lowQualScore : 333 111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 222222 888888888888888888888 66 22 555 22 1 1 666 111 111 11 1 888888888888888888888 333 666666 44444444444 8 11 1 999 444 2 2
lowQualScore : .. . .... ...... ..................... .. .. ... .. . . ... ... ... .. . ..................... ... ...... ........... . .. . ... ... . .
lowQualScore : 33 0 0000 777777 111111111111111111111 11 66 444 66 6 0 444 777 777 33 0 444444444444444444444 000 555555 88888888888 0 66 2 666 444 7 7
consensus : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AG---TA---CA--TCGTCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-N-TA---GA-AC-ATTTATA
Reference ( gi|34792 ) : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-C-TA---GA-AC-ATTTATA
gi|34791 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AATTT--GCA-CATA-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-A-TA---GA-AC-ATTTATA
gi|34793 : AGATCAGAAC--AGAACA-CA----TA------C---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-A-TA---GA-AC-ATTTATA
gi|34794 : AGAACAGGAC--AGAACA-TG----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AG---TG---CA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-C--TAT-A-A-TA---AA-AC-ATTTATA
gi|34795 : AGAACATAAC--AGTACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GAT----ACA-CATA-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-A-TA---GA-AC-ATTTATA
gi|34796 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------C-------TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-
gi|34797 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T------------------A--A---TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-
gi|34798 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-T----A------------
gi|34800 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-T------------------A--A---TA------------------AC-A--TAT-
gi|34799 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-T------------------A--A---TA------------------AC-A--TAT-ttacaata
gi|34801 : AGAACAGAAC--AGAACC-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AG---TA---CA--TCGTCA-TA---A------------CT--A---TA--C---A--T--------ttacaata
gi|34808 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--ATA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-T------------------A--A---TA------------------AC-A--TAT-T-T-TA---CA-AC-
gi|34807 : AGAACAGAAC--AGAACA-TT----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AG---TA---CA--TCGTCA-TA---A------------CT--A---TA--C---A--T--------
gi|34809 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTC-GACTTAAGCA-TATACAG---CT---CA--TCATTA-T----A------------CAACA---TA--CAAAA--C--------AC-AACTAT-A-T-TC---GA-AC-AATTAttgttaacaaatatattta
gi|34803 : AGAACAGAAC--AGAATA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-T------------------A--A---TA------------------AC-A--TAT-
gi|34802 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGT---T----A------------TA--A---TA------------------AC-A--TAT-ttacaata
gi|34805 : AGAACAGAAT--AGAACA-TAATTATA------T---------------------CGTA--T--T---GATTT--GCA-CA--------TA---TA--TCATCA-T----A------------CA--A---T----------------------A--GAT-A-G-TA---GA-AC-ATttacaata
gi|34806 : AGAACAGAGC--AGGACAATA----TA------T---------------------ATTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A-------------A--A---T---C---A--T--------AC-
gi|34810 : AAAACAGAAC--AGAACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCA-GACTT--GTA-TAT--AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------GT--A---TA--C---A--A--------AC-A--
gi|34804 : AGAACAGAACAGAGAACA-GG----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTA--GTA-CATA-AG---TA---CA--TCGTCA-T----A-------------A--T---TA--C---A--T--------A
gi|34812 : AGAGCAGAGC--AGAACG-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGGCTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCG-TA---A------------CA--A---
gi|34811 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----CA------T---------------------TTTAT-T--T---GATTT--ATA-CAT--AG---TA---TA--TAATCA-T----A------------AA--A---CA--A---A-----------AA-A--TAA-A-C-AA---AATACAATTTA
gi|34815 : AGAACAGACC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GGCTT--ATA-CATA-GA---T----CA--TCGTCA-TA---A------------CT--A---TA--C---A--TTTGTTAACAC-A--TAT-ATT-TA---GA-TC-AT
gi|34814 : AAAACAGAAC--AGCACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCC-GACTT--GCA-CAT--AT---TA---CA--TCGT---T----A------------CA--A---TATGC---A--T--------AC-A--CAT-A---TA---CA-GC-GTT
gi|34813 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTCA--T--TTC-AACTTAAGCATTATACAG---CT---CA--TCATCA-T----A------------CA--AAG-TA--C---A--
gi|34816 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AA-------A-CTTA-AGAATTA---CAGCTTATCG-T-----------------C---A---TA--C---A--T--------AT-A--TAT-A-C-
gi|34817 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-TG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--G---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-A-TA---GA-AC-ATTTATAa
gi|34818 : GAACTGAAC--AGAATA-TA----TACTAGTAT---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AG---CA---CA--TCATCA-T----T------------CT--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-A-TAGCTGA-AC-AT
gi|34820 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TG------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------C-------TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-C-
gi|34819 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CT--A---TA------A--C--------A--A--TAT-A-C-aatcaatataaacatt
gi|34822 : GAACACAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T------------------A--A---TA--T---A--TA-------AA-A--TAT-A-C-aatcga
gi|34821 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--CCATAA-T------------------A--A---TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-aat
gi|34823 : GAACATAAC--AGGACA-TA----TA------T---------------------TTTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------CT--A---TA--T---A--T--------A--A--TAT-A-
gi|34826 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ACA-CAT--AG---TA---CA--TAGTCA-TA---A------------CT--A---TA--C---A--T--------
gi|34824 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TGTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--CCATCA-T------------------A--A---TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-gtgttaacaaatatatt
gi|34825 : GAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCATT----A------------TA--A---CA--T---ATTT--------ACAA--TAT-A-
gi|34827 : GAACAGAAC--AAAACA-TA----TA------T---------------------TTTATTT--T---TACTT--ATA-CATACAG---TA---TC--TCATCA-TG---A------------CAT-A---TA--C---A--T--------AT-A--TAC-A-taata
gi|34828 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------TATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------C-------TA--T---A--T--------ACAA--TAT-A-
gi|34830 : AACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTTAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CT--TCGTCA-T----AATAACATATTTGCA--A---TA--C---A--T--------A--A--TATCA-CGTA---AA-AT-AT
gi|34829 : AACAGAAC--AGAATA-AA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCGTCA-TTATAA------------CA--GATTTA--C---A-----------AC-A--CAT-A-A-TA---
gi|34831 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AG---TACATCA--TCATCA-T----A------------CA--A---TA--C---A--T--------AC-A--TAT-A-C-TA---GA-AC-ATTTATA
gi|34832 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GTA-CATA-AA---TA---CA--TCATCA-T----A------------CA--------------A--T--------AC-A--TAT-A-A-TA---GA-CC-AT
gi|34833 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AG---TA---CA--TCATCA-T----A------------C-------TC--T---A--T--------AC-A--
Alignments
lowQualScore : 333 111111111
lowQualScore : 11 0 2222 222222 777777777777777777777 55 22 555 22 0 444 111 22222 0 444444444 333 4 11 222 77777777 6 11 33 222 2
lowQualScore : .. . .... ...... ..................... .. .. ... .. . ... ... ..... . ......... ... . .. ... ........ . .. .. ... .
lowQualScore : 33 9 0000 777777 999999999999999999999 99 66 555 66 9 777 666 33333 9 222222222 000 9 33 777 11111111 3 55 88 999 2
consensus : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-ACATTTATA
Reference ( family-511 ) : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-NTA---GA-ACATTTATA
gi|34791 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-ACATTTATA
gi|34792 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-CTA---GA-ACATTTATA
gi|34793 : AGATCAGAAC--AGAACA-CA----TA------C---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-ACATTTATA
gi|34794 : AGAACAGGAC--AGAACA-TG----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTG---C-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-C--TATA-ATA---AA-ACATTTATA
gi|34795 : AGAACATAAC--AGTACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GA--T--ACA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-ACATTTATA
gi|34796 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----AC-------T-A--T---AT--------ACAA--TATA-
gi|34797 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TATA-
gi|34798 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T----A
gi|34799 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TACA-ATA---
gi|34800 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TACA-ATA---
gi|34801 : AGAACAGAAC--AGAACC-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---ACT--A---T-A--C---AT--------
gi|34802 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGT---T----ATA--A---TAA--C---AT--------AT-T--TACA-ATA---
gi|34803 : AGAACAGAAC--AGAATA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TACA-ATA---
gi|34804 : AGAACAGAACAGAGAACA-GG----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTA--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A-A--T---T-A--C---AT--------A
gi|34805 : AGAACAGAAT--AGAACA-TAATTATA------T---------------------CGTA--T--T---GATTT--GCA-CATA--------T-----ATCATCA-T----ACA--A---T---------------------A--GATA-GTA---GA-ACAT
gi|34806 : AGAACAGAGC--AGGACAATA----TA------T---------------------ATTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A-A--A---T----C---AT--------AC-
gi|34807 : AGAACAGAAC--AGAACA-TT----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---ACT--A---T-A--C---AT--------TT-G--T-TA-ACA---AATATATTTA
gi|34808 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--ATA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------A--A---T-A----------------AC-A--TATT-TTA---CA-ACA
gi|34809 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTC-GACTTAAGCA-TATACAGCT---C-----ATCATTA-T----ACAACA---T-A--CAAAAC--------AC-AACTATA-TTC---GA-ACAATTA
gi|34810 : AAAACAGAAC--AGAACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCA-GACTT--GTA-TAT--AGTA---C-----ATCATCA-T----AGT--A---T-A--C---AA--------AC-A--
gi|34811 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----CA------T---------------------TTTAT-T--T---GATTT--ATA-CAT--AGTA---T-----ATAATCA-TAAA-ACA--A---A-A--A---AT--------AA-A--CAAA-ATA---CA---ATTTA
gi|34812 : AGAGCAGAGC--AGAACG-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGGCTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCG-TA---ACA--A---
gi|34813 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTCA--T--TTC-AACTTAAGCATTATACAGCT---C-----ATCATCA-T----ACA--AAG-T-A--C---A
gi|34814 : AAAACAGAAC--AGCACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCC-GACTT--GCA-CAT--ATTA---C-----ATCGT---T----ACA--A---T-ATGC---AT--------AC-A--CATA--TA---CA-GCGTT
gi|34815 : AGAACAGACC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GGCTT--ATA-CATA-GAT----C-----ATCGTCA-TA---ACT--A---T-A--C---ATTTGTTAACAC-A--TATATTTA---GA-TCAT
gi|34816 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TA--AACTT--A----AGA-ATTA---CAGCTTATCGTCA-T----ACAT-A---T-A--T---AT--------AC-A--
gi|34817 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-TGTA---C-----ATCATCA-T----ACA--G---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-ACATTTATA
gi|34818 : GAACTGAAC--AGAATA-TA----TACTAGTAT---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGCA---C-----ATCATCA-T----TCT--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-ATAGCTGA-ACAT
gi|34819 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACT--A---TAA--C---A---------AT-A--TACA-ATC---GA-
gi|34820 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TG------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----AC-------T-A--T---AT--------ACAA--TATA-
gi|34821 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATAA-T------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TATA-caatcaatataaacatt
gi|34822 : GAACACAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------A--A---T-A--T---ATA-------AA-A--TATA-
gi|34823 : GAACATAAC--AGGACA-TA----TA------T---------------------TTTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----ACT--A---T-A--T---AT--------A--A--TATA-caat
gi|34824 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TGTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATCA-T------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TATA-
gi|34825 : GAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCATT----ATA--A---C-A--T---ATTTACA---AT-A--TATA-ATA---
gi|34826 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ACA-CAT--AGTA---C-----ATAGTCA-T----A----------A--CT--AT--------AC-A--TGTG-TTA---AC-AAATATAT
gi|34827 : GAACAGAAC--AAAACA-TA----TA------T---------------------TTTATTT--T---TACTT--ATA-CATACAGTA---T-----CTCATCA-TG---ACAT-A---T-A--C---AT--------AT-A--TACA-t
gi|34828 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------TATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----AC-------T-A--T---AT--------ACAA--TATA-
gi|34829 : AACAGAAC--AGAATA-AA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-TTATAACA--GATTT-A--C---A---------AC-A--CATA-ATA---
gi|34830 : AACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTTAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----TTCGTCA-T------A--A---T-A----------------AC-A--TAT
gi|34831 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTACATC-----ATCATCA-T----ACA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TATA-CTA---GA-ACATTTATAttgcaatacataatatcacgtaaaatat
gi|34832 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCATCA-T----ACA---------------AT--------AC-A--TATA-ATA---GA-CCAT
gi|34833 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----AC-------T-C--T---AT--------AC-A--
Alignments
lowQualScore : 333 111111111111111111111
lowQualScore : 11 0 2222 222222 777777777777777777777 55 22 555 22 0 444 111 22222 0 777777777777777777777 333 4 11 111 77777777 6 11 444444 1 22 555 3
lowQualScore : .. . .... ...... ..................... .. .. ... .. . ... ... ..... . ..................... ... . .. ... ........ . .. ...... . .. ... .
lowQualScore : 33 9 0000 777777 999999999999999999999 99 66 555 66 9 777 666 33333 9 000000000000000000000 000 9 33 777 99999999 3 55 444444 1 00 666 8
consensus : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
Reference ( family-511 ) : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34791 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34792 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34793 : AGATCAGAAC--AGAACA-CA----TA------C---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34794 : AGAACAGGAC--AGAACA-TG----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTG---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-C--TAT------A-A--TA---AA-ACATTTATA
gi|34795 : AGAACATAAC--AGTACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GA--T--ACA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34796 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34797 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34798 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T----A------------
gi|34799 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34800 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34801 : AGAACAGAAC--AGAACC-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------
gi|34802 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGT---T----A------------TA--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34803 : AGAACAGAAC--AGAATA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34804 : AGAACAGAACAGAGAACA-GG----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTA--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A-------------A--T---T-A--C---AT--------A
gi|34805 : AGAACAGAAT--AGAACA-TAATTATA------T---------------------CGTA--T--T---GATTT--GCA-CATA--------T-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T---------------------A--GAT------A-G--TA---GA-ACAT
gi|34806 : AGAACAGAGC--AGGACAATA----TA------T---------------------ATTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A-------------A--A---T----C---AT--------AC-
gi|34807 : AGAACAGAAC--AGAACA-TT----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------TT-G--T-T------A-A--CA---AATATATTTA
gi|34808 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--ATA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---T-A----------------AC-A--TAT------T-T--TA---CA-ACA
gi|34809 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTC-GACTTAAGCA-TATACAGCT---C-----ATCATTA-T----A------------CAACA---T-A--CAAAAC--------AC-AACTAT------A-T--TC---GA-ACAATTA
gi|34810 : AAAACAGAAC--AGAACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCA-GACTT--GTA-TAT--AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------GT--A---T-A--C---AA--------AC-A--
gi|34811 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----CA------T---------------------TTTAT-T--T---GATTT--ATA-CAT--AGTA---T-----ATAATCA-TAAA-A------------CA--A---A-A--A---AT--------AA-A--CAA------A-A--TA---CA---ATTTA
gi|34812 : AGAGCAGAGC--AGAACG-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGGCTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCG-TA---A------------CA--A---
gi|34813 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTCA--T--TTC-AACTTAAGCATTATACAGCT---C-----ATCATCA-T----A------------CA--AAG-T-A--C---A
gi|34814 : AAAACAGAAC--AGCACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCC-GACTT--GCA-CAT--ATTA---C-----ATCGT---T----A------------CA--A---T-ATGC---AT--------AC-A--CAT--------A--TA---CA-GCGTT
gi|34815 : AGAACAGACC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GGCTT--ATA-CATA-GAT----C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---ATTTGTTAACAC-A--TAT------ATT--TA---GA-TCAT
gi|34816 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TA--AACTT--A----AGA-ATTA---CAGCTTATCGTCA-T----A------------CAT-A---T-A--T---AT--------AC-A--
gi|34817 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-TGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--G---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34818 : GAACTGAAC--AGAATA-TA----TACTAGTAT---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGCA---C-----ATCATCA-T----T------------CT--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TAGCTGA-ACAT
gi|34819 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---TAA--C---A---------AT-A--TAC------A-A--TC---GA-
gi|34820 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TG------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TATACAATCA-A--TAT--AA-ACATT
gi|34821 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATAA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34822 : GAACACAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---ATAAA-----AT-A--TAC------A-A--T
gi|34823 : GAACATAAC--AGGACA-TA----TA------T---------------------TTTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---T-A--T---AT--------A--A--TAT------A-
gi|34824 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TGTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34825 : GAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCATT----A------------TA--A---C-A--T---ATTTACA---AT-A--TAT------A-A--TA---
gi|34826 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ACA-CAT--AGTA---C-----ATAGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------GT-G--T-T------A-A--CA---AATATATT
gi|34827 : GAACAGAAC--AAAACA-TA----TA------T---------------------TTTATTT--T---TACTT--ATA-CATACAGTA---T-----CTCATCA-TG---A------------CAT-A---T-A--C---AT--------AT-A--TAC------A-
gi|34828 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------TATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34829 : AACAGAAC--AGAATA-AA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-TTATAA------------CA--GATTT-A--C---A---------AC-A--CAT------A-A--TA---
gi|34830 : AACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTTAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----TTCGTCA-T----AATAACATATTTGCA--A---T-A--C---AT--------A--A--TAT------C-ACGTA---AA-ATAT
gi|34831 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTACATC-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34832 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCATCA-T----A------------CA---------------AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-CCAT
gi|34833 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-C--T---AT--------AC-A---ATC-----A-A--TGT--AA-ACATATA
Alignments
lowQualScore : 333 111111111111111111111
lowQualScore : 11 0 2222 222222 777777777777777777777 55 22 555 22 0 444 111 22222 0 777777777777777777777 333 4 11 111 77777777 6 11 444444 1 22 555 3
lowQualScore : .. . .... ...... ..................... .. .. ... .. . ... ... ..... . ..................... ... . .. ... ........ . .. ...... . .. ... .
lowQualScore : 33 9 0000 777777 999999999999999999999 99 66 555 66 9 777 666 33333 9 000000000000000000000 000 9 33 777 99999999 3 55 444444 1 00 666 8
consensus : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
Reference ( family-511 ) : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34791 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34792 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34793 : AGATCAGAAC--AGAACA-CA----TA------C---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34794 : AGAACAGGAC--AGAACA-TG----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTG---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-C--TAT------A-A--TA---AA-ACATTTATA
gi|34795 : AGAACATAAC--AGTACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GA--T--ACA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34796 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34797 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34798 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T----A------------
gi|34799 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34800 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34801 : AGAACAGAAC--AGAACC-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------
gi|34802 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGT---T----A------------TA--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34803 : AGAACAGAAC--AGAATA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34804 : AGAACAGAACAGAGAACA-GG----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTA--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A-------------A--T---T-A--C---AT--------A
gi|34805 : AGAACAGAAT--AGAACA-TAATTATA------T---------------------CGTA--T--T---GATTT--GCA-CATA--------T-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T---------------------A--GAT------A-G--TA---GA-ACAT
gi|34806 : AGAACAGAGC--AGGACAATA----TA------T---------------------ATTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A-------------A--A---T----C---AT--------AC-
gi|34807 : AGAACAGAAC--AGAACA-TT----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------TT-G--T-T------A-A--CA---AATATATTTA
gi|34808 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--ATA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---T-A----------------AC-A--TAT------T-T--TA---CA-ACA
gi|34809 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTC-GACTTAAGCA-TATACAGCT---C-----ATCATTA-T----A------------CAACA---T-A--CAAAAC--------AC-AACTAT------A-T--TC---GA-ACAATTA
gi|34810 : AAAACAGAAC--AGAACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCA-GACTT--GTA-TAT--AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------GT--A---T-A--C---AA--------AC-A--
gi|34811 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----CA------T---------------------TTTAT-T--T---GATTT--ATA-CAT--AGTA---T-----ATAATCA-TAAA-A------------CA--A---A-A--A---AT--------AA-A--CAA------A-A--TA---CA---ATTTA
gi|34812 : AGAGCAGAGC--AGAACG-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGGCTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCG-TA---A------------CA--A---
gi|34813 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTCA--T--TTC-AACTTAAGCATTATACAGCT---C-----ATCATCA-T----A------------CA--AAG-T-A--C---A
gi|34814 : AAAACAGAAC--AGCACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCC-GACTT--GCA-CAT--ATTA---C-----ATCGT---T----A------------CA--A---T-ATGC---AT--------AC-A--CAT--------A--TA---CA-GCGTT
gi|34815 : AGAACAGACC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GGCTT--ATA-CATA-GAT----C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---ATTTGTTAACAC-A--TAT------ATT--TA---GA-TCAT
gi|34816 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TA--AACTT--A----AGA-ATTA---CAGCTTATCGTCA-T----A------------CAT-A---T-A--T---AT--------AC-A--
gi|34817 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-TGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--G---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34818 : GAACTGAAC--AGAATA-TA----TACTAGTAT---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGCA---C-----ATCATCA-T----T------------CT--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TAGCTGA-ACAT
gi|34819 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---TAA--C---A---------AT-A--TAC------A-A--TC---GA-
gi|34820 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TG------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TATACAATCA-A--TAT--AA-ACATT
gi|34821 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATAA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34822 : GAACACAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---ATAAA-----AT-A--TAC------A-A--T
gi|34823 : GAACATAAC--AGGACA-TA----TA------T---------------------TTTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---T-A--T---AT--------A--A--TAT------A-
gi|34824 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TGTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34825 : GAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCATT----A------------TA--A---C-A--T---ATTTACA---AT-A--TAT------A-A--TA---
gi|34826 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ACA-CAT--AGTA---C-----ATAGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------GT-G--T-T------A-A--CA---AATATATT
gi|34827 : GAACAGAAC--AAAACA-TA----TA------T---------------------TTTATTT--T---TACTT--ATA-CATACAGTA---T-----CTCATCA-TG---A------------CAT-A---T-A--C---AT--------AT-A--TAC------A-
gi|34828 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------TATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34829 : AACAGAAC--AGAATA-AA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-TTATAA------------CA--GATTT-A--C---A---------AC-A--CAT------A-A--TA---
gi|34830 : AACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTTAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----TTCGTCA-T----AATAACATATTTGCA--A---T-A--C---AT--------A--A--TAT------C-ACGTA---AA-ATAT
gi|34831 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTACATC-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34832 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCATCA-T----A------------CA---------------AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-CCAT
gi|34833 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-C--T---AT--------AC-A---ATC-----A-A--TGT--AA-ACATATA
blockSeqs : AG ATTA CTAGTA ATATATTTTTTTTTTTTTTTT TT GA TCA AA TAC CAT AGCTT AATAACATATTTGCA ATT A TG AAA TTGTTAAC A AC ACAATC T CG GCT T
blockSeqs : . . . . T GA TCA AA TAC . . TATAACA AG A . . TTACA A . C . . T T
blockSeqs : . . . . T . TCA . TAC . . AAAACA . A . . AAA A . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . TCA . TA . . ACAAC . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TCA . TA . . GACAT . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TCA . TA . . AACT . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCA . TA . . AACT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCA . TA . . AACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCA . TA . . AACT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCA . TA . . ACAT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTA . TA . . AACT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CA . TA . . ATA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TC . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . GA . . AGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . TCT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . TA . . ACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . TA . . ACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . TA . . ATA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . ACA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . ACA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . AC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . AA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . AA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . AC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . AC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . AC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . .
blockSeqCons :
originalCons : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
finalCons : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
Alignments
lowQualScore : 333 111111111111111111111
lowQualScore : 11 0 2222 222222 777777777777777777777 55 22 555 22 0 444 111 22222 0 777777777777777777777 333 4 11 111 77777777 6 11 444444 1 22 555 3
lowQualScore : .. . .... ...... ..................... .. .. ... .. . ... ... ..... . ..................... ... . .. ... ........ . .. ...... . .. ... .
lowQualScore : 33 9 0000 777777 999999999999999999999 99 66 555 66 9 777 666 33333 9 000000000000000000000 000 9 33 777 99999999 3 55 444444 1 00 666 8
consensus : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
Reference ( family-511 ) : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GACTT--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34791 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---AATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34792 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34793 : AGATCAGAAC--AGAACA-CA----TA------C---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34794 : AGAACAGGAC--AGAACA-TG----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTG---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-C--TAT------A-A--TA---AA-ACATTTATA
gi|34795 : AGAACATAAC--AGTACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GA--T--ACA-CATA-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34796 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34797 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34798 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T----A------------
gi|34799 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34800 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34801 : AGAACAGAAC--AGAACC-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------
gi|34802 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGT---T----A------------TA--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34803 : AGAACAGAAC--AGAATA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---TAA--C---AT--------AT-T--TAC------A-A--TA---
gi|34804 : AGAACAGAACAGAGAACA-GG----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTA--GTA-CATA-AGTA---C-----ATCGTCA-T----A-------------A--T---T-A--C---AT--------A
gi|34805 : AGAACAGAAT--AGAACA-TAATTATA------T---------------------CGTA--T--T---GATTT--GCA-CATA--------T-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T---------------------A--GAT------A-G--TA---GA-ACAT
gi|34806 : AGAACAGAGC--AGGACAATA----TA------T---------------------ATTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A-------------A--A---T----C---AT--------AC-
gi|34807 : AGAACAGAAC--AGAACA-TT----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ATA-CAT--AGTA---C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------TT-G--T-T------A-A--CA---AATATATTTA
gi|34808 : AGAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--ATA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-T------------------A--A---T-A----------------AC-A--TAT------T-T--TA---CA-ACA
gi|34809 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTC-GACTTAAGCA-TATACAGCT---C-----ATCATTA-T----A------------CAACA---T-A--CAAAAC--------AC-AACTAT------A-T--TC---GA-ACAATTA
gi|34810 : AAAACAGAAC--AGAACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCA-GACTT--GTA-TAT--AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------GT--A---T-A--C---AA--------AC-A--
gi|34811 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----CA------T---------------------TTTAT-T--T---GATTT--ATA-CAT--AGTA---T-----ATAATCA-TAAA-A------------CA--A---A-A--A---AT--------AA-A--CAA------A-A--TA---CA---ATTTA
gi|34812 : AGAGCAGAGC--AGAACG-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGGCTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCG-TA---A------------CA--A---
gi|34813 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTCA--T--TTC-AACTTAAGCATTATACAGCT---C-----ATCATCA-T----A------------CA--AAG-T-A--C---A
gi|34814 : AAAACAGAAC--AGCACA-TA----T-------C---------------------TTTA--T--TCC-GACTT--GCA-CAT--ATTA---C-----ATCGT---T----A------------CA--A---T-ATGC---AT--------AC-A--CAT--------A--TA---CA-GCGTT
gi|34815 : AGAACAGACC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GGCTT--ATA-CATA-GAT----C-----ATCGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---ATTTGTTAACAC-A--TAT------ATT--TA---GA-TCAT
gi|34816 : AGAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TA--AACTT--A----AGA-ATTA---CAGCTTATCGTCA-T----A------------CAT-A---T-A--T---AT--------AC-A--
gi|34817 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-TGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CA--G---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-ACATTTATA
gi|34818 : GAACTGAAC--AGAATA-TA----TACTAGTAT---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGCA---C-----ATCATCA-T----T------------CT--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-A--TAGCTGA-ACAT
gi|34819 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---TAA--C---A---------AT-A--TAC------A-A--TC---GA-
gi|34820 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TG------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TATACAATCA-A--TAT--AA-ACATT
gi|34821 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATAA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34822 : GAACACAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T------------------A--A---T-A--T---ATAAA-----AT-A--TAC------A-A--T
gi|34823 : GAACATAAC--AGGACA-TA----TA------T---------------------TTTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------CT--A---T-A--T---AT--------A--A--TAT------A-
gi|34824 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TGTA--TGAG---GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ACCATCA-T------------------A--A---T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34825 : GAACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCATT----A------------TA--A---C-A--T---ATTTACA---AT-A--TAT------A-A--TA---
gi|34826 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTAT-T--T---GACTT--ACA-CAT--AGTA---C-----ATAGTCA-TA---A------------CT--A---T-A--C---AT--------GT-G--T-T------A-A--CA---AATATATT
gi|34827 : GAACAGAAC--AAAACA-TA----TA------T---------------------TTTATTT--T---TACTT--ATA-CATACAGTA---T-----CTCATCA-TG---A------------CAT-A---T-A--C---AT--------AT-A--TAC------A-
gi|34828 : GAACAGAAC--AGAACA-TA----TA------TATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTA--T--TAG-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-A--T---AT--------ACAA--TAT------A-
gi|34829 : AACAGAAC--AGAATA-AA----TA------T---------------------TTTA--T--TTCAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCGTCA-TTATAA------------CA--GATTT-A--C---A---------AC-A--CAT------A-A--TA---
gi|34830 : AACAGAAC--AGAACA-GA----TA------T---------------------TTTA--T--TTTAGACTT--GTA-CATA-AATA---C-----TTCGTCA-T----AATAACATATTTGCA--A---T-A--C---AT--------A--A--TAT------C-ACGTA---AA-ATAT
gi|34831 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GCA-CATA-AGTACATC-----ATCATCA-T----A------------CA--A---T-A--C---AT--------AC-A--TAT------A-C--TA---GA-ACATTTATA
gi|34832 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--T---GATTT--GTA-CATA-AATA---C-----ATCATCA-T----A------------CA---------------AT--------AC-A--TAT------A-A--TA---GA-CCAT
gi|34833 : ACAGAAC--AGAACA-TA----TA------T---------------------TTTA--T--TAA-GATTT--GTA-CA-A-AGTA---C-----ATCATCA-T----A------------C-------T-C--T---AT--------AC-A---ATC-----A-A--TGT--AA-ACATATA