lowQualScore : 11 1 22 1 111 22222222 11111111 111111111111111111 11111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 222222222222222222 111111111 111111 111111111111 1111111 4444444444444444 111111111
lowQualScore : 55 0 7 11 6 5 1 66 8 333 1 1 111 00000000 22222222 3 22 7 66666 77777 444444444444444444 1 00000 333 777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 6666 888888888888888 1 444444 222 666666666666666666 444 33 11 11 88 3 11 1 1 4444 000000000 1 55 1 666 0 1 000000 22222 22222 4444 1 5555 3 1 8 111 111 333333333333 9999999 11 3333333333333333 1 4444 1 1 1 666 44444444 444444444 33
lowQualScore : .. . . .. . . . .. . ... . . ... ........ ........ . .. . ..... ..... .................. . ..... ... ... .................................................... . .. .... ............... . ...... ... .................. ... .. .. .. .. . .. . . .... ......... . .. . ... . . ...... ..... ..... .... . .... . . . ... ... ............ ....... .. ................ . .... . . . ... ........ ......... ..
lowQualScore : 99 6 0 22 3 4 2 44 8 333 9 9 555 22222222 11111111 8 66 6 77777 44444 888888888888888888 8 66666 666 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 00 2222 666666666666666 4 000000 444 777777777777777777 444 00 77 77 44 0 66 6 1 1111 999999999 1 44 1 999 1 5 333333 88888 88888 8888 1 5555 7 0 7 999 999 777777777777 4444444 77 7777777777777777 2 7777 2 2 2 444 55555555 555555555 55
consensus : ATAATAGAAACTGAAAAAACACCTTTATT-ACACCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAAA-ATNTTATAT---A-A-TAT-GCAAATT-CAGTTAA------NTA-AT--A-ACG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGGA---A---GA------A-ATATT-C-----AACAA------CC-----TN------AACT-GGAA--AAC-CGT-T-----CAC-TGTCT-ACCTTT-----TAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-TACAAAAC--T--AAGANCATTCCAATACA--AATACATTA-TG-A--GAATT-------N-TACC-TACNAACA-AA--TTTCTGTAT----AAA-----TG-----CAAN---AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTG---C--G--ATA-G--ATATNCA----G--AAAC----N-TA---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ATTTTNC-A-AGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( gi|116188 ) : ATAATAGAAACTGAAAAAACACCATTATA-ACATCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCTAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAATT-CAGTTAA------TTA-AT--A-ACG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGGA---A---GA------A-ATATT-T-----AATAA------CC-----TT------GACT-GGAA--AAC-CAT-T-----CAC-TGTCT-ACCTTT-----CAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--GAATT-------T-TACC-TACTAACA-AG--TTTTTATCT----AAA-----TG-----TAAA---AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTG---T--G--AGA-G--ATATCCA----G--AAAC--T-T-TA---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ACTGTGT-A-AGAGC-TTTTTGGAC
gi|116189 : ATAATAGAAACTGAATAAACACCTTTATT-ACAATAGGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAATT-CAGTTAA------CTA-AT--A-ACG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAATCACATTTAAAATGGAA---A---GA------A-ATATT-T-----AACAA------CC-----TT------GACT-GGAA--AAC-CAT-T-----CA---------------------A---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-CG-A--GAACT-------T-TACC-TACTTACA-AG--TTTTTATCT----AAA-----TG-----TAAA---TT-A-GT-TAATTCAAGTCTATATGCAT---TTTG---T--G--AGA-G--ATATCCA----G--AAAC--T-T-TA---GA---GCAT-TTA----A-GTTG-GGAA-TG---TG--------ATTTTGT-A-AGAGC-CTTTTGGAC
gi|116194 : GAAA--AAAAAAACACCTTTATT-ACATCAAGTGAGGCAATGTTATTCTCCAAATAGA-ATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAATT-CATTTAA------TTA-AT--A-ACG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGGA---A---GA------A-ATATT-C-----AACAA------CC-----TT------GACT-TGAA--AAC-CAT-T-----CAC-TGTCT-GCCTTT-----TAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGATCATTTCAGTACA--AATACATTA-TG-A--GAATT-------T-TACC-TACTAA-------TTTTTATAT----AAA-----TG-----TAAA---AT-A-GT-TAATTCAAGTTTATGTGAAT---TTTG---T--G--AGA-G--ATATCCA----G--AAAC--T-T-TA---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ATTATGT-A-AGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : tAAC-GAAGAAATAAATTTATT-GCAACAAATCAGAAACCTTAAAAGTCCAAATAAC-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-------CTAA------GAA-AC--ATACG-----A-----AAACATATT-AT---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGGA---ATTAGA------A-G-ATG-C-----GA--A------CA-----TA------AACT-GGAA--ATT-TAT-A-----CAC-ACTTT-ACCTTT-----TAG---ATCAC-----T-A------ATA---GA-TTCAAAAT--T--ACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-C--GAATT-------A-CACC-TGACAACA-AA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTG---T--GCTATA-A--ATGTT------G--AAAC-------A---AACATACAC-CTA----T-TGTG-GGAA-TG---TC--------AATTTTC-T-AGAGA-CTTCTGGAC
gi|116191 : acaatTGAATAAACACCTTCATCTACACCAAGTGAGGAAATGCAACTCTCCAAATAGA-ATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAATT-CAGTTAA------TTT-AT--A-TTG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAATCGCATCTTAAATGGGA---A---GA------A-ATTTT-T-----AACAA------CC-----TT------AACT-GGAA--AAC-CAT-T-----CAA-TATCT-ACCTTT-----TAA---A--TC-----T-ACC----ATA---AA-CTCAAAGC--T--AAGATCATTTCTAAACA--AATACATTG-TG-A--GAATT-------T-TACT-TACTAACC-AG--TTCTTATCA----AAA-----TC-----TGGA---AT-A-GT-TAATTCAATTACATGTGAAT---TTTG---T--G--ATA-G------CCA---------------T-TC---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TA--------TTTTTGT-A-GGAAC-CTTTTGGACatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116195 : ataattAAAAAACACCTTTATT-ACATCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAATT-CAGGAAA------TTA-TT--A-ATG-----A-----TAA-----T-GT---A-----A-TA-----AAAC------------GGGA---A---AG------A-ATATT-T-----AACAA------GC-----TT------AACC-GGAA--AAC-CAT-T-----CAC-TGTCT-ACCTTT-----CAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGACCATTTCAATACA--AATATATTA-TG-A--GAATT-------G-TACC-TACTAACA------TGTCATCT----AAA------G-----AAAA---AT-A-GT-AAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTCT---T--G--AGA-G--ATATCCG----G--AAAC--T-T-TA---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ATTTTGT-A-AGAGC-CTTTTGGA
gi|116193 : tgaaAAAAAACACCTTTATT-ACACCAATTGAGAAAATACAATTCTCCAAATAAA-ATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAATT-AAATTAG------TAA-AT--A-TTG-----A-----CAA-----T-AA---A-----A-TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGGA---A---GA------A-ATATT-T-----AACAA------CC-----TT------CACC-GGAA--AAT-CAT-T-----TAT-TGTCT-ACCTTT-----CAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGATC----------------ACATTA-TC-A--GAATT-------T-TACC-CACTAACC-AG--TTTTTATAT----AAAATTGTTG-----T-AA---AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTG---T--G--AAA-G--ACATCCG----G--AAAT--A-A-TA---AA---ACA--TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TC--------GTTTTGT-A-AGAAC-CTTTTGGAC
gi|116198 : aattaaaaAAATAACACCTTTATT-ATACCAATTGACAAAA-GTAATTTTCCAAATAAA-GTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAATT------AA------TTA-AC--A-CTG-----A-----CTA-----T-AA---A-----A-TA-----AAACCCCATCTTCATTTGAA---A---AG------A-ATATT-T-----AGCAA------CC-----TT------AACT-AGAA--AAT-CGT-A-----CA------------TT-----CAA---A--AG-----T-ACA----ATG---AA-CACAAAAC--T--AAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--TAGTA-------T-TACC-TACTACCA-AT--TTTAGATAT----AAT-----CG-----TAAA---AT-A-AT-TATTTCAAGTCTATGTGATT---TTTA---T--G--GTA-G--ACATACG----G--AAAC--T-A-TA---AA---ACCT-TTG----T-TTTG-GGAA-TT---TA--------ATTTTGT-A-AGAGC-TTTTTG
gi|116184 : TTATT-GCAACAAATCAGAAACCTTAAATGTCCAAATAAA-CTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-------CTAA------AAA-AT--ATACG-----AAAGCATAT-----T-AT---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGGA---ATT-AA------A-AGATG-C-----GA--A------CA-----TA------AACT-GGAA--AGT-TGT-A-----CA--TACCTTACCTTT-----TAG---A---------TCACTT---ATA---GA-TACAAAAT--T--ACGCGCTTTCCAATACA--AATATAGAG-TG-C--AAATT-------A-TACC-TAACAATA-AA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAT---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTG---T--G--
gi|116201 : acaataatgaagaaatgaat-ACACCAAGTGAGATAATGCAATTCTCCGACTAAA-ATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAATT-AAATTAA------TTG-AT--A-TTG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGGA---A---GA------A-ATATT-C-----ATCAA------CA-----TC------AACT-GGAA--AAC-TAT-T-----GAT-TGTCT-ACCTTT-----CAA---A--AG-----T-ACA----ATA---GA-TACAAAAC--T--AAGATCATCTCAATACA--AACACATTA-TG-A--GAATT-------T-TATC-TACTATCC-AG--TTTTTATCT----TAT-----TG-----TAAA---TT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTG---T--G--AAA-G--ACATCCG----G--AAAC--T-A-TG---AA---ACAT-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TC--------ATTTTGT-A-AGAAC-TTTTTGGACctatgaatcttgaa
gi|116203 : ttttttTCCTAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAATT-CAGTTAA------TTA-AT--A-ACG-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCATCTCAAATGGGA---A---AC------A-ATATT-T-----AACAA------CC-----TT------GACA-GGAA--AAC-CAT-T-----CAC-TGTCT-ACTTTT-----CAA---A--AG-----T-ACC----ATA---GA-CACAAAAC--T--AAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--GAATT-------T-TACC-TACTAACA-GG--TTTTTGTCT----AAA-----TG-----TAAA---AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTG---T--G--AGA-G--ATATCCA----G--AAAT--T-T-TA---GA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---GC--------ACTATTT-A-AGAAC-CTTTTGGACtttttttaaaacata
gi|116204 : TCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-G-TATTGCAAATT-CAGACAA------CTA-AT--A-TTA-----A-----TAA-----T-GA---A-----A-TA-----AAACCTCATATTCAATGGGA---A---GA------A-ACATT-------AACAA------CC-----TT------AAAC-GGGA--AAC-TAT-T-----CAC-TGTCT-ATCTCT-----TAA---A--AA-----T-AGC----ATA---GA-CACAAAAC--C--AAGTTCATTTCAAAACA--AATATTCTC-TG-A--GAATT-------T-TACC-TACAAACACAT--TTTCTAT-T----AAT-----TG-----TAAA---AC-A-GT-TCATTTAGGTAAATGTGATT---TTTG---T--G--ATA-G--ACATCCG----A--AAAC--T-A-TA---GA---ACAT-TTG----T-TTTG-ATAG-TG---TC--------ATCTTGT-A-GGAAC-CTTTTAGAC
gi|116181 : TCCAAATAAA-TTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-TT-AAA--AA------ACA-CT--A-ACA-----A-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGGA---ATCAGA------A-AG----T-----ACGAA------CA-----TT------AACT-GGAA------TGT-TGTACACAC-CGT---ACCTTT-----TAA---A---------T--CC----TTAATTGA-TACAAAAA--T--AAGAGCTTTTCAATACA--AATATATTA-TG-C--GAATT-------G-TACC-AAACAACA-AA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTG---T--GCCATG-A--ATGTT------G--AAACA-A-A-TA---G----ACAT-CTA----T-TTTG-GAAA-TG---TC--------ATTGTTC-T-AGAGC-CTTTTGGACggaaatcaatattttaa
gi|116182 : ataataataaacaaattagcttaatgcaacaaattcgaaacctcaagagTCCAAATAAG-TTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-TT-AAA--AA------ACA-CT--A-ACA-----A-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGGA---ATCAGA------A-AG----T-----ACGAA------CA-----TT------TACT-GGA-----C-TGT-TGTACACAC-CGT---ACCTTT-----TAA---A---------T--CC----TTAATTGA-TACAAAAA--T--AAGAGCTTTTCAATACA--AATATATTA-TG-C--GAATT-------G-TACC-AAACAACA-CA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTG---T--GCCATG-A--ATGTT------G--AAAC--A-AATA----A---ACAT-CTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ATTGTTC-T-AGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116197 : ataataataaacaaatgaacttaatgcaacaaattcgaaacctcaagagTCCAAATAAA-CTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CAACTAA------GAA-AC--ATACGAAAACA-----TAT-----T-AT---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGGAATTA---GA------A-G-ATG-C-----A--AA------CA-----TA------AACT-GGAA--AGT-TGT-A-----CAC-ACTTT-ACCTTT-----TAG---ATCAC-----T-A------ATA---GA-TACAAAAT--T--ACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-T--GAATT-------A-TACCTTAC-AACA-AA--TTTCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTG---T--GCTATG-C--ATGTTGA----GACAAAC--A-T-----------ACAC-CTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------AATTTTC-T-AGAGC-CTTCTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116180 : acaaatacatttttgcaacaaatctgaaaccataaaagTCCAAATAAA-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-CT-AAG--AA------TCATACGAA-ACA-----A-----TAT-----T-AT---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGGA---ATTAGA------A-G-AT--------AGGAA------CA-----TT------AACT-GGAA--AGT-TGT-A-----CAC-ACTTT-ACCTTT-----TAG---ATCAC-----T-A------ATA---GA-TACAAAAT--T--ACGCGCTTTCCAATACA--AATGTATAA-TG-C--GAATT-------A-TACC-TAACAATA-AA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TGATACAAGATTATATGAAT---TTTG---T--GCTATG-G--ATGTT------G--AAAC-------A---AACATACAC-ATA----T-TTCA-TGAA-TG---TC--------AATTTTC-T-AGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116196 : acaataatgaacaaatagatttattgcaataaatcagaaacctcaaacgTCCAAACAAATAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CAGTTAA------ATT-GT--A-TCG-----A-----AAACACG-T-TA---GTC---A-TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCAA---GA------A-ATA---------AATAA------CA-----TA------AACT-GGAA--AAC-TGT-A-----CAT-ACTAT-ACCTAT-----CAA---A--TC-----T-TTA----ATA---AA-TACAAAAT--T--AAGGGCGTTTCAATATA--AATACTTGC-TG-A--GAATA-------A-TCCC-AAACAACA-AA--TTTCTGTTT----AAA-----TG-----TAAT---AT-T-AA-TAACACAAGCTTGTGTGATT---TTTG---C--A--ACA-T--GCATGAA----G--AA------T-CA---AATAAACAC-TTG----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------A-TATTTCG-AGAAG-TTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116183 : aacaaacaaaactagtacaacaaattaagacttcaaacagTCCAAATGAA-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-------CTAA------GTA-AC--ATACG-----A-----AAA-----C-AT---ATTATTA-TC-----AAAGCTGATATTAAATGGGA---AT--GAG-----A-AGATG-C-----AA--A------CA-----TA------TACT-GGAA--AGT-TGT-A-----CAC-ACCTT-ACCTTT-----TAG---ATCAC-----T-A------ATA---GA-TACAAAAT--T--ACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-C--GAATT-------A-TACC-TAACAACA-AA--TTCCTGTAT----AAA-----TG-----CAAC---AT-A-TG-TAA--------TATGGGAAT---GTTG---A--A--ACA-A--ACAT------------------------------ACGC-CTA----T-GTTG-GGAA-TT---T----------CT-------AGAGC-CTTCTCGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116185 : acaatatagatgaagaaataaatttactgcaacaattcagaaaccttagaagAATAAACAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CAGTTAAA-----GTATAT--T-GTG-----A-----AAG-----C-GACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGGA---ACAAGA------A-ATAGC-A-----AAT---------C-----TA------AATT-GGAA--AAG-TAT-A-----CAT-AATCT-ACCCTT-----TCA---A--TG-----T-TTA----ATA---AA-TACAAAAT--T--AAGAGCATTCCAATACA--AATACATAA-TG-A--GAATC-------T-TACC-TAATAATG-AA--TTTCTGTAC----AAA-----TG-----TAAT---AT-T-TA-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTG---C--A--ATA-GGCATGTC------G--AAAC-------A---AACAAACAT-TTA----T-TTTG-GGAG-TG---TC--------ACATTTC-G-AGGGT-TTTTTGGACatatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcgaaaagttcaAATAAACAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CAGTTAAAGTATATTG-AA--A-GCG-----ACC---TAA-----C-TA-----------TT-----AAATCGCATATTAAATGGGA---ACAAGA------A-ATAGC-A-----AAT---------C-----TA------AATT-GGAA--AAG-TAT-A-----CAT-AATCT-ACCCTT-----TCA---A--TG-----T-TTA----ATA---AA-TACAAAAT--T--AAGAGCATTCCAATACA--AATACATAA-TG-A--GAATC-------T-TACC-TAATAATG-AA--TTTCTGTAC----AAA-----TG-----TAAT---AT-T-TA-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTG---C--A--ATA-GGCATGTC------G--AAAC-------AAACAA---ACAT-TTA----T-TTTT-GGAT-TA---TC--------ACATTTC-G-AGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116190 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcaaaaagttcaAATAAC-ATTTTGTATTCGA-A-----GCAAATT-CA---AA--------A-AG--A-AGGG----A-----TAAGTA--TAGA---A-----A-TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGGA---A---GC------T-ATATT-CTCCGAAATAA------AT-----TG------GA---AGAA--AACGTAT--------A---ATAT-AGCAAT-----AAA---T--TG-----C-ACA----ATT---GA-TACACAGT--T--AAGGTATTTTCAGTATA--AATATTTAA-TG-A--AAATT-------C-TACC-TTCAAACC-GT--TTCTTATTA----AAA-----TG-----TAAA---AT-A-GT-AAATTCTAGTTTATGTGATT---TTTG---T---------A--ATATGCACGAGG--AAACA-A-T-TA---T----TCAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------agaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116200 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaaTTATAT---A-GGTAT--CAAATGACA---AA------TAA-AC--A-AAA-----A-----AAC-----T-AA---A-----G-TT-----AAATCTGAAATAAAATGGGAGTCA---GACTTTCAACATATT-C-----AGT---------------TG------GACT-GGAAGAAAA-TAT-A-----CAC-TATT---CCAAT-----CAA---A--TC-----T-ACA----ATT---GATCA-AAAAT--T--AAGAAACTTCCAATACA--AATACTTGA-TG-C--GCATA-------A-TCCC-AACAAATA-AG--TCATTGATG----AAA-----TT-----TAAA---AT-A-GT-AAATTCAAACTTGTGTGAAT---TTTG---T--A--ATG-G--TTATATA----G--AAACAAC-T-TA---T-----CAT-TTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTC--------A-TGTGC-A---AAC-ATTCTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116205 : taaacctattacaaaaactaattttaagcaaacaaacaaatcaatttA---A-----A-TA-----AAGC-TCAACAAAAATGG-A---A---TA------A-CTCCTAT-----GAAAA------TC-----TG------AACT-GGAA--AAA-AATCT-----TTT-TATC--ACCGAT-----TAC---A--TG-----T-ACT----ATT---TA-TTCGAGAT--T--GAGGTTATTTCAATATA--AATAT-TTA-T--ATTGAATT-------A-TACC-CACAAATA-AA--TTCTTACAC----AAA-----TG-----CCAT---TT-C-GT-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTG---C--A--ATA-T--GCATGTA----G--AAAC--A-G-TA---CA---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAC-TGTGCTC--------A-TGTAC-A-ACA---TTTCTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116206 : ccaaataaaattatatatgagacatatatatcgaaaacaactaccaatattac-----AAACCAGATAAAAAATGGGA---A---CT------G-TTTTT-C-----AATAA------CCACCAGTT------AATTTGGAA--ATC-CTT-T-----TATACG-CT-GCCTTT-----TAACTCA--A---------CT----ATT---GA-TACAAAACTTT--GCGA--ATTCAAATACA--AGTATAGTA-TG-A--GGATT-------A-TACC-GATAAACA-AA--TATCTTTAC----AAA-----TG-----CAAACTTAT-ACGG-TA----AAATCTGTATGATT---TTTG---C--A--ATA-G--TTATATA----G--AAAC--a
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCAT--GAAAAGGGA---AACAGA------A-ATA---------GATAA------CA-----TA------AAAT-GAAA--A-------T-----AAG-TACAT-ACAATT-----CCA---A--TGCACTCT-ACG----ATT---GA-TACAAAAC--T--TCGGACTTTTCAATATA--AAAAGTTTAATG-A--GAACA-------T-TGCC-AAATAACA-AA--TTTGTACAA----AAA-----TG-----TAAT---AT-A-AC-TAGTTCAAGCATGTGCGGGT---GTTG---T--A--AAA-a
gi|116202 : ttAAAATAGGA---ACT-G-------------T-C-----AATTA------CC-----TCCAGTTAGATT-GGAA--ATC-CTT-T-----TATACGT-T-GCCTTTTCATTCAA----------------CC----ATT---GA-TACAAAAC--T--ACGTGAATTCCAATATA--AGTACATTA-TG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACA-AA--TATCTTTAC----AAA-----TG-----CAAA---CT-T-GCACAAT-CAAATCTGTGTGATT---TTTG---C--A--ATA-G--TTATATA----G--AAAC--A-A-TA---AA---CCAT-ATG----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------tgcatgtaaatcgaataaac
gi|116199 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagtcaaattagaaaaAAAATTGGA---A---CA------G-TTTTT-C-----AATAA------TCCCCAGTTA-----GATT-GGAA--A-----T-T-----TAA-T---T-AACT-------CAA---CT-AG-----T--------------GA-TACAAAGC--T--GCGCCAATTCCAATACA--AATATATTA-TG-C--GGATT-------A-TACC-TATAAATA-A------TTACCTCTTAAAA-----TG-----CAAC---TT-A-GC-ACAGTCAAATGTGTATGA-----TTTG---TCCA--ATA-GTAATATC------G--AAA--------A---GAT--AAATCTTA----TGTTTG-GGAA-TG---TC--------Acaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116192 : aaataaattacttaaataaaaataaacaaacaattttttacatgattttcaactaaagaaagataaaaaagattagccaaaccagaaAATGGGA---G---AT------T-TTATT-T-----GGTAAAACCGATC-----TA------AATT-GGAA--GAA-TATATA----CAC-TG-CT--CCTTT-----TAA---A--TC-----T-ACA----ATA---GA-TGTAAAAA--T--AAGAAATTTTCAATACA--AATACACCA-TG-C--GAATA-------A-TACC-AACAAATA-AA--TCATTAACG----AAA-----TA-----CAAA---TT-T-GT-CGCTTCGAATCTCGGTGATT---TTTGCAAT--G--CGA----ATGTT------G--AAAC--A-C-TA---AA---TCAT-TTA----T-TCTG-GGAG-TGCATTC--------AC-ATAC-A-A-AG--TTTTTGGAa
gi|116187 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaatT-ACCTTT-----TA--------------T-ATCTGAAATA---AA-TACAAAGA--T--ACGCGCCTTTCAATACA--AATATTTAA-TG-C--GAATT-------A-TTCC-TAATAACG-AA--TTTCTGTAT----AAA-----TG-----AAAC---AT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTTATT---CTTG---T--G--TCATG--AC-TGTA----G--AAAC--TAA-CA---G----ACAT-CTA----T-TTTT-GGAA-TG---TC--------AATATTC-T-AGAGA-ATTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116209 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaCCTTT-----CAA---T---G-----T-TTA----ATG---AA-TACAAAAT--T--AAGAGCATTGCAATTCA--GATACATGC-TT-A--GAATA-------T-TACA-TAATAATA-CA--TTTCTGTAT----AGA-----TG-----TAAT---AT-T-TA-TAAAACAAGTTTATGTGATA---TTTG---C--A--ATATGC-ATGTC------G--AAAC-------A---AACAAACAT-TTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATATTTCGACTGTG-----------TTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116208 : ttc-ACC----ATT---GA-TACTAAAC--T--GCGCGAATTCTAATTCA--AGTATATTA-TG-C--GGATT-------G-TACC-TACAAACA-AA--TATCTTTAC----AAA-----TG-----CAAA---CT-T-GT-AAAGTCAAATCTGTGTGATT---TTTG---C--A--ATA-G--TTATATA----A--AAAC--A-A-TA----------AT-CTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TC--------Aagaacttgaagtata
gi|116210 : catatgttgtcttttaactca-ACC----ATT---GA-TACAAAAC--TTTGCGA--ATTACAGTACA--TGTATATTA-TG-C--GTATT-------A-TACC-TACAAACA-AAAATCTTTAC------AAA-----TG-----CAAA---CT-T-GTACAAG-CAAATCTGTGTGATT---TTTG---C--A--ATA-T--TTATATA----G--AAAC--A-G-TA---AACC-ATAT-TTA----T-T--G-GGAA-TG---TC--------a
gi|116211 : ctcttaattca----ATA---GA-AACTAAGC--A--AAGATCCTTCCAATATA--AATACATAC-TG-A--GAATT-------A-TCCT-TACCAACC-AA--TTTCGCTAT----GAA-----TGCCAGATAAA---A--A-----AACTCAAGTCTATCTGATT---TTTG---caaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : aATTACAATACA--AGTATATTA-TG-C--GGATT-------G-TACC-TACAAACA-AA--TATCTTTAC----AAA-----TG-----CAAA---CG-T-GT-CCAGTCAAACCTGTGTGATT---TTTG---C--A--ATA-G--TTATATA----G--AAAC--A-A-TA---AATT-ATAT-TTA------TTTG-GGAA-TG---TT--------Acattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTTCAGTATA--AGTAT-TTA-TACA--GAATT-------A-TACC-CACAAATA-AG--TTCTTCCAT----AAA-----TG-----CCAT---TT-A-GT-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTG---C--A--ACA-T--GCATGTA----G--AAAC--A-G-TA---CA---ACAT-TTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : CAATACACCAA---ATGA-CG-A--GAATT-------T--ACC-TAAT--TA-AT--CTTTTATCT----AAA-----TG-----TAAA---AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTG---T--A--ATA-G--ACCTTCG----G--AAAT--C-A-TA---GA---ACAT-TTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TC--------ATTTTGT-T-AGATCTTTTTTGGAC
gi|116216 : TGTTT----AAA-----TG-----TAAT---ATTA-GT--AACACAAGTTTGTGTGATT---TTTG---T--A--ATA-T--GCATAAA----G--AA------T-TA---AATAAACAC-TTG----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------ACATTTC-G-AGAAG-TATTTGGACtgaagtcataatat
gi|116217 : ---ACAT-TTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--------GTTGT-T-ATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|116215 ): ATGCAAATTGTACCTAACAACAGAATCCTGTATAAATGCAACATATGTAATACAAGTTTATAAGATATTTGTGCCATGGATATT
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222 11111 1111111111111 11111 1111111 111111111111111 111111111111111111 2222222222222222222 1111 1111111 33333333333
lowQualScore : 0 55 2 0 3 5 0 000 2 0 55 6 333 1 1 000 000000000000 22 1 1 11111 444444 8888888888888 66666 3 22222 0 1 555 5555555 22 1 4 666666666666666 33333 444444 5555555 1 44 444444 777777777777777777 777 6666666666666666666 0 22 2 1 11 1 1 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 2 4444 3 0 0 111 1111 1 11 2222222 11 222 33 2 22222222222 22222 4444 1 1 1 444 11 2 2222 1 2 1
lowQualScore : . .. . . . . . ... . . .. . ... . . ... ............ .. . . ..... ...... ............. ..... . ..... . . ... ....... .. . . ............... ..... ...... ....... . .. ...... .................. ... ................... . .. . . .. . . .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . .... . . . ... .... . .. ....... .. ... .. . ........... ..... .... . . . ... .. . .... . . .
lowQualScore : 8 11 0 4 1 2 7 999 2 8 55 1 000 7 7 222 000000000000 77 7 7 22222 666666 9999999999999 77777 5 44444 4 6 444 4444444 11 5 4 777777777777777 77777 555555 3333333 5 11 111111 999999999999999999 000 5555555555555555555 1 77 6 1 55 3 1 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 7777 1 9 1 888 6666 1 55 3333333 66 000 11 3 33333333333 99999 6666 2 2 2 111 77 7 9999 0 0 4
consensus : ATAATAGAAACTGAANAAACACCTTTAT-TACANCAAGTGAGAAAACGTAANTCTCCAAATAAA-ATTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---CCGT-N-----CAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGCATTCCAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-GN-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ATATNCG----G--A---A--A-C--A-TA-NA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAGAAACTGAAAAAACACCTTTAT-TACACCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAAA-ATNTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---CCGT-T-----CAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGANCATTCCAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ATATNCA----G--A---A--A-C--N-TA-GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATTT---TNCAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAATAAATTTAT-TGCAACAAATCAGAAACCTTAAAAGTCCAAATAAC-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGA-----AAACATATTA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATTAG--A-AG-AT--------G-CGA--------ACA-----TA------AACT-GGAA--AT---TTAT-A-----CAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATTCAAAATTACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTGCTATA-A--ATGTT------G--A---A--A-C--A-AA-CAT-A-----CACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TC--AATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAATAGATTTAT-TGCAATAAATCAGAAACCTCAAACGTCCAAATAAA-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACAA-----TAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA-----TT------AACT-GGAA--AG---TTGT-A-----CAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGCTTTCCAATACA--AATGTATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TGATACAAGATTATATGAAT---TTTGTGCTATG-G--ATGTT------G--A---A--A-C--A-AA-CAT-A-----CACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TC--AATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaTCCAAATAAA-TTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACAA-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------AACT-GGAA--------TGT-TGTACACAC-CG-----TACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGCTTTTCAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTGCCATG-A--ATGTT------G--A---A--A-CAAA-TA-G---A-----CATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TC--ATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ataataataaacaaattagcttaatgcaacaaattcgaaacctcaagagTCCAAATAAG-TTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACAA-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------TACT-GG-----A---CTGT-TGTACACAC-CG-----TACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGCTTTTCAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTGCCATG-A--ATGTT------G--A---A--A-CAAA-TA--A--A-----CATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ataataataaacaaatgaacttaatgcaacaaattcgaaacctcaagagATAGA---TGAAGAAATAAATTTAC-TGCAACAATTCAGAAACCTTAGAAGTCCAAATGAA-CTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACGA-----AAA-----CA-T---ATTATTA-TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA-----TA------TACT-GGAA--AG---TTGT-A-----CAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAA--------TATGGGAAT---GTTG------A-A--AC------------A---A--A-C--A-T------A-----CGCCTA----T-GTTG-GGAA-------------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAATGAATTTAT-TGCAACAAATCAGAAACCTTAAATGTCCAAATAAA-CTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---TTGT-A-----CA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----CACTT----ATAGATACAAAATTACGCGCTTTCCAATACA--AATATAGAG-TG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTCAAATAAACAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTGA-----AAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---GTAT-A-----CAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGCATTCCAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-TA-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTC----G--A---A--A-C--A-AACAA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TC--ACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcgaaaagTTCAAATAAACAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTGA-----AAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---GTAT-A-----CAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGCATTCCAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-TA-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTC----G--A---A--A-C--A-AACAA--A-----CATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TC--ACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcaaaaag-TACCTTTTA---------------TAT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGCCTTTCAATACA--AATATTTAA-TG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTTATT---CTTGTGTCAT--G--AC-TGTA----G--A---A--A-C--T-AA-CAG-A-----CATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TC--AATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAGAAACTGAAAAAACACCATTAT-AACATCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCTAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---CCAT-T-----CAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCA----G--A---A--A-CT-T-TA-GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAGAAACTGAATAAACACCTTTAT-TACAATAGGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---CCAT-T-----C------------------AA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-CG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-GT-TAATTCAAGTCTATATGCAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCA----G--A---A--A-CT-T-TA-GA--G-----CATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TG--ATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAAC-ATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGTA-----TA-------G-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA-----TA------AATT-GGAAGAAA---ACGT-A-----TAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----CAC-A----ATTGATACACAGTTAAGGTATTTTCAGTATA--AATATTTAA-TG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-GT-AAATTCTAGTTTATGTGATT---TTTG-----TA----ATATGCACGAGG--A---A--A-C--------A--ATTATTCATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAACACCTTCATCTACACCAAGTGAGGAAATGCAACTCTCCAAATAGA-ATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------AACT-GGAA--AA---CCAT-T-----CAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----TAC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATCATTTCTAAACA--AATACATTG-TG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-GT-TAATTCAATTACATGTGAAT---TTTGTG--ATA-G--CCATTC-------------------------GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TA--TTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC-----TA------AATT-GGAA--GA---ATATATA----CAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----TAC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAATTTTCAATACA--AATACACCA-TG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-GT-CGCTTCGAATCTCGGTGATT---TTTGCA--ATGCG--A-ATGTT----G--A---A--A-CA-C-TA-AA--T-----CATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----C--ATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAACACCTTTAT-TACACCAATTGAGAAAATACAATTCTCCAAATAAA-ATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTGA-----CAA-----TA-A---A-----A-TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------CACC-GGAA--AA---TCAT-T-----TAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC----------------ACATTA-TC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCG----G--A---A--A-TA-A-TA-AA--A-----CA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TC--GTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaGAAA--AAAAAAACACCTTTAT-TACATCAAGTGAGGCAATGTTATTCTCCAAATAGA-ATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TT------GACT-TGAA--AA---CCAT-T-----CAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATCATTTCAGTACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-GT-TAATTCAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCA----G--A---A--A-CT-T-TA-GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAACACCTTTAT-TACATCAAGTGAGGAAATGTAATTCTCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATGA-----TAA-----TG-T---A-----A-TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC-----TT------AACC-GGAA--AA---CCAT-T-----CAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGACCATTTCAATACA--AATATATTA-TG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-GT-AAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTCTTG--AGA-G--ATATCCG----G--A---A--A-CT-T-TA-GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaTCCAAACAAATAT-TTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCGA-----AAACACG-TT-A---GTC---A-TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AA---CTGT-A-----CAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGCGTTTCAATATA--AATACTTGC-TG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-AA-TAACACAAGCTTGTGTGATT---TTTGCA--ACA-T--GCATGAA----G--A---ATCA-A--A-TA--A--A-----CACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : aacaaacaaaactagtacaacaaattaagacttcaaacagAAATACATTT-T-TGCAACAAATCTGAAACCATAAAAGTCCAAATAAA-CTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACGA-----AAACATATTA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---TTGT-A-----CAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGCTTTCCAATACA--AATATATAA-TG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTGCTATG-C--ATGTTGA----GACA---A--A-C--A-T------A-----CACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--AATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : acAAATAACACCTTTAT-TATACCAATTGACAAAA-GTAATTTTCCAAATAAA-GTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTGA-----CTA-----TA-A---A-----A-TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC-----TT------AACT-AGAA--AA---TCGT-A-----CA--------------TTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATGAACACAAAACTAAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-AT-TATTTCAAGTCTATGTGATT---TTTATG--GTA-G--ACATACG----G--A---A--A-CT-A-TA-AA--A-----CCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TA--ATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : GATACAAAGCTGCGCCAATTCCAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-GC-ACAGTCAAATGTGTATGATT---TGTCCA--ATA-GTAATAT-CG----A--A---A--A-G--A-TA-AA--T-----C--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TC--A
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaacaaacaattttttacatgattttcaactaaagaaagataaaaaagattagccaaaccagaaaaaattggaacagtttttcaataatccccagttagattggaaatttaattaactcaactagtCAAATCAA-TTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACAA-----AAAAAC--TA-A---A-----G-TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT-----TG------GACT-GGAAGAAA---ATAT-A-----CAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----TAC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAACTTCCAATACA--AATACTTGA-TG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-GT-AAATTCAAACTTGTGTGAAT---TTTGTA--ATG-G--TTATATA----G--AAACA--A-C--T-TA-T---------CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTC--A-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaacctattacaaaaactaattttaagcaaacaaaTTTTT-TACACCAAGTGAGATAATGCAATTCTCCGACTAAA-ATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA-----TC------AACT-GGAA--AA---CTAT-T-----GAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATAGATACAAAACTAAGATCATCTCAATACA--AACACATTA-TG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCG----G--A---A--A-CT-A-TG-AA--A-----CATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TC--ATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC-----TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---CCTT-T-----TATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A---------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGAATTCCAATATA--AGTACATTA-TG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GCACAAT-CAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATA----G--A---A--A-CA-A-TA-AA--C-----CATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCCAAATA---CTCAACAG---TTTTGGtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagTCCTAATAGA-ATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACA-GGAA--AA---CCAT-T-----CAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATCATTTCAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCA----G--A---A--ATT--T-TA-GA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GC--ACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACtcacaaatc
gi|116204 : TCCAAATAGA-ATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTAA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC-----TT------AAAC-GGGA--AA---CTAT-T-----CAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----TAG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTCATTTCAAAACA--AATATTCTC-TG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-GT-TCATTTAGGTAAATGTGATT---TTTGTG--ATA-G--ACATCCG----A--A---A--A-CT-A-TA-GA--A-----CATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TC--ATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAA-ATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCAA-----TAT-----TACA---A-----A-TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC-----TG------AACT-GGAA--AAAAATCTT-T-----T---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----TAC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTTATTTCAATATA--AATAT-TTA-T--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-GT-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ATA-T--GCATGTA----G--A---A--A-C--AGTA-CA--A-----CATTTA----T-TTTG-GGAC-TGTGCTC--A-TG---TACAACA---TTTCTGGACggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAGTT------AATTTGGAA--AT---CCTT-T-----TATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A---------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGAATTCAAATACA--AGTATAGTA-TG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACGG-TA----AAATCTGTATGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATA----G--A---A--A-C--a
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---A---AACAG--A-AATA------------GAT-A-----ACA-----TA------AAAT-GAAA--AT---AAGT-A-----CA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCTAC-G----ATTGATACAAAACTTCGGACTTTTCAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-AC-TAGTTCAAG--CATGTGa
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A---------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGAATTCTAATTCA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GT-AAAGTCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATA----A--A---A--A-CA-A-TA------------ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TC--Acgggtgttgtaaaatgcatgtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGCATTGCAATTCA--GATACATGC-TT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-TA-TAAAACAAGTTTATGTGATA---TTTGCA--ATA-T--GCATGTC----G--A---A--A-C--A-AACAA--A-----CATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TC--ATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : ttAC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGAATTACAGTACA--TGTATATTA-TG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTACAA-GCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-T--TTATATA----G--A---A--A-CA-G-TA-AACCA-----TATTTA-------TTG-GGAA-TG---TC--agaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATCCTTCCAATATA--AATACATAC-TG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-AA-AAACTCAAGTCTATCTGATT---TTTGC---AT------TATGCA----caaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : aATTACAATACA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-GT-CCAGTCAAACCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATA----G--A---A--A-CA-A-TA-AATTA-----TATTTA------TTTG-GGAA-TG---TT--Acgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTTCAGTATA--AGTAT-TTA-TACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-GT-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ACA-T--GCATGTA----G--A---A--A-CA-G-TA-CA--A-----CATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : CAATACACCAA---ATGA-CG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-GT-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTA--ATA-G--ACCTTCG----G--A---A--ATC--A-TA-GA--A-----CATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TC--ATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : A-TG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-TG-TAATACAAGTTTATAAGATA---TTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TATTA-GT--AACACAAGTTTGTGTGATT---TTTGTA--ATA-T--GCATAAA----G--A---ATTA-A--A-TA--A--A-----CACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TC--ACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : T---TTTGCC--ATG-A--ATGTT------G--A---A--A-C--A-AA-TAT-A-----CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC--GTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 222222222222 11111 1111111111111 11111 1111111 111111111111111 111111111 2222222222222222222 111 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 1 1 44 5555 666 333 3 0 333 1 1 000 000000000000 22 1 1 11111 444444 8888888888888 66666 3 22222 0 1 555 5555555 22 1 4 666666666666666 33333 444444 5555555 1 55 5555555 1 888888888 777 6666666666666666666 0 44 222 11 11 22 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 0 111 88 1 11 333 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . . .. .... ... ... . . ... . . ... ............ .. . . ..... ...... ............. ..... . ..... . . ... ....... .. . . ............... ..... ...... ....... . .. ....... . ......... ... ................... . .. ... .. .. .. .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . . ... .. . .. ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 5 0 7 44 3333 111 000 5 4 000 7 7 222 000000000000 77 7 7 22222 666666 9999999999999 77777 5 44444 4 6 444 4444444 11 5 4 777777777777777 77777 555555 3333333 5 66 5555555 0 666666666 000 5555555555555555555 1 00 888 55 55 44 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 8 888 99 1 55 999 66 3 333333333333 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAGT-GAGA----AAACGTAANTCTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ACATNCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TACANCAAGT-GAGA----AAACGTAANTCTCCAAATAAAATTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ATATNCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAAT-CAGA----AACCTTAAAAGTCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGA-----AAACATATTA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATTAG--A-AG-AT--------G-CGA--------ACA-----TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTGCTATA-A--ATGTT--GAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAAT-CAGA----AACCTCAAACGTCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACAA-----TAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA-----TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGAAT---TTTGTGCTATG-G--ATGTT--GAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAAT-TCGA----AACCTCAAGAGTCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACAA-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTGCCATG-A--ATGTT--GAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAAT-TCGA----AACCTCAAGAGTCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACAA-----TAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTGCCATG-A--ATGTT--GAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAATT-CAGA----AACCTTAGAAGTCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACGA-----AAA-----CA-T---ATTATTA-TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA-----TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA--------------------ATGTT--GAA--A-C-A---AA-CAT-ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAAT-CAGA----AACCTTAAATGTCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----CACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGA-GTG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTGA-----AAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcgaaaagTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTGA-----AAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataacttaatggaacaaattgtaaatgcaaaaag-TACCTTTTA---------------TAT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTA-ATG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTATT---CTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAGT-GAGG----AAATGTAATTCTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGGT-GAGG----AAATGTAATTCTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTC------------------AA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ACG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGCAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGTA-----TA-------G-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA-----TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----CAC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTA-ATG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGATT---TTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAGT-GAGG----AAATGCAACTCTCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----TAC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATT-GTG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGAAT---TTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC-----TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----TAC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACC-ATG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGATT---TTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAATT-GAGA----AAATACAATTCTCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTGA-----CAA-----TA-A---A-----A-TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATT-ATC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGT-GAGG----CAATGTTATTCTCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGT-GAGG----AAATGTAATTCTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATGA-----TAA-----TG-T---A-----A-TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC-----TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATT-ATG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAATTAAGACTTCAAAC---AGTC--CAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCGA-----AAACACG-TT-A---GTC---A-TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTG-CTG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGATT---TTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAAT-CTGA----AACCATAAAAGTCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACGA-----AAACATATTA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAATT-GACA----AAA-GTAATTTTCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTGA-----CTA-----TA-A---A-----A-TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC-----TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGATT---TTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGATT---TGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaacaaacaattttttacatgattttcaactaaagaaagataaaaaagattagccaaaccagaaaaaattggaacagtttttcaataatccccagttagattggaaatttaattaactcaactagtCAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACAA-----AAAAAC--TA-A---A-----G-TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT-----TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----TAC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTG-ATG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGAAT---TTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaacctattacaaaaactaattttaagcaaacaaaTTTTT-TACACCAAGT-GAGA----TAATGCAATTCTCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA-----TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATT-ATG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC-----TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A---------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATT-ATG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACGA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTAA-----TAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC-----TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----TAG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCT-CTG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGATT---TTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCAA-----TAT-----TACA---A-----A-TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC-----TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----TAC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TT-AT--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAGTT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A---------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGT-ATG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---AAACA---G--A-AATA------------GAT-A-----ACA-----TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCTAC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAG--CATGTG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A---------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAcgggtgttgtaaaatgcatgtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATG-CTT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGATA---TTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : ttAC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATT-ATG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATA-CTG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGATT---TTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TT-ATACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATG-ACG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : -ATG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGATA---TTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGATT---TTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : T---TTTGCC--ATG-A--ATGTT--GAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111111 11111 111111111111 11111 1111111 111111111111111 222222222 2222222222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 2 55 4444 6666 7777 1 222 1 1 111 888888888888 444 1 1 00000 44444 999999999999 66666 666 44444 0 2 555 4444444 22 1 3 555555555555555 33333 8888888 5555555 1 55 6666666 1 000000000 7777777777777777777777777 0 44 222 11 11 22 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 0 111 0 44 3 3333 999 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . . .. .... .... .... . ... . . ... ............ ... . . ..... ..... ............ ..... ... ..... . . ... ....... .. . . ............... ..... ....... ....... . .. ....... . ......... ......................... . .. ... .. .. .. .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . . ... . .. . .... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 2 7 2 66 7777 2222 7777 0 999 7 7 111 888888888888 555 7 7 33333 22222 666666666666 55555 222 66666 3 1 222 5555555 00 5 9 000000000000000 66666 1111111 1111111 4 44 9999999 5 666666666 7777777777777777777777777 6 00 888 55 55 44 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 1 888 6 55 2 8888 777 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAAT-NAGA----AA-ACGCAANTN-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAGT-GAGA----AA-ACGTAANTC-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGCG--ATA-G--ACATNCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAAT-CAGA----AA-CCTTAAAAG-TCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATTAG--A-AG-AT--------G-CGA--------ACA------TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAAT-CAGA----AA-CCTCAAACG-TCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA------TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGAAT---TTTGTGCTATG-G--ATGTT--GAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAAT-TCGA----AA-CCTCAAGAG-TCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAAT-TCGA----AA-CCTCAAGAG-TCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGATT---TTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAATT-CAGA----AA-CCTTAGAAG-TCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA---TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA------TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGAAT---GTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAAT-CAGA----AA-CCTTAAATG-TCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----C--ACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGA-GTG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAAT-TGTA----AATGCGAAAAGT-TC-AAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAAT-T-GT----AA-ATGCAAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGATT---TTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------T--AT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTA-ATG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTATT---CTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAGT-GAGG----AA-ATGTAATTC-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGGT-GAGG----AA-ATGTAATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTC------------------AA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ACG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGCAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGT-----ATA-------G-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA------TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----C--AC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTA-ATG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGATT---TTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAGT-GAGG----AA-ATGCAACTC-TCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATT-GTG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGAAT---TTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC------TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACC-ATG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGATT---TTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAATT-GAGA----AA-ATACAATTC-TCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTG-----ACAA-----TA-A---A-----A---TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATT-ATC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGT-GAGG----CA-ATGTTATTC-TCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGT-GAGG----AA-ATGTAATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATG-----ATAA-----TG-T---A-----A---TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC------TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATT-ATG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAATTAAGACTTCAA-AC---AGTC---CAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A---TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTG-CTG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGATT---TTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAAT-CTGA----AA-CCATAAAAG-TCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGAAT---TTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAATT-GACA----AA-A-GTAATTT-TCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTG-----ACTA-----TA-A---A-----A---TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC------TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGATT---TTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatCAAACAATTTTTTACAT---G-A-T-T------T-TCA----ACTAA-----A-GA----AAG-----ATAA------A-A---A-----AGATTAGCC--AAACCAGAAA--AAATTGG---A---A---C--A-GTTTT--------T-CAAT-A-----ATCCCCAGTTA------GATT-GGAA--A--------------------------TTTAATT-A--A-C-----TCAAC-T----AGTGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGATT---TGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaaCAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G---TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT------TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----T--AC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTG-ATG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGAAT---TTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaacctattacaaaaactaattttaagcaaacaaaTTTTT-TACACCAAGT-GAGA----TA-ATGCAATTC-TCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA------TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATT-ATG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC------TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A-----------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATT-ATG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattag-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGAAT---TTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : -TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTA-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC------TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----T--AG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCT-CTG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGATT---TTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCA-----ATAT-----TACA---A-----A---TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC------TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----T--AC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TT-AT--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAG-TT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A-----------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGT-ATG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---AAACA---G--A-AATA------------GAT-A-----ACA------TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCT--AC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAG--CATGTG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A-----------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAcgggtgttgtaaaatgcatgtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATG-CTT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGATA---TTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : tt--AC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATT-ATG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATA-CTG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGATT---TTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGATT---TTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TT-ATACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCAAT---TCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATG-ACG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGATT---TTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : -ATG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGATA---TTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGATT---TTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : T---TTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 111 111111111111 111111111111 1111111111111 11111 111 111111111111111 222222222 2222222222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 6666666 11 0 66666 1111 1 222 1 1 111 888888888888 444 1 1 111111111111 6666666666666 66666 666 44444 0 2 555 555 666 22 1 3 555555555555555 33333 8888888 5555555 1 55 6666666 1 111111111 7777777777777777777777777 0 44 222 11 11 22 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 2222 0 22 555555 888 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . ....... .. . ..... .... . ... . . ... ............ ... . . ............ ............. ..... ... ..... . . ... ... ... .. . . ............... ..... ....... ....... . .. ....... . ......... ......................... . .. ... .. .. .. .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . .... . .. ...... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 1 2 8888888 11 2 88888 3333 0 999 7 7 111 888888888888 555 7 7 111111111111 2222222222222 55555 222 66666 3 1 222 666 111 00 5 9 999999999999999 66666 1111111 1111111 4 44 9999999 5 555555555 7777777777777777777777777 6 00 888 55 55 44 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 4444 7 99 222222 888 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACG-C-AANNN-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACG-C-AANTN-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCT-T-AAAAG-TCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGAAAACATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAA-------TCAGAAACCT-C-AAACG-TCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA------TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGA---ATTTTGTG--CTA-T--GGATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAA-------TTCGAAACCT-C-AAGAG-TCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAA-------TTCGAAACCT-C-AAGAG-TCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAAT-------TCAGAAACCT-T-AGAAG-TCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA---TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA------TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA---ATGTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCT-T-AAATG-TCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----C--ACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGA-GTG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATG-CGAAAAG-TTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATG-C-AAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------T--AT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTA-ATG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTA---TTCTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAG-------TGAGGAAATG-T-AATTC-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGG-------TGAGGAAATG-T-AATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCA------------------A---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ACG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGC---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGT-----ATA-------G-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA------TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----C--AC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTA-ATG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAG-------TGAGGAAATG-C-AACTC-TCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATT-GTG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGA---ATTTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC------TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACC-ATG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGA---TTTTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAAT-------TGAGAAAATA-C-AATTC-TCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTG-----ACAA-----TA-A---A-----A---TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATT-ATC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGCAATG-T-TATTC-TCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGAAATG-T-AATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATG-----ATAA-----TG-T---A-----A---TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC------TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATT-ATG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAA-------TTA--AGACTTC-AAACAGTCCAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A---TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTG-CTG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGA---TTTTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAA-------TCTGAAACCA-T-AAAAG-TCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAAT-------TGACAAAA-G-T-AATTT-TCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTG-----ACTA-----TA-A---A-----A---TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC------TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGA---TTTTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatCAAACAATTTTTTACAT---G-A-T-T------T-TCA----ACTAA-----A-GA----AAG-----ATAA------A-A---A-----AGATTAGCC--AAACCAGAAA--AAATTGG---A---A---C--A-GTTTT--------T-CAAT-A-----ATCCCCAGTTA------GATT-GGAA--A--------------------------TTTAATT-A--A-C-----TCAAC-T----AGTGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGA---TTTGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaaTAT-TACAA-AAACTAATTTTAAGCAAAC----AAA-----CAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G---TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT------TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----T--AC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTG-ATG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGA---ATTTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaaccTTTTT-TACACCAAG-------TGAGATAATG-C-AATTC-TCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA------TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATT-ATG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC------TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A-----------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATT-ATG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattag-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : -TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTA-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC------TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----T--AG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCT-CTG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGA---TTTTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCA-----ATAT-----TACA---A-----A---TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC------TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----T--AC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TT-AT--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAG-TT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A-----------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGT-ATG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---AAACA---G--A-AATA------------GAT-A-----ACA------TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCT--AC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAGCATGTGCGG---GTGTTGTA--AAA-T--GCATG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A-----------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATG-CTT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGA---TATTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : tt--AC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATT-ATG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATA-CTG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGA---TTTTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TT-ATACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATG-ACG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : -ATG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGA---TATTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : TTTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111111 111111111111 1111111111111 11111 1111111 111111111111111 222222222 2222222222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 0 11 555555 4444 1 222 1 1 111 888888888888 444 1 1 111111111111 6666666666666 66666 666 44444 0 2 555 4444444 22 1 3 555555555555555 33333 8888888 5555555 1 55 6666666 1 000000000 7777777777777777777777777 0 44 222 11 11 1 1 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 2222 0 22 555555 888 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . . .. ...... .... . ... . . ... ............ ... . . ............ ............. ..... ... ..... . . ... ....... .. . . ............... ..... ....... ....... . .. ....... . ......... ......................... . .. ... .. .. . . .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . .... . .. ...... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 2 7 3 66 444444 9999 0 999 7 7 111 888888888888 555 7 7 111111111111 2222222222222 55555 222 66666 3 1 222 5555555 00 5 9 999999999999999 66666 1111111 1111111 4 44 9999999 5 666666666 7777777777777777777777777 6 00 888 55 55 3 1 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 4444 7 99 222222 888 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAATNAGAAAACGC--AANNG-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAATNAGAAAACGC--AANNN-TCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAATCAGAAACCTT--AAAAG-TCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGAAAACATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAATCAGAAACCTC--AAACG-TCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA------TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGA---ATTTTGTG--CTA-T--GGATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAATTCGAAACCTC--AAGAG-TCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAATTCGAAACCTC--AAGAG-TCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAATTCAGAAACCTT--AGAAG-TCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA---TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA------TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA---ATGTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAATCAGAAACCTT--AAATG-TCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----C--ACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGAG-TG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAATT-GTAAATGCG-AAAAG-TTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAATT-GTAAATGC--AAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------T--AT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTAA-TG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTA---TTCTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAGTGAGGAAATGT--AATTC-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGGTGAGGAAATGT--AATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTC------------------AA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-CG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGC---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGT-----ATA-------G-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA------TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----C--AC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTAA-TG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAGTGAGGAAATGC--AACTC-TCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATTG-TG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGA---ATTTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC------TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACCA-TG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGA---TTTTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAATTGAGAAAATAC--AATTC-TCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTG-----ACAA-----TA-A---A-----A---TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATTA-TC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGTGAGGCAATGT--TATTC-TCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAGTGAGGAAATGT--AATTC-TCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATG-----ATAA-----TG-T---A-----A---TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC------TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATTA-TG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAATTA--AGACTTCAAACAG-TCCAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A---TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTGC-TG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGA---TTTTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAATCTGAAACCAT--AAAAG-TCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAATTGACAAAA-GT--AATTT-TCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTG-----ACTA-----TA-A---A-----A---TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC------TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGA---TTTTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatCAAACAATTTTTTACAT---G-A-T-T------T-TCA----ACTAA-----A-GA----AAG-----ATAA------A-A---A-----AGATTAGCC--AAACCAGAAA--AAATTGG---A---A---C--A-GTTTT--------T-CAAT-A-----ATCCCCAGTTA------GATT-GGAA--A--------------------------TTTAATT-A--A-C-----TCAAC-T----AGTGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGA---TTTGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaaGC--AAACA-AACAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G---TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT------TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----T--AC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTGA-TG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGA---ATTTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaacctattacaaaaactaattttaaTTTTT-TACACCAAGTGAGATAATGC--AATTC-TCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA------TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATTA-TG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC------TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A-----------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATTA-TG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattag-TCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : -TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTA-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC------TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----T--AG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCTC-TG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGA---TTTTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCA-----ATAT-----TACA---A-----A---TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC------TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----T--AC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TTA-T--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAG-TT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A-----------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGTA-TG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---A---AACAG--A-AATA------------GAT-A-----ACA------TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCT--AC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAGCATGTGCGG---GTGTTGTA--AAA-T--GCATG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A-----------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATGC-TT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGA---TATTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : tt--AC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATTA-TG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATAC-TG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGA---TTTTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TTA-TACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATGA-CG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : A-TG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGA---TATTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : TTTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111111 111111111111 1111111111111 11111 111 111111111111111 222222222 2222222222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 6666666 11 0 88888 8888 1 222 1 1 111 888888888888 444 1 1 111111111111 6666666666666 66666 666 44444 0 2 555 555 666 22 1 3 555555555555555 33333 8888888 5555555 1 55 6666666 1 111111111 7777777777777777777777777 0 44 222 11 11 22 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 2222 0 22 555555 888 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . ....... .. . ..... .... . ... . . ... ............ ... . . ............ ............. ..... ... ..... . . ... ... ... .. . . ............... ..... ....... ....... . .. ....... . ......... ......................... . .. ... .. .. .. .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . .... . .. ...... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 1 2 8888888 11 2 55555 0000 0 999 7 7 111 888888888888 555 7 7 111111111111 2222222222222 55555 222 66666 3 1 222 666 111 00 5 9 999999999999999 66666 1111111 1111111 4 44 9999999 5 555555555 7777777777777777777777777 6 00 888 55 55 44 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 4444 7 99 222222 888 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAA-GTCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGAAAACATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAA-------TCAGAAACCTC--AAAC-GTCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA------TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGA---ATTTTGTG--CTA-T--GGATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAAT-------TCAGAAACCTT--AGAA-GTCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA---TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA------TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA---ATGTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAT-GTCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----C--ACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGA-GTG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGCG-AAAA-GTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGC--AAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------T--AT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTA-ATG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTA---TTCTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCA------------------A---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ACG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGC---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGT-----ATA-------G-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA------TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----C--AC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTA-ATG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAG-------TGAGGAAATGC--AACT-CTCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATT-GTG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGA---ATTTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC------TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACC-ATG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGA---TTTTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAAT-------TGAGAAAATAC--AATT-CTCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTG-----ACAA-----TA-A---A-----A---TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATT-ATC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGCAATGT--TATT-CTCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATG-----ATAA-----TG-T---A-----A---TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC------TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATT-ATG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAA-------TTA--AGACTTCAAACA-GTCCAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A---TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTG-CTG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGA---TTTTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAA-------TCTGAAACCAT--AAAA-GTCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAAT-------TGACAAAA-GT--AATT-TTCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTG-----ACTA-----TA-A---A-----A---TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC------TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGA---TTTTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatCAAACAATTTTTTACAT---G-A-T-T------T-TCA----ACTAA-----A-GA----AAG-----ATAA------A-A---A-----AGATTAGCC--AAACCAGAAA--AAATTGG---A---A---C--A-GTTTT--------T-CAAT-A-----ATCCCCAGTTA------GATT-GGAA--A--------------------------TTTAATT-A--A-C-----TCAAC-T----AGTGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGA---TTTGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaaTAT-TACAA-AAACTAATTTTAAGCAAAC----AAA-----CAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G---TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT------TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----T--AC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTG-ATG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGA---ATTTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaaccTTTTT-TACACCAAG-------TGAGATAATGC--AATT-CTCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA------TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATT-ATG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC------TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A-----------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATT-ATG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTA-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC------TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----T--AG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCT-CTG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGA---TTTTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCA-----ATAT-----TACA---A-----A---TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC------TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----T--AC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TT-AT--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAG-TT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A-----------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGT-ATG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---AAACA---G--A-AATA------------GAT-A-----ACA------TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCT--AC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAGCATGTGCGG---GTGTTGTA--AAA-T--GCATG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A-----------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATG-CTT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGA---TATTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : tt--AC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATT-ATG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATA-CTG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGA---TTTTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TT-ATACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATG-ACG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : -ATG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGA---TATTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : TTTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111111111111 111111111111 1111111111111 11111 111 111111111111111 222222222 2222222222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 6666666 11 0 88888 8888 1 222 1 1 111 888888888888 444 1 1 111111111111 6666666666666 66666 666 44444 0 2 555 555 666 22 1 3 555555555555555 33333 8888888 5555555 1 55 6666666 1 111111111 7777777777777777777777777 0 44 222 11 11 22 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 2222 0 22 555555 888 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . ....... .. . ..... .... . ... . . ... ............ ... . . ............ ............. ..... ... ..... . . ... ... ... .. . . ............... ..... ....... ....... . .. ....... . ......... ......................... . .. ... .. .. .. .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . .... . .. ...... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 1 2 8888888 11 2 55555 0000 0 999 7 7 111 888888888888 555 7 7 111111111111 2222222222222 55555 222 66666 3 1 222 666 111 00 5 9 999999999999999 66666 1111111 1111111 4 44 9999999 5 555555555 7777777777777777777777777 6 00 888 55 55 44 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 4444 7 99 222222 888 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAA-GTCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-AA-A-CAT---ACGAAAACATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAA-------TCAGAAACCTC--AAAC-GTCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAA----G---AA-TC-A-TACGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA------TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGA---ATTTTGTG--CTA-T--GGATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAA----A--AAA-CA-C-TA----ACA-----ATAT-----T------A-----A---TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA------TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T---C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAAT-------TCAGAAACCTT--AGAA-GTCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAG-TA-A-CAT---ACG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA---TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA------TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA---ATGTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAT-GTCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-----------CTAAA-AA-A-TAT---ACGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----C--ACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGA-GTG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGCG-AAAA-GTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAAGTATA-TT----GTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGC--AAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-GT-A-TA----TTG-----AAAG-----CG-ACCTA-----AC--TATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC------TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATA-ATG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------T--AT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTA-ATG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTA---TTCTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAC-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCA------------------A---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ACG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGC---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAG--AAG-GG-A-TA----AGT-----ATA-------G-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA------TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----C--AC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTA-ATG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAG-------TGAGGAAATGC--AACT-CTCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TT-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATT-GTG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGA---ATTTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC------TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----T--AC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACC-ATG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGA---TTTTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAAT-------TGAGAAAATAC--AATT-CTCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAGT-AA-A-TA----TTG-----ACAA-----TA-A---A-----A---TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATT-ATC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGCAATGT--TATT-CTCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----TTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCA----GGAAAT-TA-T-TA----ATG-----ATAA-----TG-T---A-----A---TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC------TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATT-ATG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAA-------TTA--AGACTTCAAACA-GTCCAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CA----GTTAAA-TT-G-TA----TCG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A---TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----T--TT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTG-CTG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGA---TTTTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAA-------TCTGAAACCAT--AAAA-GTCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CA----ACTAAG-AA-A-CAT---ACG-----AAAACATATTA-T---A-----A---TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA------TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----T--A-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATA-ATG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAAT-------TGACAAAA-GT--AATT-TTCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T---------AAT-TA-A-CA----CTG-----ACTA-----TA-A---A-----A---TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC------TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGA---TTTTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatCAAACAATTTTTTACAT---G-A-T-T------T-TCA----ACTAA-----A-GA----AAG-----ATAA------A-A---A-----AGATTAGCC--AAACCAGAAA--AAATTGG---A---A---C--A-GTTTT--------T-CAAT-A-----ATCCCCAGTTA------GATT-GGAA--A--------------------------TTTAATT-A--A-C-----TCAAC-T----AGTGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATT-ATG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGA---TTTGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaaTAT-TACAA-AAACTAATTTTAAGCAAAC----AAA-----CAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT--------GACAAA-TA-A-------ACA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G---TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT------TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----T--AC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTG-ATG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGA---ATTTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaaccTTTTT-TACACCAAG-------TGAGATAATGC--AATT-CTCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAA----ATTAAT-TG-A-TA----TTG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA------TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----T--AC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATT-ATG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC------TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A-----------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATT-ATG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAT-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC------TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCA----GACAAC-TA-A-TA----TTA-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC------TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----T--AG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCT-CTG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGA---TTTTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATCG----A--AAA-CA-ACTA----CCA-----ATAT-----TACA---A-----A---TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC------TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----T--AC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TT-AT--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAG-TT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A-----------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGT-ATG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---AAACA---G--A-AATA------------GAT-A-----ACA------TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCT--AC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAGCATGTGCGG---GTGTTGTA--AAA-T--GCATG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A-----------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----T--TT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATG-CTT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGA---TATTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : tt--AC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATT-ATG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATA-CTG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGA---TTTTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATT-ATG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TT-ATACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATG-ACG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : -ATG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGA---TATTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : TTTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
blockSeqs : TAAAC C T GA C CTAATTT CA CTTCA AAAG C TCG T G TTG ATTCAAAAAG AGT T C TACGAAAGC ACATATTAT TTATT GAT TTATC T AAC ATT CAA TC G G AGGAACTGTCAAT TATTC CCCCAGT CCAGTTA T GA AAATCT A ATATAGC ATGCACTCTACG CG CAA TT CC TA ATT TATTATGC A T AC TT C T G TA ATTGT ACTT A GCA A A TC GTAAT GTT TT T AGTAAACC TTGT G A T CTT ACA T T T
blockSeqs : AAACT C . GC . . TC TGCG ACG T . . . GA ATTCAGT AT . . CGAAACA ACACGTTA TC C TTATC T AGC ATC TT . . G TATGAA . CACCAG T . GA TATA A CACTT TTAACTCAACT AG T C . A CA . G . AC . . . G G . C . CGG A T CC TGG GTT . T AATAAATT CAT . . . . . T T .
blockSeqs : AAACT T . AA . . TC CTC GAG T . . . GA ATTCAGT AC . . TACG GCGACCT . C GCC T . ATC T . . T TTAAT . A T . G TTG A CACCG GATCACTT AG T T . T C . G . AC . . . G . . C . GTA A T . TGA GTT . . AATTATT . . . . . . T T .
blockSeqs : AAA G . AA . . CA CTC GAG C . . . GA ATTCAGT AC . . TACG GCGACCT . . TT T . ATT . . . T TTAAC . A T . . TTG A CACCG TATCTGAA CG T T . T C . A . AC . . . G . . C . TG A A . TGA GTC . . AACTTAT . . . . . . T T .
blockSeqs : AT G . CC . . CA CTC AAG C . . . GA ATTAAAT GT . . ACA AAACTAA . . TT T . AAC . . . T TCTCC . A A . . TTG A CACCT ATTGCACA CG T C . A C . A . AC . . . G . . C . TG A A . AAC GTC . . AAACAT . . . . . . T G .
blockSeqs : A . CC . . GA CTT ATG C . . . GA ATTCATT AA . . ACA TTACA . . . T . . . . . T TTAAC . A A . . TTG A TACCT ATCACTA AG T C . A C . T . AT . . . G . . T . TG A T . GGC GTA . . AAATAG . . . . . . T G .
blockSeqs : T . CC . . GA CTT AAG C . . . TG ATTCAGG AG . . GTG TTAT . . . T . . . . . T TTAAC . A A . . TTG A TAATC ATCCTTA AG A C . A C . T . AT . . . G . . T . TG A T . GGC CCA . . AAATAA . . . . . . T T .
blockSeqs : T . CC . . GA TGC TTC A . . . TG ATTAAAT TT . . TTG ACAT . . . A . . . . . T TCAAC . C A . . GTA T TAATC ATCCTTA CG A C . A A . A . AT . . . G . . T . TG T T . GAC CCA . . AAACAA . . . . . . G A .
blockSeqs : A . CC . . GA TGT TTC A . . . TG ATTCAGT CT . . ACG TTAT . . . A . . . . . T TTAAC . C T . . GTA T CTGTC ATCACTA AT C T . A A . T . CT . . . A . . C . TA T A . GAT GAG . . AAACAA . . . . . . G A .
blockSeqs : A . CC . . GA TGT CTC A . . . TG ATTCAGA GG . . ACG ATGA . . . A . . . . . T TTAGC . C T . . CCA A ATATC ATGTTTA AT A T . T C . T . CT . . . A . . A . TA T A . GAT TCG . . TAACAG . . . . . . G A .
blockSeqs : A . AA . . GA TGC TTC A . . . TG ATATCGA TT . . AGT ATGA . . . T . . . . . T TCAAT . C A . . CCA T TTGTC ATGTTTA AT A T . T A . C . CA . . . A . . A . TG T T . TGC GTT . . TTTAGA . . . . . . A A .
blockSeqs : C . CA . . TA TAC TTC A . . . TG TTCAAC TA . . TTG ATGA . . . T . . . . . T TCAAC . A T . . ACG A CTGTC AAGTACC AA A T . A A . T . CT . . . A . . A . GT T A . GCC CCG . . TTTAGA . . . . . . G A .
blockSeqs : C . CC . . CT TGT TTC A . . . TG CTAAG TT . . TTG ATAA . . . A . . . . . T TCATC . C A . . CCA T CTGTC AAGTACC AT A T . T A . A . CA . . . A . . A . GT T T . CGA CCA . . ACTAAA . . . . . . G A .
blockSeqs : . . . . GA TGT CAG A . . . TG TTAAA TT . . ACG ATGA . . . T . . . . . T TTAAC . C T . . TCA T TACTA ATCTACC AC T C . C A . T . CT . . . A . . A . GT T T . GAC CCG . . AATAAA . . . . . . G A .
blockSeqs : . . AA CAT AAG T . . . TG TTAAA AT . . ATG ATGT . . . T . . . . . C TCAAT . C T . . CCA T CACTT ATCTACA GG A T . T C . T . CT . . . A . . A . GT T A . GAT GAA . . TTTAGA . . . . . . T G .
blockSeqs : . . GA TGC TTT C . . . CA ACAGT GA . . TCG ATAA . . . T . . . . . T TAAC . C T . . CCA A CTATT AAGTACC CG A T . T A . G . CT . . . G . . A . GT A A . GAT GTT . . TTTAGA . . . . . . T T .
blockSeqs : . . T GT TTC G . . . G ACAGT TT . . CTG ATGA . . . A . . . . . A AGG . C A . . CTG A TTGTC AAGTACC AT G T . T A . A . AC . . . G . . T . GT A T . TGC ACG . . AAATAA . . . . . . G A .
blockSeqs : . . T C A T . . . A ACAGT AT . . AAG ATGA . . . C . . . . . T ACG . A A . . TTG A TACGT AAGTACC CG T C . G A . A . CT . . . A . . C . GT T A . TGC ATA . . AAACAT . . . . . . G A .
blockSeqs : T . . . T ACAAC TT . . ACA ATGA . . . C . . . . . C ACG . A T . . TCG A CTGTC ATCTTTA AA A T . A A . T . TA . . . G . . A . GT T T . GAC CCG . . TATAAA . . . . . . G A .
blockSeqs : A . . . T ATGA TT . . TTG AAA . . . C . . . . . T GCA . C A . . ATA T CTGTC ATCACTA AT C C . T T . A . CA . . . A . . C . AA T T . GTT ATA . . TATGAA . . . . . . T A .
blockSeqs : A . . . . ATT CT . . ACG TT . . . T . . . . . T GCG . T G . . CTA T TACGC AAGTACA TG A C . T A . A . CT . . . T . . A . TG T A . GAC CCA . . AATAAA . . . . . . G A .
blockSeqs : A . . . . C AC . . TTA TT . . . A . . . . . T GCA . A C . . CCT T CTGC ATCTACA AT A T . G C . T . TA . . . G . . A . AT T T . GTT CCG . . TATAGA . . . . . . T G .
blockSeqs : A . . . . C . . . CCA GA . . . A . . . . . . CAA . C T . . CCA T TATC AAGTACA TT A C . T C . G . CT . . . A . . A . GC T T . GAT GTA . . AGTACA . . . . . . G T .
blockSeqs : . . . . . . . . AAT . C T . . CTA T . TTCAACC GT A T . T A . T . CA . . . A . . A . GT T A . GAC ATA . . AAACAA . . . . . . T G .
blockSeqs : . . . . . . . . GCA . C G . . CCT T . AAGTACC CG A T . T C . T . CA . . . T . . A . GT T T . TGC ATA . . AGTACA . . . . . . T T .
blockSeqs : . . . . . . . GAT . C T . . AAG A . AAATAGC GA A T . T A . A . TA . . . A . . T . GT T A . GTT GTC . . AAATAT . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . ATGTACT CG T C . T A . A . AT . . . T . . T . GT A T . TGC ATA . . ATAAA . . . . .
blockSeqs : CTCAACT AG A T . T A . T . CA . . . G . . A . GT G G . GTT ATA . . TTAGA . . . . .
blockSeqs : CTCAACC CG A C . T A . G . AT . . . T . . T . AC T T . TGC GTA . . ATAGA . . . . .
blockSeqs : ATGTTTA AT A G . G C . T . CA . . . C . . A . GT T T . TTT TCG . . AATA . . . . .
blockSeqs : G C A . T A . A . CC . . . T . . G . TA T T . GTT AAA . . ATAA . . . . .
blockSeqs : A A C . A C . A . CA . . . C . . A . AA T T . TGC GTT . . AT . . . . .
blockSeqs : . A . T A . G . CA . . . A . . T . GT A T . GAC CG . . A . . . . .
blockSeqs : T . T C . A . AC . . . G . . A . GT A A . GAT . . .
blockSeqs : . G A . G . C . . . G . . C . GT . T . TGC
blockSeqs : C . . . . . . . . . . T . TG . T . GA
blockSeqs : . . . . . AG . T .
blockSeqCons : AAACT* ATTCAGN***** NCG********* *** TCAAC********** T***
originalCons : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCA----GTTAAN-TA-A-TA----ACG-----ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
finalCons : ATAATAGAAACT-GAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAATTCAGN-----TAAN-TA-A-TANCG---------ATAA-----TG-A---A-----A---TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATATTCAAC----------A-----ACC------TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----T--AC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATT-ATG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGAT---TTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11111111111 1111111111111 11111 1111111 111111111111111 111111111 2222222222222222222 222222222222
lowQualScore : 222222 1 2 33 2 0 6666666 11 0 88888 8888 1 0 333 1 1 000 44444444444 22 44 1 999999 44444 5555555555555 66666 3 22222 0 1 555 5555555 22 1 4 777777777777777 33333 444444 5555555 1 55 5555555 1 999999999 777 6666666666666666666 0 44 222 11 11 1 1 4444 33333333 2 1 33 11 1 1 2 22 22222 3333 1 44444 3 0 2222 0 22 555555 888 11 2 333333333333 4444 1 1 1 222 0 222 1 1 1
lowQualScore : ...... . . .. . . ....... .. . ..... .... . . ... . . ... ........... .. .. . ...... ..... ............. ..... . ..... . . ... ....... .. . . ............... ..... ...... ....... . .. ....... . ......... ... ................... . .. ... .. .. . . .... ........ . . .. .. . . . .. ..... .... . ..... . . .... . .. ...... ... .. . ............ .... . . . ... . ... . . .
lowQualScore : 666666 0 7 33 1 2 8888888 11 2 55555 0000 0 4 000 7 7 222 55555555555 77 11 7 999999 33333 7777777777777 77777 5 44444 4 6 444 4444444 11 5 4 777777777777777 77777 555555 3333333 5 66 5555555 0 555555555 000 5555555555555555555 1 00 888 55 55 3 1 0000 99999999 1 1 99 55 1 1 7 55 66666 9999 1 22222 1 9 4444 7 99 222222 888 66 3 999999999999 6666 2 2 2 111 7 777 0 0 5
consensus : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCAGT--TAAN-TA--A-TA-N----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
Reference ( family-540 ) : ATAATAG-AAACTGAANAAAC-ACCTTTAT-TGCAACAAA-------TNAGAAAACGC--AANN-GTCCAAATAAANTTTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCAGN--TAAN-TA--A-TA-N----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TN------AACT-GGAA--AA---C-CGTNCAC-TGT--C-TACCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGATACAAAACTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTNTACC-TACNAACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---NAT-A-G-N-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGCG--ATA-G--ACATGCGGAA--A-C-A---TA-NA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TNCNAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116179 : AAC-GAAGAAAT-AAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAA-GTCCAAATAACCTTTTATAT---A-A-TAG-AC-AAC-TAAGA--AACA-TACGA-AA-A----C------ATAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CG---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AT---T-TATACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATTCAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTACACC-TGACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATATGATTGTTTTTGTG--CTA-T--AAATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TGTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGA-CTTCTGGAC
gi|116180 : acaatTGAACAAAT-AGATTTAT-TGCAATAAA-------TCAGAAACCTC--AAAC-GTCCAAATAAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-C-TAAG-----AA-TC--A-TA-CGAAACA-----ATAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT-----------AGG-A-----ACA-----TT------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATGTATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TGATACAAGATTATATGA---ATTTTGTG--CTA-T--GGATGTTGAA--A-C-A---AA-CAT-ACACATA----T-TTCA-TGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTTGAatatcttgaagaatatattaatgaaaa
gi|116181 : acaataaATAATAA-----TAAACAAATTAGCTTAAT--GCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAATTTTTATAC---A-A-CAG-ACAA-T-TAAA----AAA-CA--C-TA-A----CA-----ATAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------AACT-GGAA--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAG-ACATCTA----T-TTTG-GAAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACagtatatcttaatgataa
gi|116182 : ATAATAATAAAC-AAATGAAC-----TTAA-TGCAACAAA-------TTCGAAACCTC--AAGA-GTCCAAATAAGTTTTTATAT---A-A-CAG-ACAA-T-TAAA----AAA-CA--C-TA-A----CA-----ATAT-----T------A-----A-TATTATCAAACCCCATATTAAATGGG---AATCA---G--A-AA-GT------------ACGA-----ACA-----TT------TACT-GGAC--TG---T-TGTACAC--AC--CGTACCTTTTAA---A----------T-C-CTTA-ATTGATACAAAAATAAGAGC--TTTT-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------AATTGTACC-AAACAACAC--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---TTTTTGTG--CCATG--A-ATGTTGAA--A-C-A---AATAA--ACATCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTG---TTCTAGAGC-CTTTTGGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116183 : ATAG-A---TGAAGAAAT-AAATTTAC-TGCAACAAT-------TCAGAAACCTT--AGAA-GTCCAAATGAACTTTTATAT---A-A-TAG-ACAA-------C--TAAG-TA--A-CA-TA---CG-----AAAA-----CA-T---ATTATTA-TC-----AAAGCTGATATTAAATGGG---A---AT--G--AGAAGAT--------G-CA---A-----ACA-----TA------TACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACC--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-C--G--------AATTATACC-TAACAACAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAA--------TATGGGA---ATGTTG------A-A--AC------AA--A-C-A---T------ACGCCTA----T-GTTG-GGAA-----------T---TTCTAGAGC-CTTCTCGACaaatcttgaagaatatcttaatgaaaa
gi|116184 : acaatTGAAGAAAT-GAATTTAT-TGCAACAAA-------TCAGAAACCTT--AAAT-GTCCAAATAAACTTTTATGT---A-A-TAG-ACAA-------C--TAAA-AA--A-TATA----CGAAAGCATAT-----TA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---A---ATT-A--A-AAGAT--------G-CG---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACA--TAC--CTTACCTTTT-A---G--A-T-----CACTT----ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATAGAG-TG-C--A--------AATTATACC-TAACAATAA--AT-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---TAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-atatcttgaagtacatctaaatgaaaa
gi|116185 : acaataaTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGCG-AAAA-GTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CAGT--TAAAGTAT-A-TT-G----TG-----AAAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGGAACA---A---G--A-AATA---------G-CA---A-----ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-GGAG-TG---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACtgaatcttgaa
gi|116186 : acaataatacacaaaataacTTAA-TGGAACAAA-------TT-GTAAATGC--AAAAAGTTCAAATAAACATTTATAT---A-A-TA-----AA---CAGT--TAAA-GT--A-TA-T----TG-----AAAG-----CG-ACCTA-----ACTATT---AAATCGCATATTAAATGGG---A---ACAAG--A-AATAG----------CAA--------ATC-----TA------AATT-GGAA--AA---G-TATACAT-AAT--C-TACCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGAGC--ATTC-CAATACA--AATACATAA-TG-A--G--------AATCTTACC-TAATAATGA--AT-TT-CTGTAC--AAA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAATACAAGTTTATGCGA---TTTTTGCA--ATA-G--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTT-GGAT-TA---TCACAT---TTCGAGGGT-TTTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116187 : acaataatacacaaaataac-TACCTTTTA---------------TAT-CTGAAATAAATACAAAGATACGCGC--CTTT-CAATACA--AATATTTAA-TG-C--G--------AATTATTCC-TAATAACGA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGAAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTTA---TTCTTGTGTCAT--G--AC-TGTAGAA--A-C-T---AA-CAG-ACATCTA----T-TTTT-GGAA-TG---TCAATA---TTCTAGAGA-ATTTTGGACagaacttgaaatgtatctgaatgaaaa
gi|116188 : ataatgatacacaaatgaatatactgcaacaaattcgtaagctgaagaatacaacatacaattaaaacatactcaaatagttatgtagtaaaactacatattaaatggcacaaATAATAG-AAACTGAAAAAAC-ACCATTAT-AACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCAGT--TAAT-TA--A-TA-A----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAT-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCACTG---TGTAAGAGC-TTTTTGGACaaatattgaagtatatcttaatg
gi|116189 : ATAATAG-AAACTGAATAAAC-ACCTTTAT-TACAATAGG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCAGT--TAAC-TA--A-TA-A----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCACATTTAAAATGGA---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACT-GGAA--AA---C-CATTCA------------------A---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-CG-A--G--------AACTTTACC-TACTTACAA--GT-TT-TTATCT--AAA-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATATGC---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--GCATTTA----A-GTTG-GGAA-TG---TGATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116190 : AAATAACATTTTGTATTCGA-A-----GCAAAT-TCAAAAAGAAG-GG--A-TA-A----GT-----ATA-------G-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGAAAAAATGGG---A---A---G--C-TATAT--------T-CTCC-G-----AAA-----TA------AATT-GGAAGAAA---A-CGTATAA-TATAGC-AA-----TAA---A--TTG-----CAC-A----ATTGATACACAGTTAAG-GT--ATTTTCAGTATA--AATATTTAA-TG-A--A--------AATTCTACC-TTCAAACCG---T-TT-CT-TATTAAAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-AAATTCTAGTTTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCACGAGGAA--A-C-AAT-TA-TT---CATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TC
gi|116191 : ataataatccacaatatctcataaatacaattaatgacaataaaacaaaTGAATAAAC-ACCTTCATCTACACCAAG-------TGAGGAAATGC--AACT-CTCCAAATAGAATTTTGTAT---A-A-CAT-GCAAAT-TCAGT--TAAT-TT--A-TA-T----TG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAATCGCATCTTAAATGGG---A---A---G--A-AATTT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------AACT-GGAA--AA---C-CATTCAA-TAT--C-TACCTTTTAA---A--T-C-----TAC-C----ATAAACTCAAAGCTAAGATC--ATTT-CTAAACA--AATACATTG-TG-A--G--------AATTTTACT-TACTAACCA--GT-TC-TTATCA--AAA-----TCTGG---AAT-A-G-T-TAATTCAATTACATGTGA---ATTTTGTG--ATA-G--CCATTCG-----------------A--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TATTTT---TGTAGGAAC-CTTTTGGACcagtaagtcgaaacttctggaatagaatcgaaaatctt
gi|116192 : ataattC-G-----ATC-----TA------AATT-GGAAG-AA---TATATACAC-TG---C-T-CCTTTTAA---A--T-C-----TAC-A----ATAGATGTAAAAATAAGAAA--TTTT-CAATACA--AATACACCA-TG-C--G--------AATAATACC-AACAAATAA--AT-CA-TTAACG--AAA-----TACAA---ATT-T-G-T-CGCTTCGAATCTCGGTGA---TTTTTGCA--ATGCG--A-ATGTTGAA--A-C-AC--TA-AA--TCATTTA----T-TCTG-GGAG-TG----CATTCACATACAA-AG--TTTTTGGA
gi|116193 : ataaaacaaaacgaaaatgtattaggaaaaaatcctatcttcagaaaaaaaactttatctgtgggtaccttataactaaagaaataaaatacaaaacaatacaatacagcaagaataatgggagattttatttggtaaaacAAAAAAC-ACCTTTAT-TACACCAAT-------TGAGAAAATAC--AATT-CTCCAAATAAAATGTTATAT---A-A-CAT-GCAAAT-TAAAT--TAGT-AA--A-TA-T----TG-----ACAA-----TA-A---A-----A-TA-----AAGCCTCAGTTTCAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------CACC-GGAA--AA---T-CATTTAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGA------TC-------------ACATTA-TC-A--G--------AATTTTACC-CACTAACCA--GT-TT-TTATAT--AAAATTGTTGTAA----AT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-TAA---TA-AA--ACA-TTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCGTTT---TGTAAGAAC-CTTTTGGACatgagcttaagacatatttaaatagcttaat
gi|116194 : aattaaaaG-AAA--AAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGCAATGT--TATT-CTCCAAATAGAATGTTATTT---A-A-TAT-GCAAAT-TCATT--TAAT-TA--A-TA-A----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTAAAATGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CAAC-A-----ACC-----TT------GACT-TGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TGCCTTTTAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAGTACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACT----A--AT-TT-TTATAT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTA---TGTAAGAGC-CTTTTGGAC
gi|116195 : tAAAAAAC-ACCTTTAT-TACATCAAG-------TGAGGAAATGT--AATT-CTCCAAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GTAAAT-TCAGG--AAAT-TA--T-TA-A----TG-----ATAA-----TG-T---A-----A-TA-----AAAC------------GGG---A---A---A--G-AATAT--------T-TAAC-A-----AGC-----TT------AACC-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGACC--ATTT-CAATACA--AATATATTA-TG-A--G--------AATTGTACC-TACTAAC----AT-GT-C-ATCT--AAA------GAAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTCTTG--AGA-G--ATATCCGGAA--A-CTT---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAGC-CTTTTGGA
gi|116196 : tgaaAACAAAC-AAAACTAG-TACAACAAA-------TTA--AGACTTCAAACA-GTCCAAACAAATATTTATAT---A-A-TA-----AA---CAGT--TAAA-TT--G-TA-T----CG-----AAAACACG-TT-A---GTC---A-TC-----AAGCCGCATATTAAATGGGAGCA---A---G--A-AATA------------AAT-A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AA---C-TGTACAT-ACT--A-TACCTATCAA---A--T-C-----TTT-A----ATAAATACAAAATTAAGGGC--GTTT-CAATATA--AATACTTGC-TG-A--G--------AATAATCCC-AAACAACAA--AT-TT-CTGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-A-TAACACAAGCTTGTGTGA---TTTTTGCA--ACA-T--GCATGAAGAA--T-C-A---AATAA--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCATAT---TTCGAGAAG-TTTTTGGAC
gi|116197 : ACAAAT-ACATTT-T-TGCAACAAA-------TCTGAAACCAT--AAAA-GTCCAAATAAACTTTTATAT---ATA-TA--ACAGA---CAAC--TAAG-AA--A-CA-TA---CG-----AAAACATATTA-T---A-----A-TC-----AAACCTCATATTAAATGGG---AATTA---G--A-AG-AT--------G-CA---A-----ACA-----TA------AACT-GGAA--AG---T-TGTACAC-ACT--T-TACCTTTTAG---ATCA-C-----TA-------ATAGATACAAAATTACGCGC--TTTC-CAATACA--AATATATAA-TG-T--G--------AATTATACCTTAC-AACAA--AT-TT-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATGTGA---ATTTTGTG--CTA-T--GCATGTTGAG--A-C-A---AA-CAT-ACACCTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCAATT---TTCTAGAGC-CTTCTGGACagaaattcaaatgtttttaaatgaaaa
gi|116198 : AAC-ACCTTTAT-TATACCAAT-------TGACAAAA-GT--AATT-TTCCAAATAAAGTGTTATAT---A-A-TTT-GCAAAT-T-------AAT-TA--A-CA-C----TG-----ACTA-----TA-A---A-----A-TA-----AAACCCCATCTTCATTTGA---A---A---A--G-AATAT--------T-TAGC-A-----ACC-----TT------AACT-AGAA--AA---T-CGTACA--------------TTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATGAACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--T--------AGTATTACC-TACTACCAA--TT-TT-AGATAT--AAT-----CGTAA---AAT-A-A-T-TATTTCAAGTCTATGTGA---TTTTTATG--GTA-G--ACATACGGAA--A-CTA---TA-AA--ACCTTTG----T-TTTG-GGAA-TT---TAATTT---TGTAAGAGC-TTTTTGatatcttgaagtatatcttaatga
gi|116199 : aaatGATACAAAGCT--GCGCCAATTC-CAATACA--AATATATTA-TG-C--G--------GATTATACC-TATAAATAATTAC-CT-CT-TA---AAA-----TGCAA---CTT-A-G-C-ACAGTCAAATGTGTATGA---TTTGTCCA--ATA-GTAATAT-CGAAA--A-G-A---TA-AA--TC--TTA----TGTTTG-GGAA-TG---TCA
gi|116200 : aaataaattacttaaataaaaataaacaaacaattttttacatgattttcaactaaagaaagataaaaaagattagccaaaccagaaaaaattggaacagtttttcaataatccccagttagattggaaatttaattaactcaactagtTAT-TACAA-AAACTAATTTTAAGCAAAC----AAA-----CAAATCAATTTTTATAT---A-GGTAT--CAAAT----GA--CAAA-TA--A----A----CA-----AAAAAAC--TA-A---A-----G-TT-----AAATCTGAAATAAAATGGG---A-------GTCA-GACTT--------T-CAAC-ATATTCAGT-----TG------GACT-GGAAGAAA---A-TATACAC-TAT--T---CCAATCAA---A--T-C-----TAC-A----ATTGATCAAAAATTAAGAAA--CTTC-CAATACA--AATACTTGA-TG-C--G--------CATAATCCC-AACAAATAA--GT-CA-TTG-ATG-AAA-----TTTAA---AAT-A-G-T-AAATTCAAACTTGTGTGA---ATTTTGTA--ATG-G--TTATATAGAA--A-C-AACTTA-T----CATTTG----T-TCTG-GGAA-TGCTTTCA-TG---TGCA--AAC-ATTCTGGACa
gi|116201 : taaaccTTTTT-TACACCAAG-------TGAGATAATGC--AATT-CTCCGACTAAAATGTTATAT---G-A-CAT-GCAAAT-TAAAT--TAAT-TG--A-TA-T----TG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCAGCTCCAGTGGG---A---A---G--A-AATAT--------T-CATC-A-----ACA-----TC------AACT-GGAA--AA---C-TATTGAT-TGT--C-TACCTTTCAA---A--A-G-----TAC-A----ATAGATACAAAACTAAGATC--ATCT-CAATACA--AACACATTA-TG-A--G--------AATTTTATC-TACTATCCA--GT-TT-TTATCT--TAT-----TGTAA---ATT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTG--AAA-G--ACATCCGGAA--A-CTA---TG-AA--ACATTTG----T-TTTA-GGAA-TG---TCATTT---TGTAAGAAC-TTTTTGGACtgagctaaggacatatttaaacgatataaactttaatataaa
gi|116202 : TCAAATTAG---A---A---A--A-AAAATAGGAACTGT-CAAT-T-----ACC-----TCCAGTTAGATT-GGAA--AT---C-CTTTTATACGT----TGCCTTTTCATTCA--A---------C-C----ATTGATACAAAACTACGTGA--ATTC-CAATATA--AGTACATTA-TG-C--GTATTATGCAAGTGTACC-TATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-CACAAT-CAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AA--CCATATG----T-TTTG-GGAA-TG---TCtttttttaaaacata
gi|116203 : tcaaaaagcaaaacacttttttatatgattatcgatttaagaaagaggaaaaagtattagTCCTAATAGAATGTTATAT---A-A-TAT-GCAAAT-TCAGT--TAAT-TA--A-TA-A----CG-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATCTCAAATGGG---A---A---A--C-AATAT--------T-TAAC-A-----ACC-----TT------GACA-GGAA--AA---C-CATTCAC-TGT--C-TACTTTTCAA---A--A-G-----TAC-C----ATAGACACAAAACTAAGATC--ATTT-CAATACA--AATACATTA-TG-A--G--------AATTTTACC-TACTAACAG--GT-TT-TTGTCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---ATTTTGTG--AGA-G--ATATCCAGAA--ATT-T---TA-GA--ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---GCACTA---TTTAAGAAC-CTTTTGGACcaaatactcaacagttttggtcacaaatc
gi|116204 : TCCAAATAGAATGTTATAT---A-G-TATTGCAAAT-TCAGA--CAAC-TA--A-TA-T----TA-----ATAA-----TG-A---A-----A-TA-----AAACCTCATATTCAATGGG---A---A---G--A-AACAT--------T--AAC-A-----ACC-----TT------AAAC-GGGA--AA---C-TATTCAC-TGT--C-TATCTCTTAA---A--A-A-----TAG-C----ATAGACACAAAACCAAGTTC--ATTT-CAAAACA--AATATTCTC-TG-A--G--------AATTTTACC-TACAAACAC--AT-TTTCTAT-T--AAT-----TGTAA---AAC-A-G-T-TCATTTAGGTAAATGTGA---TTTTTGTG--ATA-G--ACATCCGAAA--A-CTA---TA-GA--ACATTTG----T-TTTG-ATAG-TG---TCATCT---TGTAGGAAC-CTTTTAGAC
gi|116205 : CCAAATAAAATTATATAT---G-A-GAC-ATATATATC-GA---AAA-CA--ACTA-C----CA-----ATAT-----TACA---A-----A-TA-----AAGC-TCA-ACAAAAATGG---A---A---T--A-ACTCC--------TATGAA-A-----ATC-----TG------AACT-GGAA--AAAAAT-CTTTT---TAT--C--ACCGATTAC---A--T-G-----TAC-T----ATTTATTCGAGATTGAGGTT--ATTT-CAATATA--AATAT-TTA-T--ATTG--------AATTATACC-CACAAATAA--AT-TC-TTACAC--AAA-----TGCCA---TTT-C-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ATA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTA----T-TTTG-GGAC-TG---Tggaaatcaatattttaa
gi|116206 : -----AAACCAGATAAAAAATGGG---A---A---C--T-GTTTT--------T-CAAT-A-----ACCACCAGTT------AATTTGGAA--AT---C-CTTTTATACG---C-TGCCTTTTAACTCA--A---------C-T----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTC-AAATACA--AGTATAGTA-TG-A--G--------GATTATACC-GATAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAAACTTAT-ACG-G-TA----AAATCTGTATGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-C-A---gctcatgtacaacatttctggaca
gi|116207 : caattaaagaaagaggaaaaagtattagtc-----AAACCTCATG--AAAAGGG---A---AACAG--A-AATA------------GAT-A-----ACA-----TA------AAAT-GAAA--AT---A-AGTACA---------TACAATTCCA---A--T-GCACTCTAC-G----ATTGATACAAAACTTCGGAC--TTTT-CAATATA--AAAAGTTTAATG-A--G--------AACATTGCC-AAATAACAA--AT-TT-GTACAA--AAA-----TGTAA---TAT-A-A-C-TAGTTCAAGCATGTGCGG---GTGTTGTA--AAA-T--GCATG
gi|116208 : ttCTTTTAACTCA--A---------C-C----ATTGATACTAAACTGCGCGA--ATTC-TAATTCA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-G-T-AAAGTCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAAAA--A-C-A----A-TA----ATCTACAT-T-TTTGAGGAA-TG---TCAtaaatcgaataaac
gi|116209 : catatgttgtCCCTTTCA---A--T-G-----TTT-A----ATGAATACAAAATTAAGAGC--ATTG-CAATTCA--GATACATGC-TT-A--G--------AATATTACA-TAATAATAC--AT-TT-CTGTAT--AGA-----TGTAA---TAT-T-T-A-TAAAACAAGTTTATGTGA---TATTTGCA--ATA-T--GCATGTCGAA--A-C-A---AACAA--ACATTTA----T-TTTG-TGAG-TA---TCATAT---TTCGACTGT-GTTTTGGACa
gi|116210 : ttAC-C----ATTGATACAAAACTTTGCGA--ATTA-CAGTACA--TGTATATTA-TG-C--G--------TATTATACC-TACAAACAA--AA-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACT-T-GTA-CAA-GCAAATCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-T--TTATATAGAA--A-C-AG--TA-AACCATATTTA-------TTG-GGAA-TG---TCagaacttgaagtata
gi|116211 : ctcttaattca----ATAGAAACTAAGCAAAGATC--CTTC-CAATATA--AATACATAC-TG-A--G--------AATTATCCT-TACCAACCA--AT-TT-CGCTAT--GAA-----TGCCA---GATAA-A-A-AAACTCAAGTCTATCTGA---TTTTTGCcaaatactcaaccgttttggtcagaactcaaaattttttatatcaaa
gi|116212 : a--ATTA-CAATACA--AGTATATTA-TG-C--G--------GATTGTACC-TACAAACAA--AT-AT-CTTTAC--AAA-----TGCAA---ACG-T-G-T-CCAGTCAAACCTGTGTGA---TTTTTGCA--ATA-G--TTATATAGAA--A-CAA---TA-AATTATATTTA------TTTG-GGAA-TG---TTAattatgcacgtt
gi|116213 : tgcgcgaTTT-CAGTATA--AGTAT-TTA-TACA--G--------AATTATACC-CACAAATAA--GT-TC-TTCCAT--AAA-----TGCCA---TTT-A-G-T-AAATTCAAGTTTATGTCA---ATTCTGCA--ACA-T--GCATGTAGAA--A-C-AG--TA-CA--ACATTTG----T-TTGG-GGAC-TG---Ta
gi|116214 : -CAATACACCAA---ATGA-CG-A--G--------AATT-TACC-TA---ATTA--ATCTT-TTATCT--AAA-----TGTAA---AAT-A-G-T-TAATTCAAGTCTATGTGA---TTTTTGTA--ATA-G--ACCTTCGGAA--ATC-A---TA-GA--ACATTTGTTGTT-TTTG-GGGATTG---TCATTT---TGTTAGATCTTTTTTGGAC
gi|116215 : A-TG-C--A--------AATTGTACC-TAACAACAG--AA-TC-CTGTAT--AAA-----TGCAA---CAT-A-T-G-TAATACAAGTTTATAAGA---TATTTGTGCCATG-G--ATATtgaagtcataatat
gi|116216 : TGTTT--AAA-----TGTAA---TAT-T-A-G-TAACACAAGTTTGTGTGA---TTTTTGTA--ATA-T--GCATAAAGAATTA-A-A---TA--A--ACACTTG----T-TTTG-GGAA-TG---TCACAT---TTCGAGAAG-TATTTGGACt
gi|116217 : TTTTGCC--AT--G--A-ATGTTGAA--A-C-A---AA-TAT-ACATTTA----T-TTTG-GGAA-TG---TCGTTG---TTATAGAAC-CTTTTGAACagagattcaaatatttttaaataaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|116218 ): ACATCTTTTTTGGGAATGTCAATTTAATGCTTTGGGCCCTTTTTGACAAATCTTGAAGTTTATCTTAATGAAAA