lowQualScore                  :                                                    1                                               11111111111           1111111111111111                                             111111111111111                 
lowQualScore                  :            1 7  6      111 1  11  88888888888888   6   4 11    1  222222 222222 555555  2222  22   99999999999   33  1   5555555555555555  3   99999 2 666     1 3              1 11  777777777777777                 
lowQualScore                  :            . .  .      ... .  ..  ..............   .   . ..    .  ...... ...... ......  ....  ..   ...........   ..  .   ................  .   ..... . ...     . .              . ..  ...............                 
lowQualScore                  :            2 7  6      999 1  55  66666666666666   1   6 44    4  999999 999999 888888  2222  44   66666666666   66  1   9999999999999999  3   11111 2 222     1 4              3 88  999999999999999                 
consensus                     :   ATTCAAAGT-TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATC--ATTGCAC------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCG--GG-TAA------TT---A--CNGT-TTCTN---A-TG--CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
Reference ( gi|77069 )        :   ATTCAAAGT-TGGTCGATAAT---T-GG--GC--------------AAGGTCACC--ATTGCAC------G------G------TA----TA--GGT--G---AC---GCG--GG-TAA------TA---A--CGGT-TTCTG---A-TA--CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77070                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATC--ATTGCAC------A------A------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--GG-TAG------TT---A--CTAT-TTCTT---G-TG--CAACC-T-ATTCATAATTGAGT-A--CATAT-------A----CACCTGTCTAACCTGTA
gi|77068                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGATAAT---T-TG--GC--------------ATGTTCATC--ATTGCGT------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GTG--TG-TAA------AT---A--CTGT-TTCTT---G-TG--CAACC-A-ATTCATAGTTGAGT-A--CCTTT-------A----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77073                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATT--ATTGCAT------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--TG-TAAT-----TATATA--CTGT-TTCTT---G-TA--CGACC-A-GTTCATAGTTGAGT-A--CTTAT-------GGTACTACCTGTCTTAACGGTAt
gi|77079                      :   ATTCAAAGT-TAGTCGATGAT---T-GATAAT--------------AAGTTCGTC--ATTGTAC------G------G------TA----AC--GGT--A---AA---ATG--G----------------A--CTGT-TTCTT---A-TGG-TAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77075                      :   ATCCAAAGTCTTAT-AATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCACC--ATTG-AC------C------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--GG-TAA------TT---A--TCGT-TTCGC---A-TG--CAAAC-A-ATTGACAATTGAGT-A--CCTAT-------A----T--CTGTCTTACCTGTAt
gi|77071                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------A-GGTT--C--ATTTTAG------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCT--GG-TAA------TT---G--CTGT-TTATG---A-TG--CAACC-A-ATTCACACCTGTAT-A--CCTA--------A----TACCTGTTTTACCTGTAt
gi|77083                      :   ATTCAAAAT-TACTTGATTAT---T-GT----------------------TTGTC--ATTGCAC------A------G------TA----TA--GAA--A---AA---GCG--GG-TAA------TT---A--CTGT-TTCTG---G-TG--CAACC-A-ATTCATGATTGAGT-A--CATAT-------T----TACTTGTCTTACCTGTAt
gi|77074                      :   ATTTAAAGT-TAATTGATAAT---T-GG--AC--------------AAGTTAACC--AGTGTAC------G------G------TA----TA--GCT--T---AA---ATG--TG-TAA------TT---A--CCGT-TTCGA---A-TG--AAAGT-A-ATTCATAATTAAGT-A--CC--T-------G----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77072                      :   ATTCAAAGT-TAGGTGATCAT---T-GG--GT--------------CAATTCGTC--ATTGCAT------G------G------TA----TA--GGT--A---AT---GCA--GG-TAG------TT---A--CTGT-TTAGA---A-TG--CAAGC-C-ATTCATAATTGTGT-A--CC--T-------A----TACCTGTTTTACTTGTAt
gi|77084                      :   ATTCAAAGT-TGGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAATTCACC--TTTGCAC------A------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCG--GG-TAA------TT---G--C-TT-TTTTGTGAA-TG--CTACC-A-A-TCATAATCAAGT-A--CCTATGTCCAAGA----TATCTGTt
gi|77076                      :   ATTCAAAGT-TTGTTGATAAT---T-GA--AC--------------AACTTAATC--ATGGAAC------A------G------TT----TA--GGT--A---AA---GTG--AG-CAA------TT---A--CGGA-TTCAA---A-TG--CAAAC-A-ATTCACAATTGAGT-A--CC--T-------A----CACCTGTCTTACCTGat
gi|77086                      :   ATTCAAAGT-AAGTTGATATT---T-GG--GC--------------AAGTTCATC--ATTGTAT------G------G------TA----TA--TGTT-G---A----GTG--TG-TAG------TA---A--CCGT-TTCAA---A-TG--CAAAC-A-CCTCACTATTGAGT-A--CATAC-------A----CACCTGTCTTACGTGCA
gi|77078                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGATACT---T-GG--GC--------------AAGTTCATC--ATTGCATGTAATAG------G------TA----CA--GGT--A---AA---GCG--AG-TAA------CT---A--CAGA-GTGTT---A-TG--CAACC-A-ATTCATAATTGA------------------A----CATCGGTCTTACCTGTAt
gi|77077                      :   ATTCAAAGT-GTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTTATC--ATTGAAC------A------G------TA----TA--GGT--A---AA---GTG--GGTTAA------T----A--CATTATTTTG---A-TA--TGTTC-ACGTCTGTGATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTTTTACCTGT
gi|77088                      :   ATTCATTGT-TAGTAGATAAA---T-AG--GTTATA----------AAGTTCATC--ATTACAC------G------G------TA----AA--TGT--A---CC---GCG--GA-TAA------TT---A--TTGT-TTCGA---A-TG--CAAAC-A-AATCATAATTGAGT-A--C--AT-------A----TGTCTGTCTTACCTGTA
gi|77085                      :   ATCCAAAGT-TTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTGATC--ATTGAAC------A------GTT----TG----TACTGGT--A---AA---GCA--GG-TAA------TA---A--CCGT-TTCAA---A-TG--GAAAC---ATTC-----TGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77080                      :   ATTCAAAGT-AAGTTGATAGT---T-GG--AC--------------AGGTTCATC--ATTACGC------T------G------TT----TA--GAC--A---AA---GCG--GG-TAG------TT---A--CAAT-TTCTT---C-AG--CAACC-A-ATTCACACTTGAAT-A--CC--T-------A----TACCTATCTTAt
gi|77092                      :   ATTAAAAAT-TCATTGATA-T---T-TG--GC--------------AAG---------TTGAAC------A------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--GA-TAA------TT---A--CATTATTCTA---A-TA--TATTC-ATGTCCATGATTGAGT-A--CCTAT-------A------CCTGTCTTACCTGTA
gi|77090                      :   ATTCAAAGA-TAACTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTCATC--ATTGCAC------G------G------TA----TA--GG---A---AA---GCA--TG-AAG------TT---A--CCAT-TTTGA---A-TA--CAACT-A-CTTCATAATTGAGA-A--CCCAT-------A----
gi|77082                      :   ATTCAAATT-TTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATC--ATT----------G------G------TA----TG--GGT--A---AA---GCA--GG-TAA-------A-----------TTCTG---A-TA--CGATC-GCGTCTGTGA-CAAAT-A--CCTAT------------T-CCTGTCTTACCTGTAc
gi|77081                      :   ATTCAGGGT-TTGTTGATAAT---T-TG--GC--------------AAGTTCATC--ATTGCAT------G------A------AA----TA--GGT--AT--AA---ATA--GG-TAAAGTGGCTA---ACTCAGT-TTGTT---A-TG--CAACG-A-AT--ACAGTTTAG----------------------TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77087                      :   ATTCAAAGT-TAGTTGGTATT---T-GG--CC--------------AAG----------TG-----------------------TA----TA--GGG--A---GA---GTA--GG-TCA------TT---A--CAGT-TTCTT---A-TG--CAACC-G-GTTCATACCTCAGT-ATACCTAC-------A------CCTGTCTTACCTGTAt
gi|77093                      :   ATTCAAAGT-TAATAAATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCACC--ATTGCAC------G------G------TA----TA--GGt
gi|77089                      :   ATTCAAATT-TAGTTGTGAAT---T-GA--GA--------------AAGTCCATC--ATTGCAC------G------G------TA----TC--GGCTAA---AT---GGG--GG-TAA------GT---A--TTGT-TTCTT---G-TG--CAACC-A-ATTTATAaggtatagttaaagcgggt
gi|77094                      :   ATTCAAAGT-AAATTGATAATCATT-GG--GCTATATGAAATATATAAGTTCATC--AATGAAC------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--GG-TGA------TA---A--TAG----------------CAACC-A----------------A--CCTA--------A----AACCTGTTTTACCTGTA
gi|77096                      :   ATTCAAAG----ATTGATAAT---T-TG--AC--------------AAGTTAATC--ATTACCC------G------G------TAAATGTAT-GAT--A---AA---GCT--GA-AAA------TT---A--ATGT-TTCTT---A-TG--AAACC-A-ATACATAATt
gi|77091                      :   ATTCAACAC-TTGTTGATGAT---T-GG--GC--------------AATTTCATC--ATTGAAT------G------GTA----TA----TA--GGC--A---AA---GTG--GG-TAA------
gi|77098                      :    TTTAATGT-TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------AAGTTCATC--ATTGCAC------G------G------GA----TC--AGT--A---AA---GTGT-GA-TAT------TA---G---AGT-TTTTG---A-TG--CAAAC-A-CTTAATAATTAAGT-A--CCCAT-------A----CACTTGTCTTACCTGTAacacattaatctaatg
gi|77097                      :    TTCAAAGT-TAGTTGATAAT---TCGA--GC--------------AAGTTCGTC--ATTGCAC------G------G------TA----TT--GGT--A---AA---GAG--AG-TAA------TT---A----GT-TTCTC---G-TG--CTACCAA-ATTCATAATCGTCT-A--CCT-T------------TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77099                      :    TTTAAAGT-TAGCTGGTAAG---T-GG--GC--------------AACTTCATT--ATTACAC------A------G------AA----TA--GAT--AGAAACAAAGTG--GA-CAA------TT---A--CGGT-TTCTT---A-TG--CAACC-A-ATTTTTATTTGA------------------A----TACCTGTCTTTCCTGTt
gi|77100                      :    TTCAAAGT-TTGTTGATAAT---G-GA--GC--------------AAGTTTATC--ATTGAAA------T------G------TA----TA--GGT--A---AA---GCA--GG-TTA------TT---A--CATTATTTTG---A-T
gi|77101                      :     TCTAAGT-TAATTGATAAT---T-GG--GC--------------AAAATCATA--TTTTCAC------G------G------TA----CA--GGC--A---AA---GCG--GG-TAT------TT---A--CAGT-TTCCT---A-TG--CAACC-A-ACTTATAATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACTTGTA
gi|77095                      :      CAGAGT-TG--C--TAAT---T-AG--TC--------------AAGTTCATC--ATTGCAC------A------G------TA----TA--GGT--A---At
gi|77103                      : attcaaacaGC-TAGTTGAAAAC---T-GA--CC--------------AAG--TACCTTATCACAC------G------G------TA----TA--CGT--A---GC---CTG--AT-TAT------TA---C--CG---TTCTA---AATG--CAAA--A-AGTCATAATTGAGT-A--CCTAA-------A----CA--TGACTTACCTGTA
gi|77102                      :                   ATAAT---T-GG--GA--------------AAGTTCATT--ATTAAAG------G------G------TA----TA--GAT------AT---TTG--G------------A---A--TGG-----------------AAAC-A-ATTCGTAATTGAGA-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCGGTAt
gi|77104                      :        tcagatttcttttAAT---T-GG--GC--------------AAGTTTGTC--ATTGAAC------A------G------TA----TT--GGT--A---AA---GAGC-GT-TAT------TA---A----GT-TTTGA---A-TG--CAATA-A-AAGCATAATTGAGTAA--CC--T-------C----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77105                      :                     AAT---T-GG--AC--------------AAGTTCATC--ATTGTAA------GTAATATG------TA----TA--GGT--T---AA---GTG--GG-TAG------TT---A--CAGT-TT--G---A-TATGCAACC-A-ATTt
gi|77106                      :                                                  AGTTCATC--ATTGCAT------G------AAACAGATA----TA--GGT--A---AA---GCG--GG-TAA------CT---A--CAGT-TTGTT---A-TG--CAACC-A-ATT
gi|77107                      :                                                               GTAT------G------G------TA----TA--GGT--A---AA---GAGAAGA-AAA------TT---A--CCAT-TTA-G---ACTA--CAAAC-C-ATTCATAATTAAGT-A--CC-A--------A----TACCTGTCTTACCTGTAa





Alignments
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lowQualScore                  :        2222  11           111 1  11  88888888888888             0  555555 222222 555555 2222 2222  22  555555555  222222  1 1  22      2222   2  3 11   2222  1 1   0 1 3              1 11  8888888888 2222                 
lowQualScore                  :        ....  ..           ... .  ..  ..............             .  ...... ...... ...... .... ....  ..  .........  ......  . .  ..      ....   .  . ..   ....  . .   . . .              . ..  .......... ....                 
lowQualScore                  :        4444  55           888 1  44  44444444444444             8  888888 999999 666666 1111 1111  44  000000000  999999  0 0  44      2222   5  2 44   8888  1 1   1 1 3              2 77  5555555555 7777                 
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Reference ( family-538 )      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TACNGT-T--TCT---NAT-G-CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77068                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-TG--GC--------------ATGTTCATCATTGCGT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-TG--TGTAAA----TACTGT-T--TCT---TGT-G-CAACC-A-ATTCATAGTTGAGT-A--CCTTT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77069                      : ATTCAAA----GT--TGGTCGATAAT---T-GG--GC--------------AAGGTCACCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG---------TG------AC-G-CG--GGTAAT----AACGGT-T--TCT---GAT-A-CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77070                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCAC------A------A------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTAGT----TACTAT-T--TCT---TGT-G-CAACC-T-ATTCATAATTGAGT-A--CATAT-------A----CACCTGTCTAACCTGTA
gi|77071                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------AGGTTCATT-TT--AG------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CT--GGTAAT----TGCTGT-T--TAT---GAT-G-CAACC-A-ATTCACACCTGTAT-A--CCTA--------A----TACCTGTTTTACCTGTAt
gi|77072                      : ATTCAAA----GT--TAGGTGATCAT---T-GG--GT--------------CAATTCGTCATTGCAT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AT-G-CA--GGTAGT----TACTGT-T--TAG---AAT-G-CAAGC-C-ATTCATAATTGTGT-A--CC--T-------A----TACCTGTTTTACTTGTAt
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gi|77074                      : ATTTAAA----GT--TAATTGATAAT---T-GG--AC--------------AAGTTAACCAGTGTAC------G------G------T----A----TA--GC---------TT------AA-A-TG--TGTAAT----TACCGT-T--TCG---AAT-G-AAAGT-A-ATTCATAATTAAGT-A--CC--T-------G----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77075                      : ATCCAAA----GTCTTA--TAATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCACCATTG-AC------C------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTAAT----TATCGT-T--TCG---CAT-G-CAAAC-A-ATTGACAATTGAGT-A--CCTAT-------A----T--CTGTCTTACCTGTAt
gi|77076                      : ATTCAAA----GT--TTGTTGATAAT---T-GA--AC--------------AACTTAATCATGGAAC------A------G------T----T----TA--GG---------TA------AA-G-TG--AGCAAT----TACGGA-T--TCA---AAT-G-CAAAC-A-ATTCACAATTGAGT-A--CC--T-------A----CACCTGTCTTACCTGt
gi|77077                      : ATTCAAA----GT--GTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTTATCATTGAAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-TG--GGTTAA----TACATTAT--TTT---GAT-A-TGTTC-ACGTCTGTGATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTTTTACCTGT
gi|77078                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATACT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCATGTAATAG------G------T----A----CA--GG---------TA------AA-G-CG--AGTAAC----TACAGA-G--TGT---TAT-G-CAACC-A-ATTCATAATTGA------------------A----CATCGGTCTTACCTGTA
gi|77079                      : ATTCAAA----GT--TAGTCGATGAT---T-GATAAT--------------AAGTTCGTCATTGTAC------G------G------T----A----AC--GG---------TA------AA-A-TG--G----------ACTGT-T--TCT---TAT-GGTAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77080                      : ATTCAAA----GT--AAGTTGATAGT---T-GG--AC--------------AGGTTCATCATTACGC------T------G------T----T----TA--GA---------CA------AA-G-CG--GGTAGT----TACAAT-T--TCT---TCA-G-CAACC-A-ATTCACACTTGAAT-A--CC--T-------A----TACCTATCTTAt
gi|77081                      : ATTCAGG----GT--TTGTTGATAAT---T-TG--GC--------------AAGTTCATCATTGCATGAAATAG------G------TATAAA----TA--GG---------TA------AA-G-TG--GCTAAC----T-CAGT-T--TGT---TAT-G-CAACG-A-AT--ACAGTTTAG----------------------TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77082                      : ATTCAAA----TT--TTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATT----------G------G------T----A----TG--GG---------TA------AA-G-CA--GGTAA------A-----T--TCT---GAT-A-CGATC-GCGTCTGTGA-CAAAT-A--CCTAT------------T-CCTGTCTTACCTGTAt
gi|77083                      : ATTCAAA----AT--TACTTGATTAT---T-G----------------------TTTGTCATTGCAC------A------G------T----A----TA--GA---------AA------AA-G-CG--GGTAAT----TACTGT-T--TCT---GGT-G-CAACC-A-ATTCATGATTGAGT-A--CATAT-------T----TACTTGTCTTACCTGTAt
gi|77084                      : ATTCAAA----GT--TGGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAATTCACCTTTGCAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TGCT-T-T--TTTGTGAAT-G-CTACC-A-A-TCATAATCAAGT-A--CCTATGTCCAAGA----TATCTGTt
gi|77085                      : ATCCAAA----GT--TTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTGATCATTGAAC------A------GTT----T----G----TACTGG---------TA------AA-G-CA--GGTAAT----AACCGT-T--TCA---AAT-G-GAAAC---ATTC-----TGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCTGTAat
gi|77086                      : ATTCAAA----GT--AAGTTGATATT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGTAT------G------G------T----A----TA--TG---------TT------GA-G-TG--TGTAGT----AACCGT-T--TCA---AAT-G-CAAAC-A-CCTCACTATTGAGT-A--CATAC-------A----CACCTGTCTTACGTGCAt
gi|77087                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGGTATT---T-GG--CC--------------AAGT-------------------------G------T----A----TA--GG---------GA------GA-G-TA--GGTCAT----TACAGT-T--TCT---TAT-G-CAACC-G-GTTCATACCTCAGT-ATACCTAC-------A------CCTGTCTTACCTGTAt
gi|77088                      : ATTCATT----GT--TAGTAGATAAA---T-AG--GTTATA----------AAGTTCATCATTACAC------G------G------T----A----AA--TG---------TA------CC-G-CG--GATAAT----TATTGT-T--TCG---AAT-G-CAAAC-A-AATCATAATTGAGT-A--C--AT-------A----TGTCTGTCTTACCTGTAt
gi|77089                      : ATTCAAA----TT--TAGTTGTGAAT---T-GA--GA--------------AAGTCCATCATTGCAC------G------G------T----A----TC--GGC--------TA------AATG-GG--GGTAAG----TATTGT-T--TCT---TGT-G-CAACC-A-ATTTATAt
gi|77090                      : ATTCAAA----GA--TAACTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG----------A------AA-G-CA--TGAAGT----TACCAT-T--TTG---AAT-A-CAACT-A-CTTCATAATTGAGA-A--CCCAT-------A----
gi|77091                      : ATTCAAC----AC--TTGTTGATGAT---T-GG--GC--------------AATTTCATCATTGAAT------G------GTA----T----A----TA--GG---------CA------AA-G-TG--GGTAAA----CACA-T-TAATCT---AAT-G-c
gi|77092                      : ATTAAAA----AT--TCATTGATA-T---T-TG--GC--------------AAGTT-------GAAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GATAAT----TACATTAT--TCT---AAT-A-TATTC-ATGTCCATGATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77093                      : ATTCAAA----GT--TAATAAATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCACCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GGAGGTATAGTTA------AA-G-CG--GGT
gi|77094                      : ATTCAAA----GT--AAATTGATAATCATT-GG--GCTATATGAAATATATAAGTTCATCAATGAAC------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTGA-----------------T---AATAG-CAACC-A----------------A--CCTA--------A----AACCTGTTTTACCTGTA
gi|77095                      : ATTCAAACACAG----AGTTGCTAAT---T-AG--TC--------------AAGTTCATCATTGCAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------At
gi|77096                      : ATTCAAA----G-----ATTGATAAT---T-TG--AC--------------AAGTTAATCATTACCC------G------G------T----AAATGTAT-GA---------TA------AA-G-CT--GAAAAT----TAATGT-T--TCT---TAT-G-AAACC-A-ATACATAAT
gi|77097                      :  TTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---TCGA--GC--------------AAGTTCGTCATTGCAC------G------G------T----A----TT--GG---------TA------AA-G-AG--AGTAAT----TA--GT-T--TCT---CGT-G-CTACCAA-ATTCATAATCGTCT-A--CCT-T------------TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77098                      :  TTTAAT----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------G----A----TC--AG---------TA------AA-G-TGT-GAT-AT----TAGAGT-T--TTT---GAT-G-CAAAC-A-CTTAATAATTAAGT-A--CCCAT-------A----CACTTGTCTTACCTGTAt
gi|77099                      :  TTTAAA----GT--TAGCTGGTAAG---T-GG--GC--------------AACTTCATTATTACAC------A------G------A----A----TA--GA---------TAGAAACAAA-G-TG--GACAAT----TACGGT-T--TCT---TAT-G-CAACC-A-ATTTTTATTTGA------------------A----TACCTGTCTTTCCTGTt
gi|77100                      :  TTCAAA----GT--TTGTTGATAAT---G-GA--GC--------------AAGTTTATCATTGAAA------T------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTTAT----TACATTAT--TTT---GAT-
gi|77101                      :   TCTAA----GT--TAATTGATAAT---T-GG--GC--------------AAAATCATATTTTCAC------G------G------T----A----CA--GG---------CA------AA-G-CG--GGTATT----TACAGT-T--TCC---TAT-G-CAACC-A-ACTTATAATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACTTGTA
gi|77102                      :   TCAGA----TT--TCTTTTATAAT---T-GG--GA--------------AAGTTCATTATTAAAG------G------G------T----A----TA--GA---------TA------------------------------T-T--TGG---AAT-G-GAAAC-A-ATTCGTAATTGAGA-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCGGTAt
gi|77103                      :        ----GC--TAGTTGAAAAC---T-GA--CC--------------AAGTACCTTATCACAC------G------G------T----A----TA--CG---------T--------A-GCCT--GATTAT----TACCGT-T--CTA---AAT-G-CAA-A-A-AGTCATAATTGAGT-A--CCTAA-------A----CA--TGACTTACCTGTAt
gi|77104                      :                        AAT---T-GG--GC--------------AAGTTTGTCATTGAAC------A------G------T----A----TT--GG---------TA------AA-G-AG--CGTTAT----TA-AGT-T--TTG---AAT-G-CAATA-A-AAGCATAATTGAGTAA--CC--T-------C----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77105                      :                        AAT---T-GG--AC--------------AAGTTCATCATTGTAA------GTAATATG------T----A----TA--GG---------TT------AA-G-TG--GGTAGT----TACAGT-T--TGA---TAT-G-CAACC-A-ATTt
gi|77106                      :                                                     AGTTCATCATTGCAT------G------AAACAGAT----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAC----TACAGT-T--TGT---TAT-G-CAACC-A-ATT
gi|77107                      :                                                                GTAT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-AGAAGAAAAT----TACCAT-T--TAG---ACT-A-CAAAC-C-ATTCATAATTAAGT-A--CC-A--------A----TACCTGTCTTACCTGTAa





Alignments
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lowQualScore                  :        2222  11           111 1  11  88888888888888             0  555555 222222 555555 2222 2222  22  555555555  222222  1 1  22      2222   2  3 11   2222  1 1   0 1 3              1 11  8888888888 2222                 
lowQualScore                  :        ....  ..           ... .  ..  ..............             .  ...... ...... ...... .... ....  ..  .........  ......  . .  ..      ....   .  . ..   ....  . .   . . .              . ..  .......... ....                 
lowQualScore                  :        4444  55           888 1  44  44444444444444             8  888888 999999 666666 1111 1111  44  000000000  999999  0 0  44      2222   5  2 44   8888  1 1   1 1 3              2 77  5555555555 7777                 
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Reference ( family-538 )      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TACNGT-T--TCT---NAT-G-CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77068                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-TG--GC--------------ATGTTCATCATTGCGT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-TG--TGTAAA----TACTGT-T--TCT---TGT-G-CAACC-A-ATTCATAGTTGAGT-A--CCTTT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
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gi|77098                      :  TTTAAT----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------G----A----TC--AG---------TA------AA-G-TGT-GAT-AT----TAGAGT-T--TTT---GAT-G-CAAAC-A-CTTAATAATTAAGT-A--CCCAT-------A----CACTTGTCTTACCTGTAt
gi|77099                      :  TTTAAA----GT--TAGCTGGTAAG---T-GG--GC--------------AACTTCATTATTACAC------A------G------A----A----TA--GA---------TAGAAACAAA-G-TG--GACAAT----TACGGT-T--TCT---TAT-G-CAACC-A-ATTTTTATTTGA------------------A----TACCTGTCTTTCCTGTt
gi|77100                      :  TTCAAA----GT--TTGTTGATAAT---G-GA--GC--------------AAGTTTATCATTGAAA------T------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTTAT----TACATTAT--TTT---GAT-
gi|77101                      :   TCTAA----GT--TAATTGATAAT---T-GG--GC--------------AAAATCATATTTTCAC------G------G------T----A----CA--GG---------CA------AA-G-CG--GGTATT----TACAGT-T--TCC---TAT-G-CAACC-A-ACTTATAATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACTTGTA
gi|77102                      :   TCAGA----TT--TCTTTTATAAT---T-GG--GA--------------AAGTTCATTATTAAAG------G------G------T----A----TA--GA---------TA------------------------------T-T--TGG---AAT-G-GAAAC-A-ATTCGTAATTGAGA-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCGGTAt
gi|77103                      :        ----GC--TAGTTGAAAAC---T-GA--CC--------------AAGTACCTTATCACAC------G------G------T----A----TA--CG---------T--------A-GCCT--GATTAT----TACCGT-T--CTA---AAT-G-CAA-A-A-AGTCATAATTGAGT-A--CCTAA-------A----CA--TGACTTACCTGTAt
gi|77104                      :                        AAT---T-GG--GC--------------AAGTTTGTCATTGAAC------A------G------T----A----TT--GG---------TA------AA-G-AG--CGTTAT----TA-AGT-T--TTG---AAT-G-CAATA-A-AAGCATAATTGAGTAA--CC--T-------C----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77105                      :                        AAT---T-GG--AC--------------AAGTTCATCATTGTAA------GTAATATG------T----A----TA--GG---------TT------AA-G-TG--GGTAGT----TACAGT-T--TGA---TAT-G-CAACC-A-ATTt
gi|77106                      :                                                     AGTTCATCATTGCAT------G------AAACAGAT----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAC----TACAGT-T--TGT---TAT-G-CAACC-A-ATT
gi|77107                      :                                                                GTAT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-AGAAGAAAAT----TACCAT-T--TAG---ACT-A-CAAAC-C-ATTCATAATTAAGT-A--CC-A--------A----TACCTGTCTTACCTGTAa


blockSeqs                     :        CACA  CT           CAT C  TA  TATATGAAATATAT                GTAATA TAATAT AACAGA ATAA AATG  CT  AGGTATAGT  GAAACA  T C  AA      TATA   G  A AA   GTGA  A G     A C              A TA  TATGTCCAAG GTAC
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   TATA                          GAAATA .      TT     .    .     T   C          .       . .  T       .      T  A .    G     . .     . C              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      TA     .    .     .   .          .       . .  .       .      T  A .    T     . .     . T              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    G     . .     . .              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    A     . .     . .              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    T     . .     . .              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    A     . .     . .              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      G  . .    C     . .     . .              . .   TAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .              . .   TAC        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    G     . .     . .              . .   TAC        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    T     . .     . .              . .   CAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    T     . .     . .              . .   CAT        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    T     . .     . .              . .   TAA        .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    T     . .     . .              . .   TA         .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    G     . .     . .              . .   AT         .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    G     . .     . .              . .   TA         .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    A     . .     . .              . .   TT         .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    T     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    T     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      T  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      G  . .    T     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    C     . .     . .              . .   T          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    G     . .     . .              . .   A          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    T     . .     . .              . .   .          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    G     . .     . .              . .   .          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    T     . .     . .              . .   .          .   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      A  . .    A     . .     . .                                   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      C  . .    A     . .     . .                                   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      .  . .    A     . .     . .                                   
blockSeqs                     :        .     .            .   .  .   .                             .      .      .      .    .     .   .          .       . .  .       .      .  . .    T     . .     . .                                   
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originalCons                  : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TACNGT-T--TCT---NAT-G-CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :        4444  55           888 1  44  44444444444444             8  888888 999999 666666 1111 1111  44  000000000  999999  0 0  44      2222   5  2 44   8888  1 1   1 1 3              2 77  5555555555 7777                 
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Reference ( family-538 )      : ATTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TACNGT-T--TCT---NAT-G-CAACC-A-ATTCATAATTGAGT-A--CCTAT-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
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gi|77084                      : ATTCAAA----GT--TGGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AAATTCACCTTTGCAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAT----TGCT-T-T--TTTGTGAAT-G-CTACC-A-A-TCATAATCAAGT-A--CCTATGTCCAAGA----TATCTGTt
gi|77085                      : ATCCAAA----GT--TTGTTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTGATCATTGAAC------A------GTT----T----G----TACTGG---------TA------AA-G-CA--GGTAAT----AACCGT-T--TCA---AAT-G-GAAAC---ATTC-----TGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCTGTAat
gi|77086                      : ATTCAAA----GT--AAGTTGATATT---T-GG--GC--------------AAGTTCATCATTGTAT------G------G------T----A----TA--TG---------TT------GA-G-TG--TGTAGT----AACCGT-T--TCA---AAT-G-CAAAC-A-CCTCACTATTGAGT-A--CATAC-------A----CACCTGTCTTACGTGCAt
gi|77087                      : ATTCAAA----GT--TAGTTGGTATT---T-GG--CC--------------AAGT-------------------------G------T----A----TA--GG---------GA------GA-G-TA--GGTCAT----TACAGT-T--TCT---TAT-G-CAACC-G-GTTCATACCTCAGT-ATACCTAC-------A------CCTGTCTTACCTGTAt
gi|77088                      : ATTCATT----GT--TAGTAGATAAA---T-AG--GTTATA----------AAGTTCATCATTACAC------G------G------T----A----AA--TG---------TA------CC-G-CG--GATAAT----TATTGT-T--TCG---AAT-G-CAAAC-A-AATCATAATTGAGT-A--C--AT-------A----TGTCTGTCTTACCTGTAt
gi|77089                      : ATTCAAA----TT--TAGTTGTGAAT---T-GA--GA--------------AAGTCCATCATTGCAC------G------G------T----A----TC--GGC--------TA------AATG-GG--GGTAAG----TATTGT-T--TCT---TGT-G-CAACC-A-ATTTATAt
gi|77090                      : ATTCAAA----GA--TAACTGATAAT---T-GG--GC--------------AACTTCATCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GG----------A------AA-G-CA--TGAAGT----TACCAT-T--TTG---AAT-A-CAACT-A-CTTCATAATTGAGA-A--CCCAT-------A----
gi|77091                      : ATTCAAC----AC--TTGTTGATGAT---T-GG--GC--------------AATTTCATCATTGAAT------G------GTA----T----A----TA--GG---------CA------AA-G-TG--GGTAAA----CACA-T-TAATCT---AAT-G-c
gi|77092                      : ATTAAAA----AT--TCATTGATA-T---T-TG--GC--------------AAGTT-------GAAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GATAAT----TACATTAT--TCT---AAT-A-TATTC-ATGTCCATGATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77093                      : ATTCAAA----GT--TAATAAATAAT---T-GG--GC--------------AAGTTCACCATTGCAC------G------G------T----A----TA--GGAGGTATAGTTA------AA-G-CG--GGT
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gi|77095                      : ATTCAAACACAG----AGTTGCTAAT---T-AG--TC--------------AAGTTCATCATTGCAC------A------G------T----A----TA--GG---------TA------At
gi|77096                      : ATTCAAA----G-----ATTGATAAT---T-TG--AC--------------AAGTTAATCATTACCC------G------G------T----AAATGTAT-GA---------TA------AA-G-CT--GAAAAT----TAATGT-T--TCT---TAT-G-AAACC-A-ATACATAAT
gi|77097                      :  TTCAAA----GT--TAGTTGATAAT---TCGA--GC--------------AAGTTCGTCATTGCAC------G------G------T----A----TT--GG---------TA------AA-G-AG--AGTAAT----TA--GT-T--TCT---CGT-G-CTACCAA-ATTCATAATCGTCT-A--CCT-T------------TACCTGTCTTACCTGTA
gi|77098                      :  TTTAAT----GT--TAGTTGATAAT---T-GG--GT--------------AAGTTCATCATTGCAC------G------G------G----A----TC--AG---------TA------AA-G-TGT-GAT-AT----TAGAGT-T--TTT---GAT-G-CAAAC-A-CTTAATAATTAAGT-A--CCCAT-------A----CACTTGTCTTACCTGTAt
gi|77099                      :  TTTAAA----GT--TAGCTGGTAAG---T-GG--GC--------------AACTTCATTATTACAC------A------G------A----A----TA--GA---------TAGAAACAAA-G-TG--GACAAT----TACGGT-T--TCT---TAT-G-CAACC-A-ATTTTTATTTGA------------------A----TACCTGTCTTTCCTGTt
gi|77100                      :  TTCAAA----GT--TTGTTGATAAT---G-GA--GC--------------AAGTTTATCATTGAAA------T------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-CA--GGTTAT----TACATTAT--TTT---GAT-
gi|77101                      :   TCTAA----GT--TAATTGATAAT---T-GG--GC--------------AAAATCATATTTTCAC------G------G------T----A----CA--GG---------CA------AA-G-CG--GGTATT----TACAGT-T--TCC---TAT-G-CAACC-A-ACTTATAATTGAGT-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACTTGTA
gi|77102                      :   TCAGA----TT--TCTTTTATAAT---T-GG--GA--------------AAGTTCATTATTAAAG------G------G------T----A----TA--GA---------TA------------------------------T-T--TGG---AAT-G-GAAAC-A-ATTCGTAATTGAGA-A--CC--T-------A----TACCTGTCTTACCGGTAt
gi|77103                      :        ----GC--TAGTTGAAAAC---T-GA--CC--------------AAGTACCTTATCACAC------G------G------T----A----TA--CG---------T--------A-GCCT--GATTAT----TACCGT-T--CTA---AAT-G-CAA-A-A-AGTCATAATTGAGT-A--CCTAA-------A----CA--TGACTTACCTGTAt
gi|77104                      :                        AAT---T-GG--GC--------------AAGTTTGTCATTGAAC------A------G------T----A----TT--GG---------TA------AA-G-AG--CGTTAT----TA-AGT-T--TTG---AAT-G-CAATA-A-AAGCATAATTGAGTAA--CC--T-------C----TACCTGTCTTACCTGTAt
gi|77105                      :                        AAT---T-GG--AC--------------AAGTTCATCATTGTAA------GTAATATG------T----A----TA--GG---------TT------AA-G-TG--GGTAGT----TACAGT-T--TGA---TAT-G-CAACC-A-ATTt
gi|77106                      :                                                     AGTTCATCATTGCAT------G------AAACAGAT----A----TA--GG---------TA------AA-G-CG--GGTAAC----TACAGT-T--TGT---TAT-G-CAACC-A-ATT
gi|77107                      :                                                                GTAT------G------G------T----A----TA--GG---------TA------AA-G-AGAAGAAAAT----TACCAT-T--TAG---ACT-A-CAAAC-C-ATTCATAATTAAGT-A--CC-A--------A----TACCTGTCTTACCTGTAa