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lowQualScore : . .. . . . .. . ...... ................ . . ... . . . ... ... . . ..... ...... . ............ . . . .. ......... .. ...... . . .. ....... . . .. .... .. . .... ....
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Reference ( gi|112486 ) : TTGT-TTGTT-CTTGTGTTGTTGATTT-CT--T-TT-A----TTTGT--------G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGCAAAGCCGAAAGTTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGCA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATC-C-TA-CGCGGATCCGG----TGCTCC--TGAAAGGTGTTTTGTAAGACGTATGATTCTCCCTATC----ATATATTAGTATATATATATATA
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Alignments
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Reference ( family-544 ) : TTGTGTTGTTNTTGTGTTGTTGTTTT-CT-T--T---T-A---T-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TT-CGCGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCCTATCATATA----T--ATATATATATATA
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gi|112474 : TTGTGTTGTTGTTTTGTTGTTGTATT-CT-T--T---T-A---T-TTT-T----G-----T-CC-TTTGATGA---AGGCGTAAAGCCGAAAGCTAT-CCAAGTA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGAA-AAATGGT-AATCCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TT-CGTGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCCTATCATATA----T--ATATATATATAT
gi|112475 : taatcTATTCTTGTGTTGTTGTTTT-GT-T--G---T-A---T-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCATAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCG-T-ATAA---GTTTTACATGTAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------GT
gi|112476 : TTGTGTTAATGTTTTGTTGTTGTTTT-CT-T--T---T-A---G-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGATGAAGGCGTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TGTC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAACGGT-AATTCTCTCTGC--TGT---------ATTC-A------CGTTTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TT-CGCGGATCCGG----TGTTTCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCCTGTCGTATA--------TATATATATAT
gi|112477 : tattcTGTTCTTGTGTTGTTGATTT-CT-T--T---T-A---T-TTG-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGCAAAGCCGAAAGTTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGCA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TA-CGCGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTAAGACGTATGATTCTCCCTATCATATA----TTAGTATATATATATA
gi|112478 : TTGTGTTGTTATTTTATTGTTGTTTT-CT-T--T---T-A---T-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGTAAAGCCAAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTC-AAGTGGT-AATTCTCTCTAC--TAT---------ATAT-A-------TATATA-TA-TATA--TA-------TATATt
gi|112479 : tgttcTTGTGTTGTT---GTCTTGTTGTTTT-CT-T--T---T-C---T-TTT-T----T-----TTCC-TCTGGTGA---AGGCGTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCTTT-ATAA---GATT------TAG-CA------------ATGTA-AACTGGT-AATTCTCTCTAC--TG-----------------------TATTTC-TACCATT--TA-------TGTGTCC-TT-CGCAGATCCGG----TGCTTTTGAAA-GTGTTTTGTTAGACATATGATTCTCCCTGTCATATA----T--ATATATATATAT
gi|112480 : tattcTTGTGTTGTTGTTTGGCTGCTGTTTT-CTATTAT---T-A---T-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGGTAAGACGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CCGTA-AAGTGGT-AATTCTATATA---TAT---------ATAT-A------TTAT
gi|112481 : tattcTTGTGTTGTTGTTTTGTTGTTGTTTT-CT-T--T---T-A---T-TTT-T----G-----T-TC-TCTGATGA---AGGCGTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTTC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TG
gi|112482 : tattcTGTTCTTGTGTTGTTGTTTT-TT-T--TGTGT-G---T-TTT-TATTCG-----T-CC-TGTGATGA---AGGTGTAAAGCCGAAAGCTCG-CTAAGGA---TATT---TCGTT-ATAA---GTGT------AAG-CA------------CAGTA-ATATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------AT
gi|112483 : TTGTGTCGTTGTTTTGTTGTTGTTTT-CT-T--T---TGA---T-TTT-T----T-----T-CC-GCTGATGA---AGGCTTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-AT-----GTTT------TAG-CA------------CT
gi|112484 : tagtcTTGTGTTGTAGTTTTGTTGTTGTTTT-CT-T--T---T-A---G-TTT-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGTAAAGGCGAAAGCTAG-CAAAGGA---CATC---TC----ATAT---GTTT------TAA-CA------------CTGTA-AAATCGT-AATTCTCTATAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATTTATA-------TATATCCGTT-CGCAGATCCGG----TGCTCCAGAAAGGTGATTTGTTGGACGTATGATTCTCCCTATCATACA----T--ATAT
gi|112485 : attcaTTTTGTTGTT--TGTGTTGTTGTTGT-TT-T--T---T---------T-T----A-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGTAAAGCAAGGAGCTAG-CTTAGGATATTATT---TTTTT-ATAA---
gi|112486 : tctctTTGT-TTGTTCTTGTGTTGTTGATTT-CT-T--T---T-A---T-TTG-T----G-----T-CC-TCTGATGA---AGGCGCAAAGCCGAAAGTTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGCA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TA-CGCGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTAAGACGTATGATTCTCCCTATCATATATTAGT--ATATATATATATA
gi|112487 : TTGTGTTCTTTTTATGTTG--ATTTT-TT-T--T---C-A---T-T-----------------C-TCTGATGA---TGGCATTAAGCTGATAGCTAG-CTCAGGA---TATT---TT-TT-AT-----GTTT------TAG-CATGAATGCTGGTGCTGTA-AAATAAT-ATTTCTATCAAC--TGT---------ATTT-A------CTATTTC-TATCATT--TA-------TGCATCC-TA-TGTAGATTGAG----TGCTCATGAAAGACATTTTGTTAGGTGTATGACTCACTCTATCATATA----A--ACATATAT
gi|112488 : TTGT-TCGTT-TTGTTTTATTGTTTT----T--T---T-A---T-C--------G-----T-CC-TCTGATGA---ATGCGTCTAGCCGAAAGCTAG-CTCAGGG---TATT---TTTTTTATAT---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTTTCTCTAC--TGT---------ATTT-A------CTATTTC-TATAAAT--TA-------TGCATCC-TT-CGTGCATCAAC----TGCTCCTTTAAAATG---TGTTATACGTA
gi|112489 : TTGTGTTATTGTTTT-GT-T--T---C----------------G-----T-CC-TCTGACGA---AGGTGTAAAGCCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATT---TCGTT--TA----GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGTT-AATTATCTCTGC--CGT---------ATTT-A------CTATTTC-TATCATG--TT-------TGTATCC-TT-TGCGGATCCGG----AATTCCTG
gi|112490 : ttatTTGTTTTTGTGTTGTTTTTTT-C--------------------------A-----T-CC-TATAATGA---AGATGTAAAACC-AATGCTAG-CTCAGGA---TATT---TT-TT-AT-----GTTT------TGG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTTCAC--TGT---------GT
gi|112491 : tTGTTTTTGTGTTGTTGT----------------A---TGTTT-C----G-----T-CC-TCTGAAGA---AGGCGTAAAGCCGAAAGCTAG-ATCAGAA---TATT---TTTTTTATA-----TTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTG-A------CTATTTC-TATCATT--TA-------TGAATCC-TT-CCCGTATCCAG----TGTTTATGAACGGTGTTTTGTTAGACATATTATTCTCCCTATCATATA----T--A-ATATATA
gi|112492 : TTGTTTCTTTGCT-T--T---T-GGTGT-TTTGT----G-----T-CCCTTTAACGA---AGGC---AA----AAAACTAG-CAAAGGA---TATTGTTTCTTT-TT-----GTTT------AAG-CC------------CTGCA-AAGAGGC-AATTCTGTCTAC--TCT---------ATTT-A------CCATTTT-TATTATT--AA-------TGTAGCA-CT-CGTGTAGCCAG----TGTTCCTGAGAGGTG--TTATAAGACGTATAATTTTCCC
gi|112493 : TGTTTT-TT-C--G---T-----T-TTT-T----G-----T-CC-TCTGACGA---AGCC-TAAAGCCGAAAGCTAG-CTCAGAA---TGTT---GTTTT-ATCATTTGTTT------TAA-CA------------
gi|112494 : -T--T---T-A---T-TTT-T----GGAATAT-CT-TTTGATGA---GTGCGTGAAACTGGAAGCTAG------GA---TATTA--TTTTT-ATAT---GTTT------TTC-CA------------CTGTA-AAATGGT-AGTTCACTGAAT--TGTGTATGTAGCATTC-A----------TCC-TATCATG--TA-------T
gi|112495 : --T---T-G---T-TGT-T----G-----TTCC-TCTGATAG---AGGCATAAGGCCGAAAGCTGGCCTA--GA---TAT
gi|112496 : AAGTCGAAAGCTAG-CTAAGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTT-AAATGGT-TATTCTCTCTAC--TGT---------ATTA-A------CTATTTC-TACCATG--TA-------TGTATCC-TT-CGTGGATCCGA----TGCTCCTGAAAGGTATTTTGTTAGACGTATGATTCTCCCTATCAT-TA----T--ATATATATATA
gi|112497 : GAAAGCTAG-CTCAAGA---TATT---TTTTTCAT-----GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AA--------------CTGC--TGT---------ATTT-A------TTATTTC-TGTCATT--TA-------TGTACCC-TT-TGTGGACACAT----AGCTCCCAAAAGGTGTTTCGTTAGGCTTATGAATCTCCTTATCATATA----C--ACATATATATAT
gi|112498 : AAAGATAG-CTAAGGA---TATC---TGTTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTATATATATAG-----TCTAGCTAA--TGT---------AT
gi|112499 : AG-CTCAGGA---TGTT---TTTTT-ATAT---GTTT------TAG-CA------------CGGGA-AAATTGC-AATTATCTCTAT--TGA---------ATTTTA------CTATTTC-TATCATT--TAGGCCCAATGCATCC-TT-CGCG-ATCAGC----TGCTCGTGAAAGATATTTTGTTAGACGTGTGTATCTCCCTATCATATA----T--ATATATAT
gi|112500 : -CTAAGGA---TATT---ATTTT-TTAT---GTTT------TAG-CA------------CTGCA-AAATGGT-AATTCTTTTAAT--TAT---------ATAC-A-------TATATA-TA-TATA--TA-------TATAT
gi|112501 : TAGAGA---GATC---TTTTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AATTGGT-AATATTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TG-------TGTGTCC-TT-CGCGGATCCGG----TGCTCCTAAAACGTGTTTTGTTAGACGTTTGATTCTCCCTATTATATA----T--ATATATATACAT
gi|112502 : AGGA---TATC---TCGTT-ATAA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-G------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATTC-TT-CACGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGATGTTTCGTTAGACGTATGATTCTCCCTTTCATATA-------ATATATATATAT
gi|112503 : AGAA---TATT---TCGGT-GTAT---GTTT-------AG-CA------------GTGTA-AAATGGTAAATTTTCTCTAC--TGT---------AT
gi|112504 : GA---TATC---TCGTT-ATTA---GCTT------TAG-TA------------CTGTA-AAATGGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TA-------TGTATCC-TT-CGTGAATCCGA----TGCTCCGGAAAGGTGTTTTGTTAGAGGTATG---------ATCATATA----T--ATATGTTTATA
gi|112505 : TT-TTAA---GTTT------TAG-CA------------CTGCA-AAATGGT-AATTCTCTCTTC--TGT---------ATTT-A------CTATTTC-TATCATT--TA-------TGTATCC-TT-CGCAGATCCAG----TGCTCATGAAAGTTATTTTGTTAGACATATGATTCTCCCTATCACATA----T--ATGTATATATAT
gi|112506 : -ATGA---GTTT------TAG-CA------------CTGTA-AAATGAA-AATTATCTCAACAATGT----------TTT-A------CTATTTC-TTTAACC--TA-------TGGGTCT-TG-CTTGGACCGAG----TACTCCTG-AACGTGATTT-TTAAACGTATGCTTATC
gi|112507 : TAG---ATTT------TAG-CA------------CTGTT-ATATTGT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATTT-A------CTATTTCATAC
gi|112508 : TTT------TAGGCA------------CTGTA-AAATGAT-AATTCTCTCTAC--TGT---------ATAT-A------CTATTTC-TATCAAT--TA-------TGTATCC-TTTCGCGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTTAGAAGTATGAGTCTCCCTATCATATA----T--ATACATATA
gi|112509 : GT-AATTCTCTCTAC--TGC---------ATTC-A------CTATTTC-TACCATT--TG-------TGTATCA-TT-CGCGGATCCGG----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCC
gi|112510 : T-AATTATCTTTAC--TGT---------GTTT-ATATCAACTATTTT-TATCACG--CA-------TGTATCC-AT-CGTGATTCCAGTACATGCTCCTTAAAGGT
gi|112511 : T---------ATTT-A------CTAATTC-AATCATT--TA-------CGTATTC-TA-CGCGGATCACG----TGCTCCTGAAAGGTTTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCCTAACATATA----T--ATATATATTTA
gi|112512 : --TG-------TGTATCC-TT-CGCGGATTCGG----TCCTTCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACTTATGAATCTCCCTATCCTTTA----T--ATAT
gi|112513 : CCGA----TGCTCCTGAAAGGTGTTTTGTTAGACGTATGATTCTCCATATC-TATT----T--TTATA