lowQualScore : 111 11111111111
lowQualScore : 3333333 2222 333333 333333 1 11 888888 1 11 111 11111111111 1 222 11 22222 1 1 4
lowQualScore : ....... .... ...... ...... . .. ...... . .. ... ........... . ... .. ..... . . .
lowQualScore : 5555555 3333 111111 000000 1 44 000000 0 44 777 44444444444 2 111 66 99999 2 2 3
consensus : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
Reference ( gi|44345 ) : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTT--G--T-T--TC--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTTCGT
gi|44347 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTACATGTATTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTT--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44349 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-GTCATGTCAATATTTCTA--GTTC--AT-T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44346 : TATTAGACACT-------TACAT----GATGTT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------ACATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AC-GTAGTTCCGT
gi|44348 : TATTAGACCCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GT-------T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44351 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTTTATCATGTCAATATGTCTA--TTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44353 : TATTAGACACT-------TACAA----GGTATT------CTG------TTC-ATCAAGTCAATATCTCTA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TATGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44354 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTT--G--T-T--T---TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGTGT-----AAA-AT-GTAGTTC
gi|44360 : TAATGGACACA-------CATAT----AGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCCA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGTT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44352 : TATTAGATATC-------TACAT----GGTATT------CTA------ATT-ATCAGGTCAATAATTCTA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44357 : TATCAGACTTT-------TACAT----GGTAGT------CTA------TTT-ATCATGTCAATTTTTCTA--ATTC--A--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGAT-----TAA-AA-GTAGTTT
gi|44356 : TATCAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCGAAATTTCTA--GCTC--T--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----AAA-AA-GTAGT
gi|44363 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATTTCAATATTTC----------A--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TAA-AA-CTAGTTCCGTcc
gi|44364 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CCT------TTT-ATCATGTCAATAGTTCTA--GTTC--GT-T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--CAGAGT-----TAA-AG-G-AGATCCGT
gi|44350 : TATTAGAAATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATTTCA-TATTTCTA--GTTG--T--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAA--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44361 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATGTCTT--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-A---AAG--TAAGGT-----CAA-AATGTA
gi|44366 : TATTAAATGCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTA--GT----------------TCAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAG
gi|44365 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTATA--GTTC--A--T-T--T---GTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TCA-AA-ATAGTTCCAT
gi|44367 : TATTAGACACT-------TATAT----TGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTT--G--T-T--T---TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGG-------TAATAA-GT
gi|44358 : TATTAGACATA-------TACATTAATGGTATG------CTA------TCT-ATCATGTTGATATTTCTA--GTTT--G--T-T--TT--TTAT-----------TTA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44368 : TATTAGACACT-------AACAT----AATATT------CCA------TTG-ATCATGTCAATAATTCTA--GTTC--GT-T-T--TT--TTGT-----------TCATTT-T---AAG--TTAGGT-----TAA-AA-ATAGTCTTGT
gi|44370 : TATTAGACACT-------AACAT----GAACTT------CTA------TTT-ATCATGCCAATATGTATA--GTTTTCG--T-T------TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGCT-----TAA-AA-ATAGTTCCGT
gi|44362 : TATTAGACATA-------TACAT----GATATT------TTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTT--GTTT--G--T-T--TT--TTAT-----------AAATCT-A---AAA--AGAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCAT
gi|44369 : TATAAGACATT-------TACAT----GGCATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTCTA--GAAC--G--T-T--TT--ATAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAC-AG-GT
gi|44371 : TATTAGACACAACAACAATACAT----AGTTTT------CTA------T-----CATGTCAATATTTCTA--GTTC--G--T-T--T---TTAT-----------GCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAC-AA-GTAGTTCCGT
gi|44355 : TATAAGTCACT-------AACAT----GATATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA---T-------------------T-----------TCATTT-T---AGG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44359 : TATTAGACACT-------TACAT--------------------------TT-ATCATCTCTATATTACTA--GTTT--G--TGT--TA--TTAT-----------TCATTC-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AG-GTAGTTCTGT
gi|44373 : TATTATACACT-------CACAT----GGTATTGGTACCCTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--ATTC--G--T-C--TT--TTATA----------TGAAAT-TGAAAAG--TAGGGT-----TAG-AA-GTAGT
gi|44372 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT--TCATGTCAATATTTCTA--ATTC--A--T-T--TT--TTAT-----------Tacc
gi|44374 : TATTAGACACT-------AACAT----TGCATT------CTC------TTT-ATCTTGTCAATATTTCTT--ATTC--G--T-C--CCTTTTATGAAATAAAAAATCAGTTAA---AAA--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44376 : TATTAGACACT-------ACCAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--ATTC--T--T-T--TT--TT-T-----------TTAT
gi|44375 : TACTAGATATT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATGCCAAAATTTCTA--GTTC--A--T-T--T
gi|44378 : TATAAGACACT-------AACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAATATTT--G--T-t
gi|44379 : TATTAGATACT-------AACAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTAGA--ATTC--GTCT-T--TT--TTAT-----------
gi|44377 : TATTAGACAAT-------AACAT----GG-ATT------TT-------TTT-ATCATGTCAATATTTCTT--ATTC--G--T-CAGTT--TTATGAAATTCAAAATCAGTT-A---AAA--TAGAGC-----TTA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44380 : TTAGACACT-------TACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATATCAATATTTCTA--ATTC--GTCT-T--TT--TTAT-----------GAAACT-G---AAAATCAGCATCAAACTAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44381 : ACACT-------TATAT----AGTATT------CTT------TTT-ATCATGTCAATACTTTTA--GTTA--G--T-T--TT--TTAT-----------TCAGTT-T---ATG--TAGGAT-----
gi|44382 : -------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTTTA--GTTC--G--T-C--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AC-GTAGTTCTGT
gi|44383 : A------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA--GTTC--G--T-T--TT--TTGT-----------TCATTT-T---ATG--CAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44384 : TGTCAATAATT-TA--GTTC--G--T-T--TT--TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-ATAGTTTCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 3333333 2222 333333 222222 1 11 55 11 11 1 11111111111 1 222 11 22222 1 1
lowQualScore : ....... .... ...... ...... . .. .. .. .. . ........... . ... .. ..... . .
lowQualScore : 4444444 2222 000000 999999 0 44 99 44 44 0 11111111111 1 000 66 99999 2 2
consensus : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
Reference ( family-545 ) : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44345 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TC-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTTCGT
gi|44346 : TATTAGACACT-------TACAT----GATGTT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------ACATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AC-GTAGTTCCGT
gi|44347 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTACATGTATTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44348 : TATTAGACCCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--T-----T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44349 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-GTCATGTCAATATTTCTAG--TTCAT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44350 : TATTAGAAATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATTTCA-TATTTCTAG--TTGT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAA--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44351 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTTTATCATGTCAATATGTCTAT--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44352 : TATTAGATATC-------TACAT----GGTATT------CTA------ATT-ATCAGGTCAATAATTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44353 : TATTAGACACT-------TACAA----GGTATT------CTG------TTC-ATCAAGTCAATATCTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TATGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44354 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGTGT-----AAA-AT-GTAGTTCC
gi|44355 : TATAAGTCACT-------AACAT----GATATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA---T-----------------T-----------TCATTT-T---AGG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44356 : TATCAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCGAAATTTCTAG--CTCT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----AAA-AA-GTAGTCC
gi|44357 : TATCAGACTTT-------TACAT----GGTAGT------CTA------TTT-ATCATGTCAATTTTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGAT-----TAA-AA-GTAGTTTC
gi|44358 : TATTAGACATA-------TACATTAATGGTATG------CTA------TCT-ATCATGTTGATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TTA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44359 : TATTAGACACT-------TACAT--------------------------TT-ATCATCTCTATATTACTAG--TTTG--T--G--TTATTAT-----------TCATTC-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AG-GTAGTTCTGT
gi|44360 : TAATGGACACA-------CATAT----AGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCCAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGTT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44361 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATGTCTTG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-A---AAG--TAAGGT-----CAA-AATGTA
gi|44362 : TATTAGACATA-------TACAT----GATATT------TTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------AAATCT-A---AAA--AGAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCAT
gi|44363 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATTTCAATAT--------TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TAA-AA-CTAGTTCCGT
gi|44364 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CCT------TTT-ATCATGTCAATAGTTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--CAGAGT-----TAA-AG-G-AGATCCGT
gi|44365 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTATAG--TTCA-----T--TT-GTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TCA-AA-ATAGTTCCAT
gi|44366 : TATTAAATGCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTC--------------AT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAG
gi|44367 : TATTAGACACT-------TATAT----TGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGG-------TAATAA-GT
gi|44368 : TATTAGACACT-------AACAT----AATATT------CCA------TTG-ATCATGTCAATAATTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---AAG--TTAGGT-----TAA-AA-ATAGTCTTGT
gi|44369 : TATAAGACATT-------TACAT----GGCATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTCTAG--AACG--T--T--TT-ATAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAC-AG-GT
gi|44370 : TATTAGACACT-------AACAT----GAACTT------CTA------TTT-ATCATGCCAATATGTATAGTTTTCG--------TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGCT-----TAA-AA-ATAGTTCCGT
gi|44371 : TATTAGACACAACAACAATACAT----AGTTTT------CTA------T-----CATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-T-AT-----------GCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAC-AA-GTAGTTCCGT
gi|44372 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT--TCATGTCAATATTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------T
gi|44373 : TATTATACACT-------CACAT----GGTATTGGTACCCTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCG--T--C--TT-TTATA----------TGAAAT-TGAAAAG--TAGGGT-----TAG-AA-GTAGTACC
gi|44374 : TATTAGACACT-------AACAT----TGCATT------CTC------TTT-ATCTTGTCAATATTTCTTA--TTCG--TCCC--TT-TTATGAAATAAAAAATCAGTTAA---AAA--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44375 : TACTAGATATT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATGCCAAAATTTCTAG--TTCA--T--T--TT-
gi|44376 : TATTAGACACT-------ACCAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCT--T--T--TT-TT-T-----------TTAT
gi|44377 : TATTAGACAAT-------AACAT----GG-ATT------TT-------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTA--TTCG--T--CAGTT-TTATGAAATTCAAAATCAGTT-A---AAA--TAGAGC-----TTA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44378 : TATAAGACACT-------AACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--T
gi|44379 : TATTAGATACT-------AACAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTAGAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------atttgt
gi|44380 : TTAGACACT-------TACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATATCAATATTTCTAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------GAAACT-G---AAAATCAGCATCAAACTAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44381 : ACACT-------TATAT----AGTATT------CTT------TTT-ATCATGTCAATACTTTTAG--TTAG--T--T--TT-TTAT-----------TCAGTT-T---ATG--TAGGAT-----
gi|44382 : -------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTTTAG--TTCG--T--C--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AC-GTAGTTCTGT
gi|44383 : A------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---ATG--CAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44384 : TGTCAATAATT-TAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-ATAGTTTCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 3333333 2222 333333 222222 1 11 55 11 11 1 11111111111 1 222 11 22222 1 1
lowQualScore : ....... .... ...... ...... . .. .. .. .. . ........... . ... .. ..... . .
lowQualScore : 4444444 2222 000000 999999 0 44 99 44 44 0 11111111111 1 000 66 99999 2 2
consensus : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
Reference ( family-545 ) : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44345 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TC-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTTCGT
gi|44346 : TATTAGACACT-------TACAT----GATGTT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------ACATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AC-GTAGTTCCGT
gi|44347 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTACATGTATTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44348 : TATTAGACCCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--T-----T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44349 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-GTCATGTCAATATTTCTAG--TTCAT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44350 : TATTAGAAATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATTTCA-TATTTCTAG--TTGT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAA--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44351 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTTTATCATGTCAATATGTCTAT--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44352 : TATTAGATATC-------TACAT----GGTATT------CTA------ATT-ATCAGGTCAATAATTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44353 : TATTAGACACT-------TACAA----GGTATT------CTG------TTC-ATCAAGTCAATATCTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TATGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44354 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGTGT-----AAA-AT-GTAGTTCC
gi|44355 : TATAAGTCACT-------AACAT----GATATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA---T-----------------T-----------TCATTT-T---AGG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44356 : TATCAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCGAAATTTCTAG--CTCT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----AAA-AA-GTAGTCC
gi|44357 : TATCAGACTTT-------TACAT----GGTAGT------CTA------TTT-ATCATGTCAATTTTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGAT-----TAA-AA-GTAGTTTC
gi|44358 : TATTAGACATA-------TACATTAATGGTATG------CTA------TCT-ATCATGTTGATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TTA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44359 : TATTAGACACT-------TACAT--------------------------TT-ATCATCTCTATATTACTAG--TTTG--T--G--TTATTAT-----------TCATTC-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AG-GTAGTTCTGT
gi|44360 : TAATGGACACA-------CATAT----AGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCCAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGTT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44361 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATGTCTTG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-A---AAG--TAAGGT-----CAA-AATGTA
gi|44362 : TATTAGACATA-------TACAT----GATATT------TTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------AAATCT-A---AAA--AGAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCAT
gi|44363 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATTTCAATAT--------TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TAA-AA-CTAGTTCCGT
gi|44364 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CCT------TTT-ATCATGTCAATAGTTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--CAGAGT-----TAA-AG-G-AGATCCGT
gi|44365 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTATAG--TTCA-----T--TT-GTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TCA-AA-ATAGTTCCAT
gi|44366 : TATTAAATGCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTC--------------AT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAG
gi|44367 : TATTAGACACT-------TATAT----TGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGG-------TAATAA-GT
gi|44368 : TATTAGACACT-------AACAT----AATATT------CCA------TTG-ATCATGTCAATAATTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---AAG--TTAGGT-----TAA-AA-ATAGTCTTGT
gi|44369 : TATAAGACATT-------TACAT----GGCATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTCTAG--AACG--T--T--TT-ATAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAC-AG-GT
gi|44370 : TATTAGACACT-------AACAT----GAACTT------CTA------TTT-ATCATGCCAATATGTATAGTTTTCG--------TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGCT-----TAA-AA-ATAGTTCCGT
gi|44371 : TATTAGACACAACAACAATACAT----AGTTTT------CTA------T-----CATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-T-AT-----------GCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAC-AA-GTAGTTCCGT
gi|44372 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT--TCATGTCAATATTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------T
gi|44373 : TATTATACACT-------CACAT----GGTATTGGTACCCTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCG--T--C--TT-TTATA----------TGAAAT-TGAAAAG--TAGGGT-----TAG-AA-GTAGTACC
gi|44374 : TATTAGACACT-------AACAT----TGCATT------CTC------TTT-ATCTTGTCAATATTTCTTA--TTCG--TCCC--TT-TTATGAAATAAAAAATCAGTTAA---AAA--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44375 : TACTAGATATT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATGCCAAAATTTCTAG--TTCA--T--T--TT-
gi|44376 : TATTAGACACT-------ACCAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCT--T--T--TT-TT-T-----------TTAT
gi|44377 : TATTAGACAAT-------AACAT----GG-ATT------TT-------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTA--TTCG--T--CAGTT-TTATGAAATTCAAAATCAGTT-A---AAA--TAGAGC-----TTA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44378 : TATAAGACACT-------AACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--T
gi|44379 : TATTAGATACT-------AACAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTAGAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------atttgt
gi|44380 : TTAGACACT-------TACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATATCAATATTTCTAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------GAAACT-G---AAAATCAGCATCAAACTAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44381 : ACACT-------TATAT----AGTATT------CTT------TTT-ATCATGTCAATACTTTTAG--TTAG--T--T--TT-TTAT-----------TCAGTT-T---ATG--TAGGAT-----
gi|44382 : -------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTTTAG--TTCG--T--C--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AC-GTAGTTCTGT
gi|44383 : A------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---ATG--CAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44384 : TGTCAATAATT-TAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-ATAGTTTCGT
blockSeqs : ACAACAA TAAT GGTACC CATGTA T TT TC CC AG A GAAATAAAAAA A GAA AT CAAAC T T
blockSeqs : . . . . . . TC . . . GAAATTCAAAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
finalCons : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 3333333 2222 333333 222222 1 11 55 11 11 1 11111111111 1 222 11 22222 1 1
lowQualScore : ....... .... ...... ...... . .. .. .. .. . ........... . ... .. ..... . .
lowQualScore : 4444444 2222 000000 999999 0 44 99 44 44 0 11111111111 1 000 66 99999 2 2
consensus : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
Reference ( family-545 ) : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44345 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TC-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTTCGT
gi|44346 : TATTAGACACT-------TACAT----GATGTT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------ACATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AC-GTAGTTCCGT
gi|44347 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTACATGTATTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44348 : TATTAGACCCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--T-----T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44349 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-GTCATGTCAATATTTCTAG--TTCAT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44350 : TATTAGAAATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATTTCA-TATTTCTAG--TTGT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAA--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44351 : TATCAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTTTATCATGTCAATATGTCTAT--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44352 : TATTAGATATC-------TACAT----GGTATT------CTA------ATT-ATCAGGTCAATAATTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44353 : TATTAGACACT-------TACAA----GGTATT------CTG------TTC-ATCAAGTCAATATCTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TATGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44354 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTA-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGTGT-----AAA-AT-GTAGTTCC
gi|44355 : TATAAGTCACT-------AACAT----GATATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTA---T-----------------T-----------TCATTT-T---AGG--TAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44356 : TATCAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCGAAATTTCTAG--CTCT--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----AAA-AA-GTAGTCC
gi|44357 : TATCAGACTTT-------TACAT----GGTAGT------CTA------TTT-ATCATGTCAATTTTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGAT-----TAA-AA-GTAGTTTC
gi|44358 : TATTAGACATA-------TACATTAATGGTATG------CTA------TCT-ATCATGTTGATATTTCTAG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------TTA-TT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44359 : TATTAGACACT-------TACAT--------------------------TT-ATCATCTCTATATTACTAG--TTTG--T--G--TTATTAT-----------TCATTC-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AG-GTAGTTCTGT
gi|44360 : TAATGGACACA-------CATAT----AGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCCAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGTT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44361 : TATTAGACATT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATGTCTTG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-A---AAG--TAAGGT-----CAA-AATGTA
gi|44362 : TATTAGACATA-------TACAT----GATATT------TTA------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTG--TTTG--T--T--TT-TTAT-----------AAATCT-A---AAA--AGAGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCAT
gi|44363 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATTTCAATAT--------TTCA--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TAA-AA-CTAGTTCCGT
gi|44364 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CCT------TTT-ATCATGTCAATAGTTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--CAGAGT-----TAA-AG-G-AGATCCGT
gi|44365 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTATAG--TTCA-----T--TT-GTAT-----------TCATTT-T---AAG--AAGGGT-----TCA-AA-ATAGTTCCAT
gi|44366 : TATTAAATGCT-------TACAT----GGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTC--------------AT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGGT-----TAA-AA-GTAG
gi|44367 : TATTAGACACT-------TATAT----TGTATT------CTA------TTG-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTTG-----T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGG-------TAATAA-GT
gi|44368 : TATTAGACACT-------AACAT----AATATT------CCA------TTG-ATCATGTCAATAATTCTAG--TTCGT-T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---AAG--TTAGGT-----TAA-AA-ATAGTCTTGT
gi|44369 : TATAAGACATT-------TACAT----GGCATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATAATTCTAG--AACG--T--T--TT-ATAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAC-AG-GT
gi|44370 : TATTAGACACT-------AACAT----GAACTT------CTA------TTT-ATCATGCCAATATGTATAGTTTTCG--------TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAGGCT-----TAA-AA-ATAGTTCCGT
gi|44371 : TATTAGACACAACAACAATACAT----AGTTTT------CTA------T-----CATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-T-AT-----------GCATTT-T---AAG--TAGGAT-----TAC-AA-GTAGTTCCGT
gi|44372 : TATTAGACACT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT--TCATGTCAATATTTCTAA--TTCA--T--T--TT-TTAT-----------T
gi|44373 : TATTATACACT-------CACAT----GGTATTGGTACCCTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCG--T--C--TT-TTATA----------TGAAAT-TGAAAAG--TAGGGT-----TAG-AA-GTAGTACC
gi|44374 : TATTAGACACT-------AACAT----TGCATT------CTC------TTT-ATCTTGTCAATATTTCTTA--TTCG--TCCC--TT-TTATGAAATAAAAAATCAGTTAA---AAA--TAGGGT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44375 : TACTAGATATT-------TACAT----GGTATT------TTA------TTT-ATCATGCCAAAATTTCTAG--TTCA--T--T--TT-
gi|44376 : TATTAGACACT-------ACCAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--TTCT--T--T--TT-TT-T-----------TTAT
gi|44377 : TATTAGACAAT-------AACAT----GG-ATT------TT-------TTT-ATCATGTCAATATTTCTTA--TTCG--T--CAGTT-TTATGAAATTCAAAATCAGTT-A---AAA--TAGAGC-----TTA-AA-GTAGTTCTGT
gi|44378 : TATAAGACACT-------AACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAA--T
gi|44379 : TATTAGATACT-------AACAT----GGTATT------CTC------TTT-ATCATGTCAATATTTAGAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------atttgt
gi|44380 : TTAGACACT-------TACAT----GGTGTT------CTC------TTT-ATCATATCAATATTTCTAA--TTCGTCT--T--TT-TTAT-----------GAAACT-G---AAAATCAGCATCAAACTAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44381 : ACACT-------TATAT----AGTATT------CTT------TTT-ATCATGTCAATACTTTTAG--TTAG--T--T--TT-TTAT-----------TCAGTT-T---ATG--TAGGAT-----
gi|44382 : -------TACAT----GGTATT------CTA------TTT-ATCATGTCAATATTTTTAG--TTCG--T--C--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TGA-AC-GTAGTTCTGT
gi|44383 : A------TTT-ATCATGTCAATATTTCTAG--TTCG--T--T--TT-TTGT-----------TCATTT-T---ATG--CAGGAT-----TAA-AA-GTAGTTCCGT
gi|44384 : TGTCAATAATT-TAG--TTCG--T--T--TT-TTAT-----------TCATTT-T---AAG--TAAGGT-----TAA-AA-ATAGTTTCGT