lowQualScore : 2 3333333333333333 3333333333333333333333333333 11111 11111 2222 333333333333333 1
lowQualScore : 6 1 3 1 11 6666666666666666 4 7 1 1 99 2 7 1 1 0000000000000000000000000000 1 1 11 11 11 2 5 1 5 00000 1 66 88888 66666 2 3 1 11 222 222 5 77777777 2 1 4444 1111 4444 1 4444444 1 11 66 777777 11 55 11 222 111111111111111 1 1 2 222 9 2 5 2 222 5 2 0
lowQualScore : . . . . .. ................ . . . . .. . . . . ............................ . . .. .. .. . . . . ..... . .. ..... ..... . . . .. ... ... . ........ . . .... .... .... . ....... . .. .. ...... .. .. .. ... ............... . . . ... . . . . ... . . .
lowQualScore : 3 4 4 4 99 8888888888888888 0 2 4 4 44 2 4 3 3 1111111111111111111111111111 2 2 99 88 88 0 0 4 4 00000 4 66 22222 99999 8 5 3 88 333 555 3 99999999 8 4 3333 5555 5555 4 6666666 4 99 88 999999 99 00 88 333 000000000000000 4 4 0 444 2 0 3 8 666 2 7 2
consensus : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGNTCNATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTNTGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATACACCAAATTAT-ATC-GN--T-AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-NGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATATTGTACG--CTACA---TAAGT-CGGN-GCA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATNA-CATGA---AATANTACTNCTATCCAACTATTTGAGGGTTGTT
Reference ( gi|94990 ) : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGAT-T-AA-A--ACA-CGTA--ACTT-T-CAGATCCATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-ATTCTGGGACAACTTTAT-GTG-TTTGAT----------A-------T---T-ATTTT-A-T-ATAT--C--AATACATCAAGTTAT-ACC-GT--T-AAA--A--A--TACA-----AG-TTGATG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAATGCCA--------AA-A-T----T-GCCT----TA-G-------TA-CGT--AATATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATATTGTACG--CTACA---TAAGT-TGAG-GCA---TTGTGTGTCA-T-TCAGCGGT---AGTCTTATTA-CATGA---AATACTACTTCTATCCAACTATTTGAGGGTTGTT
gi|94989 : AAAAGTGCCGTAATGAATCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGCA--ATTT-T-CAGATCCATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-ATTCTTGGACAACTTTAT-GTG-TTTTAT----------AT------T---T-GTTTT-A-A-ATAT--C--AATACACCAAGTTCT-ATC-GT--T-AAA--A--AACTACT-----AG-TTGAGG-TT--AT---AAG---GTTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAGTTAGTAT--AGGTGTCT--CGTATATTGTACG--CTACA---TAAGT-TGAG-GCA---T--TGTGTCA-T-TCAGTTGT---ATTCTTATTA-CATGA---AATACTACTTCTTCCCAACTATTTGA-GGTTGTT
gi|94988 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATAG-AA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCCATT-TAT-CACTTCGGAAGTA-ATTTTGGGATTTTTTTAT-GTG-TTTTAT----------A-------TGTTT-GTTTT-A-T-ATAT--C--AATACACAAAGTTAT-ATC-GT--T-AAA--AAAA--TACA-----AG-TTGAGA-CT--AA---AAG---GCTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----AA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGATACCT--CGTATATTGTACG--CTATA---TAAGT-TGAG-GCA---T--TGTGTCA-T-TCAACGGT---ATTCTAATTA-CATGA---AATACTATTTCTATCCAACTATTTGAGGGCTGTT
gi|94993 : AAAAGTAACGGAATGAACCATTTTCAAAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCCATT-TAT-TACTTTAGAAGCA-ATTCTGGGACAACTTTAT-TT--TTT---------------------T---T-ATTTT---T-CTAT--T--AA-ATATCAAGTAAT-ATC-GT--T-AAA--AA-A--TACA-----AG-TTAAGG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAACGTCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGTCT--TGTATGCTGAACA--CTACATATTAAGT-TAAG-------CTTTGTGTCA-T-TTAGTGGT---ATTCTCCTTA-CATGA---AATACTACTTCTATCCAATTATTTGAGGGTTGTT
gi|94996 : AAAAGTGACAAAATGAACCACTTTCAGAT-TGAA-A--ATA-TGTA--ACTT-A-CATATCCATT-TAT-CACTTCGGAAGCA-ATTCTGCGACAATTGTAT-GTG-TTTTAT----------AT------T---T-GTTTT-A-C-ATAT--C--AATACACCAAGTTAT-ATC-GT--TAAAA--A--A--TAAA-----AG-----------------AAA---GC---------CCA--------AA-T-T----T-G-CT----TA-G-------TG-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CGTAT-TTGTACG--CTACA---TAAAT-TGAG-GCA---T--TGTGTCA-T-TCAGCGCT---ATTCT--TTA-CATGA---AATACTACTTCTATCCAACTATCTGAGGGTCGTT
gi|94994 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCCATT-TAT-CACTTCGGAAGCA-ATTCTGGGACAATTGTAT-GTG-TTTGAT----------AT------T---T-GTTTT-A-T-ATGT--C--AATACACCAAGTTAT-ATC-GT--T-AAAGGA--A--TACA-----AA-TTGAGG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAACGCCA--------AATT-T----T-GAAT----T--G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--TGGTGCCT--CGGATATTGCAC--------------------G-GCA---T--TGTGTCA-T-TCAGCGGT---ATTCTAATTA-CATGA---AATACTATTT
gi|94992 : AAAAGTAACGGATTGAAATATTTTCAGAT-T-GA-A--A---------AC------AGCTCAATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTA-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--AT---AAG---ACTGCTAAACGTCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATACG------T--TGGTGCCT--CGTATATTGTGCA--CTACA---TTAAT-CTGT-GTA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATAA-CATGA---AATAATACTTATATCCAACTTTTTCAGGGTTATTtagggttgtt
gi|94998 : AAAAGTGACGGATTGAA------TCAGAT-CGAA-A--ACA--GT--------T-CA-----ATT-TAT-TGCTTCGGAAGCA-TTTATGGGACCTCTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAACGCCA--------AA-A-TG---T-G-CT----TA-G-------TA-CGT--AGTATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATA-TACACA--CTACA---TAAGT-CGGT-GTA-----GTGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATAA-CTTGA---AATAATACTACT-TTCAAtt
gi|94991 : AACAATGACGGATTGAACCATTTTCAGAT-T-GA-A--A---------AC------AGCTCAATT-TAT-TAATTCGGAAGCATATAATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--A--T--AACA-----AG-CTGATG-TT--AT---GAG---GCTGCTTAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-C-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATATTGT-CG-------------GT------GTA---T--TGTGCCA-T-TTAGCGGT---TATCTGATAA-CATGA---AATGATACTACTATCCAACTATTTCATGGTTGTTggtactttt
gi|94999 : AAAAGTGACGGTTTGAACCACTTTCACAT-T-GACA--ACA-CGTC--ATTT-A-CAGCTCAATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTCTGGAACTACATTTT-GAG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--A--AATAAACCAAATTAT-GTC-AG--T-AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--AT---AAG---GGTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-GC-T----GA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CCTATATAATACG--CCACG---TAAGT-CGGT-GCA---TTGTGT
gi|94997 : AAAAGAGAAGGATTGAGCCATTTTCAGAT-TGAA-A--ACAGCTCA--GTTTAT-TAGACC---------TACTTCGGAAGCA-TTTATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAA----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC------------A--A--TA-A-----A-----ATG-T---AT---AAG---ACTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGTT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------C--AGATGCCT--CGTATATTGTACA--CTACA---TAAGT-CGGT-GTA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGC---ATGCTAATAA-CATcaaaataataacatgaaacactgccgttgtcgtcagttctgag
gi|95000 : AAAAATGACAGAAGGAACCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCCATT-TAT-CACTTCGGAAGCA-ATTCTGGGACAACTTTCT-ATG-TTTTAT----------AT------T---T-GTTTT-A-T-ATAT--C--AATACACCAAGCTAT-ATC-GT--T-AAA--A--A--TAAA-----AG-TTGAGG-TT--AT---
gi|95004 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTTCAGAT-TGAA-A--ACA--GT--------T-CA-----ATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTGATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------AT------T---T-GTTTT-A-T-GTAT--T--AATATACCAAAGTGT-ATC-AG--T-AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--AT---Atgtacgctacataagttgaggcattgtgtcattcagcggtattctaaatacatgaaatacttctacctatttgagggttatt
gi|95005 : AAAAGTGAAGGATTGAACCATTTTCAGAT-TGAA-A--ACA--GCA--------------CTATT-CAT-TGCTTCAGAAGCA-TTTATGTGACTATTTTAC-GAG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-CT--AT---AAG---GCTGCT
gi|95006 : AAAAGTGACGGAATGAATCACTTTAAGAT-TGAA-A--AGA-CGTA---CTT-TACAGATCAATT-TAT-CACTTTGGAAGCA-TTTCTGGCACAATTTTAT-GTGATTTATT----------T-------T---T-ATTTT-A-T-ATAT------ACACATTGTGTCAT-
gi|94995 : AACAGTGACGGATTGAACCATTTT-AGAT-T-GA-A--A---------AC------AGCTCAATA-TAA-TACTTCGGAAGCA-TTTATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTCT-A-T-GTAC--C--AATATTCCAAATTAG-ATC-AA--T-AAA--A--T--TACA-----AG-CTGATG-TA--TT---GAG---ACTGCTTATCGCCA--------AA-A-T----T-t
gi|95003 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGAT-T-GA-AACACA-CATG--ATTA-A-CAGCTCAATT-TA------TCAGAAGCA-TTTATGGGACTATGTTAG-GTG-TTTTATAATCACATAAA-------T---T-GTTTT-ATT-ATATTCT--ATTAAACTAAATTAT-GTC-GG--T-AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--AC---AAA---TGTACTGAAAGCCC--------GA-A-T----T-TGTT----TA-G-------TA-TGT--GGCATAAG------T--AGTTGACTAATATATATAGTATG--ATACA---TAGGT-CAAT-ACA---T--TCTGTCA-T-CGATTGGT----GTTTCAGTAGCATAA---At
gi|95002 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGAT-T-GA-A--ACA-CACATGATTA-A-CAGCTCAATT-TAT------CAGAAGCA-TTTATGGGACTATGTTAG-GTA-TTTTAT----------AATAACATT---T-GTTTT-A-TTATAT--TCTATTAAACTAAATTAT-GTC-AG--T-AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--AC---AAA---TGTACTGAAAGCCC--------GA-A-T----T-TGTT----TA-G-------TA-TGT--AGCATAAG------T--AGTTGACTAATATATATAGTATG--ATACA---TAGGT-CAAT-ACA---T--TCTGTCA-T-CGATTGGT----GTTTCAGTAGCATAA---A
gi|95001 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTGCAGAT-T-GA-A--A--------------T-CAGCTCAATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTCTGGGATTAATTTAT-GAG-TTTAAC----------AT------T---T-GTTTT-A-T-
gi|95008 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGAT-T-GA-A--A---------AC------AGCTCAATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTATTGGACTATTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-GTC-AA--T-AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--AT---AAG---ACTGCTCTACGACA--------AA-A-T----T-TGCT----TG-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--TGTATATTATACA--CTACA---TCAGTGTCAGTGTA-----GTGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATAA-TATGA---AGTAATACTACTATCTAACTGTTTCAGGGTTGTT
gi|95007 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGAT-T-AA-A--A---------AC------AGTTCAATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-TTTATGGGACTATTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AA--T-AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--AT---AAG---ACTGCTCTACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--TGTATATTGT-C-------------AGT------GTA---T--TATGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATAA-TATGA---AGTAATACTACTATCTAACTGTTTCAGGGTTGTTtt
gi|95009 : AAAGTAACGGCTTGAACCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTC--ATTT-A-TAGCTATATT-TAT-TGCTTCAGAGGCA-TTTCTGAAACTATTTTAT-GGA-GTTAAC----------A-------T---T-TTTTTGA-T-GTGT--T--AATGAACCAAGTTAT-ATCTGT--A-AAA--AC-A--TACA-----CA-TTGATG-TT--AT---AAG---G--GTTA-----TA--------AA-G-T----T-GC-T----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--TGTATAGTGTACA--CTACA---TAAGT-CAAG-TCA---T--TGTGTCA-A-TTAGCGGTTAAAA----ATAA-CATGA---AATAATAATACTATCCAACTATTTGAGGGTTTTTtt
gi|95010 : AAAGTTACGGATTGAACCATTTTCAGAT-T-GA-A--A---------AC------AGCTCAACT-TAT-TACGTCGGAAGCA-TTTATGGGACATCTTTCT-GTG-TTTTAC----------G-------T---T-TGTTT-G-T--TAT--T--AAtt
gi|95011 : AAAGTGACTGATTGAACCATTTTCAGAT-T-GA-A--A-A-C--A--GCT----CA-ATATATTACATGTACTTCGGAAGCA-TTTATGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------AT------T---T-GTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--A--gctactaaacgccaaaatttgcttagtacgtagcaaaagtatatgtctcgtatactgtacactacataagtcagtgtattgtgtcatttatcagtattctaattacatgaaatgatataactatccaactatttcagggttgtttt
gi|95012 : AAGTGACGTAATGAATCACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGCA--ATTT-T-CAGATCCATT-TAT-TACTTCGGAAGCA-ATTCTTGGACAACTTTAT-GTG-TTTTAT----------AT------T---T-GTTTT-A-A-ATAT--C--AATACACCAAGTTCT-ATC-GT--T-AAA--AC-AC-TACT-----AG-TTGAGG-TT--AT---TAG---GTTGCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAGTTAGTAT--AGGTGCCT--CGTATATTGTACG--CTACA---TAAGT-TGAG-GCA---TTGTGTG--A-T-TCAGTTGT---ATTCTTATTA-CATGA---AATACTACTTCTTCCCAACTATTTGA-GGTTGTT
gi|95013 : AGTGACGGAATGAACAATTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-TGT----------CA-----ATT-TAT-TTCTCCGGAAGCA-TTTCTAGGACTACTCTAT-GTG-TTTCAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATTAT-ATC-AG--T-AAA--AC-A--TACA-----AG-TTAGTG-TT--AT---AAG---GCTGCTAAAT--------------------------------TA-G-------TA-TGT--AGTATAAG------T--AAGT---------ATATTGTACA--CTACA---TAAGT-CGGC-GTA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTATAATAA-AATGA---AATAC
gi|95014 : TAACGGAATGAACCACTTTCAAAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAAATCCATT-TAT-CACTTTGGAAGCA-ATTCTGGGACAACTTTTTTGTG-TTTTAT----------A-------T---T-GTTTT-A-A-ATAT--C--AACACACCAAGTT-T-ATT-GT--T-AAA--A--AAATGCA-----AG-TTGAGG-TT--AT---AAG---GCTGATAAACGCCA--------AACG-T----T-GC-T----TA-G-------TA-CGT--TGCATAAG------T--AAGTACCT--CGTATATTGTACG--CTACA---TAAGT-TGGA-GCA---TTGTG-GT-A-T-TCAGCGGT---AGTCTAATTA-CATGA---AATAGTACTGCTATCCAACTATTTGAGGGTTGTatgtaatactaaaactactagttcaggcttatttt
gi|95016 : ATGA-CCGTTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCCATT-TAT-CACTTCGGAAGTA-ATTGTAGGACAATTGTTT-GTG-GTTTAT----------ATTT----T---T-GTTTT-A-T-AAAT--A--AAT
gi|95017 : TGAACTACTTTCTGAT-TTAA-A--AGG-CGTC--ATTT-A-CAGGTCAATT-TAT-TACTTCGGAATCA-TTTCTGGAACTACTTTAT-AGG-TTTTAC----------AT------T---T-GTTTT-A-T-ATAT--C--AATATACCAAATTATGGCA-GTAAC-AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--AT---AAG---GGTTCTAAACGCCA--------AA-G-T----T-AGTT----TA-GTAGGCCCTA-CGT--TGCATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATTTTGTACG--TTACA---TAAGT-CGGT-ATA---TTGT-TG-CA-T-GTAGCGAT---ATTTAAATAA-CATGA---AATAATACTACTATCCAACTTATTGAG
gi|95015 : CACTTTCAGAT-TGAA-A--ACA-CGTA--ATTT-A-CAGATCAATT-TAT-CACTTGGGAAGAA-TTTCTGGGACAACTTTAT-ATG-TTTAAT----------A-------T---TTGTTTT-A-T-ATAC--C--AATGCACCAAGTTAT-ATC-AT--T-AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TTGTAT---AAG---GTGGCTAAACGCCA--------AA-AAT----T-GC-T----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CATATATTGTACA--CTATA---TATGC-CGAG-ACA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAACAA-CATGA---AATACTACTTCTATCCAACTTTTTGAGTGTTGTT
gi|95018 : aaatgtgaTTCAGGGACTACTTTAT-GTG-TTTTAC----------A-------T---TTGTTTT-A-T-GTAT--C--AATATACCAAATCAT-ATC-AG--T-AAA--A--T--TACA-----GG-TT
gi|95019 : ACTGTAT-TCG-TTTTAA----------A-------T---TTGTTTT-A-T-ATAT--C--AATACACCAAGTGAT-ATC-AG--T-AAAGAA--A--TACA-----AC-TTGAGGGTT--AT---AAG---GGTGCTAAACGCCA--------AC-A-T----TTGCTTA---TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--A---------------TTGTCCA--CTACA---TACGG-CGGT-GTA---TTGTGC--CA-T-TAAGCGGT---ATTCTAATAA-CA-GA---AATAATACTTCTATC----------AGGGTTGT
gi|95020 : t-------T---T-GTTTT-A-T-GTGT--T--AATAAACCAAATTAG-GTCTGT--A-AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGACG-TT--AT---AAG---GGTGCTAAACGCCA--------AA-C-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATACG------T--AGGTGCCT--CGTGTATAGTACG--CTGCG---TAAGT-CGGT-GCA---ATGTGTgtt
gi|94992 : ttttacat--T-ATA--A--G--TATT-----AT-TTCATG-TT--ATTAGAAT---ACCGCTAAATGACACAATACACAG-A-T----T-AATG----TA-G-------TG-CAC--AATATACG---------AGGCACC--------AACGTATG--CTACG---TA--C-TAAG--CAAATTT---TGACG-T-TTAGC------AGTCTTATAA-CATCA---Ac
gi|94998 : aaaagtaacggattgaaatattttcagattgaaaacagctcaatttattacttcggaagcatttatgggactactttatgtgttttacatttgtttaatgtatcaatataccaaattatatcagtaaaattacaagCA-----AG-TTA----TT--AG---AAT---ACCGCTAAATGACACACT----AC-A-C----C-GACTTATGTA-G-------TG-TGT---ATATACG---------AGGCACCTA-CTTATAC--TACG---TAC----TAAGC------ACA---TTTTG-G-CG-T-TTAGC------AGCCTTATAA-CATCA---Atccaactttttcagggttatttt
gi|94997 : aaaagtgacggattgaatcagatcgaaaacagttcaatttattgcttcggaagcatttatgggacctctttatgtgttttacatttgttttatgtatcaatataccaaattatatcagtaaaattacaagATG-TT--AT---TAGCATGCCGCTAAATGACA--------CA-A-TACACC-GACT----TATG-------TAGTGTACAATATACG---------AGGCATCT---GCTTATGCTACGTACTAAA---CAAAT-T----------TTG-G---CG-T-TTAGC------AGTCTTA-TA-CATaaataatactactttcaaggtactttt
gi|95010 : aaaagagaaggattgagccattttcagattgaaaacagctcagtttattagacctacttcggaagcatttatgggactactttatgtgttttaaatttgttttatgtatcaatataccaaattatatcaataaaTG-TT--AT---TAA---GCTACTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCAAAAG------T--ATATGTCT--CGTATACTGTACA--CTACA---TAAGT-CAGT-GTA---T--TGTGTCA-T-TTATCAGT---ATTCTAATTA-CATGA---AATGATATAACTATCCAACTATTTCAGGGTTGTT
gi|95022 : aaagttacggattgaaccattttcagattgaaaacagctcaacttattacgtcggaagcatttatgggacatctttctgtgttttacgtttgttCTAAACGCCA--------AA-A-T----T-TGCT----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--TGTATATTGTAAA--CTATA---TAAGT-CGGT-GTA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAATAA-CATGACATAATAATACTT-------ACCTTTTTAGGGTTGTTtt
gi|95023 : TAAACGCCA--------AT-T-T----T-GC-T----TA-G-------TA-CGT--AGCATAAG------T--AGGTGCCT--CGTATATAGTACA--CTACA---TAAGT-CGGT-GTA---T--TGTGTCA-T-TTAGCGGT---ATTCTAACAA-CATGA---AATAGAACTAGTATCCAACCATTTCAGGGCTGCTtt
gi|95000 : --AATAAAAG------TTGAGGT----------TATTGTACG--CTACA---TAAGT-TGAG-GCA---T--TGTGTCA-T-TCAGCGGT---ATTCTAAATA-CATGA---AA---TACTTCTAC----CTATTTGAGGGTTATTtt
gi|95024 : aaaaatgacagaaggaaccactttcagattgaaaacacgtaatttacagatccatttatcacttcggaagcaattctgggacaactttctatgttttatatttgttttatatatcaatacaccaagctatatcgttaaaT--TGTATAT-GTACG--CTATA---TAAGT-CGAG--TA---TT-TGTGTCAATATCAGCGGT---ATTCAAATAA-CATGA---AATAATACTACTATTCAACTAGCTGAG
gi|95025 : TGTGTCA-T-TCAGTGGT---ATTCTAATTA-CATGA---AATACTATTTCTATCCAACTTTTTGAGGGTCGTTttttttt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|95021 ): TGAAATTATACGAGTATCAGACGGCAAAGTGTGTCGAGTACGTAGCATAATGCGGTGCCTCGACATATACATGCATATTCCATATATACAGTTTAATTTATTGATAT
Alignments
lowQualScore : 333333333 11111
lowQualScore : 1 2 111111111 1 1 333333 333333 22 1 1 777777 11 333 11 2 222 1 33 1 22 333 66 99999 77777 2 2 1 11 1 4 22 4444444 888888 33 1 222 22 1 11 1 1 1 1 4444 1 333 0
lowQualScore : . . ......... . . ...... ...... .. . . ...... .. ... .. . ... . .. . .. ... .. ..... ..... . . . .. . . .. ....... ...... .. . ... .. . .. . . . . .... . ... .
lowQualScore : 0 7 444444444 9 0 888888 888888 33 2 2 000000 77 888 77 4 111 2 44 3 33 777 66 11111 11111 9 0 4 99 0 4 00 8888888 555555 99 4 555 00 5 99 4 4 4 0 9999 6 000 9
consensus : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTCGGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
Reference ( family-559 ) : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCNATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGNT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTNGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTCGGNGCAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATNACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94988 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATAGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTT-TGGGATTTTTTTAT-GTGTTTT------ATA--TGT-TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACAAAGTTATATCGTT---AAA--AAAA--TACA-----AG-TTGAGA-CT--AAAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTAA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGATACCT--CG-TATATTGTACGCTATA---TAA--GTTGAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAACGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGCTGTT
gi|94989 : AAAAGTGCCGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--A--AACTACT-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGTCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTTGAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|94990 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATT-AAA-ACACGTAACTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT-GTGTTTG------ATA--T---T-ATT--TTA-T---A-TAT--CAATACATCAAGTTATACCGTT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAATGCCAAAATTGCCTTA--G-------TACGTAATATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTTGAGGCATTGT-GTGTCA-T-TCAGCGGTAGTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94991 : AACAATGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------A------TTCGGAAGCATATAATGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--AACA-----AG-CTGATG-TT--ATGAGGCTGCTTAACGCCAAAATTTGCTTA--C-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATT------------------GTCGGTGTAT--T-GTGCCA-T-TTAGCGGTTATCTGATAACATGAAATG---ATACTACTATCCAACTAT---TTCATGGTTGTT
gi|94992 : AAAAGTAACGGATTGAAATATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TAA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TTGGTGCCT--CG-TATATTGTGCACTACA---TTA--ATCTGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---ATACTTATATCCAACTTT---TTCAGGGTTATT
gi|94993 : AAAAGTAACGGAATGAACCATTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATTA------C------TTTAGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT----TTTT-----------T---TTATT--TT--T---C-TAT--TAA-ATATCAAGTAATATCGTTA--AAA--A--A--TACA-----AG-TTAAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGTCT--TG-TATGCTGAACACTACATATTAA--GTT-AAGCTT--T-GTGTCA-T-TTAGTGGTATTCTCCTTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAATTAT---TTGAGGGTTGTTtt
gi|94994 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAATTGTAT-GTGTTTG------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TGT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAAGGA--A--TACA-----AA-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAATTTTGAATT--G-------TACGTAGCATAAG------TTGGTGCCT--CG-GATATTGCACG-------------------GCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATTACATGAAAT-----------------ACTAT---TTTAGGGTTGTT
gi|94995 : AACAGTGACGGATTGAACCATTTT-AGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATAATA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--CTA-T---G-TAC--CAATATTCCAAATTAGATCAAT---AAA--A--T--TACA-----AG-CTGATG-TA--TTGAGACTGCTTATCGCCAAAATT
gi|94996 : AAAAGTGACAAAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ATATGTAACTTACATATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGCGACAATTGTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-C---A-TAT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAA--A--A---ATA-----A---------------AAG------AAA-GCCCAAATTTGCTTA--G-------TGCGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TAT-TTGTACGCTACA---TAA--ATTGAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGCTATTCT--TTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---CTGAGGGTCGTTt
gi|94997 : AAAAGAGAAGGATTGAGCCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAGTTTATTAGACCTAC------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A------------------TG-----T--ATAAGACTGCTAAACGCCAAAATTTGTTTA--G-------TACGTAGCATAAG------CAGATGCCT--CG-TATATTGTACACTACA---TAA--GTCGGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGCATGCTAATAACAT
gi|94998 : AAAAGTGACGGATTGAA------TCAGATCGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTG------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACCTCTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATGTGCTTA--G-------TACGTAGTATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATA-TACACACTACA---TAA--GTCGGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACTTGAAATA---ATACTACT-TTCAA
gi|94999 : AAAAGTGACGGTTTGAACCACTTTCACATTGACA-ACACGTCATTTACAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGAACTACATTTT-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--AAATAAACCAAATTATGTCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAAATT-GCTGA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CC-TATATAATACGCCACG---TAA--GTCGGTGCAT--T-GTGTCA-----AA----A---TAATAACATGAAACA---CTGCCGTTGTCggtactttt
gi|95000 : AAAAATGACAGAAGGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTCT-ATGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGCTATATCGTT---AAA--A--A--TAAA-----AG-TTGAGG-TT--ATgtcagttctgag
gi|95000 : TATTGTACGCTACA---TAA--GTTGAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAAATACATGAAA------TACTTCTAC----CTAT---TTGAGGGTTATTtgtacgctacataagttgaggcattgtgtcattcagcggtattctaaatacatgaaatacttctacctatttgagggttatt
gi|95001 : aaaaatgacagaaggaaccactttcagattgaaaacacgtaatttacagatccatttatcacttcggaagcaattctgggacaactttctatgttttatatttgttttatatatcaatacaccaagctatatcgttaaaaataaaagttgaggtAAAAGTGACGGATTGAACCATTTGCAGATTGAAA-----------T-CAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGGATTAATTTAT-GAGTTTA------ACA--T---TTGTT--TTA-T---
gi|95002 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTATTTTATAATAACA--T---TTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCAGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTAGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTCAATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95003 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTGTTTTATAATCACA--TAAATTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCGGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTGGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTCAATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95004 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTGA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--TAATATACCAAAGTGTATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATA
gi|95005 : AAAAGTGAAGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA--------GCA---CTATTCATTG------C------TTCAGAAGCATTTA-TGTGACTATTTTAC-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-CT--ATAAGGCTGCT
gi|95006 : AAAAGTGACGGAATGAATCACTTTAAGATTGAAA-AGACGTACTTTACAGATCAATTTATCA------C------TTTGGAAGCATTTC-TGGCACAATTTTAT-GTGATTT------ATT--T---TTATT--TTA-T---A-T------ATACAC---ATTGTGTCATT---
gi|95007 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTAAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGT------------------CAGTGTAT--T-ATGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTT
gi|95008 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TTGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATGTCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGACAAAATTTGCTTG--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTATACACTACA---TCAGTGTCAGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTtt
gi|95009 : AAAGTAACGGCTTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTCATTTATAGCTATATTTATTG------C------TTCAGAGGCATTTC-TGAAACTATTTTAT-GGAGTTA------ACA--T---TTTTT--TGA-T---G-TGT--TAATGAACCAAGTTATATCTGT---AAA--AACA--TACA-----CA-TTGATG-TT--ATAAGG--GTTA-----TAAAGTT-GCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATAGTGTACACTACA---TAA--GTCAAGTCAT--T-GTGTCA-A-TTAGCGGT-TAAAAATAACATGAAATA---ATAATACTATCCAACTAT---TTGAGGGTTTTTtt
gi|95010 : AAAGTTACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAACTTATTA------C------GTCGGAAGCATTTA-TGGGACATCTTTCT-GTGTTTT------ACG--T---TTGTTTGTTA-TTAAGCTAC--TAA-ACGCCAAAtt
gi|95010 : G-TT--ATTAAGCTACTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCAAAAG------TATATGTCT--CG-TATACTGTACACTACA---TAA--GTCAGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTATCAGTATTCTAATTACATGAAATG---ATATAACTATCCAACTAT---TTCAGGGTTGTTatttgcttagtacgtagcaaaagtatatgtctcgtatactgtacactacataagtcagtgtattgtgtcatttatcagtattctaattacatgaaatgatataactatccaactatttcagggttgtttt
gi|95011 : aaagttacggattgaaccattttcagattgaaaacagctcaacttattacgtcggaagcatttatgggacatctttctgtgttttacgtttgtttAAAGTGACTGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATATTA------CATGTACTTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--tt
gi|95012 : AAGTGACGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--AC-AC-TACT-----AG-TTGAGG-TT--ATTAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTTGAGGCAT--T-GTGTGA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|95013 : AGTGACGGAATGAACAATTTTCAGATTGAAA-ACATGT-----------CAATTTATTT------C------TCCGGAAGCATTTC-TAGGACTACTCTAT-GTGTTTC------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTAGTG-TT--ATAAGGCTGCTAAA-------------TTA--G-------TATGTAGTATAAG------TAA---------G-TATATTGTACACTACA---TAA--GTCGGCGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTATAATAAAATGAAATACATGTAATACTA--AAACTACTAGTTCAGGCTTATT
gi|95014 : TAACGGAATGAACCACTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAAATCCATTTATCA------C------TTTGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTTTTGTGTTTT------ATA--T---T-GTT--TTA-A---A-TAT--CAACACACCAAGTT-TATTGTT---AAA--A--AAATGCA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGATAAACGCCAAACGTTGCTTA--G-------TACGTTGCATAAG------TAAGTACCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTTGGAGCAT--T-GTGGTA-T-TCAGCGGTAGTCTAATTACATGAAATA---GTACTGCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTtt
gi|95015 : CACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCAATTTATCA------C------TTGGGAAGAATTTC-TGGGACAACTTTAT-ATGTTTA------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAC--CAATGCACCAAGTTATATCATT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TTGTATAAGGTGGCTAAACGCCAAAAATTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CA-TATATTGTACACTATA---TAT--GCCGAGACAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTTT---TTGAGTGTTGTT
gi|95016 : aaatgtgaACCGTTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTG-TAGGACAATTGTTT-GTGGTTT------ATATTT---TTGTT--TTA-T---A-AAT--AAAT
gi|95017 : atgTGAACTACTTTCTGATTTAAA-AGGCGTCATTTACAGGTCAATTTATTA------C------TTCGGAATCATTTC-TGGAACTACTTTAT-AGGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATATACCAAATTATGGCAGTAACAAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGTTTA--GTAGGCCCTACGTTGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATTTTGTACGTTACA---TAA--GTCGGTATAT--T-GTTGCA-T-GTAGCGATATTTAAATAACATGAAATA---ATACTACTATCCAACTTA---TTGAG
gi|95018 : GGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATCATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----GG-TT
gi|95019 : ttcaTACTGTAT-TCGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGTGATATCAGT---AAAGAA--A--TACA-----AC-TTGAGGGTT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAACATTTGCTTATAG-------TACGTAGCATAAG------TA----------------TTGTCCACTACA---TAC--GGCGGTGTAT--T-GTGCCA-T-TAAGCGGTATTCTAATAACA-GAAATA---ATACTTCTATC-------------AGGGTTGT
gi|95020 : TTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TGT--TAATAAACCAAATTAGGTCTGT---AAA--A--ACATACA-----AG-TTGACG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAACTTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TAGGTGCCT--CG-TGTATAGTACGCTGCG---TAA--GTCGGTGCAA--T-GTGTCgtt
gi|95021 : TGAAA-TT--ATACGAGTATCAGACGGCAAAGTGTGTCGA--G-------TACGTAGCATAAT------GCGGTGCCT--CGACATAT
gi|95022 : CTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGTAAACTATA---TAA--GTCGGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGACATA---ATAATACT---TACCT-T---TTTAGGGTTGTTacatgcatattccatatatacagtttaatttattgatat
gi|95023 : TAAACGCCAAT-TTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATAGTACACTACA---TAA--GTCGGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---GAACTAGTATCCAACCAT---TTCAGGGCTGCTtt
gi|95024 : T--TG-TATAT-GTACGCTATA---TAA--GTCG-AGTAT--TTGTGTCAATATCAGCGGTATTCAAATAACATGAAATA---ATACTACTATTCAACTAG---CTGAGtt
gi|95025 : AT--T-GTGTCA-T-TCAGTGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTTT---TTGAGGGTCGTTttttttt
Alignments
lowQualScore : 33333333333 22222
lowQualScore : 1 2 00000000000 1 0 333333 333333 22 1 1 777777 11 333 11 2 222 1 33 1 11 222 66 00000 77777 2 2 1 11 1 22 4444444 888888 33 1 222 22 1 2 11 1 1 1 1 1 4444 1 333 0
lowQualScore : . . ........... . . ...... ...... .. . . ...... .. ... .. . ... . .. . .. ... .. ..... ..... . . . .. . .. ....... ...... .. . ... .. . . .. . . . . . .... . ... .
lowQualScore : 0 7 99999999999 9 7 888888 888888 33 2 2 000000 77 888 77 4 111 2 44 3 99 444 66 55555 11111 9 0 4 99 0 00 8888888 555555 99 4 555 00 4 8 99 4 4 4 6 2 9999 6 000 9
consensus : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
Reference ( family-559 ) : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94988 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATAGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTT-TGGGATTTTTTTAT-GTGTTTT------ATA--TGT-TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACAAAGTTATATCGTT---AAA--AAAA--TACA-----AG-TTGAGA-CT--AAAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTAA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGATACCT--CG-TATATTGTACGCTATA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAACGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGCTGTT
gi|94989 : AAAAGTGCCGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--A--AACTACT-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGTCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|94990 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATT-AAA-ACACGTAACTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT-GTGTTTG------ATA--T---T-ATT--TTA-T---A-TAT--CAATACATCAAGTTATACCGTT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAATGCCAAAATTGCCTTA--G-------TACGTAATATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCATTGT-GTGTCA-T-TCAGCGGTAGTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94991 : AACAATGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------A------TTCGGAAGCATATAATGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--AACA-----AG-CTGATG-TT--ATGAGGCTGCTTAACGCCAAAATTTGCTTA--C-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATT------------------GTC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TTAGCGGTTATCTGATAACATGAAATG---ATACTACTATCCAACTAT---TTCATGGTTGTT
gi|94992 : AAAAGTAACGGATTGAAATATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TAA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TTGGTGCCT--CG-TATATTGTGCACTACA---TTA--ATC-TGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---ATACTTATATCCAACTTT---TTCAGGGTTATT
gi|94993 : AAAAGTAACGGAATGAACCATTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATTA------C------TTTAGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT----TTTT-----------T---TTATT--TT--T---C-TAT--TAA-ATATCAAGTAATATCGTT---AAA--AA-A--TACA-----AG-TTAAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGTCT--TG-TATGCTGAACACTACATATTAA--GTT-AA-GCTT--T-GTGTCA-T-TTAGTGGTATTCTCCTTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAATTAT---TTGAGGGTTGTTtt
gi|94994 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAATTGTAT-GTGTTTG------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TGT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAAGGA--A--TACA-----AA-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAATTTTGAATT--G-------TACGTAGCATAAG------TTGGTGCCT--CG-GATATTGCACG--------------------GCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATTACATGAAAT-----------------ACTAT---TTTAGGGTTGTT
gi|94995 : AACAGTGACGGATTGAACCATTTT-AGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATAATA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--CTA-T---G-TAC--CAATATTCCAAATTAGATCAAT---AAA--A--T--TACA-----AG-CTGATG-TA--TTGAGACTGCTTATCGCCAAAATTT
gi|94996 : AAAAGTGACAAAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ATATGTAACTTACATATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGCGACAATTGTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-C---A-TAT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAA--A--A---ATA-----A---------------AAG------AAA-GCCCAAATTTGCTTA--G-------TGCGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TAT-TTGTACGCTACA---TAA--ATT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGCTATTCT--TTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---CTGAGGGTCGTT
gi|94997 : AAAAGAGAAGGATTGAGCCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAGTTTATTAGACCTAC------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A------------------TG-----T--ATAAGACTGCTAAACGCCAAAATTTGTTTA--G-------TACGTAGCATAAG------CAGATGCCT--CG-TATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGCATGCTAATAACAT
gi|94998 : AAAAGTGACGGATTGAA------TCAGATCGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTG------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACCTCTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATGTGCTTA--G-------TACGTAGTATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATA-TACACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACTTGAAATA---ATACTACT-TTCAA
gi|94999 : AAAAGTGACGGTTTGAACCACTTTCACATTGACA-ACACGTCATTTACAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGAACTACATTTT-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--AAATAAACCAAATTATGTCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAAA-TTGCTGA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CC-TATATAATACGCCACG---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-----AA----A---TAATAACATGAAACA---CTGCCGTTGTCggtactttt
gi|95000 : AAAAATGACAGAAGGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTCT-ATGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGCTATATCGTT---AAA--A--A--TAAA-----AG-TTGAGG-TT--ATgtcagttctgag
gi|95000 : TATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAAATACATGAAA------TACTTCTAC----CTAT---TTGAGGGTTATTtgtacgctacataagttgaggcattgtgtcattcagcggtattctaaatacatgaaatacttctacctatttgagggttatt
gi|95001 : aaaaatgacagaaggaaccactttcagattgaaaacacgtaatttacagatccatttatcacttcggaagcaattctgggacaactttctatgttttatatttgttttatatatcaatacaccaagctatatcgttaaaaataaaagttgaggtAAAAGTGACGGATTGAACCATTTGCAGATTGAAA-----------T-CAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGGATTAATTTAT-GAGTTTA------ACA--T---TTGTT--TTA-T---
gi|95002 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTATTTTATAATAACA--T---TTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCAGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTAGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95003 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTGTTTTATAATCACA--TAAATTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCGGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTGGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95004 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTGA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--TAATATACCAAAGTGTATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATA
gi|95005 : AAAAGTGAAGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-GCACT----------ATTCATTG------C------TTCAGAAGCATTTA-TGTGACTATTTTAC-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-CT--ATAAGGCTGCT
gi|95006 : AAAAGTGACGGAATGAATCACTTTAAGATTGAAA-AGACGTACTTTACAGATCAATTTATCA------C------TTTGGAAGCATTTC-TGGCACAATTTTAT-GTGATTT------ATT--T---TTATT--TTA-T---A-T------ATACAC---ATTGTGTC
gi|95007 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTAAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGT------------------C-AGTGTAT--T-ATGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTatt
gi|95008 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TTGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATGTCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGACAAAATTTGCTTG--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTATACACTACA---TCAGTGTC-AGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTtt
gi|95009 : AAAGTAACGGCTTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTCATTTATAGCTATATTTATTG------C------TTCAGAGGCATTTC-TGAAACTATTTTAT-GGAGTTA------ACA--T---TTTTT--TGA-T---G-TGT--TAATGAACCAAGTTATATCTGT---AAA--AACA--TACA-----CA-TTGATG-TT--ATAAGG--GTTA------TAAAGTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATAGTGTACACTACA---TAA--GTCAAGT-CAT--T-GTGTCA-A-TTAGCGGT-TAAAAATAACATGAAATA---ATAATACTATCCAACTAT---TTGAGGGTTTTTtt
gi|95010 : AAAGTTACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAACTTATTA------C------GTCGGAAGCATTTA-TGGGACATCTTTCT-GTGTTTT------ACG--T---TTGTTTGTTA-TTAAGCTAC--TAA-ACGCCAAAtt
gi|95010 : G-TT--ATTAAGCTACTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCAAAAG------TATATGTCT--CG-TATACTGTACACTACA---TAA--GTC-AGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTATCAGTATTCTAATTACATGAAATG---ATATAACTATCCAACTAT---TTCAGGGTTGTTatttgcttagtacgtagcaaaagtatatgtctcgtatactgtacactacataagtcagtgtattgtgtcatttatcagtattctaattacatgaaatgatataactatccaactatttcagggttgtttt
gi|95011 : aaagttacggattgaaccattttcagattgaaaacagctcaacttattacgtcggaagcatttatgggacatctttctgtgttttacgtttgtttAAAGTGACTGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATATTA------CATGTACTTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--tt
gi|95012 : AAGTGACGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--AC-AC-TACT-----AG-TTGAGG-TT--ATTAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTGA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|95013 : AGTGACGGAATGAACAATTTTCAGATTGAAA-ACATGT-----------CAATTTATTT------C------TCCGGAAGCATTTC-TAGGACTACTCTAT-GTGTTTC------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTAGTG-TT--ATAAGGCTGCTAAA-------------TTA--G-------TATGTAGTATAAG------TAAGT----------ATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGCGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTATAATAAAATGAAATACATGTAATACTA--AAACTACTAGTTCAGGCTTATT
gi|95014 : TAACGGAATGAACCACTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAAATCCATTTATCA------C------TTTGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTTTTGTGTTTT------ATA--T---T-GTT--TTA-A---A-TAT--CAACACACCAAGTT-TATTGTT---AAA--A--AAATGCA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGATAAACGCCAAACGTTGCTTA--G-------TACGTTGCATAAG------TAAGTACCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GGAGCAT--T-GTGGTA-T-TCAGCGGTAGTCTAATTACATGAAATA---GTACTGCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTtt
gi|95015 : CACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCAATTTATCA------C------TTGGGAAGAATTTC-TGGGACAACTTTAT-ATGTTTA------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAC--CAATGCACCAAGTTATATCATT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TTGTATAAGGTGGCTAAACGCCAAAAATTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CA-TATATTGTACACTATA---TAT--GCC-GAGACAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTTT---TTGAGTGTTGTT
gi|95016 : aaatgtgaACCGTTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTG-TAGGACAATTGTTT-GTGGTTT------ATATTT---TTGTT--TTA-T---A-AAT--AAAT
gi|95017 : atgTGAACTACTTTCTGATTTAAA-AGGCGTCATTTACAGGTCAATTTATTA------C------TTCGGAATCATTTC-TGGAACTACTTTAT-AGGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATATACCAAATTATGGCAGTAACAAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGTTTA--GTAGGCCCTACGTTGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATTTTGTACGTTACA---TAA--GTC-GGTATAT--T-GTTGCA-T-GTAGCGATATTTAAATAACATGAAATA---ATACTACTATCCAACTTA---TTGAG
gi|95018 : GGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATCATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----GG-TT
gi|95019 : ttcaTACTGTAT-TCGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGTGATATCAGT---AAAGAA--A--TACA-----AC-TTGAGGGTT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAACATTTGCTTATAG-------TACGTAGCATAAG------TA----------------TTGTCCACTACA---TAC--GGC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TAAGCGGTATTCTAATAACA-GAAATA---ATACTTCTATC-------------AGGGTTGT
gi|95020 : TTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TGT--TAATAAACCAAATTAGGTCTGT---AAA--A--ACATACA-----AG-TTGACG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAACTTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TAGGTGCCT--CG-TGTATAGTACGCTGCG---TAA--GTC-GGTGCAA--T-GTGTCgtt
gi|95021 : TGAAA-TT--ATACGAGTATCAGACGGCAAAGTGTGTCGA--G-------TACGTAGCATAAT------GCGGTGCCT--CGACATAT
gi|95022 : CTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGTAAACTATA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGACATA---ATAATACT---TACCT-T---TTTAGGGTTGTTacatgcatattccatatatacagtttaatttattgatat
gi|95023 : TAAACGCCAAT-TTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATAGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---GAACTAGTATCCAACCAT---TTCAGGGCTGCTtt
gi|95024 : T--TG-TATAT-GTACGCTATA---TAA--GTC-GA-GTAT--TTGTGTCAATATCAGCGGTATTCAAATAACATGAAATA---ATACTACTATTCAACTAG---CTGAGtt
gi|95025 : AT--T-GTGTCA-T-TCAGTGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTTT---TTGAGGGTCGTTttttttt
Alignments
lowQualScore : 33333333333 22222
lowQualScore : 1 2 00000000000 1 0 333333 333333 22 1 1 777777 11 333 11 2 222 1 33 1 11 222 66 00000 77777 2 2 1 11 1 22 4444444 888888 33 1 222 22 1 2 11 1 1 1 1 1 4444 1 333 0
lowQualScore : . . ........... . . ...... ...... .. . . ...... .. ... .. . ... . .. . .. ... .. ..... ..... . . . .. . .. ....... ...... .. . ... .. . . .. . . . . . .... . ... .
lowQualScore : 0 7 99999999999 9 7 888888 888888 33 2 2 000000 77 888 77 4 111 2 44 3 99 444 66 55555 11111 9 0 4 99 0 00 8888888 555555 99 4 555 00 4 8 99 4 4 4 6 2 9999 6 000 9
consensus : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
Reference ( family-559 ) : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94988 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATAGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTT-TGGGATTTTTTTAT-GTGTTTT------ATA--TGT-TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACAAAGTTATATCGTT---AAA--AAAA--TACA-----AG-TTGAGA-CT--AAAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTAA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGATACCT--CG-TATATTGTACGCTATA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAACGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGCTGTT
gi|94989 : AAAAGTGCCGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--A--AACTACT-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGTCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|94990 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATT-AAA-ACACGTAACTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT-GTGTTTG------ATA--T---T-ATT--TTA-T---A-TAT--CAATACATCAAGTTATACCGTT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAATGCCAAAATTGCCTTA--G-------TACGTAATATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCATTGT-GTGTCA-T-TCAGCGGTAGTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94991 : AACAATGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------A------TTCGGAAGCATATAATGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--AACA-----AG-CTGATG-TT--ATGAGGCTGCTTAACGCCAAAATTTGCTTA--C-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATT------------------GTC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TTAGCGGTTATCTGATAACATGAAATG---ATACTACTATCCAACTAT---TTCATGGTTGTT
gi|94992 : AAAAGTAACGGATTGAAATATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TAA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TTGGTGCCT--CG-TATATTGTGCACTACA---TTA--ATC-TGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---ATACTTATATCCAACTTT---TTCAGGGTTATT
gi|94993 : AAAAGTAACGGAATGAACCATTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATTA------C------TTTAGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT----TTTT-----------T---TTATT--TT--T---C-TAT--TAA-ATATCAAGTAATATCGTT---AAA--AA-A--TACA-----AG-TTAAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGTCT--TG-TATGCTGAACACTACATATTAA--GTT-AA-GCTT--T-GTGTCA-T-TTAGTGGTATTCTCCTTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAATTAT---TTGAGGGTTGTTtt
gi|94994 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAATTGTAT-GTGTTTG------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TGT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAAGGA--A--TACA-----AA-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAATTTTGAATT--G-------TACGTAGCATAAG------TTGGTGCCT--CG-GATATTGCACG--------------------GCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATTACATGAAAT-----------------ACTAT---TTTAGGGTTGTT
gi|94995 : AACAGTGACGGATTGAACCATTTT-AGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATAATA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--CTA-T---G-TAC--CAATATTCCAAATTAGATCAAT---AAA--A--T--TACA-----AG-CTGATG-TA--TTGAGACTGCTTATCGCCAAAATTT
gi|94996 : AAAAGTGACAAAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ATATGTAACTTACATATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGCGACAATTGTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-C---A-TAT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAA--A--A---ATA-----A---------------AAG------AAA-GCCCAAATTTGCTTA--G-------TGCGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TAT-TTGTACGCTACA---TAA--ATT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGCTATTCT--TTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---CTGAGGGTCGTT
gi|94997 : AAAAGAGAAGGATTGAGCCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAGTTTATTAGACCTAC------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A------------------TG-----T--ATAAGACTGCTAAACGCCAAAATTTGTTTA--G-------TACGTAGCATAAG------CAGATGCCT--CG-TATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGCATGCTAATAACAT
gi|94998 : AAAAGTGACGGATTGAA------TCAGATCGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTG------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACCTCTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATGTGCTTA--G-------TACGTAGTATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATA-TACACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACTTGAAATA---ATACTACT-TTCAA
gi|94999 : AAAAGTGACGGTTTGAACCACTTTCACATTGACA-ACACGTCATTTACAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGAACTACATTTT-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--AAATAAACCAAATTATGTCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAAA-TTGCTGA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CC-TATATAATACGCCACG---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-----AA----A---TAATAACATGAAACA---CTGCCGTTGTCggtactttt
gi|95000 : AAAAATGACAGAAGGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTCT-ATGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGCTATATCGTT---AAA--A--A--TAAA-----AG-TTGAGG-TT--ATgtcagttctgag
gi|95000 : TATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAAATACATGAAA------TACTTCTAC----CTAT---TTGAGGGTTATTtgtacgctacataagttgaggcattgtgtcattcagcggtattctaaatacatgaaatacttctacctatttgagggttatt
gi|95001 : aaaaatgacagaaggaaccactttcagattgaaaacacgtaatttacagatccatttatcacttcggaagcaattctgggacaactttctatgttttatatttgttttatatatcaatacaccaagctatatcgttaaaaataaaagttgaggtAAAAGTGACGGATTGAACCATTTGCAGATTGAAA-----------T-CAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGGATTAATTTAT-GAGTTTA------ACA--T---TTGTT--TTA-T---
gi|95002 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTATTTTATAATAACA--T---TTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCAGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTAGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95003 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTGTTTTATAATCACA--TAAATTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCGGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTGGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95004 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTGA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--TAATATACCAAAGTGTATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATA
gi|95005 : AAAAGTGAAGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-GCACT----------ATTCATTG------C------TTCAGAAGCATTTA-TGTGACTATTTTAC-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-CT--ATAAGGCTGCT
gi|95006 : AAAAGTGACGGAATGAATCACTTTAAGATTGAAA-AGACGTACTTTACAGATCAATTTATCA------C------TTTGGAAGCATTTC-TGGCACAATTTTAT-GTGATTT------ATT--T---TTATT--TTA-T---A-T------ATACAC---ATTGTGTC
gi|95007 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTAAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGT------------------C-AGTGTAT--T-ATGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTatt
gi|95008 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TTGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATGTCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGACAAAATTTGCTTG--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTATACACTACA---TCAGTGTC-AGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTtt
gi|95009 : AAAGTAACGGCTTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTCATTTATAGCTATATTTATTG------C------TTCAGAGGCATTTC-TGAAACTATTTTAT-GGAGTTA------ACA--T---TTTTT--TGA-T---G-TGT--TAATGAACCAAGTTATATCTGT---AAA--AACA--TACA-----CA-TTGATG-TT--ATAAGG--GTTA------TAAAGTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATAGTGTACACTACA---TAA--GTCAAGT-CAT--T-GTGTCA-A-TTAGCGGT-TAAAAATAACATGAAATA---ATAATACTATCCAACTAT---TTGAGGGTTTTTtt
gi|95010 : AAAGTTACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAACTTATTA------C------GTCGGAAGCATTTA-TGGGACATCTTTCT-GTGTTTT------ACG--T---TTGTTTGTTA-TTAAGCTAC--TAA-ACGCCAAAtt
gi|95010 : G-TT--ATTAAGCTACTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCAAAAG------TATATGTCT--CG-TATACTGTACACTACA---TAA--GTC-AGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTATCAGTATTCTAATTACATGAAATG---ATATAACTATCCAACTAT---TTCAGGGTTGTTatttgcttagtacgtagcaaaagtatatgtctcgtatactgtacactacataagtcagtgtattgtgtcatttatcagtattctaattacatgaaatgatataactatccaactatttcagggttgtttt
gi|95011 : aaagttacggattgaaccattttcagattgaaaacagctcaacttattacgtcggaagcatttatgggacatctttctgtgttttacgtttgtttAAAGTGACTGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATATTA------CATGTACTTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--tt
gi|95012 : AAGTGACGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAA--AC-AC-TACT-----AG-TTGAGG-TT--ATTAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTGA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|95013 : AGTGACGGAATGAACAATTTTCAGATTGAAA-ACATGT-----------CAATTTATTT------C------TCCGGAAGCATTTC-TAGGACTACTCTAT-GTGTTTC------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTAGTG-TT--ATAAGGCTGCTAAA-------------TTA--G-------TATGTAGTATAAG------TAAGT----------ATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGCGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTATAATAAAATGAAATACATGTAATACTA--AAACTACTAGTTCAGGCTTATT
gi|95014 : TAACGGAATGAACCACTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAAATCCATTTATCA------C------TTTGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTTTTGTGTTTT------ATA--T---T-GTT--TTA-A---A-TAT--CAACACACCAAGTT-TATTGTT---AAA--A--AAATGCA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGATAAACGCCAAACGTTGCTTA--G-------TACGTTGCATAAG------TAAGTACCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GGAGCAT--T-GTGGTA-T-TCAGCGGTAGTCTAATTACATGAAATA---GTACTGCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTtt
gi|95015 : CACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCAATTTATCA------C------TTGGGAAGAATTTC-TGGGACAACTTTAT-ATGTTTA------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAC--CAATGCACCAAGTTATATCATT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TTGTATAAGGTGGCTAAACGCCAAAAATTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CA-TATATTGTACACTATA---TAT--GCC-GAGACAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTTT---TTGAGTGTTGTT
gi|95016 : aaatgtgaACCGTTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTG-TAGGACAATTGTTT-GTGGTTT------ATATTT---TTGTT--TTA-T---A-AAT--AAAT
gi|95017 : atgTGAACTACTTTCTGATTTAAA-AGGCGTCATTTACAGGTCAATTTATTA------C------TTCGGAATCATTTC-TGGAACTACTTTAT-AGGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATATACCAAATTATGGCAGTAACAAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGTTTA--GTAGGCCCTACGTTGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATTTTGTACGTTACA---TAA--GTC-GGTATAT--T-GTTGCA-T-GTAGCGATATTTAAATAACATGAAATA---ATACTACTATCCAACTTA---TTGAG
gi|95018 : GGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATCATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----GG-TT
gi|95019 : ttcaTACTGTAT-TCGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGTGATATCAGT---AAAGAA--A--TACA-----AC-TTGAGGGTT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAACATTTGCTTATAG-------TACGTAGCATAAG------TA----------------TTGTCCACTACA---TAC--GGC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TAAGCGGTATTCTAATAACA-GAAATA---ATACTTCTATC-------------AGGGTTGT
gi|95020 : TTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TGT--TAATAAACCAAATTAGGTCTGT---AAA--A--ACATACA-----AG-TTGACG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAACTTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TAGGTGCCT--CG-TGTATAGTACGCTGCG---TAA--GTC-GGTGCAA--T-GTGTCgtt
gi|95021 : TGAAA-TT--ATACGAGTATCAGACGGCAAAGTGTGTCGA--G-------TACGTAGCATAAT------GCGGTGCCT--CGACATAT
gi|95022 : CTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGTAAACTATA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGACATA---ATAATACT---TACCT-T---TTTAGGGTTGTTacatgcatattccatatatacagtttaatttattgatat
gi|95023 : TAAACGCCAAT-TTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATAGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---GAACTAGTATCCAACCAT---TTCAGGGCTGCTtt
gi|95024 : T--TG-TATAT-GTACGCTATA---TAA--GTC-GA-GTAT--TTGTGTCAATATCAGCGGTATTCAAATAACATGAAATA---ATACTACTATTCAACTAG---CTGAGtt
gi|95025 : AT--T-GTGTCA-T-TCAGTGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTTT---TTGAGGGTCGTTttttttt
blockSeqs : A C CGCAATTTTCA A GACCTA ATGTAC AA A T ATAATA TT AAA TG T TAA C TC C GT AAC GG AAC GATTG A G G GT T TA TAGGCCC TTAGTA AA A TAT GT A G TG T A A C T CATG T TAG
blockSeqs : A C CGTAACTTTCA A . . C A . ATAATC . . . T . . TC C GT . GA ACA GATTG A T . . C . . TTAGTA AA . . . . G . . . . C T C T .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . C T . . . . . . . . . T AG . T CAC . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A C A .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . A T . . . . . . . . . T AG . T AAA . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A A T .
blockSeqs : A . TGTAACTTACA A . . C A . . . . . . . . . T GT . . ACA . . G . . C . . . . . . . . G . . . . T T A T .
blockSeqs : A . CGTCATTTACA A . . C A . . . . . . . . . C GT . . AA . . G . . C . . . . . . . . T . . . . C T C T .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . A T . . . . . . . . . T AA . . CA . . T . . C . . . . . . . . T . . . . C T C A .
blockSeqs : A . CATGATTAACA A . . C A . . . . . . . . . C GT . . TA . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A A G .
blockSeqs : T . CATGATTAACA C . . A T . . . . . . . . . T AA . . TA . . G . . C . . . . . . . . G . . . . T A C T .
blockSeqs : T . CGTACTTTACA T . . A C . . . . . . . . . T AG . . CA . . G . . G . . . . . . . . T . . . . C A A A .
blockSeqs : T . CGTCATTTATA C . . C T . . . . . . . . . A AG . . A . . G . . G . . . . . . . . T . . . . G T A A .
blockSeqs : A . CGCAATTTTCA A . . C A . . . . . . . . . C GT . . T . . G . . G . . . . . . . . T . . . . G A A A .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . C T . . . . . . . . . A AG . . T . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A A A .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . A T . . . . . . . . . A GG . . A . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A C T .
blockSeqs : T . CGTAATTTACA C . . A T . . . . . . . . . T AG . . T . . T . . C . . . . . . . . T . . . . T A G A .
blockSeqs : T . CGTCATTTACA T . . A T . . . . . . . . . T AG . . A . . T . . C . . . . . . . . G . . . . T A C G .
blockSeqs : T . GCACT A . . A T . . . . . . . . . C AA . . T . . T . . T . . . . . . . . C . . . . C T A T .
blockSeqs : A . TCA T . . C A . . . . . . . . . T AA . . A . . G . . C . . . . . . . . A . . . . T T A A .
blockSeqs : C . TGT C . . A T . . . . . . . . . T TG . . T . . T . . C . . . . . . . . G . . . . C A A T .
blockSeqs : C . . C . . A T . . . . . . . . . A AG . . T . . G . . T . . . . . . . . T . . . . T T G A .
blockSeqs : T . . C . . C T . . . . . . . . . C GT . . T . . G . . G . . . . . . . . T . . . . T A A A .
blockSeqs : T . . C . . A A . . . . . . . . . T AG . . T . . G . . G . . . . . . . . T . . . . A A C A .
blockSeqs : T . . A . . A T . . . . . . . . . C GT . . A . . G . . G . . . . . . . . T . . . . T A . T
blockSeqs : A . . A . . C A . . . . . . . . . T AT . . A . . C . . G . . . . . . . . T . . . . T A . .
blockSeqs : A . . A . . C T . . . . . . . . . C AG . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C A
blockSeqs : A . . A . . C A . . . . . . . . . C AG . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C A
blockSeqs : . . G . . C A . . . . . . . . . T AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . G A . . . . . . . . . T TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . . . . . . . . C
blockSeqs : T . . . . . . . . . A
blockSeqs : T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *** N****
originalCons : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
finalCons : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--AN----TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111
lowQualScore : 1 2 00000000000 1 0 333333 333333 22 1 1 777777 11 333 11 2 222 1 33 1 11 444 88 77777 77777 2 2 1 11 1 22 4444444 888888 33 1 222 22 1 2 11 1 1 1 1 1 4444 1 333 0
lowQualScore : . . ........... . . ...... ...... .. . . ...... .. ... .. . ... . .. . .. ... .. ..... ..... . . . .. . .. ....... ...... .. . ... .. . . .. . . . . . .... . ... .
lowQualScore : 0 7 99999999999 9 7 888888 888888 33 2 2 000000 77 888 77 4 111 2 44 3 99 333 44 22222 11111 9 0 4 99 0 00 8888888 555555 99 4 555 00 4 8 99 4 4 4 6 2 9999 6 000 9
consensus : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--N--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
Reference ( family-559 ) : AAAAGTGACGGANTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGNTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTN-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATACACCAAATTATATCGGT---AAA--A--N--TACA-----AG-TTGANG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---NTACTNCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94988 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATAGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTT-TGGGATTTTTTTAT-GTGTTTT------ATA--TGT-TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACAAAGTTATATCGTT---AAA--A--AAATACA-----AG-TTGAGA-CT--AAAAGGCTGCTAAACGCCAAAATTTGCTAA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGATACCT--CG-TATATTGTACGCTATA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAACGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGCTGTT
gi|94989 : AAAAGTGCCGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTTAA-AAA--A--C--TACT-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGTCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|94990 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATT-AAA-ACACGTAACTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT-GTGTTTG------ATA--T---T-ATT--TTA-T---A-TAT--CAATACATCAAGTTATACCGTT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAATGCCAAAATTGCCTTA--G-------TACGTAATATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCATTGT-GTGTCA-T-TCAGCGGTAGTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTT
gi|94991 : AACAATGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------A------TTCGGAAGCATATAATGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--AACA-----AG-CTGATG-TT--ATGAGGCTGCTTAACGCCAAAATTTGCTTA--C-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATT------------------GTC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TTAGCGGTTATCTGATAACATGAAATG---ATACTACTATCCAACTAT---TTCATGGTTGTT
gi|94992 : AAAAGTAACGGATTGAAATATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TAA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TTGGTGCCT--CG-TATATTGTGCACTACA---TTA--ATC-TGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGAAATA---ATACTTATATCCAACTTT---TTCAGGGTTATT
gi|94993 : AAAAGTAACGGAATGAACCATTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATTA------C------TTTAGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTAT----TTTT-----------T---TTATT--TT--T---C-TAT--TAA-ATATCAAGTAATATCGTT---AAA--A--AA-TACA-----AG-TTAAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGTCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGTCT--TG-TATGCTGAACACTACATATTAA--GTT-AA-GCTT--T-GTGTCA-T-TTAGTGGTATTCTCCTTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAATTAT---TTGAGGGTTGTTtt
gi|94994 : AAAAGTGACGGAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAATTGTAT-GTGTTTG------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TGT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAAGGA--A--TACA-----AA-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAATTTTGAATT--G-------TACGTAGCATAAG------TTGGTGCCT--CG-GATATTGCACG--------------------GCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAATTACATGAAAT-----------------ACTAT---TTTAGGGTTGTT
gi|94995 : AACAGTGACGGATTGAACCATTTT-AGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATAATA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--CTA-T---G-TAC--CAATATTCCAAATTAGATCAAT---AAA--A--T--TACA-----AG-CTGATG-TA--TTGAGACTGCTTATCGCCAAAATTT
gi|94996 : AAAAGTGACAAAATGAACCACTTTCAGATTGAAA-ATATGTAACTTACATATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGCGACAATTGTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-C---A-TAT--CAATACACCAAGTTATATCGTT---AAA--A--A---ATA-----A---------------AAG------AAA-GCCCAAATTTGCTTA--G-------TGCGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TAT-TTGTACGCTACA---TAA--ATT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGCTATTCT--TTACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTAT---CTGAGGGTCGTT
gi|94997 : AAAAGAGAAGGATTGAGCCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAGTTTATTAGACCTAC------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A------------------TG-----T--ATAAGACTGCTAAACGCCAAAATTTGTTTA--G-------TACGTAGCATAAG------CAGATGCCT--CG-TATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGCATGCTAATAACAT
gi|94998 : AAAAGTGACGGATTGAA------TCAGATCGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTG------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACCTCTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGGCTGCTAAACGCCAAAATGTGCTTA--G-------TACGTAGTATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATA-TACACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACTTGAAATA---ATACTACT-TTCAA
gi|94999 : AAAAGTGACGGTTTGAACCACTTTCACATTGACA-ACACGTCATTTACAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGAACTACATTTT-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--AAATAAACCAAATTATGTCAGT---AAA--AC-A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAAA-TTGCTGA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CC-TATATAATACGCCACG---TAA--GTC-GGTGCAT--T-GTGTCA-----AA----A---TAATAACATGAAACA---CTGCCGTTGTCggtactttt
gi|95000 : AAAAATGACAGAAGGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTCT-ATGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGCTATATCGTT---AAA--A--A--TAAA-----AG-TTGAGG-TT--ATgtcagttctgag
gi|95000 : TATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTCA-T-TCAGCGGTATTCTAAATACATGAAA------TACTTCTAC----CTAT---TTGAGGGTTATTtgtacgctacataagttgaggcattgtgtcattcagcggtattctaaatacatgaaatacttctacctatttgagggttatt
gi|95001 : aaaaatgacagaaggaaccactttcagattgaaaacacgtaatttacagatccatttatcacttcggaagcaattctgggacaactttctatgttttatatttgttttatatatcaatacaccaagctatatcgttaaaaataaaagttgaggtAAAAGTGACGGATTGAACCATTTGCAGATTGAAA-----------T-CAGCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTC-TGGGATTAATTTAT-GAGTTTA------ACA--T---TTGTT--TTA-T---
gi|95002 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTATTTTATAATAACA--T---TTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCAGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTAGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95003 : AAAATTGACTGATTGAACCACCTTTAGATTGAAACACACATGATTAACAGCTCAATTTA-----------------TCAGAAGCATTTA-TGGGACTATGTTAG-GTGTTTTATAATCACA--TAAATTGTT--TTATT---A-TATTCTATTAAACTAAATTATGTCGGT---AAAT-AT-A--TACAGATTGAGATTGAGG-TT--ACAAATGTACTGAAAGCCCGAATTTGTTTA--G-------TATGTGGCATAAG------TAGTTGACTAATA-TATATAGTATGATACA---TAG--GTC-AATACAT--T-CTGTCA-T-CGATTGGTGTTTCAGTAGCATAAA
gi|95004 : AAAAGTGACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTGA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--TAATATACCAAAGTGTATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-TT--ATA
gi|95005 : AAAAGTGAAGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-GCACT----------ATTCATTG------C------TTCAGAAGCATTTA-TGTGACTATTTTAC-GAGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----AG-TTGATG-CT--ATAAGGCTGCT
gi|95006 : AAAAGTGACGGAATGAATCACTTTAAGATTGAAA-AGACGTACTTTACAGATCAATTTATCA------C------TTTGGAAGCATTTC-TGGCACAATTTTAT-GTGATTT------ATT--T---TTATT--TTA-T---A-T------ATACAC---ATTGTGTC
gi|95007 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTAAAA-ACA-----------GTTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TGGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGT------------------C-AGTGTAT--T-ATGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTatt
gi|95008 : AAAGTGACGGACTGCACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATTTATTA------C------TTCGGAAGCATTTA-TTGGACTATTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATGTCAAT---AAA--A--T--TGCA-----AG-TTGATG-TT--ATAAGACTGCTCTACGACAAAATTTGCTTG--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTATACACTACA---TCAGTGTC-AGTGTAG--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAATATGAAGTA---ATACTACTATCTAACTGT---TTCAGGGTTGTTtt
gi|95009 : AAAGTAACGGCTTGAACCACTTTCAGATTGAAA-ACACGTCATTTATAGCTATATTTATTG------C------TTCAGAGGCATTTC-TGAAACTATTTTAT-GGAGTTA------ACA--T---TTTTT--TGA-T---G-TGT--TAATGAACCAAGTTATATCTGT---AAA--AACA--TACA-----CA-TTGATG-TT--ATAAGG--GTTA------TAAAGTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATAGTGTACACTACA---TAA--GTCAAGT-CAT--T-GTGTCA-A-TTAGCGGT-TAAAAATAACATGAAATA---ATAATACTATCCAACTAT---TTGAGGGTTTTTtt
gi|95010 : AAAGTTACGGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAACTTATTA------C------GTCGGAAGCATTTA-TGGGACATCTTTCT-GTGTTTT------ACG--T---TTGTTTGTTA-TTAAGCTAC--TAA-ACGCCAAAtt
gi|95010 : G-TT--ATTAAGCTACTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCAAAAG------TATATGTCT--CG-TATACTGTACACTACA---TAA--GTC-AGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTATCAGTATTCTAATTACATGAAATG---ATATAACTATCCAACTAT---TTCAGGGTTGTTatttgcttagtacgtagcaaaagtatatgtctcgtatactgtacactacataagtcagtgtattgtgtcatttatcagtattctaattacatgaaatgatataactatccaactatttcagggttgtttt
gi|95011 : aaagttacggattgaaccattttcagattgaaaacagctcaacttattacgtcggaagcatttatgggacatctttctgtgttttacgtttgtttAAAGTGACTGATTGAACCATTTTCAGATTGAAA-ACA-----------GCTCAATATATTA------CATGTACTTCGGAAGCATTTA-TGGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--tt
gi|95012 : AAGTGACGTAATGAATCACTTTCAGATTGAAA-ACACGCAATTTTCAGATCCATTTATTA------C------TTCGGAAGCAATTC-TTGGACAACTTTAT-GTGTTTT------ATA--T---TTGTT--TTA-A---A-TAT--CAATACACCAAGTTCTATCGTT---AAAACA--C--TACT-----AG-TTGAGG-TT--ATTAGGTTGCTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAGTTAGTATAGGTGCCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GAGGCAT--T-GTGTGA-T-TCAGTTGTATTCTTATTACATGAAATA---CTACTTCTTCCCAACTAT---TTGA-GGTTGTT
gi|95013 : AGTGACGGAATGAACAATTTTCAGATTGAAA-ACATGT-----------CAATTTATTT------C------TCCGGAAGCATTTC-TAGGACTACTCTAT-GTGTTTC------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATTATATCAGT---AAA--A--CA-TACA-----AG-TTAGTG-TT--ATAAGGCTGCTAAA-------------TTA--G-------TATGTAGTATAAG------TAAGT----------ATATTGTACACTACA---TAA--GTC-GGCGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTATAATAAAATGAAATACATGTAATACTA--AAACTACTAGTTCAGGCTTATT
gi|95014 : TAACGGAATGAACCACTTTCAAATTGAAA-ACACGTAATTTACAAATCCATTTATCA------C------TTTGGAAGCAATTC-TGGGACAACTTTTTTGTGTTTT------ATA--T---T-GTT--TTA-A---A-TAT--CAACACACCAAGTT-TATTGTT---AAA--A--AAATGCA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGCTGATAAACGCCAAACGTTGCTTA--G-------TACGTTGCATAAG------TAAGTACCT--CG-TATATTGTACGCTACA---TAA--GTT-GGAGCAT--T-GTGGTA-T-TCAGCGGTAGTCTAATTACATGAAATA---GTACTGCTATCCAACTAT---TTGAGGGTTGTtt
gi|95015 : CACTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCAATTTATCA------C------TTGGGAAGAATTTC-TGGGACAACTTTAT-ATGTTTA------ATA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAC--CAATGCACCAAGTTATATCATT---AAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TTGTATAAGGTGGCTAAACGCCAAAAATTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CA-TATATTGTACACTATA---TAT--GCC-GAGACAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---CTACTTCTATCCAACTTT---TTGAGTGTTGTT
gi|95016 : aaatgtgaACCGTTTTCAGATTGAAA-ACACGTAATTTACAGATCCATTTATCA------C------TTCGGAAGTAATTG-TAGGACAATTGTTT-GTGGTTT------ATATTT---TTGTT--TTA-T---A-AAT--AAAT
gi|95017 : atgTGAACTACTTTCTGATTTAAA-AGGCGTCATTTACAGGTCAATTTATTA------C------TTCGGAATCATTTC-TGGAACTACTTTAT-AGGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATATACCAAATTATGGCAGTAACAAA--A--A--TACA-----AG-TTGAGG-TT--ATAAGGGTTCTAAACGCCAAAGTTAGTTTA--GTAGGCCCTACGTTGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATTTTGTACGTTACA---TAA--GTC-GGTATAT--T-GTTGCA-T-GTAGCGATATTTAAATAACATGAAATA---ATACTACTATCCAACTTA---TTGAG
gi|95018 : GGGACTACTTTAT-GTGTTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TAT--CAATATACCAAATCATATCAGT---AAA--A--T--TACA-----GG-TT
gi|95019 : ttcaTACTGTAT-TCGTTTT------AAA--T---TTGTT--TTA-T---A-TAT--CAATACACCAAGTGATATCAGT---AAAGAA--A--TACA-----AC-TTGAGGGTT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAACATTTGCTTATAG-------TACGTAGCATAAG------TA----------------TTGTCCACTACA---TAC--GGC-GGTGTAT--T-GTGCCA-T-TAAGCGGTATTCTAATAACA-GAAATA---ATACTTCTATC-------------AGGGTTGT
gi|95020 : TTTT------ACA--T---TTGTT--TTA-T---G-TGT--TAATAAACCAAATTAGGTCTGT---AAA--A--ACATACA-----AG-TTGACG-TT--ATAAGGGTGCTAAACGCCAAACTTTGCTTA--G-------TACGTAGCATACG------TAGGTGCCT--CG-TGTATAGTACGCTGCG---TAA--GTC-GGTGCAA--T-GTGTCgtt
gi|95021 : TGAAA-TT--ATACGAGTATCAGACGGCAAAGTGTGTCGA--G-------TACGTAGCATAAT------GCGGTGCCT--CGACATAT
gi|95022 : CTAAACGCCAAAATTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--TG-TATATTGTAAACTATA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAATAACATGACATA---ATAATACT---TACCT-T---TTTAGGGTTGTTacatgcatattccatatatacagtttaatttattgatat
gi|95023 : TAAACGCCAAT-TTTGCTTA--G-------TACGTAGCATAAG------TAGGTGCCT--CG-TATATAGTACACTACA---TAA--GTC-GGTGTAT--T-GTGTCA-T-TTAGCGGTATTCTAACAACATGAAATA---GAACTAGTATCCAACCAT---TTCAGGGCTGCTtt
gi|95024 : T--TG-TATAT-GTACGCTATA---TAA--GTC-GA-GTAT--TTGTGTCAATATCAGCGGTATTCAAATAACATGAAATA---ATACTACTATTCAACTAG---CTGAGtt
gi|95025 : AT--T-GTGTCA-T-TCAGTGGTATTCTAATTACATGAAATA---CTATTTCTATCCAACTTT---TTGAGGGTCGTTttttttt