lowQualScore : 111111 111111 666666666666666666666666666666666666 3333333333333 333333333333 2222222222222 2222222222222 1111 111111111111111 22222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333 111111 11
lowQualScore : 444444 88 9999 4 5 555555 5 8 4 4 444444444444444444444444444444444444 8888888888888 6 6 888888888888 77 0 66 4 3333333333333 55 555 6 5555555555555 4444 444 555555555555555 2 4 77777777777777777777777 88888888888 8888888888 3 333 9999999999999999999999999999999999 1 1 777777777777777777777777777 1 222 5 0 000000 3 33 0 11 00 2222 777777
lowQualScore : ...... .. .... . . ...... . . . . .................................... ............. . . ............ .. . .. . ............. .. ... . ............. .... ... ............... . . ....................... ........... .......... . ... .................................. . . ........................... . ... . . ...... . .. . .. .. .... ......
lowQualScore : 444444 44 2222 4 2 444444 9 8 4 4 000000000000000000000000000000000000 7777777777777 7 9 999999999999 99 1 99 4 5555555555555 66 888 7 9999999999999 2222 444 555555555555555 0 0 44444444444444444444444 33333333333 7777777777 5 000 2222222222222222222222222222222222 6 6 222222222222222222222222222 3 333 2 5 111111 0 44 3 77 88 9999 222222
consensus : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------AN-TGTA---TAAT-TCNATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATTGT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTG-TG----TGCGTGTGTGAATATCGTGTGGGAA---GA-GAAAT--------G----TTTT-AG-CATT---TT--TTTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A-AT---T---TT-------ATG-----------TGT---A-T-TT-CA---TNTTTG-----T---------AT-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCC--TCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
Reference ( gi|6290 ) : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------AT-TGTA---TAAT-TCAATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATTGT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTG-TA----TGTGTGTATGAATATCATGTGGGAA---GA-GAAAT--------G----TTTT-AG-CATT---TT--TTTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A-AT---T---TT-------ATG-----------TGT---A-T-CT-CA---TCTTTG-----T---------AT-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCC--TCAATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6289 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------AT-TGTA---TAAT-TCAATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAGT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATTGT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTG-TA----TGTGTGTGTGAATATCATGTGGGAA---GA-GAAAT--------G----TTTT-AG-CATT---TT--TTTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A-AT---T---TT-------ATG-----------TGT---A-T-CT-CA---TTTTTG-----T---------AT-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCC--TCAATAAATAA----ATTCG------CTTATCTTA
gi|6291 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------AT-TGTA---TAAT-TCCATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAAATTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATTGT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTG-TATGTGTGTGTGTGTGAATATCATGTGGGAA---GA-GAAAT--------G----TTTT-AG-CATT---TT--TTTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A-AT---T---TT-------ATT-----------TGT---A-T-CT-CA---TTTTTG-----T---------AT-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCC--TCAATAAATAA----ATTGGCTAAATCTTATCTTA
gi|6292 : ATGCAAAAGTAATCTTAGCAGATGGATAAAA------AA-TGTA---TAAT-TCAATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTTCATAAT-CATGACAAAGGGAAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATTGT----------TATC--CTGA--ACTGAATGTGTG-TA----TGTGTGTGTGAATACCATGTGGGAA---GA-GAAAT--------G----TTTT-AG-AATT---TT---TTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A-AT---T---TT-------ATG-----------TGT---A-T-CT-CA---TTTTTG-----T---------AT-AT--T--T---TAT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGCCGGGATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCC--TCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6293 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------AA-TGTG---TAATCTTAAATGCTTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTG-TAAACAGTTACATACCGC--AATGCTC---------------TATAAATAAATGTTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTTGAATTTTGACAT-----------------TTTT--ATGA---GAGAATGTGTG-TG-----------AAAAGTCTTGTGTGTGAA---GAAGAAATTTGTTGTTG----TTTTTAG-TATT---GT--CTG-CAC------TGAATATTTCA-T-GTAC--A--------------------TG-----------TTT---A-T-TT-CA---TTTTTG-----T---------AT-AT--C--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCT--TCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6294 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------AA-TGTG---TAAT-CCTAAATGTTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTT-AAAACAGTTACATACCAC--AA----CGCTCTGTAAATAAA-TGT---------TTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTCGAATTTTGACATGTTTTAT-------------------G--AGAGAATGTGTG-TG-----------AAGAGTCTTGTGTGTGAA---GAAGAAATTTGTTGTTG----TTTTTAG-TATT---GT--ATG-CAC------TGAATATTTCA-C-GTAC--A--------------------TG-----------TTT---A-T-TT-CA---TTTTTG-----T---------AT-AT--C--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGGTTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCT--TCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6295 : CAGATGGATGAAC------ATATTTATTGTTAT-TCTATTTGTTTTCTGTA--------TATGTAGATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6296 : CAGATCGATGCAATTATTTAT-TGT----TA-T-TCTATTTGTTTTCTGTATA--------TGTACATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6297 : AAA------AA-TGTG---CAAT-TCTATTTGTTTTCTGTATAATTATGTGTGTACATAAT-TGTG-TGAATAGTAACATGCTGC--AA----CGCTTTTGTAAATAATTGT---------TTTATATAAATTCAA------TACTATGAACCAAGTTTGAATGTTGAC-TGTATCGTGATC------TGTCATCTTACGAGTGAATGTGTG-TG----TG
gi|6298 : -TGCA---TATT-TCAATTTGTTTTCTGTACAA----GTGTGTACATAATCCATG-TAAACAGTAACATACTGC--AA----C---------------
gi|6299 : TTTCAATGTTGACAAGTATTGTGATCTGTCATCTTC--C--A--AATAAAC-------A----TGTGTGT--GAATATCGTTTGGAAC---GA-GAAAT--------G----TT--------TT---TG--TCTGAAT------TGAATATTTCA-T-GTA---------------C-------ATG-----------TTG---A-T-TT-CA----ATTTG-----T---------AG-AT--G--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGACCGCATGGAAGATTAGTTT----CTGACTAAATGTG--TCGCCC--TCTATAAACAAACACAGTCG------TTAATCTTA
gi|6301 : TGA--AGTGAATGTGTG-TG----TG--------AGTCTCATGTGGGAAAAAGA-AAAAT--------G----TCTT-G-------------TTTTCAC------TGAATATTTCA-T-GTAT--A--------------------TG-----------TGT---A-T-TT-CA---TATTT------T---------AA-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGAGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCATCC--TCTATAAATAA----AGTCA------CTTATCTTA
gi|6300 : TGAATGT-TGACA----T-TGTG-------ATCATG----AA---GG-AAAGT--------G----TTTT----CAGT---CT--AT---AC------AGAATTTTTCA-T-GGA--------------CT-------ATG-----------TTT---A-T-AT-CA---TC-----------------------------C---TGT-A-AGT-----T----G----------------TA-G---TGGGCCACATGGTAGGTTAGATT----TAAACCAAATGTG--TTGCCC--TCTGTAAATAA----AGTTT------CTTTTATTA
gi|6305 : tgtatttaatttttataaattagatattatggacttattt----TGCATTTATAAACATTATGTG------------AAT--------GCTTGTTTT-A--CATT---TTAATGTTTA------------ATTACA-TTGTTG--A-AT---T---TC-------ATG-----------T----------T-CA---T---TG-----T---------ATGAT--T-------GT---------------------------------T--G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCC--TCATTAAATAA----AGT
gi|6304 : gaataagtgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcat----TGCATTTATAAACATTATGTGA-------A-TACAT--------G----TTTT-A--TATT---TTAATGTTTA------------ATTACA-TTGTTG--A-AT---T---TC-------ATG-----------T----------T-CA---T---TG-----T---------ATGAT--T-------GT---------------------------------T--G---AGGGCCACAGGGAAGATAAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCC--TCATTAAATAA----AGT
gi|6306 : gaataactgtaaatattcaatagaaaagtttttgtcatTGTGAA---GA-AAAAT--------AA---TTTC-AG-CATT---GT--CCT-CAC------TGAATTTTTC-----CA-----------------------ATG-----------TTT---A-T-AT-CA---T-TTTG-----T---------AC-TT--C--C---TGT-A-AAT-----------------------------------------TATGGTAGATTAGATT----TAAACTAAACGTG--TCACCC--TCTATGA
gi|6303 : AA---TA-GAAAA--------G----TTTT-TGTCATTGCATT--TATAAACATTATGTGAATGCTTGT-T-TTAT--A-TT---T---TA-------ATG-----------TTT---A-G-TTACA---TTGTTGAATTTC---------AT-GT--TCAT---TGT-ATGAT-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCC--TCATTAAATAA----AGT
gi|6307 : gaataattgtaagtattcTTT-AG-CATT---GA--TTT-CGC------TTAATATTTCA-T-GTAT--A--------------------TG-----------TGT---A-T-TT-CA---T-TCCG-----T---------AA-AT--C--T---TGTTA-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCGCCC--TCTATGGATAA----AGTTG------CTTATCTT
gi|6312 : -CATT---TTA-TTTT---------------TTTCA-T-CT-T--ACAT---T---GT-------TTC-----------TAT---A-T-TT-AA---TATATG-----T---------AT------------TGT-A-AAT-----A----C----------------TA-G---AAGGCATCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCC--TTTGTAAGTAA----AG
gi|6302 : tgta---TT--TTTACAT------TTGATATTTTA-C-ATATTAA-AT---T---GT-------TTG-----------TAT---A-T-TT-AA---TACATG-----T---------AC-ATG-TA-T---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCC--TCTGTAAATAA----AG
gi|6308 : tatgtatgtgtgactagtcgtatgacag---TT--TTTACAT------TTGATATTTGA-C-ATATTAA-AT---T---GT-------TTG-----------TAT---A-T-TT-AA---TACATG-----T---------AT-AT--GCAT---TGT-A-AAT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCC--TCTGTAAAAAA----AG
gi|6309 : ATATTTTAAT-GTTT--A-AT---T---GC-------AT------------TGTTGAA-T-TT-CA---T----G-----T----------T-AT--T--T----GT-A---T-----G----A----------------TT-GTTCAGGGCGACAGGGAAGATCAGTGT------AACTACATGTG--TCATCC--TCATTAAATAA----AGT
gi|6310 : ATATTTCA-T-GTAC--A-ATCAAT---TTCCTTGCAATGCTTTAAATATTTTT---A-T-TT-TG---T-TTTGCTAT-T---------GT-AT--T--T---TGT-A-AAT-----A----ACATATAAATGTATAATTA-G---AGGGCCTCAAGGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGG--CTACCC--TCTTAAAATAA----AG
gi|6311 : ATATTTCA-T-GTAA--A-AT---CAACTT-------GCT-----------TGC---AATGCT-TAAAATGTTT------T----------T-AT--T--T---TGT-A-AAT-----GTATCA----------------TAAG---AGGGCCCAAAGGAAGATTAGTTT----CAAGCTAACTGGG--CTACCC--TTTTTAAATAA----AG
gi|6313 : -T-GTAT--GCAT---T---TT-------ATT-----------T-------T-TTACA---TCTTTG-----TTGTTTGTATAT-AT--T--TAA-TAT-A-TGT-----ATTG-G----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTT--CTACCT--TCTGTAAATAA----A
gi|6314 : T---T---TT-------ATA-----------T-T---G-T-TT-TA---CTATTG-----T---------AT-----T--T---TGT-A-AAT-----A----ACATGTAAATGTATCATTA-G---AGGGCACCGAGGAAGATTAGTTT----CAAACTTAATGAG--TTACCC--TCTATAAACAA----AGACG------
gi|6315 : T---T---TT-------ATT-----------TGT-------TT-TG---TTATTG-----T---------AT-----T--T---TGT-A-AAT-----A----ACATGTGAATGTATCATTA-G---AGGGCTCCAATGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGA--CTACCC--TCTTTAAATAA----AG
gi|6316 : T-------GTG-----------TGT---T-T-TT-AA---T--TTG-----T---------AT-ATAAT--A---TGT-A-AATGTATCA----T----------------TG-G---AGGGCCCCAAGGAGGATTAGTTT----CAAACTAATTAGA--CTACCCATTCAAT
gi|6318 : TTTT-----T---------AT--T--T--TACATGT-A-AATGTATCA----T----------------TA-G---AGGGTCCCAAGGAAGATTAATTT----CAAACTAACTGGG--CTACCC--TCTTTAAATAA----AG
gi|6319 : tta-A-AAT-----C----C----------------TA-G---AAGTCCGCATGGAATATTAGTTT----TTAACTAATCCTG--CCATCC--TCGATAAATAA----AGTCG------CTTTTCT
gi|6317 : T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCAAACGGAAGATTATTTT----TTAACTACATGTGTTTTACCC--TCTTTAAATAA----AGTCA------TTTATTTTA
gi|6320 : tcattttaatacataatgtgcaatggtT-----A----A----------------TA-G---AGGGTCCCATGGAAGATTAGTTT----TTAATTAAATATGTTTTACCC--TC
gi|6321 : ----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT-----AAACTTAATGTG--TCACTC--TTTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6322 : ----------------TA-G---AGGGTCGCATG---------TTTAAACTAAACTAAACGTG--TCACCC--TCTATAAATAA----AGTTG------CTTATCTTA
gi|6323 : ----------------TA-G---AGGGCCCCAAGGAAGATTAGTTT----CAAAATAATTGGG--CTACCC--TCAACAAATAA----
gi|6324 : -G---AAGGCCGCATGGAA-ATTAGTTT-----AAACTAAATGTG--TCACCC--TCCATAAATAA----AGTTG------CTTATC
gi|6325 : T----TAAACTAAATATG--TCACCC--TCTATAAATAC----AGTCA------CTTATCTT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 555555555555555555555555555555555555 333333 11111 2222222222 22222222 11 2222222 222222222222222222222222 1111111111111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 55 7777 1 4 22222 1 1 4 4 000000000000000000000000000000000000 222222 44444 5 2 66 8888888888 66 55 8888 2 99999999 8888 7777 666 7 00 7777777 1 1 666 6 11 3 888888888888888888888888 55 1 888 44444 44444 4 3333333333 6666666666666 1 4 222 222222222222222222222222222 1 222 1 0 999999 33 1 2222 666666
lowQualScore : ...... .. .... . . ..... . . . . .................................... ...... ..... . . .. .......... .. .. .... . ........ .... .... ... . .. ....... . . ... . .. . ........................ .. . ... ..... ..... . .......... ............. . . ... ........................... . ... . . ...... .. . .... ......
lowQualScore : 888888 44 4444 0 0 00000 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 999999 33333 7 5 11 9999999999 11 55 5555 1 77777777 5555 7777 444 3 00 3333333 5 4 222 9 44 8 777777777777777777777777 55 0 888 22222 00000 0 8888888888 6666666666666 5 4 555 999999999999999999999999999 2 222 4 2 222222 44 0 8888 888888
consensus : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
Reference ( family-562 ) : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6289 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAGT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTCG------CTTATCTTA
gi|6290 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTAT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATCTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6291 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCCATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAAATTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTGTATGTGTGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATT-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTGGCTAAATCTTATCTTA
gi|6292 : ATGCAAAAGTAATCTTAGCAGATGGATAAAA------A-ATGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCATAAT-CATGACAAAGGGAAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATT--GT----------TATC--CTGA--ACTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATACCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGAATTTT---TTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TA-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGCCGGGATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6293 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCTTAAATGCTTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTG-TAAACAGTTACATACCGC--AATGCTC---------------TATAAATAAATGTTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTTGAATTTTGACA---------T----------TTTT--ATG---AGAGAATGTG----TGTG-------AA-AAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TCTGCACTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6294 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCCTAAATG-TTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTT-AAAACAGTTACATACCAC--AA----CGCTCTGTAAATAAA-TGT---------TTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTCGAATTTTGACATGTTTT--AT-------------------G--AGAGAATGTG----TGTG-------AA-GAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TATGCACTGAATATTTCA-CGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGGTTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6295 : CAGATGGATGAAC------ATATTTATTGTTATTCTATTTG-TTTTCTGTA--------TATGTAGATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6296 : CAGATCGATGCAATTATTTA-TTGT----TA-TTCTATTTG-TTTTCTGTATA--------TGTACATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6297 : AAA------A-ATGTG---CAATTCTATTTG-TTTTCTGTATAATTATGTGTGTACATAAT-TGTG-TGAATAGTAACATGCTGC--AA----CGCTTTTGTAAATAATTGT---------TTTATATAAATTCAA------TACTATGAACCAAGTTTGAATGTTGAC-TGTATC--GTGATC------TGTCATCTTACGAGTGAATGTG----TGTGTG
gi|6298 : TGCA---TATTTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTACATAATCCATG-TAAACAGTAACATACTGC--AA----C---------------
gi|6299 : TTTCAATGTTGACAAGTATT--GTGATCTGTCATCTTC--C--A--AATAAACATG----TGTGTG---------AATATCG----TTTGG----AAC---G-AGAAA--TG-------TT------TTTG--TCTGAATTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTG---A-----TTTC-----A-ATT----TG----TAGAT--G--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGACCGCATGGAAGATTAGTTT----CTGACTAAATGTG--TCGCCCTCTATAAACAAACACAGTCG------TTAATCTTA
gi|6300 : TGTATTTAAT----------TTTT--ATAA--ATTAGATAT-----TATGGACTTATTTTGAATGTTGACATTGTGATCATGAA---G-GAAAG--TG-------TTTT--CAGTCT--AT---ACAGAATTTTTCA-TGGAC--------------T-------ATG-TTT---A-----TATC-----ATCCT-------------------------G-TA-AG---T-----T----G----------------TA-G---TGGGCCACATGGTAGGTTAGATT----TAAACCAAATGTG--TTGCCCTCTGTAAATAA----AGTTT------CTTTTATTA
gi|6301 : TGA--AGTGAATGTG----TGTGTG---------AGTCTCA----TGTGG----GAAAAAG-AAAAA--TG-------TCTTG---------TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----ATATT----T-----TAAAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGAGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCATCCTCTATAAATAA----AGTCA------CTTATCTTA
gi|6302 : TT--TTTACATTTGATATTTTA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TACATG-TA-T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAATAA----AG
gi|6303 : tatgtatgtgtgactagtcgtatgacagATATTTTAATGTTT--A-GT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6304 : gaataattgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcttgttttTGCATTTAT-AAACATTA----TGTGA------------ATACA--TG-------TTTTA-TATTTT-----------AATGTTTAA-T-TAC--A----------TT-------GT--TGA---A-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATAAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6305 : gaataactgtaaatattcaatagaaaagtttttgtcatTT--GTTTTAC---AT-TTTAA-TGTTT--A-AT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6306 : gaataagtgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcTGT----GAA---G-AAAAA--TAA------TTTCAGCATTGT--CCT-CACTGAATTTTTC------C--A-AT------------------G-TTT---A-----TATC-----AT-TT----TG----TACTT--C--C---TG-TA-AA---T-----------------------------------------TATGGTAGATTAGATT----TAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATGA
gi|6307 : TTTAGCATTGA--TTT-CGCTTAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----AT-TC----CG----TAAAT--C--T---TGTTA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCGCCCTCTATGGATAA----AGTTG------CTTATCTT
gi|6308 : TT--TTTACATTTGATATTTGA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TATAT--GCAT---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAAAAA----AG
gi|6309 : ATATTTTAATGTTT--A-AT---T---GC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT-------------AT--T--T----G-TA------T-----G----A----------------TT-GTTCAGGGCGACAGGGAAGATCAGTGT------AACTACATGTG--TCATCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6310 : ATATTTCA-TGTAC--A-ATCAAT---TTCCTTGCAATGCTTT---AAATATTTTT-----ATTTTGTTTTGCTATTGTAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATATAAATGTATAATTA-G---AGGGCCTCAAGGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGG--CTACCCTCTTAAAATAA----AG
gi|6311 : ATATTTCA-TGTAA--A-AT---CAACTT-------GCT-TGC---A-----ATGCTTAAAATGTT----T-----T-TAT--T--T---TG-TA-AA---T-----GTATCA----------------TAAG---AGGGCCCAAAGGAAGATTAGTTT----CAAGCTAACTGGG--CTACCCTTTTTAAATAA----AG
gi|6312 : CATTTTA-TTTT---------TTTCA-TCT-T--ACAT---T---GT-------TTC-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT-----------TG-TA-AA---T-----A----C----------------TA-G---AAGGCATCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTTTGTAAGTAA----AG
gi|6313 : tgtaGCATTTTATTTTTTAC---ATCTTTGT-TGT---------------TT-------GTA-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT----------------------T-----G----G----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTT--CTACCTTCTGTAAATAA----A
gi|6314 : tgtatT---T---TT-------ATA-T-T---G-----TTTT-----ACTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTAAATGTATCATTA-G---AGGGCACCGAGGAAGATTAGTTT----CAAACTTAATGAG--TTACCCTCTATAAACAA----AGACG------
gi|6315 : T---T---TT-------ATT-TGT----------TTT-----GTTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTGAATGTATCATTA-G---AGGGCTCCAATGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGA--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6316 : T-------GTG-TGT---------TTTT-----A-ATT----TG----TATATAAT--A---TG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TG-G---AGGGCCCCAAGGAGGATTAGTTT----CAAACTAA
gi|6317 : TC-----ATTTT----AA----TACATAAT--G---TG-CA-ATGGTT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCAAACGGAAGATTATTTT----TTAACTACATGTGTTTTACCCTCTTTAAATAA----AGTCA------TTTATTTTAttagactacccattcaat
gi|6318 : TATT----TT----TAT-T--T--TACATG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TA-G---AGGGTCCCAAGGAAGATTAATTT----CAAACTAACTGGG--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6319 : tA-AA---T-----C----C----------------TA-G---AAGTCCGCATGGAATATTAGTTT----TTAACTAATCCTG--CCATCCTCGATAAATAA----AGTCG------CTTTTCT
gi|6320 : ---T-----A----A----------------TA-G---AGGGTCCCATGGAAGATTAGTTT----TTAATTAAATATGTTTTACCCTC
gi|6321 : ----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT-----AAACTTAATGTG--TCACTCTTTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6322 : ----------------TA-G---AGGGTCGCATG---------TTTAAACTAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTTG------CTTATCTTA
gi|6323 : ----------------TA-G---AGGGCCCCAAGGAAGATTAGTTT----CAAAATAATTGGG--CTACCCTCAACAAATAA----
gi|6324 : -G---AAGGCCGCATGGAA-ATTAGTTT-----AAACTAAATGTG--TCACCCTCCATAAATAA----AGTTG------CTTATC
gi|6325 : T----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAC----AGTCA------CTTATCTT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 555555555555555555555555555555555555 333333 11111 2222222222 22222222 11 2222222 222222222222222222222222 1111111111111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 55 7777 1 4 22222 1 1 4 4 000000000000000000000000000000000000 222222 44444 5 1 66 8888888888 66 55 8888 2 99999999 8888 7777 666 7 00 7777777 1 1 666 6 11 3 888888888888888888888888 55 1 888 44444 44444 4 3333333333 6666666666666 1 4 222 222222222222222222222222222 1 222 1 0 999999 33 1 2222 666666
lowQualScore : ...... .. .... . . ..... . . . . .................................... ...... ..... . . .. .......... .. .. .... . ........ .... .... ... . .. ....... . . ... . .. . ........................ .. . ... ..... ..... . .......... ............. . . ... ........................... . ... . . ...... .. . .... ......
lowQualScore : 888888 44 4444 0 0 00000 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 999999 33333 7 0 11 9999999999 11 55 5555 1 77777777 5555 7777 444 3 00 3333333 5 4 222 9 44 8 777777777777777777777777 55 0 888 22222 00000 0 8888888888 6666666666666 5 4 555 999999999999999999999999999 2 222 4 2 222222 44 0 8888 888888
consensus : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
Reference ( family-562 ) : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6289 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAGT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTCG------CTTATCTTA
gi|6290 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTAT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATCTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6291 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCCATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAAATTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTGTATGTGTGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATT-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTGGCTAAATCTTATCTTA
gi|6292 : ATGCAAAAGTAATCTTAGCAGATGGATAAAA------A-ATGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCATAAT-CATGACAAAGGGAAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATT--GT----------TATC--CTGA--ACTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATACCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGAATTTT---TTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TA-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGCCGGGATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6293 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCTTAAATGCTTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTG-TAAACAGTTACATACCGC--AATGCTC---------------TATAAATAAATGTTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTTGAATTTTGACA---------T----------TTTT--ATG---AGAGAATGTG----TGTG-------AA-AAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TCTGCACTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6294 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCCTAAATG-TTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTT-AAAACAGTTACATACCAC--AA----CGCTCTGTAAATAAA-TGT---------TTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTCGAATTTTGACATGTTTT--AT-------------------G--AGAGAATGTG----TGTG-------AA-GAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TATGCACTGAATATTTCA-CGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGGTTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6295 : CAGATGGATGAAC------ATATTTATTGTTATTCTATTTG-TTTTCTGTA--------TATGTAGATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6296 : CAGATCGATGCAATTATTTA-TTGT----TA-TTCTATTTG-TTTTCTGTATA--------TGTACATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6297 : AAA------A-ATGTG---CAATTCTATTTG-TTTTCTGTATAATTATGTGTGTACATAAT-TGTG-TGAATAGTAACATGCTGC--AA----CGCTTTTGTAAATAATTGT---------TTTATATAAATTCAA------TACTATGAACCAAGTTTGAATGTTGAC-TGTATC--GTGATC------TGTCATCTTACGAGTGAATGTG----TGTGTG
gi|6298 : TGCA---TATTTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTACATAATCCATG-TAAACAGTAACATACTGC--AA----C---------------
gi|6299 : TTTCAATGTTGACAAGTATT--GTGATCTGTCATCTTC--C--A--AATAAACATG----TGTGTG---------AATATCG----TTTGG----AAC---G-AGAAA--TG-------TT------TTTG--TCTGAATTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTG---A-----TTTC-----A-ATT----TG----TAGAT--G--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGACCGCATGGAAGATTAGTTT----CTGACTAAATGTG--TCGCCCTCTATAAACAAACACAGTCG------TTAATCTTA
gi|6300 : TGTATTTAAT----------TTTT--ATAA--ATTAGATAT-----TATGGACTTATTTTGAATGTTGACATTGTGATCATGAA---G-GAAAG--TG-------TTTT--CAGTCT--AT---ACAGAATTTTTCA-TGGAC--------------T-------ATG-TTT---A-----TATC-----ATCCT-------------------------G-TA-AG---T-----T----G----------------TA-G---TGGGCCACATGGTAGGTTAGATT----TAAACCAAATGTG--TTGCCCTCTGTAAATAA----AGTTT------CTTTTATTA
gi|6301 : TGA--AGTGAATGTG----TGTGTG---------AGTCTCA----TGTGG----GAAAAAG-AAAAA--TG-------TCTTG---------TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----ATATT----T-----TAAAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGAGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCATCCTCTATAAATAA----AGTCA------CTTATCTTA
gi|6302 : TT--TTTACATTTGATATTTTA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TACATG-TA-T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAATAA----AG
gi|6303 : tatgtatgtgtgactagtcgtatgacagATATTTTAATGTTT--A-GT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6304 : gaataattgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcttgttttTGCATTTAT-AAACATTA----TGTGA------------ATACA--TG-------TTTTA-TATTTT-----------AATGTTTAA-T-TAC--A----------TT-------GT--TGA---A-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATAAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6305 : gaataactgtaaatattcaatagaaaagtttttgtcatTT--GTTTTAC---AT-TTTAA-TGTTT--A-AT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6306 : gaataagtgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcTGT----GAA---G-AAAAA--TAA------TTTCAGCATTGT--CCT-CACTGAATTTTTC------C--A-AT------------------G-TTT---A-----TATC-----AT-TT----TG----TACTT--C--C---TG-TA-AA---T-----------------------------------------TATGGTAGATTAGATT----TAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATGA
gi|6307 : TTTAGCATTGA--TTT-CGCTTAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----AT-TC----CG----TAAAT--C--T---TGTTA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCGCCCTCTATGGATAA----AGTTG------CTTATCTT
gi|6308 : TT--TTTACATTTGATATTTGA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TATAT--GCAT---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAAAAA----AG
gi|6309 : ATATTTTAATGTTT--A-AT---T---GC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT-------------AT--T--T----G-TA------T-----G----A----------------TT-GTTCAGGGCGACAGGGAAGATCAGTGT------AACTACATGTG--TCATCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6310 : ATATTTCA-TGTAC--A-ATCAAT---TTCCTTGCAATGCTTT---AAATATTTTT-----ATTTTGTTTTGCTATTGTAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATATAAATGTATAATTA-G---AGGGCCTCAAGGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGG--CTACCCTCTTAAAATAA----AG
gi|6311 : ATATTTCA-TGTAA--A-AT---CAACTT-------GCT-TGC---A-----ATGCTTAAAATGTT----T-----T-TAT--T--T---TG-TA-AA---T-----GTATCA----------------TAAG---AGGGCCCAAAGGAAGATTAGTTT----CAAGCTAACTGGG--CTACCCTTTTTAAATAA----AG
gi|6312 : CATTTTA-TTTT---------TTTCA-TCT-T--ACAT---T---GT-------TTC-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT-----------TG-TA-AA---T-----A----C----------------TA-G---AAGGCATCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTTTGTAAGTAA----AG
gi|6313 : tgtaGCATTTTATTTTTTAC---ATCTTTGT-TGT---------------TT-------GTA-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT----------------------T-----G----G----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTT--CTACCTTCTGTAAATAA----A
gi|6314 : tgtatT---T---TT-------ATA-T-T---G-----TTTT-----ACTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTAAATGTATCATTA-G---AGGGCACCGAGGAAGATTAGTTT----CAAACTTAATGAG--TTACCCTCTATAAACAA----AGACG------
gi|6315 : T---T---TT-------ATT-TGT----------TTT-----GTTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTGAATGTATCATTA-G---AGGGCTCCAATGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGA--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6316 : T-------GTG-TGT---------TTTT-----A-ATT----TG----TATATAAT--A---TG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TG-G---AGGGCCCCAAGGAGGATTAGTTT----CAAACTAA
gi|6317 : TC-----ATTTT----AA----TACATAAT--G---TG-CA-ATGGTT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCAAACGGAAGATTATTTT----TTAACTACATGTGTTTTACCCTCTTTAAATAA----AGTCA------TTTATTTTAttagactacccattcaat
gi|6318 : TATT----TT----TAT-T--T--TACATG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TA-G---AGGGTCCCAAGGAAGATTAATTT----CAAACTAACTGGG--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6319 : tA-AA---T-----C----C----------------TA-G---AAGTCCGCATGGAATATTAGTTT----TTAACTAATCCTG--CCATCCTCGATAAATAA----AGTCG------CTTTTCT
gi|6320 : ---T-----A----A----------------TA-G---AGGGTCCCATGGAAGATTAGTTT----TTAATTAAATATGTTTTACCCTC
gi|6321 : ----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT-----AAACTTAATGTG--TCACTCTTTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6322 : ----------------TA-G---AGGGTCGCATG---------TTTAAACTAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTTG------CTTATCTTA
gi|6323 : ----------------TA-G---AGGGCCCCAAGGAAGATTAGTTT----CAAAATAATTGGG--CTACCCTCAACAAATAA----
gi|6324 : -G---AAGGCCGCATGGAA-ATTAGTTT-----AAACTAAATGTG--TCACCCTCCATAAATAA----AGTTG------CTTATC
gi|6325 : T----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAC----AGTCA------CTTATCTT
blockSeqs : TTATTT TA ATTG A C ATTAT T A C A AACGCTTTTGTAAATAATTGT TGCTAT CTATG A T TA GATCTGTCAT AT CG TGTA T CTTATTTT ACAT TCAT AAA A TT TTGTTGT G T ATT T TG A ACAATCAATTTCCTTGCA GC G TGA AATAT TTAAA C GTTTTGCTAT ACATGTAT T T GGT AACATATAAATGTATAAT A TTC G AAACTA TT ACAC CTAAAT
blockSeqs : . T A C . A T A . . AACGCTCTGTAAATAAATGT TGCTAT . . T . GATC . . . T TGTGTAT . . . A TT TTGTTGT G T AT T TG A AAAATCAACTT G G TGA . . T TG ATATGCAT . T . AACATGTAAATGTATCAT . . G TA TT . .
blockSeqs : . T A A . A T T . . AATGCTCTATAAATAAATG . . . G . . . . . T TGTGTGT . . . . . A G T T T TG . ATTAAATTGT T G TGA . . T TG ATATAATA . T . AACATGTGAATGTATCAT . . G TA . . .
blockSeqs : . A A T . A C G . . CACTGT . . . G . . . . . T TGTGTGT . . . . . . G T T G TG . ATTAAATTGT G T . . . T TG ACATAATG . . . GTATCAT . . G TA . . .
blockSeqs : . A G T . T C G . . CACTGC . . . G . . . . . T CATTTAT . . . . . . G G T G TG . ATAATTTT G T . . . T TG ATTTTACA . . . GTATCAT . . G TA . . .
blockSeqs : . A G T . T A T . . CACTGT . . . G . . . . . G AA . . . . . . G T T G TG . ATAATTTT G T . . . A TG ATATTT . . . GTATCA . . G TA . . .
blockSeqs : . T G T . A A T . . C . . . . . T AA . . . . . . G T T T AG . ATAATTTT G T . . . C TG ATATTT . . . AA . . A CT . . .
blockSeqs : . A A T . . A T . . . . . . . T . . . . . . . G T A A TG . TTAGTTAC G G . . . A TG ATATTT . . . AA . . T TA . . .
blockSeqs : . A . . A T . . . . . . . . . . . . . T T T TT . TTAATTAC G A . . . A CA ATATCT . . . AA . . T TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T T A TG . TTAATTGC G G . . . G CA ATATCT . . . AA . . A GT . . .
blockSeqs : . . G T TT . TACATTGT G G . . . G CA AGATGT . . . AA . . A TA . . .
blockSeqs : . . C T TT . ACATT G G . . . G TG AAATTT . . . AA . . A TA . . .
blockSeqs : . T . . . CAAT G T . . . A CG ACTTCC . . . TG . . T GT . . .
blockSeqs : T . . . ACT T G . . . G TG AAATCT . . . AA . . T CA . . .
blockSeqs : . . . . ATA C A . . . T TG GTATTT . . . AA . . A CA . . .
blockSeqs : . . . . ATA A G . . . G TG TATTT . . . TG . . T GT . . .
blockSeqs : . AC A T . . . A TG ATTT . . . TG . . C GT . .
blockSeqs : . AC T G . . . A TG ATTT . . . TG . . T CA . .
blockSeqs : . AC G A . . . T TG ATTT . . . AA . . T CA . .
blockSeqs : . TT . A . . . T AA AT . . . AA . . C CA . .
blockSeqs : . G . . . A TT AT . . . GA . . C TT . .
blockSeqs : . G . . . T T . . . . AC . . C CA . .
blockSeqs : . . . . . A T . . . . GG . . A TT . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . C TT . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . G CA . .
blockSeqs : . . AA . . C TA . .
blockSeqs : . . . . G A . .
blockSeqs : . . G A . .
blockSeqs : . . C . . .
blockSeqs : . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
finalCons : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 555555555555555555555555555555555555 333333 11111 2222222222 22222222 11 2222222 222222222222222222222222 1111111111111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 55 7777 1 4 22222 1 1 4 4 000000000000000000000000000000000000 222222 44444 5 1 66 8888888888 66 55 8888 2 99999999 8888 7777 666 7 00 7777777 1 1 666 6 11 3 888888888888888888888888 55 1 888 44444 44444 4 3333333333 6666666666666 1 4 222 222222222222222222222222222 1 222 1 0 999999 33 1 2222 666666
lowQualScore : ...... .. .... . . ..... . . . . .................................... ...... ..... . . .. .......... .. .. .... . ........ .... .... ... . .. ....... . . ... . .. . ........................ .. . ... ..... ..... . .......... ............. . . ... ........................... . ... . . ...... .. . .... ......
lowQualScore : 888888 44 4444 0 0 00000 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 999999 33333 7 0 11 9999999999 11 55 5555 1 77777777 5555 7777 444 3 00 3333333 5 4 222 9 44 8 777777777777777777777777 55 0 888 22222 00000 0 8888888888 6666666666666 5 4 555 999999999999999999999999999 2 222 4 2 222222 44 0 8888 888888
consensus : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
Reference ( family-562 ) : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-NTGTA---TAATTCNATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTNCANAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTNAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTGTGCGTGTGT-GAATATCG----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TTTC-----ATNTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCNCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6289 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAGT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTCG------CTTATCTTA
gi|6290 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTG----TGTATGTGTGTAT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATCTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6291 : ATACCAAAGCAATCTAATCAGATGGATGAAA------A-TTGTA---TAATTCCATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCAAAAT-CATG-TAAATAGTAACATACTGC--CA----C---------------TGC---------CTTATATAAAATTAA------CA-----AACC-ACTTTTAATGTTGACATGTATT--GT----------TTTC--CTGA--AGTGAATGTGTGTATGTGTGTGTGTGT-GAATATCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGCATTTT--TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATT-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCAATAAATAA----ATTGGCTAAATCTTATCTTA
gi|6292 : ATGCAAAAGTAATCTTAGCAGATGGATAAAA------A-ATGTA---TAATTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTTCATAAT-CATGACAAAGGGAAACATACTGC--CA----C---------------TGT---------CTTATATAAATTTAA------CA-----AACC-ACTTTGAATGTTGACATGTATT--GT----------TATC--CTGA--ACTGAATGTG----TGTATGTGTGTGT-GAATACCA----TGTGG----GAA---G-AGAAA--TG-------TTTTAGAATTTT---TTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A-AT---T---TT-------ATG-TGT---A-----TCTC-----ATTTT----TG----TATAT--T--T---TA-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGCCGGGATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6293 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCTTAAATGCTTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTG-TAAACAGTTACATACCGC--AATGCTC---------------TATAAATAAATGTTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTTGAATTTTGACA---------T----------TTTT--ATG---AGAGAATGTG----TGTG-------AA-AAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TCTGCACTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6294 : CAAAGCAATTTAATCAAATGGATGAAA------A-ATGTG---TAATCCTAAATG-TTTTCTGTGCAT----CTGTGTCCAGAAT-CTTT-AAAACAGTTACATACCAC--AA----CGCTCTGTAAATAAA-TGT---------TTTCTATAAATATAATGCTATCA-----ACCC-ATTTCGAATTTTGACATGTTTT--AT-------------------G--AGAGAATGTG----TGTG-------AA-GAGTCTTG----TGTGT----GAA---GAAGAAATTTGTTGTTGTTTTTAGTA-TTG--TATGCACTGAATATTTCA-CGTA---------------C-------ATG-TTT---A-----TTTC-----ATTTT----TG----TATAT--C--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGGTTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TTACCTTCTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6295 : CAGATGGATGAAC------ATATTTATTGTTATTCTATTTG-TTTTCTGTA--------TATGTAGATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6296 : CAGATCGATGCAATTATTTA-TTGT----TA-TTCTATTTG-TTTTCTGTATA--------TGTACATAAC-CATG-TAAATAGTAACATACTGCAGCA----C---------------T
gi|6297 : AAA------A-ATGTG---CAATTCTATTTG-TTTTCTGTATAATTATGTGTGTACATAAT-TGTG-TGAATAGTAACATGCTGC--AA----CGCTTTTGTAAATAATTGT---------TTTATATAAATTCAA------TACTATGAACCAAGTTTGAATGTTGAC-TGTATC--GTGATC------TGTCATCTTACGAGTGAATGTG----TGTGTG
gi|6298 : TGCA---TATTTCAATTTG-TTTTCTGTACAA----GTGTGTACATAATCCATG-TAAACAGTAACATACTGC--AA----C---------------
gi|6299 : TTTCAATGTTGACAAGTATT--GTGATCTGTCATCTTC--C--A--AATAAACATG----TGTGTG---------AATATCG----TTTGG----AAC---G-AGAAA--TG-------TT------TTTG--TCTGAATTGAATATTTCA-TGTA---------------C-------ATG-TTG---A-----TTTC-----A-ATT----TG----TAGAT--G--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGACCGCATGGAAGATTAGTTT----CTGACTAAATGTG--TCGCCCTCTATAAACAAACACAGTCG------TTAATCTTA
gi|6300 : TGTATTTAAT----------TTTT--ATAA--ATTAGATAT-----TATGGACTTATTTTGAATGTTGACATTGTGATCATGAA---G-GAAAG--TG-------TTTT--CAGTCT--AT---ACAGAATTTTTCA-TGGAC--------------T-------ATG-TTT---A-----TATC-----ATCCT-------------------------G-TA-AG---T-----T----G----------------TA-G---TGGGCCACATGGTAGGTTAGATT----TAAACCAAATGTG--TTGCCCTCTGTAAATAA----AGTTT------CTTTTATTA
gi|6301 : TGA--AGTGAATGTG----TGTGTG---------AGTCTCA----TGTGG----GAAAAAG-AAAAA--TG-------TCTTG---------TTTTCACTGAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----ATATT----T-----TAAAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGAGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATGTG--TCATCCTCTATAAATAA----AGTCA------CTTATCTTA
gi|6302 : TT--TTTACATTTGATATTTTA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TACATG-TA-T---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAATAA----AG
gi|6303 : tatgtatgtgtgactagtcgtatgacagATATTTTAATGTTT--A-GT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6304 : gaataattgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcttgttttTGCATTTAT-AAACATTA----TGTGA------------ATACA--TG-------TTTTA-TATTTT-----------AATGTTTAA-T-TAC--A----------TT-------GT--TGA---A-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATAAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6305 : gaataactgtaaatattcaatagaaaagtttttgtcatTT--GTTTTAC---AT-TTTAA-TGTTT--A-AT---T---AC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT----CA----T-------------TG-TATGA---T-----T----G----------------TT-G---AGGGCCACAGGGAAGATTAGTGT------AACTAACTGTG--TTACCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6306 : gaataagtgtaagtattcaatagaaaagtttttgtcattgcatttataaacattatgtgaatgcTGT----GAA---G-AAAAA--TAA------TTTCAGCATTGT--CCT-CACTGAATTTTTC------C--A-AT------------------G-TTT---A-----TATC-----AT-TT----TG----TACTT--C--C---TG-TA-AA---T-----------------------------------------TATGGTAGATTAGATT----TAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATGA
gi|6307 : TTTAGCATTGA--TTT-CGCTTAATATTTCA-TGTAT--A--------------------TG-TGT---A-----TTTC-----AT-TC----CG----TAAAT--C--T---TGTTA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----TAAACTAAATATG--TCGCCCTCTATGGATAA----AGTTG------CTTATCTT
gi|6308 : TT--TTTACATTTGATATTTGA-CATATTAA-AT---T---GT-------TTG-TAT---A-----TTTA-----ATACA----TG----TATAT--GCAT---TG-TA-AA---T-----A----A----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTCTGTAAAAAA----AG
gi|6309 : ATATTTTAATGTTT--A-AT---T---GC-------AT--TGTTGAA-----TTTC-----ATGTT-------------AT--T--T----G-TA------T-----G----A----------------TT-GTTCAGGGCGACAGGGAAGATCAGTGT------AACTACATGTG--TCATCCTCATTAAATAA----AGT
gi|6310 : ATATTTCA-TGTAC--A-ATCAAT---TTCCTTGCAATGCTTT---AAATATTTTT-----ATTTTGTTTTGCTATTGTAT--T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATATAAATGTATAATTA-G---AGGGCCTCAAGGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGG--CTACCCTCTTAAAATAA----AG
gi|6311 : ATATTTCA-TGTAA--A-AT---CAACTT-------GCT-TGC---A-----ATGCTTAAAATGTT----T-----T-TAT--T--T---TG-TA-AA---T-----GTATCA----------------TAAG---AGGGCCCAAAGGAAGATTAGTTT----CAAGCTAACTGGG--CTACCCTTTTTAAATAA----AG
gi|6312 : CATTTTA-TTTT---------TTTCA-TCT-T--ACAT---T---GT-------TTC-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT-----------TG-TA-AA---T-----A----C----------------TA-G---AAGGCATCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTG--TAACCCTTTGTAAGTAA----AG
gi|6313 : tgtaGCATTTTATTTTTTAC---ATCTTTGT-TGT---------------TT-------GTA-TAT---A-----TTTA-----ATATA----TG----TAT----------------------T-----G----G----------------TA-G---AGGGCCTCATGGAAGATTAGTTT----GTAACTAAATGTT--CTACCTTCTGTAAATAA----A
gi|6314 : tgtatT---T---TT-------ATA-T-T---G-----TTTT-----ACTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTAAATGTATCATTA-G---AGGGCACCGAGGAAGATTAGTTT----CAAACTTAATGAG--TTACCCTCTATAAACAA----AGACG------
gi|6315 : T---T---TT-------ATT-TGT----------TTT-----GTTAT----TG----TAT----T--T---TG-TA-AA---T-----A----ACATGTGAATGTATCATTA-G---AGGGCTCCAATGAAGATTAGTTT----CAAACTAATTGGA--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6316 : T-------GTG-TGT---------TTTT-----A-ATT----TG----TATATAAT--A---TG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TG-G---AGGGCCCCAAGGAGGATTAGTTT----CAAACTAA
gi|6317 : TC-----ATTTT----AA----TACATAAT--G---TG-CA-ATGGTT-----A----A----------------TA-G---AGGGCCAAACGGAAGATTATTTT----TTAACTACATGTGTTTTACCCTCTTTAAATAA----AGTCA------TTTATTTTAttagactacccattcaat
gi|6318 : TATT----TT----TAT-T--T--TACATG-TA-AA---TGTATCA----T----------------TA-G---AGGGTCCCAAGGAAGATTAATTT----CAAACTAACTGGG--CTACCCTCTTTAAATAA----AG
gi|6319 : tA-AA---T-----C----C----------------TA-G---AAGTCCGCATGGAATATTAGTTT----TTAACTAATCCTG--CCATCCTCGATAAATAA----AGTCG------CTTTTCT
gi|6320 : ---T-----A----A----------------TA-G---AGGGTCCCATGGAAGATTAGTTT----TTAATTAAATATGTTTTACCCTC
gi|6321 : ----------------TA-G---AGGGCCGCATGGAAGATTAGTTT-----AAACTTAATGTG--TCACTCTTTATAAATAA----AGTCG------CTTATCTTA
gi|6322 : ----------------TA-G---AGGGTCGCATG---------TTTAAACTAAACTAAACGTG--TCACCCTCTATAAATAA----AGTTG------CTTATCTTA
gi|6323 : ----------------TA-G---AGGGCCCCAAGGAAGATTAGTTT----CAAAATAATTGGG--CTACCCTCAACAAATAA----
gi|6324 : -G---AAGGCCGCATGGAA-ATTAGTTT-----AAACTAAATGTG--TCACCCTCCATAAATAA----AGTTG------CTTATC
gi|6325 : T----TAAACTAAATATG--TCACCCTCTATAAATAC----AGTCA------CTTATCTT