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lowQualScore                  :        .. .. . .......... . .     .     ..                          .   .  .. ...................... ....... ....... .......         .  .... . ..               .           .        
lowQualScore                  :        88 22 6 7777777777 4 4     2     99                          2   1  66 4444444444444444444444 8888888 5555555 8888888         8  5555 3 66               3           7        
consensus                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--GAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
Reference ( gi|109189 )       : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAAAC----GCA--AAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109190                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-GAGAT-GTAAT--AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--AAGGATCTAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109191                     : CGCGCGC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTATCAA--ATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109194                     : CACACAC--A--A-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GAGAGTCAAGAC----G-A--AAGG-----ATCATG-CATTCTAATGA-GTTTTAC
gi|109192                     : CACACACGTA--C-A----------C-T-TAAAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTTCAACGAGTAGCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGGGTCAAGAC----GTA--AAGGATCAAATTATGCCATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109193                     : CGCACGC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTAGCAA-ACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--AAGGATCAAATCATGTCATTATAGTAG-GTTTTACG
gi|109195                     : CACAC-C--G--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGTATATCTAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--GGGGATCAAAGCATG-CATTCTAGGAA-GTTTTACG
gi|109196                     : CACGCAC--G--C-A----------CAT-TAGAT-GTGTTC-AAAAGGGAATCTCCAACGAGTAGCAA-ACCCAG--G-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCTAGAC----GTA--AAGGATCAAATCATG-CATTCAGGTGA-GTTTTAC
gi|109197                     : CGCACGC--A--C-G----------C-T-TTGAT-GTATTC-AAAAGCAAATGTCCAACGAGACGCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCATGTCAAGAC----GTA--AAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109198                     : CACGC-C--G--C-A----------C-C-TAGAT-GTATTT-GAAAGCGTATCTCTAACAAGCATTAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGTGTCAAGAC----GTA--GGGGATCAAAGCATG-CATTCTAGTGACTTTTTACG
gi|109199                     : CACGCAC--G--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAA-ACCCAGTTT-------A-------T------A-------C-------T-------ACAAGTCAAGAC----GTG--AGGGATCAAAGAATG-GCTTCTAATGA-GTTT
gi|109201                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAA-TCCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCACT-------GCAAGTCAAGAC----TTA--GGGGGTCAAATAATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
gi|109202                     : CACATAT--A--C-G----------C-T-CACAC-ACAC---AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCATT-------GCAAGTAAATAC----TTG--GAGGATCAAATAATG-AATTCTAGTGA-GTTCTATG
gi|109204                     : CACACAC--A--C-A----------C-A-CACAC-ACACAC-AAACGTTATTCTGCAAAGAATATCAA-ATCCAG--T-------A-------C------A-------C-------CATGTACAGCAAGTAGATAC----TTA--GGGGATCAAATAATG-CTTTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109205                     : CACACCC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAATGAGTATCAA-ACCCAG--T----------------------A-------C-------T-------GC-------------------------CAAATTATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
gi|109203                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TACAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAA-ACCCAA--T-------A-------C------ATCATGCAC-------T-------GCAAGTCAAGAC----TTA--GTGGATCAAATTATG-CA
gi|109206                     : CACACAC--A--C-AACACTTGGATC-T-TGGAT-GTATTT-TAAAGCGA-TATCCAACGAGTATCAA-CTCCAG--T-------ACATCATGC------A-------C-------T-------GCGAGT
gi|109200                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGTT-GTATTTAAAAAGTGAATTTCTAACGAGTATC
gi|109207                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TGGAT-GTATTT-GAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGC----GTA--AAGGACCTAATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109208                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAATGAATCTCCAACGA-TATCAA-ACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGC----GTA--AAGGATCTGATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109209                     :   CACACT-G--C-A----------C-T-TAGAT-GTAATT-AAAAGCGA-----------GTATCAA-ACCCAG--T-------A-------G------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--GGGGATCAAAGTATG-CATTCTAGTGA-GTTTAACG
gi|109210                     :    ACAA--A--C-A----------C-TATAAATTGTATTA-AAAAGTGAACCTCCACCGGGTTTCAT-ACCTGT--T-------A-------CCTACGTA-------C-------T-------GCGAGTCTAGAT----GTG--AGGG
gi|109211                     :     CAC--G--C-A----------C-T-TA-------TTT-AAAAGCGAATCTCCAATGAGTTTCAA-ACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------C-------GCGAGTCAAGAC----GTA--AAGGATCAAATCATG-CATTTTAGTGA-GTTTGACG
gi|109212                     :       C--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAA-ACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGACAAGAT----GTA--AAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109213                     :       C--A--C-A---------------AGAT-GTATTA-AAAAGTGAACCTCAATCGAGTTTCACTACC-AG--T----------------------T-------C-------T-------ACGAGCCAAGAC----GTA--GTGGA
gi|109214                     :        --A--C-A----------C-T-CAGAT-GTGTTT-AAAAGTAAATAT-CAAAGAGTTTCAA-ATCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCAAT-------GTGAGTGGAAAC----GTA--GGGGA
gi|109215                     :           --C-A----------C-T-CAAAT-GTATTT-ATAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAA-ACCTAG--T-------A-------C------G-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--AAGGACCAAATCATG-CATTCCAGGGT-GTTTTACG
gi|109216                     :                           -T-CAGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTATCAC-TCCCAG----------A--------------A-------C-------T-------ACGAGTCAAGAC----GTA--GAGGA
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gi|109219                     :                               AGAT-GTATTA-AAAGGTGAATTTGAATCGAGTTTCAC-TTCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGAC----GTA--GAGGA
gi|109221                     :                               AGAT-GTATTA-AAGAGTGAATCATAATCGAGTTTCAC-TCCCAG--T----------------------T-------C-------T-------ACGAGCCAAGAC----GTA--GAGGA
gi|109223                     :                                 AT-GTATT--AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCAC-TTCTAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGAC----GTA--GAGGA
gi|109224                     :                                                        CAACTCGTATCAA-ACCCAA--TTCACCACG-------C------A-------C-------T-------GCAAGTCAAGACTTTGGC------GATAAAATTATG-CATTTTAGTGA-ATTTTACG
gi|109225                     :                                                          ACGAATAGCAA-ACTCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGAC----GTA--AAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|109222 ): AAATGTGTTAAAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCCAGTACTACGAGCCAAGACGTAGACGA






Alignments
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lowQualScore                  :        .. .. . .......... . .     .     ..                                .. ...................................... .......                              .           .        
lowQualScore                  :        77 11 4 5555555555 4 4     1     99                                55 44444444444444444444444444444444444444 6666666                              2           7        
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Reference ( family-558 )      : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109189                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAAACGCAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109190                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-GAGAT-GTAAT--AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCTAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
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gi|109192                     : CACACACGTA--C-A----------C-T-TAAAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTTCAACGAGTAGCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGGGTCAAGACGTAAAGGATCAAATTATGCCATTCTAGTAA-GTTTTACG
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gi|109195                     : CACAC-C--G--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGTATATCTAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGCATG-CATTCTAGGAA-GTTTTACG
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gi|109201                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAATCCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCACT-------GCAAGTCAAGACTTAGGGGGTCAAATAATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
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gi|109209                     :   CACACT-G--C-A----------C-T-TAGAT-GTAATT-AAAAGCGA-----------GTATCAAACCCAG--T-------A-------G------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGTATG-CATTCTAGTGA-GTTTAACG
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gi|109212                     :       C--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGACAAGATGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109213                     :       C--A--C-A---------------AGAT-GTATTA-AAAAGTGAACCTCAATCGAGTTTCACTACCAG--T----------------------T-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGTGGA
gi|109214                     :        --A--C-A----------C-T-CAGAT-GTGTTT-AAAAGTAAATAT-CAAAGAGTTTCAAATCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCAAT-------GTGAGTGGAAACGTAGGGGA
gi|109215                     :           --C-A----------C-T-CAAAT-GTATTT-ATAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------G-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGACCAAATCATG-CATTCCAGGGT-GTTTTACG
gi|109216                     :                           -T-CAGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTATCACTCCCAG----------A--------------A-------C-------T-------ACGAGTCAAGACGTAGAGGA
gi|109217                     :                           -T-TAAAT-GTATTA-AAAGGTGAACCTCAATCGAGTTTCATTCCAAG--T-------T-------C------A-----------------------ACGAGCCAATACGTAACGGA
gi|109218                     :                               AGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTCCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109219                     :                               AGAT-GTATTA-AAAGGTGAATTTGAATCGAGTTTCACTTCCAG--T-------A-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109220                     :                               AGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGCAGAGGA
gi|109221                     :                               AGAT-GTATTA-AAGAGTGAATCATAATCGAGTTTCACTCCCAG--T-------T-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109222                     :                               AAAT-GTGTTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGACGA
gi|109223                     :                                 AT-GTATT--AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCTAG--T-------A-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109224                     :                                                        CAACTCGTATCAAACCCAA--TTCACCACG-------C------A-------C-------T-------GCAAGTCAAGACTTTGGCGATAAAATTATG-CATTTTAGTGA-ATTTTACG
gi|109225                     :                                                          ACGAATAGCAAACTCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109226                     :                                                                                                                                   AAGACGTAGTGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG





Alignments
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lowQualScore                  :        .. .. . .......... . .     .     ..                                .. ...................................... .......                              .           .        
lowQualScore                  :        77 11 4 5555555555 4 4     1     99                                55 44444444444444444444444444444444444444 6666666                              2           7        
consensus                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
Reference ( family-558 )      : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
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gi|109190                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-GAGAT-GTAAT--AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCTAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109191                     : CGCGCGC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTATCAAATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109192                     : CACACACGTA--C-A----------C-T-TAAAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTTCAACGAGTAGCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGGGTCAAGACGTAAAGGATCAAATTATGCCATTCTAGTAA-GTTTTACG
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gi|109201                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAATCCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCACT-------GCAAGTCAAGACTTAGGGGGTCAAATAATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
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gi|109203                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TACAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAAACCCAA--T-------A-------C------ATCATGCAC-------T-------GCAAGTCAAGACTTAGTGGATCAAATTATG-CA
gi|109204                     : CACACAC--A--C-A----------C-A-CACAC-ACACAC-AAACGTTATTCTGCAAAGAATATCAAATCCAG--T-------A-------C------A-------C-------CATGTACAGCAAGTAGATACTTAGGGGATCAAATAATG-CTTTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109205                     : CACACCC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAATGAGTATCAAACCCAG--T----------------------A-------C-------T-------GC-------------------CAAATTATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
gi|109206                     : CACACAC--A--C-AACACTTGGATC-T-TGGAT-GTATTT-TAAAGCGA-TATCCAACGAGTATCAACTCCAG--T-------ACATCATGC------A-------C-------T-------GCGAGT
gi|109207                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TGGAT-GTATTT-GAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGCGTAAAGGACCTAATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109208                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAATGAATCTCCAACGA-TATCAAACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGCGTAAAGGATCTGATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109209                     :   CACACT-G--C-A----------C-T-TAGAT-GTAATT-AAAAGCGA-----------GTATCAAACCCAG--T-------A-------G------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGTATG-CATTCTAGTGA-GTTTAACG
gi|109210                     :    ACAA--A--C-A----------C-TATAAATTGTATTA-AAAAGTGAACCTCCACCGGGTTTCATACCTGT--T-------A-------CCTACGTA-------C-------T-------GCGAGTCTAGATGT-GAGG
gi|109211                     :     CAC--G--C-A----------C-T-TA-------TTT-AAAAGCGAATCTCCAATGAGTTTCAAACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------C-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTTTAGTGA-GTTTGACGg
gi|109212                     :       C--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGACAAGATGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109213                     :       C--A--C-A---------------AGAT-GTATTA-AAAAGTGAACCTCAATCGAGTTTCACTACCAG--T----------------------T-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGTGGA
gi|109214                     :        --A--C-A----------C-T-CAGAT-GTGTTT-AAAAGTAAATAT-CAAAGAGTTTCAAATCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCAAT-------GTGAGTGGAAACGTAGGGGA
gi|109215                     :           --C-A----------C-T-CAAAT-GTATTT-ATAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------G-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGACCAAATCATG-CATTCCAGGGT-GTTTTACG
gi|109216                     :                           -T-CAGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTATCACTCCCAG----------A--------------A-------C-------T-------ACGAGTCAAGACGTAGAGGA
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gi|109223                     :                                 AT-GTATT--AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCTAG--T-------A-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109224                     :                                                        CAACTCGTATCAAACCCAA--TTCACCACG-------C------A-------C-------T-------GCAAGTCAAGACTTTGGCGATAAAATTATG-CATTTTAGTGA-ATTTTACG
gi|109225                     :                                                          ACGAATAGCAAACTCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109226                     :                                                                                                                                   AAGACGTAGTGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG


blockSeqs                     :        GT TT T ACACTTGGAT A A     T     TA                                TT ACACCATGCAC                            ATGTACA                              C           C
blockSeqs                     :        T  TT T .          . .     .     C                                 .  ACACCATGCAT                            .                                    T           .
blockSeqs                     :        .  .  T .          . .     .     C                                 .  ACATCATGCAC                            .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     C                                 .  ACATCATGCAC                            .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACACCATGCAA                            .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  TCACCACGCAC                            .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     C                                 .  ACCTACGTAC                             .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     C                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  TCAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     C                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ATAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     A                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  TCAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  AGAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     A                                 .  TCAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACAC                                   .                                    .           .
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     T                                 .  ACGC                                   .                                    .            
blockSeqs                     :        .  .  . .          . .     .     A                                 .  ACAC                                   .                                                 
blockSeqs                     :           .  . .          . .     .     A                                 .  AAC                                    .                                                 
blockSeqs                     :                           . .     .     A                                 .  TCA                                    .                                                 
blockSeqs                     :                           . .     .     A                                 .  AC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     A                                 .  TC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     A                                 .  AC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     A                                 .  AC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     .                                 .  AC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     .                                 .  TC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                   .     .                                 .  AC                                     .                                                 
blockSeqs                     :                                                                           .  AC                                     .                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
finalCons                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG





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lowQualScore                  :        33 44 4 6666666666 1 1     1     44                                11 22222222222222222222222222222222222222 3333333                              3           1        
lowQualScore                  :        .. .. . .......... . .     .     ..                                .. ...................................... .......                              .           .        
lowQualScore                  :        77 11 4 5555555555 4 4     1     99                                55 44444444444444444444444444444444444444 6666666                              2           7        
consensus                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
Reference ( family-558 )      : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109189                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAAACGCAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109190                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-GAGAT-GTAAT--AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCTAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109191                     : CGCGCGC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTATCAAATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109192                     : CACACACGTA--C-A----------C-T-TAAAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTTCAACGAGTAGCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGGGTCAAGACGTAAAGGATCAAATTATGCCATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109193                     : CGCACGC--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTC-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTAGCAAACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATGTCATTATAGTAG-GTTTTACG
gi|109194                     : CACACAC--A--A-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GAGAGTCAAGACG-AAAGG-----ATCATG-CATTCTAATGA-GTTTTAC
gi|109195                     : CACAC-C--G--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGTATATCTAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGCATG-CATTCTAGGAA-GTTTTACG
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gi|109197                     : CGCACGC--A--C-G----------C-T-TTGAT-GTATTC-AAAAGCAAATGTCCAACGAGACGCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCATGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109198                     : CACGC-C--G--C-A----------C-C-TAGAT-GTATTT-GAAAGCGTATCTCTAACAAGCATTAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGTGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGCATG-CATTCTAGTGACTTTTTACG
gi|109199                     : CACGCAC--G--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAAACCCAGTTT-------A-------T------A-------C-------T-------ACAAGTCAAGACGTGAGGGATCAAAGAATG-GCTTCTAATGA-GTTT
gi|109200                     : CACACAC--A--C-A----------C-T-TAGTT-GTATTTAAAAAGTGAATTTCTAACGAGTATC
gi|109201                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAATCCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCACT-------GCAAGTCAAGACTTAGGGGGTCAAATAATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
gi|109202                     : CACATAT--A--C-G----------C-T-CACAC-ACAC---AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCATT-------GCAAGTAAATACTTGGAGGATCAAATAATG-AATTCTAGTGA-GTTCTATG
gi|109203                     : CACACAC--A--CTA----------C-T-TACAT------T-AAAAGTTATTCTGCAACGAGTATCAAACCCAA--T-------A-------C------ATCATGCAC-------T-------GCAAGTCAAGACTTAGTGGATCAAATTATG-CA
gi|109204                     : CACACAC--A--C-A----------C-A-CACAC-ACACAC-AAACGTTATTCTGCAAAGAATATCAAATCCAG--T-------A-------C------A-------C-------CATGTACAGCAAGTAGATACTTAGGGGATCAAATAATG-CTTTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109205                     : CACACCC--A--CTA----------C-T-TAGAT------T-AAAAGTTATTCTGCAATGAGTATCAAACCCAG--T----------------------A-------C-------T-------GC-------------------CAAATTATG-CATTCTGGTGA-GTTTTACG
gi|109206                     : CACACAC--A--C-AACACTTGGATC-T-TGGAT-GTATTT-TAAAGCGA-TATCCAACGAGTATCAACTCCAG--T-------ACATCATGC------A-------C-------T-------GCGAGT
gi|109207                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TGGAT-GTATTT-GAAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGCGTAAAGGACCTAATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109208                     :  ACACAC--ATTC-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAATGAATCTCCAACGA-TATCAAACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGGCGTAAAGGATCTGATCATG-TATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109209                     :   CACACT-G--C-A----------C-T-TAGAT-GTAATT-AAAAGCGA-----------GTATCAAACCCAG--T-------A-------G------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAGGGGATCAAAGTATG-CATTCTAGTGA-GTTTAACG
gi|109210                     :    ACAA--A--C-A----------C-TATAAATTGTATTA-AAAAGTGAACCTCCACCGGGTTTCATACCTGT--T-------A-------CCTACGTA-------C-------T-------GCGAGTCTAGATGT-GAGG
gi|109211                     :     CAC--G--C-A----------C-T-TA-------TTT-AAAAGCGAATCTCCAATGAGTTTCAAACCCAG--T-------T-------C------A-------C-------C-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTTTAGTGA-GTTTGACGg
gi|109212                     :       C--A--C-A----------C-T-TAGAT-GTATTT-AAAAGCGAATCTCCAACGTGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGACAAGATGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG
gi|109213                     :       C--A--C-A---------------AGAT-GTATTA-AAAAGTGAACCTCAATCGAGTTTCACTACCAG--T----------------------T-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGTGGA
gi|109214                     :        --A--C-A----------C-T-CAGAT-GTGTTT-AAAAGTAAATAT-CAAAGAGTTTCAAATCCAG--T-------A-------C------A-------CCATGCAAT-------GTGAGTGGAAACGTAGGGGA
gi|109215                     :           --C-A----------C-T-CAAAT-GTATTT-ATAAGCGAATCTCCAACGAGTATCAAACCTAG--T-------A-------C------G-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGACCAAATCATG-CATTCCAGGGT-GTTTTACG
gi|109216                     :                           -T-CAGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTATCACTCCCAG----------A--------------A-------C-------T-------ACGAGTCAAGACGTAGAGGA
gi|109217                     :                           -T-TAAAT-GTATTA-AAAGGTGAACCTCAATCGAGTTTCATTCCAAG--T-------T-------C------A-----------------------ACGAGCCAATACGTAACGGA
gi|109218                     :                               AGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTCCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109219                     :                               AGAT-GTATTA-AAAGGTGAATTTGAATCGAGTTTCACTTCCAG--T-------A-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109220                     :                               AGAT-GTATTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGCAGAGGA
gi|109221                     :                               AGAT-GTATTA-AAGAGTGAATCATAATCGAGTTTCACTCCCAG--T-------T-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109222                     :                               AAAT-GTGTTA-AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCCAG--T----------------------A-------C-------T-------ACGAGCCAAGACGTAGACGA
gi|109223                     :                                 AT-GTATT--AAAAGTGAATCTTAATCGAGTTTCACTTCTAG--T-------A-------C----------------------T-------ACGAGCCAAGACGTAGAGGA
gi|109224                     :                                                        CAACTCGTATCAAACCCAA--TTCACCACG-------C------A-------C-------T-------GCAAGTCAAGACTTTGGCGATAAAATTATG-CATTTTAGTGA-ATTTTACG
gi|109225                     :                                                          ACGAATAGCAAACTCAG--T-------A-------C------A-------C-------T-------GCGAGTCAAGACGTAAAGGATCAAATCATG-CATTCTAGTAA-GTTTTACG
gi|109226                     :                                                                                                                                   AAGACGTAGTGGATCAAATCATG-CATTCTAGTGA-GTTTTACG