lowQualScore : 11 1 1 1 1
lowQualScore : 22 1 11 6 22222 333333 88888 444444 6666 333333 1 33 77777 1 1 5 1 111 22 3 0 4 6
lowQualScore : .. . .. . ..... ...... ..... ...... .... ...... . .. ..... . . . . ... .. . . . .
lowQualScore : 55 3 88 7 99999 111111 00000 222222 6666 000000 1 99 88888 0 0 7 0 111 88 0 5 1 4
consensus : AAATA-TAT-ATGAT--TACGATTTG-----TGGATAAGGAA------ATA----GA------T----TA------CAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-C-GTCAGGTCATGTGAGAAAG--CTGTCACGTGACATGGAAGAT
Reference ( gi|102324 ) : AAATT-TAT-ATGAT--TTCGATTTG-----TGGATAAGGAA------ATA----AA------T----TA------CAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCCTAGA-TTTT-T-GTCAGGTCATGTGAGAAAG--CTCTCACGTGCCATGTAGGAT
gi|102328 : AAATG-TAT-ACGAT--CACGATTTG-----TAGATAAAGAA------ATA----GA------T----TA------CAAA-A--AA----T-TATTT-AATCCTAGA-TTTT-T-GTCAGGTCATGTGTGAAGA--CTATCACATGACATG
gi|102326 : AAATG-TAT-ATGAT--TACGATTTG-----TGGATAAGGAA------ATA----AAA-----T----GA------GAAA-A--AAAAACT-GATTT-AGTCCTAGA-TTTT-C-GTCAGACCATGAGAGAAAG--CTACCACGTGACATGGAAGATgaatat
gi|102329 : AAATA-TAT-ATGAT--TGCGATTTG-----CAGATAAGGAA------ATA----GG------T----TA------CAAA-A--AAA---T-GATAA-AGTCGTAGA-GTTT-T-GTCAGGTCGTGTGAGAAAG--CTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102327 : AAATG-TTT-ATGAT--TACGATTTG-----TGGATAAGGAA------ATA----TA------T----TA------C-AG-A--AA----T-GATTT-AGTTCTATA--TTT-T-GTCAGGTCACGTGAGAAAG--CTATCACGTAGCATGGAAGAT
gi|102332 : AAATG-TAA-ATGAT--TACGATTTG-----TGTATAAAGAA------ATA----TA------TA---TA------AAAA-A--AA----T-GATTA-AGTCCCAGA-TTTT-C-ATCAGGTCATGTGAGAAAG--CTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102334 : AAATA-TAT-ATGAT--TACAATTGG------GGATAAGGAA------ATA----AA------T----TA------CAAA-A--AAA---T-GATTT-AGTCGCAGA-TTTT-C-ATCAGGTCATGTGAGGAAG--CTGTTATGTGACATGGAAGAT
gi|102325 : AAATA-TAT-ATGAT--TACAATTTG-----TGGATAAGGAA------ATA----TA------T----TA------CAAA-A--AG----T-GATTTAAGTCCAAGA-TTTT-C-ATCAGGTCACGTGAGAAAT--CTGTCATGTGACAT
gi|102331 : AAATG-TAT-ATGAT--CATGATTTG-----TAGATAAGGAT------AAA----GA------T----TA------CAAA-AA-AA----T-GATTT-AGTTCCAGA-TTTT-T-GTCTGGCCATGTGAGAAAG--CTATCATGTGACATAGAAGAT
gi|102330 : AAATA-TAT-ATGAT--TATGAACTG-----TGGATAAGGAA------ATA----GA------T----AC------CAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-T-GTGAGGTCATGTGAGAAAG--CT-----GTGTCATG
gi|102339 : AAATTATAT-ATGAT--AACGTGTTG-----TGGGTAAGGAA------ATA----TA------T----TA------TAAA-A--A-----T-GAGTA-TGTCCAAGA-TTTT-C-GTCAGGTCATGTGAGAAA---CTGTCACGTGACATGacatggaaga
gi|102337 : AAATA-TAT-ATGAT--TATAATTGA-----TGGGTTATGAA------ATA----AA------T----TA------CAAA-C--TT----T-TATTT-AGTCCCAGA-TTTT-T-TTCAGGTCATGTGAGAAAG--CTATCCAGTGACATAGAAGATgaatat
gi|102336 : AAATA-TAT-ATGAT--TACTTTCTG-----TGGATAAAGAA------ATA----GA------A----TA------CAAA-A--AT----T-GATTA-AGTGCCAGT-TTTT-C-GTCAGGCTATTTGACAAAG--CTGTCACATGACATGGAAGAT
gi|102343 : AAATT--AT-ATTACCGTACAAGTTG-----TAGATAAGGAA------ATA----GA------T----GA------TGCA-A--AT----T-GATCT-AGTCCCAGA-TATT-T-GTCAGATCAGGCCAGAAAG--ATGTCATGTGTCATGGAAGAT
gi|102341 : AAATT-----ATGAT--TATGAGCTG-----TGGATAAGGAA------AAA----AA------TGT--CA------CAAATA--GA----T-G--TT-A-TCGCAGA-TTTT-T-GTCAGGTCAAGTGAGAAAG--ATGTTGCGGGTCCTGAAAGAT
gi|102333 : AAATA-TAT-ATTAT--CACGATTTG-----TAGATAAGGAA------ATA----GATTCTTTT----TA------CAAA-------------ATT---------GA-TTTT-C-GTCAGTTCACGTGAGAAAG--CTGTTTCGTGACATG
gi|102347 : AAATA-TAT-GTGAT--TACGAATTG-----TGGATAAGGAA------ATA----TA------T----TA------TAAA-A--AA----T-GATTA-AGTCGCAGA-TTTT-T-TACAAATCAggaaat
gi|102342 : AAATA-TAT-ATGAT--AAGGAGTTG-----TGGATAAGGAA------ATGCCACAA------TAAGATG------CCAC-A--AA----TAGATTT-CATCCAAGA-TTTTTT-GTCAGGCCAAGCAAGAAAG--AGCTCATGTGACATGGAAGAT
gi|102346 : AAATA-AAT-ATGAT--TATGAGTTG-----TTGATAAGGAA------ATA----GG------T----GT------CACA-C--TT----G-GATCT-AGTCACAGA-TTTT-C-GTAAGCCCATGTGAGAAAGATGTCTCAAGT-CC-TGGAAGAT
gi|102348 : AAATA-AAT-ATGAT--TATGAGTTG-----TTGATAAGGAA------ATA----GG------T----GT------CACA-C--TT----G-GATCT-AGTC--AGA-TTTT-C-GTAAGCCTATGTGAGAAAGATGTCTCAAGT-CC-TGGAAGAT
gi|102349 : AAATA-TAT-TTGAT--TACGATTTG-----TGAATGATGTA------AGA----GA------T----TA------CAAA-T--AA----G-TATTC-AGGCC
gi|102351 : AATA-TAT-ATGAT--TGCAAATTG-----TGGATAAGGAA------ATA-----------------------------------------GATGT-AGTTCCAGA-TTTC-C-GTCAGGTCACATGAGAAAG--ATATTACATGactttagaaagacgcgacatggaagat
gi|102338 : ATT-TAT-A--AT--TATGATTTG-----TGGATACAGAA------ATA----GA------T----TA------C-AA-A--AT----T-GATTT-AGTCCTAGA---TT-C-GTCATGTCATGTGAGAAAG--CTGTCACATGTCATG
gi|102344 : aaatATT-TATGATAAA--T---ATTTG-----TGAATAAGGAT------TTA----AA------T----T-------CCAC-A--TT----T-TTTTT-AGTCCAAGA-TTTT-C-GTCATGTCGTGTGAGAAAG--CTGTCACGTGTCATGTAAAAT
gi|102335 : aaat-TGT-ATGAT--TACGATTTGATTCATAGATAAGGAA------ATA----GA------T----TA------CAAA-ATAAA----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-C-GTCAGGCCATGTGCGTAAG--CTATCACGTGACATAGAAGAT
gi|102353 : aaaa-TAT-AGGAT--TACGATTTA-----TGAATATGGAC------ATA----GA------T----TA------CAAT-A--AA----T-GATTT-AGTTCTAGG-TTTT-C-GTCAAATCATGTGAAAAAG--CTGTCACATGACATGGATGAT
gi|102340 : ta-TAT-ACAAT--TTCAATTTG-----TGGATATGGAA------AAA----GA------T----AA------AAAA-A--AA----T-AATTT-AGTCTCATA-TTTT-TCGTCCGGTCATGTGAGAAAG--CTGTCACATGACATG
gi|102355 : aaaaaAT-ATGAT--TACGATTTG-----TGGATAAGGAA------GTA----GA------T----CAAGATTGCAAA-A--AT----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-T-GTCAGGTCATATGAAAAAG--CTCTCACGTGACATGgaatat
gi|102352 : AT-AAGAT--TATGAGTTG-----CGGATAAAGAA------AAT----GA------T----GA------CACA-AGTAA------AACTT--GTTTCAGG-TTTT-T-GTCATGTTATATGAGAAAG--CTGAAATGTGCTATGaaag
gi|102356 : ataaT-ATGAT--TGTGATGTG-----TGGATAAGGAA------AAA----GA------T----TA------CAAA-A--AT----G-GATTA-AGTCCAAGA-TTTT-C-ATCATGTCATATGAGAGAA--CTGTCACGTGACATGGAAGATaaag
gi|102350 : T-ATGAT--TACAATTTG-----TTGCTTAAGAA------ATA----GA------T----TA------TAAA-A--AT----A-GATTT-AGTCTCAGA-TTTT-T-GTCGGGTCTTGTGAGATAG--
gi|102357 : aataatGAT--TACGATTTG-----TGGATAAGGCA------ATA----GA------T----TA------CAAA-A--AT----T-GATTT-AGTTCAAAA-TTTT-T-GCTGGGTCATTTGAGAAAG--CTGTCA
gi|102354 : CGATTTG-----TGGATAAGGAA------A-A----GG------T----AA------CAAA-A--AT----T-GATTT-AGTCCAAGA-TTTT-T-GTCAGGCCACGTGAGGAAG--GTATAATGTCACATGAAAGAT
gi|102358 : atatttcaataGATTTG-----TGAATACAGAA------ATA----AC------T----TT------TAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCACAGA-ATTT-C-GTC-------------AAA--CTGTCTCGTGCCATGGAAGAT
gi|102359 : ATTTA-----TTGATAAG-----------------A------T----TA------CAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-C-GTCAAGCCCTGTGAGACAG--CTATCACGTGATATGGAAGAT
gi|102360 : TTTG-----TAGGTAAGCAAGACGTCATA----AA------TATT-TA------CAAA-A--AA----T-GATAT-AGTCCCAAA-TTTT-C-ATCAGGTAATGTGAGAAAG--CTATCACGTGACATGGAAGAT
gi|102345 : GGATAAAAGA------ATA----TA------T----TA------TAAA-A--AC----T-ATTTT---TCCTAAA-CTTT-G-GTCAGGTCGTGTAAGAAAG--CTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102361 : aaatacctatgataacaaatataATAAGGAA------ATA----GA------T----TA------CAAA-A--AA----T-GATTT-AGTCCCAGA-TTTT-C-GTCAGACCATGTTAGAAAG--CAATCATGTTACATG
gi|102364 : ----TA------TGAA-A--AT----T-GATTT-AGTCCAAGA-TTTT-T-GCCAGATCATGTGAGAAAG--CTgaatat
gi|102362 : -GGTCT-AGTCTCAGA-TTTT-T-GTCGGGTCATGTGTGAAAG--ATGTCAC
gi|102363 : aaaaaggtgacacaagtaCTAAACTTTT-T-GTCAGGTCATGTGAGAAAG--GTGTCACATGTCATGGAAGATagggtggaagat
gi|102365 : atgacacaagtagacgtgatCCAGA-TTTC-C-GTCAGGTAATGTGAGAAAG--GTGTCACCAGACATG
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 22222 222222 444444444 555555 444 222222 1 1 33 88888 1 1
lowQualScore : . .. . ..... ...... ......... ...... ... ...... . . .. ..... . .
lowQualScore : 3 66 1 77777 999999 111111111 444444 111 999999 0 0 88 44444 0 9
consensus : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AN----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTCGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
Reference ( family-525 ) : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTCGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102324 : AAAT-TTATATGAT--TTCGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---TA------C-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCCTAGA-TTTTTGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTCTCACGTGCCATGTAGGAT
gi|102325 : AAAT-ATATATGAT--TACAATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---TA------C-AAA-A--AG----TGATTTAAGTCCAAGA-TTTTCATCAGGTCACGTGAGAAATCTGTCATGTGACAT
gi|102326 : AAAT-GTATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAAA-----T---GA------G-AAA-A--AAAAACTGATTT-AGTCCTAGA-TTTTCGTCAGACCATGAGAGAAAGCTACCACGTGACATGGAAGAT
gi|102327 : AAAT-GTTTATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---TA------C--AG-A--AA----TGATTT-AGTTCTATA-TTTT-GTCAGGTCACGTGAGAAAGCTATCACGTAGCATGGAAGAT
gi|102328 : AAAT-GTATACGAT--CACGATT-TG-----TAGATAAAGAA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AA----TTATTT-AATCCTAGA-TTTTTGTCAGGTCATGTGTGAAGACTATCACATGACATGGAATAT
gi|102329 : AAAT-ATATATGAT--TGCGATT-TG-----CAGATAAGGAA------AT---------AGG------T---TA------C-AAA-A--AAA---TGATAA-AGTCGTAGA-GTTTTGTCAGGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102330 : AAAT-ATATATGAT--TATGAAC-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---AC------C-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTTGTGAGGTCATGTGAGAAAGCTGTGTCATGACATGGAAGA
gi|102331 : AAAT-GTATATGAT--CATGATT-TG-----TAGATAAGGAT------AA---------AGA------T---TA------C-AAA-AA-AA----TGATTT-AGTTCCAGA-TTTTTGTCTGGCCATGTGAGAAAGCTATCATGTGACATAGAAGAT
gi|102332 : AAAT-GTAAATGAT--TACGATT-TG-----TGTATAAAGAA------AT---------ATA------TA--TA------A-AAA-A--AA----TGATTA-AGTCCCAGA-TTTTCATCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102333 : AAAT-ATATATTAT--CACGATT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGATTCTTTT---TA------C-AAA------------ATT---------GA-TTTTCGTCAGTTCACGTGAGAAAGCTGTTTCGTGACATGGGAAAT
gi|102334 : AAAT-ATATATGAT--TACAA-T-TG-----GGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---TA------CAAAA-A--AA----TGATTT-AGTCGCAGA-TTTTCATCAGGTCATGTGAGGAAGCTGTTATGTGACATGGAAGAT
gi|102335 : AAA--ATGTATGAT--TACGATT-TGATTCATAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-ATAAA----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTCGTCAGGCCATGTGCGTAAGCTATCACGTGACATAGAAGAT
gi|102336 : AAAT-ATATATGAT--TACTTTC-TG-----TGGATAAAGAA------AT---------AGA------A---TA------C-AAA-A--AT----TGATTA-AGTGCCAGT-TTTTCGTCAGGCTATTTGACAAAGCTGTCACATGACATGGAAGAT
gi|102337 : AAAT-ATATATGAT--TATAATT-GA-----TGGGTTATGAA------AT---------AAA------T---TA------C-AAA-C--TT----TTATTT-AGTCCCAGA-TTTTTTTCAGGTCATGTGAGAAAGCTATCCAGTGACATAGAAGAT
gi|102338 : AAAT-ATTTATAAT--TATGATT-TG-----TGGATACAGAA------AT---------AGA------T---TA------C--AA-A--AT----TGATTT-AGTCCTAGA---TTCGTCATGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGTCATG
gi|102339 : AAATTATATATGAT--AACGTGT-TG-----TGGGTAAGGAA------AT---------ATA------T---TA------T-AAA-A--A-----TGAGTA-TGTCCAAGA-TTTTCGTCAGGTCATGTGAGAAA-CTGTCACGTGACATGGAATAT
gi|102340 : AAAA-ATATACAAT--TTCAATT-TG-----TGGATATGGAA------AA---------AGA------T---AA------A-AAA-A--AA----TAATTT-AGTCTCATATTTTTCGTCCGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGACATGGAATAT
gi|102341 : AAAT----TATGAT--TATGAGC-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AAATG----T---CA------C-AAATA--GA----TG--TT-A-TCGCAGA-TTTTTGTCAGGTCAAGTGAGAAAGATGTTGCGGGTCCTGAAAGAT
gi|102342 : AAAT-ATATATGAT--AAGGAGT-TG-----TGGATAAGGAA------ATGCCACAATAAGA------TGC-CA------C-AAA-T--A------GATTT-CATCCAAGATTTTTTGTCAGGCCAAGCAAGAAAGAGCTCATGTGACATGGAAGAT
gi|102343 : AAAT--TATATTACCGTACAAGT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---GA------T-GCA-A--AT----TGATCT-AGTCCCAGA-TATTTGTCAGATCAGGCCAGAAAGATGTCATGTGTCATGGAAGAT
gi|102344 : AAAT-ATTTATGAT--AAATATT-TG-----TGAATAAGGAT------TT---------AAA------T---T-------C-CAC-A--TT----TTTTTT-AGTCCAAGA-TTTTCGTCATGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGTCATGTAAAAT
gi|102345 : AAAT-ACCTATGAT--AACAAATATA------GGATAAAAGA------AT---------ATA------T---TA------T-AAA-A--AC----TATTTT---TCCTAAA-CTTTGGTCAGGTCGTGTAAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102346 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---GT------C-ACA-C--TT----GGATCT-AGTCACAGA-TTTTCGTAAGCCCATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGAT
gi|102347 : AAAT-ATATGTGAT--TACGAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---TA------T-AAA-A--AA----TGATTA-AGTCGCAGA-TTTT
gi|102348 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---GT------C-ACA-C--TT----GGATCT-AGTC--AGA-TTTTCGTAAGCCTATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGATttacaaatca
gi|102349 : AAAT-ATATTTGAT--TACGATT-TG-----TGAATGATGTA------AG---------AGA------T---TA------C-AAA--------------TA-AGT-----A-T-----TCAGGCCACTTTAGAAAG-----ACGCGACATGGAAGAT
gi|102350 : AAT-AATTATGAT--TACAATT-TG-----TTGCTTAAGAA------AT---------AGA------T---TA------T-AAA-A--AT----AGATTT-AGTCTCAGA-TTTTTGTCGGGTCTTGTGAGATAG
gi|102351 : AAT-ATATATGAT--TGCAAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---------------------------G---T-AGTTCCAGA-TTTCCGTCAGGTCACATGAGAAAGATATTACATG
gi|102352 : AT-AAATAAGAT--TATGAGT-TG-----CGGATAAAGAA------AA---------TGA------T---GA------C-ACA-AGTAA-----AACTT--GTTTCAGG-TTTTTGTCATGTTATATGAGAAAGCTGAAATGTGCTATGAAAG
gi|102353 : T-ATATAGGAT--TACGATT-TA-----TGAATATGGAC------AT---------AGA------T---TA------C-AAT-A--AA----TGATTT-AGTTCTAGG-TTTTCGTCAAATCATGTGAAAAAGCTGTCACATGACATGGATGAT
gi|102354 : -ATATTTCAA--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------A----------AGG------T---AA------C-AAA-A--AT----TGATTT-AGTCCAAGA-TTTTTGTCAGGCCACGTGAGGAAGGTATAATGTCACATGAAAGAT
gi|102355 : ATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------GT---------AGA------T---CAAGATTGC-AAA-A--AT----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTTGTCAGGTCATATGAAAAAGCTCTCACGTGACATGAAAG
gi|102356 : TATGAT--TGTGATG-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AT----GGATTA-AGTCCAAGA-TTTTCATCATGTCATATGAGAGAACTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102357 : GAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGCA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AT----TGATTT-AGTTCAAAA-TTTTTGCTGGGTCATTTGAGAAAGCTGTCA
gi|102358 : GATT-TG-----TGAATACAGAA------AT---------AAC------T---TT------T-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCACAGA-ATTTCGTC-------------AAACTGTCTCGTGCCATGGAAGAT
gi|102359 : ATT-TA-----TTGATAAG----------------------A------T---TA------C-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTCGTCAAGCCCTGTGAGACAGCTATCACGTGATATGGAAGAT
gi|102360 : TT-TG-----TAGGTAAGCAAGACGTCAT---------AAA------TATTTA------C-AAA-A--AA----TGATAT-AGTCCCAAA-TTTTCATCAGGTAATGTGAGAAAGCTATCACGTGACATGGAAGAT
gi|102361 : ATAAGGAA------AT---------AGA------T---TA------C-AAA-A--AA----TGATTT-AGTCCCAGA-TTTTCGTCAGACCATGTTAGAAAGCAATCATGTTACATGGAATAT
gi|102362 : AA------AA---------AGG------T---GA------C-ACA-A--GT----AGGTCT-AGTCTCAGA-TTTTTGTCGGGTCATGTGTGAAAGATGTCACAGG--GTGGAAGAT
gi|102363 : -TTTTTGTCAGGTCATGTGAGAAAGGTGTCACATGTCATGGAAGAT
gi|102364 : atgacacaagtagacgtgatctaaac---TA------T-GAA-A--AT----TGATTT-AGTCCAAGA-TTTTTGCCAGATCATGTGAGAAAGCT
gi|102365 : CCAGA-TTTCCGTCAGGTAATGTGAGAAAGGTGTCACCAGACATGGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 22222 222222 444444444 222222 444444444 222222 1 22222 11 55 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ..... ...... ......... ...... ......... ...... . ..... .. .. . . . . .
lowQualScore : 3 66 1 77777 999999 111111111 999999 000000000 999999 0 55555 33 99 0 0 0 0 0
consensus : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
Reference ( family-525 ) : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102324 : AAAT-TTATATGAT--TTCGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTCTCACGTGCCATGTAGGAT
gi|102325 : AAAT-ATATATGAT--TACAATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----AAA--AG-TGAT-TTAAG-TCCAAGA-TTTT-CATCAGGTCACGTGAGAAATCTGTCATGTGACAT
gi|102326 : AAAT-GTATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------A---TGAGAAA------A-A-----AAA--AC-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-CGTCAGACCATGAGAGAAAGCTACCACGTGACATGGAAGAT
gi|102327 : AAAT-GTTTATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----GAA--A--TGAT-TT-AG-TTCTATA-TTTT--GTCAGGTCACGTGAGAAAGCTATCACGTAGCATGGAAGAT
gi|102328 : AAAT-GTATACGAT--CACGATT-TG-----TAGATAAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TTAT-TT-AA-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGTGAAGACTATCACATGACATGGAATAT
gi|102329 : AAAT-ATATATGAT--TGCGATT-TG-----CAGATAAGGAA------AT---------AGG------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-AA-AG-TCGTAGA-GTTT-TGTCAGGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102330 : AAAT-ATATATGAT--TATGAAC-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---A-----C------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTGAGGTCATGTGAGAAAGCTGTGTCATGACATGGAAGA
gi|102331 : AAAT-GTATATGAT--CATGATT-TG-----TAGATAAGGAT------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-TT-AG-TTCCAGA-TTTT-TGTCTGGCCATGTGAGAAAGCTATCATGTGACATAGAAGAT
gi|102332 : AAAT-GTAAATGAT--TACGATT-TG-----TGTATAAAGAA------AT---------ATA------TA--T-----A------A-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCCCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102333 : AAAT-ATATATTAT--CACGATT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGATTCTTTT---T-----A------C-A-----AA--------AT-T----------GA-TTTT-CGTCAGTTCACGTGAGAAAGCTGTTTCGTGACATGGGAAAT
gi|102334 : AAAT-ATATATGAT--TACAA-T-TG-----GGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------CAA-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCGCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGGAAGCTGTTATGTGACATGGAAGAT
gi|102335 : AAA--ATGTATGAT--TACGATT-TGATTCATAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAATAAA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGCCATGTGCGTAAGCTATCACGTGACATAGAAGAT
gi|102336 : AAAT-ATATATGAT--TACTTTC-TG-----TGGATAAAGAA------AT---------AGA------A---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TA-AG-TGCCAGT-TTTT-CGTCAGGCTATTTGACAAAGCTGTCACATGACATGGAAGAT
gi|102337 : AAAT-ATATATGAT--TATAATT-GA-----TGGGTTATGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAC--TT-TTAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TTTCAGGTCATGTGAGAAAGCTATCCAGTGACATAGAAGAT
gi|102338 : AAAT-ATTTATAAT--TATGATT-TG-----TGGATACAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-------AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCTAGA---TT-CGTCATGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGTCATG
gi|102339 : AAATTATATATGAT--AACGTGT-TG-----TGGGTAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--A--TGAG-TA-TG-TCCAAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAA-CTGTCACGTGACATGGAATAT
gi|102340 : AAAA-ATATACAAT--TTCAATT-TG-----TGGATATGGAA------AA---------AGA------T---A-----A------A-A-----AAA--AA-TAAT-TT-AG-TCTCATA-TTTTTCGTCCGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGACATGGAATAT
gi|102341 : AAAT----TATGAT--TATGAGC-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AAA------T---G-----T------C-A-----CAA--AT-AGATGTT-A--TCGCAGA-TTTT-TGTCAGGTCAAGTGAGAAAGATGTTGCGGGTCCTGAAAGAT
gi|102342 : AAAT-ATATATGAT--AAGGAGT-TG-----TGGATAAGGAA------ATGCCACAATAAGA------T---G-----C------C-A-----CAA--AT-AGAT-TT-CA-TCCAAGATTTTT-TGTCAGGCCAAGCAAGAAAGAGCTCATGTGACATGGAAGAT
gi|102343 : AAAT--TATATTACCGTACAAGT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---G-----A------T-G-----CAA--AT-TGAT-CT-AG-TCCCAGA-TATT-TGTCAGATCAGGCCAGAAAGATGTCATGTGTCATGGAAGAT
gi|102344 : AAAT-ATTTATGAT--AAATATT-TG-----TGAATAAGGAT------TT---------AAA------T---T-----C------C-A-----CAT--TT-TT-T-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-CGTCATGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGTCATGTAAAAT
gi|102345 : AAAT-ACCTATGAT--AACAAATATA------GGATAAAAGA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AC-TATT-TT----TCCTAAA-CTTT-GGTCAGGTCGTGTAAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102346 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-TCACAGA-TTTT-CGTAAGCCCATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGAT
gi|102347 : AAAT-ATATGTGAT--TACGAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCGCAGA-TTTT-
gi|102348 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-T--CAGA-TTTT-CGTAAGCCTATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGATttacaaatca
gi|102349 : AAAT-ATATTTGAT--TACGATT-TG-----TGAATGATGTA------AG---------AGA------T---T-----A------C-A-----AA-----------TA-AG-T-----A-T------TCAGGCCACTTTAGAAAG-----ACGCGACATGGAAGAT
gi|102350 : AAT-AATTATGAT--TACAATT-TG-----TTGCTTAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------T-A-----AAA--AT-AGAT-TT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCTTGTGAGATAG
gi|102351 : AAT-ATATATGAT--TGCAAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---------------------------------G----T-AG-TTCCAGA-TTTC-CGTCAGGTCACATGAGAAAGATATTACATG
gi|102352 : AT-AAATAAGAT--TATGAGT-TG-----CGGATAAAGAA------AA---------TGA------T---G-----A------C-ACAAGTAAA--AC-TTGT-TT-------CAGG-TTTT-TGTCATGTTATATGAGAAAGCTGAAATGTGCTATGAAAG
gi|102353 : T-ATATAGGAT--TACGATT-TA-----TGAATATGGAC------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----ATA--AA-TGAT-TT-AG-TTCTAGG-TTTT-CGTCAAATCATGTGAAAAAGCTGTCACATGACATGGATGAT
gi|102354 : -ATATTTCAA--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------A----------AGG------T---A-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGTCAGGCCACGTGAGGAAGGTATAATGTCACATGAAAGAT
gi|102355 : ATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------GT---------AGA------T---C-----AAGATTGC-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTCAGGTCATATGAAAAAGCTCTCACGTGACATGAAAG
gi|102356 : TATGAT--TGTGATG-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-GGAT-TA-AG-TCCAAGA-TTTT-CATCATGTCATATGAGAGAACTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102357 : GAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGCA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TTCAAAA-TTTT-TGCTGGGTCATTTGAGAAAGCTGTCA
gi|102358 : GATT-TG-----TGAATACAGAA------AT---------AAC------T---T-----T------T-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCACAGA-ATTT-CGTC-------------AAACTGTCTCGTGCCATGGAAGAT
gi|102359 : ATT-TA-----TTGATAAG----------------------A------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAAGCCCTGTGAGACAGCTATCACGTGATATGGAAGAT
gi|102360 : TT-TG-----TAGGTAAGCAAGACGTCAT---------AAA------TATTT-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-AT-AG-TCCCAAA-TTTT-CATCAGGTAATGTGAGAAAGCTATCACGTGACATGGAAGAT
gi|102361 : ATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGACCATGTTAGAAAGCAATCATGTTACATGGAATAT
gi|102362 : AA------AA---------AGG------T---G-----A------C-A-----CAA--GT-AGGT-CT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCATGTGTGAAAGATGTCACAGG--GTGGAAGAT
gi|102363 : -TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGGTGTCACATGTCATGGAAGAT
gi|102364 : atgacacaagtagacgtgatctaaac---T-----A------T-G-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGCCAGATCATGTGAGAAAGCT
gi|102365 : AA--GT-TGAA-AT-AGATGCCAGA-TTTC-CGTCAGGTAATGTGAGAAAGGTGTCACCAGACATGGAAG
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 22222 222222 444444444 222222 444444444 222222 1 22222 11 55 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ..... ...... ......... ...... ......... ...... . ..... .. .. . . . . .
lowQualScore : 3 66 1 77777 999999 111111111 999999 000000000 999999 0 55555 33 99 0 0 0 0 0
consensus : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
Reference ( family-525 ) : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102324 : AAAT-TTATATGAT--TTCGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTCTCACGTGCCATGTAGGAT
gi|102325 : AAAT-ATATATGAT--TACAATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----AAA--AG-TGAT-TTAAG-TCCAAGA-TTTT-CATCAGGTCACGTGAGAAATCTGTCATGTGACAT
gi|102326 : AAAT-GTATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------A---TGAGAAA------A-A-----AAA--AC-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-CGTCAGACCATGAGAGAAAGCTACCACGTGACATGGAAGAT
gi|102327 : AAAT-GTTTATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----GAA--A--TGAT-TT-AG-TTCTATA-TTTT--GTCAGGTCACGTGAGAAAGCTATCACGTAGCATGGAAGAT
gi|102328 : AAAT-GTATACGAT--CACGATT-TG-----TAGATAAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TTAT-TT-AA-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGTGAAGACTATCACATGACATGGAATAT
gi|102329 : AAAT-ATATATGAT--TGCGATT-TG-----CAGATAAGGAA------AT---------AGG------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-AA-AG-TCGTAGA-GTTT-TGTCAGGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102330 : AAAT-ATATATGAT--TATGAAC-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---A-----C------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTGAGGTCATGTGAGAAAGCTGTGTCATGACATGGAAGA
gi|102331 : AAAT-GTATATGAT--CATGATT-TG-----TAGATAAGGAT------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-TT-AG-TTCCAGA-TTTT-TGTCTGGCCATGTGAGAAAGCTATCATGTGACATAGAAGAT
gi|102332 : AAAT-GTAAATGAT--TACGATT-TG-----TGTATAAAGAA------AT---------ATA------TA--T-----A------A-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCCCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102333 : AAAT-ATATATTAT--CACGATT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGATTCTTTT---T-----A------C-A-----AA--------AT-T----------GA-TTTT-CGTCAGTTCACGTGAGAAAGCTGTTTCGTGACATGGGAAAT
gi|102334 : AAAT-ATATATGAT--TACAA-T-TG-----GGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------CAA-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCGCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGGAAGCTGTTATGTGACATGGAAGAT
gi|102335 : AAA--ATGTATGAT--TACGATT-TGATTCATAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAATAAA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGCCATGTGCGTAAGCTATCACGTGACATAGAAGAT
gi|102336 : AAAT-ATATATGAT--TACTTTC-TG-----TGGATAAAGAA------AT---------AGA------A---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TA-AG-TGCCAGT-TTTT-CGTCAGGCTATTTGACAAAGCTGTCACATGACATGGAAGAT
gi|102337 : AAAT-ATATATGAT--TATAATT-GA-----TGGGTTATGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAC--TT-TTAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TTTCAGGTCATGTGAGAAAGCTATCCAGTGACATAGAAGAT
gi|102338 : AAAT-ATTTATAAT--TATGATT-TG-----TGGATACAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-------AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCTAGA---TT-CGTCATGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGTCATG
gi|102339 : AAATTATATATGAT--AACGTGT-TG-----TGGGTAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--A--TGAG-TA-TG-TCCAAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAA-CTGTCACGTGACATGGAATAT
gi|102340 : AAAA-ATATACAAT--TTCAATT-TG-----TGGATATGGAA------AA---------AGA------T---A-----A------A-A-----AAA--AA-TAAT-TT-AG-TCTCATA-TTTTTCGTCCGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGACATGGAATAT
gi|102341 : AAAT----TATGAT--TATGAGC-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AAA------T---G-----T------C-A-----CAA--AT-AGATGTT-A--TCGCAGA-TTTT-TGTCAGGTCAAGTGAGAAAGATGTTGCGGGTCCTGAAAGAT
gi|102342 : AAAT-ATATATGAT--AAGGAGT-TG-----TGGATAAGGAA------ATGCCACAATAAGA------T---G-----C------C-A-----CAA--AT-AGAT-TT-CA-TCCAAGATTTTT-TGTCAGGCCAAGCAAGAAAGAGCTCATGTGACATGGAAGAT
gi|102343 : AAAT--TATATTACCGTACAAGT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---G-----A------T-G-----CAA--AT-TGAT-CT-AG-TCCCAGA-TATT-TGTCAGATCAGGCCAGAAAGATGTCATGTGTCATGGAAGAT
gi|102344 : AAAT-ATTTATGAT--AAATATT-TG-----TGAATAAGGAT------TT---------AAA------T---T-----C------C-A-----CAT--TT-TT-T-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-CGTCATGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGTCATGTAAAAT
gi|102345 : AAAT-ACCTATGAT--AACAAATATA------GGATAAAAGA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AC-TATT-TT----TCCTAAA-CTTT-GGTCAGGTCGTGTAAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102346 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-TCACAGA-TTTT-CGTAAGCCCATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGAT
gi|102347 : AAAT-ATATGTGAT--TACGAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCGCAGA-TTTT-
gi|102348 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-T--CAGA-TTTT-CGTAAGCCTATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGATttacaaatca
gi|102349 : AAAT-ATATTTGAT--TACGATT-TG-----TGAATGATGTA------AG---------AGA------T---T-----A------C-A-----AA-----------TA-AG-T-----A-T------TCAGGCCACTTTAGAAAG-----ACGCGACATGGAAGAT
gi|102350 : AAT-AATTATGAT--TACAATT-TG-----TTGCTTAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------T-A-----AAA--AT-AGAT-TT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCTTGTGAGATAG
gi|102351 : AAT-ATATATGAT--TGCAAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---------------------------------G----T-AG-TTCCAGA-TTTC-CGTCAGGTCACATGAGAAAGATATTACATG
gi|102352 : AT-AAATAAGAT--TATGAGT-TG-----CGGATAAAGAA------AA---------TGA------T---G-----A------C-ACAAGTAAA--AC-TTGT-TT-------CAGG-TTTT-TGTCATGTTATATGAGAAAGCTGAAATGTGCTATGAAAG
gi|102353 : T-ATATAGGAT--TACGATT-TA-----TGAATATGGAC------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----ATA--AA-TGAT-TT-AG-TTCTAGG-TTTT-CGTCAAATCATGTGAAAAAGCTGTCACATGACATGGATGAT
gi|102354 : -ATATTTCAA--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------A----------AGG------T---A-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGTCAGGCCACGTGAGGAAGGTATAATGTCACATGAAAGAT
gi|102355 : ATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------GT---------AGA------T---C-----AAGATTGC-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTCAGGTCATATGAAAAAGCTCTCACGTGACATGAAAG
gi|102356 : TATGAT--TGTGATG-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-GGAT-TA-AG-TCCAAGA-TTTT-CATCATGTCATATGAGAGAACTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102357 : GAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGCA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TTCAAAA-TTTT-TGCTGGGTCATTTGAGAAAGCTGTCA
gi|102358 : GATT-TG-----TGAATACAGAA------AT---------AAC------T---T-----T------T-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCACAGA-ATTT-CGTC-------------AAACTGTCTCGTGCCATGGAAGAT
gi|102359 : ATT-TA-----TTGATAAG----------------------A------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAAGCCCTGTGAGACAGCTATCACGTGATATGGAAGAT
gi|102360 : TT-TG-----TAGGTAAGCAAGACGTCAT---------AAA------TATTT-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-AT-AG-TCCCAAA-TTTT-CATCAGGTAATGTGAGAAAGCTATCACGTGACATGGAAGAT
gi|102361 : ATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGACCATGTTAGAAAGCAATCATGTTACATGGAATAT
gi|102362 : AA------AA---------AGG------T---G-----A------C-A-----CAA--GT-AGGT-CT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCATGTGTGAAAGATGTCACAGG--GTGGAAGAT
gi|102363 : -TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGGTGTCACATGTCATGGAAGAT
gi|102364 : atgacacaagtagacgtgatctaaac---T-----A------T-G-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGCCAGATCATGTGAGAAAGCT
gi|102365 : AA--GT-TGAA-AT-AGATGCCAGA-TTTC-CGTCAGGTAATGTGAGAAAGGTGTCACCAGACATGGAAG
blockSeqs : T CG A ATTCA GACGTC GCCACAATA TTCTTT TGAGAA AGATTG A CAAGT TA AA
blockSeqs : . . . . . . . ATTT . . . . AA
blockSeqs : . . . . . . . AT . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . A
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
finalCons : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 22222 222222 444444444 222222 444444444 222222 1 22222 11 55 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. . ..... ...... ......... ...... ......... ...... . ..... .. .. . . . . .
lowQualScore : 3 66 1 77777 999999 111111111 999999 000000000 999999 0 55555 33 99 0 0 0 0 0
consensus : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
Reference ( family-525 ) : AAAT-ATATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AN-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102324 : AAAT-TTATATGAT--TTCGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGCTCTCACGTGCCATGTAGGAT
gi|102325 : AAAT-ATATATGAT--TACAATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----AAA--AG-TGAT-TTAAG-TCCAAGA-TTTT-CATCAGGTCACGTGAGAAATCTGTCATGTGACAT
gi|102326 : AAAT-GTATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AAA------A---TGAGAAA------A-A-----AAA--AC-TGAT-TT-AG-TCCTAGA-TTTT-CGTCAGACCATGAGAGAAAGCTACCACGTGACATGGAAGAT
gi|102327 : AAAT-GTTTATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------C-A-----GAA--A--TGAT-TT-AG-TTCTATA-TTTT--GTCAGGTCACGTGAGAAAGCTATCACGTAGCATGGAAGAT
gi|102328 : AAAT-GTATACGAT--CACGATT-TG-----TAGATAAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TTAT-TT-AA-TCCTAGA-TTTT-TGTCAGGTCATGTGTGAAGACTATCACATGACATGGAATAT
gi|102329 : AAAT-ATATATGAT--TGCGATT-TG-----CAGATAAGGAA------AT---------AGG------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-AA-AG-TCGTAGA-GTTT-TGTCAGGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102330 : AAAT-ATATATGAT--TATGAAC-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---A-----C------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTGAGGTCATGTGAGAAAGCTGTGTCATGACATGGAAGA
gi|102331 : AAAT-GTATATGAT--CATGATT-TG-----TAGATAAGGAT------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AAATGAT-TT-AG-TTCCAGA-TTTT-TGTCTGGCCATGTGAGAAAGCTATCATGTGACATAGAAGAT
gi|102332 : AAAT-GTAAATGAT--TACGATT-TG-----TGTATAAAGAA------AT---------ATA------TA--T-----A------A-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCCCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102333 : AAAT-ATATATTAT--CACGATT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGATTCTTTT---T-----A------C-A-----AA--------AT-T----------GA-TTTT-CGTCAGTTCACGTGAGAAAGCTGTTTCGTGACATGGGAAAT
gi|102334 : AAAT-ATATATGAT--TACAA-T-TG-----GGGATAAGGAA------AT---------AAA------T---T-----A------CAA-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCGCAGA-TTTT-CATCAGGTCATGTGAGGAAGCTGTTATGTGACATGGAAGAT
gi|102335 : AAA--ATGTATGAT--TACGATT-TGATTCATAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAATAAA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGGCCATGTGCGTAAGCTATCACGTGACATAGAAGAT
gi|102336 : AAAT-ATATATGAT--TACTTTC-TG-----TGGATAAAGAA------AT---------AGA------A---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TA-AG-TGCCAGT-TTTT-CGTCAGGCTATTTGACAAAGCTGTCACATGACATGGAAGAT
gi|102337 : AAAT-ATATATGAT--TATAATT-GA-----TGGGTTATGAA------AT---------AAA------T---T-----A------C-A-----AAC--TT-TTAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TTTCAGGTCATGTGAGAAAGCTATCCAGTGACATAGAAGAT
gi|102338 : AAAT-ATTTATAAT--TATGATT-TG-----TGGATACAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-------AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCTAGA---TT-CGTCATGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGTCATG
gi|102339 : AAATTATATATGAT--AACGTGT-TG-----TGGGTAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--A--TGAG-TA-TG-TCCAAGA-TTTT-CGTCAGGTCATGTGAGAAA-CTGTCACGTGACATGGAATAT
gi|102340 : AAAA-ATATACAAT--TTCAATT-TG-----TGGATATGGAA------AA---------AGA------T---A-----A------A-A-----AAA--AA-TAAT-TT-AG-TCTCATA-TTTTTCGTCCGGTCATGTGAGAAAGCTGTCACATGACATGGAATAT
gi|102341 : AAAT----TATGAT--TATGAGC-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AAA------T---G-----T------C-A-----CAA--AT-AGATGTT-A--TCGCAGA-TTTT-TGTCAGGTCAAGTGAGAAAGATGTTGCGGGTCCTGAAAGAT
gi|102342 : AAAT-ATATATGAT--AAGGAGT-TG-----TGGATAAGGAA------ATGCCACAATAAGA------T---G-----C------C-A-----CAA--AT-AGAT-TT-CA-TCCAAGATTTTT-TGTCAGGCCAAGCAAGAAAGAGCTCATGTGACATGGAAGAT
gi|102343 : AAAT--TATATTACCGTACAAGT-TG-----TAGATAAGGAA------AT---------AGA------T---G-----A------T-G-----CAA--AT-TGAT-CT-AG-TCCCAGA-TATT-TGTCAGATCAGGCCAGAAAGATGTCATGTGTCATGGAAGAT
gi|102344 : AAAT-ATTTATGAT--AAATATT-TG-----TGAATAAGGAT------TT---------AAA------T---T-----C------C-A-----CAT--TT-TT-T-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-CGTCATGTCGTGTGAGAAAGCTGTCACGTGTCATGTAAAAT
gi|102345 : AAAT-ACCTATGAT--AACAAATATA------GGATAAAAGA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AC-TATT-TT----TCCTAAA-CTTT-GGTCAGGTCGTGTAAGAAAGCTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102346 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-TCACAGA-TTTT-CGTAAGCCCATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGAT
gi|102347 : AAAT-ATATGTGAT--TACGAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------ATA------T---T-----A------T-A-----AAA--AA-TGAT-TA-AG-TCGCAGA-TTTT-
gi|102348 : AAAT-AAATATGAT--TATGAGT-TG-----TTGATAAGGAA------AT---------AGG------T---G-----T------C-A-----CAC--TT-GGAT-CT-AG-T--CAGA-TTTT-CGTAAGCCTATGTGAGAAAGATGTCTCAAGTCCTGGAAGATttacaaatca
gi|102349 : AAAT-ATATTTGAT--TACGATT-TG-----TGAATGATGTA------AG---------AGA------T---T-----A------C-A-----AA-----------TA-AG-T-----A-T------TCAGGCCACTTTAGAAAG-----ACGCGACATGGAAGAT
gi|102350 : AAT-AATTATGAT--TACAATT-TG-----TTGCTTAAGAA------AT---------AGA------T---T-----A------T-A-----AAA--AT-AGAT-TT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCTTGTGAGATAG
gi|102351 : AAT-ATATATGAT--TGCAAAT-TG-----TGGATAAGGAA------AT---------AGA------T---------------------------------G----T-AG-TTCCAGA-TTTC-CGTCAGGTCACATGAGAAAGATATTACATG
gi|102352 : AT-AAATAAGAT--TATGAGT-TG-----CGGATAAAGAA------AA---------TGA------T---G-----A------C-ACAAGTAAA--AC-TTGT-TT-------CAGG-TTTT-TGTCATGTTATATGAGAAAGCTGAAATGTGCTATGAAAG
gi|102353 : T-ATATAGGAT--TACGATT-TA-----TGAATATGGAC------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----ATA--AA-TGAT-TT-AG-TTCTAGG-TTTT-CGTCAAATCATGTGAAAAAGCTGTCACATGACATGGATGAT
gi|102354 : -ATATTTCAA--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------A----------AGG------T---A-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGTCAGGCCACGTGAGGAAGGTATAATGTCACATGAAAGAT
gi|102355 : ATATGAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGAA------GT---------AGA------T---C-----AAGATTGC-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-TGTCAGGTCATATGAAAAAGCTCTCACGTGACATGAAAG
gi|102356 : TATGAT--TGTGATG-TG-----TGGATAAGGAA------AA---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-GGAT-TA-AG-TCCAAGA-TTTT-CATCATGTCATATGAGAGAACTGTCACGTGACATGGAAGAT
gi|102357 : GAT--TACGATT-TG-----TGGATAAGGCA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TTCAAAA-TTTT-TGCTGGGTCATTTGAGAAAGCTGTCA
gi|102358 : GATT-TG-----TGAATACAGAA------AT---------AAC------T---T-----T------T-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCACAGA-ATTT-CGTC-------------AAACTGTCTCGTGCCATGGAAGAT
gi|102359 : ATT-TA-----TTGATAAG----------------------A------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAAGCCCTGTGAGACAGCTATCACGTGATATGGAAGAT
gi|102360 : TT-TG-----TAGGTAAGCAAGACGTCAT---------AAA------TATTT-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-AT-AG-TCCCAAA-TTTT-CATCAGGTAATGTGAGAAAGCTATCACGTGACATGGAAGAT
gi|102361 : ATAAGGAA------AT---------AGA------T---T-----A------C-A-----AAA--AA-TGAT-TT-AG-TCCCAGA-TTTT-CGTCAGACCATGTTAGAAAGCAATCATGTTACATGGAATAT
gi|102362 : AA------AA---------AGG------T---G-----A------C-A-----CAA--GT-AGGT-CT-AG-TCTCAGA-TTTT-TGTCGGGTCATGTGTGAAAGATGTCACAGG--GTGGAAGAT
gi|102363 : -TTTT-TGTCAGGTCATGTGAGAAAGGTGTCACATGTCATGGAAGAT
gi|102364 : atgacacaagtagacgtgatctaaac---T-----A------T-G-----AAA--AT-TGAT-TT-AG-TCCAAGA-TTTT-TGCCAGATCATGTGAGAAAGCT
gi|102365 : AA--GT-TGAA-AT-AGATGCCAGA-TTTC-CGTCAGGTAATGTGAGAAAGGTGTCACCAGACATGGAAG