATTATGTTCTGTTC-TGTTCTGTTtcc
gi|14070 : T---GTA--ATGCTT-AAGT-T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTGTTC-TTTTCTGT
gi|14044 : -T----T-A-----A------TAAAA-TATATGTTCTATTC-TGTTCTGTT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111
lowQualScore : 11 222 6666 33 1 88888888888888 3333 888888 1 2222 1 1
lowQualScore : .. ... .... .. . .............. .... ...... . .... . .
lowQualScore : 66 000 4444 11 1 55555555555555 4444 555555 1 3333 1 1
consensus : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C----N-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
Reference ( family-566 ) : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C----N-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14034 : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGTTACC----G-----GC---A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14035 : atatatGTTTG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATTTTCTG-TTT-TGTTCTGTTaaa
gi|14036 : atatatGTATG--ACGATAAG---CT---GTA--ATTCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTa
gi|14037 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAGATTA----TGTGTTCTG-TTC-TGTT
gi|14038 : atatatGTATG--ACGATGAT---CT---GTT--ATGCTT-AAGT---T----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTTTGTaaa
gi|14039 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTTAAAGT---T----T-------------------AAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGGTCTGTTaaat
gi|14040 : atatatTG--ACTTTGAG---TT---GTA--ATGCTT-CAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTCC
gi|14041 : atataatgatTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C----CT----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14042 : atatatTATGTCATGATGAGATACT---GTA---TGTAT-AAGT---A----A-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTTTG-TTC-TGTTCCGT
gi|14043 : atatatgtaTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTT-AAAT---CTAAAT-----A----A------TAAAA-TG----TCTACTCTG-TTC-
gi|14044 : atatttgta-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14045 : atatattatgatgatgatcttTATA--ACGATGAA---CT---GTATAATGTTC-AAGT---T----A-----T----A------TTAGA-TAAAAGTATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14046 : tgtataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTcaaat
gi|14047 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT--------T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14048 : tatatgtatgtattGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT---C----------A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTgaa
gi|14049 : tatatgtatgtattTATG--ACTATGTA---CT--------ATGTGT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTC
gi|14050 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C----CT----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTatattaaa
gi|14051 : tatataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TAGGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14052 : tatagtTATG--ACGATGAT---CT--------ATGTAT-AAGC---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-GTC-TGTTCTTTT
gi|14053 : tatagtATA--ACGATGAA---CT---GTAT-ATGTTC-AAGT---T----ATATTGA----A------TAAAA-T-----TCTGTTCAG-TTC-TGTTCTGT
gi|14054 : tgtgtgaGCATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTCGTTTTCTGTgataaat
gi|14055 : atatTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C----TT----A----A------TAAAA-TA----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaaat
gi|14056 : tgtaTATG--ACGATAAG---CT---ATG--GTGCTC-AAGT---CT---A-----A----A------TACAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTTTGT
gi|14057 : tgtaTATG--GCGATGAG---CT---ACG--ATACTC-AAGT---CT---T-----A----A------TAAAA-TT----TCTCTTCTG-TTC-TGTTTCGT
gi|14058 : tataTATG--GCGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---CT---A-----A----A------TAAAA-TT----TCTGTTCTGTTTC-TATTTCGT
gi|14059 : tgtaTATG--A-GATGAG---CT---ACG--ATGCTC-AAGT---C----T-----A----AAAAAAATAAAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTCTT
gi|14060 : tgtaGTATG--ATGATGAG---CT---GTATAATGCTT-AAGT---T----G-----A----AA-----TGAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14061 : tGTATA--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14062 : tGTATG--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTTTG-TAC-AGTTCTGT
gi|14063 : tGTGTG--TTGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAAT---T----G-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TATTcaa
gi|14064 : tGTATT--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-ATGT---C----A-----A----A------T-----TA----CATGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14065 : tGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGCTCTGTT
gi|14066 : TATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C----G-----AAAAGA------TAAAA-TC----TCTGTTCTG-TTC-TG
gi|14067 : ATG--ATGATGAA---CT---GCAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGATCTG-TTC-TGTTataa
gi|14068 : ATG--GTGATAAG---CTTTTGTA--ATGCTT-AAGTG--A----A-----A----A------TAAAA-GA-----ATATTCTG-TTC-TGTTCTATT
gi|14069 : --ACGATGAA---CT---GTAT-ACGTTC-AAGT---T----ATATTGA----A------TAAAA-AT----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaat
gi|14070 : T---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TTTTCTGT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111111
lowQualScore : 11 222 6666 33 1 88888888888888 3333 888888 1 2222 1 1
lowQualScore : .. ... .... .. . .............. .... ...... . .... . .
lowQualScore : 66 000 4444 11 1 55555555555555 4444 555555 1 3333 1 1
consensus : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C----N-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
Reference ( family-566 ) : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C----N-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14034 : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGTTACC----G-----GC---A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14035 : atatatGTTTG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATTTTCTG-TTT-TGTTCTGTTaaa
gi|14036 : atatatGTATG--ACGATAAG---CT---GTA--ATTCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTa
gi|14037 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAGATTA----TGTGTTCTG-TTC-TGTT
gi|14038 : atatatGTATG--ACGATGAT---CT---GTT--ATGCTT-AAGT---T----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTTTGTaaa
gi|14039 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTTAAAGT---T----T-------------------AAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGGTCTGTTaaat
gi|14040 : atatatTG--ACTTTGAG---TT---GTA--ATGCTT-CAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTCC
gi|14041 : atataatgatTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C----CT----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14042 : atatatTATGTCATGATGAGATACT---GTA---TGTAT-AAGT---A----A-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTTTG-TTC-TGTTCCGT
gi|14043 : atatatgtaTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTT-AAAT---CTAAAT-----A----A------TAAAA-TG----TCTACTCTG-TTC-
gi|14044 : atatttgta-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14045 : atatattatgatgatgatcttTATA--ACGATGAA---CT---GTATAATGTTC-AAGT---T----A-----T----A------TTAGA-TAAAAGTATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14046 : tgtataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTcaaat
gi|14047 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT--------T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14048 : tatatgtatgtattGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT---C----------A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTgaa
gi|14049 : tatatgtatgtattTATG--ACTATGTA---CT--------ATGTGT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTC
gi|14050 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C----CT----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTatattaaa
gi|14051 : tatataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TAGGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14052 : tatagtTATG--ACGATGAT---CT--------ATGTAT-AAGC---C----A-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-GTC-TGTTCTTTT
gi|14053 : tatagtATA--ACGATGAA---CT---GTAT-ATGTTC-AAGT---T----ATATTGA----A------TAAAA-T-----TCTGTTCAG-TTC-TGTTCTGT
gi|14054 : tgtgtgaGCATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTCGTTTTCTGTgataaat
gi|14055 : atatTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C----TT----A----A------TAAAA-TA----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaaat
gi|14056 : tgtaTATG--ACGATAAG---CT---ATG--GTGCTC-AAGT---CT---A-----A----A------TACAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTTTGT
gi|14057 : tgtaTATG--GCGATGAG---CT---ACG--ATACTC-AAGT---CT---T-----A----A------TAAAA-TT----TCTCTTCTG-TTC-TGTTTCGT
gi|14058 : tataTATG--GCGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---CT---A-----A----A------TAAAA-TT----TCTGTTCTGTTTC-TATTTCGT
gi|14059 : tgtaTATG--A-GATGAG---CT---ACG--ATGCTC-AAGT---C----T-----A----AAAAAAATAAAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTCTT
gi|14060 : tgtaGTATG--ATGATGAG---CT---GTATAATGCTT-AAGT---T----G-----A----AA-----TGAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14061 : tGTATA--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14062 : tGTATG--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGTTTTG-TAC-AGTTCTGT
gi|14063 : tGTGTG--TTGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAAT---T----G-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TATTcaa
gi|14064 : tGTATT--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-ATGT---C----A-----A----A------T-----TA----CATGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14065 : tGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGCTCTGTT
gi|14066 : TATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C----G-----AAAAGA------TAAAA-TC----TCTGTTCTG-TTC-TG
gi|14067 : ATG--ATGATGAA---CT---GCAT-ATGCTT-AAGT---C----G-----A----AA-----TAAAA-TA----TATGATCTG-TTC-TGTTataa
gi|14068 : ATG--GTGATAAG---CTTTTGTA--ATGCTT-AAGTG--A----A-----A----A------TAAAA-GA-----ATATTCTG-TTC-TGTTCTATT
gi|14069 : --ACGATGAA---CT---GTAT-ACGTTC-AAGT---T----ATATTGA----A------TAAAA-AT----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaat
gi|14070 : T---GTA--ATGCTT-AAGT---T----T-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TTTTCTGT
blockSeqs : TC ATA TTTG TA A TATATTG AAAG AAAAAA T AAAG T G
blockSeqs : . . TTG TA . TATATTG . A . . . .
blockSeqs : . . TTG T . CTAAAT . A . . . .
blockSeqs : . . G T . CCT . A . . . .
blockSeqs : . . G T . CCT . A . . . .
blockSeqs : . . G T . CTT . A . . . .
blockSeqs : . . G T . CTA . . . . . .
blockSeqs : . . G T . CTT . . . . . .
blockSeqs : . . G T . CTA . . . . . .
blockSeqs : . . G T . GAA . . . . . .
blockSeqs : . . A T . TT . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . A . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . A . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . A . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . A . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . A . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CT . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . A . . CG . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CG . . . . . .
blockSeqs : . . G . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . G . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CG************ ****
originalCons : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C----N-----A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
finalCons : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGTCG------------A----A------TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222
lowQualScore : 11 222 6666 33 1 7777777777777 3333 5 1 2222 1 1
lowQualScore : .. ... .... .. . ............. .... . . .... . .
lowQualScore : 66 000 4444 11 1 5555555555555 4444 4 1 3333 1 1
consensus : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C------G--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
Reference ( family-566 ) : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---C------G--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14034 : GTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGTTACC------G--GC---A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14035 : atatatGTTTG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATTTTCTG-TTT-TGTTCTGTTaaa
gi|14036 : atatatGTATG--ACGATAAG---CT---GTA--ATTCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTa
gi|14037 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAGATTA----TGTGTTCTG-TTC-TGTT
gi|14038 : atatatGTATG--ACGATGAT---CT---GTT--ATGCTT-AAGT---T------A--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTTTGTaaa
gi|14039 : atatatGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTTAAAGT--------------------TTAAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGGTCTGTTaaat
gi|14040 : atatatTG--ACTTTGAG---TT---GTA--ATGCTT-CAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTCC
gi|14041 : atataatgatTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C------CT-A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14042 : atatatTATGTCATGATGAGATACT---GTA---TGTAT-AAGT---A------A--A----AATAAAA-TA----TATGTTTTG-TTC-TGTTCCGT
gi|14043 : atatatgtaTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTT-AAAT---CTAAA--T--A----A-TAAAA-TG----TCTACTCTG-TTC-
gi|14044 : atatttgta--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14045 : atatattatgatgatgatcttTATA--ACGATGAA---CT---GTATAATGTTC-AAGT---T------A--T----A-TTAGA-TAAAAGTATGTTCTA-TTC-TGTTCTGTT
gi|14046 : tgtataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C------A--A----A-TAAAA-TA----AATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTcaaat
gi|14047 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT---T---------A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14048 : tatatgtatgtattGTATG--ATGATGTA---CT----TAT-GTGC---AAAT---C---------A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTgaa
gi|14049 : tatatgtatgtattTATG--ACTATGTA---CT--------ATGTGT-AAGT---C------A--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTC
gi|14050 : tatagtGTATG--ATGATGTA---CTTT-GTA-------C-AAAT---C------CT-A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTatattaaa
gi|14051 : tatataTATG--ACGATGTA---CT--------ATGTAT-AAGT---C------A--A----A-TAAAA-TA----TAGGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14052 : tatagtTATG--ACGATGAT---CT--------ATGTAT-AAGC---C------A--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-GTC-TGTTCTTTT
gi|14053 : tatagtATA--ACGATGAA---CT---GTAT-ATGTTC-AAGT---TATATT-G--A----A-TAAAA-T-----TCTGTTCAG-TTC-TGTTCTGT
gi|14054 : tgtgtgaGCATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTCGTTTTCTGTgataaat
gi|14055 : atatTATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C------TT-A----A-TAAAA-TA----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaaat
gi|14056 : tgtaTATG--ACGATAAG---CT---ATG--GTGCTC-AAGT---CT-----A--A----A-TACAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTTTGT
gi|14057 : tgtaTATG--GCGATGAG---CT---ACG--ATACTC-AAGT---CT-----T--A----A-TAAAA-TT----TCTCTTCTG-TTC-TGTTTCGT
gi|14058 : tataTATG--GCGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---CT-----A--A----A-TAAAA-TT----TCTGTTCTGTTTC-TATTTCGT
gi|14059 : tgtaTATG--A-GATGAG---CT---ACG--ATGCTC-AAGT---CTAAAAAA--A----A-TAAAA-TT----TCTGTTCTG-TTC-TGTTCTCTT
gi|14060 : tgtaGTATG--ATGATGAG---CT---GTATAATGCTT-AAGT---T------G--A----AATGAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGT
gi|14061 : tGTATA--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C------G--A----AATAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTT
gi|14062 : tGTATG--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAGT---C------G--A----AATAAAA-TA----TATGTTTTG-TAC-AGTTCTGT
gi|14063 : tGTGTG--TTGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-AAAT---T------G--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TATTcaa
gi|14064 : tGTATT--ATGATGAG---CT---GTAT-ATGCTT-ATGT---C------A--A----A-T-----TA----CATGTTCTG-TTC-TGTTCT
gi|14065 : tGTATG--ACGATGAG---CT---GTA--ATGCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TGCTCTGTT
gi|14066 : TATG--ACGATGAG---CT---ATG--ATGCTC-AAGT---C------G--AAAAGA-TAAAA-TC----TCTGTTCTG-TTC-TG
gi|14067 : ATG--ATGATGAA---CT---GCAT-ATGCTT-AAGT---C------G--A----AATAAAA-TA----TATGATCTG-TTC-TGTTataa
gi|14068 : ATG--GTGATAAG---CTTTTGTA--ATGCTT-AAGT----------GAAA----A-TAAAA-GA-----ATATTCTG-TTC-TGTTCTATT
gi|14069 : --ACGATGAA---CT---GTAT-ACGTTC-AAGT---TATATT-G--A----A-TAAAA-AT----TATGTTCTG-TTC-TGTTCTGTTaaat
gi|14070 : T---GTA--ATGCTT-AAGT---T------T--A----A-TAAAA-TA----TATGTTCTG-TTC-TTTTCTGT