lowQualScore                  :       11                              11                                             
lowQualScore                  :       66      1   1  111   2222   0   66       11 1    4 88 11  3  11  1 1           
lowQualScore                  :       ..      .   .  ...   ....   .   ..       .. .    . .. ..  .  ..  . .           
lowQualScore                  :       33      1   1  999   3333   3   22       55 1    3 55 55  2  55  1 1           
consensus                     : AAATTC-TAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTCAT-GCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGATCT
Reference ( gi|15257 )        : AAATTC-AAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTCAA-GCACTCT--A-AATTAT-GA--AC-AA--AT-A-CACATGGATCT
gi|15261                      : AAATTC-TAGGGAG-GAA-CT---TGT----GAGGTCAT-GCACTTG--A-AGTTAT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGGTCT
gi|15256                      : AAATTC-TAGAGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTTAATGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACATAGATCT
gi|15264                      : AAAATC-TAGGGAG-AAG-CT---TGT----GAAGTCAT-GCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AA--AT-A-CACATAGATTT
gi|15259                      : AAATTC-TAGGGAG-GAG-CT---TAT----GAGGTCAT-GCAGTCT--A-AATTGT-AA--AC-AC--AT-T-CACATGGATCT
gi|15260                      : AAATTC-TAGGGAG-GAG-TG---TGT----GAGGTCAT-GCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-TACATTGACCT
gi|15266                      : AAATTC-CAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGCTCAA-GCACTCT----TACTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACACGAATCT
gi|15262                      : AAATAC-TAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTTAT-GCCGTCT--T-AATTAT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGCTCT
gi|15267                      : AAATTC-TA---AG-GAG-CT---TTT----GAGGTAAT-GCGCTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGATCT
gi|15258                      : AAATTC-TAGAGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTCAT-GCAATCTTGT-AAGTGT-AA--AC-AA--AC-A-CACATGGATCT
gi|15275                      : AAATTT-GAGGTAG-GAG-CT---TGT----GAGTTCAT-GCACTCT--A-AAATAA-AA--TC-AA--AT-A-CACATGGAT
gi|15269                      : AAATTC-TATGGAG-GAG-GT---TGT----GAGTTCA-----CTTT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGATCT
gi|15268                      : AAATCC-TAGGGAG-AAA-------AT----GAGGTCAT-GCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-GA--AT-A-CACATGGATCT
gi|15273                      : AAATTC-TAGGAGG-AAA-TT---TGT----AATGTCAC-GCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AC--AT-A-CACATGCATCT
gi|15263                      : AAATTA-TAGGAAG-GAT-CT---TGT----GAGGTCAT-TCATTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGTATCT
gi|15265                      : AAATTC-TAGGGAG-GAA-CT---TGA----GAGTTCAT-GCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AAATAT-A-CACATGTAT
gi|15272                      : AAATTC-TAGGGAG-TAG-TG---TGT----TAGTTCAT-GCACTCT--A-AATTGT-TA--ACAAA--AA-A-CACATGGATCT
gi|15270                      : AAATTC-TAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGTTCAT-ACACCTT--ATAATTGT--A--AC-AA--AT-A-CAC
gi|15271                      : AAATTC-TAGGAAA-GAG-AT---TAT----GAGGTCAT-CCATTCT--G-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-AACAAAGATCT
gi|15274                      : AAATTG-TATGGAG-GAG-CT---TGT----GTGTCCAT-GCACTCT--A-AAATGT-AA--AC-AA--AT-A-CACAT
gi|15279                      : AAATTC-GAGGTAT-GAG-CT---T-T----GGAGTTGATGCACTCT--A-AAGTGT-AA--GC-AA--AT-A-CACGTGAATCT
gi|15276                      : AAACTC-TAGGGAG-ACG-CG---TGT----GAGTTCAT-GCAATCT--A-AATTGTAAA--AC-AA--TT-A-CGCATGGGTCT
gi|15281                      : AAATTC-T-GAAAG-AAG-TT---TGT----GATGTCAT-GTACTTT--A-AAGGGT-GA--AC-AA--AT-A-CACAGAGATCT
gi|15284                      : AAATTC-TAGAG-G-GAG-CT---TGCTTCGGAGTTCAA-CCACTCT--A-AATTGT-AA--ACAAA--AT-A-CAGATTGGTC
gi|15278                      : AAATTT-TATGGAG-GAG-CA---TGT----GGGGCTAT-GAACTCT--A-CATTGT-AA--TCAAA--AT-A-CATATGGATCT
gi|15280                      : AAATTC-TAGAGAG-GAG-CT---TGT----GAGTTCAT-GCAC-------AACT--------------AC-A-CACATGGATCT
gi|15283                      : AAATTC-TAGAGAGAGAGACT---TGT----GATGCCAT-GTACTAT--A-AACTGT-TA--AC-AA--AT-ACCATATG
gi|15285                      : AAATTCTGAGGAAG-AAG-CAGCATAC----GAGTTCCT-GCACTCT--A-GATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CATAT
gi|15286                      : AAATTC-TAAAGAG-GAG-CT---TAA----GCTGTAAT-GCACTCT--A-AATTGT-AAACAC-AA--ATCC-CAC-TGTATCT
gi|15282                      : AAATAC-TACGCAG-GAG-CT---TGC----GAGTTCAT-ACACTCT--T-ACTTGT-AA------------A-CACTTGGATCT
gi|15287                      :  AATTC-AAGGGAG-GAG-CT---TGT----GAGGTCAA-GAACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-TACATGGATCT
gi|15288                      :   ATTC-TAGGGAG-GAA-CT---TGT----GAGGTCAT-GAACTCT--A-AATTGG-AA--AC-AA--AT-A-CAATTGGATCT
gi|15289                      :   ATCC-CAGGGCA-GAG-CT---TGT----GAGATCAT-GCAGTTG--A-GATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CAAAT
gi|15290                      :         AGGGAT-GAG-CT---TGT----GAGGTCAT-GCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CACA--GATCT
gi|15292                      :        tAGGGAG-GAA-GT---TGA----GAAGTCAT-GC-CTCT--A-AGTTAT-AA--AC-AA--AT-A-CACATGGATCT
gi|15277                      :          GGGAG-GAG-CT---TGT----GAGTTCAT-GCGCTCT--A---------A--AC-AA--AT-A-CTCATGGATC
gi|15291                      :  aaatcttcGGAAG-GAG-CT---TGT----GAAATCAT-CCATTCC--A-AATTA--AA--AC-AA--AT-A-CACGTG
gi|15293                      :            tgG-GAG-CT---TGT----GAGTTCAT-GCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--AT-A-CATATAGATCT





Alignments
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   0   1        11 1      1  11  3  11   1    1       
lowQualScore                  :              .  .... .     ....   .   .        .. .      .  ..  .  ..   .    .       
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   7   1        44 1      1  44  2  44   1    1       
consensus                     : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
Reference ( family-560 )      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15256                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTAATGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATCT
gi|15257                      : AAATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGCACTCT--A-AATTAT-GA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15258                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCAATCTTGT-AAGTGT-AA--AC-AA--ACA-CACA-TGGATCT
gi|15259                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTAT----GAGGTCA-TGCAGTCT--A-AATTGT-AA--AC-AC--ATT-CACA-TGGATCT
gi|15260                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-TGTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TTGACCT
gi|15261                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTTG--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGGTCT
gi|15262                      : AAATACTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTA-TGCCGTCT--T-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGCTCT
gi|15263                      : AAATTATAGGAAG-GA----T-CTTGT----GAGGTCA-TTCATTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGTATCT
gi|15264                      : AAAATCTAGGGAG-AA----G-CTTGT----GAAGTCA-TGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATTT
gi|15265                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGA----GAGTTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AAATATA-CACA-TGTAT
gi|15266                      : AAATTCCAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGCTCA-AGCACTCT----TACTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-CGAATCT
gi|15267                      : AAATTCTA---AG-GA----G-CTTTT----GAGGTAA-TGCGCTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15268                      : AAATCCTAGGGAG-AA----A----AT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-GA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15269                      : AAATTCTATGGAG-GA----G-GTTGT----GAGTTCA-----CTTT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15270                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TACACCTT--ATAATTGT--A--AC-AA--ATA-CAC
gi|15271                      : AAATTCTAGGAAA-GA----G-ATTAT----GAGGTCA-TCCATTCT--G-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-AACA-AAGATCT
gi|15272                      : AAATTCTAGGGAG-TA----G-TGTGT----TAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-TA--ACAAA--AAA-CACA-TGGATCT
gi|15273                      : AAATTCTAGGAGG-AA----A-TTTGT----AATGTCA-CGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AC--ATA-CACA-TGCATCT
gi|15274                      : AAATTGTATGGAG-GA----G-CTTGT----GTGTCCA-TGCACTCT--A-AAATGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-
gi|15275                      : AAATTTGAGGTAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AAATAA-AA--TC-AA--ATA-CACA-TGGAT
gi|15276                      : AAACTCTAGGGAG-AC----G-CGTGT----GAGTTCA-TGCAATCT--A-AATTGTAAA--AC-AA--TTA-CGCA-TGGGTCT
gi|15277                      : AAATCTTCGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCGCTC----------T-AA--AC-AA--ATA-CTCA-TGGATC
gi|15278                      : AAATTTTATGGAG-GA----G-CATGT----GGGGCTA-TGAACTCT--A-CATTGT-AA--TCAAA--ATA-CATA-TGGATCT
gi|15279                      : AAATTCGAGGTAT-GA----G-CTTTG----GAGTTGA-TGCACTCT--A-AAGTGT-AA--GC-AA--ATA-CACG-TGAATCT
gi|15280                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCAC-------AACT--------------ACA-CACA-TGGATCT
gi|15281                      : AAATTCT-GAAAG-AA----G-TTTGT----GATGTCA-TGTACTTT--A-AAGGGT-GA--AC-AA--ATA-CACA-GAGATCT
gi|15282                      : AAATACTACGCAG-GA----G-CTTGC----GAGTTCA-TACACTCT--T-ACTTGT-AA-----------A-CACT-TGGATCT
gi|15283                      : AAATTCTAGAGAGAGA----GACTTGT----GATGCCA-TGTACTAT--A-AACTGT-TA--AC-AA--ATACCATA-TG
gi|15284                      : AAATTCTAGAG-G-GA----G-CTTGCTTCGGAGTTCA-ACCACTCT--A-AATTGT-AA--ACAAA--ATA-CAGA-TTGGTC
gi|15285                      : AAATTCTGAGGAA-GAAGCAG-CATAC----GAGTTCC-TGCACTCT--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-
gi|15286                      : AAATTCTAAAGAG-GA----G-CTTAA----GCTGTAA-TGCACTCT--A-AATTGT-AAACAC-AA--AT--CCCACTGTATCT
gi|15287                      :  AATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGAACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TGGATCT
gi|15288                      :   ATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGAACTCT--A-AATTGG-AA--AC-AA--ATA-CAAT-TGGATCT
gi|15289                      :   ATCCCAGGGCA-GA----G-CTTGT----GAGATCA-TGCAGTTG--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CAAA-
gi|15290                      :       TAGGGAT-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA---GATCT
gi|15291                      :       TGGGAAG-GA----G-CTTGT----GAAATCA-TCCATTCC--A-AATTA--AA--AC-AA--ATA-CACG-TG
gi|15292                      :        AGGGAG-GA----A-GTTGA----GAAGTCA-TGC-CTCT--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15293                      :             G-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-TAGATCT





Alignments
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   0   1        11 1      1  11  3  11   1    1       
lowQualScore                  :              .  .... .     ....   .   .        .. .      .  ..  .  ..   .    .       
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   7   1        44 1      1  44  2  44   1    1       
consensus                     : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
Reference ( family-560 )      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15256                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTAATGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATCT
gi|15257                      : AAATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGCACTCT--A-AATTAT-GA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15258                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCAATCTTGT-AAGTGT-AA--AC-AA--ACA-CACA-TGGATCT
gi|15259                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTAT----GAGGTCA-TGCAGTCT--A-AATTGT-AA--AC-AC--ATT-CACA-TGGATCT
gi|15260                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-TGTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TTGACCT
gi|15261                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTTG--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGGTCT
gi|15262                      : AAATACTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTA-TGCCGTCT--T-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGCTCT
gi|15263                      : AAATTATAGGAAG-GA----T-CTTGT----GAGGTCA-TTCATTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGTATCT
gi|15264                      : AAAATCTAGGGAG-AA----G-CTTGT----GAAGTCA-TGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATTT
gi|15265                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGA----GAGTTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AAATATA-CACA-TGTAT
gi|15266                      : AAATTCCAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGCTCA-AGCACTCT----TACTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-CGAATCT
gi|15267                      : AAATTCTA---AG-GA----G-CTTTT----GAGGTAA-TGCGCTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15268                      : AAATCCTAGGGAG-AA----A----AT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-GA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15269                      : AAATTCTATGGAG-GA----G-GTTGT----GAGTTCA-----CTTT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15270                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TACACCTT--ATAATTGT--A--AC-AA--ATA-CAC
gi|15271                      : AAATTCTAGGAAA-GA----G-ATTAT----GAGGTCA-TCCATTCT--G-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-AACA-AAGATCT
gi|15272                      : AAATTCTAGGGAG-TA----G-TGTGT----TAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-TA--ACAAA--AAA-CACA-TGGATCT
gi|15273                      : AAATTCTAGGAGG-AA----A-TTTGT----AATGTCA-CGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AC--ATA-CACA-TGCATCT
gi|15274                      : AAATTGTATGGAG-GA----G-CTTGT----GTGTCCA-TGCACTCT--A-AAATGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-
gi|15275                      : AAATTTGAGGTAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AAATAA-AA--TC-AA--ATA-CACA-TGGAT
gi|15276                      : AAACTCTAGGGAG-AC----G-CGTGT----GAGTTCA-TGCAATCT--A-AATTGTAAA--AC-AA--TTA-CGCA-TGGGTCT
gi|15277                      : AAATCTTCGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCGCTC----------T-AA--AC-AA--ATA-CTCA-TGGATC
gi|15278                      : AAATTTTATGGAG-GA----G-CATGT----GGGGCTA-TGAACTCT--A-CATTGT-AA--TCAAA--ATA-CATA-TGGATCT
gi|15279                      : AAATTCGAGGTAT-GA----G-CTTTG----GAGTTGA-TGCACTCT--A-AAGTGT-AA--GC-AA--ATA-CACG-TGAATCT
gi|15280                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCAC-------AACT--------------ACA-CACA-TGGATCT
gi|15281                      : AAATTCT-GAAAG-AA----G-TTTGT----GATGTCA-TGTACTTT--A-AAGGGT-GA--AC-AA--ATA-CACA-GAGATCT
gi|15282                      : AAATACTACGCAG-GA----G-CTTGC----GAGTTCA-TACACTCT--T-ACTTGT-AA-----------A-CACT-TGGATCT
gi|15283                      : AAATTCTAGAGAGAGA----GACTTGT----GATGCCA-TGTACTAT--A-AACTGT-TA--AC-AA--ATACCATA-TG
gi|15284                      : AAATTCTAGAG-G-GA----G-CTTGCTTCGGAGTTCA-ACCACTCT--A-AATTGT-AA--ACAAA--ATA-CAGA-TTGGTC
gi|15285                      : AAATTCTGAGGAA-GAAGCAG-CATAC----GAGTTCC-TGCACTCT--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-
gi|15286                      : AAATTCTAAAGAG-GA----G-CTTAA----GCTGTAA-TGCACTCT--A-AATTGT-AAACAC-AA--AT--CCCACTGTATCT
gi|15287                      :  AATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGAACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TGGATCT
gi|15288                      :   ATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGAACTCT--A-AATTGG-AA--AC-AA--ATA-CAAT-TGGATCT
gi|15289                      :   ATCCCAGGGCA-GA----G-CTTGT----GAGATCA-TGCAGTTG--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CAAA-
gi|15290                      :       TAGGGAT-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA---GATCT
gi|15291                      :       TGGGAAG-GA----G-CTTGT----GAAATCA-TCCATTCC--A-AATTA--AA--AC-AA--ATA-CACG-TG
gi|15292                      :        AGGGAG-GA----A-GTTGA----GAAGTCA-TGC-CTCT--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15293                      :             G-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-TAGATCT


blockSeqs                     :              A  AGCA A     TTCG       .        TG T      A  AC  A  AT   C    C
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   A  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   A  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .    .
blockSeqs                     :              .  .    .     .          .        .  .      .  .   .  .    .     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
finalCons                     : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT





Alignments
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   0   1        11 1      1  11  3  11   1    1       
lowQualScore                  :              .  .... .     ....   .   .        .. .      .  ..  .  ..   .    .       
lowQualScore                  :              1  2222 1     2222   7   1        44 1      1  44  2  44   1    1       
consensus                     : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
Reference ( family-560 )      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15256                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTAATGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATCT
gi|15257                      : AAATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGCACTCT--A-AATTAT-GA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15258                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCAATCTTGT-AAGTGT-AA--AC-AA--ACA-CACA-TGGATCT
gi|15259                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTAT----GAGGTCA-TGCAGTCT--A-AATTGT-AA--AC-AC--ATT-CACA-TGGATCT
gi|15260                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-TGTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TTGACCT
gi|15261                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTTG--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGGTCT
gi|15262                      : AAATACTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTTA-TGCCGTCT--T-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGCTCT
gi|15263                      : AAATTATAGGAAG-GA----T-CTTGT----GAGGTCA-TTCATTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGTATCT
gi|15264                      : AAAATCTAGGGAG-AA----G-CTTGT----GAAGTCA-TGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TAGATTT
gi|15265                      : AAATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGA----GAGTTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AAATATA-CACA-TGTAT
gi|15266                      : AAATTCCAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGCTCA-AGCACTCT----TACTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-CGAATCT
gi|15267                      : AAATTCTA---AG-GA----G-CTTTT----GAGGTAA-TGCGCTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15268                      : AAATCCTAGGGAG-AA----A----AT----GAGGTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-GA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15269                      : AAATTCTATGGAG-GA----G-GTTGT----GAGTTCA-----CTTT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15270                      : AAATTCTAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TACACCTT--ATAATTGT--A--AC-AA--ATA-CAC
gi|15271                      : AAATTCTAGGAAA-GA----G-ATTAT----GAGGTCA-TCCATTCT--G-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-AACA-AAGATCT
gi|15272                      : AAATTCTAGGGAG-TA----G-TGTGT----TAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-TA--ACAAA--AAA-CACA-TGGATCT
gi|15273                      : AAATTCTAGGAGG-AA----A-TTTGT----AATGTCA-CGCACTCT--A-AATTAT-AA--AC-AC--ATA-CACA-TGCATCT
gi|15274                      : AAATTGTATGGAG-GA----G-CTTGT----GTGTCCA-TGCACTCT--A-AAATGT-AA--AC-AA--ATA-CACA-
gi|15275                      : AAATTTGAGGTAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AAATAA-AA--TC-AA--ATA-CACA-TGGAT
gi|15276                      : AAACTCTAGGGAG-AC----G-CGTGT----GAGTTCA-TGCAATCT--A-AATTGTAAA--AC-AA--TTA-CGCA-TGGGTCT
gi|15277                      : AAATCTTCGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCGCTC----------T-AA--AC-AA--ATA-CTCA-TGGATC
gi|15278                      : AAATTTTATGGAG-GA----G-CATGT----GGGGCTA-TGAACTCT--A-CATTGT-AA--TCAAA--ATA-CATA-TGGATCT
gi|15279                      : AAATTCGAGGTAT-GA----G-CTTTG----GAGTTGA-TGCACTCT--A-AAGTGT-AA--GC-AA--ATA-CACG-TGAATCT
gi|15280                      : AAATTCTAGAGAG-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCAC-------AACT--------------ACA-CACA-TGGATCT
gi|15281                      : AAATTCT-GAAAG-AA----G-TTTGT----GATGTCA-TGTACTTT--A-AAGGGT-GA--AC-AA--ATA-CACA-GAGATCT
gi|15282                      : AAATACTACGCAG-GA----G-CTTGC----GAGTTCA-TACACTCT--T-ACTTGT-AA-----------A-CACT-TGGATCT
gi|15283                      : AAATTCTAGAGAGAGA----GACTTGT----GATGCCA-TGTACTAT--A-AACTGT-TA--AC-AA--ATACCATA-TG
gi|15284                      : AAATTCTAGAG-G-GA----G-CTTGCTTCGGAGTTCA-ACCACTCT--A-AATTGT-AA--ACAAA--ATA-CAGA-TTGGTC
gi|15285                      : AAATTCTGAGGAA-GAAGCAG-CATAC----GAGTTCC-TGCACTCT--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-
gi|15286                      : AAATTCTAAAGAG-GA----G-CTTAA----GCTGTAA-TGCACTCT--A-AATTGT-AAACAC-AA--AT--CCCACTGTATCT
gi|15287                      :  AATTCAAGGGAG-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-AGAACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-TACA-TGGATCT
gi|15288                      :   ATTCTAGGGAG-GA----A-CTTGT----GAGGTCA-TGAACTCT--A-AATTGG-AA--AC-AA--ATA-CAAT-TGGATCT
gi|15289                      :   ATCCCAGGGCA-GA----G-CTTGT----GAGATCA-TGCAGTTG--A-GATTGT-AA--AC-AA--ATA-CAAA-
gi|15290                      :       TAGGGAT-GA----G-CTTGT----GAGGTCA-TGCACTCT--T-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CACA---GATCT
gi|15291                      :       TGGGAAG-GA----G-CTTGT----GAAATCA-TCCATTCC--A-AATTA--AA--AC-AA--ATA-CACG-TG
gi|15292                      :        AGGGAG-GA----A-GTTGA----GAAGTCA-TGC-CTCT--A-AGTTAT-AA--AC-AA--ATA-CACA-TGGATCT
gi|15293                      :             G-GA----G-CTTGT----GAGTTCA-TGCACTCT--A-AATTGT-AA--AC-AA--ATA-CATA-TAGATCT